（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 附則第三条から第七条まで、第九条及び第十一条の規定 平成十五年十月一日
二 附則第十条の規定 平成十五年十月一日又は独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十四年法律第＿＿＿号）の施行の日のいずれか遅い日
（北方領土問題対策協会の解散等）
第二条 北方領土問題対策協会（以下「旧協会」という。）は、協会の成立の時において解散するものとし、その一切の権利及び義務は、その時において協会が承継する。
２ 旧協会の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、旧協会の解散の日の前日に終わるものとする。
３ 旧協会の平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る決算、財産目録、貸借対照表及び損益計算書並びに利益及び損失の処理については、なお従前の例による。この場合において、当該決算の完結の期限は、その解散の日から起算して二月を経過する日とする。
４ 第一項の規定により協会が旧協会の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、協会が承継する資産の価額（附則第五条の規定による改正前の北方地域旧漁業権者等法（以下「旧北方地域旧漁業権者等法」という。）第三条の規定により基金とされた金額（次条の規定による廃止前の北方領土問題対策協会法（昭和四十四年法律第三十四号）第十九条第一号から第三号まで及び第五号に掲げる業務に係る勘定（以下「旧一般業務勘定」という。）並びに同条第四号に掲げる業務に係る勘定（以下「旧貸付業務勘定」という。）において、積立金として積み立てられている金額があるときは当該金額を加算した金額とし、繰越欠損金として整理されている金額があるときは当該金額を控除した金額とする。）に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から協会に対し出資されたものとする。
５ 前項の資産の価額は、協会の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
６ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
７ 第一項の規定により協会が旧協会の有する権利及び義務を承継した場合において、その承継の際、旧北方地域旧漁業権者等法第三条の規定により基金とされた金額に相当する金額は、附則第五条の規定による改正後の北方地域旧漁業権者等法（以下「新北方地域旧漁業権者等法」という。）第三条第一項に規定する基金に組み入れられたものとする。
８ 第一項の規定により協会が旧協会の有する権利及び義務を承継した場合において、その承継の際、旧一般業務勘定又は旧貸付業務勘定において積立金として積み立てられ、又は繰越欠損金として整理されている金額があるときは、当該金額に相当する金額を、それぞれ、協会の一般業務勘定（第十三条第一項に規定する一般業務に係る勘定をいう。）又は貸付業務勘定に属する積立金又は繰越欠損金として整理するものとする。
９ 第一項の規定により旧協会が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（北方領土問題対策協会法の廃止に伴う経過措置）
第四条 前条の規定の施行前に同条の規定による廃止前の北方領土問題対策協会法（第九条及び第十八条第五項を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、通則法又はこの法律中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
（北方地域旧漁業権者等に対する特別措置に関する法律の一部改正）
第五条 北方地域旧漁業権者等に対する特別措置に関する法律の一部を次のように改正する。
第一条中「北方領土問題対策協会」を「独立行政法人北方領土問題対策協会」に改める。
第三条を次のように改める。
（基金）
第三条 独立行政法人北方領土問題対策協会（以下「協会」という。）に、次条各号に掲げる業務の遂行に必要な資金の財源に充てるための基金を置く。
２ 前項の基金の額は、独立行政法人北方領土問題対策協会法（平成十四年法律第百三十二号）附則第二条第七項の規定により組み入れられたものとされた金額とする。
第四条第四号を削り、同条第五号中「前各号」を「前三号」に改め、同号を同条第四号とする。
第五条第一項中「主務大臣の認可を受けて」を「業務方法書で定めるところにより」に改め、同条第二項中「刑法」の下に「（明治四十年法律第四十五号）」を加える。
第十二条第一項中「主務大臣」を「内閣総理大臣又は農林水産大臣」に改め、同条を第六条とする。
第十四条の見出しを「（主務省令）」に改め、同条第一項を削り、同条第二項を同条とし、同条を第七条とする。
第十五条中「第十二条第一項」を「第六条第一項」に、「三万円」を「二十万円」に改め、同条を第八条とする。
（北方地域旧漁業権者等に対する特別措置に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
第六条 前条の規定の施行前に旧北方地域旧漁業権者等法の規定によりした処分、手続その他の行為は、通則法、この法律又は新北方地域旧漁業権者等法中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第七条 附則第三条及び第五条の規定の施行前にした行為並びに附則第二条第三項の規定によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第八条 附則第二条、第四条、第六条及び前条に定めるもののほか、協会の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律の一部改正）
第九条 独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号）の一部を次のように改正する。
（独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の一部改正）
第十条 独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の一部を次のように改正する。
（農林水産省設置法の一部改正）
第十一条 農林水産省設置法（平成十一年法律第九十八号）の一部を次のように改正する。
第四条第八十一号中「北方領土問題対策協会」を「独立行政法人北方領土問題対策協会」に改める。