（施行期日）
第一条 この法律は、平成二十八年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 附則第三条第二項及び第三項、第十条第二項並びに第十七条の規定 公布の日
二 第三条及び第四条の規定（次号に掲げる改正規定を除く。） 公布の日から起算して二十日を経過した日
三 第四条中独立行政法人農林漁業信用基金法第二十条の次に一条を加える改正規定 平成二十七年十月一日
四 第五条の規定 公布の日から起算して九月を超えない範囲内において政令で定める日
（種苗管理センター等の解散等）
第二条 独立行政法人種苗管理センター（以下「種苗管理センター」という。）、国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「種苗管理センター等」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）が承継する。
２ この法律の施行の際現に種苗管理センター等が有する権利のうち、研究機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３ 前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 種苗管理センターの平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中期目標の期間（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。附則第九条第四項において同じ。）における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。この場合において、同条第二項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第四項前段の規定による通知及び同条第六項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
５ 国立研究開発法人農業生物資源研究所及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中長期目標の期間（通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間をいう。）における業務の実績についての通則法第三十五条の六第一項の規定による評価は、研究機構が受けるものとする。この場合において、同条第三項の規定による報告書の提出及び公表は研究機構が行うものとし、同条第七項前段の規定による通知及び同条第九項の規定による命令は研究機構に対してなされるものとする。
６ 種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条第一項の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、研究機構が行うものとする。
７ 種苗管理センター等の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、研究機構が行うものとする。
８ 前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、研究機構が従前の例により行うものとする。この場合において、附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号。次条第一項において「旧種苗管理センター法」という。）第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の中期目標」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる中長期目標」と、「第三十条第一項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「中期計画」とあるのは「中長期計画」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」と、附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号。次条第一項において「旧農業生物資源研究所法」という。）第十二条第一項及び附則第十四条の規定による廃止前の国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号。次条第一項において「旧農業環境技術研究所法」という。）第十二条第一項中「当該中長期目標の期間の次の」とあるのは「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の平成二十八年四月一日に始まる」と、「次の中長期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）第十四条」とする。
９ 第一項の規定により種苗管理センター等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究機構への出資）
第三条 前条第一項の規定により研究機構が種苗管理センター等の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、研究機構が承継する資産の価額（同条第八項の規定により読み替えられた旧種苗管理センター法第十二条第一項、旧農業生物資源研究所法第十二条第一項又は旧農業環境技術研究所法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究機構に対し第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（以下「新研究機構法」という。）第十五条第一号に掲げる業務に必要な資金に充てるべきものとして示して出資されたものとする。この場合において、研究機構は、新研究機構法第六条第二項の認可を受けることなく、その額により資本金を増加するものとする。
２ 前項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（研究機構が権利を承継する場合における非課税）
第四条 附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に伴う登記又は登録については、登録免許税を課さない。
２ 附則第二条第一項の規定により研究機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（研究機構の役員に関する特例）
第五条 研究機構に、役員として、新研究機構法第九条第二項に定めるもののほか、当分の間、理事二人以内を置くことができる。この場合において、その理事の任期は、新研究機構法第十一条第二項の規定にかかわらず、一年とすることができる。
（研究機構の業務の特例等）
第六条 研究機構は、新研究機構法第十四条に規定する業務のほか、政令で指定する日までの間において、研究機構がこの法律の施行の際現に行っている第一条の規定による改正前の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法第十四条第一項第六号に掲げる業務（当該業務に係る同項第七号から第九号までに掲げる業務を含む。）及びこれに附帯する業務（以下この条において「特例業務」という。）を行う。
２ 研究機構は、特例業務に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定を設けて整理しなければならない。
３ 前項に規定する勘定における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
４ 第一項の規定により研究機構が特例業務を行う場合には、新研究機構法第十六条第一項中「第四十四条第一項」とあるのは「第四十四条第一項（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）附則第六条第二項に規定する勘定にあっては、同条第三項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項。以下この項において同じ。）」と、「同条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項」と、「業務」とあるのは「業務及び平成二十七年整備法附則第六条第一項に規定する特例業務（以下「特例業務」という。）」と、新研究機構法第十七条中「掲げる業務」とあるのは「掲げる業務及び特例業務」と、新研究機構法第十九条第二項中「業務」とあるのは「業務並びに特例業務」と、新研究機構法第二十一条第二項並びに第二十二条第一項第二号及び第四号から第六号までの規定中「業務」とあるのは「業務及び特例業務」と、新研究機構法第二十四条第二号中「規定する業務」とあるのは「規定する業務及び特例業務」とする。
５ 研究機構は、特例業務を終えたときは、第二項に規定する勘定を廃止するものとし、その廃止の際当該勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、当該残余財産の額に相当する額を特例業務に係る各出資者に対しその出資額に応じて分配するものとする。
６ 前項の規定により特例業務に係る各出資者に分配することができる額は、その出資額を限度とする。
７ 第五項の規定による分配の結果なお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
８ 研究機構は、第五項の規定により第二項に規定する勘定を廃止したときは、その廃止の際当該勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（種苗管理センター等の職員から引き続き研究機構の職員となった者の退職手当の取扱い）
第七条 研究機構は、施行日の前日に種苗管理センター等の職員として在職する者（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号。以下「平成十八年整備法」という。）附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて研究機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を研究機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。ただし、その者が平成十八年整備法の施行の日以後に種苗管理センター等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
２ 施行日の前日に種苗管理センター等の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者であって、平成十八年整備法の施行の日以後引き続き旧種苗管理センター等（種苗管理センター、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号。以下この項において「通則法整備法」という。）第百四十九条の規定による改正前の独立行政法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号）第二条の独立行政法人農業生物資源研究所（国立研究開発法人農業生物資源研究所を含む。）及び通則法整備法第百五十条の規定による改正前の独立行政法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）第二条の独立行政法人農業環境技術研究所（国立研究開発法人農業環境技術研究所を含む。）をいう。以下この項において同じ。）の職員として在職する者に限る。）が、引き続いて研究機構の職員となり、かつ、引き続き研究機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の平成十八年整備法の施行の日以後の旧種苗管理センター等の職員としての在職期間及び研究機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が同日以後に旧種苗管理センター等又は研究機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
（研究機構の役員又は職員についての通則法の適用）
第八条 研究機構の役員又は職員についての通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項、第二項第一号及び第四号並びに第六項並びに第五十条の六の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項 |
を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的 |
（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。第六項において「平成二十七年整備法」という。）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センター（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）、旧国立研究開発法人農業生物資源研究所又は旧国立研究開発法人農業環境技術研究所（以下「旧種苗管理センター等」という。）の役員又は職員（非常勤の者を除く。以下「旧種苗管理センター等役職員」という。）であった者を含む。以下この項において同じ。）を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第一号 |
であった者 |
であった者（旧種苗管理センター等役職員であった者を含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第四号 |
の組織 |
（旧種苗管理センター等を含む。）の組織 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第六項 |
したこと |
したこと（旧種苗管理センター法等（平成二十七年整備法附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号）、国立研究開発法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号）又は国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）をいう。以下この項において同じ。）又は旧種苗管理センター等が定めていた業務方法書、第四十九条に規定する規程その他の規則（以下この項において「旧種苗管理センター等規則」という。）に違反する職務上の行為をしたことを含む。次条において同じ。） |
させたこと |
させたこと（旧種苗管理センター等の役員又は職員にこの法律、旧種苗管理センター法等若しくは他の法令又は旧種苗管理センター等規則に違反する職務上の行為をさせたことを含む。次条において同じ。） |
であった者 |
であった者（旧種苗管理センター等の役員又は職員であった者を含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号 |
であった者 |
であった者（旧種苗管理センター等役職員であった者を含む。） |
定めるもの |
定めるもの（離職前五年間に在職していた旧種苗管理センター等の内部組織として主務省令で定めるものが行っていた業務を行う国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構の内部組織として主務省令で定めるものを含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号 |
の役員又は管理 |
（旧種苗管理センター等を含む。）の役員又は管理 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第三号 |
と営利企業等 |
（旧種苗管理センター等を含む。以下この号において同じ。）と営利企業等 |
（水産大学校の解散等）
第九条 独立行政法人水産大学校（以下「水産大学校」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において国立研究開発法人水産研究・教育機構（以下「研究・教育機構」という。）が承継する。
２ この法律の施行の際現に水産大学校が有する権利のうち、研究・教育機構がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３ 前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 水産大学校の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度及び中期目標の期間における業務の実績についての通則法第三十二条第一項の規定による評価は、研究・教育機構が受けるものとする。この場合において、同条第二項の規定による報告書の提出及び公表は研究・教育機構が行うものとし、同条第四項前段の規定による通知及び同条第六項の規定による命令は研究・教育機構に対してなされるものとする。
５ 水産大学校の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条第一項の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、研究・教育機構が行うものとする。
６ 水産大学校の平成二十八年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に係る業務は、研究・教育機構が行うものとする。
７ 前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、研究・教育機構が従前の例により行うものとする。この場合において、附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人水産大学校法（平成十一年法律第百九十一号。次条第一項において「旧水産大学校法」という。）第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の中期目標」とあるのは「国立研究開発法人水産研究・教育機構の平成二十八年四月一日に始まる中長期目標」と、「第三十条第一項」とあるのは「第三十五条の五第一項」と、「中期計画」とあるのは「中長期計画」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中長期目標の期間における国立研究開発法人水産研究・教育機構法（平成十一年法律第百九十九号）第十二条第一項、第二項及び第四項」とする。
８ 第一項の規定により水産大学校が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究・教育機構への出資）
第十条 前条第一項の規定により研究・教育機構が水産大学校の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、研究・教育機構が承継する資産の価額（同条第七項の規定により読み替えられた旧水産大学校法第十二条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究・教育機構に対し出資されたものとする。この場合において、研究・教育機構は、その額により資本金を増加するものとする。
２ 附則第三条第二項及び第三項の規定は、前項に規定する資産の価額について準用する。
（研究・教育機構が権利を承継する場合における非課税）
第十一条 附則第九条第一項の規定により研究・教育機構が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（水産大学校の職員から引き続き研究・教育機構の職員となった者の退職手当の取扱い）
第十二条 研究・教育機構は、施行日の前日に水産大学校の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者に限る。）で引き続いて研究・教育機構の職員となったものの退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を研究・教育機構の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。ただし、その者が平成十八年整備法の施行の日以後に水産大学校を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
２ 施行日の前日に水産大学校の職員として在職する者（平成十八年整備法附則第四条第一項の規定の適用を受けた者であって、平成十八年整備法の施行の日以後引き続き水産大学校の職員として在職する者に限る。）が、引き続いて研究・教育機構の職員となり、かつ、引き続き研究・教育機構の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の平成十八年整備法の施行の日以後の水産大学校の職員としての在職期間及び研究・教育機構の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が同日以後に水産大学校又は研究・教育機構を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
（研究・教育機構の役員又は職員についての通則法の適用）
第十三条 研究・教育機構の役員又は職員についての通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項、第二項第一号及び第四号並びに第六項並びに第五十条の六の規定の適用については、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第一項 |
を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的 |
（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。第六項において「平成二十七年整備法」という。）附則第九条第一項の規定により解散した旧独立行政法人水産大学校（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。以下「旧水産大学校」という。）の中期目標管理法人役職員であった者を含む。以下この項において同じ。）を、当該密接関係法人等の地位に就かせることを目的 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第一号 |
であった者 |
であった者（旧水産大学校の中期目標管理法人役職員であった者を含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第二項第四号 |
の組織 |
（旧水産大学校を含む。）の組織 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の四第六項 |
したこと |
したこと（平成二十七年整備法附則第十四条の規定による廃止前の独立行政法人水産大学校法（平成十一年法律第百九十一号。以下この項において「旧水産大学校法」という。）又は旧水産大学校が定めていた業務方法書、第四十九条に規定する規程その他の規則（以下この項において「旧水産大学校規則」という。）に違反する職務上の行為をしたことを含む。次条において同じ。） |
させたこと |
させたこと（旧水産大学校の役員又は職員にこの法律、旧水産大学校法若しくは他の法令又は旧水産大学校規則に違反する職務上の行為をさせたことを含む。次条において同じ。） |
であった者 |
であった者（旧水産大学校の役員又は職員であった者を含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号 |
であった者 |
であった者（旧水産大学校の中期目標管理法人役職員であった者を含む。） |
定めるもの |
定めるもの（離職前五年間に在職していた旧水産大学校の内部組織として主務省令で定めるものが行っていた業務を行う国立研究開発法人水産研究・教育機構の内部組織として主務省令で定めるものを含む。） |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号 |
の役員又は管理 |
（旧水産大学校を含む。）の役員又は管理 |
通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第三号 |
と営利企業等 |
（旧水産大学校を含む。以下この号において同じ。）と営利企業等 |
（独立行政法人種苗管理センター法等の廃止に伴う経過措置）
第十五条 種苗管理センター等又は水産大学校の役員又は職員であった者に係るその職務上知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、施行日以後も、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）
第十六条 施行日前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十七条 この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（船員保険法の一部改正）
第十八条 船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）の一部を次のように改正する。
別表第一独立行政法人種苗管理センターの項、独立行政法人水産大学校の項、国立研究開発法人農業生物資源研究所の項及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の項を削り、同表国立研究開発法人水産総合研究センターの項を次のように改める。
国立研究開発法人水産研究・教育機構 |
国立研究開発法人水産研究・教育機構法（平成十一年法律第百九十九号） |
（植物防疫法の一部改正）
第十九条 植物防疫法（昭和二十五年法律第百五十一号）の一部を次のように改正する。
第十六条第二号中「独立行政法人種苗管理センター」を「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構」に改める。
（水産資源保護法の一部改正）
第二十条 水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）の一部を次のように改正する。
第二十条の見出し中「センター」を「機構」に改め、同条第一項中「国立研究開発法人水産総合研究センター（以下「センター」を「国立研究開発法人水産研究・教育機構（以下「機構」に改め、同条第四項及び第五項中「センター」を「機構」に改める。
第三十一条の見出しを削り、同条第三号中「センター」を「機構」に改める。
（国家公務員共済組合法の一部改正）
第二十一条 国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）の一部を次のように改正する。
別表第二独立行政法人種苗管理センターの項、独立行政法人水産大学校の項、国立研究開発法人農業生物資源研究所の項及び国立研究開発法人農業環境技術研究所の項を削り、同表国立研究開発法人水産総合研究センターの項を次のように改める。
国立研究開発法人水産研究・教育機構 |
国立研究開発法人水産研究・教育機構法（平成十一年法律第百九十九号） |
（印紙税法の一部改正）
第二十二条 印紙税法（昭和四十二年法律第二十三号）の一部を次のように改正する。
別表第三の文書名の欄中「第十四条第一項第一号から第四号まで及び第十号」を「第十四条第一項第一号から第四号まで及び第三項から第五項まで」に改め、「漁業災害補償法」の下に「（昭和三十九年法律第百五十八号）」を加える。
（種苗法の一部改正）
第二十三条 種苗法（平成十年法律第八十三号）の一部を次のように改正する。
第十五条第二項中「独立行政法人種苗管理センター（以下「種苗管理センター」を「国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」に改め、同条第五項及び第六項中「種苗管理センター」を「研究機構」に改める。
第四十七条第二項中「種苗管理センター」を「研究機構」に改める。
第六十三条の見出し中「種苗管理センター又は家畜改良センター」を「研究機構等」に改め、同条第一項中「種苗管理センター」を「研究機構」に、「「家畜改良センター」を「「研究機構等」に改め、同条第二項から第四項までの規定中「種苗管理センター又は家畜改良センター」を「研究機構等」に改める。
第六十四条（見出しを含む。）及び第七十四条中「種苗管理センター又は家畜改良センター」を「研究機構等」に改める。
（種苗法の一部改正に伴う経過措置）
第二十四条 前条の規定の施行の際現に同条の規定による改正前の種苗法（以下この条において「旧種苗法」という。）第十五条第二項又は第四十七条第二項の規定により種苗管理センターに行わせている栽培試験は、前条の規定による改正後の種苗法（以下この条において「新種苗法」という。）第十五条第二項又は第四十七条第二項の規定により研究機構に行わせている栽培試験とみなす。
２ 施行日前に旧種苗法第十五条第二項又は第四十七条第二項の規定により種苗管理センターに行わせた栽培試験は、新種苗法第十五条第二項又は第四十七条第二項の規定により研究機構に行わせた栽培試験とみなす。
３ 施行日前に旧種苗法第十五条第五項（旧種苗法第四十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定により種苗管理センターが依頼した栽培試験は、新種苗法第十五条第五項（新種苗法第四十七条第三項において準用する場合を含む。）の規定により研究機構が依頼した栽培試験とみなす。
（独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律の一部改正）
第二十五条 独立行政法人水産総合研究センター法の一部を改正する法律（平成十四年法律第百三十一号）の一部を次のように改正する。
附則第七条中「（国立研究開発法人水産総合研究センター」の下に「又は国立研究開発法人水産研究・教育機構」を加える。
（食品安全基本法の一部改正）
第二十六条 食品安全基本法（平成十五年法律第四十八号）の一部を次のように改正する。
第二十七条第三項中「、国立研究開発法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）第十三条第一項」を削り、「国立研究開発法人水産総合研究センター法」を「国立研究開発法人水産研究・教育機構法」に、「第十五条第一項」を「第十六条第一項」に改める。
（遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律の一部改正）
第二十七条 遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成十五年法律第九十七号）の一部を次のように改正する。
第三十二条第一項中「独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人家畜改良センター、国立研究開発法人水産総合研究センター」を「独立行政法人家畜改良センター、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、国立研究開発法人水産研究・教育機構」に改め、同項第一号中「、独立行政法人種苗管理センター」を削り、「及び国立研究開発法人水産総合研究センター」を「、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構及び国立研究開発法人水産研究・教育機構」に改める。
（平成十八年整備法の一部改正）
第二十八条 独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成十八年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
附則第四条第三項中「引き続き当該施行日後の研究機構等」の下に「（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「平成二十七年整備法」という。）第二条の規定による改正前の国立研究開発法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）第二条の国立研究開発法人水産総合研究センター及び国立研究開発法人水産研究・教育機構、平成二十七年整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所、国立研究開発法人国際農林水産業研究センター並びに国立研究開発法人森林総合研究所を含む。以下この項において同じ。）」を加える。
附則第五条中「独立行政法人農業者大学校」を「独立行政法人種苗管理センター、独立行政法人農業者大学校、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人農業環境技術研究所」に、「及び独立行政法人さけ・ます資源管理センター」を「、独立行政法人さけ・ます資源管理センター及び独立行政法人水産大学校」に、「国立研究開発法人水産総合研究センターの、独立行政法人種苗管理センターを退職した者にあっては独立行政法人種苗管理センター」を「国立研究開発法人水産研究・教育機構」に改め、「、独立行政法人水産大学校を退職した者にあっては独立行政法人水産大学校の、独立行政法人農業生物資源研究所を退職した者にあっては国立研究開発法人農業生物資源研究所の、独立行政法人農業環境技術研究所を退職した者にあっては国立研究開発法人農業環境技術研究所の」を削る。
（研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律の一部改正）
第二十九条 研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律（平成二十年法律第六十三号）の一部を次のように改正する。
別表第一第二十四号及び第二十五号を次のように改める。
（農林水産省設置法の一部改正）
第三十条 農林水産省設置法（平成十一年法律第九十八号）の一部を次のように改正する。
第十三条第五号を次のように改める。
五 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構及び国立研究開発法人国際農林水産業研究センターに関すること。