（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第二条中自衛隊法目次の改正規定、同法第十条第五項及び第十五条第六項の改正規定、同法第三章第四節を同章第五節とし、同章第三節の次に一節を加える改正規定並びに同法第七十五条の二第二項及び別表第一の改正規定は、平成二十年三月三十一日までの間において政令で定める日から施行する。
（自衛官の定数に関する経過措置）
第二条 前条ただし書に規定する政令で定める日の前日までの間は、この法律による改正後の防衛省設置法第六条中「十五万三千二百二十人」とあるのは「十五万五千六百七十四人」と、「四万五千七百十六人、」とあるのは「四万五千八百十二人及び」と、「四万七千三百十三人並びに自衛隊法第二十一条の二第一項に規定する共同の部隊に所属する陸上自衛官、海上自衛官及び航空自衛官百五十二人」とあるのは「四万七千三百四十二人」と、「三百四十三人」とあるのは「四百八十六人」と、「千九百三人」とあるのは「千八百八十六人」と、「二十四万八千六百四十七人」とあるのは「二十五万千二百人」とする。
（処分等に関する経過措置）
第三条 この法律による改正前の法律（これに基づく命令を含む。以下「旧法令」という。）の規定により次の各号に掲げる従前の国の機関（以下「旧機関」という。）がした承認その他の処分又は通知その他の行為は、この法律の施行後は、この法律による改正後の法律（これに基づく命令を含む。以下「新法令」という。）の相当規定に基づいて当該各号に定める国の機関（以下「新機関」という。）がした承認その他の処分又は通知その他の行為とみなす。
一 防衛施設庁長官又は防衛施設庁に置かれる部局若しくは機関の長 防衛大臣又は防衛省に置かれる部局若しくは機関の長
二 防衛施設庁に置かれる部局又は機関 防衛省に置かれる部局又は機関
２ 旧法令の規定により旧機関に対してされている申請その他の行為は、この法律の施行後は、新法令の相当規定に基づいて、新機関に対してされた申請その他の行為とみなす。
３ 旧法令の規定により旧機関に対して提出その他の手続をしなければならないこととされている事項で、この法律の施行の日前にその手続がされていないものについては、この法律の施行後は、これを、新法令の相当規定により新機関に対してその手続をしなければならないこととされた事項について、その手続がされていないものとみなして、当該相当規定を適用する。
（自衛隊法の適用に関する経過措置）
第四条 第二条の規定による改正前の自衛隊法第六十二条第二項に規定する営利を目的とする会社その他の団体の地位で、隊員の離職前五年間に在職していた従前の防衛施設庁と密接な関係にあるものは、この法律の施行後は、第二条の規定による改正後の自衛隊法第六十二条第二項に規定する営利を目的とする会社その他の団体の地位で、隊員の離職前五年間に在職していた防衛省と密接な関係にあるものとみなして、同条の規定を適用する。
（罰則に関する経過措置）
第五条 この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第六条 附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（国家公務員法の一部改正）
第七条 国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）の一部を次のように改正する。
第二条第三項第十六号中「第四十二条」を「第三十九条」に改める。
（国家行政組織法の一部改正）
第八条 国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）の一部を次のように改正する。
（特別調達資金設置令の一部改正）
第九条 特別調達資金設置令（昭和二十六年政令第二百五号）の一部を次のように改正する。
第二条第一項中「管理する」を「管理し、及び運営する」に改め、同条第二項を削る。
第五条中「防衛施設庁長官」を「防衛大臣」に改める。
（日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う土地等の使用等に関する特別措置法の一部改正）
第十条 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う土地等の使用等に関する特別措置法（昭和二十七年法律第百四十号）の一部を次のように改正する。
本則中「防衛施設局長」を「地方防衛局長」に改める。
第十四条第二項中「防衛施設局」を「地方防衛局」に、「防衛施設庁」を「防衛省」に、「部長」を「官房長及び局長」に、「内部部局として置かれる部」を「官房及び局」に改める。
（日本国との平和条約の効力の発生及び日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約第三条に基く行政協定の実施等に伴い国家公務員法等の一部を改正する等の法律等の一部改正）
第十一条 次に掲げる法律の規定中「防衛施設庁長官」を「防衛大臣」に改める。
一 日本国との平和条約の効力の発生及び日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約第三条に基く行政協定の実施等に伴い国家公務員法等の一部を改正する等の法律（昭和二十七年法律第百七十四号）第九条第二項
二 駐留軍関係離職者等臨時措置法（昭和三十三年法律第百五十八号）第十条第三項
三 特殊海事損害の賠償の請求に関する特別措置法（昭和三十六年法律第百九十九号）第二条及び第三条
四 防衛施設周辺の生活環境の整備等に関する法律（昭和四十九年法律第百一号）第四条、第五条第一項及び第六条第一項
（防衛省の職員の給与等に関する法律の一部改正）
第十二条 防衛省の職員の給与等に関する法律（昭和二十七年法律第二百六十六号）の一部を次のように改正する。
第十八条の二第二項中「第四十八条の二」を「第四十九条」に改める。
（接収不動産に関する借地借家臨時処理法等の一部改正）
第十三条 次に掲げる法律の規定中「防衛施設局長」を「地方防衛局長」に改める。
一 接収不動産に関する借地借家臨時処理法（昭和三十一年法律第百三十八号）第二十四条第一項
二 日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約第六条に基づく施設及び区域並びに日本国における合衆国軍隊の地位に関する協定の実施に伴う土地等の使用等に関する特別措置法の一部を改正する法律（平成九年法律第三十九号）附則第二項から第五項まで
（連合国占領軍等の行為等による被害者等に対する給付金の支給に関する法律の一部改正）
第十四条 連合国占領軍等の行為等による被害者等に対する給付金の支給に関する法律（昭和三十六年法律第二百十五号）の一部を次のように改正する。
第四条中「防衛施設庁長官が行なう」を「防衛大臣が行う」に改める。
第十七条中「防衛施設庁長官」を「防衛大臣」に改める。
第二十五条中「防衛施設庁長官」を「防衛大臣」に、「防衛施設局長」を「地方防衛局長」に改める。
（沖縄県の区域内における位置境界不明地域内の各筆の土地の位置境界の明確化等に関する特別措置法の一部改正）
第十五条 沖縄県の区域内における位置境界不明地域内の各筆の土地の位置境界の明確化等に関する特別措置法（昭和五十二年法律第四十号）の一部を次のように改正する。
本則中「防衛施設庁長官」を「防衛大臣」に、「防衛施設局」を「地方防衛局」に改める。
（研究交流促進法の一部改正）
第十六条 研究交流促進法（昭和六十一年法律第五十七号）の一部を次のように改正する。
第二条第三項第二号中「第四十条」を「第三十七条」に改める。
（国際機関等に派遣される防衛省の職員の処遇等に関する法律の一部改正）
第十七条 国際機関等に派遣される防衛省の職員の処遇等に関する法律（平成七年法律第百二十二号）の一部を次のように改正する。
第二条第一項ただし書を削り、同条第三項中「又は防衛施設庁長官」を削る。
（周辺事態に際して我が国の平和及び安全を確保するための措置に関する法律の一部改正）
第十八条 周辺事態に際して我が国の平和及び安全を確保するための措置に関する法律（平成十一年法律第六十号）の一部を次のように改正する。
第六条第二項中「防衛省本省」を「防衛省」に改める。
（内閣府設置法の一部改正）
第十九条 内閣府設置法（平成十一年法律第八十九号）の一部を次のように改正する。
（自衛隊員倫理法の一部改正）
第二十条 自衛隊員倫理法（平成十一年法律第百三十号）の一部を次のように改正する。
目次中「懲戒手続の特例等」を「懲戒手続等」に、「第二十三条」を「第十二条」に、「第二十四条」を「第十三条」に、「第二十五条」を「第十四条」に改める。
第二条第三項中「本省審議官級以上の自衛隊員」を「審議官級以上の自衛隊員」に改める。
第五条第二項中「又は防衛施設庁長官」を削り、同条第三項後段及び第四項を削り、同条第五項を同条第四項とする。
第六条第一項中「（防衛施設庁の職員である自衛隊員（防衛施設庁長官及び自衛官を除く。以下同じ。）にあっては、防衛施設庁長官）」を削り、同条第二項を削り、同条第三項中「第一項」を「前項」に、「写し及び前項の規定により送付を受けた贈与等報告書の写しを、」を「写しを」に改め、同項を同条第二項とする。
第七条第一項中「本省審議官級以上の自衛隊員」を「審議官級以上の自衛隊員」に改め、「（防衛施設庁の職員である自衛隊員にあっては、防衛施設庁長官）」を削り、同条第二項を削り、同条第三項中「第一項」を「前項」に、「写し及び前項の規定により送付を受けた株取引等報告書の写しを、」を「写しを」に改め、同項を同条第二項とする。
第八条第一項中「本省審議官級以上の自衛隊員」を「審議官級以上の自衛隊員」に改め、「（防衛施設庁の職員である自衛隊員にあっては、防衛施設庁長官）」を削り、同条第三項を削り、同条第四項中「第一項又は第二項」を「前二項」に、「の写し及び前項の規定により送付を受けた所得等報告書等の写しを、」を「（第一項の所得等報告書又は前項の納税申告書の写しをいう。次条第一項において同じ。）の写しを」に改め、同項を同条第三項とする。
第九条第一項中「（防衛施設庁の職員である自衛隊員が提出した各種報告書にあっては、これらを受理した防衛施設庁長官）」を削り、同条第二項中「又は防衛施設庁長官」を削る。
第四章の章名中「懲戒手続の特例等」を「懲戒手続等」に改める。
第十一条第一項第三号中「、第十六条第二項及び第十九条第二項」を削り、同項第四号中「、次条第二項及び第三項、第十四条第二項（第十五条第二項において準用する場合を含む。）、第十五条第一項、第十七条第二項、第十八条第二項、第二十条第一項及び第二項、第二十一条並びに第二十三条」を「並びに次条第二項及び第三項」に改める。
第十二条の見出しを「（防衛大臣による懲戒手続等）」に改め、同条第一項中「（防衛施設庁の職員である自衛隊員を除く。）」を削り、同条第三項中「（防衛施設庁の職員である自衛隊員を除く。）」及び「。以下同じ」を削る。
第二十四条第一項中「防衛省本省及び防衛施設庁に、それぞれ」を「防衛省に、」に改め、第五章中同条を第十三条とする。
（国と民間企業との間の人事交流に関する法律の一部改正）
第二十一条 国と民間企業との間の人事交流に関する法律（平成十一年法律第二百二十四号）の一部を次のように改正する。
第二十四条第一項中「並びに第十条第二項」を「、第十条第二項並びに第十三条第三項」に改め、「、「職員」とあるのは「職員（防衛大臣にあっては防衛施設庁に所属する自衛官を含み、防衛施設庁長官にあっては当該自衛官を除く。）」と」を削り、「、「人事院事務総局の職員であるときを除く」とあるのは「防衛施設庁の職員であるときに限る」と、「人事院事務総局に」とあるのは「防衛省本省に」を「、「職員（その職員が人事院事務総局の職員であるときを除く。）を人事院事務総局に属する官職に任命するとともに、当該要請に係る職員」とあるのは「職員」と、第八条第二項中「各省各庁の長等（第十三条第三項において「交流派遣元機関の長」という。）」とあるのは「各省各庁の長等」に改め、「、第十三条第三項中「人事院総裁を除く」とあるのは「防衛施設庁長官に限る」と」を削る。
（平成十三年九月十一日のアメリカ合衆国において発生したテロリストによる攻撃等に対応して行われる国際連合憲章の目的達成のための諸外国の活動に対して我が国が実施する措置及び関連する国際連合決議等に基づく人道的措置に関する特別措置法等の一部改正）
第二十二条 次に掲げる法律の規定中「防衛省本省」を「防衛省」に改める。
一 平成十三年九月十一日のアメリカ合衆国において発生したテロリストによる攻撃等に対応して行われる国際連合憲章の目的達成のための諸外国の活動に対して我が国が実施する措置及び関連する国際連合決議等に基づく人道的措置に関する特別措置法（平成十三年法律第百十三号）第六条第二項
二 武力攻撃事態等におけるアメリカ合衆国の軍隊の行動に伴い我が国が実施する措置に関する法律（平成十六年法律第百十三号）第十条第三項
三 武力攻撃事態における捕虜等の取扱いに関する法律（平成十六年法律第百十七号）第九十三条