第十四条　環境庁長官は、その区域における自然環境が人の活動によつて影響を受けることなく原生の状態を維持しており、かつ、政令で定める面積以上の面積を有する土地の区域であつて、国又は地方公共団体が所有するもの（森林法（昭和二十六年法律第二百四十九号）第二十五条第一項の規定により指定された保安林の区域を除く。）のうち、当該自然環境を保全することが特に必要なものを原生自然環境保全地域として指定することができる。

２　環境庁長官は、原生自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、関係都道府県知事及び自然環境保全審議会の意見をきかなければならない。

３　環境庁長官は、原生自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、当該区域内の土地を、国が所有する場合にあつては当該土地を所管する行政機関の長の、地方公共団体が所有する場合にあつては当該地方公共団体の同意を得なければならない。

４　環境庁長官は、原生自然環境保全地域を指定する場合には、その旨及びその区域を官報で公示しなければならない。

５　原生自然環境保全地域の指定は、前項の規定による公示によつてその効力を生ずる。

６　第二項、第四項及び前項の規定は原生自然環境保全地域の指定の解除及びその区域の変更について、第三項の規定は原生自然環境保全地域の区域の拡張について、それぞれ準用する。

第十五条　原生自然環境保全地域に関する保全計画（原生自然環境保全地域における自然環境の保全のための規制又は施設に関する計画をいう。以下同じ。）は、環境庁長官が関係都道府県知事及び自然環境保全審議会の意見をきいて決定する。

２　環境庁長官は、原生自然環境保全地域に関する保全計画を決定したときは、その概要を公示しなければならない。

３　前二項の規定は、原生自然環境保全地域に関する保全計画の廃止及び変更について準用する。

第十六条　原生自然環境保全地域に関する保全事業（原生自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて執行する事業であつて、当該地域における自然環境の保全のための施設で政令で定めるものに関するものをいう。以下同じ。）は、国が執行する。

２　地方公共団体は、環境庁長官の承認を受けて、原生自然環境保全地域に関する保全事業の一部を執行することができる。

第十七条　原生自然環境保全地域内においては、次の各号に掲げる行為をしてはならない。ただし、環境庁長官が学術研究その他公益上の事由により特に必要と認めて許可した場合又は非常災害のために必要な応急措置として行なう場合は、この限りでない。

２　前項ただし書の許可には、当該原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、条件を附することができる。

３　原生自然環境保全地域内において非常災害のために必要な応急措置として第一項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境庁長官にその旨を届け出なければならない。

４　原生自然環境保全地域が指定され、又はその区域が拡張された際当該原生自然環境保全地域内において第一項各号に掲げる行為に着手している者は、その指定又は区域の拡張の日から起算して三月間（その期間内に同項ただし書の許可を申請したときは、許可又は不許可の処分があるまでの間）は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

５　次の各号に掲げる行為については、第一項及び第三項の規定は、適用しない。

第十八条　環境庁長官は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に附せられた条件に違反した者に対して、その行為の中止を命じ、又は相当の期限を定めて、原状回復を命じ、若しくは原状回復が著しく困難である場合に、これに代わるべき必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

２　環境庁長官は、政令で定めるところにより、その職員のうちから自然保護取締官を命じ、前項に規定する権限の一部を行なわせることができる。

３　前項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

第十九条　環境庁長官は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために特に必要があると認めるときは、原生自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、立入制限地区を指定することができる。

２　第十四条第三項の規定は立入制限地区の指定及びその区域の拡張について、同条第四項及び第五項の規定は立入制限地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について、それぞれ準用する。

３　何人も、立入制限地区に立ち入つてはならない。ただし、次の各号に掲げる場合は、この限りでない。

第二十条　環境庁長官は、原生自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、第十七条第一項ただし書の許可を受けた者に対して、当該許可を受けた行為の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。

第二十一条　国の機関又は地方公共団体が行なう行為については、第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号の許可を受けることを要しない。この場合において、当該国の機関又は地方公共団体は、その行為をしようとするときは、あらかじめ、環境庁長官に協議しなければならない。

２　国の機関又は地方公共団体は、第十七条第三項の規定により届出を要する行為をしたときは、同項の規定による届出の例により、環境庁長官にその旨を通知しなければならない。

第二十二条　環境庁長官は、原生自然環境保全地域以外の区域で次の各号のいずれかに該当するもののうち、自然的社会的諸条件からみてその区域における自然環境を保全することが特に必要なものを自然環境保全地域として指定することができる。

２　自然公園法第二条第一号に規定する自然公園の区域は、自然環境保全地域の区域に含まれないものとする。

３　環境庁長官は、自然環境保全地域の指定をしようとするときは、あらかじめ、関係地方公共団体の長及び自然環境保全審議会の意見をきかなければならない。この場合においては、次条第一項に規定する自然環境保全地域に関する保全計画の案についても、あわせて、その意見をきかなければならない。

４　環境庁長官は、自然環境保全地域を指定しようとするときは、あらかじめ、総理府令で定めるところにより、その旨を公告し、その案を当該公告の日から二週間公衆の縦覧に供しなければならない。

５　前項の規定による公告があつたときは、当該区域に係る住民及び利害関係人は、同項の縦覧期間満了の日までに、縦覧に供された案について、環境庁長官に意見書を提出することができる。

６　環境庁長官は、前項の規定により縦覧に供された案について異議がある旨の意見書の提出があつたとき、又は当該自然環境保全地域の指定に関し広く意見をきく必要があると認めたときは、公聴会を開催するものとする。

７　第十四条第四項及び第五項の規定は自然環境保全地域の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について、第三項前段の規定は自然環境保全地域の指定の解除及びその区域の変更について、同項後段及び前三項の規定は自然環境保全地域の区域の拡張について、それぞれ準用する。

第二十三条　自然環境保全地域に関する保全計画（自然環境保全地域における自然環境の保全のための規制又は施設に関する計画をいう。以下同じ。）は、環境庁長官が決定する。

２　自然環境保全地域に関する保全計画には、次の各号に掲げる事項を定めるものとする。

３　第十五条第二項の規定は自然環境保全地域に関する保全計画の決定、廃止及び変更について、前条第三項前段の規定は自然環境保全地域に関する保全計画の廃止及び変更について、同条第四項から第六項までの規定は自然環境保全地域に関する保全計画の決定及び変更（前項第二号又は第三号に掲げる事項に係る変更に限る。）について、それぞれ準用する。

第二十四条　自然環境保全地域に関する保全事業（自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて執行する事業であつて、当該地域における自然環境の保全のための施設で政令で定めるものに関するものをいう。以下同じ。）は、国が執行する。

２　地方公共団体は、環境庁長官の承認を受けて、自然環境保全地域に関する保全事業の一部を執行することができる。

第二十五条　環境庁長官は、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、特別地区を指定することができる。

２　第十四条第四項及び第五項の規定は、特別地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

３　環境庁長官は、特別地区を指定し、又はその区域を拡張するときは、あわせて、当該自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内において次項の許可を受けないで行なうことができる木竹の伐採（第十項に規定する行為に該当するものを除く。）の方法及びその限度を農林大臣と協議して指定するものとする。自然環境保全地域に関する保全計画で当該特別地区に係るものの変更（第二十三条第二項第三号に掲げる事項に係る変更以外の変更を除く。）をするときも、同様とする。

４　特別地区内においては、次の各号に掲げる行為は、環境庁長官の許可を受けなければ、してはならない。ただし、非常災害のために必要な応急措置として行なう行為、第一号若しくは第三号に掲げる行為で森林法第二十五条第一項若しくは第二項の規定により指定された保安林の区域若しくは同法第四十一条の規定により指定された保安施設地区（第二十八条第一項において「保安林等の区域」という。）内において同法第三十四条第二項（同法第四十四条において準用する場合を含む。）の許可を受けた者が行なう当該許可に係るもの又は第二号に掲げる行為で前項の規定により環境庁長官が指定する方法により当該限度内において行なうものについては、この限りでない。

５　第十七条第二項の規定は、前項の許可について準用する。

６　環境庁長官は、第四項各号に掲げる行為で総理府令で定める基準に適合しないものについては、同項の許可をしてはならない。

７　特別地区内において非常災害のために必要な応急措置として第四項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境庁長官にその旨を届け出なければならない。

８　特別地区が指定され、若しくはその区域が拡張された際当該特別地区内において第四項第一号若しくは第二号に掲げる行為に着手し、又は同項第三号に規定する湖沼若しくは湿原が指定された際同号に規定する区域内において同号に掲げる行為に着手している者は、その指定又は区域の拡張の日から起算して六月間は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

９　前項に規定する者が同項の期間内に当該行為について環境庁長官に届け出たときは、第四項の許可を受けたものとみなす。

10　次の各号に掲げる行為については、第四項及び第七項の規定は、適用しない。

第二十六条　環境庁長官は、特別地区内における特定の野生動植物の保護のために特に必要があると認めるときは、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、当該保護すべき野生動植物の種類ごとに、野生動植物保護地区を指定することができる。

２　第十四条第四項及び第五項の規定は、野生動植物保護地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

３　何人も、野生動植物保護地区内においては、当該野生動植物保護地区に係る野生動植物（動物の卵を含む。）を捕獲し、又は採取してはならない。ただし、次の各号に掲げる場合は、この限りでない。

4　第十七条第二項の規定は、前項第六号の許可について準用する。

第二十七条　環境庁長官は、自然環境保全地域に関する保全計画に基づいて、その区域内に、海中特別地区を指定することができる。

２　第十四条第四項及び第五項の規定は、海中特別地区の指定及び指定の解除並びにその区域の変更について準用する。

３　海中特別地区内においては、次の各号に掲げる行為は、環境庁長官の許可を受けなければ、してはならない。ただし、非常災害のために必要な応急措置として行なう行為又は第一号から第三号まで及び第六号に掲げる行為で漁具の設置その他漁業を行なうために必要とされるものについては、この限りでない。

４　第十七条第二項の規定は、前項の許可について準用する。

５　環境庁長官は、第三項各号に掲げる行為で総理府令で定める基準に適合しないものについては、同項の許可をしてはならない。

６　海中特別地区内において非常災害のために必要な応急措置として第三項各号に掲げる行為をした者は、その行為をした日から起算して十四日以内に、環境庁長官にその旨を届け出なければならない。

７　海中特別地区が指定され、又はその区域が拡張された際当該海中特別地区内において第三項各号に掲げる行為に着手している者は、その指定又は区域の拡張の日から起算して六月間は、同項の規定にかかわらず、引き続き当該行為をすることができる。

８　前項に規定する者が同項の期間内に当該行為について環境庁長官に届け出たときは、第三項の許可を受けたものとみなす。

９　次の各号に掲げる行為については、第三項及び第六項の規定は、適用しない。

第二十八条　自然環境保全地域の区域のうち特別地区及び海中特別地区に含まれない区域（以下「普通地区」という。）内において次の各号に掲げる行為をしようとする者は、あらかじめ、環境庁長官にその旨を届け出なければならない。ただし、第一号から第三号までに掲げる行為で森林法第三十四条第二項本文の規定に該当するものを保安林等の区域内においてしようとする者及び第一号から第三号までに掲げる行為で海面内において漁具の設置その他漁業を行なうために必要とされるものをしようとする者は、この限りでない。

２　環境庁長官は、前項の規定による届出があつた場合において、自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要があると認めるときは、その届出をした者に対して、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、当該自然環境の保全のために必要な限度において、その届出に係る行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置をとるべき旨を命ずることができる。

３　環境庁長官は、第一項の規定による届出があつた場合において、実地の調査をする必要があるとき、その他前項の期間内に同項の処分をすることができない合理的な理由があるときは、その理由が存続する間、同項の期間を延長することができる。この場合においては、同項の期間内に、第一項の規定による届出をした者に対して、その旨及び期間を延長する理由を通知しなければならない。

４　各の各号に掲げる行為については、前三項の規定は、適用しない。

第二十九条　環境庁長官は、自然環境保全地域における自然環境の保全のために必要な限度において、第二十五条第四項、第二十六条第三項第六号若しくは第二十七条第三項の許可を受けた者若しくは前条第二項の規定により行為を制限され、若しくは必要な措置をとるべき旨を命ぜられた者に対し、当該行為の実施状況その他必要な事項について報告を求め、又はその職員に、自然環境保全地域の区域内の土地若しくは建物内に立ち入り、第二十五条第四項各号、第二十六条第三項本文、第二十七条第三項各号若しくは前条第一項各号に掲げる行為の実施状況を検査させ、若しくはこれらの行為の自然環境に及ぼす影響を調査させることができる。

２　前項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

３　第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第三十条　第十八条の規定は自然環境保全地域の区域内における行為に対する命令について、第二十一条の規定は当該区域内において国の機関又は地方公共団体が行なう行為について、それぞれ準用する。この場合において、第十八条第一項中「前条第一項の規定に違反し、又は同条第二項の規定により許可に附せられた条件」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項若しくは第二十七条第三項の規定に違反し、若しくは第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に附せられた条件に違反した者、第二十八条第一項の規定による届出をせず、同項各号に掲げる行為をした者又は同条第二項の規定による処分」と、第二十一条第一項中「第十七条第一項ただし書又は第十九条第三項第五号」とあるのは「第二十五条第四項、第二十六条第三項第六号又は第二十七条第三項」と、同条第二項中「第十七条第三項」とあるのは「第二十五条第七項、第二十七条第六項又は第二十八条第一項」と、「同項」とあるのは「これら」と読み替えるものとする。

第三十一条　環境庁長官は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、環境庁長官以外の国の機関又は地方公共団体の長は自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、実地調査のため必要があるときは、それぞれその職員に、他人の土地に立ち入り、標識を設置させ、測量させ、又は実地調査の障害となる木竹若しくはかき、さく等を伐採させ、若しくは除去させることができる。ただし、他の法律に実地調査に関する規定があるときは、当該規定の定めるところによる。

２　国の機関又は地方公共団体の長は、その職員に前項の規定による行為をさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者（所有者の住所が明らかでないときは、その占有者。以下この条において同じ。）及び占有者並びに木竹又はかき、さく等の所有者にその旨を通知し、意見書を提出する機会を与えなければならない。

３　第一項の職員は、日出前及び日没後においては、宅地又はかき、さく等で囲まれた土地に立ち入つてはならない。

４　第一項の職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人に提示しなければならない。

５　土地の所有者若しくは占有者又は木竹若しくはかき、さく等の所有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りその他の行為を拒み、又は妨げてはならない。

第三十二条　第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第二十八条第二項の規定による環境庁長官の処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。この場合には、行政不服審査法（昭和三十七年法律第百六十号）による不服申立てをすることができない。

２　行政不服審査法第十八条の規定は、前項の処分につき、処分庁が誤つて審査請求又は異議申立てをすることができる旨を教示した場合に準用する。

第三十三条　国は、第二十五条第四項、第二十六条第三項第六号若しくは第二十七条第三項の許可を得ることができないため、第二十五条第五項、第二十六条第四項若しくは第二十七条第四項において準用する第十七条第二項の規定により許可に条件を附せられたため、又は第二十八条第二項の規定による処分を受けたため損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。

２　前項の補償を受けようとする者は、環境庁長官にこれを請求しなければならない。

３　環境庁長官は、前項の規定による請求を受けたときは、補償すべき金額を決定し、当該請求者にこれを通知しなければならない。

４　国は自然環境保全地域の指定若しくはその区域の拡張、自然環境保全地域に関する保全計画の決定若しくは変更又は国が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、地方公共団体は当該地方公共団体が行なう自然環境保全地域に関する保全事業の執行に関し、第三十一条第一項の規定による当該職員の行為によつて損失を受けた者に対して、通常生ずべき損失を補償する。

５　第二項及び第三項の規定は、前項の規定による損失の補償について準用する。この場合において、第二項及び第三項中「環境庁長官」とあるのは、「主務大臣又は地方公共団体の長」と読み替えるものとする。

第三十四条　前条第三項（同条第五項において準用する場合を含む。）の規定による決定に不服がある者は、その通知を受けた日から起算して三月以内に訴えをもつて補償すべき金額の増額を請求することができる。

２　前項の訴えにおいては、国又は地方公共団体を被告とする。

第三十五条　自然環境保全地域に関する規定の適用に当たつては、当該地域に係る住民の農林漁業等の生業の安定及び福祉の向上に配慮しなければならない。