第十九条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
目次中
「
第三節の五 |
認定研究開発事業法人等の課税の特例（第六十条の三） |
第四節の二 |
認定農業生産法人等の課税の特例（第六十一条の二・第六十一条の三） |
第四節の三 |
交際費等の課税の特例（第六十一条の四） |
を
「
第三節の五 |
認定研究開発事業法人等の課税の特例（第六十一条） |
第四節 |
認定農業生産法人等の課税の特例（第六十一条の二・第六十一条の三） |
第四節の二 |
交際費等の課税の特例（第六十一条の四） |
に改める。
第二条第一項に次の一号を加える。
十六 更正請求書 国税通則法第二十三条第三項に規定する更正請求書をいう。
第二条第二項中第十六号を削り、第十七号を第十六号とし、第十八号を第十七号とし、第十九号を第十八号とし、第十九号の二を第十九号とし、同項に次の二号を加える。
三十 修正申告書 国税通則法第十九条第三項に規定する修正申告書をいう。
三十一 更正請求書 国税通則法第二十三条第三項に規定する更正請求書をいう。
第九条の四の二第二項中「（次項」を「（以下この条」に改め、同条第三項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第五項中「第三項」の下に「及び第四項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項中「前項」を「第三項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項の次に次の一項を加える。
４ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、上場証券投資信託等の償還金等の支払調書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第九条の四の二に次の一項を加える。
７ 前項に定めるもののほか、第四項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第十条第十項中「確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる試験研究費の額及び特別試験研究費の額、」を加え、「についてのその控除に関する記載があり、かつ、」を「並びに」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「金額として記載された」を「確定申告書に添付された書類に記載された試験研究費の額及び特別試験研究費の額を基礎として計算した」に改め、同条第十一項中「する年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる繰越税額控除限度超過額又は繰越中小企業者税額控除限度超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第十条の二第六項中「第四項」を「同条第四項」に改め、「する年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる平成二十二年分繰越税額控除限度超過額若しくは平成二十三年分繰越税額控除限度超過額又は平成二十二年分繰越中小企業者税額控除限度超過額若しくは平成二十三年分繰越中小企業者税額控除限度超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第十条の二の三第一項中「電気事業法」の下に「（昭和三十九年法律第百七十号）」を加え、同条第三項中「（前条第三項の規定により当該供用年の年分の総所得金額に係る所得税の額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）」を削り、同条第四項中「又は前条第三項若しくは第四項の規定によりその年分の総所得金額に係る所得税の額から控除される金額がある場合には、これらの」を「には、当該」に改め、同条第六項中「所有権移転外リース取引」の下に「（所得税法第六十七条の二第三項に規定するリース取引のうち所有権が移転しないものとして政令で定めるものをいう。以下この章において同じ。）」を加え、同条第八項中「確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となるエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額、」を加え、「についてのその控除に関する記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「金額として記載された」を「確定申告書に添付された書類に記載されたエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「当該翌年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削り、同条第十項中「第十条の二の三第三項」を「第十条の二の二第三項」に改め、同条を第十条の二の二とする。
第十条の三第八項中「確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる特定機械装置等の取得価額、」を加え、「についてのその控除に関する記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「金額として記載された」を「確定申告書に添付された書類に記載された特定機械装置等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「当該翌年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第十条の五第一項中「第十条第二項」を「（平成十一年法律第十八号）第十条第二項」に改め、同条第八項中「確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる経営革新設備等の取得価額、」を加え、「についてのその控除に関する記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「金額として記載された」を「確定申告書に添付された書類に記載された経営革新設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「当該各年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削り、同条第十項中「第十条の五第三項」を「第十条の四第三項」に改め、同条を第十条の四とする。
第十条の六第三項中「確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる基準雇用者数、」を加え、「についてのその控除に関する記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「金額として記載された」を「確定申告書に添付された書類に記載された基準雇用者数を基礎として計算した」に改め、同条第五項中「第十条の六第一項」を「第十条の五第一項」に改め、同条を第十条の五とする。
第十条の七第一項第五号を削り、同項第六号を同項第五号とし、同項第七号を削り、同項第八号中「第十条の五第三項」を「第十条の四第三項」に改め、同号を同項第六号とし、同項第九号を同項第七号とし、同条第二項中「、第十条の二の三第四項」を削り、「、第十条の四第四項又は第十条の五第四項」を「又は第十条の四第四項」に改め、同条第三項中「、第十条の二の三第五項」を削り、「、第十条の四第五項若しくは第十条の五第五項」を「若しくは第十条の四第五項」に改め、同条第四項中「する年分の確定申告書」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる所得税額超過額、」を加え、「についてのその控除に関する記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同条を第十条の六とする。
第十一条の三第一項中「平成二十四年三月三十一日までの間」を「平成二十六年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内」に改め、「事業をいう」の下に「。以下この項において同じ」を、「取得価額」の下に「（その年の指定期間内にその用に供した当該個人の営む指定集積事業ごとに区分した集積産業用資産の取得価額の合計額が当該指定集積事業ごとに政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額に当該集積産業用資産の取得価額が当該合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）」を加え、同条第二項中「第十一条第二項」を「前条第二項」に、「第十一条の三第一項本文」を「次条第一項本文」に改め、同条第三項中「第十一条第三項」を「前条第三項」に改め、同条を第十一条の二とする。
第十一条の四の見出しを「（特定農産加工品生産設備等の特別償却）」に改め、同条第三項中「前二項」を「前三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項中「規定は、」の下に「第一項の規定の適用を受ける特定農産加工品生産設備の償却費の額を計算する場合又は」を加え、「第十一条の四第一項本文」を「第十一条の三第一項本文又は第二項本文」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項中「限る」を「限り、前項の規定の適用を受けるものを除く」に改め、同項を同条第二項とし、同条に第一項として次の一項を加える。
青色申告書を提出する個人で特定農産加工業経営改善臨時措置法（平成元年法律第六十五号）第二条第二項に規定する特定農産加工業者に該当するもの（第十条第四項に規定する中小企業者に該当する個人に限る。）のうち同法第三条第一項に規定する経営改善措置に関する計画（以下この項において「経営改善計画」という。）について同条第一項の承認を受けたものが、平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に、当該承認に係る経営改善計画（同法第四条第一項の規定による変更の承認があつたときは、その変更後のもの）に記載された機械及び装置（同法第二条第二項に規定する特定農産加工業（以下この項において「特定農産加工業」という。）に属する事業において同条第一項に規定する農産加工品を生産する設備で政令で定める規模のものに限る。以下この項及び第三項において「特定農産加工品生産設備」という。）でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は特定農産加工品生産設備を製作して、これを当該個人の特定農産加工業に属する事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該特定農産加工品生産設備をその事業の用に供した場合を除く。）には、その事業の用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該特定農産加工品生産設備の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該特定農産加工品生産設備について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額の百分の三十に相当する金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該特定農産加工品生産設備の償却費として同項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
第十九条第一号中「第十条の五」を「第十条の四」に改める。
第二十条の三第五項中「第二十条第五項」を「前条第五項」に改め、同条第六項中「第二十条第六項」を「前条第六項」に改め、同条を第二十条の二とし、同条に見出しとして「（特定災害防止準備金）」を付する。
第二十条の四の見出しを「（特定船舶に係る特別修繕準備金）」に改め、同条第一項中「次の各号に掲げる固定資産（非居住者の事業の用に供する第二号から第四号までに掲げる固定資産については、当該非居住者の国内において行う事業の用に供するものに限る。）について行う修繕（次の各号に掲げる固定資産の区分に応じ当該各号に定める修繕に限る。」を「船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第五条第一項第一号の規定による定期検査（以下この項において「定期検査」という。）を受けなければならない船舶（総トン数が五トン未満のものを除く。以下この条において「特定船舶」という。）について行う定期検査を受けるための修繕（」に、「当該固定資産」を「当該特定船舶」に改め、同項各号を削り、同条第二項第一号中「固定資産」を「特定船舶」に改め、同項第二号中「その事業の用に供する同項第一号に掲げる船舶（以下この号において「特定船舶」という。）」を「同項の特定船舶」に改め、同項第三号中「又は築造」を削り、「固定資産」を「特定船舶」に、「他の資産」を「他の船舶」に改め、同条第三項中「固定資産」を「特定船舶」に、「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第四項及び第五項第一号から第三号までの規定中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条を第二十条の三とする。
第二十二条第一項中「鉱業法」の下に「（昭和二十五年法律第二百八十九号）」を加える。
第二十九条の二第五項及び第六項中「第八項」を「以下この条」に改め、同条第八項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第十項中「第八項」の下に「及び第九項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第九項中「前項」を「第八項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第十項とし、同条第八項の次に次の一項を加える。
９ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、特定新株予約権等の付与に関する調書又は特定株式等の異動状況に関する調書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第二十九条の二に次の一項を加える。
１２ 前項に定めるもののほか、第九項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二十九条の三第四項及び第五項中「第七項」を「以下この条」に改め、同条第七項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第九項中「第七項」の下に「及び第八項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第十項とし、同条第八項中「前項」を「第七項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第九項とし、同条第七項の次に次の一項を加える。
８ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、特定外国新株予約権の付与に関する調書又は特定外国株式の異動状況に関する調書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第二十九条の三に次の一項を加える。
１１ 前項に定めるもののほか、第八項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十七条の十一の三第十一項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第十三項中「第十一項」の下に「及び第十二項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第十四項とし、同条第十二項中「前項」を「第十一項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第十三項とし、同条第十一項の次に次の一項を加える。
１２ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第七項の報告書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第三十七条の十一の三に次の一項を加える。
１５ 前項に定めるもののほか、第十二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十七条の十四第十七項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第十九項中「第十七項」の下に「及び第十八項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第二十項とし、同条第十八項中「前項」を「第十七項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第十九項とし、同条第十七項の次に次の一項を加える。
１８ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第十五項の報告書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第三十七条の十四に次の一項を加える。
２１ 前項に定めるもののほか、第十八項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十九条第四項中「第三十二条」を「第三十二条第一項」に、「同項」を「第一項」に改める。
第四十条の四第一項及び第四十条の七第一項中「第二条第二項第十九号」を「第二条第二項第十八号」に改める。
第四十一条の十二第二十一項中「第二十三項及び第二十四項」を「以下この条」に改め、同条第二十二項中「次項及び第二十四項」を「以下この条」に改め、同条第二十四項中「又はその者」を「その者」に、「検査する」を「検査し、又は当該物件（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第二十六項中「第二十四項」の下に「及び第二十五項」を加え、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第二十七項とし、同条第二十五項中「前項」を「第二十四項」に、「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第二十六項とし、同条第二十四項の次に次の一項を加える。
２５ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、特定振替国債等の譲渡対価の支払調書又は特定振替国債等の償還金等の支払調書の提出に関する調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる。
第四十一条の十二に次の一項を加える。
２８ 前項に定めるもののほか、第二十五項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の二の二第三項中「第九条の四の二第三項から第五項まで、第二十九条の二第八項から第十項まで、第二十九条の三第七項から第九項まで、第三十七条の十一の三第十一項から第十三項まで、第三十七条の十四第十七項から第十九項まで、第四十一条の十二第二十四項から第二十六項まで」を「第九条の四の二第三項から第七項まで、第二十九条の二第八項から第十二項まで、第二十九条の三第七項から第十一項まで、第三十七条の十一の三第十一項から第十五項まで、第三十七条の十四第十七項から第二十一項まで、第四十一条の十二第二十四項から第二十八項まで」に改める。
第四十二条の三第四項第六号中「検査に関し偽りの記載又は記録をした帳簿書類を提示した」を「物件の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類その他の物件（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出した」に改める。
第四十二条の三の二第一項中「平成二十一年四月一日から平成二十四年三月三十一日までの間に終了する」を「平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する」に改め、同項の表中「百分の二十二」を「百分の十九」に、「百分の十八」を「百分の十五」に改め、同条第二項中「平成二十一年四月一日から平成二十四年三月三十一日までの間に終了する」を「平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する」に、「百分の二十二」を「百分の十九」に、「百分の二十六」を「百分の二十二」に、「百分の十八」を「百分の十五」に改める。
第四十二条の四第一項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第十一項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第十四項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる試験研究費の額及び特別試験研究費の額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「並びに」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された試験研究費の額及び特別試験研究費の額を基礎として計算した」に改め、同条第十五項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる繰越税額控除限度超過額又は繰越中小企業者等税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の四の二第十項中「又は第六項」を「又は同条第六項」に改め、「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる平成二十一年度分繰越税額控除限度超過額若しくは平成二十二年度分繰越税額控除限度超過額又は平成二十一年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額若しくは平成二十二年度分繰越中小企業者等税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の五の二第一項中「の償却限度額」を「に係る償却費として損金の額に算入する金額の限度額（以下この節において「償却限度額」という。）」に改め、「普通償却限度額」の下に「（同条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいう。以下この節において同じ。）」を加え、同条第二項中「、前条第二項、第三項及び第五項」、「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」及び「（前条第二項の規定により当該供用年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）」を削り、同条第三項中「又は前条第二項若しくは第三項の規定により当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、これらの」を「には、当該」に改め、同条第四項中「第六十八条の十の二第二項」を「第六十八条の十第二項」に改め、同条第五項中「第六十八条の十の二第二項」を「第六十八条の十第二項」に、「第四十二条の四の二第七項」を「前条第七項」に改め、「、前条第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第六項中「所有権移転外リース取引」の下に「（法人税法第六十四条の二第三項に規定するリース取引のうち所有権が移転しないものとして政令で定めるものをいう。以下この章において同じ。）」を加え、同条第八項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となるエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載されたエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「第六十八条の十の二第二項」を「第六十八条の十第二項」に、「第六十八条の十の二第三項」を「第六十八条の十第三項」に改め、「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削り、同条第十項中「第四十二条の五の二第二項」を「第四十二条の五第二項」に改め、同条第十一項中「第四十二条の五の二第五項」を「第四十二条の五第五項」に改め、同条を第四十二条の五とする。
第四十二条の六第二項中「、第四十二条の五第二項、第三項及び第五項」及び「、次条第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第四十二条の五第五項」及び「、次条第七項」を削り、同条第八項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる特定機械装置等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された特定機械装置等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の七及び第四十二条の八を次のように改める。
第四十二条の九第一項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第四項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第五項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる工業用機械等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された工業用機械等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第六項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の十第二項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第八項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる経営革新設備等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された経営革新設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の十一第二項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第八項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる特定機械装置等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された特定機械装置等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第九項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第四十二条の十二第一項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第四項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる基準雇用者数、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「確定申告書等に添付された書類に記載された基準雇用者数を基礎として計算した」に改める。
第四十二条の十三第一項中「、第四十二条の五の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第四十二条の七第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同項第五号を削り、同項第六号を同項第五号とし、同項第七号を削り、同項第八号を同項第六号とし、同項第九号から第十一号までを二号ずつ繰り上げ、同条第二項中「、第四十二条の五の二第三項」及び「、第四十二条の七第三項」を削り、同条第三項中「、第四十二条の五の二第四項」及び「、第四十二条の七第四項」を削り、同条第五項中「確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる法人税額超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改める。
第四十四条第一項中「平成二十四年三月三十一日までの間」を「平成二十六年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内」に改め、「事業をいう」の下に「。以下この項において同じ」を、「取得価額」の下に「（当該事業年度の指定期間内にその用に供した当該法人の営む指定集積事業ごとに区分した集積産業用資産の取得価額の合計額が当該指定集積事業ごとに政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額に当該集積産業用資産の取得価額が当該合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）」を加える。
第四十四条の三第一項中「生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律」の下に「（昭和三十二年法律第百六十四号）」を加える。
第四十四条の四の見出しを「（特定農産加工品生産設備等の特別償却）」に改め、同条第二項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項中「限る」を「限り、前項の規定の適用を受けるものを除く」に改め、同項を同条第二項とし、同条に第一項として次の一項を加える。
青色申告書を提出する法人で特定農産加工業経営改善臨時措置法第二条第二項に規定する特定農産加工業者に該当するもの（第四十二条の四第六項に規定する中小企業者又は農業協同組合等に限る。）のうち同法第三条第一項に規定する経営改善措置に関する計画（以下この項において「経営改善計画」という。）について同条第一項の承認を受けたものが、平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に、当該承認に係る経営改善計画（同法第四条第一項の規定による変更の承認があつたときは、その変更後のもの）に記載された機械及び装置（同法第二条第二項に規定する特定農産加工業（以下この項において「特定農産加工業」という。）に属する事業において同条第一項に規定する農産加工品を生産する設備で政令で定める規模のものに限る。以下この項において「特定農産加工品生産設備」という。）でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は特定農産加工品生産設備を製作して、これを当該法人の特定農産加工業に属する事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該特定農産加工品生産設備をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む事業年度の当該特定農産加工品生産設備の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該特定農産加工品生産設備の普通償却限度額と特別償却限度額（当該特定農産加工品生産設備の取得価額の百分の三十に相当する金額をいう。）との合計額とする。
第五十二条の二第一項中「、第四十二条の五の二第一項」及び「、第四十二条の七第一項」を削り、「若しくは第四十三条から」を「、第四十三条から第四十四条まで若しくは第四十四条の三から」に改める。
第五十三条第一項第二号中「第四十二条の五から第四十二条の七まで」を「第四十二条の五、第四十二条の六」に、「又は第四十三条から」を「、第四十三条から第四十四条まで又は第四十四条の三から」に改める。
第五十五条の七第六項中「第五十五条の五第六項」を「前条第六項」に改め、同条を第五十五条の六とし、同条に見出しとして「（特定災害防止準備金）」を付する。
第五十七条の八の見出しを「（特定船舶に係る特別修繕準備金）」に改め、同条第一項中「次の各号に掲げる固定資産（外国法人の事業の用に供する第二号から第四号までに掲げる固定資産にあつては当該外国法人の国内において行う事業の用に供するものに限るものとし、」を「船舶安全法第五条第一項第一号の規定による定期検査（以下この項において「定期検査」という。）を受けなければならない船舶（総トン数が五トン未満のもの及び」に、「除く。）について行う修繕（次の各号に掲げる固定資産の区分に応じ当該各号に定める修繕に限る。」を「除く。以下この条において「特定船舶」という。）について行う定期検査を受けるための修繕（」に、「当該固定資産」を「当該特定船舶」に改め、同項各号を削り、同条第二項第一号中「固定資産」を「特定船舶」に改め、同項第二号中「その事業の用に供する同項第一号に掲げる船舶（以下この号において「特定船舶」という。）」を「同項の特定船舶」に改め、同項第三号中「又は築造」を削り、「固定資産」を「特定船舶」に、「他の資産」を「他の船舶」に改め、同条第三項中「固定資産」を「特定船舶」に、「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第四項中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第五項中「により準備金設定資産」を「により準備金設定特定船舶」に改め、同項第一号から第三号までの規定中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第十項中「第一項の固定資産」を「特定船舶」に、「当該固定資産」を「当該特定船舶」に改め、同条第十二項中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第十三項から第十六項までの規定中「固定資産」を「特定船舶」に改める。
第五十七条の十第一項中「法人（法人税法第二条第九号に規定する普通法人のうち各事業年度終了の時において資本金の額又は出資金の額が一億円を超えるもの及び同法第六十六条第六項第二号又は第三号に掲げる法人に該当するもの並びに」を「法人で各事業年度終了の時において法人税法第五十二条第一項第一号イからハまでに掲げる法人に該当するもの（」に、「法人税法第五十二条第二項」を「同条第二項」に改め、同条第三項中「第二条第六号に規定する公益法人等又は同条第七号に規定する協同組合等」を「第五十二条第一項第一号ロに掲げる法人」に、「平成二十四年三月三十一日」を「平成二十七年三月三十一日」に、「同法第五十二条第二項」を「同条第二項」に、「百分の百十六」を「百分の百十二」に改める。
第三章第三節の五中第六十条の三を第六十一条とする。
第三章中第四節の二を第四節とし、第四節の三を第四節の二とする。
第六十二条第一項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第六項第二号中「第四十二条の五から第四十二条の七まで」を「第四十二条の五、第四十二条の六」に改め、「、第四十二条の五の二第二項」及び「、第四十二条の七第二項」を削り、同条第八項中「関して法人税法第百五十三条（同法第百五十五条において準用する場合を含む。）」を「関して、国税通則法第七十四条の二（第一項第二号に係る部分に限る。）」に、「質問又は検査」を「質問、検査又は提示若しくは提出の要求」に改める。
第六十二条の三第一項及び第八項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削り、同条第十項中「同法第二条第三十六号に規定する」を削り、同条第十一項第二号中「第四十二条の五から第四十二条の七まで」を「第四十二条の五、第四十二条の六」に改め、「、第四十二条の五の二第二項」及び「、第四十二条の七第二項」を削る。
第六十三条第一項中「、第四十二条の五の二第五項」及び「、第四十二条の七第七項」を削る。
第六十六条の四第六項中「更正（第十五項」を「更正（以下この条」に、「同条第四十号」を「同法第二条第四十号」に、「決定（第十五項」を「決定（第十七項」に改め、同条第七項中「この項、次項及び第十一項第二号」を「この条」に改め、同条第八項中「又は当該」を「当該」に、「検査する」を「検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第十九項中「第六項まで」の下に「及び第九項」を加え、同項を同条第二十二項とし、同条第十八項を同条第二十一項とし、同条第十七項を同条第十九項とし、同項の次に次の一項を加える。
２０ 第十七項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定により納付すべき法人税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「第七十条第三項」とあるのは、「租税特別措置法第六十六条の四第十七項（国外関連者との取引に係る課税の特例）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」とする。
第六十六条の四第十六項中「法定納期限」の下に「（同法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定に係るものを除く。）」を加え、同項を同条第十八項とし、同条第十五項中「賦課決定（以下この項」を「賦課決定（以下この条」に改め、「から第四項まで（同条第二項第二号及び第三号に掲げる更正（同項に規定する純損失等の金額に係るものに限る。）に係る部分を除く。）」を削り、「同条第五項及び」を「同条第三項及び第四項並びに」に、「同法第七十条第五項中「前各項」を「同法第七十条第三項中「前二項の規定により」とあるのは「前二項及び租税特別措置法第六十六条の四第十七項（国外関連者との取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同法第六十六条の四第十七項」と、同条第四項中「第一項又は前項」に、「前各項及び」を「第一項、前項又は」に、「第六十六条の四第十五項（国外関連者との取引に係る課税の特例）」と、同法」を「第六十六条の四第十七項」と、同法」に、「前条及び租税特別措置法第六十六条の四第十五項」を「前条及び租税特別措置法第六十六条の四第十七項」に改め、同項を同条第十七項とし、同条第十四項を同条第十五項とし、同項の次に次の一項を加える。
１６ 法人が当該法人に係る国外関連者との間で行つた取引につき第一項の規定の適用があつた場合において、同項の規定の適用に関し国税通則法第二十三条第一項第一号又は第三号に掲げる事由が生じたときの同項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「六年」とする。
第六十六条の四第十三項を同条第十四項とし、同条第十二項を同条第十三項とし、同条第十一項第二号を次のように改める。
二 第八項の規定による帳簿書類の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出した者
第六十六条の四第十一項を同条第十二項とし、同条第十項中「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第九項中「前項」を「前二項」に、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第十項とし、同条第八項の次に次の一項を加える。
９ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人の国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。
第六十六条の四の二第一項中「前条第十五項第一号」を「前条第十七項第一号」に改める。
第六十七条の二第一項中「百分の二十二」を「百分の十九」に改める。
第六十七条の十四第二項の表第二十三条の二第一項の項の次に次のように加える。
第五十二条第一項第一号イ |
普通法人 |
普通法人（特定目的会社を除く。） |
第五十七条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十七条の十四第一項第一号（特定目的会社に係る課税の特例）に掲げる要件を満たす特定目的会社にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十七条第十一項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定目的会社を除く。） |
第五十八条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十七条の十四第一項第一号（特定目的会社に係る課税の特例）に掲げる要件を満たす特定目的会社にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十八条第六項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定目的会社を除く。） |
第六十七条の十五第三項の表第二十三条の二第一項の項の次に次のように加える。
第五十二条第一項第一号イ |
普通法人 |
普通法人（投資法人を除く。） |
第五十七条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十七条の十五第一項第一号（投資法人に係る課税の特例）に掲げる要件を満たす投資法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十七条第十一項第一号 |
普通法人 |
普通法人（投資法人を除く。） |
第五十八条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十七条の十五第一項第一号（投資法人に係る課税の特例）に掲げる要件を満たす投資法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十八条第六項第一号 |
普通法人 |
普通法人（投資法人を除く。） |
第六十七条の十六第二項中「第二条第二項第十九号」を「第二条第二項第十八号」に改める。
第六十八条第一項中「すべて」を「全て」に、「百分の二十二」を「百分の十九」に、「百分の二十六」を「百分の二十二」に改める。
第六十八条の三の二第一項各号中「すべて」を「全て」に改め、同条第二項中「にそれぞれ読み替えるもの」を削り、同項の表第二十三条第一項の項中「掲げる特定目的信託」の下に「（以下「特定目的信託」という。）」を加え、「次条第一項及び第六十九条第一項において「特定目的信託に係る受託法人」」を「以下「受託法人」」に改め、同表第二十三条の二第一項の項の次に次のように加える。
第五十七条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十八条の三の二第一項第一号（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）に掲げる要件を満たす特定目的信託に係る受託法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十七条第十一項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定目的信託に係る受託法人を除く。） |
第五十八条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十八条の三の二第一項第一号（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）に掲げる要件を満たす特定目的信託に係る受託法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十八条第六項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定目的信託に係る受託法人を除く。） |
第六十八条の三の三第一項各号中「すべて」を「全て」に改め、同条第二項中「にそれぞれ読み替えるもの」を削り、同項の表第二十三条第一項の項中「第六十八条の三の三第一項」を「第六十八条の三の三第一項第一号ロ及びハ」に、「規定する特定投資信託（同項第一号ロ又はハに掲げる要件を満たすものに限る。）」を「掲げる要件を満たす特定投資信託（同項に規定する特定投資信託をいう。以下同じ。）」に改め、「規定する受託法人」の下に「（以下「受託法人」という。）」を加え、同表第二十三条の二第一項の項中「租税特別措置法第六十八条の三の三第一項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する」、「第四条の七（受託法人等に関するこの法律の適用）に規定する」及び「（第六十九条第一項において「特定投資信託に係る受託法人」という。）」を削り、同項の次に次のように加える。
第五十七条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十八条の三の三第一項第一号（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に掲げる要件を満たす特定投資信託に係る受託法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十七条第十一項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定投資信託に係る受託法人を除く。） |
第五十八条第一項ただし書 |
所得の金額の百分の八十 |
所得の金額の百分の八十（租税特別措置法第六十八条の三の三第一項第一号（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に掲げる要件を満たす特定投資信託に係る受託法人にあつては、当該所得の金額の百分の百） |
第五十八条第六項第一号 |
普通法人 |
普通法人（特定投資信託に係る受託法人を除く。） |
第六十八条の三の四第二項中「、第四十二条の五の二第三項」及び「、第四十二条の七第三項」を削る。
第六十八条の八第一項中「平成二十一年四月一日から平成二十四年三月三十一日までの間に終了する」を「平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する」に改め、同項の表の第一号中「百分の二十二」を「百分の十九」に、「百分の十八」を「百分の十五」に改め、同表の第二号及び第三号中「百分の二十三」を「百分の二十」に、「百分の十九」を「百分の十六」に改め、同条第二項中「平成二十一年四月一日から平成二十四年三月三十一日までの間に終了する」を「平成二十四年四月一日から平成二十七年三月三十一日までの間に開始する」に、「百分の二十三」を「百分の二十」に、「百分の二十六」を「百分の二十二」に、「百分の十九」を「百分の十六」に改める。
第六十八条の九第一項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第十一項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第十四項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる試験研究費の額及び特別試験研究費の額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「並びに」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された試験研究費の額及び特別試験研究費の額を基礎として計算した」に改め、同条第十五項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる連結繰越税額控除限度超過額又は繰越中小連結法人税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の九の二第十項中「又は第六項」を「又は同条第六項」に改め、「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる平成二十一年度分連結繰越税額控除限度超過額若しくは平成二十二年度分連結繰越税額控除限度超過額又は平成二十一年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額若しくは平成二十二年度分繰越中小連結法人税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の十の二第一項中「の償却限度額」を「に係る償却費として損金の額に算入する金額の限度額（以下この節において「償却限度額」という。）」に改め、「普通償却限度額」の下に「（同法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項に規定する償却限度額又は同条第二項に規定する償却限度額に相当する金額をいう。以下この節において同じ。）」を加え、同条第二項中「、前条第二項、第三項及び第五項」、「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」、「（前条第二項の規定により当該供用年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）」及び「（前条第二項の規定により当該供用年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額のうち当該中小連結親法人又はその中小連結子法人に帰せられる金額がある場合には、当該金額を控除した残額）」を削り、同条第三項中「又は前条第二項若しくは第三項の規定により当該連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額がある場合には、これらの」を「には、当該」に、「前項の規定により当該連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額のうち当該連結親法人若しくはその連結子法人に帰せられる金額がある場合又は同条第二項若しくは第三項の規定により当該連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額のうち当該連結親法人若しくはその連結子法人に帰せられる金額がある場合には、これらの」を「同項の規定により当該連結事業年度の連結所得に対する調整前連結税額から控除される金額のうち当該連結親法人又はその連結子法人に帰せられる金額がある場合には、当該」に改め、同条第四項中「第四十二条の五の二第二項」を「第四十二条の五第二項」に改め、同条第五項中「第六十八条の九の二第七項」を「前条第七項」に改め、「、前条第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第九項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となるエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載されたエネルギー環境負荷低減推進設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第十項中「第四十二条の五の二第二項」を「第四十二条の五第二項」に、「第四十二条の五の二第三項」を「第四十二条の五第三項」に改め、「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削り、同条第十一項中「第六十八条の十の二第二項」を「第六十八条の十第二項」に改め、同条第十二項中「第六十八条の十の二第五項」を「第六十八条の十第五項」に改め、同条を第六十八条の十とする。
第六十八条の十一第二項中「、第六十八条の十第二項、第三項及び第五項」及び「、次条第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第六十八条の十第五項」及び「、次条第七項」を削り、同条第九項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる特定機械装置等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された特定機械装置等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第十項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の十三第一項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、前条第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第四項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、前条第七項」を削り、同条第六項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる工業用機械等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された工業用機械等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第七項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の十四第二項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第九項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる経営革新設備等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された経営革新設備等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第十項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の十五第二項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第五項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第九項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる特定機械装置等の取得価額、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された特定機械装置等の取得価額を基礎として計算した」に改め、同条第十項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる同項に規定する繰越税額控除限度超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改め、同項後段を削る。
第六十八条の十五の二第一項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同条第四項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる基準雇用者数、」を加え、「の申告の記載があり、かつ、」を「及び」に、「明細書」を「明細を記載した書類」に、「申告に係るその控除を受けるべき」を「連結確定申告書等に添付された書類に記載された基準雇用者数を基礎として計算した」に改める。
第六十八条の十五の三第一項中「、第六十八条の十の二第二項、第三項及び第五項」及び「、第六十八条の十二第二項、第三項、第五項及び第七項」を削り、同項第五号を削り、同項第六号を同項第五号とし、同項第七号を削り、同項第八号を同項第六号とし、同項第九号から第十一号までを二号ずつ繰り上げ、同条第二項中「、第六十八条の十の二第三項」及び「、第六十八条の十二第三項」を削り、同条第三項中「、第六十八条の十の二第四項」及び「、第六十八条の十二第四項」を削り、同条第五項中「連結確定申告書等」の下に「、修正申告書又は更正請求書」を、「規定による」の下に「控除の対象となる調整前連結税額超過額、」を加え、「の申告の記載」を削り、「関する明細書」を「関する明細を記載した書類」に改める。
第六十八条の二十第一項中「平成二十四年三月三十一日までの間」を「平成二十六年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内」に改め、「事業をいう」の下に「。以下この項において同じ」を、「取得価額」の下に「（当該連結事業年度の指定期間内にその用に供した当該連結親法人又はその連結子法人の営む指定集積事業ごとに区分した集積産業用資産の取得価額の合計額が当該指定集積事業ごとに政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額に当該集積産業用資産の取得価額が当該合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）」を加える。
第六十八条の二十一から第六十八条の二十三までを次のように改める。
第六十八条の二十一から第六十八条の二十三まで 削除
第六十八条の二十五の見出しを「（特定農産加工品生産設備等の特別償却）」に改め、同条第二項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項中「限る」を「限り、前項の規定の適用を受けるものを除く」に改め、同項を同条第二項とし、同条に第一項として次の一項を加える。
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、特定農産加工業経営改善臨時措置法第二条第二項に規定する特定農産加工業者に該当するもの（第六十八条の九第六項に規定する中小連結法人又は連結親法人である同項に規定する農業協同組合等に限る。）のうち同法第三条第一項に規定する経営改善措置に関する計画（以下この項において「経営改善計画」という。）について同条第一項の承認を受けたものが、平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に、当該承認に係る経営改善計画（同法第四条第一項の規定による変更の承認があつたときは、その変更後のもの）に記載された機械及び装置（同法第二条第二項に規定する特定農産加工業（以下この項において「特定農産加工業」という。）に属する事業において同条第一項に規定する農産加工品を生産する設備で政令で定める規模のものに限る。以下この項において「特定農産加工品生産設備」という。）でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は特定農産加工品生産設備を製作して、これを当該連結親法人又はその連結子法人の特定農産加工業に属する事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該特定農産加工品生産設備をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む連結事業年度の当該特定農産加工品生産設備の償却限度額は、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該特定農産加工品生産設備の普通償却限度額と特別償却限度額（当該特定農産加工品生産設備の取得価額の百分の三十に相当する金額をいう。）との合計額とする。
第六十八条の四十第一項中「、第六十八条の十の二第一項」、「、第六十八条の十二第一項」及び「、第六十八条の二十一」を削る。
第六十八条の四十二第一項第二号中「第六十八条の十から第六十八条の十二まで」を「第六十八条の十、第六十八条の十一」に改め、「、第六十八条の二十一」を削る。
第六十八条の四十五の前の見出しを削り、同条を次のように改める。
第六十八条の四十六に見出しとして「（特定災害防止準備金）」を付し、同条第一項から第三項まで及び第八項から第十項までの規定中「第五十五条の七第一項」を「第五十五条の六第一項」に改める。
第六十八条の五十八の見出しを「（特定船舶に係る特別修繕準備金）」に改め、同条第一項中「次の各号に掲げる固定資産（」を「船舶安全法第五条第一項第一号の規定による定期検査（以下この項において「定期検査」という。）を受けなければならない船舶（総トン数が五トン未満のもの及び」に、「除く。）について行う修繕（次の各号に掲げる固定資産の区分に応じ当該各号に定める修繕に限る。」を「除く。以下この条において「特定船舶」という。）について行う定期検査を受けるための修繕（」に、「当該固定資産」を「当該特定船舶」に改め、同項各号を削り、同条第二項第一号中「固定資産」を「特定船舶」に改め、同項第二号中「その事業の用に供する同項第一号に掲げる船舶（以下この号において「特定船舶」という。）」を「同項の特定船舶」に改め、同項第三号中「又は築造」を削り、「固定資産」を「特定船舶」に、「他の資産」を「他の船舶」に改め、同条第三項中「固定資産」を「特定船舶」に、「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第四項中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第五項中「により準備金設定資産」を「により準備金設定特定船舶」に改め、同項第一号から第三号までの規定中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第九項中「第一項の固定資産」を「特定船舶」に、「当該固定資産」を「当該特定船舶」に改め、同条第十一項中「準備金設定資産」を「準備金設定特定船舶」に改め、同条第十二項から第十五項までの規定中「固定資産」を「特定船舶」に改める。
第六十八条の五十九第一項中「連結親法人（法人税法第二条第九号に規定する普通法人である連結親法人のうち各連結事業年度終了の時において資本金の額又は出資金の額が一億円を超えるもの及び同法第六十六条第六項第二号又は第三号に掲げる法人に該当するもの並びに」を「連結親法人で各連結事業年度終了の時において法人税法第五十二条第一項第一号イからハまでに掲げる法人に該当するもの（」に改め、同条第三項中「第二条第七号に規定する」を「第五十二条第一項第一号ロに掲げる」に、「平成二十四年三月三十一日」を「平成二十七年三月三十一日」に、「百分の百十六」を「百分の百十二」に改める。
第六十八条の六十三の三第四項中「第六十条の三第一項」を「第六十一条第一項」に改める。
第六十八条の六十七第一項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第五項第二号中「及び第六十八条の十から第六十八条の十五の三まで」を「、第六十八条の十、第六十八条の十一及び第六十八条の十三から第六十八条の十五の三まで」に改め、「、第六十八条の十の二第二項」及び「、第六十八条の十二第二項」を削り、同条第七項中「関して法人税法第百五十三条（同法第百五十五条において準用する場合を含む。）」を「関して、国税通則法第七十四条の二（第一項第二号に係る部分に限る。）」に、「質問又は検査」を「質問、検査又は提示若しくは提出の要求」に改める。
第六十八条の六十八第一項及び第八項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削り、同条第十項中「同法第二条第三十六号に規定する」を削り、同条第十一項第二号中「及び第六十八条の十から第六十八条の十五の三まで」を「、第六十八条の十、第六十八条の十一及び第六十八条の十三から第六十八条の十五の三まで」に改め、「、第六十八条の十の二第二項」及び「、第六十八条の十二第二項」を削る。
第六十八条の六十九第一項中「、第六十八条の十の二第五項」及び「、第六十八条の十二第七項」を削る。
第六十八条の八十八第六項中「更正（第十六項」を「更正（以下この条」に、「同条第四十号」を「同法第二条第四十号」に、「決定（第十六項」を「決定（第十八項」に改め、同条第七項中「この項、次項及び第十一項第二号」を「この条」に改め、同条第八項中「又は当該」を「当該」に、「検査する」を「検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求める」に改め、同条第二十項中「第六項まで」の下に「及び第九項」を加え、同項を同条第二十三項とし、同条第十九項を同条第二十二項とし、同条第十八項を同条第二十項とし、同項の次に次の一項を加える。
２１ 第十八項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定により納付すべき法人税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「第七十条第三項」とあるのは、「租税特別措置法第六十八条の八十八第十八項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」とする。
第六十八条の八十八第十七項中「法定納期限」の下に「（同法第七十条第三項の規定による更正又は賦課決定に係るものを除く。）」を加え、同項を同条第十九項とし、同条第十六項中「賦課決定（以下この項」を「賦課決定（以下この条」に改め、「から第四項まで（同条第二項第二号及び第三号に掲げる更正（同項に規定する純損失等の金額に係るものに限る。）に係る部分を除く。）」を削り、「同条第五項及び」を「同条第三項及び第四項並びに」に、「同法第七十条第五項中「前各項」を「同法第七十条第三項中「前二項の規定により」とあるのは「前二項及び租税特別措置法第六十八条の八十八第十八項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同法第六十八条の八十八第十八項」と、同条第四項中「第一項又は前項」に、「前各項及び」を「第一項、前項又は」に、「第六十八条の八十八第十六項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例）」と、同法」を「第六十八条の八十八第十八項」と、同法」に、「前条及び租税特別措置法第六十八条の八十八第十六項」を「前条及び租税特別措置法第六十八条の八十八第十八項」に改め、同項を同条第十八項とし、同条第十五項を同条第十六項とし、同項の次に次の一項を加える。
１７ 連結法人が当該連結法人に係る国外関連者との間で行つた取引につき第一項の規定の適用があつた場合において、同項の規定の適用に関し国税通則法第二十三条第一項第一号又は第三号に掲げる事由が生じたときの同項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「六年」とする。
第六十八条の八十八第十四項を同条第十五項とし、同条第十三項を同条第十四項とし、同条第十二項を同条第十三項とし、同条第十一項第二号を次のように改める。
二 第八項の規定による帳簿書類の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出した者
第六十八条の八十八第十一項を同条第十二項とし、同条第十項中「又は検査」を「、検査又は提示若しくは提出の要求」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第九項中「前項」を「前二項」に、「質問又は検査」を「当該職員」に改め、同項を同条第十項とし、同条第八項の次に次の一項を加える。
９ 国税庁の当該職員、連結親法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員又は連結子法人の本店若しくは主たる事務所の所在地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、連結法人の国外関連取引に係る第一項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。
第六十八条の八十八の二第一項中「前条第十六項第一号」を「前条第十八項第一号」に改める。
第六十八条の百第一項中「百分の二十三」を「百分の二十」に改める。
第六十八条の百八第一項中「すべて」を「全て」に、「百分の二十三」を「百分の二十」に、「百分の二十六」を「百分の二十二」に改める。
第六十九条の四第一項及び第二項各号中「すべて」を「全て」に改め、同条第五項中「第三十二条」を「第三十二条第一項」に改める。
第六十九条の五第一項中「すべて」を「全て」に改め、同条第六項中「第三十二条」を「第三十二条第一項」に改める。
第七十条の二第六項第五号中「及び第二項」を「及び第三項」に、「同条第三項」を「同条第四項」に改める。
第七十条の三第六項第四号中「及び第二項」を「及び第三項」に、「同条第三項」を「同条第四項」に改める。
第八十条第一項中「第六条第二項」を「（平成十一年法律第百三十一号）第六条第二項」に、「の施行」を「（平成二十一年法律第二十九号）の施行」に改める。
第八十七条の八第四項中「、第四十八条（第一号を除く。）並びに第五十三条第一項」を「及び第四十八条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の四第一項」に、「第九項及び第十項」を「第七十四条の八から第七十四条の十一まで及び第七十四条の十三」に、「同法第四十六条」を「酒税法第四十六条」に、「同法第五十三条第一項中「酒類製造者、酒母若しくはもろみの製造者、酒類の販売業者又は特例輸入者」とあるのは「租税特別措置法第八十七条の八第一項」を「国税通則法第七十四条の四第一項中「酒類製造者（酒税法（昭和二十八年法律第六号）第七条第一項（酒類の製造免許）に規定する酒類製造者をいう。以下この条において同じ。）、酒母（同法第三条第二十四号（その他の用語の定義）に規定する酒母をいう。以下この条において同じ。）若しくはもろみ（同法第三条第二十五号に規定するもろみをいう。以下この条において同じ。）の製造者、酒類（同法第二条第一項（酒類の定義及び種類）に規定する酒類をいう。以下この条において同じ。）の販売業者又は特例輸入者（同法第三十条の六第三項（納期限の延長）に規定する特例輸入者をいう。第四号において同じ。）」とあるのは「租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十七条の八第一項」に改め、同条第五項中「、第四十七条第一項及び第五十三条第一項」を「及び第四十七条第一項並びに国税通則法第七十四条の四第一項」に、「同法第四十八条」を「酒税法第四十八条」に、「同法第五十八条第一項第九号、第十号」を「酒税法第五十八条第一項第九号及び第十号」に、「及び第十三号（同法第五十三条第一項に係る部分に限る。）並びに第五十九条第一項」を「並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の四第一項に係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第八十八条の六中「及び地方揮発油税法」を「、地方揮発油税法及び国税通則法」に改める。
第八十八条の七第九項中「、第二十五条第二号及び第二十六条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項を除く。）」を「及び第二十五条第二号並びに国税通則法第七十四条の五第二号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に、「揮発油税法第二十六条第一項第三号及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第三号」を「同法第七十四条の五第二号ハ」に、「同法第二十六条第一項第一号中「揮発油」を「国税通則法第七十四条の五第二号イ中「揮発油（同法第二条第一項（定義）に規定する揮発油（同法第六条（揮発油等とみなす場合）の規定により揮発油とみなされる物を含む。）」に、「租税特別措置法第八十八条の七第一項各号に掲げる物品」と、同項第三号中「第一号に規定する者」とあるのは「バイオエタノール等揮発油の製造者又は第一号に規定する者」と、「揮発油又は前号に規定する揮発油」とあるのは「租税特別措置法第八十八条の七第一項各号に掲げる物品」と、同条第二項中「揮発油の」とあるのは「租税特別措置法第八十八条の七第一項各号に掲げる物品の」と、地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号中「揮発油の製造者若しくは販売業者、揮発油税法第十三条第三項に規定する特例輸入者又は同法第十六条の三第一項若しくは第十六条の四第一項に規定する揮発油をこれらの規定に規定する場所に移入した者」とあるのは「バイオエタノールをバイオエタノール等揮発油の製造者に譲渡する者又は証明済バイオエタノール等（租税特別措置法第八十八条の七第一項第二号に掲げる物品に係るものに限る。）の製造者、輸入者若しくは販売業者」と、「揮発油、」とあるのは「同項各号に掲げる物品、」と、同項第三号中「第一号に規定する者」とあるのは「バイオエタノール等揮発油の製造者又は第一号に規定する者」と、「揮発油又は前号に規定する揮発油」とあるのは「租税特別措置法第八十八条の七第一項各号に掲げる物品」と、同条第二項中「揮発油の製造者若しくは販売業者、揮発油税法第十三条第三項に規定する特例輸入者又は同法第十六条の三第一項若しくは第十六条の四第一項に規定する揮発油をこれらの規定に規定する場所に移入した者」とあるのは「バイオエタノールをバイオエタノール等揮発油の製造者に譲渡する者又は証明済バイオエタノール等（租税特別措置法第八十八条の七第一項第二号に掲げる物品に係るものに限る。）の製造者、輸入者若しくは販売業者」と、「揮発油の製造又は」とあるのは「同項各号に掲げる物品の製造又は」を「物品（租税特別措置法第八十八条の七第一項各号に掲げる物品」と、同号ハ中「イに規定する者」とあるのは「バイオエタノール等揮発油の製造者又はイに規定する者」と、「揮発油又はロに規定する揮発油」とあるのは「物品」と、同法第七十四条の十二第三項中「揮発油の」とあるのは「物品の」に改め、同条第十項中「第二十六条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項項を除く。）の規定が準用される前項」を「国税通則法第七十四条の五第二号（ロ及びニを除く。）の規定が準用される同項」に改め、「及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第六号及び第七号（同法第二十六条第一項第二号に係る部分を除く。）並びに」を「同法第二十八条第六号及び」に、「地方揮発油税法第十六条（同法第十四条の二第一項第二号に係る部分を除く。）及び第十七条第一項」を「国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に、「揮発油税法第二十六条第一項第三号及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第三号の規定が準用される前項」を「同法第七十四条の五第二号ハの規定が準用される同項」に、「揮発油税法第二十六条第一項第三号及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第三号に」を「同号ハに」に、「揮発油税法第二十八条第七号（同法第二十六条第一項第三号に係る部分に限る。）及び第二十九条第一項並びに地方揮発油税法第十六条（同法第十四条の二第一項第三号に係る部分に限る。）及び第十七条第一項」を「同法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第八十九条第十五項の表揮発油税法第十七条第一項の項及び揮発油税法第十七条第二項の項中「行なわれている」を「行われている」に改める。
第八十九条の二第四項中「第二十六条の二」を「第二十六条」に改め、「（第十四条の二の規定及びこれに係る罰則を除く。）」を削り、同条第十項中「第二十四条、第二十五条第二号及び第二十六条（第一項第四号及び第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第一項第四号及び第三項を除く。）」を「第十三条の二、第二十四条及び第二十五条第二号並びに地方揮発油税法第十四条の二並びに国税通則法第七十四条の五第二号（ニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に、「揮発油税法第二十六条第一項第四号及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第四号」を「同法第七十四条の五第二号ニ」に、「揮発油税法第二十四条中「揮発油」とあるのは「特定石油化学製品」を「揮発油税法第十三条の二中「第三条及び第十条から第十二条の二まで」とあるのは「租税特別措置法第八十九条の二第四項」と、同法第二十四条中「揮発油の」とあるのは「特定石油化学製品の」に、「同法第二十六条第一項及び第二項中「揮発油」とあるのは「特定石油化学製品」と、同条第四項中「第三条及び第十条から第十二条の二までの規定」とあるのは「租税特別措置法第八十九条の二第四項の規定」と、地方揮発油税法第十四条の二第一項及び第二項中「揮発油」とあるのは「特定石油化学製品」と、「若しくは販売業者、揮発油税法第十三条第三項に規定する特例輸入者又は同法第十六条の三第一項若しくは第十六条の四第一項に規定する揮発油をこれらの規定に規定する場所に移入した者」とあるのは「又は販売業者」と、同条第四項中「第五条第一項若しくは第二項又は第七条の規定」とあるのは「租税特別措置法第八十九条の二第四項の規定」を「地方揮発油税法第十四条の二中「第五条及び第七条」とあるのは「租税特別措置法第八十九条の二第四項」と、国税通則法第七十四条の五第二号イ中「揮発油（同法第二条第一項（定義）に規定する揮発油（同法第六条（揮発油等とみなす場合）の規定により揮発油とみなされる物を含む。）をいう。以下この号及び第七十四条の十二第三項において同じ。）」とあるのは「特定石油化学製品」と、同号ロ及びハ中「揮発油」とあるのは「特定石油化学製品」と、同法第七十四条の十二第三項中「揮発油の」とあるのは「特定石油化学製品の」に改め、同条第十一項中「第二十六条（第一項第四号及び第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第一項第四号及び第三項を除く。）の規定が準用される前項」を「国税通則法第七十四条の五第二号（ニを除く。）の規定が準用される同項」に改め、「及び地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第六号及び第七号並びに第二十九条並びに地方揮発油税法第十六条及び第十七条」を「同法第二十八条第六号及び第二十九条並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第八十九条の三第四項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に改め、同条第五項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号」に改め、「並びに地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第三号、第六号及び第七号」を「同法第二十八条第三号及び第六号」に、「地方揮発油税法第十六条及び第十七条」を「国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第八十九条の四第二項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に改め、同条第三項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号」に改め、「並びに地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第三号、第六号及び第七号」を「同法第二十八条第三号及び第六号」に、「地方揮発油税法第十六条及び第十七条」を「国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第九十条第四項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に改め、同条第五項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号」に改め、「並びに地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第三号、第六号及び第七号」を「同法第二十八条第三号及び第六号」に、「地方揮発油税法第十六条及び第十七条」を「国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第九十条の二第二項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第三項及び第七十四条の十三」に改め、同条第三項中「、第二十四条及び第二十六条（第三項を除く。）並びに地方揮発油税法第十四条の二（第三項を除く。）」を「及び第二十四条並びに国税通則法第七十四条の五第二号」に改め、「並びに地方揮発油税法第十四条の二第一項第一号」を削り、「揮発油税法第二十八条第三号、第六号及び第七号」を「同法第二十八条第三号及び第六号」に、「地方揮発油税法第十六条及び第十七条」を「国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第二号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第九十条の四の二第二項中「第二十一条、第二十二条（第一号を除く。）及び第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項を除く。）」を「第十八条の二、第二十一条及び第二十二条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第五項及び第七十四条の十三」に、「同法第二十一条」を「石油石炭税法第十八条の二中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の四の二第四項及び第五項」と、同法第二十一条」に改め、「並びに第二十三条第一項及び第二項」を削り、「同法第二十三条第一項第一号中「原油等」とあるのは「特定石炭」と、同項第三号中「原油等又は前号」を「国税通則法第七十四条の五第四号イ中「原油等（同法第四条第二項（納税義務者）に規定する原油等」とあるのは「特定石炭（租税特別措置法第九十条の四の二第一項の規定により石油石炭税の免除を受けた石炭」と、同号ハ中「原油等又はロ」に、「同条第二項中「原油、ガス状炭化水素若しくは石炭」を「同法第七十四条の十二第五項中「同法第二条第一号（定義）に規定する原油、同条第三号に規定するガス状炭化水素若しくは同条第四号に規定する石炭」に改め、「、同条第四項中「第四条及び第十三条から第十七条まで」とあるのは「租税特別措置法第九十条の四の二第四項及び第五項」と」を削り、同条第三項中「第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項を除く。）の規定が準用される前項」を「国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）の規定が準用される同項」に、「同法第二十二条」を「石油石炭税法第二十二条」に、「同法第二十一条」を「石油石炭税法第二十一条」に、「同法第二十五条（第一号から第四号まで及び第六号中同法第二十三条第一項第二号に係る部分を除く」を「同法第二十四条（第五号に係る部分に限る」に、「第二十六条第一項」を「第二十五条第一項並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第四号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第九十条の六の二第五項中「、第二十二条（第一号を除く。）及び第二十三条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項を除く。）」を「及び第二十二条（第一号を除く。）並びに国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）、第七十四条の七から第七十四条の十一まで、第七十四条の十二第五項及び第七十四条の十三」に、「同法第二十一条」を「石油石炭税法第二十一条」に改め、「（第二十三条において「石油アスファルト等」という。）」を削り、「この条及び第二十三条」を「この条」に、「同法第二十三条第一項第一号」を「国税通則法第七十四条の五第四号イ」に、「原油等」とあるのは「石油アスファルト等（その者が石油等の残留物」を「原油等（同法第四条第二項（納税義務者）に規定する原油等」とあるのは「石油アスファルト等（租税特別措置法第九十条の六の二第一項に規定する石油アスファルト等」と、「若しくは帳簿書類」とあるのは「（その者が石油等の残留物（同法第九十条の六の二第三項に規定する石油等の残留物をいう。以下この号において同じ。）」に、「含む。）」と、同項第三号中「原油等又は前号」を「含む。）若しくは帳簿書類」と、同号ハ中「原油等又はロ」に、「同条第二項中「原油、ガス状炭化水素若しくは石炭」を「同法第七十四条の十二第五項中「同法第二条第一号（定義）に規定する原油、同条第三号に規定するガス状炭化水素若しくは同条第四号に規定する石炭」に改め、同条第六項中「第二十三条（第一項第二号及び第四号、第三項並びに第四項を除く。）の規定が準用される前項」を「国税通則法第七十四条の五第四号（ロ及びニを除く。）の規定が準用される同項」に、「同法第二十二条」を「石油石炭税法第二十二条」に、「同法第二十一条」を「石油石炭税法第二十一条」に、「同法第二十五条（第一号から第四号まで及び第六号中同法第二十三条第一項第二号に係る部分を除く」を「同法第二十四条（第五号に係る部分に限る」に、「第二十六条第一項」を「第二十五条第一項並びに国税通則法第百二十七条（第二号及び第三号中同法第七十四条の五第四号イに係る部分に限る。）及び第百二十九条」に改める。
第九十七条の二第一項第一号中「第七十条第五項」を「第七十条第四項」に改め、同条第二十四項中「第七十四条の二第二項」を「第七十四条の十四第二項」に改める。