（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 附則第五条から第八条まで、第十条、第十一条及び第十三条の規定 平成十五年十月一日
二 附則第十二条の規定 平成十五年十月一日又は独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十四年法律第＿＿＿号）の施行の日のいずれか遅い日
（理化学研究所の解散等）
第二条 理化学研究所（以下「旧研究所」という。）は、研究所の成立の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において研究所が承継する。
２ 研究所の成立の際現に旧研究所が有する権利のうち、研究所がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、研究所の成立の時において国が承継する。
３ 前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 旧研究所の平成十五年四月一日に始まる事業年度は、旧研究所の解散の日の前日に終わるものとする。
５ 旧研究所の平成十五年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書については、なお従前の例による。この場合において、当該決算の完結の期限は、解散の日から起算して二月を経過する日とする。
６ 第一項の規定により研究所が旧研究所の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、国及び研究所が承継する資産の価額の合計額から研究所が承継する負債の金額を差し引いた額に、旧研究所に対する政府以外の者の出資額の割合を乗じて得た額は、当該政府以外の者から研究所に出資されたものとする。
７ 第一項の規定により研究所が旧研究所の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、研究所が承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額から、前項の規定により政府以外の者から研究所に出資があったものとされた額を差し引いた額は、政府から研究所に出資されたものとする。
８ 前二項の資産の価額は、研究所の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
９ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
10 旧研究所が発行した出資証券の上に存在する質権は、第六条第一項の規定により出資者が受けるべき研究所の出資証券の上に存在する。
11 第一項の規定により旧研究所が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（持分の払戻し）
第三条 前条第六項の規定により政府以外の者が研究所に出資したものとされた金額については、当該政府以外の者は、研究所に対し、その成立の日から起算して一月を経過する日までの間に限り、当該持分の払戻しを請求することができる。
２ 研究所は、前項の規定による請求があったときは、第七条第一項の規定にかかわらず、当該持分に係る出資額に相当する金額により払戻しをしなければならない。この場合において、研究所は、その払戻しをした金額により資本金を減少するものとする。
（理事長の任期の特例）
第四条 通則法第十四条第二項の規定により研究所の成立の時に理事長に任命されたものとされる理事長の任期については、第十一条第一項中「任命の日」とあるのは、「研究所の成立の日」とする。
（理化学研究所法の廃止）
第五条 理化学研究所法（昭和三十三年法律第八十号）は、廃止する。
（理化学研究所法の廃止に伴う経過措置）
第六条 前条の規定の施行前に同条の規定による廃止前の理化学研究所法（第十二条を除く。）の規定によりした処分、手続その他の行為は、通則法又はこの法律中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
第七条 附則第五条の規定の施行前にした行為及び附則第二条第五項の規定によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第八条 旧研究所の役員又は職員であった者に係るその職務に関して知得した秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、附則第五条の規定の施行後も、なお従前の例による。
２ 前項の規定により従前の例によることとされる事項に係る附則第五条の規定の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第九条 附則第二条から第四条まで及び第六条から前条までに定めるもののほか、研究所の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（特定放射光施設の共用の促進に関する法律の一部改正）
第十条 特定放射光施設の共用の促進に関する法律の一部を次のように改正する。
第二条第一項中「理化学研究所」を「独立行政法人理化学研究所（以下「理化学研究所」という。）」に改める。
第八条中「、理化学研究所法（昭和三十三年法律第八十号）第二十二条第一項に規定する業務のほか」を削る。
第十条を次のように改める。
（独立行政法人理化学研究所法の特例）
第十条 第八条の規定により理化学研究所の業務が行われる場合には、独立行政法人理化学研究所法（平成十四年法律第百六十号）第二十四条第一号中「この法律」とあるのは、「この法律又は特定放射光施設の共用の促進に関する法律」とする。
（独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律の一部改正）
第十一条 独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号）の一部を次のように改正する。
（独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の一部改正）
第十二条 独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の一部を次のように改正する。
（文部科学省設置法の一部改正）
第十三条 文部科学省設置法（平成十一年法律第九十六号）の一部を次のように改正する。
第四条第六十号中「理化学研究所」を「独立行政法人理化学研究所」に改める。