第七条　希少野生動植物種の個体の所有者又は占有者は、希少野生動植物種を保存することの重要性を自覚し、その個体を適切に取り扱うように努めなければならない。

第八条　環境庁長官は、希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、希少野生動植物種の個体の所有者又は占有者に対し、その個体の取扱いに関し必要な助言又は指導をすることができる。

第九条　国内希少野生動植物種及び緊急指定種（以下この節及び第五十四条第二項において「国内希少野生動植物種等」という。）の生きている個体は、捕獲、採取、殺傷又は損傷（以下「捕獲等」という。）をしてはならない。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。

第十条　学術研究又は繁殖の目的その他総理府令で定める目的で国内希少野生動植物種等の生きている個体の捕獲等をしようとする者（次項に規定する者を除く。）は、環境庁長官の許可を受けなければならない。

２　第三十条第一項の事業に係る譲渡し又は引渡しのためにする繁殖の目的で特定国内希少野生動植物種の生きている個体の捕獲等をしようとする者は、環境庁長官及び農林水産大臣の許可を受けなければならない。

３　第一項の許可を受けようとする者は、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に許可の申請をしなければならない。

４　環境庁長官は、前項の申請に係る捕獲等について次の各号のいずれかに該当する事由があるときは、第一項の許可をしてはならない。

５　環境庁長官は、国内希少野生動植物種等の保存のため必要があると認めるときは、その必要の限度において、第一項の許可に条件を付することができる。

６　環境庁長官は、第一項の許可をしたときは、総理府令で定めるところにより、許可証を交付しなければならない。

７　第一項の許可を受けた者のうち法人であるものその他その許可に係る捕獲等に他人を従事させることについてやむを得ない事由があるものとして総理府令で定めるものは、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に申請をして、その者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者であることを証明する従事者証の交付を受けることができる。

８　第一項の許可を受けた者は、その者若しくはその者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者が第六項の許可証若しくは前項の従事者証を亡失し、又はその許可証若しくは従事者証が滅失したときは、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に申請をして、その許可証又は従事者証の再交付を受けることができる。

９　第一項の許可を受けた者又はその者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者は、捕獲等をするときは、第六項の許可証又は第七項の従事者証を携帯しなければならない。

10　第一項の許可を受けて捕獲等をした者は、その捕獲等に係る個体を、適当な飼養栽培施設に収容することその他の総理府令で定める方法により適切に取り扱わなければならない。

11　第三項から第六項までの規定は第二項の許可について、第七項及び第八項の規定は第二項の許可を受けた者について、第九項の規定は第二項の許可を受けた者又はその者の監督の下にその許可に係る捕獲等に従事する者について、前項の規定は第二項の許可を受けて捕獲等をした者について準用する。この場合において、第三項、第六項から第八項まで及び前項中「総理府令」とあるのは「総理府令、農林水産省令」と、第三項から第八項までの規定中「環境庁長官」とあるのは「環境庁長官及び農林水産大臣」と、第四項第一号中「第一項に規定する目的」とあるのは「第二項に規定する目的」と、第五項中「国内希少野生動植物種等の保存のため必要がある」とあるのは「特定国内希少野生動植物種の個体の繁殖を促進して希少野生動植物種の保存に資するため必要がある」と読み替えるものとする。

第十一条　環境庁長官は、前条第一項の許可を受けた者が同条第十項の規定に違反し、又は同条第五項の規定により付された条件に違反した場合において、国内希少野生動植物種等の保存のため必要があると認めるときは、飼養栽培施設の改善その他の必要な措置をとるべきことを命令することができる。

２　環境庁長官は、前条第一項の許可を受けた者がこの法律若しくはこの法律に基づく命令の規定又はこの法律に基づく処分に違反した場合において国内希少野生動植物種等の保存に支障を及ぼすと認めるときは、その許可を取り消すことができる。

３　前二項の規定は、前条第二項の許可を受けた者について準用する。この場合において、前二項中「環境庁長官」とあるのは「環境庁長官及び農林水産大臣」と、第一項中「国内希少野生動植物種等の保存のため必要がある」とあるのは「特定国内希少野生動植物種の個体の繁殖を促進して希少野生動植物種の保存に資するため必要がある」と、前項中「国内希少野生動植物種等の保存に支障を及ぼす」とあるのは「特定国内希少野生動植物種の個体の繁殖を促進して希少野生動植物種の保存に資することに支障を及ぼす」と読み替えるものとする。

第十二条　希少野生動植物種の個体は、譲渡し若しくは譲受け又は引渡し若しくは引取り（以下「譲渡し等」という。）をしてはならない。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。

２　環境庁長官は、前項第五号又は第六号の総理府令の制定又は改廃に当たってその立案をするときは、農林水産大臣及び通商産業大臣に協議しなければならない。

第十三条　学術研究又は繁殖の目的その他総理府令で定める目的で希少野生動植物種の個体の譲渡し等をしようとする者（前条第一項第二号から第六号までに掲げる場合のいずれかに該当して譲渡し等をしようとする者を除く。）は、環境庁長官の許可を受けなければならない。

２　前項の許可を受けようとする者は、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に許可の申請をしなければならない。

３　環境庁長官は、前項の申請に係る譲渡し等について次の各号のいずれかに該当する事由があるときは、第一項の許可をしてはならない。

４　第十条第五項の規定は第一項の許可について、同条第十項の規定は第一項の許可を受けて譲受け又は引取りをした者について、前条第二項の規定は第一項の総理府令の制定又は改廃について準用する。この場合において、第十条第十項中「その捕獲等に係る個体」とあるのは、「その譲受け又は引取りに係る個体」と読み替えるものとする。

第十四条　環境庁長官は、前条第一項の許可を受けた者が同条第四項において準用する第十条第十項の規定に違反し、又は前条第四項において準用する第十条第五項の規定により付された条件に違反した場合において、希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、飼養栽培施設の改善その他の必要な措置をとるべきことを命ずることができる。

第十五条　特定国内希少野生動植物種以外の国内希少野生動植物種の個体は、輸出し、又は輸入してはならない。ただし、その輸出又は輸入が、国際的に協力して学術研究をする目的でするものその他の特に必要なものであること、国内希少野生動植物種の本邦における保存に支障を及ぼさないものであることその他の政令で定める要件に該当するときは、この限りでない。

２　特定国内希少野生動植物種以外の希少野生動植物種の個体を輸出し、又は輸入しようとする者は、外国為替及び外国貿易管理法（昭和二十四年法律第二百二十八号）第四十八条第三項又は第五十二条の規定により、輸出又は輸入の承認を受ける義務を課せられるものとする。

第十六条　通商産業大臣は、外国為替及び外国貿易管理法第五十二条の規定に基づく政令の規定による承認を受けないで特定国内希少野生動植物種以外の希少野生動植物種の個体が輸入された場合において必要があると認めるときは、その個体を輸入した者に対し、輸出国内又は原産国内のその保護のために適当な施設その他の場所を指定してその個体を返送することを命ずることができる。

２　環境庁長官及び通商産業大臣は、外国為替及び外国貿易管理法第五十二条の規定に基づく政令の規定による承認を受けないで特定国内希少野生動植物種以外の希少野生動植物種の個体を輸入した者からその個体がその承認を受けないで輸入されたものであることを知りながら第十二条第一項の規定に違反してその個体の譲受けをした者がある場合において、必要があると認めるときは、その者に対し、輸出国内又は原産国内のその保護のために適当な施設その他の場所を指定してその個体を返送することを命ずることができる。

３　通商産業大臣が第一項の規定による命令をした場合又は環境庁長官及び通商産業大臣が前項の規定による命令をした場合において、その命令をされた者がその命令に係る返送をしないときは、通産業大臣又は環境庁長官及び通商産業大臣（第五十二条において「通商産業大臣等」という。）は、自らその個体を前二項に規定する施設その他の場所に返送するとともに、その費用の全部又は一部をその者に負担させることができる。

第十七条　希少野生動植物種の個体は、販売又は頒布をする目的で陳列をしてはならない。ただし、特定国内希少野生動植物種の個体、第九条第二号に該当して捕獲等をした国内希少野生動植物種等の個体及び第二十条第一項の登録を受けた国際希少野生動植物種の個体の陳列をする場合その他希少野生動植物種の保存に支障を及ぼすおそれがない場合として総理府令で定める場合は、この限りでない。

第十八条　環境庁長官は、前条の規定に違反して希少野生動植物種の個体の陳列をしている者に対し、陳列の中止その他の同条の規定が遵守されることを確保するため必要な事項を命ずることができる。

第十九条　次の各号に掲げる大臣は、この法律の施行に必要な限度において、それぞれ当該各号に規定する者に対し、希少野生動植物種の個体の取扱いの状況その他必要な事項について報告を求め、又はその職員に、希少野生動植物種の個体の捕獲等、譲渡し等、輸入若しくは陣列に係る施設に立ち入り、希少野生動植物種の個体、飼養栽培施設、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。

２　前項の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。

３　第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第二十条　国際希少野生動植物種の個体で商業的目的で繁殖させたものであることその他の要件で政令で定めるものに該当するものの正当な権原に基づく占有者は、その個体について環境庁長官の登録を受けることができる。

２　前項の登録（以下この節において「登録」という。）を受けようとする者は、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に登録の申請をしなければならない。

３　環境庁長官は、登録をしたときは、その申請をした者に対し、総理府令で定めるところにより、登録票を交付しなければならない。

４　登録を受けた国際希少野生動植物種の個体の正当な権原に基づく占有者は、前項の登録票（以下この節において「登録票」という。）でその個体に係るものを亡失し、又は登録票が滅失したときは、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に申請をして、登録票の再交付を受けることができる。

５　第十二条第二項の規定は、第二項の総理府令の制定又は改廃について準用する。

第二十一条　登録を受けた国際希少野生動植物種の個体は、販売又は頒布をする目的で陳列をするときは、その個体に係る登録票を備え付けておかなければならない。

２　登録を受けた国際希少野生動植物種の個体の譲渡し等は、その個体に係る登録票とともにしなければならない。

３　登録票は、その登録票に係る国際希少野生動植物種の個体とともにする場合を除いては、譲渡し等をしてはならない。

４　登録を受けた国際希少野生動植物種の個体の譲受け又は引取りをした者は、総理府令で定めるところにより、その日から起算して三十日を経過する日までの間に環境庁長官にその旨を届け出なければならない。

第二十二条　登録票（第二号に掲げる場合にあっては、回復した登録票）は、次に掲げる場合のいずれかに該当することとなったときは、その日から起算して三十日を経過する日までの間に環境庁長官に返納しなければならない。

２　第二十条第四項の規定は、盗難その他の事由により登録を受けた国際希少野生動植物種の個体を亡失したことによって前項第一号に掲げる場合に該当して同項の規定により登録票を環境庁長官に返納した後その個体を回復した場合について準用する。

第二十三条　環境庁長官は、総理府令で定めるところにより、前三条に規定する環境庁長官の事務（以下この節及び第六十三条第一号において「登録関係事務」という。）のうち総理府令で定める個体に関するものを、民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条の規定により設立された法人でその登録関係事務を適正かつ確実に実施することができるものとして環境庁長官がその申請により指定するものに行わせることができる。

２　環境庁長官は、前項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、同項の規定による指定（以下第二十六条までにおいて「指定」という。）をしてはならない。

３　環境庁長官は、指定をしたときは、指定に係る個体に関する登録関係事務を行わないものとする。

４　環境庁長官は、指定をしたときは、その旨を官報で公示しなければならない。

５　指定を受けた法人（以下この節及び第六十三条において「指定登録機関」という。）がその登録関係事務を行う場合における前三条の規定の適用については、これらの規定中「環境庁長官」とあるのは、「指定登録機関」とする。

第二十四条　指定登録機関は、その登録関係事務の開始前に、総理府令で定めるところにより、その登録関係事務の実施に関する規程を定め、環境庁長官の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。

２　指定登録機関は、毎事業年度の事業計画及び収支予算を作成し、その事業年度の開始前に（指定を受けた日の属する事業年度にあっては、指定を受けた後遅滞なく）環境庁長官の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。

３　指定登録機関は、毎事業年度の経過後三月以内に、その事業年度の事業報告書及び収支決算書を作成し、環境庁長官に提出しなければならない。

４　指定登録機関は、環境庁長官の許可を受けなければ、その登録関係事務の全部又は一部を休止し、又は廃止してはならない。

５　環境庁長官は、指定登録機関が前項の許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を休止したとき、又は指定登録機関が天災その他の事由によりその登録関係事務の全部若しくは一部を実施することが困難となった場合において必要があると認めるときは、その登録関係事務の全部又は一部を自ら行うものとする。

６　環境庁長官が前項の規定により登録関係事務の全部若しくは一部を自ら行う場合、指定登録機関が第四項の許可を受けてその登録関係事務の全部若しくは一部を廃止する場合又は環境庁長官が第二十六条第三項若しくは第四項の規定により指定を取り消した場合における登録関係事務の引継ぎその他の必要な事項は、総理府令で定める。

第二十五条　指定登録機関の役員若しくは職員又はこれらの職にあった者は、その登録関係事務に関し知り得た秘密を漏らしてはならない。

２　登録関係事務に従事する指定登録機関の役員又は職員は、刑法（明治四十年法律第四十五号）その他の罰則の適用については、法令により公務に従事する職員とみなす。

第二十六条　環境庁長官は、この節の規定の施行に必要な限度において、指定登録機関に対し、その登録関係事務に関し監督上必要な事項を命ずることができる。

２　環境庁長官は、指定登録機関の役員が第二十四条第一項から第四項まで若しくは前条第一項の規定に違反する行為をしたとき、第二十四条第一項の規程によらないでその登録関係事務を実施したとき、又は前項の規定による命令に違反する行為をしたときは、指定登録機関に対し、その役員を解任すべきことを命ずることができる。

３　環境庁長官は、指定登録機関が第二十三条第二項第一号又は第三号に該当するに至ったときは、指定を取り消さなければならない。

４　環境庁長官は、指定登録機関が第二十四条第一項から第四項までの規定に違反したとき、同条第一項の規程によらないでその登録関係事務を実施したとき、第一項又は第二項の規定による命令に違反したときその他その登録関係事務を適正かつ確実に実施することができないと認めるときは、指定を取り消すことができる。

５　第二十三条第四項の規定は、前二項の規定による指定の取消しについて準用する。

第二十七条　環境庁長官は、この節の規定の施行に必要な限度において、指定登録機関に対し、その登録関係事務に関し報告を求め、又はその職員に、指定登録機関の事務所に立ち入り、指定登録機関の帳簿、書類その他必要な物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。

２　前項の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。

３　第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第二十八条　指定登録機関が行う登録関係事務に係る処分又はその不作為について不服がある者は、環境庁長官に対し、行政不服審査法（昭和三十七年法律第百六十号）による審査請求をすることができる。

第二十九条　次に掲げる者は、実費を勘案して政令で定める額の手数料を国（指定登録機関が登録関係事務を行う場合にあっては、指定登録機関）に納めなければならない。

２　前項の規定により指定登録機関に納められた手数料は、指定登録機関の収入とする。

第三十条　特定国内希少野生動植物種の個体の譲渡し又は引渡しの業務を伴う事業（以下この節及び第六十一条第二号において「特定事業」という。）を行おうとする者（次項に規定する者を除く。）は、あらかじめ、次に掲げる事項を環境庁長官及び農林水産大臣に届け出なければならない。

２　特定事業のうち加工品等に係るものを行おうとする者は、あらかじめ、次に掲げる事項を、環境庁長官及び加工品等の種別に応じて政令で定める大臣（以下この節において「特定大臣」という。）に届け出なければならない。

３　第一項の規定による届出をした者は、その届出に係る事項に変更があったとき、又は特定事業を廃止したときは、その日から起算して三十日を経過する日までの間に、その旨を環境庁長官及び農林水産大臣に届け出なければならない。

４　第一項及び前項に定めるもののほか、これらの規定による届出に関し必要な事項は、総理府令、農林水産省令で定める。

５　第三項の規定は第二項の規定による届出をした者について、前項の規定は第二項の規定による届出について準用する。この場合において、第三項中「農林水産大臣」とあるのは「特定大臣」と、前項中「総理府令、農林水産省令」とあるのは「内閣総理大臣及び特定大臣の発する命令」と読み替えるものとする。

第三十一条　前条第一項の規定による届出をして特定事業を行う者は、その特定事業に関し特定国内希少野生動植物種の個体の譲受け又は引取りをするときは、その個体の譲渡人又は引渡人の氏名又は名称及び住所並びにこれらの者が法人である場合にはその代表者の氏名を確認するとともに、次に掲げる事項についてその譲渡人又は引渡人から聴取しなければならない。

２　前条第一項の規定による届出をして特定事業を行う者は、総理府令、農林水産省令で定めるところにより、前項の規定により確認し又は聴取した事項その他特定国内希少野生動植物種の個体の譲渡し等に関する事項を書類に記載し、及びこれを保存しなければならない。

３　前二項の規定は、前条第二項の規定による届出をして特定事業を行う者について準用する。

第三十二条　環境庁長官及び農林水産大臣は、第三十条第一項の規定による届出をして特定事業を行う者が前条第一項又は第二項の規定に違反した場合においてその特定事業を適正化して希少野生動植物種の保存に資するため必要があると認めるときは、その者に対し、これらの規定が遵守されることを確保するため必要な事項について指示をすることができる。

２　環境庁長官及び農林水産大臣は、第三十条第一項の規定による届出をして特定事業を行う者が前項の指示に違反した場合においてその特定事業を適正化して希少野生動植物種の保存に資することに支障を及ぼすと認めるときは、その者に対し、三月を超えない範囲内で期間を定めて、その特定事業に係る特定国内希少野生動植物種の個体の譲渡し又は引渡しの業務の全部又は一部の停止を命ずることができる。

３　前二項の規定は、第三十条第二項の規定による届出をして特定事業を行う者について準用する。この場合において、前二項中「農林水産大臣」とあるのは「特定大臣」と、第一項中「前条第一項又は第二項」とあるのは「前条第三項において準用する同条第一項又は第二項」と読み替えるものとする。

第三十三条　環境庁長官及び農林水産大臣は、この節の規定の施行に必要な限度において、第三十条第一項の規定による届出をして特定事業を行う者に対し、その特定事業に関し報告を求め、又はその職員に、その特定事業を行うための施設に立ち入り、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。

２　前項の規定は、第三十条第二項の規定による届出をして特定事業を行う者について準用する。この場合において、前項中「農林水産大臣」とあるのは、「特定大臣」と読み替えるものとする。

３　第一項（前項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の規定による立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。

４　第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第三十四条　土地の所有者又は占有者は、その土地の利用に当たっては、国内希少野生動植物種の保存に留意しなければならない。

第三十五条　環境庁長官は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、土地の所有者又は占有者に対し、その土地の利用の方法その他の事項に関し必要な助言又は指導をすることができる。

第三十六条　環境庁長官は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、その個体の生息地又は生育地及びこれらと一体的にその保護を図る必要がある区域であって、その個体の分布状況及び生態その他その個体の生息又は生育の状況を勘案してその国内希少野生動植物種の保存のため重要と認めるものを、生息地等保護区として指定することができる。

２　前項の規定による指定（以下この条において「指定」という。）は、指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針を定めてするものとする。

３　環境庁長官は、指定をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、自然環境保全審議会及び関係地方公共団体の意見を聴かなければならない。

４　環境庁長官は、指定をしようとするときは、あらかじめ、総理府令で定めるところにより、その旨を公告し、公告した日から起算して十四日を経過する日までの間、指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針の案（次項及び第六項において「指定案」という。）を公衆の縦覧に供しなければならない。

５　前項の規定による公告があったときは、指定をしようとする区域の住民及び利害関係人は、同項に規定する期間が経過する日までの間に、環境庁長官に指定案についての意見書を提出することができる。

６　環境庁長官は、指定案について異議がある旨の前項の意見書の提出があったときその他指定に関し広く意見を聴く必要があると認めるときは、公聴会を開催するものとする。

７　環境庁長官は、指定をするときは、その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針を官報で公示しなければならない。

８　指定は、前項の規定による公示によってその効力を生ずる。

９　環境庁長官は、生息地等保護区に係る国内希少野生動植物種の個体の生息又は生育の状況の変化その他の事情の変化により指定の必要がなくなったと認めるとき又は指定を継続することが適当でないと認めるときは、指定を解除しなければならない。

10　第三項、第七項及び第八項の規定は、前項の規定による指定の解除について準用する。この場合において、第七項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは「その旨及び解除に係る指定の区域」と、第八項中「前項の規定による公示」とあるのは「第十項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。

11　生息地等保護区の区域内（次条第四項第八号に掲げる行為については、同号に規定する湖沼又は湿原の周辺一キロメートルの区域内）において同項各号に掲げる行為をする者は、第二項の指針に留意しつつ、国内希少野生動植物種の保存に支障を及ぼさない方法でその行為をしなければならない。

第三十七条　環境庁長官は、生息地等保護区の区域内で国内希少野生動植物種の保存のため特に必要があると認める区域を管理地区として指定することができる。

２　環境庁長官は、管理地区に係る国内希少野生動植物種の個体の生息又は生育の状況の変化その他の事情の変化により前項の規定による指定の必要がなくなったと認めるとき又はその指定を継続することが適当でないと認めるときは、その指定を解除しなければならない。

３　前条第二項から第八項までの規定は第一項の規定による指定について、同条第三項、第七項及び第八項の規定は前項の規定による指定の解除について準用する。この場合において、同条第七項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは前項の規定による指定の解除については「その旨及び解除に係る指定の区域」と、同条第八項中「前項の規定による公示」とあるのは「次条第三項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。

４　管理地区の区域内（第八号に掲げる行為については、同号に規定する湖沼又は湿原の周辺一キロメートルの区域内。第四十条第一項及び第四十一条第一項において同じ。）においては、次に掲げる行為（第十号から第十四号までに掲げる行為については、環境庁長官が指定する区域内及びその区域ごとに指定する期間内においてするものに限る。）は、環境庁長官の許可を受けなければ、してはならない。

５　前項の許可を受けようとする者は、総理府令で定めるところにより、環境庁長官に許可の申請をしなければならない。

６　環境庁長官は、前項の申請に係る行為が第三項において準用する前条第二項の指針に適合しないものであるときは、第四項の許可をしないことができる。

７　環境庁長官は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、その必要の限度において、第四項の許可に条件を付することができる。

８　第四項の規定により同項各号に掲げる行為が規制されることとなった時において既に同項各号に掲げる行為に着手している者は、その規制されることとなった日から起算して三月を経過する日までの間に環境庁長官に総理府令で定める事項を届け出たときは、同項の規定にかかわらず、引き続きその行為をすることができる。

９　次に掲げる行為については、第四項の規定は、適用しない。

10　前項第一号に掲げる行為であって第四項各号に掲げる行為に該当するものをした者は、その日から起算して十四日を経過する日までの間に環境庁長官にその旨を届け出なければならない。

第三十八条　環境庁長官は、管理地区の区域内で国内希少野生動植物種の個体の生息又は生育のため特にその保護を図る必要があると認める場所を、立入制限地区として指定することができる。

２　環境庁長官は、前項の規定による指定をしようとするときは、その場所の土地の所有者又は占有者（正当な権原を有する者に限る。次項及び第四十二条第二項において同じ。）の同意を得るとともに、関係行政機関の長に協議しなければならない。

３　環境庁長官は、土地の所有者又は占有者が正当な理由により第一項の規定による指定を解除するよう求めたとき、又はその指定の必要がなくなったと認めるときは、その指定を解除しなければならない。

４　何人も、環境庁長官が定める期間内は、立入制限地区の区域内に立ち入ってはならない。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。

５　第三十六条第七項及び第八項の規定は第一項の規定による指定及び第三項の規定による指定の解除について、前条第五項及び第七項の規定は前項第三号の許可について準用する。この場合において、第三十六条第七項中「その旨並びに指定の区域、指定に係る国内希少野生動植物種及び指定の区域の保護に関する指針」とあるのは、第一項の規定による指定については「その旨及び指定の区域」と、第三項の規定による指定の解除については「その旨及び解除に係る指定の区域」と、同条第八項中「前項の規定による公示」とあるのは、「第三十八条第五項において準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。

第三十九条　生息地等保護区の区域で管理地区の区域に属さない部分（次条第一項及び第四十一条第一項において「監視地区」という。）の区域内において第三十七条第四項第一号から第五号までに掲げる行為をしようとする者は、あらかじめ、環境庁長官に総理府令で定める事項を届け出なければならない。

２　環境庁長官は、前項の規定による届出（以下この条において「届出」という。）があった場合において届出に係る行為が第三十六条第二項の指針に適合しないものであるときは、届出をした者に対し、届出に係る行為をすることを禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置をとるべきことを命ずることができる。

３　前項の規定による命令は、届出があった日から起算して三十日（三十日を経過する日までの間に同項の規定による命令をすることができない合理的な理由があるときは、届出があった日から起算して六十日を超えない範囲内で環境庁長官が定める期間）を経過した後又は第五項ただし書の規定による通知をした後は、することができない。

４　環境庁長官は、前項の規定により期間を定めたときは、これに係る届出をした者に対し、遅滞なくその旨及びその理由を通知しなければならない。

５　届出をした者は、届出をした日から起算して三十日（第三項の規定により環境庁長官が期間を定めたときは、その期間）を経過した後でなければ、届出に係る行為に着手してはならない。ただし、環境庁長官が国内希少野生動植物種の保存に支障を及ぼすおそれがないと認めてその者に通知したときは、この限りでない。

６　次に掲げる行為については、第一項の規定は、適用しない。

第四十条　環境庁長官は、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、管理地区の区域内において第三十七条第四項各号に掲げる行為をしている者又は監視地区の区域内において同項第一号から第五号までに掲げる行為をしている者に対し、その行為の実施方法について指示をすることができる。

２　環境庁長官は、第三十七条第四項若しくは第三十八条第四項の規定に違反した者、第三十七条第七項（第三十八条第五項において準用する場合を含む。）の規定により付された条件に違反した者、前条第一項の規定による届出をしないで同項に規定する行為をした者又は同条第二項の規定による命令に違反した者がその違反行為によって国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護に支障を及ぼした場合において、国内希少野生動植物種の保存のため必要があると認めるときは、これらの者に対し、相当の期限を定めて、原状回復を命じ、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるべきことを命ずることができる。

３　環境庁長官は、前項の規定による命令をした場合において、その命令をされた者がその命令に係る期限までにその命令に係る措置をとらないときは、自ら原状回復をし、その他国内希少野生動植物種の個体の生息地又は生育地の保護のため必要な措置をとるとともに、その費用の全部又は一部をその者に負担させることができる。

第四十一条　環境庁長官は、この法律の施行に必要な限度において、管理地区の区域内において第三十七条第四項各号に掲げる行為をした者又は監視地区の区域内において同項第一号から第五号までに掲げる行為をした者に対し、その行為の実施状況その他必要な事項について報告を求めることができる。

２　環境庁長官は、この法律の施行に必要な限度において、その職員に、生息地等保護区の区域内において前項に規定する者が所有し、又は占有する土地に立ち入り、その者がした行為の実施状況について検査させ、若しくは関係者に質問させ、又はその行為が国内希少野生動植物種の保存に及ぼす影響について調査をさせることができる。

３　前項の規定による立入検査又は立入調査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。

４　第一項及び第二項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第四十二条　環境庁長官は、第三十六条第一項、第三十七条第一項又は第三十八条第一項の規定による指定をするための実地調査に必要な限度において、その職員に、他人の土地に立ち入らせることができる。

２　環境庁長官は、その職員に前項の規定による立入りをさせようとするときは、あらかじめ、土地の所有者又は占有者にその旨を通知し、意見を述べる機会を与えなければならない。

３　第一項の規定による立入りをする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係者に提示しなければならない。

４　土地の所有者又は占有者は、正当な理由がない限り、第一項の規定による立入りを拒み、又は妨げてはならない。

第四十三条　第三十七条第四項、第三十九条第二項又は第四十条第二項の規定による処分に不服がある者は、その不服の理由が鉱業、採石業又は砂利採取業との調整に関するものであるときは、公害等調整委員会に裁定を申請することができる。この場合には、行政不服審査法による不服申立てをすることができない。

２　行政不服審査法第十八条の規定は、前項の処分について、処分庁が誤って審査請求又は異議申立てをすることができる旨を教示した場合に準用する。

第四十四条　国は、第三十七条第四項の許可を受けることができないため、同条第七項の規定により条件を付されたため又は第三十九条第二項の規定による命令をされたため損失を受けた者に対し、通常生ずべき損失の補償をする。

２　前項の補償を受けようとする者は、環境庁長官にその請求をしなければならない。

３　環境庁長官は、前項の請求を受けたときは、補償をすべき金額を決定し、その請求をした者に通知しなければならない。

４　前項の規定による金額の決定に不服がある者は、同項の規定による通知を受けた日から起算して三月を経過する日までの間に、訴えをもってその増額の請求をすることができる。

５　前項の訴えにおいては、国を被告とする。