第四條　農林大臣又は都道府県知事は、水産資源の保護培養のために必要があると認めるときは、左に掲げる事項に関して、省令又は規則を定めることができる。

２　前項の規定による省令又は規則には、必要な罰則を設けることができる。

３　前項の罰則に規定することができる罰は、省令にあつては二年以下の懲役、五万円以下の罰金、拘留若しくは科料又はこれらの併科、規則にあつては六箇月以下の懲役、一万円以下の罰金、拘留若しくは科料又はこれらの併科とする。

４　第一項の規定による省令又は規則には、犯人が所有し、又は所持する漁獲物、漁船、漁具及び同項第六号の水産動植物の没收並びに犯人が所有していたこれらの物件の全部又は一部を没收することができない場合におけるその価額の追徴に関する規定を設けることができる。

５　農林大臣は、第一項の省令を定めようとするときは、中央漁業調整審議会の意見をきかなければならない。

６　都道府県知事は、第一項の規則を定めようとするときは、農林大臣の認可を受けなければならない。

７　都道府県知事は、第一項の規則を定めようとするときは、漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第八十四條第一項（海区漁業調整委員会の設置）に規定する海面に係るものにあつては、当該都道府県の区域に沿う海面につき定められたすべての海区の区域を合した海区に設置した連合海区漁業調整委員会（当該都道府県の区域に沿う海面につき定められた海区の数が一である場合にあつては、当該海区の海区漁業調整委員会）の意見を、同法第百二十七條（内水面における第五種共同漁業の免許）に規定する内水面に係るものにあつては、内水面漁場管理委員会の意見をきかなければならない。

８　農林大臣は、第一項第四号又は第五号に掲げる事項に関する省令又は規則であつて、河川法（明治二十九年法律第七十一号）第一條（適用河川）に規定する河川（同法第五條（準用河川）の規定により同法が準用される水流、水面又は河川を含む。以下「河川等」という。）又は砂防法（明治三十年法律第二十九号）第二條（指定土地）の規定により主務大臣が指定した土地（以下「指定土地」という。）に係るものを定め又は認可しようとするときは、あらかじめ、建設大臣に協議しなければならない。

９　農林大臣は、第一項第四号に掲げる事項に関する省令又は規則を定め又は認可しようとするときは、あらかじめ、通商産業大臣に協議しなければならない。

第五條　爆発物を使用して水産動植物を採捕してはならない。但し、海獸捕獲のためにする場合は、この限りでない。

第六條　水産動植物をまひさせ、又は死なせる有毒物を使用して、水産動植物を採捕してはならない。但し、農林大臣の許可を受けて、調査研究のため、漁業法第百二十七條に規定する内水面において採捕する場合は、この限りでない。

第七條　前二條の規定に違反して採捕した水産動植物は、所持し、又は販売してはならない。

第八條　公共の用に供しない水面であつて公共の用に供する水面又は第三條の水面に通ずるものには、政令で、第四條から前條までの規定及びこれらに係る罰則を適用することができる。

第九條　農林大臣は、水産資源の保護のために必要があると認めるときは、漁業法第五十二條（指定遠洋漁業）の指定遠洋漁業又は同法第六十五條第一項（漁業調整に関する命令）及びこの法律の第四條の規定に基く省令の規定により農林大臣の許可を要する漁業につき、漁業の種類及び水域別に、省令で、当該漁業に従事することができる漁船の隻数の最高限度（以下「定数」という。）を定めることができる。

２　農林大臣は、前項の定数を定める場合には、水産資源の現状及び現に当該漁業を営む者の数その他自然的及び社会的條件を総合的に勘案しなければならない。

３　農林大臣は、定数を定めようとするときは、中央漁業調整審議会の意見をきかなければならない。

第十條　前條の規定により定数が定められた時に当該漁業の種類及び水域につき現に漁業の許可（漁業に関する起業の認可を含む。以下同じ。）を受けている漁船の隻数が定数をこえているときは、農林大臣は、左に掲げる事項を勘案して省令で定める基準に従い、そのこえる数の漁船につき、当該漁業に係る許可の取消の期日又は変更すべき当該漁業の操業区域及び変更の期日を指定しなければならない。

２　農林大臣は、前項の基準を定めようとするときは、中央漁業調整審議会の意見をきかなければならない。

３　第一項の規定による指定をする場合において必要があると認めるときは、農林大臣は、当該漁業の種類及び水域につき漁業の許可を受けている漁船であつて同項の指定を受けなかつたものにつき、変更すべき当該漁船の操業区域及び変更の期日を指定することができる。

４　第一項又は前項の規定による指定は、告示をもつてする。

５　前項の告示をしたときは、当該漁業に係る許可は、その有効期間にかかわらず、その指定された期日に取り消され、又は操業区域の変更があつたものとする。

６　第一項又は第三項の規定による指定は、これによつて必要となる次條の規定による補償金の総額が国会の議決を経た予算の金額をこえない範囲内でしなければならない。

第十一條　政府は、前條第五項の規定による許可の取消又は操業区域の変更によつて生じた損失を当該処分を受けた者に対し補償しなければならない。

２　前項の規定により補償すべき損失は、同項の処分によつて通常生ずべき損失とする。

３　前項の補償金額は、農林大臣が中央漁業調整審議会の意見をきいて定め、これを告示する。

４　補償金交付の方法は、政令で定める。

５　第三項の規定により告示された補償金額に不服がある者は、告示の日から九十日以内に、訴をもつて、その増額を請求することができる。

６　前項の訴においては、国を被告とする。

第十二條　第十條第五項の規定により許可の取消を受けた者は、同條第四項の告示の日現在において、許可を受けた漁船に乘り組んでいる者及び当該漁船のために陸上作業をしている者に対し、交付を受けた補償金のうち省令で定める金額を支給しなければならない。

第十三條　農林大臣は、水産資源の保護のために必要があると認めるときは、漁業法第五十二條の指定遠洋漁業又は同法第六十五條第一項及びこの法律の第四條の規定に基く省令の規定により農林大臣の許可を要する漁業につき、漁業の種類又は漁獲物の種類及び水域別に、当該漁業により漁獲すべき年間の数量の最高限度（以下「漁獲限度」という。）を定め、関係業者又はその団体に対し、この限度をこえて漁獲しないよう措置すべきことを勧告することができる。

２　農林大臣は、前項の漁獲限度を定めようとするときは、中央漁業調整審議会の意見をきかなければならない。

第十四條　この法律において「保護水面」とは、水産動物が産卵し、稚魚が生育し、又は水産動植物の種苗が発生するのに適している水面であつて、その保護培養のために必要な措置を講ずべき水面として農林大臣が指定する区域をいう。

第十五條　保護水面は、農林大臣が、都道府県知事の申請に基いて、且つ、中央漁業調整審議会の意見をきいて農林大臣が定める基準に従つて、指定する。

２　都道府県知事は、前項の指定の申請をしようとするときは、当該保護水面の区域及びその指定が必要である理由を記載した申請書に、第十七條第一項に規定する当該保護水面の管理計画を添えなければならない。

３　都道府県知事は、第一項の指定の申請をしようとするときは、指定の申請をすること及び前項の管理計画について、指定を申請しようとする保護水面が漁業法第八十四條第一項に規定する海面に属する場合にあつては、当該保護水面につき定められた海区に設置した海区漁業調整委員会の意見を、指定を申請しようとする保護水面が同法第百二十七條に規定する内水面に属する場合にあつては、内水面漁場管理委員会の意見をきかなければならない。

４　農林大臣は、特に必要があると認めるときは、第一項の規定による都道府県知事の申請がない場合でも、同項に規定する基準に従つて、保護水面を指定することができる。

５　農林大臣は、前項の規定により保護水面の指定をするときは、第十七條第一項に規定する当該保護水面の管理計画を定めなければならない。

６　農林大臣は、第四項の規定により保護水面の指定をしようとするときは、指定をすること及び前項の管理計画について、指定をしようとする保護水面の属する水面を管轄する都道府県知事の意見をきかなければならない。

７　第三項の規定は、都道府県知事が前項の規定により農林大臣に意見を述べようとする場合に準用する。

８　第一項又は第四項の規定による保護水面の指定は、保護水面の区域及び第十六條の規定によるその管理者の告示をもつてする。

第十六條　保護水面の管理は、当該保護水面の属する水面を管轄する都道府県知事が行う。但し、当該水面が二以上の都道府県知事の管轄に属し、又は当該水面の管轄が明確でないときは、農林大臣は、当該保護水面を管理する都道府県知事を指定し、又はみずから管理することができる。

第十七條　保護水面の管理計画においては、少くとも左に掲げる事項を定めなければならない。

２　都道府県知事は、農林大臣の認可を受けて、その管理する保護水面の管理計画を変更することができる。この場合には、第十五條第三項の規定を準用する。

３　農林大臣は、特に必要があると認めるときは、都道府県知事に対し、その管理する保護水面の管理計画を変更すべきことを命ずることができる。この場合には、第十五條第六項及び第七項の規定を準用する。

第十八條　保護水面の区域（河川等、指定土地又は港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二條第三項（港湾区域の定義）に規定する港湾区域（その区域外百メートル以内の区域を含む。）若しくは同法第五十六條第一項（港湾区域の定のない港湾）に規定する水域（以下第四項において「港湾区域」と総称する。）に係る部分を除く。）内において、埋立若しくはしゆんせつの工事又は水路、河川の流量若しくは水位の変更をきたす工事をしようとする者は、政令の定めるところにより、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林大臣の許可を受けなければならない。

２　都道府県知事又は農林大臣は、前項の許可を受けないでされた工事が当該保護水面の管理に著しく障害を及ぼすと認めるときは、当該工事の施行者に対し、当該工事を変更し、又は当該水面を原状に回復すべきことを命ずることができる。

３　建設大臣又は地方行政庁は、河川等若しくは指定土地に関する第一項に掲げる工事をし、若しくはさせようとする場合又はこれらの工事について河川法第十七條から第十九條まで（河川使用の許可等）の規定による許可若しくは砂防法第四條（指定土地における一定行為の禁止、制限）の規定による制限に係る許可をしようとする場合において、当該工事が保護水面の区域内においてされるものであるときは、政令の定めるところにより、あらかじめ、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林大臣に協議しなければならない。

４　運輸大臣又は港湾管理者（港湾法第二條第一項（港湾管理者の定義）に規定する港湾管理者をいう。以下同じ。）が港湾区域内における第一項に掲げる工事をしようとする場合又はこれらの工事について港湾管理者の長が同法第三十七條第一項（港湾区域内の工事の許可）の規定による許可をし、同條第三項（港湾区域内の国等の工事についての特例）の規定による協議に応じ、都道府県知事が同法第五十六條第一項の規定による許可をし、同條第三項（港湾区域の定のない港湾への準用）の規定による協議に応じ、若しくは港湾管理者の長が同法第五十八條第二項（公有水面埋立法との関係）の規定により公有水面埋立法（大正十年法律第五十七号）の規定による都道府県知事の職権を行おうとする場合において、当該工事が保護水面の区域内においてされるものであるときは、運輸大臣、港湾管理者の長又は都道府県知事は、政令の定めるところにより、あらかじめ、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林大臣に協議しなければならない。

５　保護水面の区域内において水産動植物の保護培養のため特に必要があるときは、当該保護水面を管理する都道府県知事又は農林大臣は、政令の定めるところにより、建設大臣若しくは地方行政庁又は運輸大臣、港湾管理者の長若しくは都道府県知事に対し、当該区域内における第一項に掲げる工事又はその工事により施設された工作物に関し必要な勧告をすることができる。

第十九條　都道府県知事が管理計画に基いて行う保護水面の管理に要する経費は、国の負担とする。

第二十條　農林大臣は、さく河魚類のうちさけ及びますの増殖を図るために、その人工ふ化放流を実施する。

２　農林大臣は、毎年度、前項の人工ふ化放流の実施に関する計画を定めなければならない。

３　前項の人工ふ化放流の計画においては、少くとも左に掲げる事項を定めなければならない。

４　農林大臣は、第二項の人工ふ化放流の計画を定めようとするときは、中央漁業調整審議会の意見をきかなければならない。

５　農林大臣は、省令の定めるところにより、第一項の事務の一部を都道府県知事に委任することができる。

第二十一條　農林大臣は、さく河魚類のうちさけ又はますを目的とする漁業を営む者が、前條第一項の規定により実施する人工ふ化放流により著しく利益を受けるときは、その者にその実施に要する費用の一部を負担させることができる。

第二十二條　さく河魚類の通路となつている水面に設置した工作物の所有者又は占有者は、さく河魚類のさく上を妨げないように、その工作物を管理しなければならない。

２　農林大臣又は都道府県知事は、前項の工作物の所有者又は占有者が同項の規定による管理を怠つていると認めるときは、その者に対し、同項の規定に従つて管理すべきことを命ずることができる。

第二十三條　農林大臣は、さく河魚類の通路を害する虞があると認めるときは、水面の一定区域内における工作物の設置を制限し、又は禁止することができる。

２　農林大臣は、前項の規定による制限をしようとするときは、当該工作物を設置しようとする者に対し、さく河魚類の通路又は当該通路に代るべき施設を設置すべきこと、もし、さく河魚類の通路又は当該通路に代るべき施設を設置することが著しく困難であると認める場合においては、当該水面におけるさく河魚類又はその他の魚類の繁殖に必要な施設を設置し、又は方法を講ずべきことを命ずることによつても、これをすることができる。

３　前項の規定による命令を受けた者は、省令の定めるところにより、当該命ぜられた事項についての計画を作成し、これについて農林大臣の承認を受けなければならない。

第二十四條　農林大臣は、工作物がさく河魚類の通路を害すると認めるときは、その所有者又は占有者に対し、除害工事を命ずることができる。

２　前項の規定により除害工事を命ずるときは、次項の規定による補償金の総額が国会の議決を経た予算の金額をこえない範囲内でしなければならない。

３　農林大臣は、第一項の規定により除害工事を命じたときは、その工作物について権利を有する者に対し、相当の補償をしなければならない。但し、第二十二條第二項の規定による命令に違反した者に対し、第一項の規定による除害工事を命じた場合においては、その者に対しては、補償しない。

４　第一項の規定による除害工事の命令が利害関係人の申請によつてされたときは、農林大臣の定めるところにより、当該申請者が、前項本文の規定による補償をしなければならない。

５　前二項の補償金額に不服がある者は、補償金額決定の通知を受けた日から九十日以内に、訴をもつて、その増減を請求することができる。

６　前項の訴においては、国を被告とする。但し、第四項の場合においては、申請者又は工作物について権利を有する者を被告とする。

７　第一項の規定による工作物の除害工事の命令があつた場合において、当該工作物の上に先取特権、質権又は抵当権があるときは、当該先取特権者、質権者又は抵当権者から供託しなくてもよい旨の申出がある場合を除き、農林大臣又は第四項の当該申請者は、第三項又は第四項の補償金を供託しなければならない。

８　前項の先取特権者、質権者又は抵当権者は、同項の規定により供託した補償金に対してその権利を行うことができる。

第二十五條　漁業法第百二十七條に規定する内水面においては、さく河魚類のうちさけを採捕してはならない。但し、漁業の免許を受けた者又は漁業法第六十五條第一項及びこの法律の第四條の規定に基く省令若しくは規則の規定により農林大臣若しくは都道府県知事の許可を受けた者が、当該免許又は許可に基いて採捕する場合は、この限りでない。

第二十六條　公共の用に供しない水面であつて公共の用に供する水面又は第三條の水面に通ずるものには、政令で、第二十二條から前條までの規定及びこれらに係る罰則を適用することができる。

第二十七條　省令で定める水産動植物の種苗を、業として、販売の目的をもつて採捕し、又は生産しようとする者は、省令の定めるところにより、農林大臣にその旨の届出をしなければならない。その業を廃止したときも、同様とする。

第二十八條　農林大臣は、前條に規定する水産動植物の種苗を確保するために必要があると認めるときは、省令の定めるところにより、同條に規定する者に対し、当該水産動植物の種苗の生産又は配付につき必要な指示をすることができる。