独立行政法人通則法の一部を改正する法律
法令番号: 法律第三十七号
公布年月日: 平成22年5月28日
法令の形式: 法律
独立行政法人通則法の一部を改正する法律をここに公布する。
御名御璽
平成二十二年五月二十八日
内閣総理大臣　鳩山由紀夫
法律第三十七号
独立行政法人通則法の一部を改正する法律
独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）の一部を次のように改正する。
第八条の見出しを「（財産的基礎等）」に改め、同条に次の一項を加える。
３　独立行政法人は、業務の見直し、社会経済情勢の変化その他の事由により、その保有する重要な財産であって主務省令（当該独立行政法人を所管する内閣府又は各省の内閣府令又は省令をいう。以下同じ。）で定めるものが将来にわたり業務を確実に実施する上で必要がなくなったと認められる場合には、第四十六条の二又は第四十六条の三の規定により、当該財産（以下「不要財産」という。）を処分しなければならない。
第二十八条第二項中「（当該独立行政法人を所管する内閣府又は各省の内閣府令又は省令をいう。以下同じ。）」を削る。
第三十条第二項第四号の次に次の一号を加える。
四の二　不要財産又は不要財産となることが見込まれる財産がある場合には、当該財産の処分に関する計画
第三十条第二項第五号中「重要な財産」を「前号に規定する財産以外の重要な財産」に改める。
第四十六条の次に次の二条を加える。
（不要財産に係る国庫納付等）
第四十六条の二　独立行政法人は、不要財産であって、政府からの出資又は支出（金銭の出資に該当するものを除く。）に係るもの（以下この条において「政府出資等に係る不要財産」という。）については、遅滞なく、主務大臣の認可を受けて、これを国庫に納付するものとする。ただし、中期計画において第三十条第二項第四号の二の計画を定めた場合であって、その計画に従って当該政府出資等に係る不要財産を国庫に納付するときは、主務大臣の認可を受けることを要しない。
２　独立行政法人は、前項の規定による政府出資等に係る不要財産（金銭を除く。以下この項及び次項において同じ。）の国庫への納付に代えて、主務大臣の認可を受けて、政府出資等に係る不要財産を譲渡し、これにより生じた収入の額（当該財産の帳簿価額を超える額（次項において「簿価超過額」という。）がある場合には、その額を除く。）の範囲内で主務大臣が定める基準により算定した金額を国庫に納付することができる。ただし、中期計画において第三十条第二項第四号の二の計画を定めた場合であって、その計画に従って当該金額を国庫に納付するときは、主務大臣の認可を受けることを要しない。
３　独立行政法人は、前項の場合において、政府出資等に係る不要財産の譲渡により生じた簿価超過額があるときは、遅滞なく、これを国庫に納付するものとする。ただし、その全部又は一部の金額について国庫に納付しないことについて主務大臣の認可を受けた場合における当該認可を受けた金額については、この限りでない。
４　独立行政法人が第一項又は第二項の規定による国庫への納付をした場合において、当該納付に係る政府出資等に係る不要財産が政府からの出資に係るものであるときは、当該独立行政法人の資本金のうち当該納付に係る政府出資等に係る不要財産に係る部分として主務大臣が定める金額については、当該独立行政法人に対する政府からの出資はなかったものとし、当該独立行政法人は、その額により資本金を減少するものとする。
５　主務大臣は、第一項、第二項又は第三項ただし書の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、評価委員会の意見を聴かなければならない。
６　前各項に定めるもののほか、政府出資等に係る不要財産の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（不要財産に係る民間等出資の払戻し）
第四十六条の三　独立行政法人は、不要財産であって、政府以外の者からの出資に係るもの（以下この条において「民間等出資に係る不要財産」という。）については、主務大臣の認可を受けて、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資者（以下この条において単に「出資者」という。）に対し、主務省令で定めるところにより、当該民間等出資に係る不要財産に係る出資額として主務大臣が定める額の持分の全部又は一部の払戻しの請求をすることができる旨を催告しなければならない。ただし、中期計画において第三十条第二項第四号の二の計画を定めた場合であって、その計画に従って払戻しの請求をすることができる旨を催告するときは、主務大臣の認可を受けることを要しない。
２　出資者は、独立行政法人に対し、前項の規定による催告を受けた日から起算して一月を経過する日までの間に限り、同項の払戻しの請求をすることができる。
３　独立行政法人は、前項の規定による請求があったときは、遅滞なく、当該請求に係る民間等出資に係る不要財産又は当該請求に係る民間等出資に係る不要財産（金銭を除く。）の譲渡により生じた収入の額（当該財産の帳簿価額を超える額がある場合には、その額を除く。）の範囲内で主務大臣が定める基準により算定した金額により、同項の規定により払戻しを請求された持分（当該算定した金額が当該持分の額に満たない場合にあっては、当該持分のうち主務大臣が定める額の持分）を、当該請求をした出資者に払い戻すものとする。
４　独立行政法人が前項の規定による払戻しをしたときは、当該独立行政法人の資本金のうち当該払戻しをした持分の額については、当該独立行政法人に対する出資者からの出資はなかったものとし、当該独立行政法人は、その額により資本金を減少するものとする。
５　出資者が第二項の規定による払戻しの請求をしなかったとき又は同項の規定による民間等出資に係る不要財産に係る持分の一部の払戻しの請求をしたときは、独立行政法人は、払戻しの請求がされなかった持分については、払戻しをしないものとする。
６　主務大臣は、第一項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、評価委員会の意見を聴かなければならない。
第四十八条第一項中「主務省令で定める重要な財産」を「不要財産以外の重要な財産であって主務省令で定めるもの」に改める。
第六十七条第三号の次に次の一号を加える。
三の二　第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書又は第四十六条の三第一項の規定による認可をしようとするとき。
附　則
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日（以下「施行日」という。）から施行する。
（経過措置）
第二条　この法律の施行の際現にこの法律による改正前の独立行政法人通則法第三十条第一項の規定による認可を受けている中期計画については、この法律による改正後の独立行政法人通則法（以下「新法」という。）第三十条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第三条　施行日前に独立行政法人が行った財産の譲渡であって、施行日において新法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産（金銭を除く。）の譲渡に相当するものとして主務大臣が定めるものは、施行日においてされた同条第二項の規定による政府出資等に係る不要財産の譲渡とみなして、同項から同条第六項までの規定を適用する。この場合において、同条第二項中「納付することができる」とあるのは、「納付するものとする」とする。
（老人福祉法の一部改正）
第四条　老人福祉法（昭和三十八年法律第百三十三号）の一部を次のように改正する。
第二十八条の八を次のように改める。
第二十八条の八　削除
（情報処理の促進に関する法律の一部改正）
第五条　情報処理の促進に関する法律（昭和四十五年法律第九十号）の一部を次のように改正する。
第十三条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律の一部改正）
第六条　海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）の一部を次のように改正する。
第四十二条の十八第一項中「センターは」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（福祉用具の研究開発及び普及の促進に関する法律の一部改正）
第七条　福祉用具の研究開発及び普及の促進に関する法律（平成五年法律第三十八号）の一部を次のように改正する。
第十三条を次のように改める。
第十三条　削除
（日本私立学校振興・共済事業団法の一部改正）
第八条　日本私立学校振興・共済事業団法（平成九年法律第四十八号）の一部を次のように改正する。
第二十六条中「文部科学省令」と」の下に「、同法第三十条第二項第四号の二中「不要財産又は」とあるのは「不要財産（日本私立学校振興・共済事業団法第三十八条の二において準用する第八条第三項に規定する不要財産をいう。以下この号において同じ。）又は」と」を加える。
第三十八条の次に次の一条を加える。
（不要財産に係る国庫納付等）
第三十八条の二　独立行政法人通則法第八条第三項及び第四十六条の二の規定は、事業団について準用する。この場合において、同項中「重要な財産」とあるのは「重要な財産（日本私立学校振興・共済事業団法第三十三条第一項第一号の経理に係る勘定に属するものに限る。）」と、「主務省令（当該独立行政法人を所管する内閣府又は各省の内閣府令又は省令をいう。以下同じ。）」とあるのは「文部科学省令」と、「業務を」とあるのは「同法第二十五条第一項に規定する助成業務を」と、「第四十六条の二又は第四十六条の三」とあるのは「第四十六条の二」と、同条第一項から第五項までの規定中「主務大臣」とあるのは「文部科学大臣」と、同条第一項ただし書及び第二項ただし書中「中期計画」とあるのは「日本私立学校振興・共済事業団法第二十六条において準用する第三十条第一項に規定する中期計画」と、「第三十条第二項第四号の二」とあるのは「同条第二項第四号の二」と、同条第五項中「評価委員会」とあるのは「文部科学省の独立行政法人評価委員会」と読み替えるものとする。
第四十六条第一号中「又は第三十八条第一項」を「、第三十八条第一項又は第三十八条の二において準用する同法第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書」に改める。
（日本私立学校振興・共済事業団法の一部改正に伴う経過措置）
第九条　この法律の施行の際現に前条の規定による改正前の日本私立学校振興・共済事業団法第二十六条において準用するこの法律による改正前の独立行政法人通則法第三十条第一項の規定による認可を受けている中期計画については、前条の規定による改正後の日本私立学校振興・共済事業団法第二十六条において準用する新法第三十条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
２　施行日前に日本私立学校振興・共済事業団が行った財産の譲渡であって、施行日において前条の規定による改正後の日本私立学校振興・共済事業団法第三十八条の二において準用する新法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産（金銭を除く。）の譲渡に相当するものとして文部科学大臣が定めるものは、施行日においてされた同条第二項の規定による政府出資等に係る不要財産の譲渡とみなして、同項から同条第六項までの規定を適用する。この場合において、同条第二項中「納付することができる」とあるのは、「納付するものとする」とする。
（独立行政法人情報通信研究機構法の一部改正）
第十条　独立行政法人情報通信研究機構法（平成十一年法律第百六十二号）の一部を次のように改正する。
第六条第一項中「、第七項及び第八項」を「及び第七項」に改める。
第七条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
第二十三条第一項中「第四十五条第四項」の下に「、第四十六条の二第五項、第四十六条の三第六項」を加える。
附則第十四条を次のように改める。
第十四条　削除
附則第十六条中「、第六条第二項中「又は第十八条第一項に規定する信用基金」とあるのは「、第十八条第一項に規定する信用基金又は附則第十四条第一項に規定する衛星放送受信対策基金（以下「受信対策基金」という。）」と、同条第三項中「又は第十八条第一項に規定する信用基金」とあるのは「、第十八条第一項に規定する信用基金又は受信対策基金」と」を削り、「、一般勘定に係る出資（受信対策基金に係る出資を除く。）及び受信対策基金に係る出資」を「及び一般勘定に係る出資」に改める。
附則第十七条を次のように改める。
第十七条　削除
（独立行政法人国立美術館法の一部改正）
第十一条　独立行政法人国立美術館法（平成十一年法律第百七十七号）の一部を次のように改正する。
第十三条中「第三十条第二項第五号又は」を「第三十条第二項第四号の二に規定する財産若しくは同項第五号に規定する重要な財産、通則法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産又は通則法」に、「の重要な財産」を「に規定する重要な財産」に改め、「第三十条第一項」の下に「、第四十六条の二第一項若しくは第二項」を加える。
（独立行政法人国立文化財機構法の一部改正）
第十二条　独立行政法人国立文化財機構法（平成十一年法律第百七十八号）の一部を次のように改正する。
第十四条中「第三十条第二項第五号又は」を「第三十条第二項第四号の二に規定する財産若しくは同項第五号に規定する重要な財産、通則法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産又は通則法」に、「の重要な財産」を「に規定する重要な財産」に改め、「第三十条第一項」の下に「、第四十六条の二第一項若しくは第二項」を加える。
（独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法の一部改正）
第十三条　独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）の一部を次のように改正する。
第七条第一項中「研究機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人日本万国博覧会記念機構法の一部改正）
第十四条　独立行政法人日本万国博覧会記念機構法（平成十四年法律第百二十五号）の一部を次のように改正する。
第十四条の次に次の一条を加える。
（地方公共団体からの出資の払戻しに伴う納付の特例）
第十四条の二　機構は、通則法第四十六条の三第二項の規定による請求があった場合において、同条第三項に規定する帳簿価額を超える額があるときは、遅滞なく、これを当該請求をした地方公共団体に納付するものとする。ただし、その全部又は一部の金額について当該地方公共団体に納付しないことについて財務大臣の認可を受けた場合における当該認可を受けた金額については、この限りでない。
２　財務大臣は、前項ただし書の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、財務省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
（独立行政法人日本万国博覧会記念機構法の一部改正に伴う経過措置）
第十五条　独立行政法人日本万国博覧会記念機構について、附則第三条の規定を適用する場合においては、同条中「除く。）」とあるのは「除く。）又は新法第四十六条の三第一項に規定する民間等出資に係る不要財産（金銭を除く。）」と、「同条第二項の」とあるのは「新法第四十六条の二第二項の」と、「不要財産の」とあるのは「不要財産の譲渡又は新法第四十六条の三第三項の規定による民間等出資に係る不要財産の」と、「同項から同条第六項まで」とあるのは「新法第四十六条の二第二項から第六項まで又は新法第四十六条の三及び附則第十四条の規定による改正後の独立行政法人日本万国博覧会記念機構法（平成十四年法律第百二十五号）第十四条の二」と、「同条第二項中」とあるのは「新法第四十六条の二第二項中」とする。
（独立行政法人農林漁業信用基金法の一部改正）
第十六条　独立行政法人農林漁業信用基金法（平成十四年法律第百二十八号）の一部を次のように改正する。
第六条第一項中「信用基金は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人北方領土問題対策協会法の一部改正）
第十七条　独立行政法人北方領土問題対策協会法（平成十四年法律第百三十二号）の一部を次のように改正する。
第十七条第一項中「第四十五条第四項」の下に「、第四十六条の二第五項、第四十六条の三第六項」を加える。
（独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法の一部改正）
第十八条　独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法（平成十四年法律第百四十五号）の一部を次のように改正する。
第八条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人中小企業基盤整備機構法の一部改正）
第十九条　独立行政法人中小企業基盤整備機構法（平成十四年法律第百四十七号）の一部を次のように改正する。
第二十九条第一項中「第四十五条第四項」の下に「、第四十六条の二第五項、第四十六条の三第六項」を加える。
（独立行政法人科学技術振興機構法の一部改正）
第二十条　独立行政法人科学技術振興機構法（平成十四年法律第百五十八号）の一部を次のように改正する。
第八条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人理化学研究所法の一部改正）
第二十一条　独立行政法人理化学研究所法（平成十四年法律第百六十号）の一部を次のように改正する。
第七条第一項中「研究所は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人宇宙航空研究開発機構法の一部改正）
第二十二条　独立行政法人宇宙航空研究開発機構法（平成十四年法律第百六十一号）の一部を次のように改正する。
第八条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
第二十六条第一項第二号中「第四十四条」の下に「、第四十六条の二（第四号に規定する業務に係る政府出資等に係る不要財産に係る部分に限る。）、第四十六条の三（同号に規定する業務に係る民間等出資に係る不要財産に係る部分に限る。）」を加え、「第四号」を「同号」に改める。
第二十七条第一項第一号中「第四十四条第四項」の下に「、第四十六条の二第五項（前条第一項第四号に規定する業務に係る政府出資等に係る不要財産に係る部分に限る。）、第四十六条の三第六項（同号に規定する業務に係る民間等出資に係る不要財産に係る部分に限る。）」を加え、「前条第一項第四号」を「同号」に改める。
（独立行政法人福祉医療機構法の一部改正）
第二十三条　独立行政法人福祉医療機構法（平成十四年法律第百六十六号）の一部を次のように改正する。
第五条第三項後段を削る。
第十二条第六項第一号中「。第二十三条第二項第一号において同じ」を削る。
第十五条第一号中「第六号」を「第八号」に改め、同条中第二号を削り、第三号を第二号とし、第四号から第六号までを一号ずつ繰り上げる。
第十六条第一項中「及び次項」を削り、同条第二項を削り、同条第三項中「前二項」を「前項」に改め、同項を同条第二項とし、同条第四項中「第二号勘定、同条第五号」を「同条第四号」に、「（附則第二条第八項において「第五号勘定」という。）及び前条第六号」を「及び同条第五号」に改め、「及び第二項」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「前条第三号」を「前条第二号」に、「（附則第二条第八項において「第三号勘定」という。）及び前条第四号」を「及び同条第三号」に改め、「（附則第二条第八項において「第四号勘定」という。）」を削り、同項を同条第四項とし、同条第六項を同条第五項とする。
第二十三条を次のように改める。
第二十三条　削除
第二十六条第二号中「若しくは第二号又は第二十三条第二項第一号若しくは」を「又は」に改め、同条第三号中「又は第二項」を削り、同条第四号中「第十六条第五項」を「第十六条第四項」に改める。
第三十三条第三号中「、又は第二十三条第二項の規定に違反して基金を運用したとき」を削る。
附則第五条の二第十一項の表第十六条第四項の項中「第十六条第四項」を「第十六条第三項」に、「前条第六号」を「同条第五号」に改め、同条第十三項中「第十六条第四項」を「第十六条第三項」に改める。
附則第十一条を次のように改める。
第十一条　削除
（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法の一部改正）
第二十四条　独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）の一部を次のように改正する。
附則第五条に次のただし書を加える。
ただし、通則法第四十六条の三第三項の規定による持分の払戻しを受けたことにより株式会社日本政策投資銀行が持分を有しないこととなったときは、この限りでない。
（独立行政法人水資源機構法の一部改正）
第二十五条　独立行政法人水資源機構法（平成十四年法律第百八十二号）の一部を次のように改正する。
第三十八条第一号中「通則法」の下に「第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書又は」を加える。
（独立行政法人自動車事故対策機構法の一部改正）
第二十六条　独立行政法人自動車事故対策機構法（平成十四年法律第百八十三号）の一部を次のように改正する。
第六条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（独立行政法人海洋研究開発機構法の一部改正）
第二十七条　独立行政法人海洋研究開発機構法（平成十五年法律第九十五号）の一部を次のように改正する。
第七条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
（国立大学法人法の一部改正）
第二十八条　国立大学法人法（平成十五年法律第百十二号）の一部を次のように改正する。
第三十五条中「第四十二条から」の下に「第四十六条まで、第四十七条から」を加え、同条の表第二十八条第二項の項を削り、同表第四十八条第一項の項を次のように改める。
第四十八条第一項
不要財産以外の重要な財産
重要な財産
第三十条第二項第五号
国立大学法人法第三十一条第二項第五号
（総合法律支援法の一部改正）
第二十九条　総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）の一部を次のように改正する。
第四十一条第二項中第八号を第九号とし、第七号を第八号とし、同項第六号中「重要な財産」を「前号に規定する財産以外の重要な財産」に改め、同号を同項第七号とし、同項第五号の次に次の一号を加える。
六　不要財産（準用通則法第八条第三項に規定する不要財産をいう。以下この号において同じ。）又は不要財産となることが見込まれる財産がある場合には、当該財産の処分に関する計画
第四十五条第三項中「同条第二項第七号」を「同条第二項第八号」に改める。
第四十八条の表以外の部分中「第八条第一項」の下に「及び第三項」を加え、「及び第六十三条」を「並びに第六十三条」に改め、「法務大臣」と、」の下に「「主務省令（当該独立行政法人を所管する内閣府又は各省の内閣府令又は省令をいう。以下同じ。）」とあり、及び」を加え、同条の表第四十二条の項の次に次のように加える。
第四十六条の二第一項ただし書
中期計画
総合法律支援法第四十五条第三項に規定する中期計画（以下単に「中期計画」という。）
第三十条第二項第四号の二
同法第四十一条第二項第六号
第四十六条の二第二項ただし書
第三十条第二項第四号の二
総合法律支援法第四十一条第二項第六号
第四十六条の三第一項
政府以外の者
地方公共団体
民間等出資に係る不要財産
政府以外出資に係る不要財産
第四十六条の三第一項ただし書
第三十条第二項第四号の二
総合法律支援法第四十一条第二項第六号
第四十六条の三第三項及び第五項
民間等出資に係る不要財産
政府以外出資に係る不要財産
第四十八条の表第四十八条第一項の項を次のように改める。
第四十八条第一項ただし書
第三十条第二項第五号
総合法律支援法第四十一条第二項第七号
第四十九条第一号中「準用通則法」の下に「第四十六条の二第一項、第二項若しくは第三項ただし書、第四十六条の三第一項若しくは」を加える。
（総合法律支援法の一部改正に伴う経過措置）
第三十条　この法律の施行の際現に前条の規定による改正前の総合法律支援法第四十一条第一項の規定による認可を受けている中期計画については、前条の規定による改正後の総合法律支援法第四十一条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
２　施行日前に日本司法支援センターが行った財産の譲渡であって、施行日において前条の規定による改正後の総合法律支援法第四十八条において準用する新法第四十六条の二第一項に規定する政府出資等に係る不要財産（金銭を除く。）の譲渡に相当するものとして法務大臣が定めるものは、施行日においてされた同条第二項の規定による政府出資等に係る不要財産の譲渡とみなして、同項から同条第六項までの規定を適用する。この場合において、同条第二項中「納付することができる」とあるのは、「納付するものとする」とする。
（独立行政法人日本原子力研究開発機構法の一部改正）
第三十一条　独立行政法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号）の一部を次のように改正する。
第八条第一項中「機構は」の下に「、通則法第四十六条の二第一項若しくは第二項の規定による国庫への納付又は通則法第四十六条の三第三項の規定による払戻しをする場合を除くほか」を加える。
第二十八条第一項第二号中「及び第四十四条並びに」を「、第四十四条、第四十六条の二（第四号に規定する業務に係る政府出資等に係る不要財産に係る部分に限る。）、第四十六条の三（同号に規定する業務に係る民間等出資に係る不要財産に係る部分に限る。）及び」に、「第四号」を「同号」に改める。
第二十九条第一項第一号中「及び第四十四条第四項並びに」を「、第四十四条第四項、第四十六条の二第五項（前条第一項第四号に規定する業務に係る政府出資等に係る不要財産に係る部分に限る。）、第四十六条の三第六項（同号に規定する業務に係る民間等出資に係る不要財産に係る部分に限る。）及び」に、「前条第一項第四号」を「同号」に改める。
（特別会計に関する法律の一部改正）
第三十二条　特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）の一部を次のように改正する。
第九十九条第一項第一号ホ、第百十一条第七項第一号ヘ及び第百十四条第九項中「第十六条第四項」を「第十六条第三項」に改める。
（奄美群島振興開発特別措置法及び小笠原諸島振興開発特別措置法の一部を改正する法律の一部改正）
第三十三条　奄美群島振興開発特別措置法及び小笠原諸島振興開発特別措置法の一部を改正する法律（平成二十一年法律第八号）の一部を次のように改正する。
第一条のうち、奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第十六条の改正規定を削り、同法附則第二項の改正規定中「、「及び第三十四条」を「、第三十四条及び第六十一条の六第三項」に」を削る。
第二条を次のように改める。
第二条　削除
附則第一条第二号及び第三号を次のように改める。
二及び三　削除
（罰則の適用に関する経過措置）
第三十四条　この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（その他の経過措置の政令への委任）
第三十五条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
内閣総理大臣　鳩山由紀夫
総務大臣　原口一博
法務大臣　千葉景子
財務大臣　菅直人
文部科学大臣　川端達夫
厚生労働大臣　長妻昭
農林水産大臣　赤松広隆
経済産業大臣臨時代理　国務大臣　前原誠司
国土交通大臣　前原誠司