第十二条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
目次中「第一条・第二条」を「第一条―第二条の二」に、「（第二十五条）」を「（第二十四条の二―第二十五条）」に、「第三十六条の六」を「第三十六条の五」に、「第二款 居住者の特定外国信託に係る所得の課税の特例（第四十条の七―第四十条の九）」を
「
第三款 |
特殊関係株主等である居住者に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例（第四十条の十―第四十条の十二） |
に、「第四十一条の三」を「第四十一条の三の二」に、「第四節の二 農業生産法人の課税の特例」を「第四節の二 認定農業生産法人等の課税の特例」に、「第七節の二 国外関連者との取引に係る課税の特例（第六十六条の四）」を「第七節の二 国外関連者との取引に係る課税の特例等（第六十六条の四・第六十六条の四の二）」に、「第二款 内国法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例（第六十六条の九の二―第六十六条の九の五）」を
「
第三款 |
特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例（第六十六条の九の六―第六十六条の九の九） |
に、「第十五節 連結法人である農業生産法人の課税の特例」を「第十五節 連結法人である認定農業生産法人等の課税の特例」に、「第二十二節 連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例（第六十八条の八十八）」を「第二十二節 連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例等（第六十八条の八十八・第六十八条の八十八の二）」に、「第二款 連結法人の特定外国信託に係る所得の課税の特例（第六十八条の九十三の二―第六十八条の九十三の五）」を
「
第三款 |
特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例（第六十八条の九十三の六―第六十八条の九十三の九） |
に、「第八十四条の五」を「第八十四条の六」に、「第八十六条の六」を「第八十六条の五」に、「第九十七条」を「第九十七条・第九十八条」に改める。
第二条第一項第五号中「公社債、」を「法人課税信託、公社債、」に改め、「特定目的信託」の下に「、特定受益証券発行信託」を加え、「第二条第一項第九号」を「第二条第一項第八号の三」に、「第十五号の四」を「第十五号の五」に改め、同条第二項第二十六号の次に次の一号を加える。
二十六の二 法人課税信託 法人税法第二条第二十九号の二に規定する法人課税信託をいう。
第二条第二項第二十七号の二中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、第一章中同条の次に次の一条を加える。
（法人課税信託の受託者等に関するこの法律の適用）
第二条の二 法人税法第二条第二十九号の二に規定する法人課税信託（以下この項において「法人課税信託」という。）の受託者は、各法人課税信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（法人課税信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この法律（第四章から第六章までを除く。）の規定を適用する。
２ 所得税法第六条の二第二項及び第六条の三の規定は、前項の規定を次章において適用する場合について準用する。
３ 法人税法第四条の六第二項、第四条の七及び第四条の八の規定は、第一項の規定を第三章において適用する場合について準用する。
４ 前二項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三条第三項中「支払をする者」の下に「並びに業務に関連して他人のために名義人として利子等の支払を受ける者から当該利子等の支払を受ける居住者又は非居住者及び当該名義人として当該利子等の支払を受ける者」を加え、「及び第二百二十五条第一項」を「、第二百二十五条第一項及び第二百二十八条第一項」に改める。
第三条の二中「受益証券が証券取引法」を「受益権が金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「特定目的信託」を「特定受益証券発行信託」に改め、「規定する配当等」の下に「（同項に規定する剰余金の配当を除く。）」を加える。
第三条の三第一項中「受益証券」を「受益権」に改め、同条第五項中「、第八十二条の六第一項」を削り、同条第六項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に、「受益証券」を「受益権」に改める。
第四条第一項中「証券業者」を「金融商品取引業者」に改める。
第四条の二第一項中「証券業者」を「金融商品取引業者」に、「第十四条の二第二項」を「第十四条第二項」に改める。
第四条の三第一項中「第十四条の二第二項」を「第十四条第二項」に改める。
第五条の二の見出しを「（振替国債等の利子の課税の特例）」に改め、同条第一項中「次に掲げる要件」を「その有する次の各号に掲げるものの区分に応じ当該各号に定める要件」に改め、「特定振替機関の社債等の振替に関する法律第三条第一項第五号に規定する業務規程の定めるところにより口座の開設を受けた」を削り、「同法第八十八条」を「社債等の振替に関する法律第八十八条」に改め、「「振替国債」という。）」の下に「又は同法第百十三条において準用する同法第六十六条の規定により同法の規定の適用を受けるものとされる地方債（以下この条において「振替地方債」という。）」を、「その者が当該振替国債」及び「（当該振替国債」の下に「又は当該振替地方債」を加え、同項各号を次のように改める。
一 振替国債 次に掲げる要件
イ 当該非居住者又は外国法人が、当該振替国債の利子につき最初にこの項の規定の適用を受けようとする際、その旨、その者の氏名又は名称及び住所（国内に居所を有する非居住者その他の財務省令で定める者にあつては、財務省令で定める場所。以下この条において同じ。）その他の財務省令で定める事項を記載した書類（以下この条において「振替国債非課税適用申告書」という。）を、当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が特定口座管理機関である場合には当該特定振替機関等及び特定振替機関とし、当該特定振替機関等が特定間接口座管理機関である場合には当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が他の特定間接口座管理機関から当該振替国債の振替記載等を受ける場合には、当該特定振替機関等及び当該振替国債の振替記載等に係る他の特定間接口座管理機関）及び当該振替国債の振替記載等に係る特定口座管理機関並びに特定振替機関とする。以下この号において同じ。）を経由し、又は当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が外国再間接口座管理機関である場合には、当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が他の外国再間接口座管理機関から当該振替国債の振替記載等を受ける場合には、当該適格外国仲介業者及び当該振替国債の振替記載等に係る他の外国再間接口座管理機関）及び当該振替国債の振替記載等に係る外国間接口座管理機関。ロにおいて同じ。）及び当該振替国債の振替記載等に係る特定振替機関等を経由して当該利子に係る所得税法第十七条の規定による納税地の所轄税務署長に提出していること。
ロ 当該非居住者又は外国法人が、当該振替国債の利子の支払を受けるべき日の前日までに、その者の当該振替国債に係る所有期間その他の財務省令で定める事項を記載した書類（第八項及び第十七項において「振替国債所有期間明細書」という。）を、当該特定振替機関等を経由し、又は当該適格外国仲介業者及び当該振替国債の振替記載等に係る特定振替機関等を経由してイに規定する税務署長に提出していること。
二 振替地方債 次に掲げる要件
イ 当該非居住者又は外国法人が、当該振替地方債の利子につき最初にこの項の規定の適用を受けようとする際、その旨、その者の氏名又は名称及び住所その他の財務省令で定める事項を記載した書類（以下この条において「振替地方債非課税適用申告書」という。）を、当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が特定口座管理機関である場合には当該特定振替機関等及び特定振替機関とし、当該特定振替機関等が特定間接口座管理機関である場合には当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が他の特定間接口座管理機関から当該振替地方債の振替記載等を受ける場合には、当該特定振替機関等及び当該振替地方債の振替記載等に係る他の特定間接口座管理機関）及び当該振替地方債の振替記載等に係る特定口座管理機関並びに特定振替機関とする。以下この号において同じ。）及び当該利子の支払をする者を経由し、又は当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が外国再間接口座管理機関である場合には、当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が他の外国再間接口座管理機関から当該振替地方債の振替記載等を受ける場合には、当該適格外国仲介業者及び当該振替地方債の振替記載等に係る他の外国再間接口座管理機関）及び当該振替地方債の振替記載等に係る外国間接口座管理機関。ロにおいて同じ。）及び当該振替地方債の振替記載等に係る特定振替機関等並びに当該利子の支払をする者を経由して当該利子に係る所得税法第十七条の規定による納税地の所轄税務署長に提出していること。
ロ 当該非居住者又は外国法人が、当該振替地方債の利子の支払を受けるべき日の前日までに、その者の当該振替地方債に係る所有期間その他の財務省令で定める事項を記載した書類（第八項及び第十七項において「振替地方債所有期間明細書」という。）を、当該特定振替機関等及び当該利子の支払をする者を経由し、又は当該適格外国仲介業者及び当該振替地方債の振替記載等に係る特定振替機関等並びに当該利子の支払をする者を経由してイに規定する税務署長に提出していること。
第五条の二第二項中「第二条第二十八項」を「第二条第二十二項」に改め、「振替国債」の下に「及び振替地方債」を加え、同項第二号中「受益証券」を「受益権」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同項第三号中「受益証券」を「受益権」に改め、同条第三項中「振替国債」の下に「及び振替地方債」を加え、「掲げる要件」を「定める要件」に改め、同条第四項中「「利子等」を「「受けるべき利子等」に、「除く。）」を「除く。以下この項において同じ。）」に改め、同条第五項第一号中「得た者」の下に「又は同条の規定に基づき地方債を取り扱うことについて当該地方債の発行者から同意を得た者」を加え、同項第四号中「第一項第一号に規定する税務署長」を「、振替国債にあつては第一項第一号イに規定する税務署長の承認、振替地方債にあつては同項第二号イに規定する税務署長」に改め、同項第七号中「第四十四条第一項第十五号」を「第四十四条第一項第十四号」に改め、同条第六項中「一に」を「いずれかに」に改め、同項第三号中「第十二項」を「第十三項」に、「第十三項」を「第十四項」に改め、同条第七項中「一に」を「いずれかに」に改め、同条第八項中「非課税適用申告書又は所有期間明細書が同項第一号に規定する税務署長に提出されたときは、当該非課税適用申告書又は所有期間明細書」を「振替国債非課税適用申告書若しくは振替国債所有期間明細書が同項第一号イに規定する税務署長に提出されたとき又は振替地方債非課税適用申告書若しくは振替地方債所有期間明細書が同項第二号イに規定する税務署長に提出されたときは、当該振替国債非課税適用申告書若しくは振替国債所有期間明細書又は当該振替地方債非課税適用申告書若しくは振替地方債所有期間明細書」に、「当該税務署長」を「これらの税務署長」に改め、同条第九項中「非課税適用申告書」を「振替国債非課税適用申告書又は振替地方債非課税適用申告書」に改め、同条第十項中「非課税適用申告書」を「振替国債非課税適用申告書」に、「第一項第一号」を「第一項第一号イ」に改め、同条第十一項を次のように改める。
11 振替地方債非課税適用申告書を提出した者が、その提出後、当該振替地方債非課税適用申告書に記載した氏名若しくは名称又は住所の変更をした場合には、その者は、その変更をした日以後最初に当該振替地方債非課税適用申告書を提出した特定振替機関等又は適格外国仲介業者から振替記載等を受けている振替地方債の利子の支払を受けるべき日の前日までに、その変更をした後のその者の氏名又は名称及び住所その他の財務省令で定める事項を記載した申告書を、当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が特定口座管理機関である場合には当該特定振替機関等及び特定振替機関とし、当該特定振替機関等が特定間接口座管理機関である場合には当該特定振替機関等（当該特定振替機関等が他の特定間接口座管理機関から当該振替地方債の振替記載等を受ける場合には、当該特定振替機関等及び当該振替地方債の振替記載等に係る他の特定間接口座管理機関）及び当該振替地方債の振替記載等に係る特定口座管理機関並びに特定振替機関とする。以下この項において同じ。）及び当該利子の支払をする者を経由し、又は当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が外国再間接口座管理機関である場合には、当該適格外国仲介業者（当該適格外国仲介業者が他の外国再間接口座管理機関から当該振替地方債の振替記載等を受ける場合には、当該適格外国仲介業者及び当該振替地方債の振替記載等に係る他の外国再間接口座管理機関）及び当該振替地方債の振替記載等に係る外国間接口座管理機関）及び当該振替地方債の振替記載等に係る特定振替機関等並びに当該利子の支払をする者を経由して第一項第二号イに規定する税務署長に提出しなければならない。この場合において、当該申告書を提出しなかつたときは、その該当することとなつた日以後に支払を受ける当該振替地方債の利子については、同項の規定は、適用しない。
第五条の二第十五項中「非課税適用申告書又は所有期間明細書」を「振替国債非課税適用申告書若しくは振替国債所有期間明細書又は振替地方債非課税適用申告書若しくは振替地方債所有期間明細書」に、「前項第三号」を「第十五項第三号又は前項第三号」に改め、同項を同条第十七項とし、同条第十四項第一号中「加入者保護信託」の下に「（以下この号及び次項第一号において「公益信託等」という。）」を加え、「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に、「、政令で定めるもの」を「政令で定めるものに限るものとし、公益信託等の受託者により所有されていた振替国債については当該公益信託等の信託財産に属していたもの」に改め、同項を同条第十五項とし、同項の次に次の一項を加える。
16 非居住者又は外国法人がその利子の計算期間の中途において取得をした振替地方債で次に掲げる要件（当該非居住者又は外国法人が当該振替地方債の振替記載等を受けた特定振替機関等（当該振替地方債が適格外国仲介業者から振替記載等を受けたものである場合には、当該振替地方債に係る当該適格外国仲介業者の第十四項に規定する特定振替機関等。以下この項において同じ。）が当該振替地方債につきその取得前の所有者（以下この項において「前所有者」という。）が振替記載等を受けた特定振替機関等である場合には、第一号及び第二号に掲げる要件）を満たしているもの（以下この項において「通算対象地方債」という。）については、その者の当該通算対象地方債に係る所有期間には当該通算対象地方債の前所有者の当該通算対象地方債に係る所有期間を含むものとする。
一 非居住者、外国法人、所得税法別表第一第一号に掲げる内国法人若しくは公益信託等の受託者又は第八条第一項に規定する金融機関（内国法人に限る。）、同条第二項に規定する金融商品取引業者等（内国法人に限る。）若しくは同条第三項に規定する内国法人により所有されていた振替地方債（非居住者又は外国法人により所有されていた振替地方債については政令で定めるものに限るものとし、公益信託等の受託者により所有されていた振替地方債については当該公益信託等の信託財産に属していたものに限る。）で、その取得の直前においてこれらの者が振替記載等を受けていたものであること。
二 当該非居住者又は外国法人がその取得後引き続き振替記載等を受けている振替地方債であること。
三 当該非居住者又は外国法人が当該振替地方債の振替記載等を受けた特定振替機関等が、当該振替地方債の前所有者が当該振替地方債の振替記載等を受けた特定振替機関等から当該前所有者の当該振替地方債に係る所有期間その他の財務省令で定める事項につき書面による方法その他政令で定める方法により通知を受けていること。
第五条の二第十三項中「非課税適用申告書」を「振替国債非課税適用申告書又は振替地方債非課税適用申告書」に改め、「振替国債」の下に「又は振替地方債」を加え、同項を同条第十四項とし、同条第十二項中「非課税適用申告書」を「振替国債非課税適用申告書又は振替地方債非課税適用申告書」に改め、「振替国債」の下に「又は振替地方債」を加え、同項を同条第十三項とし、同条第十一項の次に次の一項を加える。
12 第八項及び第九項の規定は、前二項に規定する申告書を提出する者がこれらの申告書を提出する場合について準用する。この場合において、第八項中「第一項第一号又は第二号」とあるのは「第十項又は第十一項」と、「振替国債非課税適用申告書若しくは振替国債所有期間明細書が同項第一号イ」とあるのは「第十項に規定する申告書が第一項第一号イ」と、「振替地方債非課税適用申告書若しくは振替地方債所有期間明細書が同項第二号イ」とあるのは「第十一項に規定する申告書が第一項第二号イ」と、「当該振替国債非課税適用申告書若しくは振替国債所有期間明細書又は当該振替地方債非課税適用申告書若しくは振替地方債所有期間明細書」とあるのは「これらの申告書」と、第九項中「振替国債非課税適用申告書又は振替地方債非課税適用申告書を提出する者」とあるのは「次項又は第十一項に規定する申告書を提出する者」と、「当該振替国債非課税適用申告書又は振替地方債非課税適用申告書」とあるのは「これらの申告書」と、「氏名」とあるのは「変更後の氏名」と読み替えるものとする。
第六条第三項中「、第八十二条の六第一項」を削り、同条第八項中「証券業者」を「金融商品取引業者」に改め、同条第九項第二号ロ中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第八条第二項中「証券業者、証券取引清算機関」を「金融商品取引業者、金融商品取引清算機関」に、「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第三項及び第五項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第八条の二第一項中「配当等で」を「剰余金の配当で」に、「受益証券の」を「受益権の」に改め、同項第一号中「受益証券」を「受益権」に改め、同項第二号中「社債的受益証券」を「社債的受益権」に、「第二百三十条第四号」を「第二百三十条第一項第四号」に、「に係る受益証券をいう」を「をいう。第九条の四第一項において同じ」に改め、同条第五項中「支払をする者」の下に「並びに業務に関連して他人のために名義人として私募公社債等運用投資信託等の収益の分配に係る配当等の支払を受ける者から当該私募公社債等運用投資信託等の収益の分配に係る配当等の支払を受ける居住者又は非居住者及び当該名義人として当該私募公社債等運用投資信託等の収益の分配に係る配当等の支払を受ける者」を加え、「及び第二百二十五条第一項」を「、第二百二十五条第一項及び第二百二十八条第一項」に改める。
第八条の三第一項中「受益証券」を「受益権」に、「配当等（」を「剰余金の配当（」に改め、同条第二項中「特定目的信託」を「特定受益証券発行信託」に、「受益証券」を「受益権」に改め、同条第五項中「、第八十二条の六第一項」を削る。
第八条の五第一項中「掲げる受益証券」を「掲げる受益権」に改め、同項第二号中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同項第三号中「受益証券」を「受益権」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同項第五号中「第二条第二十三項」を「第二条第十六項」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同条第四項中「及び第二百二十五条」を「、第二百二十五条及び第二百二十八条」に改める。
第九条第一項第一号中「同項第一号」を「同項各号」に、「受益証券」を「受益権」に、「第二条第二十八項」を「第二条第二十二項」に改め、同項第二号中「受益証券（」を「受益権（」に、「受益証券に」を「受益権に」に改め、「及び同項第二号に掲げる受益証券の収益の分配に係るもの」を削り、同項第四号中「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同項第五号を次のように改める。
五 次に掲げる信託から支払を受けるべき配当等（第一号又は第二号に掲げるものを除く。）
イ 投資信託及び投資法人に関する法律第二条第三項に規定する投資信託のうち、法人課税信託に該当するもの（その設定に係る受益権の募集が同条第九項に規定する適格機関投資家私募として政令で定めるものにより行われたものに限る。）
第九条第一項第六号を削り、同項第七号を同項第六号とし、同項第八号中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同号を同項第七号とし、同条第三項中「、特定投資信託」を「及び剰余金の分配」に、「、租税特別措置法」を「、剰余金の分配及び租税特別措置法」に、「又は特定投資信託」を「の収益の分配」に改める。
第九条の二第四項中「、第八十二条の六第一項」を削る。
第九条の三第一項第二号中「受益証券」を「受益権」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同項第三号中「第二条第二十三項」を「第二条第十六項」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同条第二項中「平成二十年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九条の四第一項中「、特定目的信託」を「若しくは特定受益証券発行信託の受益権、社債的受益権」に改め、同項第一号中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同号ロ中「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に、「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同条第二項中「内国法人である信託会社（」を削り、「信託会社をいう。）が、」を「内国信託会社が、その引き受けた」に、「受益証券」を「受益権」に、「行われたものに限る。次項」を「行われたものであり、かつ、国内にある営業所、事務所その他これらに準ずるものに信託されたものに限る。第四項」に改め、同条第三項中「外国法人である信託会社（」を削り、「信託会社をいう。）が、」を「外国信託会社が、その引き受けた」に改め、「で国内にある営業所、事務所その他これらに準ずるものに信託されたもの」を削り、「掲げる国内源泉所得」の下に「（以下この条において「特定国内源泉所得」という。）」を加え、「当該国内源泉所得」を「当該特定国内源泉所得」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項の次に次の一項を加える。
３ 所得税法第七条第一項第四号、第百七十四条、第百七十五条及び第二百十二条第三項の規定は、特定目的信託（信託された資産の流動化に関する法律第二条第一項に規定する特定資産が主として有価証券であるものとして政令で定めるものに限る。以下この項及び第五項において同じ。）の受託法人（所得税法第六条の三に規定する受託法人（第二条の二第二項において準用する同法第六条の三第一号の規定により内国法人としてこの法律の規定を適用するものに限る。）をいう。）が当該特定目的信託の信託財産に属する公社債等につき国内において利子等又は配当等の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該利子等又は配当等については、適用しない。
第九条の四に次の一項を加える。
５ 所得税法第七条第一項第五号、第百七十八条、第百七十九条並びに第二百十二条第一項及び第二項の規定は、特定目的信託の受託法人（同法第六条の三に規定する受託法人（第二条の二第二項において準用する同法第六条の三第二号の規定により外国法人としてこの法律の規定を適用するものに限る。）をいう。）が当該特定目的信託の信託財産に属する公社債等につき特定国内源泉所得の支払をする者の備え付ける帳簿に、当該公社債等が当該信託財産に属する旨その他財務省令で定める事項の登載を受けている場合には、当該公社債等についてその登載を受けている期間内に支払われる当該特定国内源泉所得については、適用しない。
第九条の五の見出しを「（公募株式等証券投資信託の受益権を買い取つた金融商品取引業者等が支払を受ける収益の分配に係る源泉徴収の特例）」に改め、同条第一項中「証券業者（証券取引法第二条第九項に規定する証券会社及び外国証券業者に関する法律（昭和四十六年法律第五号）第二条第二号に規定する外国証券会社をいう。）」を「金融商品取引法第二条第九項に規定する金融商品取引業者（同法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る。）」に、「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に、「受益証券」を「受益権」に、「公募（証券取引法」を「公募（同法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に改め、同条第二項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条の次に次の一条を加える。
（外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配に係る課税の特例）
第九条の五の二 非居住者が支払を受けるべき外国特定目的信託の利益の分配及び外国特定投資信託の収益の分配については、所得税法第百六十一条第五号イに規定する内国法人から受ける剰余金の配当とみなして、同法その他所得税に関する法令の規定（所得税法第二条第一項第四十五号に規定する源泉徴収に係る所得税に関する規定及び同法第百六十五条の規定により同法第九十二条第一項の規定に準じて計算する場合における同項の規定を除く。）を適用する。
２ 所得税法第百六十四条第一項第二号から第四号までに掲げる非居住者が支払を受けるべき外国特定目的信託の利益の分配及び外国特定投資信託の収益の分配（同項第二号又は第三号に掲げる非居住者が支払を受けるべきものにあつては、その者のこれらの規定に規定する事業に帰せられないものに限る。）については、他の所得と区分し、その支払を受けるべき金額に対し百分の二十の税率を適用して所得税を課する。
３ 外国法人は、その支払を受けるべき外国特定目的信託の利益の分配及び外国特定投資信託の収益の分配について所得税を納める義務があるものとし、その支払を受けるべき金額に対し百分の二十の税率を適用して所得税を課する。
４ 非居住者又は外国法人に対し国内において外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配の支払をする者は、その支払の際、その支払をする金額に百分の二十の税率を乗じて計算した金額の所得税を徴収し、その徴収の日の属する月の翌月十日までに、これを国に納付しなければならない。
５ 外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配の支払が国外において行われる場合には、その支払をする者が当該外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配を国内において支払うものとみなして、前項の規定を適用する。この場合において、同項中「翌月十日まで」とあるのは、「翌月末日まで」とする。
６ 前二項の規定により徴収して納付すべき所得税は、所得税法第二条第一項第四十五号に規定する源泉徴収に係る所得税とみなして、同法、国税通則法及び国税徴収法の規定を適用する。この場合において、外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配の支払を受けるべき者が外国法人であるときは、当該外国法人に対する法人税法の規定の適用については、同法第百四十四条中「所得税法の」とあるのは「所得税法又は租税特別措置法の」と、「（同法」とあるのは「（所得税法」とする。
７ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 外国特定目的信託の利益の分配 第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託の利益の分配（同条第九項に規定する外国特定目的信託の利益分配の額に係る部分に限る。）をいう。
二 外国特定投資信託の収益の分配 第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託の収益の分配（同条第九項に規定する外国特定投資信託の収益分配の額に係る部分に限る。）をいう。
８ 第六項に定めるもののほか、外国特定目的信託の利益の分配又は外国特定投資信託の収益の分配に係る所得税法第二百二十五条の規定の特例その他第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第九条の六第一項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九条の七第一項中「第三条の二」を「第四条」に改める。
第十条の二第一項中「第八項」を「第九項」に改め、同条第九項を同条第十項とし、同条第六項から第八項までを一項ずつ繰り下げ、同条第五項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、個人が所有権移転外リース取引（所得税法第六十七条の二第三項に規定するリース取引のうち所有権が移転しないものとして政令で定めるものをいう。以下この章において同じ。）により取得したエネルギー需給構造改革推進設備については、適用しない。
第十条の三の見出しを「（中小企業者が機械等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「及び第四項」を削り、「この項から第四項まで及び第七項」を「この条」に改め、同条第三項中「第六項」を「第五項」に改め、「及び第五項」を削り、同条第四項を削り、同条第五項中「減価償却資産」を「特定機械装置等」に改め、「第三項又は」を削り、同項を同条第四項とし、同条第六項中「又はリース税額控除限度額」、「又は第四項」及び「（その年の前年において同項の規定の適用を受けた減価償却資産をその年において当該個人の営む指定事業の用に供しなくなつた場合（当該減価償却資産の災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより当該指定事業の用に供しなくなつた場合を除く。）には、当該合計額から当該減価償却資産を当該指定事業の用に供しなくなつた日から当該賃借をする期間として定められた期間の末日までの期間に対応する部分の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、同項に規定する個人が所有権移転外リース取引により取得した特定機械装置等については、適用しない。
第十条の三第八項中「及び第四項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同条第九項中「第五項」を「第四項」に改め、同条第十項中「第三項から第五項までの規定」を「第三項又は第四項の規定」に、「及び租税特別措置法第十条の三第三項から第五項まで（中小企業者が機械等を取得した場合等の所得税額の特別控除）」を「並びに租税特別措置法第十条の三第三項及び第四項（中小企業者が機械等を取得した場合の所得税額の特別控除）」に改め、同条第十一項から第十四項までを削る。
第十条の四の見出しを「（事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「及び第四項」及び「（以下この条において「事業基盤強化設備」という。）」を削り、「以下第四項まで及び第七項において「特定事業基盤強化設備」」を「以下この条において「事業基盤強化設備」」に、「又は特定事業基盤強化設備」を「又は事業基盤強化設備」に、「当該特定事業基盤強化設備」を「当該事業基盤強化設備」に改め、同項第三号中「個人」の下に「で生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律（昭和三十二年法律第百六十四号）第五十六条の三第一項に規定する振興計画について同項に規定する認定を受けた生活衛生同業組合又は生活衛生同業小組合の組合員であるもの」を加え、「器具及び備品（当該事業」を「当該振興計画に定める同項に規定する振興事業の実施に係る器具及び備品（当該飲食店業」に改め、同項第五号を削り、同項第六号を同項第五号とし、同項第七号を同項第六号とし、同号の次に次の一号を加える。
七 中小企業による地域産業資源を活用した事業活動の促進に関する法律（平成十九年法律第三十九号）第七条第二項に規定する認定計画に従つて同法第二条第三項に規定する地域産業資源活用事業を行う同条第一項に規定する中小企業者に該当する個人で同法第十一条に規定する確認を受けたもの（前各号に掲げる個人に該当するものを除く。） 当該認定計画に定める機械及び装置
第十条の四第一項第八号を削り、同条第二項中「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に改め、同条第三項中「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に、「第六項」を「第五項」に改め、「及び第五項」を削り、同条第四項を削り、同条第五項中「第三項又は」を削り、同項を同条第四項とし、同条第六項中「又はリース税額控除限度額」、「又は第四項」及び「（その年の前年において同項の規定の適用を受けた事業基盤強化設備をその年において当該個人の営む事業の用に供しなくなつた場合（当該事業基盤強化設備の災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより当該事業の用に供しなくなつた場合を除く。）には、当該合計額から当該事業基盤強化設備を当該事業の用に供しなくなつた日から当該賃借をする期間として定められた期間の末日までの期間に対応する部分の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、同項に規定する個人が所有権移転外リース取引により取得した事業基盤強化設備については、適用しない。
第十条の四第七項中「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に改め、同条第八項中「及び第四項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同条第九項中「第五項」を「第四項」に改め、同条第十項中「第三項から第五項までの規定」を「第三項又は第四項の規定」に、「及び租税特別措置法第十条の四第三項から第五項まで（事業基盤強化設備を取得した場合等の所得税額の特別控除）」を「並びに租税特別措置法第十条の四第三項及び第四項（事業基盤強化設備を取得した場合の所得税額の特別控除）」に改め、同条第十一項から第十四項までを削る。
第十条の五の見出しを「（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「及び第四項」及び「（以下この条において「経営革新設備等」という。）」を削り、「この項から第四項まで及び第七項において「特定経営革新設備等」」を「この条において「経営革新設備等」」に、「又は特定経営革新設備等」を「又は経営革新設備等」に、「当該特定経営革新設備等」を「当該経営革新設備等」に改め、同条第二項中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に改め、同条第三項中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に、「第六項」を「第五項」に改め、「及び第五項」を削り、同条第四項を削り、同条第五項中「第三項又は」を削り、同項を同条第四項とし、同条第六項中「又はリース税額控除限度額」、「又は第四項」及び「（その年の前年以前四年内の年において第四項の規定の適用を受けた同項に規定する経営革新設備をその年において当該個人の営む事業の用に供しなくなつた場合（当該経営革新設備の災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより当該事業の用に供しなくなつた場合を除く。）には、当該合計額から当該経営革新設備を当該事業の用に供しなくなつた日から当該賃借をする期間として定められた期間の末日までの期間に対応する部分の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、同項に規定する個人が所有権移転外リース取引により取得した経営革新設備等については、適用しない。
第十条の五第七項中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に改め、同条第八項中「及び第四項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同条第九項中「第五項」を「第四項」に改め、同条第十項中「第三項から第五項までの規定」を「第三項又は第四項の規定」に、「及び租税特別措置法第十条の五第三項から第五項まで（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合等の所得税額の特別控除）」を「並びに租税特別措置法第十条の五第三項及び第四項（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の所得税額の特別控除）」に改め、同条第十一項から第十四項までを削る。
第十条の六の見出しを「（情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「、第三項及び第四項」を「及び第三項」に、「。第三項及び第四項」を「。第三項」に改め、同条第三項中「第六項」を「第五項」に改め、「及び第五項」を削り、同条第四項を削り、同条第五項中「第三項又は」を削り、同項を同条第四項とし、同条第六項中「又はリース税額控除限度額」、「又は第四項」及び「（その年の前年において同項の規定の適用を受けた情報基盤強化設備等をその年において当該個人の営む事業の用に供しなくなつた場合（当該情報基盤強化設備等の災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより当該事業の用に供しなくなつた場合を除く。）には、当該合計額から当該情報基盤強化設備等を当該事業の用に供しなくなつた日から当該賃借をする期間として定められた期間の末日までの期間に対応する部分の金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、同項に規定する個人が所有権移転外リース取引により取得した情報基盤強化設備等については、適用しない。この場合において、当該情報基盤強化設備等の取得価額は、同項に規定する情報基盤強化設備等の取得価額の合計額に含まれないものとする。
第十条の六第八項中「及び第四項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同条第九項中「第五項」を「第四項」に改め、同条第十項中「第三項から第五項までの規定」を「第三項又は第四項の規定」に、「及び租税特別措置法第十条の六第三項から第五項まで（情報基盤強化設備等を取得した場合等の所得税額の特別控除）」を「並びに租税特別措置法第十条の六第三項及び第四項（情報基盤強化設備等を取得した場合の所得税額の特別控除）」に改め、同条第十一項から第十四項までを削る。
第十一条第一項中「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該特定設備等をその事業の用に供した場合又は」を加える。
第十一条の二第一項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該地震防災対策用資産をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第一号中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第十一条の三第一項中「産業活力再生特別措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第二十六号）の施行の日から平成十九年三月三十一日まで」を「産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十六号）の施行の日から平成二十一年三月三十一日まで」に、「第二条第五項」を「第二条第八項」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該事業革新設備をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の二十四（当該事業革新設備が、第一号又は第三号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の三十とし、第二号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の四十とする。）」を「百分の二十（当該事業革新設備が、産業活力再生特別措置法第二条第十項に規定する特定事業革新設備である場合又は第四号若しくは第五号に掲げる計画に記載されたものである場合には、百分の三十）」に改め、同項各号を次のように改める。
一 産業活力再生特別措置法第五条第一項に規定する事業再構築計画（同法第二条第二項第二号に規定する事業革新（第四号において「事業革新」という。）について記載があるものに限る。） 同法第五条第一項に規定する認定（同法第六条第一項の認定を含む。）
二 産業活力再生特別措置法第七条第一項に規定する共同事業再編計画（同条第三項第四号に掲げる事項の記載があるものに限る。） 同条第一項に規定する認定（同法第八条第一項の認定を含む。）
三 産業活力再生特別措置法第九条第一項に規定する経営資源再活用計画（同条第三項第二号に掲げる事項の記載があるものに限る。） 同条第一項に規定する認定（同法第十条第一項の認定を含む。）
四 産業活力再生特別措置法第十一条第一項に規定する技術活用事業革新計画（事業革新について記載があるものに限る。） 同項に規定する認定（同法第十二条第一項の認定を含む。）
五 産業活力再生特別措置法第十三条第一項に規定する経営資源融合計画 同項に規定する認定（同法第十四条第一項の認定を含む。）
六 産業活力再生特別措置法第十六条第一項に規定する事業革新設備導入計画 同項に規定する認定（同法第十七条第一項の認定を含む。）
第十一条の四第一項中「平成二十年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に、「第二号」を「第一号」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十年三月三十一日」に、「製作若しくは」を「製作又は」に、「を取得し、又は特定電気通信設備等を製作し、若しくは建設して」を「の取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項において同じ。）をして」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定電気通信設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第二号中「百分の十五」の下に「（平成二十年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十三とし、平成二十一年四月一日から平成二十二年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十とする。）」を加える。
第十一条の五を次のように改める。
（集積区域における集積産業用資産の特別償却）
第十一条の五 青色申告書を提出する個人が、企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律（平成十九年法律第四十号）第七条第一項に規定する同意基本計画（以下この項において「同意基本計画」という。）に定められた同法第四条第二項第二号に規定する集積区域（以下この項において「集積区域」という。）内において、同法の施行の日から平成二十一年三月三十一日までの間に、同法第十四条第一項の承認（同法第十五条第一項の承認を含む。）を受けた同法第十四条第一項に規定する企業立地計画に定められた機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備（以下この条において「集積産業用資産」という。）で、その製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は集積産業用資産を製作し、若しくは建設して、これを当該集積区域内において当該個人の営む指定集積事業（当該同意基本計画に定められた同法第十九条に規定する指定集積業種に属する事業をいう。）の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該集積産業用資産をその用に供した場合を除く。）において、その用に供した当該集積産業用資産が政令で定める要件を満たすものであるときは、その用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該集積産業用資産の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該集積産業用資産について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額の百分の十五（建物及びその附属設備については、百分の八）に相当する金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該集積産業用資産の償却費として同項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
２ 第十一条第二項の規定は、前項の規定の適用を受ける集積産業用資産の償却費の額を計算する場合について準用する。この場合において、同条第二項中「その合計償却限度額」とあるのは、「第十一条の五第一項本文の規定により必要経費に算入することができる償却費の限度額」と読み替えるものとする。
３ 第十一条第三項の規定は、前二項の規定を適用する場合について準用する。
第十一条の七第一項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該再商品化設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同項第二号中「減価償却資産」の下に「（食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律（平成十二年法律第百十六号）第二十条第二項第一号に規定する認定計画に記載された同法第十一条第二項第二号に規定する再生利用事業に係る機械その他の減価償却資産にあつては、製造に関連する機械その他の減価償却資産を含む。）」を加え、同条第二項中「第十一条の七第一項本文」を「第十一条の六第一項本文」に改め、同条を第十一条の六とする。
第十二条第一項中「供したとき」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該工業用機械等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第一号を次のように改める。
一 次に掲げる地区 イ 半島振興法（昭和六十年法律第六十三号）第二条第一項の規定により半島振興対策実施地域として指定された地区 |
製造の事業その他の政令で定める事業 |
機械及び装置並びに建物及びその附属設備で、政令で定めるもの |
百分の十（建物及びその附属設備については、百分の六） |
ロ 過疎地域自立促進特別措置法（平成十二年法律第十五号）第二条第一項に規定する過疎地域のうち政令で定める地区 |
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ハ 離島振興法（昭和二十八年法律第七十二号）第二条第一項の規定により離島振興対策実施地域として指定された地区及びこれに類する地区として政令で定める地区 |
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ニ 水源地域対策特別措置法（昭和四十八年法律第百十八号）第三条第一項の規定により水源地域として指定された地区のうち政令で定める地区 |
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第十二条第一項の表中第二号及び第三号を削り、第四号を第二号とし、第五号を第三号とし、第六号を第四号とする。
第十二条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該医療用機器等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項第一号中「又は第三号」を削り、同項第二号を削り、同項第三号を同項第二号とする。
第十二条の三の見出しを「（建替え病院用等建物の特別償却）」に改め、同条第一項及び第二項を削り、同条第三項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「医療法」の下に「（昭和二十三年法律第二百五号）」を加え、「第六項」を「第四項」に改め、「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該建替え病院用等建物をその用に供した場合を除き、」を加え、「（第一項の規定の適用を受けるものを除く。）」を削り、同項を同条第一項とし、同条第四項を同条第二項とし、同条第五項中「第三項」を「第一項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第六項中「第三項の」を「第一項の」に、「第十二条の三第三項本文」を「第十二条の三第一項本文」に改め、同項を同条第四項とし、同条第七項中「第一項から第三項まで」を「第一項」に改め、同項を同条第五項とする。
第十三条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「建設したもの（」の下に「所有権移転外リース取引により取得したものを除く。」を、「合計額」の下に「（次項において「合計償却限度額」という。）」を加え、「として同項」を「として同条第一項」に改め、同条第二項を次のように改める。
２ 前項の規定の適用を受けた年において同項の規定により当該機械装置等の償却費として必要経費に算入した金額がその年におけるその合計償却限度額に満たない場合には、その年の翌年分の事業所得の金額の計算上、当該機械装置等の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定（当該機械装置等について前項又は次条第一項の規定の適用を受けるときは、これらの規定を含む。）にかかわらず、当該機械装置等の償却費として同法第四十九条第一項の規定により必要経費に算入する金額（その年の翌年において当該機械装置等につき前項又は次条第一項の規定の適用を受ける場合には、当該翌年におけるこれらの規定により必要経費に算入することができる償却費の限度額に相当する金額とする。）とその満たない金額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額との合計額に相当する金額とすることができる。
第十三条第三項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該障害者対応設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第七項中「第一項の規定若しくは第二項において準用する前条第二項の規定又は第三項の規定若しくは」を「第一項から第三項までの規定又は」に改める。
第十三条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「附属設備（」の下に「所有権移転外リース取引により取得したものを除く。」を加え、同条第三項中「第十二条の三第二項」を「前条第二項」に、「「前項」とあるのは「第十三条の二第一項」」を「「前項の」とあるのは「第十三条の二第一項の」」に、「「第十三条の二第一項」とあるのは「第十二条の三第一項」」を「「前項又は次条第一項」とあるのは「第十三条第一項又は第十三条の二第一項」」に改め、同条第四項中「第十二条の三第二項」を「前条第二項」に改める。
第十四条の見出しを「（優良賃貸住宅の割増償却）」に改め、同条第一項中「第五項」を「第三項」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該中心市街地優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に、「第五項」を「次項」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該高齢者向け優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の百三十六」を「百分の百二十八」に、「百分の百五十」を「百分の百四十」に改め、同条第三項及び第四項を削り、同条第五項中「前各項」を「前二項」に、「、高齢者向け優良賃貸住宅又は改良優良賃貸住宅」を「又は高齢者向け優良賃貸住宅」に改め、同項を同条第三項とし、同条第六項中「第一項から第三項まで」を「第一項又は第二項」に改め、同項を同条第四項とする。
第十四条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定再開発建築物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第三項中「第十二条の三第二項」を「第十三条第二項」に改め、「同条第二項中」の下に「「前項の」とあるのは「第十四条の二第一項の」と、」を加え、「とあるのは、」を「とあるのは」に改め、「の限度額」と」の下に「、「前項又は次条第一項」とあるのは「第十四条の二第一項」と」を加え、同条第四項中「第十二条の三第二項」を「第十三条第二項」に改める。
第十五条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該倉庫用建物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第二項中「第十二条の三第二項」を「第十三条第二項」に改め、「同条第二項中」の下に「「前項の」とあるのは「第十五条第一項の」と、」を加え、「とあるのは、」を「とあるのは」に改め、「の限度額」と」の下に「、「前項又は次条第一項」とあるのは「第十五条第一項」と」を加え、同条第三項中「第十二条の三第二項」を「第十三条第二項」に改める。
第二十条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第二十二条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に改める。
第二章第二節第四款中第二十五条の前に次の二条を加える。
（農業経営基盤強化準備金）
第二十四条の二 青色申告書を提出する個人で、農業経営基盤強化促進法（昭和五十五年法律第六十五号）第十二条第一項に規定する農業経営改善計画に係る同項の認定を受けたもの（第三項において「認定農業者」という。）が、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの期間内の日の属する各年（事業を廃止した日の属する年を除く。）において、農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律（平成十八年法律第八十八号）第三条第一項又は第四条第一項に規定する交付金その他これに類するものとして財務省令で定める交付金又は補助金（以下この項において「交付金等」という。）の交付を受けた場合において、農業経営基盤強化促進法第十二条の二第二項に規定する認定計画（第三項において「認定計画」という。）の定めるところに従つて行う農業経営基盤強化（同法第十二条第二項第二号の農業経営の規模を拡大すること又は同号の生産方式を合理化することをいう。以下この項において同じ。）に要する費用の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額を農業経営基盤強化準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該積立てをした年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入する。
一 当該交付金等の額のうち農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものとして政令で定める金額
二 当該積立てをした年分の事業所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ その年の十二月三十一日において、前項に規定する個人の前年から繰り越された農業経営基盤強化準備金の金額（同日までに次項の規定により総収入金額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額又はその年の前年の十二月三十一日までにこの項の規定により総収入金額に算入された金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この条において同じ。）のうちにその積立てをした年の翌年一月一日から五年を経過したものがある場合には、その五年を経過した農業経営基盤強化準備金の金額は、その五年を経過した日の属する年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
３ 第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている個人が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日の属する年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。この場合において、第四号に掲げる場合に該当するときは、同号に規定する農業経営基盤強化準備金の金額をその積立てをした年が最も古いものから順次総収入金額に算入されるものとする。
一 認定農業者に該当しないこととなつた場合 その該当しないこととなつた日における農業経営基盤強化準備金の金額
二 認定計画の認定が取り消された場合 その取消しの日における農業経営基盤強化準備金の金額
三 事業を廃止した場合 その廃止した日における農業経営基盤強化準備金の金額
四 前項、前三号及び次項の場合以外の場合において農業経営基盤強化準備金の金額を取り崩した場合
その取り崩した日における農業経営基盤強化準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
４ 第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている個人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた年の翌年である場合には、そのやめた年の十二月三十一日）における農業経営基盤強化準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日の属する年分及びその翌年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。この場合においては、当該農業経営基盤強化準備金の金額については、前二項及び第六項の規定は、適用しない。
５ 第二十条第五項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
６ 第二十条第六項から第八項までの規定は、第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている個人の死亡により当該個人の相続人が同項の農業経営基盤強化準備金に係る事業を承継した場合について準用する。
７ 前二項に定めるもののほか、第一項から第四項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（農用地等を取得した場合の課税の特例）
第二十四条の三 前条第一項の農業経営基盤強化準備金の金額（同条第四項の規定の適用を受けるものを除く。）を有する個人（同条第一項の規定の適用を受けることができる個人を含む。）が、各年において、同項に規定する認定計画の定めるところにより、農業経営基盤強化促進法第四条第一項第一号に規定する農用地（当該農用地に係る賃借権を含む。以下この項において同じ。）の取得（贈与又は交換によるもの、所有権移転外リース取引によるものその他政令で定めるものを除く。以下この項において同じ。）をし、又はその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのない農業用の機械その他の減価償却資産（以下この項及び第四項において「特定農業用機械等」という。）の取得をし、若しくは特定農業用機械等の製作若しくは建設をして、当該農用地又は特定農業用機械等（以下この項及び第五項において「農用地等」という。）を当該個人の事業の用に供した場合には、当該農用地等につき、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額に相当する金額として政令で定めるところにより計算した金額は、その年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入する。
一 次に掲げる金額の合計額
イ その年の前年から繰り越された前条第一項の農業経営基盤強化準備金の金額（その年の前年の十二月三十一日までに同条第二項又は第三項の規定により総収入金額に算入された金額がある場合には当該金額を控除した金額）のうち、その年において同条第二項又は第三項の規定により総収入金額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
ロ その年において交付を受けた前条第一項に規定する交付金等の額のうち同項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として政令で定める金額
二 その年分の事業所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定により必要経費に算入される金額についてのその算入に関する記載があり、かつ、当該金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３ 税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 第一項の規定の適用を受けた特定農業用機械等については、第十九条各号に掲げる規定（第十三条第一項及び第十三条の二の規定を除く。）は、適用しない。
５ 第一項の規定の適用を受けた農用地等について所得税に関する法令の規定を適用する場合における当該農用地等の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二十六条第二項第三号中「、結核予防法（昭和二十六年法律第九十六号）」を削る。
第二十八条の三第二項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加え、「取りこわし」を「取壊し」に改める。
第二十八条の四第一項中「、特定目的信託の信託契約に基づく土地等の信託による当該土地等の移転（次項において「特定目的信託の設定」という。）」を削り、同条第二項中「及び特定目的信託の設定」を削る。
第二十九条第三項中「第九条第一項第一号」を「第九条第一項」に、「第十条第二項」を「第十条第三項」に改める。
第二十九条の二第一項第六号中「証券業者又は」を「金融商品取引業者又は」に、「「証券業者等」」を「「金融商品取引業者等」」に、「の保管の委託」を「の振替口座簿（社債等の振替に関する法律に規定する振替口座簿をいう。以下この条において同じ。）への記載若しくは記録、保管の委託」に、「当該保管の委託」を「当該振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託」に、「証券業者等の営業所又は」を「金融商品取引業者等の振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は当該金融商品取引業者等の営業所若しくは」に、「又は管理等信託」を「若しくは管理等信託」に改め、同条第四項中「証券業者等の営業所等に保管の委託又は」を「金融商品取引業者等の振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は金融商品取引業者等の営業所等に保管の委託若しくは」に、「取決めに従い当該」を「取決めに従い引き続き当該」に、「証券業者等の営業所等に引き続き保管の委託又は」を「金融商品取引業者等の振替口座簿に記載若しくは記録を受け、又は金融商品取引業者等の営業所等に保管の委託若しくは」に改め、同項第一号中「保管の委託」を「当該金融商品取引業者等の振替口座簿への記載若しくは記録、保管の委託」に改め、同条第六項中「保管の委託を受け、又は」を「振替口座簿への記載若しくは記録をし、又は保管の委託を受け、若しくは」に、「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第七項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第二十九条の三第一項中「この項」を「この条」に改め、同条第二項を削る。
第三十条の二第一項中「平成十九年」を「平成二十一年」に改める。
第三十一条の二第二項第二号中「第六号若しくは第七号に掲げる譲渡又は」を削り、同項第十六号中「第六号から第八号まで、第十一号」を「第六号から第九号まで、第十二号」に改め、同号を同項第十七号とし、同項第十五号中「第六号から第八号まで、第十一号」を「第六号から第九号まで、第十二号」に改め、同号を同項第十六号とし、同項第十四号中「第六号、第七号若しくは第十一号」を「第六号から第八号まで若しくは第十二号」に改め、同号を同項第十五号とし、同項第十三号中「第六号、第七号又は第十一号」を「第六号から第八号まで又は第十二号」に改め、同号を同項第十四号とし、同項第十二号を同項第十三号とし、同項第十一号中「、第六号若しくは第七号」を「若しくは第六号から第八号まで」に改め、同号を同項第十二号とし、同項第十号中「第十三号から第十六号まで」を「第十四号から第十七号まで」に改め、同号を同項第十一号とし、同項第九号中「前三号、第十一号又は第十三号から第十六号まで」を「第六号から前号まで、第十二号又は第十四号から第十七号まで」に改め、同号を同項第十号とし、同項第八号中「前二号」を「前三号」に改め、同号を同項第九号とし、同項第七号中「第三号」を「第二号」に改め、同号を同項第八号とし、同項第六号中「前三号」を「第二号から前号まで」に改め、同号を同項第七号とし、同項第五号の次に次の一号を加える。
六 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三条第一項第一号に規定する防災再開発促進地区の区域内における同法第八条に規定する認定建替計画（当該認定建替計画に定められた新築する建築物の敷地面積の合計が五百平方メートル以上であることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る建築物の建替えを行う事業の同法第七条第一項に規定する認定事業者に対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該事業の用に供されるもの（第二号から前号までに掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
第三十一条の二第三項中「前項第十一号から第十六号まで」を「前項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第四項中「第三十六条の五から第三十七条まで」を「第三十六条の五、第三十七条」に改め、同条第五項中「第二項第十一号から第十四号までの造成又は同項第十五号若しくは第十六号」を「第二項第十二号から第十五号までの造成又は同項第十六号若しくは第十七号」に、「第二項第十一号から第十六号まで」を「第二項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第七項中「第二項第十一号から第十六号まで」を「第二項第十二号から第十七号まで」に改める。
第三十一条の三第一項中「第三十六条の五から第三十七条まで」を「第三十六条の五、第三十七条」に改める。
第三十二条第二項中「（出資を含む。）又はその信託財産に属する資産が主として土地等である法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託の受益権（次に掲げるものを除く。以下この項において同じ」を「又は出資（当該株式又は出資のうち次に掲げる出資、投資口又は受益権に該当するものを除く。以下この項において「株式等」という」に、「株式又は受益権」を「株式等」に改め、同項第一号中「法人税法第二条第十号」を「同項第二号ニ」に改め、同項第二号中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に、「法人税法第二条第十号」を「同項第二号ニ」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同項第三号中「特定目的信託」を「法人課税信託のうち特定目的信託」に、「第六十八条の三の三第一項第一号ロ」を「第六十八条の三の二第一項第一号ロ」に、「同族特定信託」を「同族会社」に改め、同項第四号中「法人税法第二条第二十九号の三イに掲げる信託であつて、第六十八条の三の四第一項第一号ロ」を「法人課税信託のうち法人税法第二条第二十九号の二ニに掲げる投資信託であつて、第六十八条の三の三第一項第一号ロ」に、「同族特定信託」を「同族会社」に改める。
第三十三条第一項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加える。
第三十四条第一項中「第三十六条の五から第三十七条まで」を「第三十六条の五、第三十七条」に改め、同条第二項第四号中「独立行政法人国立博物館」を「独立行政法人国立文化財機構」に改め、同条第三項中「前項第一号から第二号の二まで」を「前項各号」に改める。
第三十四条の二第一項中「第三十六条の五から第三十七条まで」を「第三十六条の五、第三十七条」に改め、同条第二項第三号中「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改め、同項第八号中「第二百八十九条第一項」を「第三百条第一項」に改め、同項第二十四号を同項第二十五号とし、同項第二十号から第二十三号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十九号中「特定旅客施設（高齢者移動等円滑化法第二条第六号に規定する特定旅客施設をいう。）、一般交通用施設（高齢者移動等円滑化法第二条第二十一号ロに規定する一般交通用施設のうち当該特定旅客施設と同号イに規定する生活関連施設との間の移動が通常徒歩で行われる経路を構成するものをいう。）又は公共用施設（高齢者移動等円滑化法第三十九条第一項に規定する生活関連施設のうち当該特定旅客施設又は当該一般交通用施設と一体として利用される駐車場、公園その他の公共の用に供する施設をいう。）」を「同項に規定する生活関連施設又は一般交通用施設」に、「特定旅客施設、一般交通用施設又は公共用施設」を「生活関連施設又は一般交通用施設」に改め、同号を同項第二十号とし、同項第十八号を同項第十九号とし、同項第十三号から第十七号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十二号イ中「中小小売商業振興法」の下に「（昭和四十八年法律第百一号）」を加え、同号を同項第十三号とし、同項第十一号を同項第十二号とし、同項第十号の次に次の一号を加える。
十一 地方公共団体又は都市再生特別措置法第七十三条第一項に規定する都市再生整備推進法人（政令で定めるものに限る。以下この号において同じ。）が同法第四十六条第一項に規定する都市再生整備計画に記載された公共施設の整備に関する事業（当該事業が当該都市再生整備推進法人により行われるものである場合には、地方公共団体の管理の下に行われるものに限る。）の用に供するために、当該都市再生整備計画の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第三十三条第一項第二号若しくは第三号の六、第三十三条の二第一項第一号若しくは前条第二項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号、第四号若しくは第七号から前号までに掲げる場合に該当する場合を除く。）
第三十四条の二第三項中「第六号から第十五号まで、第十八号又は第二十一号」を「第六号から第十六号まで、第十九号又は第二十二号」に改める。
第三十四条の三第二項第一号及び第二号中「前条第二項第二十四号」を「前条第二項第二十五号」に改め、同項第四号中「第二十四号」を「第二十五号」に改める。
第三十六条の六の見出しを「（特定の居住用財産の買換えの場合の長期譲渡所得の課税の特例）」に改め、同条第一項中「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十一年十二月三十一日」に改め、「この条」の下に「及び次条」を、「）の譲渡」の下に「（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含むものとし、当該個人の配偶者その他の当該個人と政令で定める特別の関係がある者に対してするもの、第三十三条から第三十三条の四まで、第三十七条、第三十七条の四、第三十七条の七又は第三十七条の九の二から第三十七条の九の四までの規定の適用を受けるもの及び贈与、交換又は出資によるものその他政令で定めるものを除く。以下この条及び次条において同じ。）」を、「）の取得」の下に「（建設を含むものとし、贈与又は交換によるものその他政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）」を加え、「、第三十六条の二、前条」を削り、同条第二項及び第三項を次のように改める。
２ 前項の規定は、平成五年四月一日から平成二十一年十二月三十一日までの間に譲渡資産の譲渡をした個人が、当該譲渡をした日の属する年の翌年中に買換資産の取得をする見込みであり、かつ、当該取得の日の属する年の翌年十二月三十一日までに当該取得をした買換資産を当該個人の居住の用に供する見込みであるときについて準用する。この場合において、同項中「譲渡の日の属する年の十二月三十一日」とあるのは「譲渡の日の属する年の翌年十二月三十一日」と、「翌年十二月三十一日」とあるのは「翌々年十二月三十一日」と、「取得価額以下」とあるのは「取得価額とその取得価額の見積額との合計額以下」と、「当該取得価額」とあるのは「当該合計額」と読み替えるものとする。
３ 第一項（前項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、第一項の規定の適用を受けようとする者の譲渡資産の譲渡をした日の属する年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、当該譲渡資産の譲渡価額、買換資産の取得価額又はその見積額に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
第三十六条の六に次の三項を加える。
４ 税務署長は、確定申告書の提出がなかつた場合又は前項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
５ 第三十三条第六項の規定は、第三項に規定する確定申告書を提出する者について準用する。この場合において、同条第六項中「代替資産」とあるのは、「買換資産」と読み替えるものとする。
６ 前三項に定めるもののほか、譲渡資産及び買換資産の範囲その他第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第二章第四節第七款の二中第三十六条の六を第三十六条の二とし、同条の次に次の三条を加える。
（特定の居住用財産の買換えの場合の更正の請求、修正申告等）
第三十六条の三 前条第一項の規定の適用を受けた者は、譲渡資産の譲渡をした日の属する年の翌年十二月三十一日までに、買換資産を当該個人の居住の用に供しない場合又は供しなくなつた場合には、同日から四月を経過する日までに当該譲渡の日の属する年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。
２ 前条第二項において準用する同条第一項の規定の適用を受けた者は、次の各号のいずれかに該当する場合には、第一号に該当する場合で過大となつたときにあつては当該買換資産の同条第二項に規定する取得をした日（当該取得をした日が二以上ある場合には、そのいずれか遅い日。以下この項において同じ。）から四月を経過する日までに同条第二項に規定する譲渡の日の属する年分の所得税についての更正の請求をすることができるものとし、同号に該当する場合で不足額を生ずることとなつたとき、又は第二号に該当するときにあつては当該買換資産の取得をした日又は同号に該当することとなつた日から四月を経過する日までに当該譲渡の日の属する年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならないものとする。
一 買換資産の取得をした場合において、その取得価額が前条第二項の規定により読み替えられた同条第一項に規定する取得価額の見積額に対して過不足額があるとき。
二 前条第二項に規定する譲渡の日の属する年の翌年十二月三十一日までに買換資産の取得をしていないとき、又は買換資産の取得をした場合において当該取得の日の属する年の翌年十二月三十一日までに買換資産を当該個人の居住の用に供しないとき、若しくは供しなくなつたとき。
３ 第一項若しくは前項第二号の規定に該当する場合又は同項第一号に規定する不足額を生ずることとなつた場合において、修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該申告書に記載すべきであつた所得金額、所得税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正を行う。
４ 第三十三条の五第三項の規定は、第一項又は第二項の規定による修正申告書及び前項の更正について準用する。この場合において、同条第三項第一号及び第二号中「第一項に規定する提出期限」とあるのは「第三十六条の三第一項又は第二項に規定する提出期限」と、同号中「第三十三条の五第一項」とあるのは「第三十六条の三第一項又は第二項」と読み替えるものとする。
（買換えに係る居住用財産の譲渡の場合の取得価額の計算等）
第三十六条の四 第三十六条の二第一項（同条第二項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定の適用を受けた者（前条第一項若しくは第二項の規定による修正申告書を提出し、又は同条第三項の規定による更正を受け、かつ、第三十六条の二第一項の規定による特例を認められないこととなつた者を除く。）の同条第一項に規定する買換資産について、当該買換資産の取得の日以後その譲渡（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。）、相続、遺贈又は贈与があつた場合において、譲渡所得の金額を計算するときは、政令で定めるところにより、当該買換資産の取得価額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める金額（同項に規定する譲渡資産の譲渡に要した費用があるときは、政令で定めるところにより計算した当該費用の金額を加算した金額）とする。
一 第三十六条の二第一項の譲渡による収入金額が買換資産の取得価額を超える場合 当該譲渡をした譲渡資産の取得価額等のうちその超える額に対応する部分以外の部分の額として政令で定めるところにより計算した金額
二 第三十六条の二第一項の譲渡による収入金額が買換資産の取得価額に等しい場合 当該譲渡をした譲渡資産の取得価額等に相当する金額
三 第三十六条の二第一項の譲渡による収入金額が買換資産の取得価額に満たない場合 当該譲渡をした譲渡資産の取得価額等にその満たない額を加算した金額に相当する金額
（特定の居住用財産を交換した場合の長期譲渡所得の課税の特例）
第三十六条の五 個人が、平成五年四月一日から平成二十一年十二月三十一日までの間に、その有する家屋若しくは土地若しくは土地の上に存する権利で第三十六条の二第一項に規定する譲渡資産に該当するもの（以下この条において「交換譲渡資産」という。）と当該個人の居住の用に供する家屋若しくは当該家屋の敷地の用に供する土地若しくは当該土地の上に存する権利で同項に規定する買換資産に該当するもの（以下この条において「交換取得資産」という。）との交換（第三十三条の二第一項第二号に規定する交換その他政令で定める交換を除く。以下この条において同じ。）をした場合（当該交換に伴い交換差金（交換により取得した資産の価額と交換により譲渡した資産の価額との差額を補うための金銭をいう。以下この条において同じ。）を取得し、又は支払つた場合を含む。）又は交換譲渡資産と交換取得資産以外の資産との交換をし、かつ、交換差金を取得した場合（以下この条において「他資産との交換の場合」という。）における前三条の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該交換譲渡資産（他資産との交換の場合にあつては、交換差金に対応するものとして政令で定める部分に限る。以下この号において同じ。）は、当該個人が、その交換の日において、同日における当該交換譲渡資産の価額に相当する金額をもつて第三十六条の二第一項の譲渡をしたものとみなす。
二 当該交換取得資産は、当該個人が、その交換の日において、同日における当該交換取得資産の価額に相当する金額をもつて第三十六条の二第一項の取得をしたものとみなす。
第三十七条第一項中「第十五号の」を「第十六号の」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改め、「交換によるもの」の下に「、所有権移転外リース取引によるもの」を加え、「第十七号」を「第十八号」に改め、同項の表の第一号中「第十五号」を「第十六号」に改め、同表の第十四号中「この号」の下に「及び次号」を加え、同表の第十七号を同表の第十八号とし、同表の第十六号を同表の第十七号とし、同表の第十五号を同表の第十六号とし、同表の第十四号の次に次の一号を加える。
十五 防災再開発促進地区内にある土地等、建物又は構築物で、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第八条に規定する認定建替計画（政令で定める基準に適合するものに限る。以下この号において「認定建替計画」という。）に係る建築物の建替えを行う事業の用に供するために譲渡をされるもの |
当該防災再開発促進地区内にある土地等、建物又は構築物で、当該認定建替計画に係る建築物の建替えを行う事業に伴い取得をされるもの |
第三十七条第三項及び第四項並びに第三十七条の四中「第十五号」を「第十六号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改める。
第三十七条の五第一項中「、第三十六条の六」を削り、「又は交換」を「、交換又は所有権移転外リース取引」に改め、同条第二項の表第三十七条第四項の項中「第十五号」を「第十六号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改める。
第三十七条の六第一項第三号中「第三十六条の五から第三十七条まで」を「第三十六条の五、第三十七条」に改める。
第三十七条の九の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第三十七条の十第一項中「証券取引法第二条第二十項に規定する有価証券先物取引」を「金融商品取引法第二十八条第八項第三号イに掲げる取引」に改め、同条第二項第一号中「第二条第二十三項」を「第二条第十六項」に改め、同項第五号中「受益証券」を「受益権」に改め、同項第六号を次のように改める。
第三十七条の十第三項第一号中「同条第十四号」を「所得税法第二条第一項第八号の二」に改め、「法人の合併」の下に「（法人課税信託に係る信託の併合を含む。以下この号において同じ。）」を加え、「同条第十二号」を「法人税法第二条第十二号」に改め、「合併法人」の下に「（信託の併合に係る新たな信託である法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。）」を加え、「又は出資以外の」を「若しくは出資又は合併法人との間に当該合併法人の発行済株式若しくは出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。次号において「発行済株式等」という。）の全部を保有する関係として政令で定める関係がある法人の株式若しくは出資のいずれか一方の株式又は出資以外の」に、「されたものに限る」を「されなかつたものを除く」に改め、同項第二号中「分割法人」の下に「（信託の分割によりその信託財産の一部を受託者を同一とする他の信託又は新たな信託の信託財産として移転する法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。）」を加え、「同条第十二号の三」を「法人税法第二条第十二号の三」に改め、「分割承継法人」の下に「（信託の分割により受託者を同一とする他の信託からその信託財産の一部の移転を受ける法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。）」を加え、「又は出資以外の」を「若しくは出資又は分割承継法人との間に当該分割承継法人の発行済株式等の全部を保有する関係として政令で定める関係がある法人の株式若しくは出資のいずれか一方の株式又は出資以外の」に、「同条第十二号の九」を「法人税法第二条第十二号の九」に、「されたものに限る」を「されなかつたものを除く」に改め、同項第三号中「分割型分割」の下に「（法人課税信託に係る信託の分割を含む。）」を加え、同項第四号中「証券取引所（証券取引法」を「金融商品取引所（金融商品取引法」に、「証券取引所を」を「金融商品取引所を」に改め、同条第四項を次のように改める。
４ 株式等証券投資信託、非公社債等投資信託又は特定受益証券発行信託（以下この項において「株式等証券投資信託等」という。）の受益権を有する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が交付を受ける次の各号に掲げる金額は、株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第一項の規定を適用する。
一 その株式等証券投資信託等の終了（当該株式等証券投資信託等の信託の併合に係るものである場合にあつては、当該株式等証券投資信託等の受益者に当該信託の併合に係る新たな信託の受益権以外の資産（信託の併合に反対する当該受益者に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）の交付がされた信託の併合に係るものに限る。）又は一部の解約により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち当該株式等証券投資信託等について信託された金額（所得税法第二条第一項第十四号に規定するオープン型の証券投資信託にあつては当該金額のうち同法第九条第一項第十一号に掲げる収益の分配に充てられるべき部分の金額を控除した金額とし、当該株式等証券投資信託等の受益権に係る部分の金額に限る。）に達するまでの金額
二 その特定受益証券発行信託に係る信託の分割（分割信託（信託の分割によりその信託財産の一部を受託者を同一とする他の信託又は新たな信託の信託財産として移転する信託をいう。）の受益者に承継信託（信託の分割により受託者を同一とする他の信託からその信託財産の一部の移転を受ける信託をいう。）の受益権以外の資産（信託の分割に反対する当該受益者に対する信託法（平成十八年法律第百八号）第百三条第六項に規定する受益権取得請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）の交付がされたものに限る。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち当該特定受益証券発行信託について信託された金額（当該特定受益証券発行信託の受益権に係る部分の金額に限る。）に達するまでの金額
第三十七条の十の二第一項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第三十七条の十一第一項中「平成十九年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「同条第四項」を「同項第五号」に改め、「株式等証券投資信託」の下に「（第三条の二に規定する特定株式投資信託を除く。）」を加え、「係る受益証券」を「係る受益権」に、「公募（証券取引法」を「公募（金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に、「受益証券及び」を「受益権及び」に、「第二条第二十三項」を「第二条第十六項」に、「同条第二十一項」を「同条第十四項」に、「係る証券取引法」を「係る金融商品取引法」に、「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同項第一号を次のように改める。
一 金融商品取引法第二条第九項に規定する金融商品取引業者（同法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る。次号及び第三十七条の十一の三第三項第一号において「金融商品取引業者」という。）又は同法第二条第十一項に規定する登録金融機関（第三号において「登録金融機関」という。）への売委託により行う上場株式等の譲渡
第三十七条の十一第一項第二号中「証券業者」を「金融商品取引業者」に改め、同項第三号中「証券取引法第六十五条の二第三項に規定する」を削り、「第二条第十八項に規定する投資信託委託業者」を「第二条第十一項に規定する投資信託委託会社」に改め、同項第四号中「第四項」を「第四項各号」に改め、同項第七号を同項第八号とし、同項第六号を同項第七号とし、同項第五号中「譲渡」の下に「その他これに類する上場株式等の譲渡として政令で定めるもの」を加え、同号を同項第六号とし、同項第四号の次に次の一号を加える。
五 上場株式等を発行した法人の行う株式交換又は株式移転による当該法人に係る法人税法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人又は同条第十二号の七に規定する株式移転完全親法人に対する当該上場株式等の譲渡
第三十七条の十一の二第二項第三号中「又は出資のみ」を「若しくは出資又は合併法人との間に同項第一号に規定する政令で定める関係がある法人の株式若しくは出資（以下この号において「合併親法人株式」という。）のいずれか一方のみ」に、「又は出資及び」を「若しくは出資又は合併親法人株式及び」に、「又は出資の取得」を「若しくは出資又は合併親法人株式の取得」に改める。
第三十七条の十一の三第一項中「非居住者が、」の下に「上場株式等保管委託契約に基づき」を、「特定口座。」の下に「以下この項及び」を加え、「上場株式等保管委託契約に基づき保管の委託」を「係る振替口座簿（社債等の振替に関する法律に規定する振替口座簿をいう。第三項において同じ。）に記載若しくは記録がされ、又は特定口座に保管の委託」に改め、同条第二項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同条第三項第一号中「証券業者、銀行、協同組織金融機関（証券取引法第二条第八項に規定する協同組織金融機関をいう。以下この号において同じ。）」を「金融商品取引業者」に、「同法第六十五条の二第三項」を「金融商品取引法第二条第十一項」に、「をいい、銀行及び協同組織金融機関を除く」を「をいう」に、「「証券業者等」と総称する」を「「金融商品取引業者等」という」に、「当該証券業者等」を「当該金融商品取引業者等」に、「その口座に保管の委託」を「その口座に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又はその口座に保管の委託」に、「保管の委託又は」を「振替口座簿への記載若しくは記録若しくは保管の委託又は」に改め、同項第二号中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に、「上場株式等の保管の委託」を「上場株式等の振替口座簿への記載若しくは記録又は保管の委託」に、「当該保管の委託」を「当該記載若しくは記録又は保管の委託」に、「に保管の委託」を「に記載若しくは記録又は保管の委託」に、「おいて保管の委託」を「おいて振替口座簿への記載若しくは記録又は保管の委託」に改め、同項第三号中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第四項から第十項までの規定中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第三十七条の十一の四第一項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第二項中「平成十九年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改め、同条第三項及び第四項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第五項中「平成十九年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改め、同条第八項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第三十七条の十三第一項第三号中「証券業協会」を「金融商品取引法第二条第十三項に規定する認可金融商品取引業協会」に、「証券業者」を「金融商品取引業者」に改め、同項第四号中「第十二条第一項」を「第十三条第一項」に改める。
第三十七条の十三の二第一項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に改める。
第三十七条の十三の三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、同項第二号中「証券取引法第二条第二十項に規定する有価証券先物取引」を「金融商品取引法第二十八条第八項第三号イに掲げる取引」に、「証券業者」を「金融商品取引業者」に改める。
第三十七条の十四第一項中「うち証券取引法」を「うち金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「証券取引法第二条第二十項に規定する有価証券先物取引」を「金融商品取引法第二十八条第八項第三号イに掲げる取引」に改め、同項第一号中「証券業者」を「金融商品取引業者」に、「、銀行又は証券取引法第二条第八項に規定する協同組織金融機関」を「又は金融商品取引法第二条第十一項に規定する登録金融機関」に改め、「（これに類するもので政令で定めるものを含む。）」を削り、同項第二号中「証券業者」を「金融商品取引業者」に改め、同項第三号中「第四項」を「第四項各号」に改め、同項第六号を同項第七号とし、同項第五号を同項第六号とし、同項第四号中「譲渡」の下に「その他これに類する特定上場株式等の譲渡として政令で定めるもの」を加え、同号を同項第五号とし、同項第三号の次に次の一号を加える。
四 特定上場株式等を発行した法人の行う株式交換又は株式移転による当該法人に係る法人税法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人又は同条第十二号の七に規定する株式移転完全親法人に対する当該特定上場株式等の譲渡
第三十七条の十四の次に次の二条を加える。
（合併等により外国親法人株式の交付を受ける場合の課税の特例）
第三十七条の十四の二 国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式（出資を含む。以下この条及び次条において同じ。）につき、その株式を発行した内国法人（法人税法第二条第六号に規定する公益法人等を除く。以下この条及び次条において同じ。）の特定合併により外国合併親法人株式（次条第一項に規定する特定非適格合併により交付を受ける外国合併親法人株式で第六十八条の二の三第五項第一号に規定する特定軽課税外国法人（次項及び第三項において「特定軽課税外国法人」という。）の株式に該当するもの（以下この項において「課税外国親法人株式」という。）及び当該非居住者が国内において行う事業に係る資産として管理する株式として政令で定めるもの（以下この条において「国内事業管理株式」という。）に対応して交付を受けるもの（課税外国親法人株式を除く。第四項において「国内事業管理外国合併親法人株式」という。）を除く。以下この項において同じ。）の交付を受ける場合には、その交付を受ける外国合併親法人株式の価額に相当する金額（所得税法第二十五条第一項の規定に該当する部分の金額を除く。）は、株式等に係る譲渡所得等（第三十七条の十第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等をいう。次項及び次条において同じ。）に係る収入金額とみなして、第三十七条の十第一項の規定を適用する。
２ 国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式につき、その株式を発行した内国法人の行つた特定分割型分割により外国分割承継親法人株式（次条第二項に規定する特定非適格分割型分割により交付を受ける外国分割承継親法人株式で特定軽課税外国法人の株式に該当するもの（以下この項において「課税外国親法人株式」という。）及び当該非居住者が国内事業管理株式に対応して交付を受けるもの（課税外国親法人株式を除く。第四項において「国内事業管理外国分割承継親法人株式」という。）を除く。以下この項において同じ。）の交付を受ける場合には、その交付を受ける外国分割承継親法人株式の価額に相当する金額（所得税法第二十五条第一項の規定に該当する部分の金額を除く。）は、株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第三十七条の十第一項の規定を適用する。
３ 国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式（以下この項において「旧株」という。）につき、その旧株を発行した内国法人の行つた特定株式交換により法人税法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人に対し当該旧株の譲渡をし、かつ、外国株式交換完全支配親法人株式（次条第三項に規定する特定非適格株式交換により交付を受ける外国株式交換完全支配親法人株式で特定軽課税外国法人の株式に該当するもの（以下この項において「課税外国親法人株式」という。）及び当該非居住者が国内事業管理株式に対応して交付を受けるもの（課税外国親法人株式を除く。次項において「国内事業管理外国株式交換完全支配親法人株式」という。）を除く。以下この項において同じ。）の交付を受けた場合には、当該旧株のうちその交付を受けた外国株式交換完全支配親法人株式に対応する部分の譲渡については、所得税法第百六十五条の規定により同法第五十七条の四第一項の規定に準じて計算する場合における同項の規定は、適用しない。
４ 国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する国内事業管理親法人株式（特定合併により交付を受ける国内事業管理外国合併親法人株式、特定分割型分割により交付を受ける国内事業管理外国分割承継親法人株式及び特定株式交換により交付を受ける国内事業管理外国株式交換完全支配親法人株式をいう。以下この項において同じ。）の全部又は一部を当該非居住者の国内において行う事業に係る資産として管理しなくなるものとして政令で定める行為を行つた場合には、その行為に係る国内事業管理親法人株式について、その行為が行われた時に、その時における価額に相当する金額による譲渡があつたものとみなして、第三十七条の十の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。
５ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定合併 合併で、法人税法第二条第十一号に規定する被合併法人の株主等（所得税法第二条第一項第八号の二に規定する株主等をいう。以下この項において同じ。）に外国合併親法人株式以外の資産（当該株主等に対する株式に係る剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配として交付された金銭その他の資産及び合併に反対する当該株主等に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）が交付されなかつたものをいう。
二 外国合併親法人株式 法人税法第二条第十二号に規定する合併法人との間に当該合併法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式を除く。以下この項において「発行済株式等」という。）の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式をいう。
三 特定分割型分割 法人税法第二条第十二号の九に規定する分割型分割で、同条第十二号の二に規定する分割法人の株主等に外国分割承継親法人株式以外の資産（当該株主等に対する株式に係る剰余金の配当又は利益の配当として交付された同条第十二号の九に規定する分割対価資産以外の金銭その他の資産を除く。）が交付されなかつたものをいう。
四 外国分割承継親法人株式 法人税法第二条第十二号の三に規定する分割承継法人との間に当該分割承継法人の発行済株式等の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式をいう。
五 特定株式交換 株式交換で、法人税法第二条第十二号の六の三に規定する株式交換完全子法人の株主に外国株式交換完全支配親法人株式以外の資産（当該株主に対する剰余金の配当として交付された金銭その他の資産及び株式交換に反対する当該株主に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）が交付されなかつたものをいう。
六 外国株式交換完全支配親法人株式 法人税法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人との間に当該株式交換完全親法人の発行済株式等の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式をいう。
６ 第一項又は第二項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一 第一項又は第二項に規定するその有する株式が第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項中「譲渡のうち」とあるのは「譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）のうち」と、同項第四号中「第三十七条の十第三項又は第四項各号」とあるのは「第三十七条の十第三項若しくは第四項各号又は第三十七条の十四の二第一項若しくは第二項」とする。
二 第一項若しくは第二項に規定するその有する株式又はこれらの規定に規定する外国合併親法人株式若しくは外国分割承継親法人株式が第三十七条の十一の二第一項に規定する上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項中「譲渡を」とあるのは「譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）を」と、同条第二項第三号中「取得」とあるのは「取得（第三十七条の十四の二第五項第一号に規定する特定合併による同条第一項に規定する外国合併親法人株式の取得を除く。）」とする。
三 第一項又は第二項に規定するその有する株式が第三十七条の十二の二第二項に規定する上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項中「譲渡のうち第三十七条の十一第一項各号に掲げる上場株式等の譲渡」とあるのは、「譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）のうち第三十七条の十四の二第一項又は第二項に規定する事由による上場株式等の譲渡として政令で定めるもの」とする。
四 第一項又は第二項に規定するその有する株式が前条第一項に規定する特定上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項第三号中「第三十七条の十第三項又は第四項各号」とあるのは、「第三十七条の十第三項若しくは第四項各号又は次条第一項若しくは第二項」とする。
７ 所得税法第百六十四条第一項第四号に掲げる非居住者が、特定合併、特定分割型分割又は特定株式交換により外国合併親法人株式（第一項に規定する課税外国親法人株式を除く。）、外国分割承継親法人株式（第二項に規定する課税外国親法人株式を除く。）又は外国株式交換完全支配親法人株式（第三項に規定する課税外国親法人株式を除く。）の交付を受ける場合における第三十七条の十二第四項の規定の適用については、同項中「の規定は」とあるのは「並びに第三十七条の十四の二第一項から第三項までの規定は」と、「同条第六項第三号」とあるのは「第三十七条の十第六項第三号」とする。
８ 第一項から第三項までの規定の適用がある場合におけるその交付を受けた株式の取得価額の計算の特例、第四項の規定の適用がある場合における国内源泉所得の範囲の特例その他第一項から第四項まで及び前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例）
第三十七条の十四の三 居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式につき、その株式を発行した内国法人の特定非適格合併（前条第五項第一号に規定する特定合併のうち、法人税法第二条第十二号の八に規定する適格合併に該当しないものをいう。）により外国合併親法人株式（同項第二号に規定する外国合併親法人株式をいう。以下この項において同じ。）の交付を受ける場合において、当該外国合併親法人株式が特定軽課税外国法人（第六十八条の二の三第五項第一号に規定する特定軽課税外国法人をいう。以下この条において同じ。）の株式に該当するときは、その交付を受ける外国合併親法人株式の価額に相当する金額（所得税法第二十五条第一項の規定に該当する部分の金額を除く。）は、株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第三十七条の十第一項の規定を適用する。
２ 居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式につき、その株式を発行した内国法人の行つた特定非適格分割型分割（前条第五項第三号に規定する特定分割型分割のうち、第六十八条の二の三第二項第一号に規定する分割で法人税法第二条第十二号の十二に規定する適格分割型分割に該当しないものをいう。）により外国分割承継親法人株式（前条第五項第四号に規定する外国分割承継親法人株式をいう。以下この項において同じ。）の交付を受ける場合において、当該外国分割承継親法人株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、その交付を受ける外国分割承継親法人株式の価額に相当する金額（所得税法第二十五条第一項の規定に該当する部分の金額を除く。）は、株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、第三十七条の十第一項の規定を適用する。
３ 居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する株式（以下この項において「旧株」という。）につき、その旧株を発行した内国法人の行つた特定非適格株式交換（前条第五項第五号に規定する特定株式交換のうち、法人税法第二条第十二号の十六に規定する適格株式交換に該当しないものをいう。）により同法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人に対し当該旧株の譲渡をし、かつ、外国株式交換完全支配親法人株式（同項第六号に規定する外国株式交換完全支配親法人株式をいう。以下この項において同じ。）の交付を受けた場合において、当該外国株式交換完全支配親法人株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、当該旧株の譲渡については、所得税法第五十七条の四第一項（同法第百六十五条の規定により準じて計算する場合を含む。）の規定は、適用しない。
４ 前三項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一 第一項若しくは第二項に規定するその有する株式又はこれらの規定に規定する外国合併親法人株式若しくは外国分割承継親法人株式が第三十七条の十一の二第一項に規定する上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項中「譲渡を」とあるのは「譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）を」と、同条第二項第三号中「取得」とあるのは「取得（第三十七条の十四の三第一項に規定する特定非適格合併による同項に規定する特定軽課税外国法人の株式に該当する同項の外国合併親法人株式の取得を除く。）」とする。
二 第一項又は第二項に規定するその有する株式が第三十七条の十二の二第二項に規定する上場株式等に該当する場合における同条の規定の適用については、同項中「譲渡のうち第三十七条の十一第一項各号に掲げる上場株式等の譲渡」とあるのは、「譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この項において同じ。）のうち第三十七条の十四の三第一項又は第二項に規定する事由による上場株式等の譲渡として政令で定めるもの」とする。
三 前項に規定する旧株が第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等又は第三十七条の十四第一項に規定する特定上場株式等に該当する場合における第三十七条の十一又は第三十七条の十四の規定の適用については、第三十七条の十一第一項第五号及び第三十七条の十四第一項第四号中「株式交換完全親法人」とあるのは「株式交換完全親法人（以下この号において「株式交換完全親法人」という。）」と、「譲渡」とあるのは「譲渡（第三十七条の十四の三第三項に規定する特定非適格株式交換による株式交換完全親法人に対する同項に規定する旧株の譲渡を除く。）」とする。
５ 所得税法第百六十四条第一項第四号に掲げる非居住者が、第一項に規定する特定非適格合併、第二項に規定する特定非適格分割型分割又は第三項に規定する特定非適格株式交換により特定軽課税外国法人の株式に該当する第一項に規定する外国合併親法人株式、特定軽課税外国法人の株式に該当する第二項に規定する外国分割承継親法人株式又は特定軽課税外国法人の株式に該当する第三項に規定する外国株式交換完全支配親法人株式の交付を受ける場合における第三十七条の十二第四項の規定の適用については、同項中「の規定は」とあるのは「並びに第三十七条の十四の三第一項から第三項までの規定は」と、「同条第六項第三号」とあるのは「第三十七条の十第六項第三号」とする。
６ 第一項から第三項までの規定の適用がある場合におけるその交付を受けた株式の取得価額の計算の特例その他第一項から第三項まで及び前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十七条の十五第一項第一号中「の受益証券」を「の受益権」に、「社債的受益証券」を「社債的受益権」に改め、同項第二号中「の受益証券」を「の受益権」に、「社債的受益証券」を「社債的受益権」に、「当該受益証券」を「当該受益権」に改め、同条第二項第二号中「受益証券」を「受益権」に改める。
第三十八条の見出しを「（株式等の譲渡の対価に係る支払調書等の特例）」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 業務に関連して他人のために名義人として所得税法第二百二十八条第二項に規定する株式等の譲渡の対価の支払を受ける者は、財務省令で定めるところにより、同項に規定する対価に関する調書を同一の居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者に対する一回の支払ごとに作成する場合には、同項の規定にかかわらず、当該調書をその支払を受けた日の属する月の翌月末日までに税務署長に提出しなければならない。
第三十九条第一項中「第三条の二」を「第四条」に改め、同条に次の一項を加える。
４ 第一項の規定の適用を受けた個人が相続税法第三十二条の規定による更正の請求を行つたことにより同項の相続税額が減少した場合において、当該相続税額が減少したことに伴い修正申告書を提出したこと又は更正があつたことにより納付すべき所得税の額については、所得税に係る国税通則法第二条第八号に規定する法定納期限の翌日から当該修正申告書の提出があつた日又は当該更正に係る同法第二十八条第一項に規定する更正通知書を発した日までの期間は、同法第六十条第二項の規定による延滞税の計算の基礎となる期間に算入しない。
第四十条第二項中「生じたとき」の下に「（当該法人が当該財産又は資産（当該財産又は資産の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合を除く。）」を加える。
第四十条の二第一項中「、平成四年四月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に」を削り、「独立行政法人国立博物館」を「独立行政法人国立文化財機構」に改め、同条第二項中「平成十九年十二月三十一日」を「平成二十四年十二月三十一日」に改める。
第四十条の四第一項中「（以下この項において」を「（以下この項及び次項において」に、「直接及び間接保有の株式等に」を「直接及び間接保有の株式等の数に」に、「この項において同じ」を「この項及び次項において同じ」に改め、同項各号を次のように改める。
一 その有する外国関係会社の直接及び間接保有の株式等の数の当該外国関係会社の発行済株式又は出資（当該外国関係会社が有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額のうちに占める割合（当該外国関係会社が次のイからハまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか高い割合。次号において「直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合」という。）が百分の五以上である居住者
イ 議決権（剰余金の配当等に関する決議に係るものに限る。以下この号及び次項において同じ。）の数が一個でない株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の議決権の数の当該外国関係会社の議決権の総数のうちに占める割合
ロ 請求権の内容が異なる株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額の当該外国関係会社の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額のうちに占める割合
ハ 議決権の数が一個でない株式等及び請求権の内容が異なる株式等を発行している法人 イ又はロに定める割合のいずれか高い割合
二 直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合が百分の五以上である一の同族株主グループに属する居住者（前号に掲げる居住者を除く。）
第四十条の四第二項第一号を次のように改める。
一 外国関係会社 外国法人で、その発行済株式又は出資（その有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額のうちに居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者（居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある非居住者をいう。以下この号において同じ。）が有する直接及び間接保有の株式等の数の合計数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のイからハまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか高い割合）が百分の五十を超えるものをいう。
イ 議決権の数が一個でない株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） 当該外国法人の議決権の総数のうちに居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者が有する当該外国法人の直接及び間接保有の議決権の数の合計数の占める割合
ロ 請求権の内容が異なる株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） 当該外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額のうちに居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者が有する当該外国法人の直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額の合計額の占める割合
ハ 議決権の数が一個でない株式等及び請求権の内容が異なる株式等を発行している法人 イ又はロに定める割合のいずれか高い割合
第四十条の四第二項第三号中「株式等」を「株式等の数」に、「若しくは内国法人が直接に有し、又は特定信託の受託者である法人が当該特定信託の信託財産として」を「又は内国法人が」に改め、「又は第四十条の七第二項第一号に規定する外国信託」を削り、同項第四号を次のように改める。
四 直接及び間接保有の議決権の数 個人又は内国法人が直接に有する外国法人の議決権の数及び他の外国法人を通じて間接に有するものとして政令で定める当該外国法人の議決権の数の合計数をいう。
第四十条の四第二項に次の二号を加える。
五 直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額 個人又は内国法人が直接に有する外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額及び他の外国法人を通じて間接に有する当該外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額として政令で定めるものの合計額をいう。
六 同族株主グループ 外国関係会社の株式等を直接又は間接に保有する者のうち、一の居住者又は内国法人及び当該一の居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある者（外国法人を除く。）をいう。
第四十条の四第四項第一号中「、当該特定外国子会社等に係る第六十八条の三の七第一項各号に掲げる特定信託の受託者である法人（当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。）」を削り、同条第六項を次のように改める。
６ 第三項又は第四項の規定は、確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を保存している場合に限り、適用する。
第四十条の四に次の二項を加える。
７ 居住者が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び前項を除く。）から第四十条の六までの規定を適用する。
８ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第四十条の五第一項中「、当該居住者」を「又は当該居住者」に改め、「又は当該居住者に係る第四十条の七第二項第一号に規定する外国関係信託（当該特定外国子会社等から剰余金の配当等の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係信託のうち政令で定めるものに限る。以下この条において同じ。）につき第四号に掲げる事実が生じた場合」を削り、「当該各号に定める」を「これらの号に規定する」に、「若しくは外国関係会社」を「又は外国関係会社」に改め、「又は外国関係信託から受ける収益の分配の額」を削り、同項第四号を削り、同条第二項及び第三項中「、外国関係会社又は外国関係信託」を「又は外国関係会社」に改める。
第二章第四節の二に次の一款を加える。
第三款 特殊関係株主等である居住者に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例
（特殊関係株主等である居住者に係る特定外国法人の留保金額の総収入金額算入）
第四十条の十 特殊関係株主等（特定株主等に該当する者並びにこれらの者と政令で定める特殊の関係のある個人及び法人をいう。以下この款において同じ。）と特殊関係内国法人との間に当該特殊関係株主等が当該特殊関係内国法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。以下この項及び次項において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の八十以上の数又は金額の株式等（株式又は出資をいう。以下この項及び次項において同じ。）を間接に保有する関係として政令で定める関係（次項において「特定関係」という。）がある場合において、当該特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に発行済株式等の保有を通じて介在するものとして政令で定める外国法人（以下この款において「外国関係法人」という。）のうち、本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める外国関係法人に該当するもの（以下この款において「特定外国法人」という。）が、平成十九年十月一日以後に開始する各事業年度（第二条第二項第十九号に規定する事業年度をいう。以下この条において同じ。）において、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配（以下この項において「剰余金の配当等」という。）の額に関する調整を加えた金額（以下この条において「適用対象留保金額」という。）を有するときは、その適用対象留保金額のうち当該特殊関係株主等である居住者の有する当該特定外国法人の直接及び間接保有の株式等の数に対応するものとしてその株式等の請求権（剰余金の配当等、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利をいう。）の内容を勘案して政令で定めるところにより計算した金額（次条において「課税対象留保金額」という。）に相当する金額は、当該特殊関係株主等である居住者の雑所得に係る収入金額とみなして当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日の属する年分の当該居住者の雑所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
２ この款において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定株主等 特定関係が生ずることとなる直前に特定内国法人（当該直前に株主等（所得税法第二条第一項第八号の二に規定する株主等をいう。）の五人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人によつて発行済株式等の百分の八十以上の数又は金額の株式等を保有される内国法人をいう。次号において同じ。）の株式等を有する個人及び法人をいう。
二 特殊関係内国法人 特定内国法人又は特定内国法人からその資産及び負債の大部分の移転を受けたものとして政令で定める内国法人をいう。
三 未処分所得の金額 特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、法人税法及びこの法律による各事業年度の所得の金額の計算に準ずるものとして政令で定める基準により計算した金額を基礎として政令で定めるところにより当該各事業年度開始の日前七年以内に開始した各事業年度において生じた欠損の金額に係る調整を加えた金額をいう。
四 直接及び間接保有の株式等の数 居住者又は内国法人が直接に有する外国法人の株式の数又は出資の金額及び他の外国法人を通じて間接に有するものとして政令で定める当該外国法人の株式の数又は出資の金額の合計数又は合計額をいう。
３ 特殊関係株主等である居住者に係る特定外国法人（株式（出資を含む。）若しくは債券の保有、工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの（これらの権利に関する使用権を含む。）若しくは著作権（出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。）の提供又は船舶若しくは航空機の貸付けを主たる事業とするものを除く。）がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行つているものである場合（次項において「固定施設を有するものである場合」という。）における第一項の規定の適用については、同項中「調整を加えた金額」とあるのは、「調整を加えた金額から当該特定外国法人の事業に従事する者の人件費として政令で定める費用の額の百分の十に相当する金額を控除した金額」とする。
４ 第一項及び前項の規定は、特殊関係株主等である居住者に係る同項に規定する特定外国法人がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において固定施設を有するものである場合であつて、各事業年度においてその行う主たる事業が次の各号に掲げる事業のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める場合に該当するときは、当該特定外国法人のその該当する事業年度に係る適用対象留保金額については、適用しない。
一 卸売業、銀行業、信託業、証券業、保険業、水運業又は航空運送業 その事業を主として当該特定外国法人に係る特殊関係内国法人、特殊関係株主等その他これらの者に準ずる者として政令で定めるもの以外の者との間で行つている場合として政令で定める場合
二 前号に掲げる事業以外の事業 その事業を主として本店又は主たる事務所の所在する国又は地域（当該国又は地域に係る水域で第四十条の四第四項第二号に規定する政令で定めるものを含む。）において行つている場合として政令で定める場合
５ 特殊関係株主等である居住者は、当該居住者に係る特定外国法人の各事業年度の貸借対照表及び損益計算書その他の財務省令で定める書類を当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日の属する年分の確定申告書に添付しなければならない。
６ 第三項又は第四項の規定は、確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を保存している場合に限り、適用する。
７ 特殊関係株主等である居住者に係る外国関係法人が第四十条の四第二項第一号に規定する外国関係会社に該当し、かつ、当該特殊関係株主等である居住者が同条第一項各号に掲げる居住者に該当する場合には、第一項の規定は、適用しない。
８ 特殊関係株主等である居住者が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び第六項を除く。）から第四十条の十二までの規定を適用する。
９ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第四十条の十一 その年分以前の各年分の所得税について前条第一項の規定の適用を受ける居住者に係る特定外国法人につき第一号若しくは第二号に掲げる事実が生じた場合又は当該居住者に係る外国関係法人（当該特定外国法人から法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配（以下この項において「剰余金の配当等」という。）の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係法人のうち政令で定めるものに限る。以下この条において同じ。）につき第三号に掲げる事実が生じた場合において、これらの号に規定する金額のうちに、その者に係る課税対象留保金額から充てられたものとして政令で定めるところにより計算した金額（以下この条において「課税済配当等の額」という。）が含まれているときは、その課税済配当等の額に相当する金額は、政令で定めるところにより、その者のこれらの事実の生じた日の属する年分の特定外国法人又は外国関係法人から受ける剰余金の配当等の額（所得税法第二十五条第一項の規定により当該特定外国法人又は当該外国関係法人からの剰余金の配当等とみなされるものの金額を含む。以下この条及び次条において「配当等の額」という。）に係る配当所得の金額又は前条第一項の規定によりその総収入金額に算入されることとなる課税対象留保金額に係る雑所得の金額の計算上控除する。
一 剰余金の配当等の支払 その支払う剰余金の配当等の額
二 法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その交付により減少することとなる利益積立金額（第二条第二項第二十号に規定する利益積立金額をいう。次号において同じ。）に相当する金額
三 当該居住者に対する剰余金の配当等の支払又は法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その支払う剰余金の配当等の額又はその交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額
２ 前項に規定する居住者のその年の前年以前三年内の各年において、課税済配当等の額に相当する金額のうち、同項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（この項の規定により前年以前の各年において控除されたものを除く。以下この項において「控除未済配当等の額」という。）がある場合には、当該控除未済配当等の額は、政令で定めるところにより、その者のその年分の特定外国法人又は外国関係法人から受ける配当等の額に係る配当所得の金額又は前条第一項の規定によりその総収入金額に算入されることとなる課税対象留保金額に係る雑所得の金額の計算上控除する。
３ 第四十条の五第三項及び第四項の規定は、前二項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第四十条の五第三項 |
第一項又は前項の規定は、第一項 |
第四十条の十一第一項又は第二項の規定は、同条第一項 |
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以後前項 |
以後同条第二項 |
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提出する第一項 |
提出する同条第一項 |
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同項又は前項 |
同項又は同条第二項 |
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第一項又は前項に規定する特定外国子会社等又は外国関係会社 |
同条第一項又は第二項に規定する特定外国法人又は外国関係法人 |
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、第一項又は前項 |
、同条第一項又は第二項 |
第四十条の五第四項 |
第一項 |
第四十条の十一第一項 |
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前項 |
同条第三項において準用する前項 |
第四十条の十二 特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に第四十条の十第一項に規定する特定関係があるかどうかの判定に関する事項、居住者がその者に係る特定外国法人から受ける配当等の額に係る所得税法第九十五条第一項に規定する控除限度額の計算その他前二条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十一条第一項中「第七項」を「第九項」に、「この項及び」を「この項、第三項、第四項及び」に改め、「部分。以下この項」の下に「、第三項及び第四項」を加え、「次項、第四項」を「次項から第四項まで、第六項」に改め、「これらの日。次項」の下に「、第三項」を加え、同項第一号中「住宅金融公庫」を「独立行政法人住宅金融支援機構」に改め、同条第十四項を同条第十六項とし、同条第十項から第十三項までを二項ずつ繰り下げ、同条第九項中「第七項」を「第九項」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第八項を同条第十項とし、同条第七項を同条第九項とし、同条第六項中「若しくは第三十六条の六第一項」及び「、第三十六条の六」を削り、同項を同条第八項とし、同条第五項中「、第三十六条の六」を削り、同項を同条第七項とし、同条第四項を同条第六項とし、同条第三項を同条第五項とし、同条第二項の次に次の二項を加える。
３ 居住者が、住宅の取得等をし、かつ、当該住宅の取得等をした居住用家屋若しくは既存住宅又は第一項の増改築等をした家屋を平成十九年一月一日から平成二十年十二月三十一日までの間に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、当該居住の用に供した日の属する年（以下この項において「居住年」という。）以後十五年間の各年（同日以後その年の十二月三十一日まで引き続きその居住の用に供している年に限る。以下この項及び次条において「特例適用年」という。）において当該住宅の取得等に係る住宅借入金等（以下この項及び次条において「特例住宅借入金等」という。）の金額を有するときは、その者の選択により、当該特例適用年における第一項に規定する住宅借入金等特別税額控除額は、前項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）として、この条、次条及び第四十一条の二の二の規定を適用することができる。この場合において、第一項中「六年間（同日（以下この項、次項及び次条において「居住日」という。）の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は居住日が平成十三年一月一日から同年六月三十日までの期間（次項及び次条において「平成十三年前期」という。）内の日である場合には十五年間とし、居住日が平成十三年七月一日から同年十二月三十一日までの期間（次項及び次条において「平成十三年後期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には十年間とする。）の各年（当該居住日」とあるのは「十五年間の各年（同日」と、第七項中「同項に規定する六年間」とあり、第八項中「第一項に規定する六年間」とあり、及び第九項中「六年間（同項に規定する六年間をいう。）」とあるのは「十五年間」とする。
一 居住年が平成十九年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ 特例適用年が居住年又は居住年の翌年以後九年以内の各年である場合 その年十二月三十一日における特例住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二千五百万円を超える場合には、二千五百万円）の〇・六パーセントに相当する金額
ロ 特例適用年が居住年から十年目に該当する年以後の各年である場合 その年十二月三十一日における特例住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二千五百万円を超える場合には、二千五百万円）の〇・四パーセントに相当する金額
二 居住年が平成二十年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ 特例適用年が居住年又は居住年の翌年以後九年以内の各年である場合 その年十二月三十一日における特例住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二千万円を超える場合には、二千万円）の〇・六パーセントに相当する金額
ロ 特例適用年が居住年から十年目に該当する年以後の各年である場合 その年十二月三十一日における特例住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二千万円を超える場合には、二千万円）の〇・四パーセントに相当する金額
４ 前項に規定する居住者が、二以上の住宅の取得等をし、かつ、これらの住宅の取得等をした同項の居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋を同一の年中に第一項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合には、前項に規定する選択は、これらの住宅の取得等に係る住宅借入金等の金額のすべてについてしなければならないものとする。
第四十一条の二第一項中「の合計額」の下に「（当該住宅借入金等の金額のうちに同条第三項の規定により同条又は次条の規定の適用を受ける場合における特例住宅借入金等の金額が含まれるときは、当該特例住宅借入金等の金額と当該特例住宅借入金等の金額以外の住宅借入金等の金額とを区分し、当該区分をした特例住宅借入金等の金額以外の住宅借入金等の金額につき前条第二項各号の規定に準じて計算した金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）と当該区分をした特例住宅借入金等の金額につき同条第三項各号の規定に準じて計算した金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）との合計額）」を加え、同項ただし書中「同項の住宅借入金等特別税額控除額」を「同条第二項の住宅借入金等特別税額控除額」に改め、同条第二項第五号ホ中「金額が」を「金額（その居住年が同年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額を除く。以下この項において「平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額」という。）が」に改め、同号に次のように加える。
ヘ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成二十年である住宅の取得等に係る住宅借入金等の金額（その居住年が同年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額を除く。以下この項において「平成二十年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額」という。）が含まれる場合（イからホまでに掲げる場合を除く。） 二十万円
ト その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからヘまでに掲げる場合を除く。） 十五万円
第四十一条の二第二項第六号ホ中「又は平成十九年」を削り、「金額が」を「金額又は平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が」に改め、同号に次のように加える。
ヘ 平成二十二年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちに平成二十年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからホまでに掲げる場合を除く。） 二十万円
ト 平成二十二年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからヘまでに掲げる場合を除く。） 十五万円
第四十一条の二第二項第七号ホ中「、平成十二年又は平成十九年」を「若しくは平成十二年」に、「金額が」を「金額又は平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が」に改め、同号に次のように加える。
ヘ 平成二十三年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちに平成二十年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからホまでに掲げる場合を除く。） 二十万円
ト 平成二十三年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからヘまでに掲げる場合を除く。） 十五万円
第四十一条の二第二項第八号ニ中「、平成十三年又は平成十九年」を「若しくは平成十三年」に、「金額が」を「金額又は平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が」に改め、同号に次のように加える。
ホ 平成二十四年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちに平成二十年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからニまでに掲げる場合を除く。） 二十万円
ヘ 平成二十四年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからホまでに掲げる場合を除く。） 十五万円
第四十一条の二第二項第九号ハ中「又は平成二十年」を削り、「金額が」を「金額又は平成二十年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が」に改め、同号ニ中「金額が」を「金額又は平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が」に改め、同号に次のように加える。
ホ 平成二十五年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちに平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからニまでに掲げる場合を除く。） 十二万五千円
第四十一条の二第二項第十号ハ中「金額が」を「金額又は平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が」に改め、同号ニ中「その居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る」を「平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の」に改め、同号に次のように加える。
ホ 平成二十六年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成二十年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからニまでに掲げる場合を除く。） 十二万円
第四十一条の二第二項第十一号ロ中「金額が」を「金額又は平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が」に改め、同号ハ中「その居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る」を「平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の」に改め、同号に次のように加える。
ニ 平成二十七年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成二十年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イからハまでに掲げる場合を除く。） 十二万円
第四十一条の二第二項第十二号を次のように改める。
十二 平成二十八年 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ 平成二十八年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成十九年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合 十五万円
ロ 平成二十八年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちに平成十九年居住分に係る特例住宅借入金等以外の住宅借入金等の金額が含まれる場合（イに掲げる場合を除く。） 十二万五千円
ハ 平成二十八年十二月三十一日における住宅借入金等の金額のうちにその居住年が平成二十年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額が含まれる場合（イ及びロに掲げる場合を除く。） 十二万円
第四十一条の二に次の二項を加える。
３ 第一項の場合において、その特例適用年における住宅の取得等に係る住宅借入金等の金額のすべてが、その居住年が平成十九年及び平成二十年である住宅の取得等に係る特例住宅借入金等（前条第三項の規定により同条又は次条の規定の適用を受ける場合における特例住宅借入金等に限る。以下この項において同じ。）の金額である場合には、当該特例適用年における前条第三項の住宅借入金等特別税額控除額は、第一項及び同条第三項の規定にかかわらず、当該特例適用年の十二月三十一日における特例住宅借入金等の金額につき異なる居住年ごとに区分し、当該区分をした居住年に係る住宅の取得等に係る特例住宅借入金等の金額ごとにそれぞれ同項各号の規定に準じて計算した金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）の合計額とする。ただし、当該合計額が控除限度額を超えるときは、当該特例適用年における同項の住宅借入金等特別税額控除額は、当該控除限度額とする。
４ 前項ただし書の控除限度額は、次の各号に掲げる特例適用年の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一 平成二十年から平成二十八年までの各年 十五万円
第四十一条の二の二第一項中「又は居住日が」を「、居住日が」に、「場合には十三年内」を「場合又は居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十三年内」に、「場合には八年内」を「場合（居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には八年内」に、「又は当該居住日が」を「、当該居住日が」に、「場合には十四年内」を「場合又は当該居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十四年内」に、「場合には九年内」を「場合（当該居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には九年内」に改め、同条第五項中「又は居住日が」を「、居住日が」に、「場合には十三年内」を「場合又は居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で第四十一条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十三年内」に、「場合には八年内」を「場合（居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には八年内」に、「第四十一条第一項」を「同条第一項」に改める。
第四十一条の三第一項中「第四十一条第六項」を「第四十一条第八項」に改め、第二章第五節中同条の次に次の一条を加える。
（特定の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例）
第四十一条の三の二 居住者で、年齢五十歳以上である者、介護保険法第十九条第一項に規定する要介護認定（以下この項において「要介護認定」という。）を受けている者、同条第二項に規定する要支援認定（以下この項において「要支援認定」という。）を受けている者、所得税法第二条第一項第二十八号に規定する障害者（以下この項において「障害者」という。）に該当する者又は当該居住者の親族（当該親族が、年齢六十五歳以上である者、要介護認定を受けている者、要支援認定を受けている者又は障害者に該当する者（次項及び第五項において「高齢者等」という。）である場合に限る。）と同居を常況としている者が、当該居住者の所有する第四十一条第一項に規定する居住用家屋又は既存住宅（その者の居住の用に供する家屋で政令で定めるものに限る。）の増改築等（以下この条において「住宅の増改築等」という。）をして、これらの家屋（当該住宅の増改築等に係る部分に限る。以下この項、第七項及び第八項において同じ。）を平成十九年四月一日から平成二十年十二月三十一日までの間に第四十一条第一項に定めるところによりその者の居住の用に供した場合において、当該居住の用に供した日の属する年（第五項及び第六項において「居住年」という。）以後五年間の各年（同日以後その年の十二月三十一日（その者が死亡した日の属する年又は当該住宅の増改築等をした家屋が災害により居住の用に供することができなくなつた日の属する年にあつては、これらの日。以下この項及び第六項において同じ。）まで引き続きその居住の用に供している年に限る。以下この項、第六項及び第七項において「増改築等特例適用年」という。）において当該住宅の増改築等に係る増改築等住宅借入金等の金額を有するときは、その者の選択により、当該増改築等特例適用年における同条第一項に規定する住宅借入金等特別税額控除額は、同条第二項及び第三項並びに第四十一条の二の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）として、第四十一条及び第四十一条の二の二の規定を適用することができる。
一 増改築等特例適用年の十二月三十一日における増改築等住宅借入金等の金額の合計額が千万円以下である場合 特定増改築等住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二百万円を超える場合には、二百万円）の二パーセントに相当する金額と当該増改築等住宅借入金等の金額の合計額から当該特定増改築等住宅借入金等の金額の合計額を控除した残額の一パーセントに相当する金額との合計額
二 増改築等特例適用年の十二月三十一日における増改築等住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超える場合 特定増改築等住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が二百万円を超える場合には、二百万円）の二パーセントに相当する金額と千万円から当該特定増改築等住宅借入金等の金額の合計額を控除した残額の一パーセントに相当する金額との合計額
２ 前項に規定する増改築等とは、当該居住者が所有している家屋につき行う増築、改築その他の政令で定める工事（当該工事と併せて当該家屋につき高齢者等が自立した日常生活を営むのに必要な構造及び設備の基準に適合させるための改修工事で政令で定めるもの（当該改修工事が行われる構造又は設備と一体となつて効用を果たす設備の取替え又は取付けに係る改修工事を含む。以下この項及び次項において「特定増改築等」という。）を行うものに限るものとし、当該工事と併せて行う当該家屋と一体となつて効用を果たす設備の取替え又は取付けに係る工事を含むものとする。）で当該特定増改築等に係る改修工事に要した費用の額（当該住宅の増改築等に係る工事の費用に充てるために地方公共団体から補助金等（特定増改築等に係る改修工事を含む住宅の増改築等に係る工事の費用に充てるために交付される補助金その他これに準ずるものをいう。以下この項において同じ。）の交付、介護保険法第四十五条第一項に規定する居宅介護住宅改修費（以下この項において「居宅介護住宅改修費」という。）の給付又は同法第五十七条第一項に規定する介護予防住宅改修費（以下この項において「介護予防住宅改修費」という。）の給付を受ける場合には、当該改修工事に要した費用の額から当該補助金等、居宅介護住宅改修費及び介護予防住宅改修費の額を控除した金額。次項において同じ。）が三十万円を超えるものであることその他の政令で定める要件を満たすものをいう。
３ 第一項に規定する増改築等住宅借入金等とは、当該居住者の当該住宅の増改築等に係る次に掲げる借入金又は債務（利息に対応するものを除く。）をいい、同項各号に規定する特定増改築等住宅借入金等の金額とは、当該増改築等住宅借入金等の金額のうち当該住宅の特定増改築等に係る改修工事に要した費用の額に相当する部分の金額をいう。
一 当該住宅の増改築等に要する資金に充てるために第八条第一項に規定する金融機関、独立行政法人住宅金融支援機構、地方公共団体その他当該資金の貸付けを行う政令で定める者から借り入れた借入金（当該住宅の増改築等とともにする当該住宅の増改築等に係る家屋の敷地の用に供される土地又は当該土地の上に存する権利（以下この項において「土地等」という。）の取得に要する資金に充てるためにこれらの者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）及び当該借入金に類する債務で政令で定めるもののうち、契約において償還期間が五年以上の割賦償還の方法により返済することとされているもの
二 建設業法第二条第三項に規定する建設業者に対する当該住宅の増改築等の工事の請負代金に係る債務又は宅地建物取引業法第二条第三号に規定する宅地建物取引業者、独立行政法人都市再生機構、地方住宅供給公社その他第四十一条第一項に規定する居住用家屋の分譲を行う政令で定める者に対する当該住宅の増改築等（当該住宅の増改築等とともにする当該住宅の増改築等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）の対価に係る債務（当該債務に類する債務で政令で定めるものを含む。）で、契約において賦払期間が五年以上の割賦払の方法により支払うこととされているもの
三 当該住宅の増改築等に要する資金に充てるためにその者に係る使用者（その者が第二十九条第一項に規定する給与所得者等である場合における同項に規定する使用者をいう。以下この号において同じ。）から借り入れた借入金（当該住宅の増改築等とともにする当該住宅の増改築等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得に要する資金に充てるために当該その者に係る使用者から借り入れた借入金として政令で定めるものを含む。）又はその者に係る使用者に対する当該住宅の増改築等（当該住宅の増改築等とともにする当該住宅の増改築等に係る家屋の敷地の用に供される土地等の取得として政令で定めるものを含む。）の対価に係る債務（これらの借入金又は債務に類する債務で政令で定めるものを含む。）で、契約において償還期間又は賦払期間が五年以上の割賦償還又は割賦払の方法により返済し、又は支払うこととされているもの
四 当該住宅の増改築等に要する資金に充てるために独立行政法人住宅金融支援機構から借り入れた借入金で、契約において当該居住者であつて当該借入金に係る債務を有する者（二人以上の居住者が共同で借り入れた場合にあつては、当該二人以上の居住者のすべて）の死亡時に一括償還をする方法により支払うこととされているもの
４ 前項の増改築等住宅借入金等には、当該増改築等住宅借入金等が無利息又は著しく低い金利による利息であるものとなる場合として政令で定める場合における当該増改築等住宅借入金等を含まないものとする。
５ 第一項の居住者の年齢が五十歳以上であるかどうか又は同項の居住者の親族の年齢が六十五歳以上であるかどうかの判定は、居住年の十二月三十一日（これらの者が年の中途において死亡した場合には、その死亡の時。以下この項において同じ。）の年齢によるものとし、第一項の居住者が高齢者等と同居を常況としているかどうかの判定は、居住年の十二月三十一日の現況によるものとする。
６ 第一項に規定する居住者が有する増改築等特例適用年における住宅の増改築等に係る同項に規定する増改築等住宅借入金等の金額のすべてが、その居住年が平成十九年及び平成二十年である住宅の増改築等に係る同項に規定する増改築等住宅借入金等の金額（同項の規定により第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。）である場合には、当該増改築等特例適用年における第一項の住宅借入金等特別税額控除額は、当該増改築等特例適用年の十二月三十一日におけるこれらの増改築等住宅借入金等の金額の合計額につき同項各号の規定を適用して計算した金額（当該金額に百円未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）とする。
７ 第一項に規定する居住者が、増改築等特例適用年において、同項に規定する増改築等住宅借入金等の金額（同項の規定により第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受けるものに限る。以下この項において同じ。）及び当該増改築等住宅借入金等の金額に係る住宅の増改築等以外の第四十一条第一項に規定する住宅の取得等（以下この項において「他の住宅取得等」という。）に係る同条第一項に規定する住宅借入金等（当該他の住宅取得等をした同項に規定する居住用家屋若しくは既存住宅又は増改築等をした家屋に係る同項に規定する適用年又は同条第三項に規定する特例適用年に係るものに限る。以下この項において「他の住宅借入金等」という。）の金額を有する場合には、当該増改築等特例適用年における第一項の住宅借入金等特別税額控除額は、同項各号及び前項の規定にかかわらず、当該増改築等住宅借入金等の金額及び当該他の住宅借入金等の金額（当該他の住宅借入金等の金額のうちに、同条第三項の規定により同条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受ける場合における同項に規定する特例住宅借入金等の金額が含まれるときは、当該特例住宅借入金等の金額又は当該特例住宅借入金等の金額以外の他の住宅借入金等の金額）について、第四十一条の二の規定に準じて政令で定めるところにより計算した金額とする。
８ 第一項に規定する居住者が、二以上の住宅の増改築等をし、かつ、これらの住宅の増改築等をした家屋を同一の年中に同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合には、同項に規定する選択は、これらの住宅の増改築等に係る同項に規定する増改築等住宅借入金等の金額のすべてについてしなければならないものとする。
９ 第一項の規定により第四十一条又は第四十一条の二の二の規定の適用を受ける場合におけるこれらの規定の適用については、第四十一条第一項中「六年間（同日（以下この項、次項及び次条において「居住日」という。）の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合又は居住日が平成十三年一月一日から同年六月三十日までの期間（次項及び次条において「平成十三年前期」という。）内の日である場合には十五年間とし、居住日が平成十三年七月一日から同年十二月三十一日までの期間（次項及び次条において「平成十三年後期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合には十年間とする。）の各年（当該居住日」とあるのは「五年間の各年（同日」と、同条第七項中「同項に規定する六年間」とあり、同条第八項中「第一項に規定する六年間」とあり、及び同条第九項中「六年間（同項に規定する六年間をいう。）」とあるのは「五年間」と、第四十一条の二の二第一項中「（以下この項及び第五項において「居住日」という。）の属する」とあるのは「の属する」と、「四年内（居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合、居住日が同条第一項に規定する平成十三年前期（以下この項及び第五項において「平成十三年前期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十三年内とし、居住日が同条第一項に規定する平成十三年後期（以下この項及び第五項において「平成十三年後期」という。）内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合（居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には八年内とする。）」とあるのは「三年内」と、「同条第一項の」とあるのは「同項の」と、「居住者が、当該居住日」とあるのは「居住者が、同日」と、「五年内（当該居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合、当該居住日が平成十三年前期内の日である場合又は当該居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十四年内とし、当該居住日が平成十三年後期内の日である場合又は当該居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合（当該居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には九年内とする。）」とあるのは「四年内」と、同条第五項中「、居住日の」とあるのは「、第四十一条第一項に規定する居住の用に供した日の」と、「四年内（居住日の属する年が平成十一年若しくは平成十二年である場合、居住日が平成十三年前期内の日である場合又は居住日の属する年が平成十九年若しくは平成二十年で第四十一条第三項の規定により同条の規定の適用を受ける場合には十三年内とし、居住日が平成十三年後期内の日である場合又は居住日の属する年が平成十四年から平成二十年までの各年である場合（居住日の属する年が平成十九年又は平成二十年で同項の規定により同条の規定の適用を受ける場合を除く。）には八年内とする。）」とあるのは「三年内」と、「同条第一項」とあるのは「同項」と、「から当該居住日」とあるのは「から当該居住の用に供した日」とする。
10 第二項から前項までに定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十一条の四の二の見出しを「（特定組合員等の不動産所得に係る損益通算等の特例）」に改め、同条第一項中「に該当する」を「又は特定受益者（信託の所得税法第十三条第一項に規定する受益者（同条第二項の規定により同条第一項に規定する受益者とみなされる者を含む。）をいう。）に該当する」に、「組合事業から」を「組合事業又は信託から」に、「当該組合事業」を「当該組合事業又は信託」に、「所得税法」を「同法」に改める。
第四十一条の五第七項第一号中「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十一年十二月三十一日」に、「、第三十六条の五若しくは第三十六条の六」を「若しくは第三十六条の五」に改め、同項第四号中「住宅金融公庫」を「独立行政法人住宅金融支援機構」に改める。
第四十一条の五の二第七項第一号中「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十一年十二月三十一日」に、「、第三十六条の五若しくは第三十六条の六」を「若しくは第三十六条の五」に改め、同項第四号中「住宅金融公庫」を「独立行政法人住宅金融支援機構」に改める。
第四十一条の七第一項中「附則第二十五項」を「附則第二十九項」に改め、同条第二項中「附則第二十六項」を「附則第三十項」に改め、同条第三項中「附則第二十五項」を「附則第二十九項」に改める。
第四十一条の九第二項中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改め、同条第四項中「、第八十二条の六第一項」及び「、同法第百四十五条の六第一項中「国内源泉所得で同法」とあるのは「国内源泉所得又は租税特別措置法第四十一条の九第二項（懸賞金付預貯金等の懸賞金等の分離課税等）に規定する懸賞金付預貯金等の懸賞金等で所得税法又は租税特別措置法」と」を削る。
第四十一条の十二第四項中「、第八十二条の六第一項」及び「、同法第百四十五条の六第一項中「国内源泉所得で同法」とあるのは「国内源泉所得又は租税特別措置法第四十一条の十二第二項（償還差益に対する分離課税等）に規定する償還差益で所得税法又は租税特別措置法」と」を削り、同条第九項第十四号を同項第十五号とし、同項第十一号から第十三号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十号の次に次の一号を加える。
十一 投資信託及び投資法人に関する法律第百三十九条の十二第一項に規定する短期投資法人債
第四十一条の十四第一項第二号を次のように改める。
二 金融商品取引法第二条第二十一項第一号から第三号までに掲げる取引（同項に規定する市場デリバティブ取引に該当するもので政令で定めるものに限る。以下この号、第三項及び第四項において「金融商品先物取引等」という。） 当該金融商品先物取引等の決済（当該金融商品先物取引等に係る同条第二十四項に規定する金融商品の受渡しが行われることとなるものを除く。）
第四十一条の十四第一項第三号を削り、同条第三項第二号中「有価証券先物取引等」を「金融商品先物取引等」に、「証券業者（証券取引法第二条第九項に規定する証券会社及び外国証券業者に関する法律第二条第二号に規定する外国証券会社をいう」を「金融商品取引法第二条第九項に規定する金融商品取引業者（同法第二十八条第一項に規定する第一種金融商品取引業を行う者に限る」に、「同じ」を「「金融商品取引業者」という」に、「当該証券業者」を「当該金融商品取引業者」に、「証券業者の」を「金融商品取引業者の」に、「証券取引法第六十五条第一項ただし書に規定する銀行若しくは協同組織金融機関」を「同法第二条第十一項に規定する登録金融機関」に改め、同項第三号を削り、同項第四号中「前三号」を「前二号」に改め、同号を同項第三号とし、同条第四項中「、有価証券先物取引等又は金融先物取引」を「又は金融商品先物取引等」に、「、有価証券先物取引等の」を「又は金融商品先物取引等の」に、「約定指数（証券取引法第二条第二十一項に規定する約定指数をいう。）若しくは約定数値（同項に規定する約定数値をいう。）又は金融先物取引の種類、数量及び対価の額若しくは約定数値（金融先物取引法第七十一条第一項の約定数値をいう。）」を「約定数値（金融商品取引法第二条第二十一項第二号に規定する約定数値をいう。）」に改める。
第四十一条の十五の二第二項第一号中「第二百三条の五第四項」を「第二百三条の五第八項」に改める。
第四十一条の十八第二項中「百分の三十に相当する金額を超える場合には、当該百分の三十」を「百分の四十に相当する金額を超える場合には、当該百分の四十」に改め、同条の次に次の一条を加える。
（特定地域雇用等促進法人に寄附をした場合の寄附金控除の特例）
第四十一条の十八の二 地域再生法第八条第一項に規定する認定地域再生計画に定められた区域内に住所（住所がない場合には、居所）を有する個人その他の政令で定めるものが、同法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人（当該認定地域再生計画に記載されている同法第五条第三項第三号に規定する事業を行うものとして同法第十九条第一項の規定により同項の認定地方公共団体が指定したものに限る。）に対し、当該特定地域雇用等促進法人の行う同号に規定する事業に関連する寄附（同条第二項に規定する指定の有効期間内に支出された金銭に限るものとし、その寄附をした者に特別の利益が及ぶと認められるものを除く。）をした場合には、当該寄附に係る支出金は、所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金とみなして、同法の規定を適用する。
２ 地域再生法第五条第三項第三号に規定する事業を行う法人税法第二条第六号に規定する公益法人等が、教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与する業務を行うものである場合における所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金の取扱いその他前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十一条の十九の二の次に次の一条を加える。
（電子証明書を有する個人の電子情報処理組織による申告に係る所得税額の特別控除）
第四十一条の十九の三 個人が、平成十九年分又は平成二十年分の所得税につき、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）第三条第一項の規定により同項に規定する電子情報処理組織を使用して確定申告書の提出を行う場合において、財務省令で定めるところにより当該確定申告書に記載すべき事項に係る情報（当該個人の電子署名が行われているものに限る。次項において「確定申告情報」という。）と当該電子署名に係る電子証明書とを併せて送信したときは、当該個人のその年分の所得税の額から、五千円を控除する。
２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分のその年の翌年一月四日から三月十五日まで（当該年分が平成二十年分である場合にあつては、その年の翌年一月五日から三月十五日まで）の間（確定申告書（確定申告期限のあるものに限る。）を提出すべき場合には、当該確定申告書の提出をすることができることとされる日から当該確定申告書に係る確定申告期限までの間）に、同項の規定により送信される確定申告情報と併せて同項の規定の適用を受けようとする旨及び同項の規定による控除を受ける金額に係る情報が送信される場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該金額に係る情報として送信された金額に限るものとする。
３ 第一項の規定は、個人が、平成十九年分の所得税について同項の規定の適用を受けている場合には、当該個人の平成二十年分の所得税については、適用しない。
４ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 電子署名 電子署名及び認証業務に関する法律（平成十二年法律第百二号）第二条第一項に規定する電子署名をいう。
二 電子証明書 電子署名を行つた個人を確認するために用いられる事項が当該個人に係るものであることを証明するために作成された電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）であつて財務省令で定めるものをいう。
５ 所得税法第九十二条第二項の規定は、第一項の規定による控除をすべき金額について準用する。この場合において、同条第二項中「前項の規定による控除」とあるのは「前項及び租税特別措置法第四十一条の十九の三第一項（電子証明書を有する個人の電子情報処理組織による申告に係る所得税額の特別控除）の規定による控除」と、「当該控除をすべき金額」とあるのは「これらの控除をすべき金額の合計額」と読み替えるものとする。
６ その年分の所得税について第一項の規定の適用を受ける場合における所得税法第百二十条第一項第三号に掲げる所得税の額の計算については、同号中「第三章（税額の計算）」とあるのは、「第三章（税額の計算）及び租税特別措置法第四十一条の十九の三第一項（電子証明書を有する個人の電子情報処理組織による申告に係る所得税額の特別控除）」とする。
７ 第二項から前項までに定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の二第四項第二号イ中「証券業者等」を「金融商品取引業者等」に改める。
第四十二条の四第一項中「第四十二条の六第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の六第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項」に、「第四十二条の十第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の十第二項、第三項及び第五項、第四十二条の十一第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第十項中「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、同条第十一項第四号及び第七号並びに第十四項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改める。
第四十二条の五第一項中「第八項」を「第九項」に改め、同条第二項中「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項」に、「第四十二条の十第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の十第二項、第三項及び第五項、第四十二条の十一第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第四項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第五項中「次条第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「次条第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、同条第十一項中「第九項」を「第十項」に改め、同項を同条第十二項とし、同条第十項を同条第十一項とし、同条第九項を同条第十項とし、同条第八項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同項を同条第九項とし、同条第七項を同条第八項とし、同条第六項を同条第七項とし、同条第五項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、法人が所有権移転外リース取引（法人税法第六十四条の二第三項に規定するリース取引のうち所有権が移転しないものとして政令で定めるものをいう。以下この章において同じ。）により取得したエネルギー需給構造改革推進設備等については、適用しない。
第四十二条の六の見出しを「（中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「以下第三項まで」を「以下この条」に改め、「及び第三項」を削り、同条第二項中「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項」に、「第四十二条の十第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の十第二項、第三項及び第五項、第四十二条の十一第二項、第三項及び第五項」に、「以下第四項まで」を「以下この項及び次項」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「減価償却資産」を「特定機械装置等」に改め、「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「連結税額控除限度額等」を「連結税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第六十八条の十一第二項から第四項まで」を「第六十八条の十一第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「次条第六項及び第七項」を「次条第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、「（同条第六項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、中小企業者等が所有権移転外リース取引により取得した特定機械装置等については、適用しない。
第四十二条の六第八項を同条第七項とし、同条第九項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第八項とし、同条第十項中「第四項の」を「第三項の」に、「第五項に規定する連結税額控除限度額等」を「第四項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第六十八条の十一第四項」を「第六十八条の十一第三項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第四十二条の六第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第四十二条の六第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第四十二条の六第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第四十二条の六第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第四十二条の六第六項又は第七項（機械等を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第四十二条の六第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第四十二条の六第六項又は第七項」」を「第四十二条の六第五項」」に改め、同項を同条第十一項とし、同項の次に次の一項を加える。
12 第五項の規定の適用を受けた場合における第三項に規定する繰越税額控除限度超過額の計算その他第一項から第十項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の七の見出しを「（事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「及び第三項」及び「（以下この条において「事業基盤強化設備」という。）」を削り、「以下第三項までにおいて「特定事業基盤強化設備」」を「以下この条において「事業基盤強化設備」」に、「又は特定事業基盤強化設備」を「又は事業基盤強化設備」に、「当該特定事業基盤強化設備」を「当該事業基盤強化設備」に改め、「。次項において「基準取得価額」という。」を削り、同項第一号中「第五号において同じ。」を削り、同項第三号中「法人」の下に「で生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第五十六条の三第一項に規定する振興計画について同項に規定する認定を受けた生活衛生同業組合又は生活衛生同業小組合の組合員であるもの」を加え、「器具及び備品（当該事業」を「当該振興計画に定める同項に規定する振興事業の実施に係る器具及び備品（当該飲食店業」に改め、同項第五号を削り、同項第六号中「及び第八号」を「及び第七号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第七号を同項第六号とし、同号の次に次の一号を加える。
七 中小企業による地域産業資源を活用した事業活動の促進に関する法律第七条第二項に規定する認定計画に従つて同法第二条第三項に規定する地域産業資源活用事業を行う同条第一項に規定する中小企業者（同項第八号に掲げる者を除く。）に該当する法人（大規模法人子会社を除く。）で同法第十一条に規定する確認を受けたもの（前各号に掲げる法人に該当するものを除く。） 当該認定計画に定める機械及び装置
第四十二条の七第一項第八号を削り、同条第二項中「又は第五号」を削り、「、政令で定める法人を」を「政令で定める法人を、同項第四号に掲げる法人にあつては同号に規定する大規模法人をそれぞれ」に、「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に、「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に、「第四十二条の十第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の十第二項、第三項及び第五項、第四十二条の十一第二項、第三項及び第五項」に、「以下第四項まで」を「以下この項及び次項」に、「基準取得価額」を「取得価額」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「連結税額控除限度額等」を「連結税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第六十八条の十二第二項から第四項まで」を「第六十八条の十二第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「前条第六項及び第七項」を「前条第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、「（同条第六項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、特定中小企業者等が所有権移転外リース取引により取得した事業基盤強化設備については、適用しない。
第四十二条の七第八項を同条第七項とし、同条第九項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第八項とし、同条第十項中「第四項の」を「第三項の」に、「第五項に規定する連結税額控除限度額等」を「第四項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第六十八条の十二第四項」を「第六十八条の十二第三項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第四十二条の七第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第四十二条の七第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第四十二条の七第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第四十二条の七第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第四十二条の七第六項又は第七項（事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第四十二条の七第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第四十二条の七第六項又は第七項」」を「第四十二条の七第五項」」に改め、同項を同条第十一項とし、同項の次に次の一項を加える。
12 第五項の規定の適用を受けた場合における第三項に規定する繰越税額控除限度超過額の計算その他第一項から第十項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の九第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に、「第四十二条の六第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項、次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の六第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項、次条第二項、第三項及び第五項、第四十二条の十一第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第三項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第四項中「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項、次条第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項、次条第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、同条第六項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改める。
第四十二条の十の見出しを「（沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「及び第三項」及び「（以下この条において「経営革新設備等」という。）」を削り、「第三項までにおいて「特定経営革新設備等」」を「以下この条において「経営革新設備等」」に、「又は特定経営革新設備等」を「又は経営革新設備等」に、「当該特定経営革新設備等」を「当該経営革新設備等」に改め、同条第二項中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に、「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「第四十二条の六第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の六第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項」に、「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項」に、「以下第四項まで」を「以下この項及び次項」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「連結税額控除限度額等」を「連結税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第六十八条の十四第二項から第四項まで」を「第六十八条の十四第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「次条第六項及び第七項」を「次条第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、「（同条第六項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、特定中小企業者が所有権移転外リース取引により取得した経営革新設備等については、適用しない。
第四十二条の十第八項を同条第七項とし、同条第九項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第八項とし、同条第十項中「第四項の」を「第三項の」に、「第五項に規定する連結税額控除限度額等」を「第四項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第六十八条の十四第四項」を「第六十八条の十四第三項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第四十二条の十第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第四十二条の十第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第四十二条の十第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第四十二条の十第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第四十二条の十第六項又は第七項（経営革新設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第四十二条の十第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第四十二条の十第六項又は第七項」」を「第四十二条の十第五項」」に改め、同項を同条第十一項とし、同項の次に次の一項を加える。
12 第五項の規定の適用を受けた場合における第三項に規定する繰越税額控除限度超過額の計算その他第一項から第十項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の十一の見出しを「（情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「以下第三項まで」を「以下この項及び次項」に改め、「及び第三項」を削り、同条第二項中「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「第四十二条の六第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の六第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項」に、「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に、「以下第四項まで」を「以下この項及び次項」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「連結税額控除限度額等」を「連結税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第六十八条の十五第二項から第四項まで」を「第六十八条の十五第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「前条第六項及び第七項」を「前条第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、「（同条第六項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、法人が所有権移転外リース取引により取得した情報基盤強化設備等については、適用しない。この場合において、当該情報基盤強化設備等の取得価額は、同項に規定する情報基盤強化設備等の取得価額の合計額に含まれないものとする。
第四十二条の十一第八項を同条第七項とし、同条第九項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第八項とし、同条第十項中「第四項の」を「第三項の」に、「第五項に規定する連結税額控除限度額等」を「第四項に規定する連結税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第六十八条の十五第四項」を「第六十八条の十五第三項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第四十二条の十一第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第四十二条の十一第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第四十二条の十一第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第四十二条の十一第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第四十二条の十一第六項又は第七項（情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）」を「第四十二条の十一第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第四十二条の十一第六項又は第七項」」を「第四十二条の十一第五項」」に改め、同項を同条第十一項とし、同項の次に次の一項を加える。
12 第五項の規定の適用を受けた場合における第三項に規定する繰越税額控除限度超過額の計算その他第一項から第十項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十二条の十二第一項中「第四十二条の六第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第四十二条の七第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の六第二項、第三項及び第五項、第四十二条の七第二項、第三項及び第五項」に、「第四十二条の十第二項から第四項まで、第六項及び第七項並びに前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第四十二条の十第二項、第三項及び第五項並びに前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第四十三条第一項中「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該特定設備等をその用に供した場合又は」を加える。
第四十三条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該研究施設をその用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の二十四」を「百分の二十」に、「百分の十二」を「百分の十」に改める。
第四十三条の三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該保全事業等資産をその用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の十三」を「百分の十一」に改める。
第四十四条第一項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該地震防災対策用資産をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第一号中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第四十四条の二を次のように改める。
（集積区域における集積産業用資産の特別償却）
第四十四条の二 青色申告書を提出する法人が、企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律第七条第一項に規定する同意基本計画（以下この項において「同意基本計画」という。）に定められた同法第四条第二項第二号に規定する集積区域（以下この項において「集積区域」という。）内において、同法の施行の日から平成二十一年三月三十一日までの間に、同法第十四条第一項の承認（同法第十五条第一項の承認を含む。）を受けた同法第十四条第一項に規定する企業立地計画に定められた機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備（以下この項において「集積産業用資産」という。）で、その製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は集積産業用資産を製作し、若しくは建設して、これを当該集積区域内において当該法人の営む指定集積事業（当該同意基本計画に定められた同法第十九条に規定する指定集積業種に属する事業をいう。）の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該集積産業用資産をその用に供した場合を除く。）において、その用に供した当該集積産業用資産が政令で定める要件を満たすものであるときは、その用に供した日を含む事業年度の当該集積産業用資産の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該集積産業用資産の普通償却限度額と特別償却限度額（当該集積産業用資産の取得価額の百分の十五（建物及びその附属設備については、百分の八）に相当する金額をいう。）との合計額とする。
２ 第四十三条第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第四十四条の三第一項中「産業活力再生特別措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第二十六号）の施行の日から平成十九年三月三十一日まで」を「産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十六号）の施行の日から平成二十一年三月三十一日まで」に、「第二条第五項」を「第二条第八項」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該事業革新設備をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の二十四（当該事業革新設備が、第一号又は第三号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の三十とし、第二号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の四十とする。）」を「百分の二十（当該事業革新設備が、産業活力再生特別措置法第二条第十項に規定する特定事業革新設備である場合又は第四号若しくは第五号に掲げる計画に記載されたものである場合には、百分の三十）」に改め、同項各号を次のように改める。
一 産業活力再生特別措置法第五条第一項に規定する事業再構築計画（同法第二条第二項第二号に規定する事業革新（第四号において「事業革新」という。）について記載があるものに限る。） 同法第五条第一項に規定する認定（同法第六条第一項の認定を含む。）
二 産業活力再生特別措置法第七条第一項に規定する共同事業再編計画（同条第三項第四号に掲げる事項の記載があるものに限る。） 同条第一項に規定する認定（同法第八条第一項の認定を含む。）
三 産業活力再生特別措置法第九条第一項に規定する経営資源再活用計画（同条第三項第二号に掲げる事項の記載があるものに限る。） 同条第一項に規定する認定（同法第十条第一項の認定を含む。）
四 産業活力再生特別措置法第十一条第一項に規定する技術活用事業革新計画（事業革新について記載があるものに限る。） 同項に規定する認定（同法第十二条第一項の認定を含む。）
五 産業活力再生特別措置法第十三条第一項に規定する経営資源融合計画 同項に規定する認定（同法第十四条第一項の認定を含む。）
六 産業活力再生特別措置法第十六条第一項に規定する事業革新設備導入計画 同項に規定する認定（同法第十七条第一項の認定を含む。）
第四十四条の四第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に、「製作若しくは」を「製作又は」に、「を取得し、又は特定電気通信設備等を製作し、若しくは建設して」を「の取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項において同じ。）をして」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定電気通信設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第三号中「百分の十五」の下に「（平成二十年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十三とし、平成二十一年四月一日から平成二十二年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十とする。）」を加える。
第四十四条の五を次のように改める。
（共同利用施設の特別償却）
第四十四条の五 青色申告書を提出する法人で、生活衛生同業組合（出資組合であるものに限る。）又は生活衛生同業小組合であるものが、平成三年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に、生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第五十六条の三第一項の認定を受けた同項に規定する振興計画に係る共同利用施設（以下この項において「共同利用施設」という。）でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は共同利用施設を製作し、若しくは建設して、これを当該法人の事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該共同利用施設をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む事業年度の当該共同利用施設の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該共同利用施設の普通償却限度額と特別償却限度額（当該共同利用施設の取得価額の百分の八に相当する金額をいう。）との合計額とする。
２ 第四十三条第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第四十四条の七第一項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該再商品化設備等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項第二号中「減価償却資産」の下に「（食品循環資源の再生利用等の促進に関する法律第二十条第二項第一号に規定する認定計画に記載された同法第十一条第二項第二号に規定する再生利用事業に係る機械その他の減価償却資産にあつては、製造に関連する機械その他の減価償却資産を含む。）」を加え、同条を第四十四条の六とする。
第四十五条第一項中「供したとき」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該工業用機械等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第一号を次のように改める。
一 次に掲げる地区 イ 半島振興法第二条第一項の規定により半島振興対策実施地域として指定された地区 |
製造の事業その他の政令で定める事業 |
機械及び装置並びに建物及びその附属設備で、政令で定めるもの |
百分の十（建物及びその附属設備については、百分の六） |
ロ 過疎地域自立促進特別措置法第二条第一項に規定する過疎地域のうち政令で定める地区 |
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ハ 離島振興法第二条第一項の規定により離島振興対策実施地域として指定された地区及びこれに類する地区として政令で定める地区 |
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ニ 水源地域対策特別措置法第三条第一項の規定により水源地域として指定された地区のうち政令で定める地区 |
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第四十五条第一項の表中第二号及び第三号を削り、第四号を第二号とし、第五号を第三号とし、第六号を第四号とする。
第四十五条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該医療用機器等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項第一号中「又は第三号」を削り、同項第二号を削り、同項第三号を同項第二号とし、同条第二項を次のように改める。
２ 青色申告書を提出する法人で医療保健業を営むものが、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に、その有する病院用又は診療所用の建物及びその附属設備のうち次に掲げる施設の用に供されている部分を介護保険法第八条第二十五項に規定する介護老人保健施設その他の政令で定める施設（以下この項において「特定施設」という。）とするための増築又は改築（以下この項において「増改築」という。）をし、これを事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該特定施設をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む事業年度の当該特定施設（当該増改築のための工事によつて取得し、又は建設した建物及びその附属設備の部分に限る。以下この項において「特定増改築施設」という。）の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該特定増改築施設の普通償却限度額と特別償却限度額（当該特定増改築施設の基準取得価額（取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額をいう。）の百分の十五に相当する金額をいう。）との合計額とする。
一 介護保険法第八条第二十六項に規定する介護療養型医療施設の療養病床等（同項の療養病床以外の病院の病床に係る部分に限る。）のうち政令で定める病床に入院する患者のための施設
二 医療法第七条第二項第四号に規定する療養病床に入院する患者のための施設
第四十五条の二第三項を削り、同条第四項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該建替え病院用等建物をその用に供した場合を除き、」を加え、「（第二項の規定の適用を受けるものを除く。）」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項中「第四項」を「第二項又は第三項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第七項中「第一項、第二項又は第四項」を「第一項から第三項まで」に改め、同項を同条第六項とし、同条第八項を削る。
第四十六条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「附属設備」の下に「（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。）」を加える。
第四十六条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「建設したもの」の下に「（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。）」を加え、同条第二項中「場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該障害者対応設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第四十六条の三を次のように改める。
（事業所内託児施設等の割増償却）
第四十六条の三 青色申告書を提出する法人で、次世代育成支援対策推進法（平成十五年法律第百二十号）第十二条第一項又は第三項の規定に基づき同条第一項に規定する一般事業主行動計画（同法第二条に規定する次世代育成支援対策として当該法人の雇用する同法第五条の労働者が利用することができる児童福祉法第三十九条第一項に規定する業務を目的とする施設（以下この項において「託児施設」という。）の設置及び運営に関する事項が定められているものに限る。）を厚生労働大臣に届け出ているもの（次世代育成支援対策推進法第十二条第三項に規定する中小事業主（以下この項において「中小事業主」という。）以外の同条第一項に規定する一般事業主にあつては、政令で定める要件を満たすものに限る。）が、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に当該一般事業主行動計画に従つて当該託児施設を取得し、又は建設し、かつ、適用事業年度終了の日において当該託児施設が事業所内託児施設（その法人の事業所の敷地内その他これに類する場所に設置されていることその他の財務省令で定める基準を満たしている託児施設をいう。）に該当するものとして財務省令で定めるところにより証明がされた場合には、当該適用事業年度終了の日において当該法人が有する当該託児施設（当該託児施設の設置のための工事によつて取得し、又は建設した建物及びその附属設備の部分に限る。）並びにこれと同時に取得し、又は製作した遊戯具その他の器具及び備品で財務省令で定めるもの（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。以下この項において「事業所内託児施設等」という。）に係る償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定（第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条の規定を含む。）にかかわらず、当該事業所内託児施設等の普通償却限度額（第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項又は第四項に規定する政令で定める金額）と特別償却限度額（当該普通償却限度額の百分の二十（当該法人が中小事業主である場合には、百分の三十）に相当する金額をいう。）との合計額（第五十二条の二の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。
２ 前項に規定する適用事業年度とは、同項に規定する事業所内託児施設等をその用に供した日から同日を含む事業年度開始の日（その用に供した日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度開始の日）以後五年を経過した日の前日までの期間内の日を含む各事業年度（連結事業年度に該当する事業年度を除く。）をいう。
３ 第四十三条第二項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
４ 前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十七条の見出しを「（優良賃貸住宅の割増償却）」に改め、同条第一項中「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該中心市街地優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第三項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該高齢者向け優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の三十六」を「百分の二十八」に、「百分の五十」を「百分の四十」に改め、同条第五項を削り、同条第六項中「、第三項又は前項」を「又は第三項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第七項中「第五項」を「第四項」に改め、同項を同条第六項とする。
第四十七条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定再開発建築物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第四十八条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該倉庫用建物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第五十二条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第五十二条の二第二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第四十五条の二第二項」を「第四十六条」に改め、同条第五項中「第四十五条の二第二項」を「第四十六条」に改める。
第五十二条の三第二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第四項中「第四十五条の二第二項」を「第四十六条」に改め、同条第十二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第十三項中「第四十五条の二第二項」を「第四十六条」に改める。
第五十五条の六第一項及び第九項並びに第五十七条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第五十七条の五第一項第七号中「中小企業等協同組合法」の下に「（昭和二十四年法律第百八十一号）」を加える。
第五十七条の十第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第五十八条第一項及び第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に改める。
第六十条第一項の表中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改める。
第六十一条第一項中「、事業協同小組合」を「及び事業協同小組合（中小企業等協同組合法第九条の二第七項に規定する特定共済組合を除く。）」に、「中小企業等協同組合法」を「同法」に改め、「行う協同組合連合会」の下に「及び同条第四項に規定する特定共済組合連合会」を加え、「及び」を「並びに」に、「出資総額」を「出資金の額」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第三章第四節の二を次のように改める。
第四節の二 認定農業生産法人等の課税の特例
（農業経営基盤強化準備金）
第六十一条の二 青色申告書を提出する法人で、農業経営基盤強化促進法第十二条第一項に規定する農業経営改善計画に係る同項の認定を受けた農地法第二条第七項に規定する農業生産法人（以下この項及び第三項において「認定農業生産法人」という。）、農業経営基盤強化促進法第二十三条第一項の認定に係る同条第七項に規定する特定農用地利用規程（第三項において「特定農用地利用規程」という。）に定める同条第四項に規定する特定農業法人（認定農業生産法人を除く。）又は農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律第二条第二項第一号ロに掲げるもの（第三項において「認定農業生産法人等」という。）に該当するものが、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）の指定期間内において、同法第三条第一項又は第四条第一項に規定する交付金その他これに類するものとして財務省令で定める交付金又は補助金（以下この項において「交付金等」という。）の交付を受けた場合において、農業経営基盤強化促進法第十二条の二第二項に規定する認定計画その他これに類する計画として政令で定める計画（第三項において「認定計画等」という。）の定めるところに従つて行う農業経営基盤強化（同法第十二条第二項第二号の農業経営の規模を拡大すること又は同号の生産方式を合理化することをいう。以下この項において同じ。）に要する費用の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額を損金経理の方法により農業経営基盤強化準備金として積み立てたとき（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により農業経営基盤強化準備金として積み立てた場合を含む。）は、当該積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 当該交付金等の額のうち農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものとして政令で定める金額
二 当該事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ 前項の規定の適用を受けた法人（第六十八条の六十四第一項の規定の適用を受けたものを含む。）の各事業年度終了の日において、前事業年度（当該各事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、その前日を含む連結事業年度。以下この項において「前事業年度等」という。）から繰り越された農業経営基盤強化準備金の金額（当該各事業年度終了の日において同条第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている当該法人の前事業年度等から繰り越された同項の農業経営基盤強化準備金の金額（以下この項において「連結農業経営基盤強化準備金の金額」という。）がある場合には当該連結農業経営基盤強化準備金の金額を含むものとし、当該各事業年度終了の日までに次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額（同条第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）又は前事業年度等の終了の日までにこの項の規定により益金の額に算入された金額（同条第二項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合にはこれらの金額を控除した金額とする。以下この条において同じ。）のうちにその積み立てられた事業年度（連結農業経営基盤強化準備金の金額にあつては、その積み立てられた連結事業年度。次項において「積立事業年度」という。）終了の日の翌日から五年を経過したものがある場合には、その五年を経過した農業経営基盤強化準備金の金額は、その五年を経過した日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
３ 第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている法人が次の各号に掲げる場合（当該法人が被合併法人となる適格合併が行われた場合を除く。）に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む事業年度（第四号に掲げる場合にあつては、合併の日の前日を含む事業年度）の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合において、第六号に掲げる場合に該当するときは、同号に規定する農業経営基盤強化準備金の金額をその積み立てられた積立事業年度別に区分した各金額のうち、その積み立てられた積立事業年度が最も古いものから順次益金の額に算入されるものとする。
一 認定農業生産法人等に該当しないこととなつた場合 その該当しないこととなつた日における農業経営基盤強化準備金の金額
二 認定計画等の認定が取り消された場合又は特定農用地利用規程の認定が取り消された場合（当該認定が取り消された特定農用地利用規程に定める法人が認定農業生産法人である場合を除く。） その取消しの日における農業経営基盤強化準備金の金額
三 特定農用地利用規程の農業経営基盤強化促進法第二十三条第九項に規定する有効期間が経過した場合（当該有効期間が経過した特定農用地利用規程に定める法人が認定農業生産法人である場合を除く。） その経過した日における農業経営基盤強化準備金の金額
四 当該法人が被合併法人となる合併が行われた場合 その合併直前における農業経営基盤強化準備金の金額
五 解散した場合（合併により解散した場合を除く。） その解散の日における農業経営基盤強化準備金の金額
六 前項、前各号、次項及び第五項の場合以外の場合において農業経営基盤強化準備金の金額を取り崩した場合 その取り崩した日における農業経営基盤強化準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
４ 第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）における農業経営基盤強化準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度（当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日（以下この項において「二年経過日」という。）を含む事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該事業年度開始の日の翌日から二年経過日までの間に最初に開始した連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度）までの各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、当該農業経営基盤強化準備金の金額については、前二項及び第七項の規定は、適用しない。
５ 第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている法人が、当該事業年度が連結事業年度に該当しない場合で、かつ、当該事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当していた場合において、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないとき（青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をしたことにより、当該事業年度の確定申告書等を青色申告書により提出できる者でないこととなつた場合を含む。）は、当該事業年度終了の日における農業経営基盤強化準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、前三項及び第七項の規定は、適用しない。
６ 第五十五条の五第六項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
７ 第五十五条第十一項、第十二項及び第十三項前段の規定は、第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている法人が被合併法人となる適格合併が行われた場合（第六十八条の六十四第六項前段に規定する場合を除く。）について準用する。この場合において、第五十五条第十二項中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項において準用する第六十八条の四十三第十項」と、「者でないとき」とあるのは「者又は第六十一条の二第一項に規定する認定農業生産法人等でないとき」と、同条第十三項前段中「第六十八条の四十三第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項において準用する第六十八条の四十三第十項」と、「第三項」とあるのは「第六十一条の二第二項」と、「同条第十項」とあるのは「第六十八条の六十四第六項において準用する第六十八条の四十三第十項」と読み替えるものとする。
８ 第六項に定めるもののほか、第一項から第五項まで及び前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（農用地等を取得した場合の課税の特例）
第六十一条の三 前条第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度において積み立てた第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）の金額（前条第四項又は第五項の規定の適用を受けるものを除く。）を有する法人（同条第一項の規定の適用を受けることができる法人を含む。）が、各事業年度において、同条第一項に規定する認定計画等の定めるところにより、農業経営基盤強化促進法第四条第一項第一号に規定する農用地（当該農用地に係る賃借権を含む。以下この項において同じ。）の取得（贈与、交換、出資又は適格事後設立によるもの、所有権移転外リース取引によるものその他政令で定めるものを除く。以下この項において同じ。）をし、又はその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのない農業用の機械その他の減価償却資産（以下この項及び第四項において「特定農業用機械等」という。）の取得をし、若しくは特定農業用機械等の製作若しくは建設をして、当該農用地又は特定農業用機械等（以下この項及び第五項において「農用地等」という。）を当該法人の農業の用に供した場合には、当該農用地等につき、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額（以下この項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算（法人税法第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合にあつては、同項に規定する期間に係る決算。以下第八節までにおいて同じ。）において積立金として積み立てる方法（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 次に掲げる金額の合計額
イ 前事業年度等（前条第二項に規定する前事業年度等をいう。以下この号において同じ。）から繰り越された同条第一項の農業経営基盤強化準備金の金額（第六十八条の六十四第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている当該法人の前事業年度等から繰り越された同項の農業経営基盤強化準備金の金額を含むものとし、前事業年度等の終了の日までに前条第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された金額（第六十八条の六十四第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該事業年度において前条第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
ロ 当該事業年度において交付を受けた前条第一項に規定する交付金等の額のうち同項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として政令で定める金額
二 当該事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３ 税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 第一項の規定の適用を受けた特定農業用機械等については、第五十三条第一項各号に掲げる規定（第四十六条及び第四十六条の二第一項並びにこれらの規定に係る第五十二条の三の規定を除く。）は、適用しない。
５ 第一項の規定の適用を受けた農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合における当該農用地等の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十二条第一項中「第九十二条」を「第九十二条第一項」に、「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に改め、同条第六項第二号中「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第六十二条の三第一項中「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、同条第二項第一号イ（3）を削り、同号イ（4）を同号イ（3）とし、同号ロ中「（出資を含む。）又はその信託財産に属する資産が主として土地等である法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託の受益権（次に掲げるものを除く。）」を「又は出資（当該株式又は出資のうち次に掲げる出資、投資口又は受益権に該当するものを除く。）」に改め、同号ロ（1）中「法人税法第二条第十号」を「同項第二号ニ」に改め、同号ロ（2）中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に、「法人税法第二条第十号」を「同項第二号ニ」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同号ロ（3）中「法人税法第二条第二十九号の二に規定する」を「法人課税信託のうち法人税法第二条第二十九号の二ホに掲げる」に、「第六十八条の三の三第一項第一号ロ」を「第六十八条の三の二第一項第一号ロ」に、「同族特定信託」を「同族会社」に改め、同号ロ（4）中「法人税法第二条第二十九号の三イに掲げる信託であつて、第六十八条の三の四第一項第一号ロ」を「法人課税信託のうち法人税法第二条第二十九号の二ニに掲げる投資信託であつて、第六十八条の三の三第一項第一号ロ」に、「同族特定信託」を「同族会社」に改め、同条第三項中「前項第一号イ（1）から（3）まで」を「前項第一号イ（1）及び（2）」に改め、同条第四項第二号中「第六号若しくは第七号に掲げる譲渡又は」を削り、同項第十六号中「第六号から第八号まで、第十一号」を「第六号から第九号まで、第十二号」に改め、同号を同項第十七号とし、同項第十五号中「第六号から第八号まで、第十一号」を「第六号から第九号まで、第十二号」に改め、同号を同項第十六号とし、同項第十四号中「第六号、第七号若しくは第十一号」を「第六号から第八号まで若しくは第十二号」に改め、同号を同項第十五号とし、同項第十三号中「第六号、第七号又は第十一号」を「第六号から第八号まで又は第十二号」に改め、同号を同項第十四号とし、同項第十二号を同項第十三号とし、同項第十一号中「、第六号若しくは第七号」を「若しくは第六号から第八号まで」に改め、同号を同項第十二号とし、同項第十号中「第十三号から第十六号まで」を「第十四号から第十七号まで」に改め、同号を同項第十一号とし、同項第九号中「前三号、第十一号又は第十三号から第十六号まで」を「第六号から前号まで、第十二号又は第十四号から第十七号まで」に改め、同号を同項第十号とし、同項第八号中「前二号」を「前三号」に改め、同号を同項第九号とし、同項第七号中「第三号」を「第二号」に改め、同号を同項第八号とし、同項第六号中「前三号」を「第二号から前号まで」に改め、同号を同項第七号とし、同項第五号の次に次の一号を加える。
六 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三条第一項第一号に規定する防災再開発促進地区の区域内における同法第八条に規定する認定建替計画（当該認定建替計画に定められた新築する建築物の敷地面積の合計が五百平方メートル以上であることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る建築物の建替えを行う事業の同法第七条第一項に規定する認定事業者に対する土地等の譲渡で、当該譲渡に係る土地等が当該事業の用に供されるもの（第二号から前号までに掲げる譲渡又は政令で定める土地等の譲渡に該当するものを除く。）
第六十二条の三第五項中「前項第十一号から第十六号まで」を「前項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第七項中「第四項第十一号から第十四号までの造成又は同項第十五号若しくは第十六号」を「第四項第十二号から第十五号までの造成又は同項第十六号若しくは第十七号」に、「同項第十一号から第十六号まで」を「同項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第八項中「第四項第十一号から第十六号まで」を「第四項第十二号から第十七号まで」に、「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に、「並びに第六十八条第一項」を「及び第六十八条第一項」に改め、同条第十一項第二号中「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第六十三条第一項中「第四十二条の六第六項及び第七項、第四十二条の七第六項及び第七項」を「第四十二条の六第五項、第四十二条の七第五項」に、「第四十二条の十第六項及び第七項、第四十二条の十一第六項及び第七項」を「第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第五項」に改める。
第六十四条第一項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加える。
第六十五条の三第一項第四号中「独立行政法人国立博物館」を「独立行政法人国立文化財機構」に改め、同条第二項中「前項第一号から第二号の二まで」を「前項各号」に改め、同条第三項中「第一項第一号から第二号の二まで」を「第一項各号」に改める。
第六十五条の四第一項第三号中「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改め、同項第八号中「第二百八十九条第一項」を「第三百条第一項」に改め、同項第二十四号を同項第二十五号とし、同項第二十号から第二十三号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十九号中「特定旅客施設（高齢者移動等円滑化法第二条第六号に規定する特定旅客施設をいう。）、一般交通用施設（高齢者移動等円滑化法第二条第二十一号ロに規定する一般交通用施設のうち当該特定旅客施設と同号イに規定する生活関連施設との間の移動が通常徒歩で行われる経路を構成するものをいう。）又は公共用施設（高齢者移動等円滑化法第三十九条第一項に規定する生活関連施設のうち当該特定旅客施設又は当該一般交通用施設と一体として利用される駐車場、公園その他の公共の用に供する施設をいう。）」を「同項に規定する生活関連施設又は一般交通用施設」に、「特定旅客施設、一般交通用施設又は公共用施設」を「生活関連施設又は一般交通用施設」に改め、同号を同項第二十号とし、同項第十八号を同項第十九号とし、同項第十一号から第十七号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十号の次に次の一号を加える。
十一 地方公共団体又は都市再生特別措置法第七十三条第一項に規定する都市再生整備推進法人（政令で定めるものに限る。以下この号において同じ。）が同法第四十六条第一項に規定する都市再生整備計画に記載された公共施設の整備に関する事業（当該事業が当該都市再生整備推進法人により行われるものである場合には、地方公共団体の管理の下に行われるものに限る。）の用に供するために、当該都市再生整備計画の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第六十四条第一項第二号若しくは第三号の六、第六十五条第一項第一号若しくは前条第一項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号、第四号若しくは第七号から前号までに掲げる場合に該当する場合を除く。）
第六十五条の四第二項及び第三項中「第六号から第十五号まで、第十八号又は第二十一号」を「第六号から第十六号まで、第十九号又は第二十二号」に改める。
第六十五条の五第一項第一号及び第二号中「前条第一項第二十四号」を「前条第一項第二十五号」に改め、同項第四号中「第二十四号」を「第二十五号」に改める。
第六十五条の七第一項中「第十六号の」を「第十七号の」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同項の表の第一号中「第十六号」を「第十七号」に改め、同表の第十五号中「この号」の下に「及び次号」を加え、同表の第十八号を同表の第十九号とし、同表の第十七号を同表の第十八号とし、同表の第十六号を同表の第十七号とし、同表の第十五号の次に次の一号を加える。
十六 防災再開発促進地区内にある土地等、建物又は構築物で、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第八条に規定する認定建替計画（政令で定める基準に適合するものに限る。以下この号において「認定建替計画」という。）に係る建築物の建替えを行う事業の用に供するために譲渡をされるもの |
当該防災再開発促進地区内にある土地等、建物又は構築物で、当該認定建替計画に係る建築物の建替えを行う事業に伴い取得をされるもの |
第六十五条の七第四項、第九項及び第十二項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第十五項第一号中「及び法人税法第二条第二十九号の二に規定する特定目的信託の信託契約に基づく資産の信託による当該資産の移転」を削り、同項第二号中「第十六号」を「第十七号」に改め、「よるもの」の下に「、所有権移転外リース取引によるもの」を加える。
第六十五条の八第一項中「第十六号」を「第十七号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第二項第二号、第四項第二号及び第三号、第七項、第八項、第十四項並びに第十五項中「第十八号」を「第十九号」に改める。
第六十五条の九中「第十六号」を「第十七号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改める。
第六十五条の十三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第三章第七節の二の節名中「課税の特例」を「課税の特例等」に改める。
第六十六条の四第六項中「、当該国外関連者と特殊の関係のある内国法人並びに当該国外関連者と特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この項において同じ。）の信託財産との間に第六十八条の三の五第一項に規定する特殊の関係がある場合における当該特定信託の受託者である内国法人及び外国法人（当該特定信託の信託財産に係る当該取引を行う場合に限る。）」を「及び当該国外関連者と特殊の関係のある内国法人」に改め、同条第十九項中「この項」の下に「及び次条第一項」を加え、第三章第七節の二中同条の次に次の一条を加える。
（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）
第六十六条の四の二 内国法人が租税条約の規定に基づき国税庁長官に対し当該租税条約に規定する申立てをした場合（外国法人が租税条約の規定に基づき当該外国法人に係る条約相手国の権限ある当局に対し当該租税条約に規定する申立てをした場合を含む。）には、税務署長等（国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等をいう。以下この条において同じ。）は、これらの申立てに係る前条第十六項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額（これらの申立てに係る条約相手国との間の租税条約に規定する協議の対象となるものに限る。）及び当該法人税の額に係る同法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、これらの申立てをした者の申請に基づき、その納期限（同法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から当該条約相手国の権限ある当局との間の合意に基づく同法第二十六条の規定による更正があつた日（当該合意がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間（第七項において「納税の猶予期間」という。）に限り、その納税を猶予することができる。ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。
２ 税務署長等は、前項の規定による納税の猶予（以下この条において「納税の猶予」という。）をする場合には、その猶予に係る金額に相当する担保を徴さなければならない。ただし、その猶予に係る税額が五十万円以下である場合又は担保を徴することができない特別の事情がある場合は、この限りでない。
３ 国税通則法第四十六条第六項の規定は、前項の規定により担保を徴する場合について準用する。
４ 国税通則法第四十七条及び第四十八条の規定は、納税の猶予をする場合又は納税の猶予を認めない場合について準用する。この場合において、同法第四十七条第二項中「前条第一項から第三項まで又は第七項」とあるのは、「租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と読み替えるものとする。
５ 納税の猶予を受けた者が次の各号のいずれかに該当する場合には、税務署長等は、その猶予を取り消すことができる。この場合においては、国税通則法第四十九条第二項及び第三項の規定を準用する。
二 第一項の協議に必要な書類の提出につき協力しないとき。
三 国税通則法第三十八条第一項各号のいずれかに該当する事実がある場合において、その者がその猶予に係る法人税を猶予期間内に完納することができないと認められるとき。
四 その猶予に係る法人税につき提供された担保について税務署長等が国税通則法第五十一条第一項の規定によつてした命令に応じないとき。
五 前各号に掲げるもののほか、その者の財産の状況その他の事情の変化によりその猶予を継続することが適当でないと認められるとき。
６ 納税の猶予を受けた法人税についての国税通則法及び国税徴収法の規定の適用については、国税通則法第二条第八号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項中「及び納税の猶予」とあるのは「及び納税の猶予（租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。以下この項において同じ。）」と、同法第五十五条第一項第一号及び第七十三条第四項中「納税の猶予」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）」と、国税徴収法第二条第九号及び第十号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第百五十一条第一項中「納税の猶予）」とあるのは「納税の猶予）及び租税特別措置法第六十六条の四の二第一項（国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」とする。
７ 納税の猶予をした場合には、その猶予をした法人税に係る延滞税のうち納税の猶予期間（第一項の申請が同項の納期限以前である場合には、当該申請の日を起算日として当該納期限までの期間を含む。）に対応する部分の金額は、免除する。ただし、第五項の規定による取消しの基因となるべき事実が生じた場合には、その生じた日後の期間に対応する部分の金額については、税務署長等は、その免除をしないことができる。
８ 納税の猶予に関する申請の手続に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十六条の五第四項第一号中「規定する非居住者」の下に「（第九号において「非居住者」という。）」を加え、同項第三号中「法人税の課税対象所得に含まれる」を「課税対象所得に含まれるものその他政令で定める」に改め、同項第四号中「ものとし、当該国外支配株主等の法人税の課税対象所得に含まれる負債の利子等に係るものを除く」を削り、同項第九号を次のように改める。
九 課税対象所得 第二条第一項第一号の二に規定する居住者にあつては各年分の各種所得（所得税法第二条第一項第二十一号に規定する各種所得をいう。）をいい、内国法人にあつては各事業年度の所得（法人税法第百二条第一項の規定による申告書を提出すべき法人の清算中の各事業年度の所得を含む。）若しくは各連結事業年度の連結所得又は清算所得をいい、非居住者又は外国法人にあつては所得税法第百六十四条第一項第一号から第三号までに掲げる非居住者又は法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人のいずれに該当するかに応じ当該非居住者又は外国法人のこれらの規定に定める国内源泉所得のうち政令で定めるものをいう。
第六十六条の六第一項中「（以下この項において」を「（以下この項及び次項において」に、「直接及び間接保有の株式等に」を「直接及び間接保有の株式等の数に」に、「この項において同じ」を「この項及び次項において同じ」に改め、同項各号を次のように改める。
一 その有する外国関係会社の直接及び間接保有の株式等の数の当該外国関係会社の発行済株式又は出資（当該外国関係会社が有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額のうちに占める割合（当該外国関係会社が次のイからハまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか高い割合。次号において「直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合」という。）が百分の五以上である内国法人
イ 議決権（剰余金の配当等に関する決議に係るものに限る。以下この号及び次項において同じ。）の数が一個でない株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の議決権の数の当該外国関係会社の議決権の総数のうちに占める割合
ロ 請求権の内容が異なる株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額の当該外国関係会社の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額のうちに占める割合
ハ 議決権の数が一個でない株式等及び請求権の内容が異なる株式等を発行している法人 イ又はロに定める割合のいずれか高い割合
二 直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合が百分の五以上である一の同族株主グループに属する内国法人（前号に掲げる内国法人を除く。）
第六十六条の六第二項第一号を次のように改める。
一 外国関係会社 外国法人で、その発行済株式又は出資（その有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額のうちに居住者（第二条第一項第一号の二に規定する居住者をいう。以下この号及び第六号において同じ。）及び内国法人並びに特殊関係非居住者（居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある同項第一号の二に規定する非居住者をいう。以下この号において同じ。）が有する直接及び間接保有の株式等の数の合計数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のイからハまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか高い割合）が百分の五十を超えるものをいう。
イ 議決権の数が一個でない株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） 当該外国法人の議決権の総数のうちに居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者が有する当該外国法人の直接及び間接保有の議決権の数の合計数の占める割合
ロ 請求権の内容が異なる株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） 当該外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額のうちに居住者及び内国法人並びに特殊関係非居住者が有する当該外国法人の直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額の合計額の占める割合
ハ 議決権の数が一個でない株式等及び請求権の内容が異なる株式等を発行している法人 イ又はロに定める割合のいずれか高い割合
第六十六条の六第二項第三号中「株式等」を「株式等の数」に、「若しくは内国法人が直接に有し、又は特定信託の受託者である法人が当該特定信託の信託財産として」を「又は内国法人が」に改め、「又は第六十六条の九の二第二項第一号に規定する外国信託」を削り、同項第四号を次のように改める。
四 直接及び間接保有の議決権の数 個人又は内国法人が直接に有する外国法人の議決権の数及び他の外国法人を通じて間接に有するものとして政令で定める当該外国法人の議決権の数の合計数をいう。
第六十六条の六第二項に次の二号を加える。
五 直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額 個人又は内国法人が直接に有する外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額及び他の外国法人を通じて間接に有する当該外国法人の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の額として政令で定めるものの合計額をいう。
六 同族株主グループ 外国関係会社の株式等を直接又は間接に保有する者のうち、一の居住者又は内国法人及び当該一の居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある者（外国法人を除く。）をいう。
第六十六条の六第四項第一号中「、当該特定外国子会社等に係る第六十八条の三の七第一項各号に掲げる特定信託の受託者である法人（当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。）」を削り、同条第六項を次のように改める。
６ 第三項又は第四項の規定は、確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を保存している場合に限り、適用する。
第六十六条の六に次の二項を加える。
７ 内国法人が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び前項を除く。）から第六十六条の九までの規定を適用する。
８ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十六条の八第一項中「、当該内国法人に」を「又は当該内国法人に」に改め、「又は当該内国法人に係る第六十六条の九の二第二項第一号に規定する外国関係信託（当該特定外国子会社等から剰余金の配当等の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係信託のうち政令で定めるものに限る。以下この項において同じ。）につき第四号に掲げる事実が生じた場合」を削り、「、当該外国関係会社又は当該外国関係信託」を「又は当該外国関係会社」に改め、同項第四号を削り、同条第三項中「（以下この項において「被合併法人等」という。）」を削り、「直接及び間接保有の株式等」を「直接及び間接保有の株式等の数」に改め、同条第五項中「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改める。
第三章第七節の四第二款を次のように改める。
第二款 削除
第六十六条の九の二から第六十六条の九の五まで 削除
第三章第七節の四に次の一款を加える。
第三款 特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例
（特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人の留保金額の益金算入）
第六十六条の九の六 特殊関係株主等（特定株主等に該当する者並びにこれらの者と政令で定める特殊の関係のある個人及び法人をいう。以下この款において同じ。）と特殊関係内国法人との間に当該特殊関係株主等が当該特殊関係内国法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。以下この項及び次項において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の八十以上の数又は金額の株式等（株式又は出資をいう。以下この項及び次項において同じ。）を間接に保有する関係として政令で定める関係（次項において「特定関係」という。）がある場合において、当該特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に発行済株式等の保有を通じて介在するものとして政令で定める外国法人（以下この款において「外国関係法人」という。）のうち、本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める外国関係法人に該当するもの（以下この款において「特定外国法人」という。）が、平成十九年十月一日以後に開始する各事業年度において、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配（以下この項において「剰余金の配当等」という。）の額に関する調整を加えた金額（以下この条において「適用対象留保金額」という。）を有するときは、その適用対象留保金額のうち当該特殊関係株主等である内国法人の有する当該特定外国法人の直接及び間接保有の株式等の数に対応するものとしてその株式等の請求権（剰余金の配当等、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利をいう。）の内容を勘案して政令で定めるところにより計算した金額（以下この款において「課税対象留保金額」という。）に相当する金額は、当該特殊関係株主等である内国法人の収益の額とみなして当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日を含む当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
２ この款において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定株主等 特定関係が生ずることとなる直前に特定内国法人（当該直前に株主等（法人税法第二条第十四号に規定する株主等をいう。）の五人以下並びにこれらと政令で定める特殊の関係のある個人及び法人によつて発行済株式等の百分の八十以上の数又は金額の株式等を保有される内国法人をいう。次号において同じ。）の株式等を有する個人及び法人をいう。
二 特殊関係内国法人 特定内国法人又は特定内国法人からその資産及び負債の大部分の移転を受けたものとして政令で定める内国法人をいう。
三 未処分所得の金額 特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、法人税法及びこの法律による各事業年度の所得の金額の計算に準ずるものとして政令で定める基準により計算した金額を基礎として政令で定めるところにより当該各事業年度開始の日前七年以内に開始した各事業年度において生じた欠損の金額に係る調整を加えた金額をいう。
四 直接及び間接保有の株式等の数 第二条第一項第一号の二に規定する居住者又は内国法人が直接に有する外国法人の株式の数又は出資の金額及び他の外国法人を通じて間接に有するものとして政令で定める当該外国法人の株式の数又は出資の金額の合計数又は合計額をいう。
３ 特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人（株式（出資を含む。）若しくは債券の保有、工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの（これらの権利に関する使用権を含む。）若しくは著作権（出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。）の提供又は船舶若しくは航空機の貸付けを主たる事業とするものを除く。）がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行つているものである場合（次項において「固定施設を有するものである場合」という。）における第一項の規定の適用については、同項中「調整を加えた金額」とあるのは、「調整を加えた金額から当該特定外国法人の事業に従事する者の人件費として政令で定める費用の額の百分の十に相当する金額を控除した金額」とする。
４ 第一項及び前項の規定は、特殊関係株主等である内国法人に係る同項に規定する特定外国法人がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において固定施設を有するものである場合であつて、各事業年度においてその行う主たる事業が次の各号に掲げる事業のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める場合に該当するときは、当該特定外国法人のその該当する事業年度に係る適用対象留保金額については、適用しない。
一 卸売業、銀行業、信託業、証券業、保険業、水運業又は航空運送業 その事業を主として当該特定外国法人に係る特殊関係内国法人、特殊関係株主等その他これらの者に準ずる者として政令で定めるもの以外の者との間で行つている場合として政令で定める場合
二 前号に掲げる事業以外の事業 その事業を主として本店又は主たる事務所の所在する国又は地域（当該国又は地域に係る水域で第六十六条の六第四項第二号に規定する政令で定めるものを含む。）において行つている場合として政令で定める場合
５ 特殊関係株主等である内国法人は、当該内国法人に係る特定外国法人の各事業年度の貸借対照表及び損益計算書その他の財務省令で定める書類を当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日を含む各事業年度の確定申告書（法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書をいう。次項において同じ。）に添付しなければならない。
６ 第三項又は第四項の規定は、確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を保存している場合に限り、適用する。
７ 特殊関係株主等である内国法人に係る外国関係法人が第六十六条の六第二項第一号に規定する外国関係会社に該当し、かつ、当該特殊関係株主等である内国法人が同条第一項各号に掲げる内国法人に該当する場合には、第一項の規定は、適用しない。
８ 特殊関係株主等である内国法人が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び第六項を除く。）から第六十六条の九の九までの規定を適用する。
９ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十六条の九の七 特殊関係株主等である内国法人が前条第一項の規定の適用を受ける場合には、当該内国法人に係る特定外国法人の所得に対して課される外国法人税（法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。）の額のうち当該特定外国法人の課税対象留保金額に対応するもの（当該課税対象留保金額に相当する金額を限度とする。）として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該内国法人が納付する控除対象外国法人税の額（同法第六十九条第一項に規定する控除対象外国法人税の額をいう。以下この款において同じ。）とみなして、同法第六十九条第一項から第七項まで、第十項及び第十五項から第十八項までの規定を適用する。この場合において、同条第十項中「うち第八項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額」とあるのは「うち第八項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額及び租税特別措置法第六十六条の九の七第一項（特定外国法人の課税対象留保金額に係る外国税額の控除）に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうち同項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額」と、「うち同条第八項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額」とあるのは「うち同条第八項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額及び同法第六十八条の九十三の七第一項（特定外国法人の個別課税対象留保金額に係る外国税額の控除）に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうち同項の規定により当該内国法人が納付するものとみなされる部分の金額」と、「同条第一項から第三項まで」とあるのは「第八十一条の十五第一項から第三項まで」とする。
２ 特殊関係株主等である内国法人が各連結事業年度において当該内国法人に係る第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定外国法人の同項に規定する個別課税対象留保金額に相当する金額につき同項の規定の適用を受けた場合において、その適用を受けた連結事業年度終了の日後に開始する各事業年度の期間において当該特定外国法人の所得に対して外国法人税が課されるときは、当該特定外国法人の当該個別課税対象留保金額は前項に規定する特定外国法人の課税対象留保金額と、同条第一項に規定する特定外国法人の所得に対して課される当該外国法人税の額は前項に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額とそれぞれみなして、同項の規定を適用する。
３ 特殊関係株主等である内国法人が前条第一項の規定の適用に係る特定外国法人の課税対象留保金額に相当する金額につき同項の規定の適用を受ける場合において、第一項の規定により法人税法第六十九条第一項から第三項までの規定の適用を受けるときは、第一項の規定により控除対象外国法人税の額とみなされた金額は、当該内国法人の政令で定める事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
第六十六条の九の八 第六十六条の九の六第一項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である内国法人に係る特定外国法人につき第一号若しくは第二号に掲げる事実が生じた場合又は当該内国法人に係る外国関係法人（当該特定外国法人から法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配（以下この項において「剰余金の配当等」という。）の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係法人のうち政令で定めるものに限る。以下この項において同じ。）につき第三号に掲げる事実が生じた場合で、当該内国法人のこれらの事実が生じた日を含む事業年度開始の日前十年以内に開始した各事業年度（以下この条において「前十年以内の各事業年度」という。）において当該特定外国法人の課税対象留保金額で第六十六条の九の六第一項の規定により前十年以内の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入された金額（この項の規定により前十年以内の各事業年度において損金の額に算入された金額を除く。以下この条及び次条において「課税済留保金額」という。）があるときは、当該課税済留保金額に相当する金額は、当該特定外国法人又は当該外国関係法人につき生じた事実が次の各号に掲げる事実のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める金額のうち当該内国法人に係る課税対象留保金額から充てられたものとして政令で定めるところにより計算した金額に相当する金額を限度として、当該内国法人のその事実が生じた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 剰余金の配当等の支払 その支払う剰余金の配当等の額
二 法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額
三 当該内国法人に対する剰余金の配当等の支払又は法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その支払う剰余金の配当等の額又はその交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額
２ 特殊関係株主等である内国法人の前項各号に掲げる事実が生じた日を含む事業年度開始の日前十年以内に開始した連結事業年度がある場合において、当該連結事業年度に係る個別課税済留保金額（第六十八条の九十三の八第一項に規定する個別課税済留保金額をいう。以下この項において同じ。）があるときは、前項の規定の適用については、その個別課税済留保金額は、当該連結事業年度の期間に対応する前十年以内の各事業年度の課税済留保金額とみなす。
３ 第六十六条の八第三項から第六項までの規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第六十六条の八第三項 |
内国法人が適格合併 |
第六十六条の九の六第二項第二号に規定する特殊関係内国法人（以下この項において「特殊関係内国法人」という。）に係る同条第一項に規定する特殊関係株主等（以下この項において「特殊関係株主等」という。）である内国法人が適格合併 |
|
により被合併法人 |
により当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等である被合併法人 |
|
特定外国子会社等の第六十六条の六第二項第三号 |
同条第一項に規定する特定外国法人（以下この項において「特定外国法人」という。）の同条第二項第四号 |
|
第一項の |
第六十六条の九の八第一項の |
|
課税済留保金額とみなす |
課税済留保金額（同項に規定する課税済留保金額をいう。以下第六項までにおいて同じ。）とみなす |
第六十六条の八第三項第一号 |
個別課税済留保金額 |
個別課税済留保金額（第六十八条の九十三の八第一項に規定する個別課税済留保金額をいう。以下第六項までにおいて同じ。） |
第六十六条の八第三項第二号及び第三号 |
特定外国子会社等 |
特定外国法人 |
|
第六十六条の六第一項 |
第六十六条の九の六第一項 |
第六十六条の八第四項 |
前項又は第六十八条の九十二第三項 |
第六十六条の九の八第三項において準用する前項又は第六十八条の九十三の八第三項において準用する第六十八条の九十二第三項 |
|
第一項の |
第六十六条の九の八第一項の |
|
前項の |
同条第三項において準用する前項の |
|
同条第三項 |
第六十八条の九十三の八第三項において準用する第六十八条の九十二第三項 |
|
同条第一項 |
第六十八条の九十三の八第一項 |
第六十六条の八第五項 |
第一項 |
第六十六条の九の八第一項 |
第六十六条の八第六項 |
第一項 |
第六十六条の九の八第一項 |
|
前項 |
同条第三項において準用する前項 |
４ 第六十六条の八第七項の規定は、第一項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である内国法人の同項の規定により損金の額に算入された金額について準用する。
第六十六条の九の九 特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に第六十六条の九の六第一項に規定する特定関係があるかどうかの判定に関する事項、第六十六条の九の七第一項の規定により特殊関係株主等である内国法人が納付したとみなされる控除対象外国法人税の額のうち前条第一項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された課税済留保金額に係るものの処理その他前三条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十六条の十第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日（第二号に掲げる法人については、平成二十年六月三十日）」に改め、同項第二号中「食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法」の下に「（平成十年法律第五十九号）」を加え、同条第二項中「添附」を「添付」に改める。
第六十六条の十二第一項ただし書中「及び設備廃棄等欠損金額」を削り、同条第二項及び第三項を削り、同条第四項中「に定めるもののほか、第一項に規定する設備廃棄等欠損金額がある場合における法人税法第八十条」を削り、同項を同条第二項とし、同条を第六十六条の十三とする。
第六十六条の十一の二の次に次の一条を加える。
（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）
第六十六条の十二 法人が各事業年度において支出した寄附金の額のうちに特定地域雇用会社（地域再生法第十四条第一項に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する当該特定地域雇用会社の行う同法第五条第三項第二号に規定する事業に充てられることが確実である寄附金として政令で定める寄附金（同法第十四条第三項に規定する指定の有効期間内に支出された金銭に限る。）の額がある場合における法人税法第三十七条の規定の適用については、同条第四項中「）の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「）及び特定地域雇用会社（租税特別措置法第六十六条の十二第一項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する同条第一項に規定する寄附金の額があるときは、これらの寄附金」とする。
２ 地域再生法第八条第一項に規定する認定地域再生計画に定められた区域内に本店、支店、工場、営業所その他これらに準ずるものを有する法人が各事業年度において支出した寄附金の額のうちに、同法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人（当該認定地域再生計画に記載されている同法第五条第三項第三号に規定する事業を行うものとして同法第十九条第一項の規定により同項の認定地方公共団体が指定したものに限る。）に対する当該特定地域雇用等促進法人の行う同号に規定する事業に関連する寄附金（同法第十九条第二項に規定する指定の有効期間内に支出された金銭に限る。）の額がある場合における法人税法第三十七条の規定の適用については、同条第四項中「）の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「）及び特定地域雇用等促進法人（租税特別措置法第六十六条の十二第二項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用等促進法人をいう。）に対する同条第二項に規定する寄附金（前項第二号に規定する寄附金に該当するものを除く。）の額があるときは、これらの寄附金」とする。
３ 前二項に規定する場合において、法人が各事業年度において支出した寄附金の額のうちに前条第三項に規定する認定特定非営利活動法人に対する同条第二項の寄附金の額があるときは、法人税法第三十七条の規定の適用については、同項及び前二項の規定にかかわらず、同条第四項中「）の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「）並びに認定特定非営利活動法人（租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。）に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項（定義）に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金、特定地域雇用会社（租税特別措置法第六十六条の十二第一項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する租税特別措置法第六十六条の十二第一項に規定する寄附金及び特定地域雇用等促進法人（同条第二項に規定する特定地域雇用等促進法人をいう。）に対する同条第二項に規定する寄附金（前項第二号に規定する寄附金に該当するものを除く。）の額があるときは、これらの寄附金」とする。
４ 地域再生法第五条第三項第三号に規定する事業を行う法人税法第二条第六号に規定する公益法人等が、教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与する業務を行うものである場合における同法第三十七条第四項に規定する寄附金の取扱いその他前三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十七条の四第二項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加える。
第六十七条の六第一項中「同項第四号」を「同項第三号」に改める。
第六十七条の十二の前の見出しを「（組合事業等による損失がある場合の課税の特例）」に改め、同条第一項中「）に該当する」を「）又は特定受益者（信託（法人税法第二条第二十九号に規定する集団投資信託及び法人課税信託を除く。以下この条において同じ。）の同法第十二条第一項に規定する受益者（同条第二項の規定により同条第一項に規定する受益者とみなされる者を含む。）をいう。第四項において同じ。）に該当する」に改め、「係る組合事業」の下に「又は当該信託」を、「財産）」の下に「又は信託財産」を加え、「組合損失額」を「組合等損失額」に、「組合事業による」を「組合事業又は当該信託による」に改め、「出資の価額」の下に「又は当該信託の信託財産の帳簿価額」を、「（当該組合事業」の下に「又は当該信託財産に帰せられる損益」を加え、「組合損失超過額」を「組合等損失超過額」に改め、同条第二項中「組合損失超過合計額」を「組合等損失超過合計額」に改め、「組合事業」の下に「又は信託」を加え、同条第三項第四号中「組合損失超過合計額」を「組合等損失超過合計額」に、「おける組合損失超過額」を「おける組合等損失超過額」に、「連結組合損失超過額」を「連結組合等損失超過額」に、「当該組合損失超過額」を「当該組合等損失超過額」に、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改め、「組合事業」の下に「又は各信託」を加え、同条第四項中「特定組合員」の下に「又は特定受益者」を、「係る組合員」の下に「又は信託の受益者」を加える。
第六十七条の十三第三項中「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改める。
第六十七条の十四第一項第一号ロ（1）中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に、「特定社債券」を「特定社債」に、「第二条第九項」を「第二条第七項」に改め、「につき発行をした債券」を削り、同号ロ（2）中「特定社債券が証券取引法」を「特定社債が金融商品取引法」に改め、同号ロ（3）中「優先出資証券」を「優先出資」に、「第二条第九項」を「第二条第五項」に改め、同号ロ（4）中「優先出資証券」を「優先出資」に改め、同号ハ中「特定社債券及び優先出資証券」を「特定社債及び優先出資」に改め、同項第二号ニ中「同族会社」の下に「のうち政令で定めるもの」を加え、同号ホ中「特定社債券」を「特定社債」に改め、同条第二項の表第六十七条第五項の項を次のように改める。
第六十七条第一項 |
となるもの（資本金の額又は出資金の額が一億円以下であるものを除く。） |
となるもの |
第六十七条の十五第一項中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同項第一号ロ（1）中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「勧誘」を「取得勧誘」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同号ロ（2）中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同項第二号ロ中「投資信託委託業者（投資法人法第二百二十三条の三第二項の規定により投資信託委託業者とみなされる同条第一項に規定する認可投資顧問業者を含む。）」を「資産運用会社」に改め、同号ハ中「第二百八条第二項各号のいずれかに該当する法人」を「第二百八条第一項に規定する資産保管会社」に改め、同条第二項中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に、「第二条第二十一項」を「第二条第十四項」に改め、同条第三項の表第二条第十号の項中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同表第六十六条第二項の項の次に次のように加える。
第六十七条第一項 |
となるもの（資本金の額又は出資金の額が一億円以下であるものを除く。） |
となるもの |
第六十七条の十五第三項の表第六十七条第五項の項を削り、同条第四項の表第五十七条の十第一項の項中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同条第九項から第十一項までを削る。
第六十七条の十六第一項中「振替国債」の下に「又は同項に規定する振替地方債」を加える。
第六十八条の三中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に、「第六十八条の三」を「第六十八条の二の二」に改め、同条第四号中「森林組合合併助成法（昭和三十八年法律第五十六号）第二条の規定により同法第四条第二項の認定を受けて行われる」を削り、同条を第六十八条の二の二とし、同条の次に次の二条を加える。
（適格合併等の範囲に関する特例）
第六十八条の二の三 内国法人の行う合併が特定グループ内合併（次の各号のいずれにも該当する合併をいい、被合併法人の合併前に営む主要な事業のうちのいずれかの事業と合併法人の当該合併前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連することその他の政令で定める要件に該当するものを除く。）に該当する場合における法人税法その他の法令の規定の適用については、法人税法第二条第十二号の八イからハまでの規定中「その合併」とあるのは、「その合併（租税特別措置法第六十八条の二の三第一項（適格合併等の範囲に関する特例）に規定する特定グループ内合併に該当するものを除く。）」とする。
一 被合併法人と合併法人との間に特定支配関係があること。
二 被合併法人の株主等（法人税法第二条第十四号に規定する株主等をいう。次項及び次条第二項において同じ。）に同法第二条第十二号の八に規定する合併親法人株式（特定軽課税外国法人に該当する外国法人の株式（出資を含む。以下この条において同じ。）に限る。）が交付されること。
２ 内国法人の行う分割が特定グループ内分割（次の各号のいずれにも該当する分割をいい、分割法人の分割前に営む事業のうち当該分割により分割承継法人において営まれることとなるものと分割承継法人の当該分割前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連することその他の政令で定める要件に該当するものを除く。）に該当する場合における法人税法その他の法令の規定の適用については、法人税法第二条第十二号の十一イからハまでの規定中「その分割」とあるのは、「その分割（租税特別措置法第六十八条の二の三第二項（適格合併等の範囲に関する特例）に規定する特定グループ内分割に該当するものを除く。）」とする。
一 分割法人の資産及び負債の大部分が分割承継法人に移転するものとして政令で定める分割であること。
二 分割法人と分割承継法人との間に特定支配関係があること。
三 分割法人の株主等又は分割法人に法人税法第二条第十二号の十一に規定する分割承継親法人株式（特定軽課税外国法人に該当する外国法人の株式に限る。）が交付されること。
３ 内国法人の行う株式交換が特定グループ内株式交換（次の各号のいずれにも該当する株式交換をいい、株式交換完全子法人の株式交換前に営む主要な事業のうちのいずれかの事業と株式交換完全親法人の当該株式交換前に営む事業のうちのいずれかの事業とが相互に関連することその他の政令で定める要件に該当するものを除く。）に該当する場合における法人税法その他の法令の規定の適用については、法人税法第二条第十二号の十六イからハまでの規定中「その株式交換」とあるのは、「その株式交換（租税特別措置法第六十八条の二の三第三項（適格合併等の範囲に関する特例）に規定する特定グループ内株式交換に該当するものを除く。）」とする。
一 株式交換完全子法人と株式交換完全親法人との間に特定支配関係があること。
二 株式交換完全子法人の株主に法人税法第二条第十二号の十六に規定する株式交換完全支配親法人株式（特定軽課税外国法人に該当する外国法人の株式に限る。）が交付されること。
４ 内国法人の有する資産又は負債を外国法人に対して移転する現物出資が特定現物出資（内国法人の有する特定外国子法人の株式を当該内国法人に係る特定外国親法人等に対して移転する現物出資をいう。）に該当する場合における法人税法その他の法令の規定の適用については、法人税法第二条第十二号の十四中「次のいずれかに該当する現物出資（」とあるのは、「次のいずれかに該当する現物出資（租税特別措置法第六十八条の二の三第四項（適格合併等の範囲に関する特例）に規定する特定現物出資、」とする。
５ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定軽課税外国法人 その本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める外国法人をいう。
二 特定支配関係 一方の内国法人と他方の内国法人との間にいずれか一方の内国法人が他方の内国法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式を除く。以下この項において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の五十を超える数又は金額の株式を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める関係をいう。
三 特定外国子法人 外国法人で、その現物出資の日を含む当該外国法人の事業年度開始の日前二年以内に開始した各事業年度のうち最も古い事業年度開始の日からその現物出資の日までの期間内のいずれかの時において、居住者（第二条第一項第一号の二に規定する居住者をいう。以下この号において同じ。）、内国法人及び特殊関係非居住者（居住者又は内国法人と政令で定める特殊の関係のある同項第一号の二に規定する非居住者をいう。）が、その発行済株式等の総数又は総額の百分の五十を超える数又は金額の株式を有するもののうち、特定軽課税外国法人に該当するものをいう。
四 特定外国親法人等 外国法人で、内国法人との間に、当該外国法人が当該内国法人の発行済株式等の総数又は総額の百分の八十以上の数又は金額の株式を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める関係のあるもののうち、特定軽課税外国法人に該当するものをいう。
６ 前各項に定めるもののほか、第一項に規定する特定グループ内合併、第二項に規定する特定グループ内分割、第三項に規定する特定グループ内株式交換又は第四項に規定する特定現物出資が行われた場合における法人税法その他の法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例）
第六十八条の三 法人が旧株（当該法人が有していた株式（出資を含む。以下この条において同じ。）をいう。）を発行した内国法人の合併（適格合併に該当しないものに限る。）により合併法人との間に当該合併法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式を除く。第三項において「発行済株式等」という。）の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人（前条第五項第一号に規定する特定軽課税外国法人をいう。以下この条において同じ。）の株式に該当するときは、法人税法第六十一条の二第二項（同法第百四十二条の規定により準じて計算する場合を含む。）の規定は、適用しない。
２ 法人が旧株（当該法人が有していた株式をいう。）を発行した内国法人の行つた特定分割型分割（分割法人の株主等に分割承継法人に係る特定外国親法人（法人税法第六十一条の二第四項に規定する親法人で特定軽課税外国法人に該当するものをいう。以下この項において同じ。）の株式以外の資産（当該株主等に対する同条第四項に規定する剰余金の配当等として交付された同項に規定する分割対価資産以外の金銭その他の資産を除く。）が交付されなかつた分割型分割（前条第二項第一号に規定する分割で、適格分割型分割に該当しないものに限る。）をいう。）により分割承継法人に係る特定外国親法人の株式の交付を受けた場合における同法第六十一条の二第四項（同法第百四十二条の規定により準じて計算する場合を含む。）の規定の適用については、同項中「交付されなかつたもの（」とあるのは、「交付されなかつたもの（租税特別措置法第六十八条の三第二項（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例）に規定する特定分割型分割に該当するものを除く。」とする。
３ 法人が旧株（当該法人が有していた株式をいう。）を発行した内国法人の行つた株式交換（適格株式交換に該当しないものに限る。）により株式交換完全親法人との間に当該株式交換完全親法人の発行済株式等の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、法人税法第六十一条の二第九項（同法第百四十二条の規定により準じて計算する場合を含む。）の規定は、適用しない。
４ 前三項の規定の適用がある場合の株式の取得価額その他法人税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の三の三の見出しを「（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）」に改め、同条第一項中「第二条第二十九号の二に規定する」を「第二条第二十九号の二ホに掲げる」に、「この項及び第十項」を「この条」に、「で第二号」を「で当該特定目的信託に係る受託法人（同法第四条の七に規定する受託法人（第二条の二第三項において準用する同法第四条の七第一号の規定により内国法人としてこの法律の規定を適用するものに限る。）をいう。次項から第四項までにおいて同じ。）の第二号」に、「計算期間（同法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条において同じ。）」を「事業年度」に、「計算期間の所得」を「事業年度の所得」に改め、同項第一号ロ（1）中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「の発行に係る受益証券」を「による受益権」に、「勧誘」を「取得勧誘」に、「その受益証券」を「その受益権」に改め、同号ロ（2）中「の発行に係る受益証券」を「が行つた受益権の募集により受益権」に改め、同号ロ（3）中「の発行に係る受益証券が証券取引法」を「が行つた受益権の募集により受益権が金融商品取引法」に改め、同号ハ中「の発行に係る受益証券」を「による受益権」に改め、同項第二号イを次のように改める。
イ 当該事業年度終了の時において法人税法第二条第十号に規定する同族会社に該当していないこと。
第六十八条の三の三第一項第二号ロ中「計算期間」を「事業年度」に改め、同条第二項から第五項までを次のように改める。
２ 特定目的信託に係る受託法人に対する法人税法第二十三条第一項の規定の適用については、同項中「内国法人が受ける」とあるのは、「内国法人（第二条第二十九号の二ホ（定義）に掲げる特定目的信託に係る第四条の七（受託法人等に関するこの法律の適用）に規定する受託法人を除く。）が受ける」とする。
３ 特定目的信託に係る受託法人に対する法人税法第六十九条の規定の適用については、同条第一項中「所得の金額」とあるのは「所得の金額（租税特別措置法第六十八条の三の二第一項（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）の規定の適用を受ける第二条第二十九号の二ホ（定義）に掲げる特定目的信託に係る第四条の七（受託法人等に関するこの法律の適用）に規定する受託法人（第八項において「特定目的信託に係る受託法人」という。）にあつては、同法第六十八条の三の二第一項の規定を適用しないで計算した所得の金額）」と、同条第八項中「内国法人が外国子会社」とあるのは「内国法人（特定目的信託に係る受託法人を除く。以下この項及び第十一項において同じ。）が外国子会社」とする。
４ 特定目的信託に係る受託法人に対する第六十二条の三第三項の規定の適用については、同項中「該当するもの」とあるのは、「該当するもの及び第六十八条の三の二第一項に規定する特定目的信託に係る同項に規定する受託法人が行う譲渡で同項第二号（ロを除く。）に掲げる要件を満たす事業年度において行うもの」とする。
５ 法人が受ける特定目的信託の利益の分配の額に係る法人税法第二十三条及び第九十三条の規定の適用については、同法第二十三条第一項中「掲げるもの」とあるのは「掲げるもの及び第二条第二十九号の二ホ（定義）に掲げる特定目的信託の租税特別措置法第六十八条の三の二第一項（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する利益の分配の額」と、同法第九十三条第二項第二号中「該当するもの」とあるのは「該当するもの及び第二条第二十九号の二ホ（定義）に掲げる特定目的信託の租税特別措置法第六十八条の三の二第一項（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する利益の分配の額」とする。
第六十八条の三の三第六項から第十項までを削り、同条第十一項中「計算期間の法人税法第二条第三十二号に規定する特定信託確定申告書」を「事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書」に改め、同項を同条第六項とし、同条第十二項を同条第七項とし、同項の次に次の三項を加える。
８ 第一項、第二項、第四項及び前二項の規定は、特定目的信託に係る法人税法第四条の七に規定する受託法人（第二条の二第三項において準用する同法第四条の七第二号の規定により外国法人としてこの法律の規定を適用するもので、法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人に該当するものに限る。）が、同法第百四十二条の規定により同法第百四十一条に規定する国内源泉所得に係る所得につき同法の規定に準じて計算する場合について準用する。この場合において、第一項中「で当該特定目的信託」とあるのは「のうち国内において行う事業に係るもので当該特定目的信託」と、第二項中「法人税法第二十三条第一項」とあるのは「法人税法第百四十二条の規定により同法第二十三条第一項の規定に準じて計算する場合における同項」と読み替えるものとする。
９ 内国法人が受ける前項において準用する第一項の特定目的信託の利益の分配の額（以下この項及び次項において「外国特定目的信託の利益分配の額」という。）は法人税法第六十九条第八項に規定する配当等の額に該当しないものとみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定目的信託の利益分配の額は同条第十一項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないものとみなす。
10 外国法人が受ける外国特定目的信託の利益分配の額（法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人が受けるもの（同条第二号又は第三号に掲げる外国法人が受けるものにあつては、その者のこれらの規定に規定する事業に帰せられるものに限る。）に限る。）については、同法第百三十八条第五号イに規定する内国法人から受ける剰余金の配当の額とみなして、同法その他法人税に関する法令の規定（法人税法第百四十二条の規定により同法第二十三条第一項の規定に準じて計算する場合における同項の規定を除く。）を適用する。
第六十八条の三の三第十三項中「前二項」を「第六項及び第七項」に、「第十項まで」を「第五項まで及び前三項」に改め、「に係る」の下に「法人税法第四条の七に規定する受託法人の事業年度の所得に対する」を加え、同項を同条第十一項とし、同条を第六十八条の三の二とする。
第六十八条の三の四の見出しを「（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）」に改め、同条第一項中「法人税法第二条第二十九号の三イに掲げる信託」を「投資信託及び投資法人に関する法律（第一号において「投資信託法」という。）第二条第三項に規定する投資信託のうち、法人課税信託に該当するもの」に、「この項及び第十項」を「この条」に、「で第二号」を「で当該特定投資信託に係る受託法人（法人税法第四条の七に規定する受託法人（第二条の二第三項において準用する同法第四条の七第一号の規定により内国法人としてこの法律の規定を適用するものに限る。）をいう。次項から第四項までにおいて同じ。）の第二号」に、「計算期間（同法第十五条の三第一項から第三項までに規定する計算期間をいう。以下この条において同じ。）」を「事業年度」に、「計算期間の所得」を「事業年度の所得」に改め、同項第一号イを次のように改める。
イ 投資信託法第四条第一項又は第四十九条第一項の規定による届出が行われていること。
第六十八条の三の四第一項第一号ロ中「受益証券の発行に係る募集が投資信託法第二条第十四項」を「受託者（投資信託法第二条第一項に規定する委託者指図型投資信託にあつては、委託者。ハにおいて同じ。）による受益権の募集が同条第九項」に改め、同号ハ中「受益証券の発行に係る」を「受託者による受益権の」に改め、同項第二号イを次のように改める。
イ 当該事業年度終了の時において法人税法第二条第十号に規定する同族会社に該当していないこと。
第六十八条の三の四第一項第二号ロ中「計算期間」を「事業年度」に改め、同条第二項から第五項までを次のように改める。
２ 特定投資信託に係る受託法人に対する法人税法第二十三条第一項の規定の適用については、同項中「内国法人が受ける」とあるのは、「内国法人（租税特別措置法第六十八条の三の三第一項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する特定投資信託（同項第一号ロ又はハに掲げる要件を満たすものに限る。）に係る第四条の七（受託法人等に関するこの法律の適用）に規定する受託法人を除く。）が受ける」とする。
３ 特定投資信託に係る受託法人に対する法人税法第六十九条の規定の適用については、同条第一項中「所得の金額」とあるのは「所得の金額（租税特別措置法第六十八条の三の三第一項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）の規定の適用を受ける同項に規定する特定投資信託に係る第四条の七（受託法人等に関するこの法律の適用）に規定する受託法人（第八項において「特定投資信託に係る受託法人」という。）にあつては、同法第六十八条の三の三第一項の規定を適用しないで計算した所得の金額）」と、同条第八項中「内国法人が外国子会社」とあるのは「内国法人（特定投資信託に係る受託法人を除く。以下この項及び第十一項において同じ。）が外国子会社」とする。
４ 特定投資信託に係る受託法人に対する第六十二条の三第三項の規定の適用については、同項中「該当するもの」とあるのは、「該当するもの及び第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に係る同項に規定する受託法人が行う譲渡で同項第二号（ロを除く。）に掲げる要件を満たす事業年度において行うもの」とする。
５ 法人が受ける特定投資信託（第一項第一号ロ及びハに掲げる要件を満たすものに限る。）の収益の分配の額に係る法人税法第二十三条及び第九十三条の規定の適用については、同法第二十三条第一項中「掲げるもの」とあるのは「掲げるもの及び租税特別措置法第六十八条の三の三第五項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する特定投資信託の同条第一項に規定する収益の分配の額」と、同法第九十三条第二項第二号中「該当するもの」とあるのは「該当するもの及び租税特別措置法第六十八条の三の三第五項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する特定投資信託の同条第一項に規定する収益の分配の額」とする。
第六十八条の三の四第六項から第十項までを削り、同条第十一項中「計算期間の法人税法第二条第三十二号に規定する特定信託確定申告書」を「事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書」に改め、同項を同条第六項とし、同条第十二項を同条第七項とし、同項の次に次の三項を加える。
８ 第一項、第二項、第四項及び前二項の規定は、特定投資信託に係る法人税法第四条の七に規定する受託法人（第二条の二第三項において準用する同法第四条の七第二号の規定により外国法人としてこの法律の規定を適用するもので、法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人に該当するものに限る。）が、同法第百四十二条の規定により同法第百四十一条に規定する国内源泉所得に係る所得につき同法の規定に準じて計算する場合について準用する。この場合において、第一項中「で当該特定投資信託」とあるのは「のうち国内において行う事業に係るもので当該特定投資信託」と、第二項中「法人税法第二十三条第一項」とあるのは「法人税法第百四十二条の規定により同法第二十三条第一項の規定に準じて計算する場合における同項」と読み替えるものとする。
９ 内国法人が受ける前項において準用する第一項の特定投資信託（同項第一号ロ及びハに掲げる要件を満たすものに限る。）の収益の分配の額（以下この項及び次項において「外国特定投資信託の収益分配の額」という。）は法人税法第六十九条第八項に規定する配当等の額に該当しないものとみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定投資信託の収益分配の額は同条第十一項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないものとみなす。
10 外国法人が受ける外国特定投資信託の収益分配の額（法人税法第百四十一条第一号から第三号までに掲げる外国法人が受けるもの（同条第二号又は第三号に掲げる外国法人が受けるものにあつては、その者のこれらの規定に規定する事業に帰せられるものに限る。）に限る。）については、同法第百三十八条第五号イに規定する内国法人から受ける剰余金の配当の額とみなして、同法その他法人税に関する法令の規定（法人税法第百四十二条の規定により同法第二十三条第一項の規定に準じて計算する場合における同項の規定を除く。）を適用する。
第六十八条の三の四第十三項中「前二項」を「第六項及び第七項」に、「第十項まで」を「第五項まで及び前三項」に改め、「に係る」の下に「法人税法第四条の七に規定する受託法人の事業年度の所得に対する」を加え、同項を同条第十一項とし、同条を第六十八条の三の三とし、同条の次に次の一条を加える。
（株式等を分割法人と分割法人の株主等とに交付する分割の特例）
第六十八条の三の四 分割法人が分割により交付を受ける分割承継法人の株式その他の資産の一部のみを当該分割法人の株主等（法人税法第二条第十四号に規定する株主等をいう。）に交付をする分割が行われたときは、分割型分割と分社型分割の双方が行われたものとみなして、この章の規定（政令で定める規定を除く。）を適用する。
２ 前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の三の五から第六十八条の三の十四までを削る。
第六十八条の四中「第十条の三」を「第十条の二」に改める。
第六十八条の九第一項中「第六十八条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十二第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十二第二項、第三項及び第五項」に、「第六十八条の十四第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十五第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十五第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第十項中「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、同条第十一項第四号及び第八号中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第十四項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改める。
第六十八条の十第一項中「第九項」を「第十項」に改め、同条第二項中「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十二第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十二第二項、第三項及び第五項」に、「第六十八条の十四第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十五第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十五第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第四項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第五項中「次条第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「次条第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、同条第十二項中「第九項」を「第十項」に、「第十項」を「第十一項」に改め、同項を同条第十三項とし、同条第十一項を同条第十二項とし、同条第十項を同条第十一項とし、同条第九項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改め、同項を同条第十項とし、同条第六項から第八項までを一項ずつ繰り下げ、同条第五項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が所有権移転外リース取引により取得したエネルギー需給構造改革推進設備等については、適用しない。
第六十八条の十一の見出しを「（中小連結法人が機械等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「及び第三項」を削り、「以下第三項まで」を「以下この条」に改め、同条第二項中「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項」に、「第六十八条の十四第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十五第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十五第二項、第三項及び第五項」に、「第五項まで」を「第四項まで」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「減価償却資産」を「特定機械装置等」に改め、「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「単体税額控除限度額等」を「単体税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第二項から第四項まで」を「第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「次条第六項及び第七項」を「次条第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、「（前項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結親法人又は当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、中小連結親法人又はその中小連結子法人が所有権移転外リース取引により取得した特定機械装置等については、適用しない。
第六十八条の十一第八項中「第四項まで及び第六項」を「第三項まで」に改め、同項を同条第七項とし、同条第九項を同条第八項とし、同条第十項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第四項の」を「第三項の」に、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第五項に規定する単体税額控除限度額等」を「第四項に規定する単体税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に、「第四十二条の六第四項」を「第四十二条の六第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第六十八条の十一第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第六十八条の十一第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第六十八条の十一第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第六十八条の十一第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第十三項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第六十八条の十一第六項又は第七項（機械等を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第六十八条の十一第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第六十八条の十一第六項又は第七項」」を「第六十八条の十一第五項」」に、「並びに租税特別措置法第六十八条の十一第六項及び第七項（機械等を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「及び租税特別措置法第六十八条の十一第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に改め、同項を同条第十二項とし、同項の次に次の一項を加える。
13 第六項から第十項までに定めるもののほか、第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の十二の見出しを「（事業基盤強化設備を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「及び第三項」及び「（以下この条において「事業基盤強化設備」という。）」を削り、「以下第三項までにおいて「特定事業基盤強化設備」」を「以下この条において「事業基盤強化設備」」に、「又は特定事業基盤強化設備」を「又は事業基盤強化設備」に、「当該特定事業基盤強化設備」を「当該事業基盤強化設備」に改め、「。次項において「基準取得価額」という。」を削り、同項第一号中「第五号において同じ。」を削り、同項第三号中「該当する連結法人」の下に「で生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第五十六条の三第一項に規定する振興計画について同項に規定する認定を受けた生活衛生同業組合又は生活衛生同業小組合の組合員であるもの」を加え、「器具及び備品（当該事業」を「当該振興計画に定める同項に規定する振興事業の実施に係る器具及び備品（当該飲食店業」に改め、同項第五号を削り、同項第六号中「及び第八号」を「及び第七号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第七号を同項第六号とし、同号の次に次の一号を加える。
七 中小企業による地域産業資源を活用した事業活動の促進に関する法律第七条第二項に規定する認定計画に従つて同法第二条第三項に規定する地域産業資源活用事業を行う同条第一項に規定する中小企業者（同項第八号に掲げる者を除く。）に該当する連結法人（大規模法人子会社を除く。）で同法第十一条に規定する確認を受けたもの（前各号に掲げる連結法人に該当するものを除く。） 当該認定計画に定める機械及び装置
第六十八条の十二第一項第八号を削り、同条第二項中「又は第五号」を削り、「、政令で定める連結法人を」を「政令で定める連結法人を、同項第四号に掲げる連結法人にあつては同号に規定する大規模連結法人をそれぞれ」に、「特定事業基盤強化設備」を「事業基盤強化設備」に、「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に、「第六十八条の十四第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十五第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十五第二項、第三項及び第五項」に、「第五項まで」を「第四項まで」に、「基準取得価額」を「取得価額」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「単体税額控除限度額等」を「単体税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第二項から第四項まで」を「第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「前条第六項及び第七項」を「前条第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、「（前項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結親法人又は当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、特定中小連結親法人等又はその特定中小連結子法人等が所有権移転外リース取引により取得した事業基盤強化設備については、適用しない。
第六十八条の十二第八項中「第四項まで及び第六項」を「第三項まで」に改め、同項を同条第七項とし、同条第九項を同条第八項とし、同条第十項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第四項の」を「第三項の」に、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第五項に規定する単体税額控除限度額等」を「第四項に規定する単体税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に、「第四十二条の七第四項」を「第四十二条の七第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第六十八条の十二第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第六十八条の十二第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第六十八条の十二第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第六十八条の十二第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第十三項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第六十八条の十二第六項又は第七項（事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第六十八条の十二第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第六十八条の十二第六項又は第七項」」を「第六十八条の十二第五項」」に、「並びに租税特別措置法第六十八条の十二第六項及び第七項（事業基盤強化設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「及び租税特別措置法第六十八条の十二第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に改め、同項を同条第十二項とし、同項の次に次の一項を加える。
13 第六項から第十項までに定めるもののほか、第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の十三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に、「第六十八条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項、前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項、次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十五第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第二項、第三項及び第五項、前条第二項、第三項及び第五項、次条第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十五第二項、第三項及び第五項」に改め、同条第三項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第四項中「第六十八条の十一第六項及び第七項、前条第六項及び第七項、次条第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、前条第五項、次条第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、同条第七項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に改める。
第六十八条の十四の見出しを「（沖縄の特定中小連結法人が経営革新設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「及び第三項」及び「（以下この条において「経営革新設備等」という。）」を削り、「第三項までにおいて「特定経営革新設備等」」を「以下この条において「経営革新設備等」」に、「又は特定経営革新設備等」を「又は経営革新設備等」に、「当該特定経営革新設備等」を「当該経営革新設備等」に改め、同条第二項中「特定経営革新設備等」を「経営革新設備等」に、「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「第六十八条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十二第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十二第二項、第三項及び第五項」に、「次条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「次条第二項、第三項及び第五項」に、「第五項まで」を「第四項まで」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「単体税額控除限度額等」を「単体税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第二項から第四項まで」を「第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「次条第六項及び第七項」を「次条第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、「（前項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結親法人又は当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、特定中小連結親法人又はその特定中小連結子法人が所有権移転外リース取引により取得した経営革新設備等については、適用しない。
第六十八条の十四第八項中「第四項まで及び第六項」を「第三項まで」に改め、同項を同条第七項とし、同条第九項を同条第八項とし、同条第十項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第四項の」を「第三項の」に、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第五項に規定する単体税額控除限度額等」を「第四項に規定する単体税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に、「第四十二条の十第四項」を「第四十二条の十第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第六十八条の十四第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第六十八条の十四第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第六十八条の十四第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第六十八条の十四第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第十三項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第六十八条の十四第六項又は第七項（経営革新設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「第六十八条の十四第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第六十八条の十四第六項又は第七項」」を「第六十八条の十四第五項」」に、「並びに租税特別措置法第六十八条の十四第六項及び第七項（経営革新設備を事業の用に供しなくなつた場合等の法人税額）」を「及び租税特別措置法第六十八条の十四第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に改め、同項を同条第十二項とし、同項の次に次の一項を加える。
13 第六項から第十項までに定めるもののほか、第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の十五の見出しを「（情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）」に改め、同条第一項中「以下第三項まで」を「以下この項及び次項」に改め、「及び第三項」を削り、同条第二項中「この項から第四項まで、第六項及び第七項」を「この項、次項及び第五項」に、「第六十八条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十二第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十二第二項、第三項及び第五項」に、「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に、「第五項まで」を「第四項まで」に、「第五項において」を「第四項において」に改め、同条第三項を削り、同条第四項中「第二項又は」を削り、同項を同条第三項とし、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「又はリース税額控除限度額」及び「又は第三項」を削り、「単体税額控除限度額等」を「単体税額控除限度額」に、「同条第四項」を「同条第三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項を削り、同条第七項中「第二項から第四項まで」を「第二項又は第三項」に改め、「前項、」を削り、「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「前条第六項及び第七項」を「前条第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、「（前項の規定により各連結事業年度の法人税の額に加算された金額のうち当該連結親法人又は当該連結子法人に係るものを除く。）」を削り、同項を同条第五項とし、同項の次に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が所有権移転外リース取引により取得した情報基盤強化設備等については、適用しない。この場合において、他の情報基盤強化設備等につき同項の規定の適用を受けようとするときは、当該所有権移転外リース取引により取得した情報基盤強化設備等の取得価額は、同項に規定する情報基盤強化設備等の取得価額の合計額に含まれないものとする。
第六十八条の十五第八項中「第四項まで及び第六項」を「第三項まで」に改め、同項を同条第七項とし、同条第九項を同条第八項とし、同条第十項中「及び第三項」を削り、「これらの」を「同項の」に改め、同項を同条第九項とし、同条第十一項中「第四項の」を「第三項の」に、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第五項に規定する単体税額控除限度額等」を「第四項に規定する単体税額控除限度額」に改め、「又は第三項」を削り、「同条第三十一号の三」を「同条第三十二号」に、「第四十二条の十一第四項」を「第四十二条の十一第三項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第十二項中「第二項から第四項までの規定の」を「第二項又は第三項の規定の」に、「又は租税特別措置法第六十八条の十五第二項から第四項まで」を「又は租税特別措置法第六十八条の十五第二項若しくは第三項」に、「場合等」を「場合」に、「及び租税特別措置法第六十八条の十五第二項から第四項まで」を「並びに租税特別措置法第六十八条の十五第二項及び第三項」に、「同条第二項から第四項まで」を「同条第二項及び第三項」に改め、同項を同条第十一項とし、同条第十三項中「第六項又は第七項の」を「第五項の」に、「第六十八条の十五第六項又は第七項（情報基盤強化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）」を「第六十八条の十五第五項（連結納税の承認を取り消された場合の法人税額）」に、「第六十八条の十五第六項又は第七項」」を「第六十八条の十五第五項」」に改め、同項を同条第十二項とし、同項の次に次の一項を加える。
13 第六項から第十項までに定めるもののほか、第一項から第五項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の十五の二第一項中「第六十八条の十一第二項から第四項まで、第六項及び第七項、第六十八条の十二第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第二項、第三項及び第五項、第六十八条の十二第二項、第三項及び第五項」に、「第六十八条の十四第二項から第四項まで、第六項及び第七項並びに前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第二項、第三項及び第五項並びに前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第六十八条の十六第一項中「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該特定設備等をその用に供した場合又は」を加える。
第六十八条の十七第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該研究施設をその用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の二十四」を「百分の二十」に、「百分の十二」を「百分の十」に改める。
第六十八条の十八第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該保全事業等資産をその用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の十三」を「百分の十一」に改める。
第六十八条の十九第一項中「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該地震防災対策用資産をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第一号中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第六十八条の二十を次のように改める。
（集積区域における集積産業用資産の特別償却）
第六十八条の二十 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が、企業立地の促進等による地域における産業集積の形成及び活性化に関する法律第七条第一項に規定する同意基本計画（以下この項において「同意基本計画」という。）に定められた同法第四条第二項第二号に規定する集積区域（以下この項において「集積区域」という。）内において、同法の施行の日から平成二十一年三月三十一日までの間に、同法第十四条第一項の承認（同法第十五条第一項の承認を含む。）を受けた同法第十四条第一項に規定する企業立地計画に定められた機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備（以下この項において「集積産業用資産」という。）で、その製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は集積産業用資産を製作し、若しくは建設して、これを当該集積区域内において当該連結親法人又はその連結子法人の営む指定集積事業（当該同意基本計画に定められた同法第十九条に規定する指定集積業種に属する事業をいう。）の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該集積産業用資産をその用に供した場合を除く。）において、その用に供した当該集積産業用資産が政令で定める要件を満たすものであるときは、その用に供した日を含む連結事業年度の当該集積産業用資産の償却限度額は、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該集積産業用資産の普通償却限度額と特別償却限度額（当該集積産業用資産の取得価額の百分の十五（建物及びその附属設備については、百分の八）に相当する金額をいう。）との合計額とする。
２ 第六十八条の十六第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十八条の二十一第一項中「産業活力再生特別措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第二十六号）の施行の日から平成十九年三月三十一日まで」を「産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十六号）の施行の日から平成二十一年三月三十一日まで」に、「第二条第五項」を「第二条第八項」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該事業革新設備をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の二十四（当該事業革新設備が、第四十四条の三第一項第一号又は第三号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の三十とし、同項第二号に掲げる計画に記載されたものである場合には百分の四十とする。）」を「百分の二十（当該事業革新設備が、産業活力再生特別措置法第二条第十項に規定する特定事業革新設備である場合又は第四十四条の三第一項第四号若しくは第五号に掲げる計画に記載されたものである場合には、百分の三十）」に改める。
第六十八条の二十三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に、「製作若しくは」を「製作又は」に、「を取得し、又は特定電気通信設備等を製作し、若しくは建設して」を「の取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項において同じ。）をして」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定電気通信設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加え、同項の表の第三号中「百分の十五」の下に「（平成二十年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十三とし、平成二十一年四月一日から平成二十二年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の十とする。）」を加える。
第六十八条の二十四及び第六十八条の二十五を次のように改める。
（共同利用施設の特別償却）
第六十八条の二十四 連結親法人で、生活衛生同業組合（出資組合であるものに限る。）又は生活衛生同業小組合であるものが、平成十四年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に、生活衛生関係営業の運営の適正化及び振興に関する法律第五十六条の三第一項の認定を受けた同項に規定する振興計画に係る共同利用施設（以下この項において「共同利用施設」という。）でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は共同利用施設を製作し、若しくは建設して、これを当該連結親法人の事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該共同利用施設をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む連結事業年度の当該共同利用施設の償却限度額は、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該共同利用施設の普通償却限度額と特別償却限度額（当該共同利用施設の取得価額の百分の八に相当する金額をいう。）との合計額とする。
２ 第六十八条の十六第二項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十八条の二十六第一項中「第四十四条の七第一項各号」を「第四十四条の六第一項各号」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該再商品化設備等をその用に供した場合を除く。）」を加える。
第六十八条の二十七第一項中「供したとき」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該工業用機械等をその用に供した場合を除く。）」を加える。
第六十八条の二十九第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該医療用機器等をその用に供した場合を除く。）」を加え、同項第一号中「又は第三号」を削り、同項第二号を削り、同項第三号を同項第二号とし、同条第二項を次のように改める。
２ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、医療保健業を営むものが、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に、その有する病院用又は診療所用の建物及びその附属設備のうち第四十五条の二第二項各号に掲げる施設の用に供されている部分を同項に規定する特定施設（以下この項において「特定施設」という。）とするための増築又は改築（以下この項において「増改築」という。）をし、これを事業の用に供した場合（所有権移転外リース取引により取得した当該特定施設をその用に供した場合を除く。）には、その用に供した日を含む連結事業年度の当該特定施設（当該増改築のための工事によつて取得し、又は建設した建物及びその附属設備の部分に限る。以下この項において「特定増改築施設」という。）の償却限度額は、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該特定増改築施設の普通償却限度額と特別償却限度額（当該特定増改築施設の基準取得価額（取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額をいう。）の百分の十五に相当する金額をいう。）との合計額とする。
第六十八条の二十九第三項を削り、同条第四項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「場合（」の下に「所有権移転外リース取引により取得した当該建替え病院用等建物をその用に供した場合を除き、」を加え、「（第二項の規定の適用を受けるものを除く。）」を削り、「第四十五条の二第四項」を「第四十五条の二第三項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第五項中「前項」を「前二項」に、「第四十五条の二第五項」を「第四十五条の二第四項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第六項中「第四項」を「第二項又は第三項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第七項中「第一項、第二項又は第四項」を「第一項から第三項まで」に改め、同項を同条第六項とし、同条第八項を削る。
第六十八条の三十第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改め、「附属設備」の下に「（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。）」を加える。
第六十八条の三十一第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「建設したもの」の下に「（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。）」を加え、同条第二項中「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該障害者対応設備等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第六十八条の三十二を次のように改める。
（事業所内託児施設等の割増償却）
第六十八条の三十二 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、次世代育成支援対策推進法第十二条第一項又は第三項の規定に基づき同条第一項に規定する一般事業主行動計画（同法第二条に規定する次世代育成支援対策として当該連結親法人又はその連結子法人の雇用する同法第五条の労働者が利用することができる児童福祉法第三十九条第一項に規定する業務を目的とする施設（以下この項において「託児施設」という。）の設置及び運営に関する事項が定められているものに限る。）を厚生労働大臣に届け出ているもの（次世代育成支援対策推進法第十二条第三項に規定する中小事業主（以下この項において「中小事業主」という。）以外の同条第一項に規定する一般事業主にあつては、政令で定める要件を満たすものに限る。）が、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に当該一般事業主行動計画に従つて当該託児施設を取得し、又は建設し、かつ、適用連結事業年度終了の日において当該託児施設が事業所内託児施設（その連結親法人又はその連結子法人の事業所の敷地内その他これに類する場所に設置されていることその他の財務省令で定める基準を満たしている託児施設をいう。）に該当するものとして財務省令で定めるところにより証明がされた場合には、当該適用連結事業年度終了の日において当該連結親法人又はその連結子法人が有する当該託児施設（当該託児施設の設置のための工事によつて取得し、又は建設した建物及びその附属設備の部分に限る。）並びにこれと同時に取得し、又は製作した遊戯具その他の器具及び備品で財務省令で定めるもの（所有権移転外リース取引により取得したものを除く。以下この項において「事業所内託児施設等」という。）に係る償却限度額は、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条第一項又は第二項の規定（第六十八条の四十の規定の適用を受ける場合には、同条の規定を含む。）にかかわらず、当該事業所内託児施設等の普通償却限度額（第六十八条の四十の規定の適用を受ける場合には、同条第一項又は第四項に規定する政令で定める金額）と特別償却限度額（当該普通償却限度額の百分の二十（当該連結親法人又はその連結子法人が中小事業主である場合には、百分の三十）に相当する金額をいう。）との合計額（第六十八条の四十の規定の適用を受ける場合には、同条第一項に規定する特別償却不足額又は同条第四項に規定する合併等特別償却不足額に相当する金額を加算した金額）とする。
２ 前項に規定する適用連結事業年度とは、同項に規定する事業所内託児施設等をその用に供した日から同日を含む連結事業年度開始の日（その用に供した日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度開始の日）以後五年を経過した日の前日までの期間内の日を含む各連結事業年度をいう。
３ 第六十八条の十六第二項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
４ 前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の三十四の見出しを「（優良賃貸住宅の割増償却）」に改め、同条第一項中「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該中心市街地優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、同条第三項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該高齢者向け優良賃貸住宅を賃貸の用に供した場合を除く。）」を加え、「百分の三十六」を「百分の二十八」に、「百分の五十」を「百分の四十」に改め、同条第五項を削り、同条第六項中「、第三項又は前項」を「又は第三項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第七項中「第五項」を「第四項」に改め、同項を同条第六項とする。
第六十八条の三十五第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該特定再開発建築物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第六十八条の三十六第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「供した場合」の下に「（所有権移転外リース取引により取得した当該倉庫用建物等をその事業の用に供した場合を除く。）」を加える。
第六十八条の三十八第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第六十八条の四十第一項中「第六十八条の二十三から第六十八条の二十七まで」を「第六十八条の二十三、第六十八条の二十四、第六十八条の二十六、第六十八条の二十七」に改め、同条第二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に、「第六十八条の二十九第二項」を「第六十八条の三十」に改め、同条第三項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第五項中「第六十八条の二十九第二項」を「第六十八条の三十」に改める。
第六十八条の四十一第二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第四項中「第六十八条の二十九第二項」を「第六十八条の三十」に改め、同条第九項及び第十二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第十三項中「第六十八条の二十九第二項」を「第六十八条の三十」に改める。
第六十八条の四十二第一項第二号中「第六十八条の二十三から第六十八条の二十七まで」を「第六十八条の二十三、第六十八条の二十四、第六十八条の二十六、第六十八条の二十七」に改める。
第六十八条の四十五第一項及び第八項、第六十八条の五十第一項並びに第六十八条の五十九第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第六十八条の六十一第一項及び第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十二年三月三十一日」に改める。
第六十八条の六十三第一項中「で各連結事業年度」を「で、各連結事業年度」に改め、同項の表中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改める。
第三章第十五節を次のように改める。
第十五節 連結法人である認定農業生産法人等の課税の特例
（農業経営基盤強化準備金）
第六十八条の六十四 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、認定農業生産法人等（農業経営基盤強化促進法第十二条第一項に規定する農業経営改善計画に係る同項の認定を受けた農地法第二条第七項に規定する農業生産法人（以下この項及び第三項において「認定農業生産法人」という。）又は農業経営基盤強化促進法第二十三条第一項の認定に係る同条第七項に規定する特定農用地利用規程（第三項において「特定農用地利用規程」という。）に定める同条第四項に規定する特定農業法人（認定農業生産法人を除く。）をいう。第三項において同じ。）に該当するものが、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内の日を含む各連結事業年度の指定期間内において、第六十一条の二第一項に規定する交付金等（以下この項において「交付金等」という。）の交付を受けた場合において、農業経営基盤強化促進法第十二条の二第二項に規定する認定計画その他これに類する計画として政令で定める計画（第三項において「認定計画等」という。）の定めるところに従つて行う第六十一条の二第一項に規定する農業経営基盤強化（以下この項において「農業経営基盤強化」という。）に要する費用の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額を損金経理の方法により農業経営基盤強化準備金として積み立てたとき（当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により農業経営基盤強化準備金として積み立てた場合を含む。）は、当該積み立てた金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 当該交付金等の額のうち農業経営基盤強化に要する費用の支出に備えるものとして政令で定める金額
二 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ 前項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人（第六十一条の二第一項の規定の適用を受けたものを含む。）の各連結事業年度終了の日において、前連結事業年度（当該連結親法人又はその連結子法人の当該各連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該連結親法人又はその連結子法人のその前日を含む事業年度。以下この項において「前連結事業年度等」という。）から繰り越された農業経営基盤強化準備金の金額（当該各連結事業年度終了の日において同条第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている当該連結親法人又はその連結子法人の前連結事業年度等から繰り越された同項の農業経営基盤強化準備金の金額（以下この項において「単体農業経営基盤強化準備金の金額」という。）がある場合には当該単体農業経営基盤強化準備金の金額を含むものとし、当該各連結事業年度終了の日までに次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額（同条第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）又は前連結事業年度等の終了の日までにこの項の規定により益金の額に算入された金額（同条第二項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合にはこれらの金額を控除した金額とする。以下この条において同じ。）のうちにその積み立てられた連結事業年度（単体農業経営基盤強化準備金の金額にあつては、その積み立てられた事業年度。次項において「積立事業年度」という。）終了の日の翌日から五年を経過したものがある場合には、その五年を経過した農業経営基盤強化準備金の金額は、その五年を経過した日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
３ 第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第六十一条の二第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が次の各号に掲げる場合（当該連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併が行われた場合を除く。）に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む連結事業年度（第四号に掲げる場合にあつては、同号に規定する合併の日の前日を含む連結事業年度）の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合において、第六号に掲げる場合に該当するときは、同号に規定する農業経営基盤強化準備金の金額をその積み立てられた積立事業年度別に区分した各金額のうち、その積み立てられた積立事業年度が最も古いものから順次益金の額に算入されるものとする。
一 認定農業生産法人等に該当しないこととなつた場合 その該当しないこととなつた日における農業経営基盤強化準備金の金額
二 認定計画等の認定が取り消された場合又は特定農用地利用規程の認定が取り消された場合（当該認定が取り消された特定農用地利用規程に定める連結親法人又はその連結子法人が認定農業生産法人である場合を除く。） その取消しの日における農業経営基盤強化準備金の金額
三 特定農用地利用規程の農業経営基盤強化促進法第二十三条第九項に規定する有効期間が経過した場合（当該有効期間が経過した特定農用地利用規程に定める連結親法人又はその連結子法人が認定農業生産法人である場合を除く。） その経過した日における農業経営基盤強化準備金の金額
四 当該連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる合併（連結子法人が被合併法人となる合併にあつては、その合併の日が法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日（第六項において「連結親法人事業年度開始の日」という。）である場合の当該合併に限る。）が行われた場合 その合併直前における農業経営基盤強化準備金の金額
五 解散した場合（合併により解散した場合を除き、連結子法人の解散にあつてはその解散の日が連結事業年度終了の日である場合に限る。） その解散の日におけるその解散した連結親法人又は当該連結子法人の有する農業経営基盤強化準備金の金額
六 前項及び前各号の場合以外の場合において農業経営基盤強化準備金の金額を取り崩した場合 その取り崩した日における農業経営基盤強化準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
４ 第一項の規定は、同項に規定する連結親法人の解散の日を含む連結事業年度における当該連結親法人又は同項に規定する連結子法人の解散の日を含む連結事業年度におけるその解散した連結子法人については、適用しない。
５ 第六十八条の四十四第五項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
６ 第六十八条の四十三第十項及び第十一項前段の規定は、第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第六十一条の二第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併（連結子法人が被合併法人となる適格合併にあつては、その適格合併の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格合併に限る。）が行われた場合について準用する。この場合において、第六十八条の四十三第十一項前段中「第五十五条第十一項」とあるのは「第六十一条の二第七項において準用する第五十五条第十一項」と、「第三項」とあるのは「第六十八条の六十四第二項」と、「同条第十一項」とあるのは「第六十一条の二第七項において準用する第五十五条第十一項」と読み替えるものとする。
７ 前項において準用する第六十八条の四十三第十項又は第六十一条の二第七項において準用する第五十五条第十一項の場合において、これらの規定に規定する適格合併に係る合併法人（当該適格合併後において連結法人に該当するものに限る。）が第一項に規定する認定農業生産法人等でないときは、当該適格合併の日を含む連結事業年度終了の日における農業経営基盤強化準備金の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
８ 第一項から第三項まで及び前項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額がある場合における法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（農用地等を取得した場合の課税の特例）
第六十八条の六十五 前条第一項の農業経営基盤強化準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第六十一条の二第一項の農業経営基盤強化準備金を含む。）の金額を有する連結親法人又はその連結子法人（連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、前条第一項の規定の適用を受けることができるものを含む。）が、各連結事業年度において、同項に規定する認定計画等の定めるところにより、農業経営基盤強化促進法第四条第一項第一号に規定する農用地（当該農用地に係る賃借権を含む。以下この項において同じ。）の取得（贈与、交換、出資又は適格事後設立によるもの、所有権移転外リース取引によるものその他政令で定めるものを除く。以下この項において同じ。）をし、又はその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのない農業用の機械その他の減価償却資産（以下この項及び第四項において「特定農業用機械等」という。）の取得をし、若しくは特定農業用機械等の製作若しくは建設をして、当該農用地又は特定農業用機械等（以下この項及び第五項において「農用地等」という。）を当該連結親法人又はその連結子法人の農業の用に供した場合には、当該農用地等につき、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額以下の金額（以下この項において「圧縮限度額」という。）の範囲内でその帳簿価額を損金経理により減額し、又はその帳簿価額を減額することに代えてその圧縮限度額以下の金額を当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る確定した決算（法人税法第八十一条の二十第一項第一号に掲げる金額を計算する場合にあつては、当該連結親法人又はその連結子法人の同項に規定する期間に係る決算。以下この章において同じ。）において積立金として積み立てる方法（当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その減額し、又は経理した金額に相当する金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 次に掲げる金額の合計額
イ 前連結事業年度等（前条第二項に規定する前連結事業年度等をいう。以下この号において同じ。）から繰り越された同条第一項の農業経営基盤強化準備金の金額（第六十一条の二第一項の農業経営基盤強化準備金を積み立てている当該連結親法人又はその連結子法人の前連結事業年度等から繰り越された同項の農業経営基盤強化準備金の金額を含むものとし、前連結事業年度等の終了の日までに前条第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された金額（第六十一条の二第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該連結事業年度において前条第二項又は第三項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
ロ 当該連結事業年度において交付を受けた前条第一項に規定する交付金等の額のうち同項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として政令で定める金額
二 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度の法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額として政令で定めるところにより計算した金額
２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度の連結確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書その他財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３ 税務署長は、前項の記載又は添付がない連結確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 第一項の規定の適用を受けた特定農業用機械等については、第六十八条の四十二第一項各号に掲げる規定（第六十八条の三十及び第六十八条の三十一第一項並びにこれらの規定に係る第六十八条の四十一の規定を除く。）は、適用しない。
５ 第一項の規定の適用を受けた農用地等について法人税に関する法令の規定を適用する場合における当該農用地等の取得価額の計算、同項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の六十七第一項中「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に改め、同条第五項第二号中「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第六十八条の六十八第一項中「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、同条第二項第一号ロ中「特定信託の受益権」を「出資」に改め、同条第七項中「同条第四項第十一号から第十四号までの造成又は同項第十五号若しくは第十六号」を「同条第四項第十二号から第十五号までの造成又は同項第十六号若しくは第十七号」に、「同条第四項第十一号から第十六号まで」を「同条第四項第十二号から第十七号まで」に改め、同条第八項中「同条第四項第十一号から第十六号まで」を「同条第四項第十二号から第十七号まで」に、「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に、「並びに第六十八条の百八第一項」を「及び第六十八条の百八第一項」に改め、同条第十一項第二号中「前条第二項から第四項まで、第六項及び第七項」を「前条第二項、第三項及び第五項」に改める。
第六十八条の六十九第一項中「第六十八条の十一第六項及び第七項、第六十八条の十二第六項及び第七項」を「第六十八条の十一第五項、第六十八条の十二第五項」に、「第六十八条の十四第六項及び第七項、第六十八条の十五第六項及び第七項」を「第六十八条の十四第五項、第六十八条の十五第五項」に改める。
第六十八条の七十第一項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加える。
第六十八条の七十四第二項及び第三項中「第六十五条の三第一項第一号から第二号の二まで」を「第六十五条の三第一項各号」に改める。
第六十八条の七十五第二項及び第三項中「第六号から第十五号まで、第十八号又は第二十一号」を「第六号から第十六号まで、第十九号又は第二十二号」に改める。
第六十八条の七十六第一項中「第二十四号」を「第二十五号」に改める。
第六十八条の七十八第一項中「第十六号の」を「第十七号の」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同項の表の第一号中「第十六号」を「第十七号」に改め、同表の第十八号を同表の第十九号とし、同表の第十七号を同表の第十八号とし、同表の第十六号を同表の第十七号とし、同表の第十五号の次に次の一号を加える。
十六 第六十五条の七第一項の表の第十六号の上欄に掲げる資産 |
同号の下欄に規定する地域内にある同欄に規定する資産 |
第六十八条の七十八第四項、第九項及び第十二項中「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第十五項第一号中「及び法人税法第二条第二十九号の二に規定する特定目的信託の信託契約に基づく資産の信託による当該資産の移転」を削り、同項第二号中「第十六号」を「第十七号」に改め、「よるもの」の下に「、所有権移転外リース取引によるもの」を加える。
第六十八条の七十九第一項中「第十六号」を「第十七号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に、「第十八号」を「第十九号」に改め、同条第三項第二号、第五項第二号及び第三号、第八項、第九項、第十五項並びに第十六項中「第十八号」を「第十九号」に改める。
第六十八条の八十中「第十六号」を「第十七号」に、「平成十八年十二月三十一日」を「平成二十年十二月三十一日」に改める。
第六十八条の八十四第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第三章第二十二節の節名中「課税の特例」を「課税の特例等」に改める。
第六十八条の八十八第五項中「、当該国外関連者と特殊の関係のある内国法人及び当該国外関連者と特定信託（法人税法第二条第二十九号の三に規定する特定信託をいう。以下この項において同じ。）の信託財産との間に第六十八条の三の五第一項に規定する特殊の関係がある場合における当該特定信託の受託者である法人（当該特定信託の信託財産に係る当該取引を行う場合に限る。）」を「及び当該国外関連者と特殊の関係のある内国法人」に改め、同条第十四項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第十九項中「この項」の下に「及び次条第一項」を加え、第三章第二十二節中同条の次に次の一条を加える。
（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）
第六十八条の八十八の二 連結親法人が租税条約の規定に基づき国税庁長官に対し当該租税条約に規定する申立てをした場合には、税務署長等（国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等をいう。以下この条において同じ。）は、当該申立てに係る前条第十六項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額（当該申立てに係る条約相手国との間の租税条約に規定する協議の対象となるものに限る。）及び当該法人税の額に係る同法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、当該申立てをした者の申請に基づき、その納期限（同法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から当該条約相手国の権限ある当局との間の合意に基づく同法第二十六条の規定による更正があつた日（当該合意がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間（第七項において「納税の猶予期間」という。）に限り、その納税を猶予することができる。ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。
２ 税務署長等は、前項の規定による納税の猶予（以下この条において「納税の猶予」という。）をする場合には、その猶予に係る金額に相当する担保を徴さなければならない。ただし、その猶予に係る税額が五十万円以下である場合又は担保を徴することができない特別の事情がある場合は、この限りでない。
３ 国税通則法第四十六条第六項の規定は、前項の規定により担保を徴する場合について準用する。
４ 国税通則法第四十七条及び第四十八条の規定は、納税の猶予をする場合又は納税の猶予を認めない場合について準用する。この場合において、同法第四十七条第二項中「前条第一項から第三項まで又は第七項」とあるのは、「租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」と読み替えるものとする。
５ 納税の猶予を受けた者が次の各号のいずれかに該当する場合には、税務署長等は、その猶予を取り消すことができる。この場合においては、国税通則法第四十九条第二項及び第三項の規定を準用する。
二 第一項の協議に必要な書類の提出につき協力しないとき。
三 国税通則法第三十八条第一項各号のいずれかに該当する事実がある場合において、その者がその猶予に係る法人税を猶予期間内に完納することができないと認められるとき。
四 その猶予に係る法人税につき提供された担保について税務署長等が国税通則法第五十一条第一項の規定によつてした命令に応じないとき。
五 前各号に掲げるもののほか、その者の財産の状況その他の事情の変化によりその猶予を継続することが適当でないと認められるとき。
６ 納税の猶予を受けた法人税についての国税通則法及び国税徴収法の規定の適用については、国税通則法第二条第八号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項中「及び納税の猶予」とあるのは「及び納税の猶予（租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。以下この項において同じ。）」と、同法第五十五条第一項第一号及び第七十三条第四項中「納税の猶予」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）」と、国税徴収法第二条第九号及び第十号中「納税の猶予又は」とあるのは「納税の猶予（租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第百五十一条第一項中「納税の猶予）」とあるのは「納税の猶予）及び租税特別措置法第六十八条の八十八の二第一項（連結法人の国外関連者との取引に係る課税の特例に係る納税の猶予）」とする。
７ 納税の猶予をした場合には、その猶予をした法人税に係る延滞税のうち納税の猶予期間（第一項の申請が同項の納期限以前である場合には、当該申請の日を起算日として当該納期限までの期間を含む。）に対応する部分の金額は、免除する。ただし、第五項の規定による取消しの基因となるべき事実が生じた場合には、その生じた日後の期間に対応する部分の金額については、税務署長等は、その免除をしないことができる。
８ 納税の猶予に関する申請の手続に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の八十九第四項第三号中「法人税の課税対象所得に含まれる」を「課税対象所得に含まれるものその他同項第三号に規定する政令で定める」に改め、同項第四号中「ものとし、当該国外支配株主等の法人税の課税対象所得に含まれる負債の利子等に係るものを除く」を削り、同項第九号中「法人税の」を削る。
第六十八条の九十第一項中「剰余金の分配」の下に「（以下この項において「剰余金の配当等」という。）」を加え、「直接及び間接保有の株式等に」を「直接及び間接保有の株式等の数に」に、「第六十六条の六第一項に規定する請求権」を「請求権（第六十六条の六第一項に規定する請求権をいう。第一号において同じ。）」に改め、同項各号を次のように改める。
一 その有する外国関係会社の直接及び間接保有の株式等の数の当該外国関係会社の発行済株式又は出資（当該外国関係会社が有する自己の株式等を除く。）の総数又は総額のうちに占める割合（当該外国関係会社が次のイからハまでに掲げる法人である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか高い割合。次号において「直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合」という。）が百分の五以上である連結法人
イ 議決権（剰余金の配当等に関する決議に係るものに限る。以下この号において同じ。）の数が一個でない株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の議決権の数の当該外国関係会社の議決権の総数のうちに占める割合
ロ 請求権の内容が異なる株式等を発行している法人（ハに掲げる法人を除く。） その有する当該外国関係会社の直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額の当該外国関係会社の株式等の請求権に基づき受けることができる剰余金の配当等の総額のうちに占める割合
ハ 議決権の数が一個でない株式等及び請求権の内容が異なる株式等を発行している法人 イ又はロに定める割合のいずれか高い割合
二 直接及び間接の外国関係会社株式等の保有割合が百分の五以上である一の同族株主グループに属する連結法人（前号に掲げる連結法人を除く。）
第六十八条の九十第二項第三号中「株式等」を「株式等の数」に改め、同項第四号中「第六十六条の六第二項第四号」を「第六十六条の六第二項第六号」に改め、同号を同項第六号とし、同項第三号の次に次の二号を加える。
四 直接及び間接保有の議決権の数 第六十六条の六第二項第四号に規定する直接及び間接保有の議決権の数をいう。
五 直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額 第六十六条の六第二項第五号に規定する直接及び間接保有の請求権に基づく剰余金の配当等の額をいう。
第六十八条の九十第四項第一号中「、当該特定外国子会社等に係る第六十八条の三の七第一項各号に掲げる特定信託の受託者である法人（当該特定信託の信託財産の運用に係る場合に限る。）」を削り、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条第六項を次のように改める。
６ 第三項又は第四項の規定は、連結確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を連結法人又は当該連結法人に係る連結親法人が保存している場合に限り、適用する。
第六十八条の九十に次の二項を加える。
７ 連結法人が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び前項を除く。）から第六十八条の九十三までの規定を適用する。
８ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十八条の九十二第一項中「、当該連結法人に」を「又は当該連結法人に」に改め、「又は当該連結法人に係る第六十八条の九十三の二第二項第一号に規定する外国関係信託（当該特定外国子会社等から剰余金の配当等の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係信託のうち政令で定めるものに限る。以下この項において同じ。）につき第四号に掲げる事実が生じた場合」を削り、「、当該外国関係会社又は当該外国関係信託」を「又は当該外国関係会社」に改め、同項第四号を削り、同条第三項中「（以下この項において「被合併法人等」という。）」を削り、「直接及び間接保有の株式等」を「直接及び間接保有の株式等の数」に改め、同条第五項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改める。
第三章第二十四節第二款を次のように改める。
第二款 削除
第六十八条の九十三の二から第六十八条の九十三の五まで 削除
第三章第二十四節に次の一款を加える。
第三款 特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人に係る所得の課税の特例
（特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人の留保金額の益金算入）
第六十八条の九十三の六 特殊関係株主等（特定株主等に該当する者並びにこれらの者と政令で定める特殊の関係のある個人及び法人をいう。以下この款において同じ。）と特殊関係内国法人との間に特定関係（当該特殊関係株主等が当該特殊関係内国法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。以下この項において「発行済株式等」という。）の総数又は総額の百分の八十以上の数又は金額の株式又は出資を間接に保有する関係として政令で定める関係をいう。）がある場合において、当該特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に発行済株式等の保有を通じて介在するものとして政令で定める外国法人（以下この款において「外国関係法人」という。）のうち、本店又は主たる事務所の所在する国又は地域におけるその所得に対して課される税の負担が本邦における法人の所得に対して課される税の負担に比して著しく低いものとして政令で定める外国関係法人に該当するもの（以下この款において「特定外国法人」という。）が、平成十九年十月一日以後に開始する各事業年度において、その未処分所得の金額から留保したものとして、政令で定めるところにより、当該未処分所得の金額につき当該未処分所得の金額に係る税額及び剰余金の配当等（法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配をいう。）の額に関する調整を加えた金額（以下この条において「適用対象留保金額」という。）を有するときは、その適用対象留保金額のうち当該特殊関係株主等である連結法人の有する当該特定外国法人の直接及び間接保有の株式等の数に対応するものとしてその株式又は出資の第六十六条の九の六第一項に規定する請求権の内容を勘案して政令で定めるところにより計算した金額（以下この款において「個別課税対象留保金額」という。）に相当する金額は、当該特殊関係株主等である連結法人の収益の額とみなして当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日を含む当該連結法人の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
２ この款において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定株主等 第六十六条の九の六第二項第一号に規定する特定株主等をいう。
二 特殊関係内国法人 第六十六条の九の六第二項第二号に規定する特殊関係内国法人をいう。
三 未処分所得の金額 特定外国法人の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、法人税法及びこの法律による各事業年度の所得の金額の計算に準ずるものとして政令で定める基準により計算した金額を基礎として政令で定めるところにより当該各事業年度開始の日前七年以内に開始した各事業年度において生じた欠損の金額に係る調整を加えた金額をいう。
四 直接及び間接保有の株式等の数 第六十六条の九の六第二項第四号に規定する直接及び間接保有の株式等の数をいう。
３ 特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人（株式（出資を含む。）若しくは債券の保有、工業所有権その他の技術に関する権利、特別の技術による生産方式若しくはこれらに準ずるもの（これらの権利に関する使用権を含む。）若しくは著作権（出版権及び著作隣接権その他これに準ずるものを含む。）の提供又は船舶若しくは航空機の貸付けを主たる事業とするものを除く。）がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域においてその主たる事業を行うに必要と認められる事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し、かつ、その事業の管理、支配及び運営を自ら行つているものである場合（次項において「固定施設を有するものである場合」という。）における第一項の規定の適用については、同項中「調整を加えた金額」とあるのは、「調整を加えた金額から当該特定外国法人の事業に従事する者の人件費として政令で定める費用の額の百分の十に相当する金額を控除した金額」とする。
４ 第一項及び前項の規定は、特殊関係株主等である連結法人に係る同項に規定する特定外国法人がその本店又は主たる事務所の所在する国又は地域において固定施設を有するものである場合であつて、各事業年度においてその行う主たる事業が次の各号に掲げる事業のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める場合に該当するときは、当該特定外国法人のその該当する事業年度に係る適用対象留保金額については、適用しない。
一 卸売業、銀行業、信託業、証券業、保険業、水運業又は航空運送業 その事業を主として当該特定外国法人に係る特殊関係内国法人、特殊関係株主等その他これらの者に準ずる者として政令で定めるもの以外の者との間で行つている場合として政令で定める場合
二 前号に掲げる事業以外の事業 その事業を主として本店又は主たる事務所の所在する国又は地域（当該国又は地域に係る水域で第六十六条の六第四項第二号に規定する政令で定めるものを含む。）において行つている場合として政令で定める場合
５ 特殊関係株主等である連結法人に係る連結親法人は、当該連結法人に係る特定外国法人の各事業年度の貸借対照表及び損益計算書その他の財務省令で定める書類を当該各事業年度終了の日の翌日から二月を経過する日を含む各連結事業年度の連結確定申告書（法人税法第二条第三十二号に規定する連結確定申告書をいう。次項において同じ。）に添付しなければならない。
６ 第三項又は第四項の規定は、連結確定申告書にこれらの規定の適用がある旨を記載した書面を添付し、かつ、その適用があることを明らかにする書類その他の資料を特殊関係株主等である連結法人又は当該連結法人に係る連結親法人が保存している場合に限り、適用する。
７ 特殊関係株主等である連結法人に係る外国関係法人が第六十八条の九十第二項第一号に規定する外国関係会社に該当し、かつ、当該特殊関係株主等である連結法人が同条第一項各号に掲げる連結法人に該当する場合には、第一項の規定は、適用しない。
８ 特殊関係株主等である連結法人が外国信託（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第二十二項に規定する外国投資信託のうち第六十八条の三の三第一項に規定する特定投資信託に類するものをいう。以下この項において同じ。）の受益権を直接又は間接に保有する場合には、当該外国信託の受託者は、当該外国信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び負債並びに当該信託財産に帰せられる収益及び費用をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（外国信託の信託資産等以外の資産及び負債並びに収益及び費用をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、この条（第三項、第四項及び第六項を除く。）から第六十八条の九十三の九までの規定を適用する。
９ 法人税法第四条の六第二項及び第四条の七の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
第六十八条の九十三の七 特殊関係株主等である連結法人が前条第一項の規定の適用を受ける場合には、当該連結法人に係る特定外国法人の所得に対して課される外国法人税（法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税をいう。次項において同じ。）の額のうち当該特定外国法人の個別課税対象留保金額に対応するもの（当該個別課税対象留保金額に相当する金額を限度とする。）として政令で定めるところにより計算した金額は、政令で定めるところにより、当該連結法人が納付する個別控除対象外国法人税の額（同法第八十一条の十五第一項に規定する個別控除対象外国法人税の額をいう。以下この款において同じ。）とみなして、同法第八十一条の十五第一項から第七項まで、第十項及び第十五項から第十七項までの規定を適用する。この場合において、同条第十項中「うち第八項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額」とあるのは「うち第八項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額及び租税特別措置法第六十八条の九十三の七第一項（特定外国法人の個別課税対象留保金額に係る外国税額の控除）に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうち同項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額」と、「うち同条第八項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額」とあるのは「うち同条第八項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額及び同法第六十六条の九の七第一項（特定外国法人の課税対象留保金額に係る外国税額の控除）に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額のうち同項の規定により当該連結法人が納付するものとみなされる部分の金額」と、「同条第一項から第三項まで」とあるのは「第六十九条第一項から第三項まで」とする。
２ 特殊関係株主等である内国法人が各事業年度（連結事業年度に該当する期間を除く。）において当該内国法人に係る第六十六条の九の六第一項に規定する特定外国法人の同項に規定する課税対象留保金額に相当する金額につき同項の規定の適用を受けた場合において、その適用を受けた事業年度終了の日後に開始する各連結事業年度の期間において当該特定外国法人の所得に対して外国法人税が課されるときは、当該特定外国法人の当該課税対象留保金額は前項に規定する特定外国法人の個別課税対象留保金額と、同条第一項に規定する特定外国法人の所得に対して課される当該外国法人税の額は前項に規定する特定外国法人の所得に対して課される外国法人税の額とそれぞれみなして、同項の規定を適用する。
３ 特殊関係株主等である連結法人が前条第一項の規定の適用に係る特定外国法人の個別課税対象留保金額に相当する金額につき同項の規定の適用を受ける場合において、第一項の規定により法人税法第八十一条の十五第一項から第三項までの規定の適用を受けるときは、第一項の規定により個別控除対象外国法人税の額とみなされた金額は、当該連結法人の政令で定める連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
第六十八条の九十三の八 第六十八条の九十三の六第一項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である連結法人に係る特定外国法人につき第一号若しくは第二号に掲げる事実が生じた場合又は当該連結法人に係る外国関係法人（当該特定外国法人から法人税法第二十三条第一項第一号に規定する剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配（以下この項において「剰余金の配当等」という。）の支払（第二号に定める金額の同号に掲げる交付を含む。）を受けた外国関係法人のうち政令で定めるものに限る。以下この項において同じ。）につき第三号に掲げる事実が生じた場合で、当該連結法人のこれらの事実が生じた日を含む連結事業年度開始の日前十年以内に開始した各連結事業年度（以下この条において「前十年以内の各連結事業年度」という。）において当該特定外国法人の個別課税対象留保金額で第六十八条の九十三の六第一項の規定により前十年以内の各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された金額（この項の規定により前十年以内の各連結事業年度において損金の額に算入された金額を除く。以下この条及び次条において「個別課税済留保金額」という。）があるときは、当該個別課税済留保金額に相当する金額は、当該特定外国法人又は当該外国関係法人につき生じた事実が次の各号に掲げる事実のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める金額のうち当該連結法人に係る個別課税対象留保金額から充てられたものとして政令で定めるところにより計算した金額に相当する金額を限度として、当該連結法人のその事実が生じた日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 剰余金の配当等の支払 その支払う剰余金の配当等の額
二 法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額
三 当該連結法人に対する剰余金の配当等の支払又は法人税法第二十四条第一項各号に掲げる事由による金銭その他の資産の交付 その支払う剰余金の配当等の額又はその交付により減少することとなる利益積立金額に相当する金額
２ 特殊関係株主等である連結法人の前項各号に掲げる事実が生じた日を含む連結事業年度開始の日前十年以内に開始した事業年度に連結事業年度に該当しないものがある場合において、その該当しない事業年度に係る課税済留保金額（第六十六条の九の八第一項に規定する課税済留保金額をいう。以下この項において同じ。）があるときは、前項の規定の適用については、その課税済留保金額は、当該事業年度の期間に対応する前十年以内の各連結事業年度の個別課税済留保金額とみなす。
３ 第六十八条の九十二第三項から第六項までの規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第六十八条の九十二第三項 |
連結法人が適格合併 |
第六十八条の九十三の六第二項第二号に規定する特殊関係内国法人（以下この項において「特殊関係内国法人」という。）に係る同条第一項に規定する特殊関係株主等（以下この項において「特殊関係株主等」という。）である連結法人が適格合併 |
|
により被合併法人 |
により当該特殊関係内国法人に係る特殊関係株主等である被合併法人 |
|
特定外国子会社等の第六十六条の六第二項第三号 |
同条第一項に規定する特定外国法人（以下この項において「特定外国法人」という。）の同条第二項第四号 |
|
第一項の |
第六十八条の九十三の八第一項の |
|
個別課税済留保金額とみなす |
個別課税済留保金額（同項に規定する個別課税済留保金額をいう。以下第六項までにおいて同じ。）とみなす |
第六十八条の九十二第三項第一号 |
又は課税済留保金額 |
又は課税済留保金額（第六十六条の九の八第一項に規定する課税済留保金額をいう。以下第六項までにおいて同じ。） |
第六十八条の九十二第三項第二号及び第三号 |
特定外国子会社等 |
特定外国法人 |
|
第六十六条の六第一項 |
第六十六条の九の六第一項 |
第六十八条の九十二第四項 |
前項又は第六十六条の八第三項 |
第六十八条の九十三の八第三項において準用する前項又は第六十六条の九の八第三項において準用する第六十六条の八第三項 |
|
第一項の |
第六十八条の九十三の八第一項の |
|
前項の |
同条第三項において準用する前項の |
|
同条第三項 |
第六十六条の九の八第三項において準用する第六十六条の八第三項 |
|
同条第一項 |
第六十六条の九の八第一項 |
第六十八条の九十二第五項 |
第一項 |
第六十八条の九十三の八第一項 |
第六十八条の九十二第六項 |
第一項 |
第六十八条の九十三の八第一項 |
|
前項 |
同条第三項において準用する前項 |
４ 第六十八条の九十二第七項の規定は、第一項の規定の適用を受けた特殊関係株主等である連結法人の同項の規定により損金の額に算入された金額について準用する。
第六十八条の九十三の九 特殊関係株主等と特殊関係内国法人との間に第六十八条の九十三の六第一項に規定する特定関係があるかどうかの判定に関する事項、第六十八条の九十三の七第一項の規定により特殊関係株主等である連結法人が納付したとみなされる個別控除対象外国法人税の額のうち前条第一項の規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された個別課税済留保金額に係るものの処理その他前三条の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の九十四第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日（同項第二号に掲げるものについては、平成二十年六月三十日）」に改める。
第六十八条の九十六の次に次の一条を加える。
（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）
第六十八条の九十六の二 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が各連結事業年度において支出した寄附金の額のうちに特定地域雇用会社（地域再生法第十四条第一項に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する当該特定地域雇用会社の行う同法第五条第三項第二号に規定する事業に充てられることが確実である寄附金として政令で定める寄附金（同法第十四条第三項に規定する指定の有効期間内に支出された金銭に限る。）の額がある場合における法人税法第八十一条の六の規定の適用については、同条第四項中「寄附金の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「寄附金及び特定地域雇用会社（租税特別措置法第六十八条の九十六の二第一項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する同法第六十八条の九十六の二第一項に規定する寄附金の額があるときは、これらの寄附金」とする。
２ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、地域再生法第八条第一項に規定する認定地域再生計画に定められた区域内に本店、支店、工場、営業所その他これらに準ずるものを有するものが各連結事業年度において支出した寄附金の額のうちに、同法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人（当該認定地域再生計画に記載されている同法第五条第三項第三号に規定する事業を行うものとして同法第十九条第一項の規定により同項の認定地方公共団体が指定したものに限る。）に対する当該特定地域雇用等促進法人の行う同号に規定する事業に関連する寄附金（同法第十九条第二項に規定する指定の有効期間内に支出された金銭に限る。）の額がある場合における法人税法第八十一条の六の規定の適用については、同条第四項中「寄附金の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「寄附金及び特定地域雇用等促進法人（租税特別措置法第六十八条の九十六の二第二項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用等促進法人をいう。）に対する同法第六十八条の九十六の二第二項に規定する寄附金（前項に規定する寄附金に該当するものを除く。）の額があるときは、これらの寄附金」とする。
３ 前二項に規定する場合において、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が各連結事業年度において支出した寄附金の額のうちに前条第一項に規定する認定特定非営利活動法人に対する同項の寄附金の額があるときは、法人税法第八十一条の六の規定の適用については、同項及び前二項の規定にかかわらず、同条第四項中「寄附金の額があるときは、当該寄附金」とあるのは、「寄附金並びに認定特定非営利活動法人（租税特別措置法第六十八条の九十六第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。）に対する当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項（定義）に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する寄附金、特定地域雇用会社（租税特別措置法第六十八条の九十六の二第一項（特定地域雇用会社等に対する寄附金の損金算入の特例）に規定する特定地域雇用会社をいう。）に対する租税特別措置法第六十八条の九十六の二第一項に規定する寄附金及び特定地域雇用等促進法人（同条第二項に規定する特定地域雇用等促進法人をいう。）に対する同条第二項に規定する寄附金（前項に規定する寄附金に該当するものを除く。）の額があるときは、これらの寄附金」とする。
４ 前三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の百二第二項中「取得（」の下に「所有権移転外リース取引による取得を除き、」を加える。
第六十八条の百五の二の前の見出しを「（連結法人の組合事業等による損失がある場合の課税の特例）」に改め、同条第一項中「）に該当する」を「）又は特定受益者（同条第一項に規定する特定受益者をいう。第四項において同じ。）に該当する」に、「同じ。）につき」を「同じ。）又は信託（第六十七条の十二第一項に規定する信託に限る。以下この条において同じ。）につき」に改め、「をいう。）」の下に「又は信託財産」を加え、「連結組合損失額」を「連結組合等損失額」に、「組合事業による」を「組合事業又は当該信託による」に改め、「出資の価額」の下に「又は当該信託の信託財産の帳簿価額」を、「（当該組合事業」の下に「又は当該信託財産に帰せられる損益」を加え、「連結組合損失超過額」を「連結組合等損失超過額」に改め、同条第二項中「連結組合損失超過合計額」を「連結組合等損失超過合計額」に改め、「組合事業」の下に「又は信託」を加え、同条第三項中「連結組合損失超過合計額」を「連結組合等損失超過合計額」に、「連結組合損失超過額」を「連結組合等損失超過額」に、「規定する組合損失超過額」を「規定する組合等損失超過額」に、「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、「組合事業」の下に「又は各信託」を加え、同条第四項中「特定組合員」の下に「又は特定受益者」を、「規定する組合員」の下に「又は信託の受益者」を加える。
第六十八条の百五の三第三項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改める。
第六十八条の百九第二項中「第二条第三十一号の三」を「第二条第三十二号」に改め、同条の次に次の一条を加える。
（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例）
第六十八条の百九の二 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株（これらの法人が有していた株式（出資を含む。以下この条において同じ。）をいう。）を発行した内国法人の合併（適格合併に該当しないものに限る。）により合併法人との間に当該合併法人の発行済株式又は出資（自己が有する自己の株式を除く。第三項において「発行済株式等」という。）の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人（第六十八条の二の三第五項第一号に規定する特定軽課税外国法人をいう。以下この条において同じ。）の株式に該当するときは、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における同法第六十一条の二第二項の規定は、適用しない。
２ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株（これらの法人が有していた株式をいう。）を発行した内国法人の行つた特定分割型分割（分割法人の株主等に分割承継法人に係る特定外国親法人（法人税法第六十一条の二第四項に規定する親法人で特定軽課税外国法人に該当するものをいう。以下この項において同じ。）の株式以外の資産（当該株主等に対する同条第四項に規定する剰余金の配当等として交付された同項に規定する分割対価資産以外の金銭その他の資産を除く。）が交付されなかつた分割型分割（第六十八条の二の三第二項第一号に規定する分割で、適格分割型分割に該当しないものに限る。）をいう。）により分割承継法人に係る特定外国親法人の株式の交付を受けた場合における同法の規定の適用については、同法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における同法第六十一条の二第四項中「交付されなかつたもの（」とあるのは、「交付されなかつたもの（租税特別措置法第六十八条の百九の二第二項（特定の合併等が行われた場合の株主等の課税の特例）に規定する特定分割型分割に該当するものを除く。」とする。
３ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が旧株（これらの法人が有していた株式をいう。）を発行した内国法人の行つた株式交換（適格株式交換に該当しないものに限る。）により株式交換完全親法人との間に当該株式交換完全親法人の発行済株式等の全部を保有する関係として政令で定める関係がある外国法人の株式の交付を受けた場合において、当該外国法人の株式が特定軽課税外国法人の株式に該当するときは、法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合における同法第六十一条の二第九項の規定は、適用しない。
４ 前三項の規定の適用がある場合の株式の取得価額その他法人税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十八条の百十中「第六十八条の三の三第一項」を「第六十八条の三の二第一項」に、「は、法人税法第八十一条の四第一項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす」を「に係る法人税法第八十一条の四の規定の適用については、同条第一項中「配当等の額（」とあるのは、「配当等の額（第二条第二十九号の二ホ（定義）に掲げる特定目的信託の租税特別措置法第六十八条の三の二第一項（特定目的信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する利益の分配の額を除く。」とする」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第六十八条の三の二第九項に規定する外国特定目的信託の利益分配の額（以下この項において「外国特定目的信託の利益の分配の額」という。）は法人税法第八十一条の十五第八項に規定する配当等の額に該当しないものとみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定目的信託の利益の分配の額は同条第十一項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないものとみなす。
第六十八条の百十一中「第六十八条の三の四第十項」を「第六十八条の三の三第五項」に、「は、法人税法第八十一条の四第一項に規定する配当等の額に該当しないものとみなす」を「に係る法人税法第八十一条の四の規定の適用については、同条第一項中「配当等の額（」とあるのは、「配当等の額（租税特別措置法第六十八条の三の三第五項（特定投資信託に係る受託法人の課税の特例）に規定する特定投資信託の同条第一項に規定する収益の分配の額を除く。」とする」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が受ける第六十八条の三の三第九項に規定する外国特定投資信託の収益分配の額（以下この項において「外国特定投資信託の収益の分配の額」という。）は法人税法第八十一条の十五第八項に規定する配当等の額に該当しないものとみなし、同項に規定する外国子会社が受ける外国特定投資信託の収益の分配の額は同条第十一項に規定する外国孫会社からの配当等の額に該当しないものとみなす。
第六十九条の四第九項を同条第十項とし、同条第六項から第八項までを一項ずつ繰り下げ、同条第五項中「前項ただし書」を「第四項ただし書」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項の次に次の一項を加える。
５ 第一項の規定は、同項の相続に係る被相続人から相続又は遺贈により財産を取得した者（当該被相続人から相続税法第二十一条の九第三項（第七十条の三第一項又は第七十条の三の三第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用を受ける財産を贈与により取得した者を含む。）が第七十条の三の三第一項又は第七十条の三の四第一項の規定の適用を受け、又は受けている場合には、適用しない。
第六十九条の五第二項第一号中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に改め、同項第三号及び第五号中「証券取引所」を「金融商品取引所」に改め、同項第七号ロ（1）中「当該特定株式の当該相続開始の時における一株当たりの時価として財務省令で定めるものをそれぞれ乗じて得た」を「相当する金額として財務省令で定める」に改め、同号ロ（2）中「総口数に当該特定出資の当該相続開始の時における一口当たりの時価として財務省令で定めるものをそれぞれ乗じて得た」を「総額として財務省令で定める」に改め、同項第八号ロ（1）中「当該特定受贈株式又は特定保有株式の当該贈与の時における一株当たりの時価として財務省令で定めるものをそれぞれ乗じて得た」を「相当する金額として財務省令で定める」に改め、同号ロ（2）中「総口数に当該特定受贈出資又は特定保有出資の当該贈与の時における一口当たりの時価として財務省令で定めるものをそれぞれ乗じて得た」を「総額として財務省令で定める」に改め、同条第四項中「第一項の」の下に「相続に係る被相続人から同項の」を加え、同条第六項中「相続」の下に「に係る被相続人から同項の相続」を加え、「前条第一項の」を「次に掲げる」に、「受ける」を「受け、又は受けている」に改め、同項に次の各号を加える。
第六十九条の五第七項中「前項」の下に「（第一号に係る部分に限る。）」を加える。
第七十条第一項中「第三条の二」を「第四条」に改め、同条第三項中「信託法」を「公益信託ニ関スル法律」に、「第六十六条」を「第一条」に、「信託終了」を「信託の終了」に改め、同条に次の二項を加える。
11 第一項、第二項及び第五項から第九項までの規定は、相続又は遺贈により財産を取得した者（地域再生法第八条第一項に規定する認定地域再生計画に定められた区域内に住所を有する者その他の政令で定めるものに限る。）が、当該取得した財産に属する金銭を第一項に規定する申告書の提出期限までに同法第十九条第一項に規定する特定地域雇用等促進法人（当該認定地域再生計画に記載されている同法第五条第三項第三号に規定する事業を行うものとして同法第十九条第一項の規定により同項の認定地方公共団体が指定したものに限る。）に対し、当該特定地域雇用等促進法人の行う同号に規定する事業に関連する贈与（同条第二項に規定する指定の有効期間内にされたものに限る。）をした場合について準用する。この場合において、第二項中「同項の規定」とあるのは「第十一項において準用する前項の規定」と、第五項中「第一項又は第三項」とあるのは「第十一項において準用する第一項」と、「同項の贈与又は第三項の支出」とあるのは「第十一項の贈与」と読み替えるものとする。
12 地域再生法第五条第三項第三号に規定する事業を行う法人税法第二条第六号に規定する公益法人等が、教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与する業務を行うものである場合における前項において準用する第一項の規定の適用に関する事項その他前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第七十条の三第一項に次のただし書を加える。
ただし、当該特定受贈者が、当該住宅取得等資金の贈与をした者からの贈与により取得をした財産について第七十条の三の三第一項の規定の適用を受けている場合は、この限りでない。
第七十条の三第四項中「次項」を「以下この条」に、「期間」を「期限」に改め、同条第六項中「の規定の」を「及び相続税法第三十六条の規定の」に改め、同項に次の一号を加える。
四 相続税法第三十六条第一項及び第二項中「第二十八条第一項又は第二項の規定による申告書の提出期限」とあり、並びに同条第三項中「申告書の提出期限」とあるのは、「租税特別措置法第七十条の三第四項（特定の贈与者から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の相続時精算課税の特例）に規定する修正申告書の提出期限」とする。
第七十条の三の二第一項第一号中「前条第一項」の下に「又は次条第一項」を加え、同条第三項中「場合において」の下に「、当該特定受贈者は」を加え、「以内に」を「以内に、」に、「ついて、」を「ついての」に、「期間」を「期限」に改め、同条第五項中「対する国税通則法」の下に「及び相続税法第三十六条」を加え、同項に次の一号を加える。
五 相続税法第三十六条第一項及び第二項中「第二十八条第一項又は第二項の規定による申告書の提出期限」とあり、並びに同条第三項中「申告書の提出期限」とあるのは、「租税特別措置法第七十条の三の二第三項（住宅取得等資金の贈与を受けた場合の相続時精算課税に係る贈与税の特別控除の特例）に規定する修正申告書の提出期限」とする。
第七十条の三の二第七項中「及び前項」を「及び同項」に改め、同条の次に次の二条を加える。
（特定の贈与者から特定同族株式等の贈与を受けた場合の相続時精算課税の特例）
第七十条の三の三 特定受贈者が、平成十九年一月一日から平成二十年十二月三十一日までの間にその年一月一日において六十歳以上六十五歳未満の者からの贈与により特定同族株式等の取得（その年中に取得をした一の特定同族法人に係る特定同族株式等の価額の合計額が五百万円以上となる場合の当該取得に限る。）をし、かつ、その年十二月三十一日において当該特定同族株式等に係る特定同族法人の役員その他の地位として財務省令で定めるものを有する場合において、確認日の翌日から二月以内に確認書（確認日において、特定受贈者が第三項第一号ロ（1）から（3）までの要件のすべてを満たし、かつ、当該特定同族株式等に係る特定同族法人が同項第三号（ハを除く。）に掲げる要件のすべてを満たしていることについて当該特定同族法人の本店又は主たる事務所の所在地を管轄する経済産業局長が、確認をし、当該確認をしたことを財務省令で定めるところにより証する書類をいう。以下この条及び次条において同じ。）を納税地の所轄税務署長に提出することが確実であると見込まれるときは、当該特定受贈者については、相続税法第二十一条の九の規定を準用する。ただし、当該特定受贈者が、当該特定同族株式等の贈与をした者からの贈与により取得をした財産について第七十条の三第一項の規定の適用を受けている場合は、この限りでない。
２ 前項において準用する相続税法第二十一条の九第二項の届出書を提出した者については同条第三項の規定の適用を受ける財産を取得した同条第五項に規定する相続時精算課税適用者と、特定受贈者に対し特定同族株式等の贈与をした者については同条第三項の規定の適用を受ける財産の贈与をした同条第五項に規定する特定贈与者とそれぞれみなして、相続税法の規定を適用する。
３ この条及び次条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 特定受贈者 次に掲げる要件を満たすものをいう。
イ その者が相続税法第一条の四第一号又は第二号の規定に該当する個人であること。
ロ その者が特定同族株式等の贈与をした者（選択年（その者が贈与により取得した特定同族株式等について第一項又は次条第一項の規定の適用を受ける年をいう。以下この条及び次条において同じ。）中における当該特定同族株式等の最初の贈与の直前に、次に掲げる要件のすべてを満たす者に限る。第四号において同じ。）の直系卑属である推定相続人であること。
（2） 当該特定同族法人の発行済株式の総数又は出資の総額の百分の五十を超える数又は金額の株式又は出資を有すること。
（3） 当該特定同族法人の総株主又は総出資者の議決権（株式会社にあつては、株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除く。）の百分の五十を超える議決権を有すること。
ハ その者が特定同族株式等の贈与を受けた日の属する年の一月一日において二十歳以上の者であること。
二 特定同族株式等 次に掲げる株式又は出資をいう。
イ 議決権の制限がないこと、当該株式に係る法人の株式のすべてが金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所に上場されていないことその他財務省令で定める要件を満たす株式
ロ 議決権の制限がないことその他財務省令で定める要件を満たす合名会社の出資その他の出資であつて政令で定めるもの
三 特定同族法人 特定同族株式等に係る法人で、当該法人に係る特定同族株式等の当該贈与の時（ハにあつては、当該贈与の直前を含む。）において、次に掲げる要件を満たすものをいう。
ハ 当該法人の発行済株式の総数に相当する金額又は出資の総額として財務省令で定める金額が二十億円未満であること。
ニ 当該法人が会社法第二条第十三号に規定する種類株式発行会社である場合にあつては、ある種類の株式の内容として同法第百八条第一項第八号に掲げる事項についての定款の定めを設けていないこと。
四 確認日 選択年の翌年三月十五日から四年を経過する日（特定受贈者又は当該特定受贈者に特定同族株式等の贈与をした者が選択年の翌年一月一日から当該経過する日までの間に死亡した場合には当該死亡の日とし、当該特定同族法人が解散した場合その他の政令で定める場合には政令で定める日とする。）をいう。
４ 第一項の規定は、特定受贈者が贈与により取得した特定同族株式等について既に同項の規定の適用を受けている場合には、当該特定同族株式等の贈与及び当該特定同族株式等の贈与をした者からの贈与については、適用しない。
５ 特定同族株式等について第一項の規定の適用を受けた特定受贈者が、確認日の翌日から二月を経過する日の前日（以下第七項までにおいて「提出期限」という。）までに確認書を納税地の所轄税務署長に提出しないときその他の政令で定める事由に該当するときは、第一項において準用する相続税法第二十一条の九第二項の届出書を提出していた場合であつても当該届出書を提出していなかつたものとみなす。この場合において、当該特定受贈者は、当該提出期限までに同条第一項の規定の適用を受けたものに係る各年分の贈与税についての修正申告書（国税通則法第十九条第三項に規定する修正申告書をいう。以下この条において同じ。）を提出し、かつ、当該提出期限までに当該修正申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。
６ 前項の場合において、同項の特定受贈者に当該特定同族株式等の贈与をした者（以下この項及び次項において「特定贈与者」という。）からの贈与により取得をした財産（当該特定贈与者が当該財産の贈与をした年の一月一日において六十五歳以上である場合における当該特定贈与者からの贈与により取得をした当該財産に限る。以下この項において「特定財産」という。）があるときは、当該特定受贈者は、当該特定財産に係る相続税法第二十一条の九第二項の届出書を提出期限までに選択年の年分の修正申告書に添付して提出することができる。この場合において、当該届出書は、当該特定財産の贈与があつた最初の年分の贈与税に係る同項の期間内に提出されたものとみなす。
７ 第五項の場合において、選択年の翌年一月一日以後に特定贈与者からの贈与により取得をした第七十条の三第三項第五号に規定する住宅取得等資金（当該特定贈与者が当該住宅取得等資金の贈与をした年の一月一日において六十五歳未満である場合における当該特定贈与者からの前条第一項の規定の適用を受ける贈与により取得をした当該住宅取得等資金に限る。）があるときは、当該特定受贈者は、当該住宅取得等資金に係る第七十条の三第一項において準用する相続税法第二十一条の九第二項の届出書を提出期限までに選択年の年分の修正申告書に添付して提出することができる。この場合において、当該届出書は当該住宅取得等資金の贈与があつた最初の年分の贈与税に係る同項の期間内に提出されたものと、当該特定受贈者は第七十条の三第一項の規定の適用を受ける同条第三項第一号に規定する特定受贈者とみなす。
８ 第五項の規定に該当することとなつた場合において、同項の規定による修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該修正申告書に記載すべきであつた贈与税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正を行う。
９ 第五項の規定による修正申告書及び前項の更正に対する国税通則法及び相続税法第三十六条の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該修正申告書で第五項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二 当該修正申告書で第五項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第七十条の三の三第五項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号並びに第六十五条第一項及び第三項中「期限内申告書」とあるのは「相続税法第二十八条の規定による申告書」とする。
三 国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正（選択年の翌年一月一日以後に贈与により取得した財産に係る各年分の贈与税について同法第十八条第二項に規定する期限後申告書の提出又は同法第二十五条に規定する決定があつたときにおける当該各年分に係る贈与税についての当該修正申告書及び更正を除く。）には、適用しない。
四 相続税法第三十六条第一項及び第二項中「第二十八条第一項又は第二項の規定による申告書の提出期限」とあり、並びに同条第三項中「申告書の提出期限」とあるのは、「租税特別措置法第七十条の三の三第五項（特定の贈与者から特定同族株式等の贈与を受けた場合の相続時精算課税の特例）に規定する修正申告書の提出期限」とする。
10 第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする者の相続税法第二十八条の規定による申告書に同項の規定の適用を受けようとする旨を記載し、同項の規定による計算の明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
11 第五項から第七項まで又は前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（特定同族株式等の贈与を受けた場合の相続時精算課税に係る贈与税の特別控除の特例）
第七十条の三の四 特定受贈者（次の各号のいずれかに該当する者に限る。）が、平成十九年一月一日から平成二十年十二月三十一日までの間に贈与により特定同族株式等の取得をした場合（前条第一項の規定の適用を受けない場合にあつては、特定同族株式等の取得（その年中に取得をした一の特定同族法人に係る特定同族株式等の価額の合計額が五百万円以上となる場合の当該取得に限る。）をし、かつ、その年十二月三十一日において当該特定同族株式等に係る特定同族法人の役員その他の地位として財務省令で定めるものを有する場合において、確認日の翌日から二月以内に確認書を納税地の所轄税務署長に提出することが確実であると見込まれるときに限る。）には、その年における当該特定受贈者の当該特定同族株式等の贈与をした者（以下この条において「同族株式等贈与者」という。）からの贈与により取得をした財産に対する贈与税については、当該財産に係る贈与税の課税価格から五百万円を控除する。この場合において、相続税法第二十一条の十二第一項の規定の適用については、同項中「課税価格から」とあるのは、「課税価格（租税特別措置法第七十条の三の四第一項（特定同族株式等の贈与を受けた場合の相続時精算課税に係る贈与税の特別控除の特例）に規定する同族株式等贈与者に係る贈与税の課税価格にあつては、当該課税価格から五百万円を控除した残額。以下この項及び次条において同じ。）から」とする。
一 同族株式等贈与者に係る相続税法第二十一条の九第五項（第七十条の三第一項又は前条第一項において準用する場合を含む。）に規定する相続時精算課税適用者
二 同族株式等贈与者からの贈与により取得をした特定同族株式等について、相続税法第二十一条の九第二項（前条第一項において準用する場合を含む。）の届出書を提出する者
２ 前項の規定は、特定受贈者が同族株式等贈与者からの贈与により取得をした特定同族株式等について既に同項の規定の適用を受けている場合には、当該特定同族株式等の贈与及び当該同族株式等贈与者からの贈与については、適用しない。
３ 特定同族株式等について第一項の規定の適用を受けた特定受贈者が、確認日の翌日から二月を経過する日の前日（以下この項において「提出期限」という。）までに確認書を納税地の所轄税務署長に提出しないときその他の政令で定める事由に該当するときは、第一項の規定は、適用しない。この場合において、当該特定受贈者は、当該提出期限までに同項の規定の適用を受けた年分の贈与税についての修正申告書（国税通則法第十九条第三項に規定する修正申告書をいう。以下この条において同じ。）を提出し、かつ、当該提出期限までに当該修正申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。
４ 前項の規定に該当することとなつた場合において、同項の規定による修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該修正申告書に記載すべきであつた贈与税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正を行う。
５ 第三項の規定による修正申告書及び前項の更正に対する国税通則法及び相続税法第三十六条の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該修正申告書で第三項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二 当該修正申告書で第三項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第七十条の三の四第三項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号並びに第六十五条第一項及び第三項中「期限内申告書」とあるのは「相続税法第二十八条の規定による申告書」とする。
三 国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。
四 国税通則法第二条第六号ハの規定の適用については、同号ハ（3）中「控除した残額」とあるのは、「控除した残額又は租税特別措置法第七十条の三の四の規定により同条の規定の適用を受けて控除した五百万円」とする。
五 相続税法第三十六条第一項及び第二項中「第二十八条第一項又は第二項の規定による申告書の提出期限」とあり、並びに同条第三項中「申告書の提出期限」とあるのは、「租税特別措置法第七十条の三の四第三項（特定同族株式等の贈与を受けた場合の相続時精算課税に係る贈与税の特別控除の特例）に規定する修正申告書の提出期限」とする。
６ 第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする者の相続税法第二十八条の規定による申告書に同項の規定の適用を受けようとする旨を記載し、同項の規定による計算の明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
７ 税務署長は、前項の記載又は添付がない相続税法第二十八条の規定による申告書の提出があつた場合において、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、その記載をした書類及び同項の財務省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
８ 第三項又は第六項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第七十一条の十七第一項中「森林組合合併助成法」の下に「（昭和三十八年法律第五十六号）」を加える。
第七十二条の二及び第七十三条中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第七十四条中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に、「若しくは取得」を「又は取得（以下この条において「住宅用家屋の新築等」という。）」に、「以下この条において同じ。）が」を「）が」に、「賦払の方法によりその対価の支払が」を「対価の支払が賦払の方法により」に改め、「に係る債権（当該保証に係る求償権を含む。）」を削り、「を担保するために」を「で次の各号に掲げるものを担保するために当該各号に定める者が」に、「新築又は取得」を「住宅用家屋の新築等」に改め、同条に次の各号を加える。
一 住宅用家屋の新築等をするための資金の貸付けに係る債権 当該債権に係る貸付けを行つた者
二 住宅用家屋の新築等をするための資金の貸付けに係る債務の保証に基づく求償権 当該債務の保証を行つた者
三 住宅用家屋の新築等をするための対価の支払が賦払の方法により行われる場合における当該賦払金に係る債権 当該賦払の方法により当該対価の支払を受けた者
四 住宅用家屋の新築等をするための資金の貸付けに係る債権で独立行政法人住宅金融支援機構が独立行政法人住宅金融支援機構法（平成十七年法律第八十二号）第十三条第一項第一号の業務により金融機関から譲り受けた貸付債権 独立行政法人住宅金融支援機構
第七十四条の次に次の一条を加える。
（独立行政法人住宅金融支援機構が受ける抵当権の設定登記の免税）
第七十四条の二 独立行政法人住宅金融支援機構が、独立行政法人住宅金融支援機構法第十三条第一項第一号の業務により金融機関から譲り受けた貸付債権（個人が住宅の用に供する家屋の新築又は取得をするための資金の貸付けに係るものに限る。以下この条において「住宅資金債権」という。）で当該金融機関が平成十九年三月三十一日までに当該資金の貸付けの申込みを受理したもの（同法附則第十条による廃止前の住宅金融公庫法（昭和二十五年法律第百五十六号）第十七条第九項第一号の業務により独立行政法人住宅金融支援機構法附則第三条第一項に規定する公庫が金融機関から譲り受けた住宅資金債権で同項の規定の適用により独立行政法人住宅金融支援機構が承継したものを含む。）を担保するため、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に受ける当該家屋を目的とする抵当権の設定の登記については、財務省令で定めるところにより当該家屋の新築又は取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。
第七十六条第二項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第七十七条中「農業を営む者」の下に「で政令で定めるもの」を加え、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第七十八条中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十年九月三十日」に改める。
第七十八条の三の見出しを「（信用保証協会等が受ける抵当権の設定登記等の税率の軽減）」に改め、同条第一項を削り、同条第二項中「昭和四十八年改正法」を「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和四十八年法律第十六号。次項において「昭和四十八年改正法」という。）」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、「抵当権」の下に「（企業担保権を含む。次項において同じ。）」を加え、同項を同条第一項とし、同条第三項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、同項を同条第二項とする。
第八十条第一項中「第四条第二項」を「第六条第二項」に改め、「事業革新」の下に「（以下この項において「事業革新」という。）」を加え、「第三条第一項」を「第五条第一項」に、「第四条第一項」を「第六条第一項」に、「第五条の二第二項」を「第八条第二項」に、「第五条第一項」を「第七条第一項」に、「第五条の二第一項の認定又は同法第七条第二項」を「第八条第一項の認定、同法第十条第二項」に、「第六条第一項」を「第九条第一項」に、「第七条第一項の認定」を「第十条第一項の認定、同法第十二条第二項に規定する認定技術活用事業革新計画（組織の再編成で政令で定めるもの及び事業革新について記載があるものに限る。）に係る同法第十一条第一項若しくは第十二条第一項の認定又は同法第十四条第二項に規定する認定経営資源融合計画に係る同法第十三条第一項若しくは第十四条第一項の認定」に、「産業活力再生特別措置法の一部を改正する法律（平成十五年法律第二十六号）の施行の日の翌日」を「産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第三十六号）の施行の日」に、「第五条第二項第三号」を「第七条第二項第三号」に改め、同条第二項を削り、同条第三項中「第一項（」を「前項（」に改め、「及び前項」を削り、同項を同条第二項とし、同条第四項中「及び第二項」を削り、同項を同条第三項とする。
第八十一条第十項を同条第十一項とし、同条第九項を同条第十項とし、同条第八項を同条第九項とし、同条第七項の次に次の一項を加える。
８ 株式会社が、平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に、新設分割又は吸収分割を行つた場合の登録免許税法第七条第二項の規定の適用については、同項中「合併により消滅した場合にあつては、当該合併後存続する法人又は当該合併により設立された法人」とあるのは「新設分割又は吸収分割をした場合にあつては、当該新設分割により設立された株式会社又は当該吸収分割により事業を承継した株式会社」と、「当該存続する法人又は当該設立された法人である場合にあつては、合併」とあるのは「当該設立された株式会社又は当該承継した株式会社である場合にあつては、分割」と、「法律」とあるのは「法律及び租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第八十一条（会社分割に伴う不動産の所有権の移転登記等の税率の軽減）」とする。
第八十三条の見出しを「（認定民間都市再生事業計画等に基づき建築物を建築した場合等の所有権の保存登記等の税率の軽減）」に改め、同条第一項を削り、同条第二項中「認定民間都市再生事業計画に基づき当該認定民間都市再生事業計画に係る同法第二十一条第一項又は第二十四条第一項の規定による国土交通大臣による」を「平成十九年四月一日から平成二十一年三月三十一日までの間に同法第二十一条第一項又は第二十四条第一項の規定による国土交通大臣の認定を受けた同法第二十五条に規定する認定計画に基づき当該」に改め、「特定民間都市再生事業」の下に「（同条に規定する都市再生事業のうち政令で定めるものをいう。）」を加え、同項を同条第一項とし、同条第三項中「。次項において「都市再生特別措置法等の一部改正法」という。」を削り、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、同項を同条第二項とし、同条第四項を削り、同条第五項中「に基づき」の下に「当該認定民間都市再生整備事業計画に係る同法第六十四条第一項又は第六十六条第一項の規定による国土交通大臣の認定の日から三年以内に」を加え、「千分の一・五」を「千分の三」に改め、同項を同条第三項とし、同条第六項中「千分の八」を「千分の十（平成二十年三月三十一日までに第二項に規定する認定を受けた認定民間都市再生整備事業計画に基づき取得をする土地の所有権の移転の登記にあつては、千分の八）」に改め、同項を同条第四項とする。
第八十三条の三第二項中「第四条」を「第三条」に、「第二十五条第一項又は第四十九条の四第一項」を「第四条第一項又は第四十九条第一項」に改め、同項第一号ロ中「同条第十八項」を「同条第十一項」に、「投資信託委託業者」を「投資信託委託会社」に改め、同号ハ中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改め、同条第三項中「第二条第十九項」を「第二条第十二項」に改め、同項第一号ハ中「第二条第十八項」を「第二条第十九項」に、「投資信託委託業者」を「資産運用会社」に改め、同号ニ中「証券取引法」を「金融商品取引法」に改める。
第八十四条中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十三年十二月三十一日」に改める。
第八十四条の三第一項の表中
「
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構 |
独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法（平成十四年法律第百八十号）附則第二条第一項及び第三条第一項 |
」を
「
独立行政法人住宅金融支援機構 |
独立行政法人住宅金融支援機構法附則第三条第一項及び第六条第三項 |
独立行政法人日本原子力研究開発機構 |
独立行政法人日本原子力研究開発機構法（平成十六年法律第百五十五号）附則第二条第一項及び第三条第一項 |
」に改め、同条第四項中「以下」を「平成十四年法律第百八十号。以下」に改める。
第五章中第八十四条の五を第八十四条の六とし、第八十四条の四の次に次の一条を加える。
（電子情報処理組織による登記の申請の場合の登録免許税額の特別控除）
第八十四条の五 登記を受ける者が、平成二十年一月一日から平成二十一年十二月三十一日までの間に、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律第三条第一項の規定又は不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）第十八条の規定により電子情報処理組織を使用して次に掲げる登記の申請を行う場合における当該登記に係る登録免許税の額は、当該登記につき登録免許税法その他登録免許税に関する法令の規定（この条の規定を除く。）により計算した金額から当該金額に百分の十を乗じて算出した金額（当該金額が五千円を超える場合には、五千円）を控除した額とする。
一 不動産の所有権の保存若しくは移転の登記又は抵当権の設定の登記
第八十六条の六第一項中「課税期間」の下に「（同法第十九条に規定する課税期間をいう。）」を加え、第六章第一節中同条を第八十六条の四とし、同条の次に次の一条を加える。
（法人課税信託の受託者に関するこの法律の適用）
第八十六条の五 消費税法第十五条第一項に規定する法人課税信託（以下この項において「法人課税信託」という。）の受託者は、各法人課税信託の信託資産等（信託財産に属する資産及び当該信託財産に係る同法第十四条第一項本文に規定する資産等取引をいう。以下この項において同じ。）及び固有資産等（法人課税信託の信託資産等以外の資産及び同法第十四条第一項本文に規定する資産等取引をいう。）ごとに、それぞれ別の者とみなして、第八十五条から前条までの規定を適用する。
２ 消費税法第十五条第二項から第十五項までの規定は、前項の規定を第八十五条から前条までにおいて適用する場合について準用する。
３ 前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第八十七条の五第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十年三月三十一日」に改める。
第八十八条の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十年三月三十一日」に改める。
第八十八条の三第二項中「及び第八十八条の規定」を削る。
第九十条の四の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九十条の四の三第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改める。
第九十条の六の二第一項中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九十条の八第一項から第四項までの規定中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十四年三月三十一日」に改める。
第九十条の九第一項から第六項までの規定中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九十条の十第三項中「道路運送車両法」の下に「（昭和二十六年法律第百八十五号）」を加える。
第九十一条中「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九十一条の四第一項中「証券取引法」を「金融商品取引法」に、「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「第七十五条第一項」を「第六十七条の十一第一項」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改め、同条第二項中「証券取引所」を「金融商品取引所」に、「平成十九年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第九十七条の表都道府県の項中「第三十一条の二第二項第十四号ハ及び第十五号ニ」を「第三十一条の二第二項第十五号ハ及び第十六号ニ」に、「第三十四条の二第二項第十一号及び第十三号」を「第三十四条の二第二項第十二号及び第十四号」に、「第六十二条の三第四項第十四号ハ及び第十五号ニ」を「第六十二条の三第四項第十五号ハ及び第十六号ニ」に、「第六十五条の四第一項第十一号及び第十三号」を「第六十五条の四第一項第十二号及び第十四号」に改め、同表市町村の項中「第三十一条の二第二項第十五号ニ、第六十二条の三第四項第十五号ニ」を「第三十一条の二第二項第十六号ニ、第六十二条の三第四項第十六号ニ」に改め、第八章中同条を第九十八条とし、同条の前に次の一条を加える。
（電子申請等証明書の交付）
第九十七条 税務署長等（税務署長、国税局長、国税庁長官その他政令で定める者をいう。以下この条において同じ。）は、行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律第三条第一項に規定する電子情報処理組織を使用して税務署長等に対する申請等（同法第二条第六号に規定する申請等をいう。）が行われた場合において、当該申請等が行われた旨の証明書の交付を請求する者があるときは、その者に関するものに限り、政令で定めるところにより、これを交付しなければならない。