（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から施行する。ただし、次条、附則第四条、第五条及び第七条から第二十四条までの規定は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
（経過措置）
第三条 機構の平成三年四月一日に始まる事業年度は、その解散の日の前日に終わるものとする。
２ 機構の平成三年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに財産目録、貸借対照表及び損益計算書（以下この項において「財務諸表」という。）については、なお従前の例による。この場合において、当該財務諸表の提出の期限は、当該事業年度の終了後六月以内とする。
３ 機構の平成三年四月一日に始まる事業年度における新幹線鉄道保有機構法第二十一条第一項の規定による貸付けに係る貸付料の年額は、同法第二十三条第一項及び附則第十四条第一項の規定にかかわらず、同条第二項及び第三項の基準に適合するように定められた当該貸付料の年額に政令で定める割合を乗じて得た額を基準として定めるものとする。
４ 新幹線鉄道保有機構法第二十一条第二項の規定は前項の規定による貸付料の年額について、同法第四十条の規定はこの項において準用する同法第二十一条第二項の規定による認可について、同法第四十三条の規定は当該認可に係る違反行為をした機構の役員又は職員について準用する。
５ 第二条の規定による新幹線鉄道施設の譲渡に関する新幹線鉄道保有機構法第三十四条第一項の規定の適用については、同項中「第二十一条第一項」とあるのは、「新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律第二条の規定による場合を除き、第二十一条第一項」とする。
６ 第二条の規定により機構が旅客鉄道株式会社に対し譲渡する新幹線鉄道施設に係る土地については、日本国有鉄道改革法等施行法（昭和六十一年法律第九十三号。次条において「施行法」という。）第三十二条の規定は、適用しない。
第四条 施行法附則第二十六条第一項の規定により第五条第一項の規定による解散前の機構（以下「旧機構」という。）に対して港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第三十七条第一項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づくものとみなされた行為は、第二条の規定により当該行為に係る新幹線鉄道施設を譲り受けた旅客鉄道株式会社に対して同項の規定により港湾管理者の長がした許可に基づく行為とみなす。
２ 附則第二十一条の規定による改正前の施行法附則第三十二条第六項の規定により旧機構に対し全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第六条第一項の規定による建設主体の指名及び同法第八条の規定による建設の指示が行われたものとみなされた建設線の区間については、施行法附則第三十二条第五項の規定にかかわらず、第五条第一項の規定による機構の解散の時において、東日本旅客鉄道株式会社に対し全国新幹線鉄道整備法第六条第一項の規定による建設主体の指名及び同法第八条の規定による建設の指示が行われたものとみなす。
３ 附則第二十一条の規定による改正前の施行法附則第三十二条第八項の規定により旧機構に対しされたものとみなされた全国新幹線鉄道整備法第九条第一項の規定による工事実施計画の認可及び旧機構に対しされた同項の規定による工事実施計画の認可は、東日本旅客鉄道株式会社に対しされた同項の規定による工事実施計画の認可とみなす。
４ 施行法附則第三十九条の規定により旧機構に対して道路法（昭和二十七年法律第百八十号）第三十二条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づくものとみなされた占用並びに旧機構に対して同条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用は、第二条の規定により当該占用に係る新幹線鉄道施設を譲り受けた旅客鉄道株式会社に対して同法第三十二条第一項及び第三項の規定により道路管理者がした許可に基づく占用とみなす。
５ 施行法第三十一条の規定は、第二条の規定により新幹線鉄道施設の譲渡が行われた場合において日本国有鉄道清算事業団の土地に存することとなった当該譲渡に係る新幹線鉄道施設で施行法第二条第六号に規定する承継法人である旅客鉄道株式会社がその事業の用に供するものについて準用する。
６ 前二条の規定により旅客鉄道株式会社が新幹線鉄道施設を譲り受ける場合における当該新幹線鉄道施設の取得に対しては、不動産取得税を課することができない。
第五条 附則第二条の規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第六条 前三条に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
（地方税法の一部改正）
第七条 地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）の一部を次のように改正する。
第七十二条の五第一項第七号中「、新エネルギー・産業技術総合開発機構及び新幹線鉄道保有機構」を「及び新エネルギー・産業技術総合開発機構」に改める。
第三百四十八条第五項中「若しくは新幹線鉄道保有機構法（昭和六十一年法律第八十九号）第二十一条第一項」を削る。
第三百四十九条の三第二項中「、本州四国連絡橋公団若しくは新幹線鉄道保有機構」を「若しくは本州四国連絡橋公団」に改める。
第五百八十六条第二項第二十六号中「第七号の四」を「第八号」に改める。
附則第十一条第九項中「、新幹線鉄道保有機構」を削り、「承継した家屋（」の下に「新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律（平成三年法律第四十五号）第二条に規定する旅客鉄道株式会社が同条の規定により同法第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構から譲り受けた家屋を含み、」を加える。
附則第十五条の二第一項第一号中「若しくは」を「又は」に改め、「又は新幹線鉄道保有機構」を削り、「固定資産」の下に「（新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律第二条に規定する旅客鉄道株式会社が同条の規定により同法第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構から譲り受けた固定資産を含む。）」を加える。
附則第十五条の三第一項中「若しくは」を「又は」に改め、「又は新幹線鉄道保有機構」を削り、「承継した固定資産」の下に「（新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律（以下本項及び次項において「譲渡法」という。）第二条に規定する旅客鉄道株式会社が同条の規定により譲渡法第五条第一項の規定による解散前の新幹線鉄道保有機構（次項において「旧機構」という。）から譲り受けた固定資産を含む。）」を加え、同条第二項中「家屋又は償却資産（」の下に「譲渡法第二条に規定する旅客鉄道株式会社が同条の規定により旧機構から譲り受けた家屋又は償却資産を含み、」を加える。
（土地収用法の一部改正）
第八条 土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）の一部を次のように改正する。
（地方財政再建促進特別措置法の一部改正）
第十条 地方財政再建促進特別措置法（昭和三十年法律第百九十五号）の一部を次のように改正する。
第二十四条第二項中「、新エネルギー・産業技術総合開発機構若しくは新幹線鉄道保有機構」を「若しくは新エネルギー・産業技術総合開発機構」に改める。
（高速自動車国道法の一部改正）
第十一条 高速自動車国道法（昭和三十二年法律第七十九号）の一部を次のように改正する。
第十二条第一項及び第三項中「、新幹線鉄道保有機構」を削る。
（国家公務員等共済組合法の一部改正）
第十二条 国家公務員等共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）の一部を次のように改正する。
（公共用地の取得に関する特別措置法の一部改正）
第十三条 公共用地の取得に関する特別措置法（昭和三十六年法律第百五十号）の一部を次のように改正する。
第二条第二号中「、本州四国連絡橋公団又は新幹線鉄道保有機構」を「又は本州四国連絡橋公団」に改める。
（日本鉄道建設公団法の一部改正）
第十四条 日本鉄道建設公団法（昭和三十九年法律第三号）の一部を次のように改正する。
第十二条第二号中「又は新幹線鉄道保有機構」を削る。
（所得税法の一部改正）
第十五条 所得税法（昭和四十年法律第三十三号）の一部を次のように改正する。
（法人税法の一部改正）
第十六条 法人税法（昭和四十年法律第三十四号）の一部を次のように改正する。
（印紙税法の一部改正）
第十七条 印紙税法（昭和四十二年法律第二十三号）の一部を次のように改正する。
（登録免許税法の一部改正）
第十八条 登録免許税法（昭和四十二年法律第三十五号）の一部を次のように改正する。
別表第三中十五の二の項を削り、十五の三の項を十五の二の項とする。
（日本国有鉄道改革法の一部改正）
第十九条 日本国有鉄道改革法の一部を次のように改正する。
第十一条第二項中「から前条まで」を「、前三条」に改め、「、機構」を削る。
（鉄道事業法の一部改正）
第二十条 鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）の一部を次のように改正する。
第五十九条第一項中「、新幹線鉄道保有機構」を削り、同条第二項中「若しくは新幹線鉄道保有機構」を削る。
（日本国有鉄道改革法等施行法の一部改正）
第二十一条 日本国有鉄道改革法等施行法の一部を次のように改正する。
第一条中「、新幹線鉄道保有機構法（昭和六十一年法律第八十九号）」を削る。
第二十七条第十項中「新幹線鉄道保有機構及び」を削り、同条第十三項を削り、同条第十四項を同条第十三項とし、同条第十五項中「第三十一条の」を「第三十一条（新幹線鉄道に係る鉄道施設の譲渡等に関する法律（平成三年法律第四十五号）附則第四条第五項において準用する場合を含む。）の」に、「第十七項」を「第十六項」に改め、同項を同条第十四項とし、同条第十六項を同条第十五項とし、同条第十七項を同条第十六項とする。
附則第三十二条第六項を削り、同条第七項を同条第六項とし、同条第八項中「前三項」を「前二項」に改め、同項を同条第七項とし、同条第九項を同条第八項とする。
（旅客鉄道株式会社が建設主体とされている新幹線鉄道の建設に関する事業の日本鉄道建設公団への引継ぎに関する法律の一部改正）
第二十二条 旅客鉄道株式会社が建設主体とされている新幹線鉄道の建設に関する事業の日本鉄道建設公団への引継ぎに関する法律（昭和六十二年法律第百四号）の一部を次のように改正する。
第三条第二項中「第三十二条第八項」を「第三十二条第七項」に改める。
（消費税法の一部改正）
第二十三条 消費税法（昭和六十三年法律第百八号）の一部を次のように改正する。
（運輸省設置法の一部改正）
第二十四条 運輸省設置法（昭和二十四年法律第百五十七号）の一部を次のように改正する。
第三条の二第一項第百六十五号中「、新幹線鉄道保有機構」を削る。