港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律をここに公布する。
御名御璽
平成二十三年三月三十一日
内閣総理大臣　菅直人
法律第九号
港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律
（港湾法の一部改正）
第一条　港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）の一部を次のように改正する。
第二条第二項を次のように改める。
２　この法律で「国際戦略港湾」とは、長距離の国際海上コンテナ運送に係る国際海上貨物輸送網の拠点となり、かつ、当該国際海上貨物輸送網と国内海上貨物輸送網とを結節する機能が高い港湾であつて、その国際競争力の強化を重点的に図ることが必要な港湾として政令で定めるものをいい、「国際拠点港湾」とは、国際戦略港湾以外の港湾であつて、国際海上貨物輸送網の拠点となる港湾として政令で定めるものをいい、「重要港湾」とは、国際戦略港湾及び国際拠点港湾以外の港湾であつて、海上輸送網の拠点となる港湾その他の国の利害に重大な関係を有する港湾として政令で定めるものをいい、「地方港湾」とは、国際戦略港湾、国際拠点港湾及び重要港湾以外の港湾をいう。
第二条の二の見出しを「（指定港湾の指定）」に改め、同条第一項中「特定重要港湾で」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾で」に、「特定重要港湾の」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の」に、「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改め、同条第二項中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾」に改め、同条第四項中「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改める。
第三条の三第一項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第三項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「きかなければ」を「聴かなければ」に改め、同条第四項、第八項及び第九項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第四条第四項中「より同項の規定による」を「から同項の」に、「又は同項」を「、又は同項」に、「、議会」を「議会」に、「左の」を「次に掲げる」に改め、同項第一号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第九項中「申出」を「規定による申出」に、「且つ、重要港湾」を「かつ、国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第二十四条の二第一項、第三十五条の二第一項、第四十二条第一項並びに第四十三条第一号及び第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第四十四条の二第二項中「政令で定める重要港湾」を「国際戦略港湾」に改める。
第四十九条中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「手続」を「ところ」に、「公表し、且つ、その写」を「公表するとともに、その写し」に改める。
第五十条の四第一項及び第五十条の五第一項中「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改める。
第五十一条中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「設くべき」を「設けるべき」に改める。
第五十二条第一項中「重要港湾に」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾に」に改め、同項第四号中「前三号」を「前各号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第三号を同項第四号とし、同項第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第三号とし、同項第一号中「重要港湾が国際海上輸送網又は国内海上輸送網」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾が海上輸送網」に改め、「係留施設」の下に「（前号に規定する係留施設を除く。）」を加え、同号を同項第二号とし、同号の前に次の一号を加える。
一　国際戦略港湾が長距離の国際海上コンテナ運送に係る国際海上貨物輸送網の拠点として機能するために必要な係留施設として国土交通省令で定めるもの及びこれに附帯する荷さばき地の港湾工事
第五十二条第二項中「掲げる割合」を「定める割合」に改め、同項第六号中「前項第四号」を「前項第五号」に改め、同号を同項第八号とし、同項第五号を同項第七号とし、同項第四号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第六号とし、同項第三号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第五号とし、同項第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「前号及び第六号」を「第一号、前号及び第八号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第一号中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾」に、「国際海上輸送網」を「国際海上貨物輸送網」に、「第六号」を「第一号及び第八号」に改め、同号を同項第三号とし、同号の前に次の二号を加える。
一　国際戦略港湾における係留施設であつて、前項第一号の国土交通省令で定めるもの　十分の三
二　前号に掲げる施設に附帯する荷さばき地　三分の一
第五十四条の三第一項及び第五十五条の七第一項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第五十七条第二項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「こえる」を「超える」に改める。
附則第五項中「特定重要港湾」を「国際拠点港湾」に改める。
第二条　港湾法の一部を次のように改正する。
目次中「・第三条の三」を「―第三条の四」に、「第七章　雑則（第四十四条―第六十三条）」を「
第七章
港湾運営会社
第一節
港湾運営会社の指定等（第四十三条の十一―第四十三条の二十）
第二節
港湾運営会社の適正な運営を確保するための議決権の保有制限等（第四十三条の二十一―第四十三条の二十四）
第八章
雑則（第四十四条―第六十四条）
」に改める。
第二条に次の一項を加える。
10　この法律で「埠頭」とは、岸壁その他の係留施設及びこれに附帯する荷さばき施設その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設の総体をいう。
第二条の二を削る。
第三条の二第二項に次の一号を加える。
六　民間の能力を活用した港湾の運営その他の港湾の効率的な運営に関する基本的な事項
第三条の三第二項中「且つ」を「かつ」に改め、「保全に関する事項」の下に「、港湾の効率的な運営に関する事項」を加える。
第一章の二中第三条の三の次に次の一条を加える。
（港湾計画の変更の提案）
第三条の四　第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた者は当該指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に対して、同条第六項の規定による指定を受けた者はその指定をした港湾管理者に対して、それぞれ港湾計画を変更することを提案することができる。この場合においては、基本方針に即して、当該提案に係る港湾計画の素案を作成して、これを提示しなければならない。
２　前項の規定による提案を受けた港湾管理者は、当該提案に基づき港湾計画を変更するか否かについて、遅滞なく、当該提案をした者に通知しなければならない。この場合において、港湾計画を変更しないこととするときは、その理由を明らかにしなければならない。
第十二条第四項を次のように改める。
４　第一項第十三号に規定する料率表においては、港務局が自ら定めた料金に係る料率のほか、第四十五条第一項若しくは第二項の規定により提出を受けた書面に記載された料率又は同条第五項の規定による通知に係る料率を記載しなければならない。
第四十五条第一項中「を徴収しよう」を「（港湾運営会社が収受する次項の国土交通省令で定める料金を除く。）を収受しよう」に改め、同条第二項中「前項」を「前各項」に改め、同項を同条第六項とし、同条第一項の次に次の四項を加える。
２　港湾運営会社は、その運営する埠頭群の利用に関する料金として国土交通省令で定める料金を収受しようとするときは、料率を定め、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に料率を記載した書面を提出しなければならない。
３　前項の規定により港湾運営会社から書面の提出を受けた国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、当該書面に記載された料率が次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、当該港湾運営会社に対し、期限を定めてその料率を変更すべきことを命ずることができる。
一　特定の利用者に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき。
二　社会的経済的事情に照らして著しく不適切であり、利用者が当該埠頭群を利用することを著しく困難にするおそれがあるものであるとき。
４　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が前項の規定による命令をしようとする場合について準用する。
５　国土交通大臣は、第二項の規定による書面の提出を受けた場合において、第三項の規定による命令をしないこととしたときは、当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に当該書面の内容を通知するものとする。
第五十条の四を削る。
第五十条の五の見出しを「（国際戦略港湾運営効率化協議会）」に改め、同条第一項を次のように改める。
国土交通大臣、国際戦略港湾の港湾管理者の長その他の関係行政機関の長又はこれらの指名する職員及び国際戦略港湾の港湾運営会社は、国際戦略港湾（第四十三条の十一第二項の規定による二以上の国際戦略港湾の指定があつた場合にあつては、当該二以上の国際戦略港湾。以下この条において同じ。）ごとに、当該国際戦略港湾に係る埠頭群の一体的な運営による当該国際戦略港湾の運営の効率化に関し必要な協議を行うため、国際戦略港湾運営効率化協議会（以下この条において「協議会」という。）を組織することができる。
第五十条の五中第二項を削り、第三項を第二項とし、第四項を第三項とし、同条第五項中「前各項」を「前三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条を第五十条の四とする。
第五十四条第一項中「（昭和二十三年法律第七十三号）」を削る。
第五十四条の三第一項中「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」を「重要港湾」に、「岸壁その他の係留施設及びこれに附帯する荷さばき施設その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設（特定国際コンテナ埠頭を除く。）」を「埠頭」に改める。
第五十五条の見出し中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同条第一項中「特定国際コンテナ埠頭」を「その指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群」に、「認定運営者」を「当該港湾運営会社」に改め、同条第二項中「前項の」を「前項の規定による」に、「位置及び名称、貸付けの時期その他の国土交通省令で定める事項」を「貸付けの期間」に、「特定港湾管理者」を「当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者」に改め、同条第三項中「第一項の」を「第一項の規定による」に改め、同条第四項中「特定港湾管理者」を「国際戦略港湾の港湾管理者」に、「特定国際コンテナ埠頭」を「第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群」に、「認定運営者」を「当該港湾運営会社」に改め、同条第八項中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同項を同条第十項とし、同条第七項中「第四項の」を「第五項の」に、「特定港湾管理者」を「国際拠点港湾の港湾管理者」に、「認定運営者」を「その指定を受けた港湾運営会社」に、「第五十五条第四項」を「第五十五条第五項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第六項中「第一項の貸付けについて」を「第一項の規定による貸付けについて、同法第二十一条、第二十三条及び第二十四条の規定は第五項の規定による貸付けについて」に、「第四項の」を「第四項又は第五項の規定による」に改め、同項を同条第七項とし、同項の次に次の一項を加える。
８　第四項の規定により国際戦略港湾の港湾管理者が同項に規定する行政財産を第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた港湾運営会社に貸し付ける場合における第四十六条第一項の規定の適用については、同項ただし書中「又は貸付を受けた者」とあるのは「貸付けを受けた者」と、「三年の期間内である場合」とあるのは「三年の期間内である場合、又は第五十五条第四項の規定により貸付けをする場合」とする。
第五十五条第五項中「及び前項」を「、第四項又は前項」に、「及び第四条」を「、第四条、第十三条及び第十四条」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項の次に次の一項を加える。
５　国際拠点港湾の港湾管理者は、国有財産法第十八条第一項又は地方自治法第二百三十八条の四第一項の規定にかかわらず、その指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群を構成する国有財産法第三条第二項又は地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産を当該港湾運営会社に貸し付けることができる。
第五十五条の八の見出し中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同条第一項中「特定港湾管理者が認定運営者」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の港湾管理者が港湾運営会社」に、「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に、「特定港湾管理者に」を「港湾管理者に」に改め、同条第二項中「特定港湾管理者」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の港湾管理者」に、「認定運営者」を「港湾運営会社」に改める。
第五十六条の二の三第二項中「すべて」を「全て」に改め、同項第三号イ中「（平成十七年法律第八十六号）」を削る。
第五十六条の二の十第一項中「第六十三条第一項」を「第六十四条第二項」に改める。
第五十六条の五第一項中「者から」を「者に対し」に、「徴し」を「求め」に、「職員に当該」を「職員に、当該」に改め、同条第三項中「第一項」の下に「又は第二項」を加え、同項を同条第四項とし、同条第二項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、この法律の施行に必要な限度において、国土交通省令で定めるところにより、その指定を受けた港湾運営会社に対し、その業務若しくは経理の状況に関し報告を求め、又はその職員に、その指定を受けた港湾運営会社の事務所その他の事業場に立ち入り、業務若しくは経理の状況若しくは事業の用に供する施設、帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。
第六十一条第五項中「六箇月」を「六月」に、「三万円」を「三十万円」に改め、同項を同条第十項とし、同条第四項を同条第八項とし、同項の次に次の一項を加える。
９　第五十六条の五第二項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、若しくは同項の規定による質問に対して陳述せず、若しくは虚偽の陳述をした場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、三十万円以下の罰金に処する。
第六十一条中第三項を第六項とし、同項の次に次の一項を加える。
７　次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、五十万円以下の罰金に処する。
一　第四十三条の十七第一項の規定による命令に違反したとき。
二　第四十五条第二項の規定による書面の提出をしないで、又は提出した書面に記載された料率によらないで、料金を収受したとき。
三　第四十五条第三項の規定による命令に違反して、料金を収受したとき。
第六十一条中第二項を第四項とし、同項の次に次の一項を加える。
５　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
一　第四十三条の二十一第三項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二　第四十三条の二十二第一項の規定による対象議決権保有届出書を提出せず、又は虚偽の記載をした対象議決権保有届出書を提出した者
第六十一条中第一項を第三項とし、同項の前に次の二項を加える。
第四十三条の二十三第一項の規定による報告若しくは資料の提出をせず、若しくは虚偽の報告若しくは資料の提出をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者は、一年以下の懲役若しくは三百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
２　第四十三条の二十一第一項又は第四項の規定に違反した者は、一年以下の懲役若しくは百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第六十三条中第二項を第三項とし、第一項を第二項とし、同項の前に次の一項を加える。
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与若しくはその職務を行うべき社員又は監査役は、五十万円以下の過料に処する。
一　第四十三条の十三第一項の規定による認可を受けないで運営計画の変更をしたとき。
二　第四十三条の十八第一項の規定に違反して、埠頭群の運営の事業の全部を休止し、又は廃止したとき。
第六十三条を第六十四条とする。
第六十二条中「前条第一項から第四項まで」を「第六十一条第三項、第四項、第六項又は第八項」に改め、同条を第六十三条とする。
第六十一条の次に次の一条を加える。
第六十二条　法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関し、次の各号に掲げる規定の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人に対して当該各号に定める罰金刑を、その人に対して各本項の罰金刑を科する。
一　前条第一項　二億円以下の罰金刑
二　前条第二項　一億円以下の罰金刑
三　前条第五項　同項の罰金刑
２　前項の規定により法人でない団体を処罰する場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
第七章を第八章とし、第六章の次に次の一章を加える。
第七章　港湾運営会社
第一節　港湾運営会社の指定等
（港湾運営会社の指定）
第四十三条の十一　国土交通大臣は、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、国際戦略港湾ごとに一を限つて、当該国際戦略港湾における埠頭群（同一の港湾における二以上の埠頭（これを構成する係留施設及び当該係留施設に附帯する荷さばき地その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設が国有財産法（昭和二十三年法律第七十三号）第三条第二項又は地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産からなるもののうち、その用途及び配置に応じて国土交通省令で定める基準に適合するものに限る。）の総体をいう。以下同じ。）を運営する者として指定することができる。
一　埠頭群の運営の事業の内容が当該国際戦略港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　当該国際戦略港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭と埠頭群とを一体的に運営することが当該国際戦略港湾における埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
２　その埠頭群を一体的に運営することが国際競争力の強化に資するものとして国土交通大臣が指定する二以上の国際戦略港湾に係る前項の規定による指定は、当該二以上の国際戦略港湾の埠頭群について、一体として一を限つてするものとする。この場合において、同項中「当該国際戦略港湾」とあるのは、「当該申請に係る二以上の国際戦略港湾」とする。
３　国土交通大臣は、前項の規定による指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
４　国土交通大臣は、第二項の規定による指定について指定の事由がなくなつたと認めるときは、当該指定を取り消すものとする。
５　第三項の規定は、前項の規定による指定の取消しについて準用する。
６　国際拠点港湾の港湾管理者は、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、一を限つて、当該国際拠点港湾における埠頭群を運営する者として指定することができる。
一　埠頭群の運営の事業の内容が当該国際拠点港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　当該国際拠点港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭と埠頭群とを一体的に運営することが当該国際拠点港湾における埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
７　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は前項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、第一項又は前項の規定による指定をしないものとする。
一　取締役及び監査役（委員会設置会社にあつては、取締役及び執行役。次号において「役員」という。）のうちに、成年被後見人若しくは被保佐人又は破産手続開始の決定を受けて復権を得ない者があること。
二　役員のうちに、禁錮以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなつた日から五年を経過していない者があること。
８　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は第六項の申請があつたときは、国土交通省令で定めるところにより、当該申請の内容を二週間公衆の縦覧に供しなければならない。
９　前項の規定により縦覧に供された申請の内容について利害関係を有する者は、縦覧期間満了の日までの間に、当該縦覧をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に意見書を提出することができる。
10　国土交通大臣は、第一項の規定による指定をしようとするときは、あらかじめ、当該指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者の同意を得なければならない。
11　国際拠点港湾の港湾管理者は、第六項の申請に係る埠頭群が次に掲げる港湾施設を含むものである場合において、同項の規定による指定をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣の同意を得なければならない。
一　国有財産法第三条第二項に規定する行政財産である港湾施設
二　その工事の費用を国が負担し、又は補助した地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産である港湾施設
12　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は第六項の規定による指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、当該指定を受けた者（以下「港湾運営会社」という。）の商号及び本店の所在地を公示しなければならない。
13　港湾運営会社は、その商号又は本店の所在地を変更しようとするときは、あらかじめ、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
14　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、前項の規定による届出があつたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第四十三条の十二　前条第一項又は第六項の規定による指定を受けようとする者は、国土交通省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に提出しなければならない。
一　商号及び本店の所在地
二　次に掲げる事項を記載した埠頭群の運営の事業に関する計画（以下「運営計画」という。）
イ　埠頭群（当該港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭を含む。ロ及びハにおいて同じ。）において施設又は役務を提供する時間
ロ　埠頭群の運営に必要な荷さばき施設その他の国土交通省令で定める港湾施設であつて、自らその建設又は改良を行うものの位置、種類、構造その他の国土交通省令で定める事項
ハ　埠頭群の運営の体制に関する事項として国土交通省令で定めるもの
ニ　イからハまでに掲げるもののほか、国土交通省令で定める事項
２　前項の申請書には、事業収支見積書その他国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。
（運営計画の変更）
第四十三条の十三　港湾運営会社は、運営計画を変更しようとするときは、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の認可を受けなければならない。ただし、国土交通省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２　第四十三条の十一第一項（第三号を除く。）の規定は前項の国土交通大臣の認可について、同条第六項（第三号を除く。）の規定は前項の国際拠点港湾の港湾管理者の認可について、それぞれ準用する。
３　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が第一項の認可をしようとする場合について準用する。
４　国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定について第四十三条の十一第十一項の規定により国土交通大臣の同意を得た港湾運営会社について第一項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣の同意を得なければならない。
５　港湾運営会社は、第一項ただし書の国土交通省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨をその指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
（臨港地区内における行為の届出の特例）
第四十三条の十四　港湾運営会社が第四十三条の十一第一項若しくは第六項の規定による指定又は前条第一項の認可を受けたときは、当該指定又は認可に係る運営計画に記載された第四十三条の十二第一項第二号ロの国土交通省令で定める港湾施設の建設又は改良のうち、当該建設又は改良を行うに当たり、第三十八条の二第一項又は第四項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により届出をしたものとみなす。
（合併及び分割）
第四十三条の十五　港湾運営会社の合併及び分割の決議は、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の認可を受けなければ、その効力を生じない。
２　第四十三条の十一第十項の規定は国土交通大臣が前項の認可をしようとする場合について、第四十三条の十三第四項の規定は国際拠点港湾の港湾管理者が前項の認可をしようとする場合について、それぞれ準用する。
（区分経理）
第四十三条の十六　港湾運営会社は、国土交通省令で定めるところにより、埠頭群の運営の事業に係る経理とその他の事業に係る経理とを区分して整理しなければならない。
（監督命令）
第四十三条の十七　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、埠頭群の運営の事業の適正な実施を確保するため必要があると認めるときは、その指定を受けた港湾運営会社に対し、業務に関し監督上必要な命令をすることができる。
２　国土交通大臣は、前項の命令をするに当たり、必要があると認めるときは、当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に対し、意見を求めることができる。
（事業の休止及び廃止）
第四十三条の十八　港湾運営会社は、埠頭群の運営の事業の全部を休止し、又は廃止しようとするときは、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の許可を受けなければならない。
２　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が前項の許可をしようとする場合について準用する。
３　国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定について第四十三条の十一第十一項の規定により国土交通大臣の同意を得た港湾運営会社について第一項の許可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣にその旨を通知しなければならない。
４　国土交通大臣は、前項の規定による通知があつたときは、その通知をした国際拠点港湾の港湾管理者に対し、第一項の許可に関し必要と認める意見を述べることができる。
（指定の取消し）
第四十三条の十九　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定を受けた港湾運営会社が次の各号のいずれかに該当するときは、第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消すことができる。
一　埠頭群の運営の事業を適正に行うことができないと認められるとき。
二　この法律又はこの法律に基づく命令の規定に違反したとき。
三　第四十三条の十七第一項の規定による命令に違反したとき。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定を受けた港湾運営会社が前条第一項の規定による埠頭群の運営の事業の全部の廃止の許可を受けたときは、第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消すものとする。
３　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、前二項の規定により第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消したときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
４　第四十三条の十一第十項の規定は国土交通大臣が第一項の規定による指定の取消しをしようとする場合について、前条第三項及び第四項の規定は国際拠点港湾の港湾管理者が第一項の規定による指定の取消しをしようとする場合について、それぞれ準用する。
（指定を取り消した場合における措置）
第四十三条の二十　国際戦略港湾の港湾運営会社は、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第一項の規定による指定を取り消されたときは、その指定に係る埠頭群の運営の事業の全部を、当該国際戦略港湾の港湾管理者又は当該埠頭群の運営の事業の全部を承継するものとして国土交通大臣が指定する港湾運営会社に引き継がなければならない。
２　国際拠点港湾の港湾運営会社は、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第六項の規定による指定を取り消されたときは、その指定に係る埠頭群の運営の事業の全部を、当該国際拠点港湾の港湾管理者又は当該埠頭群の運営の事業の全部を承継するものとして当該国際拠点港湾の港湾管理者が指定する港湾運営会社に引き継がなければならない。
３　前二項に規定するもののほか、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消された場合における埠頭群の運営の事業の引継ぎその他の必要な事項は、国土交通省令で定める。
第二節　港湾運営会社の適正な運営を確保するための議決権の保有制限等
（議決権の保有制限）
第四十三条の二十一　何人も、港湾運営会社の総株主の議決権（株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下この章において同じ。）の百分の二十（その者が港湾運営会社の財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実として国土交通省令で定める事実がある場合には、百分の十五。以下この条において「保有基準割合」という。）以上の数の議決権（社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含み、取得又は保有の態様その他の事情を勘案して国土交通省令で定めるものを除く。以下この章において「対象議決権」という。）を取得し、又は保有してはならない。ただし、地方公共団体若しくは港務局又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社が取得し、又は保有する場合は、この限りでない。
２　前項本文の規定は、保有する対象議決権の数に増加がない場合その他の国土交通省令で定める場合において、港湾運営会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなるときには、適用しない。
３　前項の場合において、港湾運営会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなつた者（以下この条において「特定保有者」という。）は、国土交通省令で定めるところにより、特定保有者になつた旨その他国土交通省令で定める事項を当該港湾運営会社の指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
４　第二項の場合において、特定保有者は、特定保有者となつた日から三月以内に、港湾運営会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置をとらなければならない。
５　次の各号に掲げる場合における前各項の規定の適用については、当該各号に定める対象議決権は、これを取得し、又は保有するものとみなす。
一　金銭の信託契約その他の契約又は法律の規定に基づき、港湾運営会社の対象議決権を行使することができる権限又は当該対象議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合　当該対象議決権
二　株式の所有関係、親族関係その他の国土交通省令で定める特別の関係にある者が港湾運営会社の対象議決権を取得し、又は保有する場合　当該特別の関係にある者が取得し、又は保有する対象議決権
６　前各項の規定の適用に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
（対象議決権保有届出書の提出）
第四十三条の二十二　港湾運営会社の総株主の議決権の百分の五を超える対象議決権の保有者（地方公共団体及び港務局以外の者に限る。以下この項において「対象議決権保有者」という。）となつた者は、国土交通省令で定めるところにより、対象議決権保有割合（対象議決権保有者の保有する当該対象議決権の数を当該港湾運営会社の総株主の議決権の数で除して得た割合をいう。）、保有の目的その他国土交通省令で定める事項を記載した対象議決権保有届出書を当該港湾運営会社の指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に提出しなければならない。
２　前条第五項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
（対象議決権保有届出書の提出者に対する報告の徴収及び検査）
第四十三条の二十三　前条第一項の規定により対象議決権保有届出書の提出を受けた国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、当該対象議決権保有届出書のうちに虚偽の記載があり、又は記載すべき事項の記載が欠けている疑いがあると認めるときは、当該対象議決権保有届出書の提出者に対し参考となるべき報告若しくは資料の提出を命じ、又はその職員に当該提出者の書類その他の物件の検査（当該対象議決権保有届出書の記載に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
２　前項の規定により検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
３　第一項の規定による検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（発行済株式の総数等の公表）
第四十三条の二十四　港湾運営会社は、国土交通省令で定めるところにより、その発行済株式の総数、総株主の議決権の数その他の国土交通省令で定める事項を公表しなければならない。
附則中第二項の前の見出し及び同項から第四項までを削り、第五項を第二項とし、第六項の前の見出し及び同項から第十四項までを削り、第十五項を第三項とし、第十六項から第十八項までを十二項ずつ繰り上げる。
附則第十九項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に改め、同項を附則第七項とする。
附則第二十項中「附則第十五項」を「附則第三項」に改め、同項を附則第八項とする。
附則第二十一項中「附則第十五項」を「附則第三項」に改め、同項を附則第九項とする。
附則第二十二項中「附則第十六項」を「附則第四項」に改め、同項を附則第十項とする。
附則第二十三項中「附則第十七項」を「附則第五項」に改め、同項を附則第十一項とする。
附則第二十四項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に、「附則第十八項及び第十九項」を「附則第六項及び第七項」に改め、同項を附則第十二項とする。
附則第二十五項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に、「沖縄振興開発特別措置法」を「失効前の沖縄振興開発特別措置法」に、「附則第二十一項」を「附則第九項」に、「附則第二十二項若しくは第二十三項」を「附則第十項若しくは第十一項」に改め、同項を附則第十三項とする。
附則第二十六項中「附則第二十一項」を「附則第九項」に、「沖縄振興開発特別措置法」を「失効前の沖縄振興開発特別措置法」に、「附則第二十二項若しくは第二十三項」を「附則第十項若しくは第十一項」に改め、同項を附則第十四項とする。
附則中第二十七項を第十五項とし、第二十八項を第十六項とし、附則第二十九項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十七項とする。
附則第三十項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十八項とする。
附則第三十一項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十九項とし、同項の次に次の見出し及び十二項を加える。
（特定の国際戦略港湾の港湾運営会社の指定に関する特例）
20　国土交通大臣は、港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第九号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日から三月以内に国際戦略港湾（第四十三条の十一第二項の規定による二以上の国際戦略港湾の指定があつた場合にあつては、当該二以上の国際戦略港湾。以下この項及び附則第三十項において同じ。）における第四十三条の十一第一項の申請がなかつた場合又は同日から三月以内に同項の申請をした者の全てについて同項の指定をしないこととした場合であつて、当面同項の指定をする見込みがないと認めるときは、その埠頭の管理運営の状況その他の状況を勘案して国際戦略港湾の埠頭群の区分を指定し、当該埠頭群の区分ごとに、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、一を限つて、当該区分に係る埠頭群の部分（以下「特定埠頭群」という。）を運営する者（以下「特例港湾運営会社」という。）として指定することができる。
一　特定埠頭群の運営の事業の内容が国際戦略港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、特定埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　特定埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　国際戦略港湾において特定埠頭群に含まれない埠頭（特定埠頭群の周辺の国土交通大臣が指定する区域内に存するものに限る。）を運営する場合にあつては、当該埠頭と特定埠頭群とを一体的に運営することが国際戦略港湾における特定埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
21　国土交通大臣は、前項の規定による埠頭群の区分の指定又は同項第四号の規定による区域の指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
22　第四十三条の十一第四項及び第五項の規定は、附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定について準用する。
23　国土交通大臣は、附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定をしたときは、その日から起算して四年を経過する日までの間（前項において準用する第四十三条の十一第四項の規定により埠頭群の区分の指定を取り消す場合にあつては、当該取消しを行うまでの間）は、同条第一項の規定による指定を行わないものとする。
24　附則第二十項の申請は、同項の規定による埠頭群の区分の指定があつた日から起算して一年を経過する日までの間に限り行うことができる。
25　第四十三条の十一第七項から第十項まで及び第四十三条の十二の規定は、附則第二十項の規定による特例港湾運営会社の指定について準用する。この場合において、同条第一項第二号中「埠頭群」とあるのは「附則第二十項に規定する特定埠頭群」と、「埠頭を運営する」とあるのは「埠頭（附則第二十項第四号の国土交通大臣が指定する区域内に存するものに限る。）を運営する」と読み替えるものとする。
26　附則第二十項の規定による指定を受けた特例港湾運営会社については、同項の規定による指定を第四十三条の十一第一項の規定による指定と、当該特例港湾運営会社を同項の規定による指定を受けた港湾運営会社と、特定埠頭群を埠頭群とそれぞれみなして、この法律及び特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）の規定を適用する。この場合において、第四十三条の十三第二項中「第四十三条の十一第一項」とあるのは、「附則第二十項」とする。
27　附則第二十項の規定による特例港湾運営会社の指定は、同項の埠頭群の区分の指定があつた日から起算して四年を経過する日限り、その効力を失う。
28　特例港湾運営会社は、前項の規定により附則第二十項の規定による指定の効力が失われたときは、その指定に係る特定埠頭群の運営の事業の全部を、当該特定埠頭群に係る国際戦略港湾の港湾管理者又は当該国際戦略港湾に係る第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた者に引き継がなければならない。
29　第四十三条の二十第三項の規定は、前項に規定する場合について準用する。
30　附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定があつた日から起算して四年を経過する日において、当該指定に係る国際戦略港湾における特定埠頭群の全てを同一の特例港湾運営会社が同項の規定による指定を受けて運営している場合には、当該特例港湾運営会社については、附則第二十八項の規定は、適用しない。この場合において、当該特例港湾運営会社は、当該四年を経過する日の翌日において、第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けたものとみなす。
（特定の国際拠点港湾の港湾運営会社に関する特例）
31　長距離の国際海上コンテナ運送の用に供される国土交通省令で定める規模以上の埠頭を有する国際拠点港湾であつて、コンテナ取扱量その他の国土交通省令で定める事情を勘案し、民間の能力の活用によりその運営の効率化を図ることが国際競争力の強化を図るため特に重要なものとして政令で定めるものについては、当分の間、当該国際拠点港湾を国際戦略港湾とみなして、国際戦略港湾における港湾運営会社及び特例港湾運営会社に関する規定を適用する。この場合において、附則第二十三項及び第二十七項並びに前項中「四年」とあるのは「五年」と、附則第二十四項中「一年」とあるのは「二年」とする。
附則第三十二項を削る。
（特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部改正）
第三条　特定外貿埠頭の管理運営に関する法律（昭和五十六年法律第二十八号）の一部を次のように改正する。
第四条を次のように改める。
（議決権の保有制限）
第四条　何人も、指定会社の総株主の議決権（株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下同じ。）の百分の二十（その者が指定会社の財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実として国土交通省令で定める事実がある場合には、百分の十五。以下この条において「保有基準割合」という。）以上の数の議決権（社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含み、取得又は保有の態様その他の事情を勘案して国土交通省令で定めるものを除く。以下「対象議決権」という。）を取得し、又は保有してはならない。ただし、地方公共団体若しくは港務局（港湾法第四条第一項の規定による港務局をいう。次条第一項において同じ。）又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社が取得し、又は保有する場合は、この限りでない。
２　前項本文の規定は、保有する対象議決権の数に増加がない場合その他の国土交通省令で定める場合において、指定会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなるときには、適用しない。
３　前項の場合において、指定会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなつた者（以下この条において「特定保有者」という。）は、国土交通省令で定めるところにより、特定保有者になつた旨その他国土交通省令で定める事項を国土交通大臣に届け出なければならない。
４　第二項の場合において、特定保有者は、特定保有者となつた日から三月以内に、指定会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置をとらなければならない。
５　次の各号に掲げる場合における前各項の規定の適用については、当該各号に定める対象議決権は、これを取得し、又は保有するものとみなす。
一　金銭の信託契約その他の契約又は法律の規定に基づき、指定会社の対象議決権を行使することができる権限又は当該対象議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合　当該対象議決権
二　株式の所有関係、親族関係その他の国土交通省令で定める特別の関係にある者が指定会社の対象議決権を取得し、又は保有する場合　当該特別の関係にある者が取得し、又は保有する対象議決権
６　前各項の規定の適用に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
第四条の次に次の三条を加える。
（対象議決権保有届出書の提出）
第四条の二　指定会社の総株主の議決権の百分の五を超える対象議決権の保有者（地方公共団体及び港務局以外の者に限る。以下この項において「対象議決権保有者」という。）となつた者は、国土交通省令で定めるところにより、対象議決権保有割合（対象議決権保有者の保有する当該対象議決権の数を当該指定会社の総株主の議決権の数で除して得た割合をいう。）、保有の目的その他国土交通省令で定める事項を記載した対象議決権保有届出書を国土交通大臣に提出しなければならない。
２　前条第五項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
（対象議決権保有届出書の提出者に対する報告の徴収及び検査）
第四条の三　国土交通大臣は、前条第一項の対象議決権保有届出書のうちに虚偽の記載があり、又は記載すべき事項の記載が欠けている疑いがあると認めるときは、当該対象議決権保有届出書の提出者に対し参考となるべき報告若しくは資料の提出を命じ、又はその職員に当該提出者の書類その他の物件の検査（当該対象議決権保有届出書の記載に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
２　前項の規定により検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
３　第一項の規定による検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（発行済株式の総数等の公表）
第四条の四　指定会社は、国土交通省令で定めるところにより、その発行済株式の総数、総株主の議決権の数その他の国土交通省令で定める事項を公表しなければならない。
第十三条第二項を次のように改める。
２　第四条の三第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査について準用する。
第十三条第三項を削る。
第十八条第五号を削り、同条を第二十三条とし、第十七条の前の見出しを削り、同条を第二十一条とし、同条の次に次の一条を加える。
第二十二条　法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関し、次の各号に掲げる規定の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人に対して当該各号に定める罰金刑を、その人に対して各本条の罰金刑を科する。
一　第十七条　二億円以下の罰金刑
二　第十八条　一億円以下の罰金刑
三　第十九条　同条の罰金刑
２　前項の規定により法人でない団体を処罰する場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
第十六条の次に次の見出し及び四条を加える。
（罰則）
第十七条　第四条の三第一項の規定による報告若しくは資料の提出をせず、若しくは虚偽の報告若しくは資料の提出をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者は、一年以下の懲役若しくは三百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第十八条　第四条第一項又は第四項の規定に違反した者は、一年以下の懲役若しくは百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第十九条　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
一　第四条第三項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二　第四条の二第一項の規定による対象議決権保有届出書を提出せず、又は虚偽の記載をした対象議決権保有届出書を提出した者
第二十条　第十二条の規定による命令に違反した場合には、その違反行為をした指定会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、百万円以下の罰金に処する。
附　則
（施行期日）
第一条　この法律は、平成二十三年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第二条中港湾法第三条の二第二項に一号を加える改正規定及び同法第三条の三第二項の改正規定並びに附則第三条第一項及び第三項の規定　公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日
二　第二条（前号に掲げる改正規定を除く。）及び第三条並びに附則第三条第二項及び第四項から第九項まで並びに附則第十七条から第二十一条までの規定　公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日
三　附則第十六条の規定　この法律の公布の日又は地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律（平成二十三年法律第▼▼▼号）の公布の日のいずれか遅い日
（第一条の規定による改正に伴う経過措置）
第二条　第一条の規定による改正前の港湾法（以下「第一条による改正前の法」という。）第二条の二第一項の規定により指定特定重要港湾として指定された港湾であって、第一条の規定による改正後の港湾法（以下「第一条による改正後の法」という。）第二条第二項に規定する国際戦略港湾又は国際拠点港湾に該当するものは、第一条による改正後の法第二条の二第一項の規定により指定港湾として指定されたものとみなす。
２　第一条による改正前の法第五十条の四第二項の規定による認定を受けた者であって、当該認定が前項の規定により指定港湾として指定されたものとみなされた港湾の港湾管理者によりされたものであるものは、第一条による改正後の法第五十条の四第二項の規定により当該港湾管理者の認定を受けた者とみなす。
３　第一条による改正後の法第五十二条の規定は、平成二十三年度以降の年度の予算に係る国の負担（当該国の負担に係る港湾管理者の負担を含む。以下この項において同じ。）であって、平成二十二年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされたもの以外のものについて適用し、平成二十二年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担及び平成二十二年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担で平成二十三年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。
（第二条の規定による改正に伴う経過措置）
第三条　第二条の規定による改正後の港湾法（以下「第二条による改正後の法」という。）第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を受けようとする者は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日前においても、第二条による改正後の法第四十三条の十二の規定の例により、その申請をすることができる。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者が第二条による改正後の法第四十三条の十一第一項若しくは附則第二十項又は同条第六項の規定による指定をする場合において、当該指定に係る国際戦略港湾又は国際拠点港湾における埠頭群又は特定埠頭群に第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条の規定による改正前の港湾法（以下「第二条による改正前の法」という。）第五十四条の三第七項の規定により貸し付けられている行政財産又は第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条による改正前の法第五十五条第一項若しくは第四項の規定により貸し付けられている行政財産を含む埠頭があるときは、当該埠頭は、当該埠頭に係るこれらの行政財産の貸付けがされている間は、当該埠頭群又は特定埠頭群に含まれないものとする。
３　第二条による改正後の法第四十三条の十一第二項の規定による指定及び同条第三項の規定による公示は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日前においても、第二条による改正後の法第四十三条の十一第二項及び第三項の規定の例により行うことができる。
４　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際現に国際戦略港湾又は国際拠点港湾において第二条による改正前の法第五十四条の三第七項の規定による行政財産の貸付けを受けている者については、同条第二項の認定並びに同条第十一項及び第十二項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
５　前項に規定する者に係る同項に規定する行政財産の貸付けについては、第二条による改正前の法第五十四条の三第七項から第九項まで及び第十三項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
６　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際現に第二条による改正前の法第五十五条第一項又は第四項の規定による行政財産の貸付けを受けている者については、第二条による改正前の法第五十条の四第二項の認定及び同条第七項から第九項までの規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
７　前項に規定する者に係る同項に規定する行政財産の貸付けについては、第二条による改正前の法第五十五条第一項、第四項から第六項まで及び第八項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
８　附則第一条第二号に掲げる規定の施行前に第二条による改正前の法第五十五条の八第一項の国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けを受けて行われた港湾施設の建設若しくは改良又は同号に掲げる規定の施行の際現に同項の国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けを受けて行われている港湾施設の建設若しくは改良に係る同項の国の貸付け及び当該国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けについては、同条の規定は、同号に掲げる規定の施行後においても、なおその効力を有する。
９　前項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条による改正前の法第五十五条の八第一項の国の貸付けについては、特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）第百九十八条第七項第十三号の国の貸付けとみなして同法の規定を適用する。この場合において、同法第二百一条第三項第一号ニ及び第二号ニ並びに第二百三条第三項中「第五十五条の八第一項」とあるのは、「港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第九号）附則第三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の港湾法第五十五条の八第一項」とする。
（処分、手続等の効力に関する経過措置）
第四条　前二条に定めるもののほか、この法律の各改正規定の施行前にこの法律による改正前のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の規定によってした処分、手続その他の行為であって、この法律による改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）に相当する規定があるものは、これらの規定によってした処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第五条　附則第一条第二号に掲げる規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第六条　附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要となる経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
（検討）
第七条　政府は、この法律の施行後十年を経過した場合において、第一条及び第二条の規定による改正後の港湾法並びに第三条の規定による改正後の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
（第一条の規定による改正に伴う関係法律の一部改正）
第八条　次に掲げる法律の規定中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
一　土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第十七条第一項第三号ハ
二　海岸法（昭和三十一年法律第百一号）第四条第二項
三　都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第十五条第一項第四号
四　環境影響評価法（平成九年法律第八十一号）第四十七条
五　原子力発電施設等立地地域の振興に関する特別措置法（平成十二年法律第百四十八号）別表港湾の項
六　駐留軍等の再編の円滑な実施に関する特別措置法（平成十九年法律第六十七号）別表三の項
第九条　道路法（昭和二十七年法律第百八十号）の一部を次のように改正する。
第五条第一項中「あわせて」を「併せて」に、「一に」を「いずれかに」に改め、同項第四号中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾若しくは国際拠点港湾」に改める。
第七条第一項中「且つ、左の各号の一」を「かつ、次の各号のいずれか」に改め、同項第一号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾、重要港湾」に改め、同項第五号中「一に規定する」を「いずれかに該当する」に改め、同項第六号中「を除く外」を「のほか」に改める。
第十条　離島振興法（昭和二十八年法律第七十二号）の一部を次のように改正する。
別表（一）中「第五十二条第二項第一号、第二号、第五号及び第六号」を「第五十二条第二項第四号、第七号及び第八号」に改める。
第十一条　港湾整備促進法（昭和二十八年法律第百七十号）の一部を次のように改正する。
第二条中「に規定する重要港湾」を「第二条第二項に規定する国際戦略港湾、国際拠点港湾若しくは重要港湾」に、「地方港湾」を「同項に規定する地方港湾」に、「左に」を「次に」に改め、同条第二号中「埋立」を「埋立て」に改める。
第十二条　特定港湾施設整備特別措置法（昭和三十四年法律第六十七号）の一部を次のように改正する。
第四条中第五号を第六号とし、第四号を第五号とし、第三号を第四号とし、同条第二号中「重要港湾（」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾（」に、「前号」を「前二号」に改め、同号を同条第三号とし、同条第一号中「特定重要港湾（」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾（」に、「特定重要港湾を除く」を「国際拠点港湾を除く。次号において同じ」に、「第五十二条第二項第一号」を「第五十二条第二項第三号」に改め、同号を同条第二号とし、同号の前に次の一号を加える。
一　国際戦略港湾（北海道及び沖縄県の国際戦略港湾を除く。次号及び第三号において同じ。）において施行する工事（港湾法第五十二条第二項第一号に規定する施設に係る工事に限る。）　十分の四・四
第十三条　港湾法の一部を改正する法律（平成十二年法律第三十三号）の一部を次のように改正する。
附則第三条中「新港湾法第五十二条第一項第四号」を「港湾法第五十二条第一項第五号」に改める。
第十四条　国際航海船舶及び国際港湾施設の保安の確保等に関する法律（平成十六年法律第三十一号）の一部を次のように改正する。
第二十九条第一項中「重要港湾（」を「国際戦略港湾等（」に改め、「規定する」の下に「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は」を加える。
第三十七条中「重要港湾」を「国際戦略港湾等」に改める。
第十五条　流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律（平成十七年法律第八十五号）の一部を次のように改正する。
第六条第一項中「重要港湾（」を削り、「の重要港湾をいう。）」を「に規定する国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第十六条　地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律の一部を次のように改正する。
第三十一条のうち、港湾法第四条第四項の改正規定中「、「関係地方公共団体より同項の規定による」を「関係地方公共団体から同項の」に、「又は同項」を「、又は同項」に、「、議会」を「議会」に」を削り、「左の」を「次に掲げる」に、「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第九項の改正規定中「第七項の」を「第七項」に改め、「の規定による」及び「、「且つ」を「かつ」に」を削り、同条第七項に各号を加える改正規定中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同法第六十条第一号の改正規定中「同意（」の下に「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は」を加える。
第三十三条のうち道路法第七条の改正規定中「第七条第一項中「且つ、左の各号の一」を「かつ、次の各号のいずれか」に改め、同項第五号中「一に規定する」を「いずれかに該当する」に改め、同項第六号中「を除く外」を「のほか」に改め、同条第三項」を「第七条第三項」に改める。
附則第十三条第一項及び第二項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾、重要港湾」に改める。
（第二条の規定による改正に伴う関係法律の一部改正）
第十七条　道路法の一部を次のように改正する。
第五条第一項第四号中「附則第五項」を「附則第二項」に改める。
第十八条　広域臨海環境整備センター法（昭和五十六年法律第七十六号）の一部を次のように改正する。
附則第三条第一項中「附則第十六項」を「附則第四項」に改め、同条第二項中「附則第二十二項及び第二十四項」を「附則第十項及び第十二項」に改める。
第十九条　地価税法（平成三年法律第六十九号）の一部を次のように改正する。
別表第一第十九号中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改める。
第二十条　特別会計に関する法律の一部を次のように改正する。
第百九十八条第七項第十三号中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改める。
附則第五十一条第二項から第五項までの規定中「附則第十五項から第十七項まで若しくは第二十七項」を「附則第三項から第五項まで若しくは第十五項」に改める。
（調整規定）
第二十一条　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日が地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日前である場合には、附則第三条第二項及び第四項中「第五十四条の三第七項」とあるのは「第五十四条の三第六項」と、同項中「同条第十一項及び第十二項」とあるのは「同条第十項及び第十一項」と、同条第五項中「第五十四条の三第七項から第九項まで及び第十三項」とあるのは「第五十四条の三第六項から第八項まで及び第十二項」とする。
内閣総理大臣　菅直人
財務大臣　野田佳彦
国土交通大臣　大畠章宏
環境大臣　松本龍
防衛大臣　北澤俊美
港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律をここに公布する。
御名御璽
平成二十三年三月三十一日
内閣総理大臣　菅直人
法律第九号
港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律
（港湾法の一部改正）
第一条　港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）の一部を次のように改正する。
第二条第二項を次のように改める。
２　この法律で「国際戦略港湾」とは、長距離の国際海上コンテナ運送に係る国際海上貨物輸送網の拠点となり、かつ、当該国際海上貨物輸送網と国内海上貨物輸送網とを結節する機能が高い港湾であつて、その国際競争力の強化を重点的に図ることが必要な港湾として政令で定めるものをいい、「国際拠点港湾」とは、国際戦略港湾以外の港湾であつて、国際海上貨物輸送網の拠点となる港湾として政令で定めるものをいい、「重要港湾」とは、国際戦略港湾及び国際拠点港湾以外の港湾であつて、海上輸送網の拠点となる港湾その他の国の利害に重大な関係を有する港湾として政令で定めるものをいい、「地方港湾」とは、国際戦略港湾、国際拠点港湾及び重要港湾以外の港湾をいう。
第二条の二の見出しを「（指定港湾の指定）」に改め、同条第一項中「特定重要港湾で」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾で」に、「特定重要港湾の」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の」に、「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改め、同条第二項中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾」に改め、同条第四項中「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改める。
第三条の三第一項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第三項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「きかなければ」を「聴かなければ」に改め、同条第四項、第八項及び第九項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第四条第四項中「より同項の規定による」を「から同項の」に、「又は同項」を「、又は同項」に、「、議会」を「議会」に、「左の」を「次に掲げる」に改め、同項第一号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第九項中「申出」を「規定による申出」に、「且つ、重要港湾」を「かつ、国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第二十四条の二第一項、第三十五条の二第一項、第四十二条第一項並びに第四十三条第一号及び第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第四十四条の二第二項中「政令で定める重要港湾」を「国際戦略港湾」に改める。
第四十九条中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「手続」を「ところ」に、「公表し、且つ、その写」を「公表するとともに、その写し」に改める。
第五十条の四第一項及び第五十条の五第一項中「指定特定重要港湾」を「指定港湾」に改める。
第五十一条中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「設くべき」を「設けるべき」に改める。
第五十二条第一項中「重要港湾に」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾に」に改め、同項第四号中「前三号」を「前各号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第三号を同項第四号とし、同項第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第三号とし、同項第一号中「重要港湾が国際海上輸送網又は国内海上輸送網」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾が海上輸送網」に改め、「係留施設」の下に「（前号に規定する係留施設を除く。）」を加え、同号を同項第二号とし、同号の前に次の一号を加える。
一　国際戦略港湾が長距離の国際海上コンテナ運送に係る国際海上貨物輸送網の拠点として機能するために必要な係留施設として国土交通省令で定めるもの及びこれに附帯する荷さばき地の港湾工事
第五十二条第二項中「掲げる割合」を「定める割合」に改め、同項第六号中「前項第四号」を「前項第五号」に改め、同号を同項第八号とし、同項第五号を同項第七号とし、同項第四号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第六号とし、同項第三号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同号を同項第五号とし、同項第二号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「前号及び第六号」を「第一号、前号及び第八号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第一号中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾」に、「国際海上輸送網」を「国際海上貨物輸送網」に、「第六号」を「第一号及び第八号」に改め、同号を同項第三号とし、同号の前に次の二号を加える。
一　国際戦略港湾における係留施設であつて、前項第一号の国土交通省令で定めるもの　十分の三
二　前号に掲げる施設に附帯する荷さばき地　三分の一
第五十四条の三第一項及び第五十五条の七第一項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第五十七条第二項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に、「こえる」を「超える」に改める。
附則第五項中「特定重要港湾」を「国際拠点港湾」に改める。
第二条　港湾法の一部を次のように改正する。
目次中「・第三条の三」を「―第三条の四」に、「第七章　雑則（第四十四条―第六十三条）」を「
第七章
港湾運営会社
第一節
港湾運営会社の指定等（第四十三条の十一―第四十三条の二十）
第二節
港湾運営会社の適正な運営を確保するための議決権の保有制限等（第四十三条の二十一―第四十三条の二十四）
第八章
雑則（第四十四条―第六十四条）
」に改める。
第二条に次の一項を加える。
10　この法律で「埠頭」とは、岸壁その他の係留施設及びこれに附帯する荷さばき施設その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設の総体をいう。
第二条の二を削る。
第三条の二第二項に次の一号を加える。
六　民間の能力を活用した港湾の運営その他の港湾の効率的な運営に関する基本的な事項
第三条の三第二項中「且つ」を「かつ」に改め、「保全に関する事項」の下に「、港湾の効率的な運営に関する事項」を加える。
第一章の二中第三条の三の次に次の一条を加える。
（港湾計画の変更の提案）
第三条の四　第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた者は当該指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に対して、同条第六項の規定による指定を受けた者はその指定をした港湾管理者に対して、それぞれ港湾計画を変更することを提案することができる。この場合においては、基本方針に即して、当該提案に係る港湾計画の素案を作成して、これを提示しなければならない。
２　前項の規定による提案を受けた港湾管理者は、当該提案に基づき港湾計画を変更するか否かについて、遅滞なく、当該提案をした者に通知しなければならない。この場合において、港湾計画を変更しないこととするときは、その理由を明らかにしなければならない。
第十二条第四項を次のように改める。
４　第一項第十三号に規定する料率表においては、港務局が自ら定めた料金に係る料率のほか、第四十五条第一項若しくは第二項の規定により提出を受けた書面に記載された料率又は同条第五項の規定による通知に係る料率を記載しなければならない。
第四十五条第一項中「を徴収しよう」を「（港湾運営会社が収受する次項の国土交通省令で定める料金を除く。）を収受しよう」に改め、同条第二項中「前項」を「前各項」に改め、同項を同条第六項とし、同条第一項の次に次の四項を加える。
２　港湾運営会社は、その運営する埠頭群の利用に関する料金として国土交通省令で定める料金を収受しようとするときは、料率を定め、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に料率を記載した書面を提出しなければならない。
３　前項の規定により港湾運営会社から書面の提出を受けた国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、当該書面に記載された料率が次の各号のいずれかに該当すると認めるときは、当該港湾運営会社に対し、期限を定めてその料率を変更すべきことを命ずることができる。
一　特定の利用者に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき。
二　社会的経済的事情に照らして著しく不適切であり、利用者が当該埠頭群を利用することを著しく困難にするおそれがあるものであるとき。
４　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が前項の規定による命令をしようとする場合について準用する。
５　国土交通大臣は、第二項の規定による書面の提出を受けた場合において、第三項の規定による命令をしないこととしたときは、当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に当該書面の内容を通知するものとする。
第五十条の四を削る。
第五十条の五の見出しを「（国際戦略港湾運営効率化協議会）」に改め、同条第一項を次のように改める。
国土交通大臣、国際戦略港湾の港湾管理者の長その他の関係行政機関の長又はこれらの指名する職員及び国際戦略港湾の港湾運営会社は、国際戦略港湾（第四十三条の十一第二項の規定による二以上の国際戦略港湾の指定があつた場合にあつては、当該二以上の国際戦略港湾。以下この条において同じ。）ごとに、当該国際戦略港湾に係る埠頭群の一体的な運営による当該国際戦略港湾の運営の効率化に関し必要な協議を行うため、国際戦略港湾運営効率化協議会（以下この条において「協議会」という。）を組織することができる。
第五十条の五中第二項を削り、第三項を第二項とし、第四項を第三項とし、同条第五項中「前各項」を「前三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条を第五十条の四とする。
第五十四条第一項中「（昭和二十三年法律第七十三号）」を削る。
第五十四条の三第一項中「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」を「重要港湾」に、「岸壁その他の係留施設及びこれに附帯する荷さばき施設その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設（特定国際コンテナ埠頭を除く。）」を「埠頭」に改める。
第五十五条の見出し中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同条第一項中「特定国際コンテナ埠頭」を「その指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群」に、「認定運営者」を「当該港湾運営会社」に改め、同条第二項中「前項の」を「前項の規定による」に、「位置及び名称、貸付けの時期その他の国土交通省令で定める事項」を「貸付けの期間」に、「特定港湾管理者」を「当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者」に改め、同条第三項中「第一項の」を「第一項の規定による」に改め、同条第四項中「特定港湾管理者」を「国際戦略港湾の港湾管理者」に、「特定国際コンテナ埠頭」を「第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群」に、「認定運営者」を「当該港湾運営会社」に改め、同条第八項中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同項を同条第十項とし、同条第七項中「第四項の」を「第五項の」に、「特定港湾管理者」を「国際拠点港湾の港湾管理者」に、「認定運営者」を「その指定を受けた港湾運営会社」に、「第五十五条第四項」を「第五十五条第五項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第六項中「第一項の貸付けについて」を「第一項の規定による貸付けについて、同法第二十一条、第二十三条及び第二十四条の規定は第五項の規定による貸付けについて」に、「第四項の」を「第四項又は第五項の規定による」に改め、同項を同条第七項とし、同項の次に次の一項を加える。
８　第四項の規定により国際戦略港湾の港湾管理者が同項に規定する行政財産を第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた港湾運営会社に貸し付ける場合における第四十六条第一項の規定の適用については、同項ただし書中「又は貸付を受けた者」とあるのは「貸付けを受けた者」と、「三年の期間内である場合」とあるのは「三年の期間内である場合、又は第五十五条第四項の規定により貸付けをする場合」とする。
第五十五条第五項中「及び前項」を「、第四項又は前項」に、「及び第四条」を「、第四条、第十三条及び第十四条」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項の次に次の一項を加える。
５　国際拠点港湾の港湾管理者は、国有財産法第十八条第一項又は地方自治法第二百三十八条の四第一項の規定にかかわらず、その指定を受けた港湾運営会社が運営する埠頭群を構成する国有財産法第三条第二項又は地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産を当該港湾運営会社に貸し付けることができる。
第五十五条の八の見出し中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改め、同条第一項中「特定港湾管理者が認定運営者」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の港湾管理者が港湾運営会社」に、「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に、「特定港湾管理者に」を「港湾管理者に」に改め、同条第二項中「特定港湾管理者」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾の港湾管理者」に、「認定運営者」を「港湾運営会社」に改める。
第五十六条の二の三第二項中「すべて」を「全て」に改め、同項第三号イ中「（平成十七年法律第八十六号）」を削る。
第五十六条の二の十第一項中「第六十三条第一項」を「第六十四条第二項」に改める。
第五十六条の五第一項中「者から」を「者に対し」に、「徴し」を「求め」に、「職員に当該」を「職員に、当該」に改め、同条第三項中「第一項」の下に「又は第二項」を加え、同項を同条第四項とし、同条第二項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、この法律の施行に必要な限度において、国土交通省令で定めるところにより、その指定を受けた港湾運営会社に対し、その業務若しくは経理の状況に関し報告を求め、又はその職員に、その指定を受けた港湾運営会社の事務所その他の事業場に立ち入り、業務若しくは経理の状況若しくは事業の用に供する施設、帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。
第六十一条第五項中「六箇月」を「六月」に、「三万円」を「三十万円」に改め、同項を同条第十項とし、同条第四項を同条第八項とし、同項の次に次の一項を加える。
９　第五十六条の五第二項の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、若しくは同項の規定による質問に対して陳述せず、若しくは虚偽の陳述をした場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、三十万円以下の罰金に処する。
第六十一条中第三項を第六項とし、同項の次に次の一項を加える。
７　次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、五十万円以下の罰金に処する。
一　第四十三条の十七第一項の規定による命令に違反したとき。
二　第四十五条第二項の規定による書面の提出をしないで、又は提出した書面に記載された料率によらないで、料金を収受したとき。
三　第四十五条第三項の規定による命令に違反して、料金を収受したとき。
第六十一条中第二項を第四項とし、同項の次に次の一項を加える。
５　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
一　第四十三条の二十一第三項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二　第四十三条の二十二第一項の規定による対象議決権保有届出書を提出せず、又は虚偽の記載をした対象議決権保有届出書を提出した者
第六十一条中第一項を第三項とし、同項の前に次の二項を加える。
第四十三条の二十三第一項の規定による報告若しくは資料の提出をせず、若しくは虚偽の報告若しくは資料の提出をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者は、一年以下の懲役若しくは三百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
２　第四十三条の二十一第一項又は第四項の規定に違反した者は、一年以下の懲役若しくは百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第六十三条中第二項を第三項とし、第一項を第二項とし、同項の前に次の一項を加える。
次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした港湾運営会社の取締役、執行役、会計参与若しくはその職務を行うべき社員又は監査役は、五十万円以下の過料に処する。
一　第四十三条の十三第一項の規定による認可を受けないで運営計画の変更をしたとき。
二　第四十三条の十八第一項の規定に違反して、埠頭群の運営の事業の全部を休止し、又は廃止したとき。
第六十三条を第六十四条とする。
第六十二条中「前条第一項から第四項まで」を「第六十一条第三項、第四項、第六項又は第八項」に改め、同条を第六十三条とする。
第六十一条の次に次の一条を加える。
第六十二条　法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関し、次の各号に掲げる規定の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人に対して当該各号に定める罰金刑を、その人に対して各本項の罰金刑を科する。
一　前条第一項　二億円以下の罰金刑
二　前条第二項　一億円以下の罰金刑
三　前条第五項　同項の罰金刑
２　前項の規定により法人でない団体を処罰する場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
第七章を第八章とし、第六章の次に次の一章を加える。
第七章　港湾運営会社
第一節　港湾運営会社の指定等
（港湾運営会社の指定）
第四十三条の十一　国土交通大臣は、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、国際戦略港湾ごとに一を限つて、当該国際戦略港湾における埠頭群（同一の港湾における二以上の埠頭（これを構成する係留施設及び当該係留施設に附帯する荷さばき地その他の国土交通省令で定める係留施設以外の港湾施設が国有財産法（昭和二十三年法律第七十三号）第三条第二項又は地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産からなるもののうち、その用途及び配置に応じて国土交通省令で定める基準に適合するものに限る。）の総体をいう。以下同じ。）を運営する者として指定することができる。
一　埠頭群の運営の事業の内容が当該国際戦略港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　当該国際戦略港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭と埠頭群とを一体的に運営することが当該国際戦略港湾における埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
２　その埠頭群を一体的に運営することが国際競争力の強化に資するものとして国土交通大臣が指定する二以上の国際戦略港湾に係る前項の規定による指定は、当該二以上の国際戦略港湾の埠頭群について、一体として一を限つてするものとする。この場合において、同項中「当該国際戦略港湾」とあるのは、「当該申請に係る二以上の国際戦略港湾」とする。
３　国土交通大臣は、前項の規定による指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
４　国土交通大臣は、第二項の規定による指定について指定の事由がなくなつたと認めるときは、当該指定を取り消すものとする。
５　第三項の規定は、前項の規定による指定の取消しについて準用する。
６　国際拠点港湾の港湾管理者は、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、一を限つて、当該国際拠点港湾における埠頭群を運営する者として指定することができる。
一　埠頭群の運営の事業の内容が当該国際拠点港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　当該国際拠点港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭と埠頭群とを一体的に運営することが当該国際拠点港湾における埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
７　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は前項の申請をした者が次の各号のいずれかに該当するときは、第一項又は前項の規定による指定をしないものとする。
一　取締役及び監査役（委員会設置会社にあつては、取締役及び執行役。次号において「役員」という。）のうちに、成年被後見人若しくは被保佐人又は破産手続開始の決定を受けて復権を得ない者があること。
二　役員のうちに、禁錮以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなつた日から五年を経過していない者があること。
８　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は第六項の申請があつたときは、国土交通省令で定めるところにより、当該申請の内容を二週間公衆の縦覧に供しなければならない。
９　前項の規定により縦覧に供された申請の内容について利害関係を有する者は、縦覧期間満了の日までの間に、当該縦覧をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に意見書を提出することができる。
10　国土交通大臣は、第一項の規定による指定をしようとするときは、あらかじめ、当該指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者の同意を得なければならない。
11　国際拠点港湾の港湾管理者は、第六項の申請に係る埠頭群が次に掲げる港湾施設を含むものである場合において、同項の規定による指定をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣の同意を得なければならない。
一　国有財産法第三条第二項に規定する行政財産である港湾施設
二　その工事の費用を国が負担し、又は補助した地方自治法第二百三十八条第四項に規定する行政財産である港湾施設
12　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、第一項又は第六項の規定による指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、当該指定を受けた者（以下「港湾運営会社」という。）の商号及び本店の所在地を公示しなければならない。
13　港湾運営会社は、その商号又は本店の所在地を変更しようとするときは、あらかじめ、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
14　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、前項の規定による届出があつたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
第四十三条の十二　前条第一項又は第六項の規定による指定を受けようとする者は、国土交通省令で定めるところにより、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に提出しなければならない。
一　商号及び本店の所在地
二　次に掲げる事項を記載した埠頭群の運営の事業に関する計画（以下「運営計画」という。）
イ　埠頭群（当該港湾において埠頭群に含まれない埠頭を運営する場合にあつては、当該埠頭を含む。ロ及びハにおいて同じ。）において施設又は役務を提供する時間
ロ　埠頭群の運営に必要な荷さばき施設その他の国土交通省令で定める港湾施設であつて、自らその建設又は改良を行うものの位置、種類、構造その他の国土交通省令で定める事項
ハ　埠頭群の運営の体制に関する事項として国土交通省令で定めるもの
ニ　イからハまでに掲げるもののほか、国土交通省令で定める事項
２　前項の申請書には、事業収支見積書その他国土交通省令で定める書類を添付しなければならない。
（運営計画の変更）
第四十三条の十三　港湾運営会社は、運営計画を変更しようとするときは、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の認可を受けなければならない。ただし、国土交通省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２　第四十三条の十一第一項（第三号を除く。）の規定は前項の国土交通大臣の認可について、同条第六項（第三号を除く。）の規定は前項の国際拠点港湾の港湾管理者の認可について、それぞれ準用する。
３　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が第一項の認可をしようとする場合について準用する。
４　国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定について第四十三条の十一第十一項の規定により国土交通大臣の同意を得た港湾運営会社について第一項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣の同意を得なければならない。
５　港湾運営会社は、第一項ただし書の国土交通省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨をその指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
（臨港地区内における行為の届出の特例）
第四十三条の十四　港湾運営会社が第四十三条の十一第一項若しくは第六項の規定による指定又は前条第一項の認可を受けたときは、当該指定又は認可に係る運営計画に記載された第四十三条の十二第一項第二号ロの国土交通省令で定める港湾施設の建設又は改良のうち、当該建設又は改良を行うに当たり、第三十八条の二第一項又は第四項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により届出をしたものとみなす。
（合併及び分割）
第四十三条の十五　港湾運営会社の合併及び分割の決議は、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の認可を受けなければ、その効力を生じない。
２　第四十三条の十一第十項の規定は国土交通大臣が前項の認可をしようとする場合について、第四十三条の十三第四項の規定は国際拠点港湾の港湾管理者が前項の認可をしようとする場合について、それぞれ準用する。
（区分経理）
第四十三条の十六　港湾運営会社は、国土交通省令で定めるところにより、埠頭群の運営の事業に係る経理とその他の事業に係る経理とを区分して整理しなければならない。
（監督命令）
第四十三条の十七　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、埠頭群の運営の事業の適正な実施を確保するため必要があると認めるときは、その指定を受けた港湾運営会社に対し、業務に関し監督上必要な命令をすることができる。
２　国土交通大臣は、前項の命令をするに当たり、必要があると認めるときは、当該港湾運営会社の指定に係る国際戦略港湾の港湾管理者に対し、意見を求めることができる。
（事業の休止及び廃止）
第四十三条の十八　港湾運営会社は、埠頭群の運営の事業の全部を休止し、又は廃止しようとするときは、その指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者の許可を受けなければならない。
２　第四十三条の十一第十項の規定は、国土交通大臣が前項の許可をしようとする場合について準用する。
３　国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定について第四十三条の十一第十一項の規定により国土交通大臣の同意を得た港湾運営会社について第一項の許可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣にその旨を通知しなければならない。
４　国土交通大臣は、前項の規定による通知があつたときは、その通知をした国際拠点港湾の港湾管理者に対し、第一項の許可に関し必要と認める意見を述べることができる。
（指定の取消し）
第四十三条の十九　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定を受けた港湾運営会社が次の各号のいずれかに該当するときは、第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消すことができる。
一　埠頭群の運営の事業を適正に行うことができないと認められるとき。
二　この法律又はこの法律に基づく命令の規定に違反したとき。
三　第四十三条の十七第一項の規定による命令に違反したとき。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、その指定を受けた港湾運営会社が前条第一項の規定による埠頭群の運営の事業の全部の廃止の許可を受けたときは、第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消すものとする。
３　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、前二項の規定により第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消したときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
４　第四十三条の十一第十項の規定は国土交通大臣が第一項の規定による指定の取消しをしようとする場合について、前条第三項及び第四項の規定は国際拠点港湾の港湾管理者が第一項の規定による指定の取消しをしようとする場合について、それぞれ準用する。
（指定を取り消した場合における措置）
第四十三条の二十　国際戦略港湾の港湾運営会社は、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第一項の規定による指定を取り消されたときは、その指定に係る埠頭群の運営の事業の全部を、当該国際戦略港湾の港湾管理者又は当該埠頭群の運営の事業の全部を承継するものとして国土交通大臣が指定する港湾運営会社に引き継がなければならない。
２　国際拠点港湾の港湾運営会社は、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第六項の規定による指定を取り消されたときは、その指定に係る埠頭群の運営の事業の全部を、当該国際拠点港湾の港湾管理者又は当該埠頭群の運営の事業の全部を承継するものとして当該国際拠点港湾の港湾管理者が指定する港湾運営会社に引き継がなければならない。
３　前二項に規定するもののほか、前条第一項又は第二項の規定により第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を取り消された場合における埠頭群の運営の事業の引継ぎその他の必要な事項は、国土交通省令で定める。
第二節　港湾運営会社の適正な運営を確保するための議決権の保有制限等
（議決権の保有制限）
第四十三条の二十一　何人も、港湾運営会社の総株主の議決権（株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下この章において同じ。）の百分の二十（その者が港湾運営会社の財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実として国土交通省令で定める事実がある場合には、百分の十五。以下この条において「保有基準割合」という。）以上の数の議決権（社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含み、取得又は保有の態様その他の事情を勘案して国土交通省令で定めるものを除く。以下この章において「対象議決権」という。）を取得し、又は保有してはならない。ただし、地方公共団体若しくは港務局又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社が取得し、又は保有する場合は、この限りでない。
２　前項本文の規定は、保有する対象議決権の数に増加がない場合その他の国土交通省令で定める場合において、港湾運営会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなるときには、適用しない。
３　前項の場合において、港湾運営会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなつた者（以下この条において「特定保有者」という。）は、国土交通省令で定めるところにより、特定保有者になつた旨その他国土交通省令で定める事項を当該港湾運営会社の指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に届け出なければならない。
４　第二項の場合において、特定保有者は、特定保有者となつた日から三月以内に、港湾運営会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置をとらなければならない。
５　次の各号に掲げる場合における前各項の規定の適用については、当該各号に定める対象議決権は、これを取得し、又は保有するものとみなす。
一　金銭の信託契約その他の契約又は法律の規定に基づき、港湾運営会社の対象議決権を行使することができる権限又は当該対象議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合　当該対象議決権
二　株式の所有関係、親族関係その他の国土交通省令で定める特別の関係にある者が港湾運営会社の対象議決権を取得し、又は保有する場合　当該特別の関係にある者が取得し、又は保有する対象議決権
６　前各項の規定の適用に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
（対象議決権保有届出書の提出）
第四十三条の二十二　港湾運営会社の総株主の議決権の百分の五を超える対象議決権の保有者（地方公共団体及び港務局以外の者に限る。以下この項において「対象議決権保有者」という。）となつた者は、国土交通省令で定めるところにより、対象議決権保有割合（対象議決権保有者の保有する当該対象議決権の数を当該港湾運営会社の総株主の議決権の数で除して得た割合をいう。）、保有の目的その他国土交通省令で定める事項を記載した対象議決権保有届出書を当該港湾運営会社の指定をした国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者に提出しなければならない。
２　前条第五項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
（対象議決権保有届出書の提出者に対する報告の徴収及び検査）
第四十三条の二十三　前条第一項の規定により対象議決権保有届出書の提出を受けた国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者は、当該対象議決権保有届出書のうちに虚偽の記載があり、又は記載すべき事項の記載が欠けている疑いがあると認めるときは、当該対象議決権保有届出書の提出者に対し参考となるべき報告若しくは資料の提出を命じ、又はその職員に当該提出者の書類その他の物件の検査（当該対象議決権保有届出書の記載に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
２　前項の規定により検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
３　第一項の規定による検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（発行済株式の総数等の公表）
第四十三条の二十四　港湾運営会社は、国土交通省令で定めるところにより、その発行済株式の総数、総株主の議決権の数その他の国土交通省令で定める事項を公表しなければならない。
附則中第二項の前の見出し及び同項から第四項までを削り、第五項を第二項とし、第六項の前の見出し及び同項から第十四項までを削り、第十五項を第三項とし、第十六項から第十八項までを十二項ずつ繰り上げる。
附則第十九項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に改め、同項を附則第七項とする。
附則第二十項中「附則第十五項」を「附則第三項」に改め、同項を附則第八項とする。
附則第二十一項中「附則第十五項」を「附則第三項」に改め、同項を附則第九項とする。
附則第二十二項中「附則第十六項」を「附則第四項」に改め、同項を附則第十項とする。
附則第二十三項中「附則第十七項」を「附則第五項」に改め、同項を附則第十一項とする。
附則第二十四項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に、「附則第十八項及び第十九項」を「附則第六項及び第七項」に改め、同項を附則第十二項とする。
附則第二十五項中「附則第十五項から第十七項まで」を「附則第三項から第五項まで」に、「沖縄振興開発特別措置法」を「失効前の沖縄振興開発特別措置法」に、「附則第二十一項」を「附則第九項」に、「附則第二十二項若しくは第二十三項」を「附則第十項若しくは第十一項」に改め、同項を附則第十三項とする。
附則第二十六項中「附則第二十一項」を「附則第九項」に、「沖縄振興開発特別措置法」を「失効前の沖縄振興開発特別措置法」に、「附則第二十二項若しくは第二十三項」を「附則第十項若しくは第十一項」に改め、同項を附則第十四項とする。
附則中第二十七項を第十五項とし、第二十八項を第十六項とし、附則第二十九項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十七項とする。
附則第三十項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十八項とする。
附則第三十一項中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改め、同項を附則第十九項とし、同項の次に次の見出し及び十二項を加える。
（特定の国際戦略港湾の港湾運営会社の指定に関する特例）
20　国土交通大臣は、港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第九号）附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日から三月以内に国際戦略港湾（第四十三条の十一第二項の規定による二以上の国際戦略港湾の指定があつた場合にあつては、当該二以上の国際戦略港湾。以下この項及び附則第三十項において同じ。）における第四十三条の十一第一項の申請がなかつた場合又は同日から三月以内に同項の申請をした者の全てについて同項の指定をしないこととした場合であつて、当面同項の指定をする見込みがないと認めるときは、その埠頭の管理運営の状況その他の状況を勘案して国際戦略港湾の埠頭群の区分を指定し、当該埠頭群の区分ごとに、次に掲げる要件を備えていると認められる株式会社を、その申請により、一を限つて、当該区分に係る埠頭群の部分（以下「特定埠頭群」という。）を運営する者（以下「特例港湾運営会社」という。）として指定することができる。
一　特定埠頭群の運営の事業の内容が国際戦略港湾の港湾計画に適合するものであること。
二　前号に掲げるもののほか、特定埠頭群の運営の事業に関する適正かつ確実な計画を有するものであること。
三　特定埠頭群を運営することについて十分な経理的基礎を有するものであること。
四　国際戦略港湾において特定埠頭群に含まれない埠頭（特定埠頭群の周辺の国土交通大臣が指定する区域内に存するものに限る。）を運営する場合にあつては、当該埠頭と特定埠頭群とを一体的に運営することが国際戦略港湾における特定埠頭群の運営の効率化に資するものであること。
21　国土交通大臣は、前項の規定による埠頭群の区分の指定又は同項第四号の規定による区域の指定をしたときは、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
22　第四十三条の十一第四項及び第五項の規定は、附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定について準用する。
23　国土交通大臣は、附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定をしたときは、その日から起算して四年を経過する日までの間（前項において準用する第四十三条の十一第四項の規定により埠頭群の区分の指定を取り消す場合にあつては、当該取消しを行うまでの間）は、同条第一項の規定による指定を行わないものとする。
24　附則第二十項の申請は、同項の規定による埠頭群の区分の指定があつた日から起算して一年を経過する日までの間に限り行うことができる。
25　第四十三条の十一第七項から第十項まで及び第四十三条の十二の規定は、附則第二十項の規定による特例港湾運営会社の指定について準用する。この場合において、同条第一項第二号中「埠頭群」とあるのは「附則第二十項に規定する特定埠頭群」と、「埠頭を運営する」とあるのは「埠頭（附則第二十項第四号の国土交通大臣が指定する区域内に存するものに限る。）を運営する」と読み替えるものとする。
26　附則第二十項の規定による指定を受けた特例港湾運営会社については、同項の規定による指定を第四十三条の十一第一項の規定による指定と、当該特例港湾運営会社を同項の規定による指定を受けた港湾運営会社と、特定埠頭群を埠頭群とそれぞれみなして、この法律及び特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）の規定を適用する。この場合において、第四十三条の十三第二項中「第四十三条の十一第一項」とあるのは、「附則第二十項」とする。
27　附則第二十項の規定による特例港湾運営会社の指定は、同項の埠頭群の区分の指定があつた日から起算して四年を経過する日限り、その効力を失う。
28　特例港湾運営会社は、前項の規定により附則第二十項の規定による指定の効力が失われたときは、その指定に係る特定埠頭群の運営の事業の全部を、当該特定埠頭群に係る国際戦略港湾の港湾管理者又は当該国際戦略港湾に係る第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けた者に引き継がなければならない。
29　第四十三条の二十第三項の規定は、前項に規定する場合について準用する。
30　附則第二十項の規定による埠頭群の区分の指定があつた日から起算して四年を経過する日において、当該指定に係る国際戦略港湾における特定埠頭群の全てを同一の特例港湾運営会社が同項の規定による指定を受けて運営している場合には、当該特例港湾運営会社については、附則第二十八項の規定は、適用しない。この場合において、当該特例港湾運営会社は、当該四年を経過する日の翌日において、第四十三条の十一第一項の規定による指定を受けたものとみなす。
（特定の国際拠点港湾の港湾運営会社に関する特例）
31　長距離の国際海上コンテナ運送の用に供される国土交通省令で定める規模以上の埠頭を有する国際拠点港湾であつて、コンテナ取扱量その他の国土交通省令で定める事情を勘案し、民間の能力の活用によりその運営の効率化を図ることが国際競争力の強化を図るため特に重要なものとして政令で定めるものについては、当分の間、当該国際拠点港湾を国際戦略港湾とみなして、国際戦略港湾における港湾運営会社及び特例港湾運営会社に関する規定を適用する。この場合において、附則第二十三項及び第二十七項並びに前項中「四年」とあるのは「五年」と、附則第二十四項中「一年」とあるのは「二年」とする。
附則第三十二項を削る。
（特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部改正）
第三条　特定外貿埠頭の管理運営に関する法律（昭和五十六年法律第二十八号）の一部を次のように改正する。
第四条を次のように改める。
（議決権の保有制限）
第四条　何人も、指定会社の総株主の議決権（株主総会において決議をすることができる事項の全部につき議決権を行使することができない株式についての議決権を除き、会社法（平成十七年法律第八十六号）第八百七十九条第三項の規定により議決権を有するものとみなされる株式についての議決権を含む。以下同じ。）の百分の二十（その者が指定会社の財務及び営業の方針の決定に対して重要な影響を与えることが推測される事実として国土交通省令で定める事実がある場合には、百分の十五。以下この条において「保有基準割合」という。）以上の数の議決権（社債、株式等の振替に関する法律（平成十三年法律第七十五号）第百四十七条第一項又は第百四十八条第一項の規定により発行者に対抗することができない株式に係る議決権を含み、取得又は保有の態様その他の事情を勘案して国土交通省令で定めるものを除く。以下「対象議決権」という。）を取得し、又は保有してはならない。ただし、地方公共団体若しくは港務局（港湾法第四条第一項の規定による港務局をいう。次条第一項において同じ。）又はその総株主の議決権の三分の二以上の数の議決権を地方公共団体が保有している株式会社が取得し、又は保有する場合は、この限りでない。
２　前項本文の規定は、保有する対象議決権の数に増加がない場合その他の国土交通省令で定める場合において、指定会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなるときには、適用しない。
３　前項の場合において、指定会社の総株主の議決権の保有基準割合以上の数の対象議決権を取得し、又は保有することとなつた者（以下この条において「特定保有者」という。）は、国土交通省令で定めるところにより、特定保有者になつた旨その他国土交通省令で定める事項を国土交通大臣に届け出なければならない。
４　第二項の場合において、特定保有者は、特定保有者となつた日から三月以内に、指定会社の保有基準割合未満の数の対象議決権の保有者となるために必要な措置をとらなければならない。
５　次の各号に掲げる場合における前各項の規定の適用については、当該各号に定める対象議決権は、これを取得し、又は保有するものとみなす。
一　金銭の信託契約その他の契約又は法律の規定に基づき、指定会社の対象議決権を行使することができる権限又は当該対象議決権の行使について指図を行うことができる権限を有し、又は有することとなる場合　当該対象議決権
二　株式の所有関係、親族関係その他の国土交通省令で定める特別の関係にある者が指定会社の対象議決権を取得し、又は保有する場合　当該特別の関係にある者が取得し、又は保有する対象議決権
６　前各項の規定の適用に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
第四条の次に次の三条を加える。
（対象議決権保有届出書の提出）
第四条の二　指定会社の総株主の議決権の百分の五を超える対象議決権の保有者（地方公共団体及び港務局以外の者に限る。以下この項において「対象議決権保有者」という。）となつた者は、国土交通省令で定めるところにより、対象議決権保有割合（対象議決権保有者の保有する当該対象議決権の数を当該指定会社の総株主の議決権の数で除して得た割合をいう。）、保有の目的その他国土交通省令で定める事項を記載した対象議決権保有届出書を国土交通大臣に提出しなければならない。
２　前条第五項の規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
（対象議決権保有届出書の提出者に対する報告の徴収及び検査）
第四条の三　国土交通大臣は、前条第一項の対象議決権保有届出書のうちに虚偽の記載があり、又は記載すべき事項の記載が欠けている疑いがあると認めるときは、当該対象議決権保有届出書の提出者に対し参考となるべき報告若しくは資料の提出を命じ、又はその職員に当該提出者の書類その他の物件の検査（当該対象議決権保有届出書の記載に関し必要な検査に限る。）をさせることができる。
２　前項の規定により検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
３　第一項の規定による検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
（発行済株式の総数等の公表）
第四条の四　指定会社は、国土交通省令で定めるところにより、その発行済株式の総数、総株主の議決権の数その他の国土交通省令で定める事項を公表しなければならない。
第十三条第二項を次のように改める。
２　第四条の三第二項及び第三項の規定は、前項の規定による立入検査について準用する。
第十三条第三項を削る。
第十八条第五号を削り、同条を第二十三条とし、第十七条の前の見出しを削り、同条を第二十一条とし、同条の次に次の一条を加える。
第二十二条　法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務又は財産に関し、次の各号に掲げる規定の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人に対して当該各号に定める罰金刑を、その人に対して各本条の罰金刑を科する。
一　第十七条　二億円以下の罰金刑
二　第十八条　一億円以下の罰金刑
三　第十九条　同条の罰金刑
２　前項の規定により法人でない団体を処罰する場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
第十六条の次に次の見出し及び四条を加える。
（罰則）
第十七条　第四条の三第一項の規定による報告若しくは資料の提出をせず、若しくは虚偽の報告若しくは資料の提出をし、又は同項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避した者は、一年以下の懲役若しくは三百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第十八条　第四条第一項又は第四項の規定に違反した者は、一年以下の懲役若しくは百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
第十九条　次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。
一　第四条第三項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
二　第四条の二第一項の規定による対象議決権保有届出書を提出せず、又は虚偽の記載をした対象議決権保有届出書を提出した者
第二十条　第十二条の規定による命令に違反した場合には、その違反行為をした指定会社の取締役、執行役、会計参与（会計参与が法人であるときは、その職務を行うべき社員）、監査役又は職員は、百万円以下の罰金に処する。
附　則
（施行期日）
第一条　この法律は、平成二十三年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一　第二条中港湾法第三条の二第二項に一号を加える改正規定及び同法第三条の三第二項の改正規定並びに附則第三条第一項及び第三項の規定　公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日
二　第二条（前号に掲げる改正規定を除く。）及び第三条並びに附則第三条第二項及び第四項から第九項まで並びに附則第十七条から第二十一条までの規定　公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日
三　附則第十六条の規定　この法律の公布の日又は地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律（平成二十三年法律第▼▼▼号）の公布の日のいずれか遅い日
（第一条の規定による改正に伴う経過措置）
第二条　第一条の規定による改正前の港湾法（以下「第一条による改正前の法」という。）第二条の二第一項の規定により指定特定重要港湾として指定された港湾であって、第一条の規定による改正後の港湾法（以下「第一条による改正後の法」という。）第二条第二項に規定する国際戦略港湾又は国際拠点港湾に該当するものは、第一条による改正後の法第二条の二第一項の規定により指定港湾として指定されたものとみなす。
２　第一条による改正前の法第五十条の四第二項の規定による認定を受けた者であって、当該認定が前項の規定により指定港湾として指定されたものとみなされた港湾の港湾管理者によりされたものであるものは、第一条による改正後の法第五十条の四第二項の規定により当該港湾管理者の認定を受けた者とみなす。
３　第一条による改正後の法第五十二条の規定は、平成二十三年度以降の年度の予算に係る国の負担（当該国の負担に係る港湾管理者の負担を含む。以下この項において同じ。）であって、平成二十二年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされたもの以外のものについて適用し、平成二十二年度以前の年度の国庫債務負担行為に基づき平成二十三年度以降の年度に支出すべきものとされた国の負担及び平成二十二年度以前の年度の歳出予算に係る国の負担で平成二十三年度以降の年度に繰り越されたものについては、なお従前の例による。
（第二条の規定による改正に伴う経過措置）
第三条　第二条の規定による改正後の港湾法（以下「第二条による改正後の法」という。）第四十三条の十一第一項又は第六項の規定による指定を受けようとする者は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日前においても、第二条による改正後の法第四十三条の十二の規定の例により、その申請をすることができる。
２　国土交通大臣又は国際拠点港湾の港湾管理者が第二条による改正後の法第四十三条の十一第一項若しくは附則第二十項又は同条第六項の規定による指定をする場合において、当該指定に係る国際戦略港湾又は国際拠点港湾における埠頭群又は特定埠頭群に第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条の規定による改正前の港湾法（以下「第二条による改正前の法」という。）第五十四条の三第七項の規定により貸し付けられている行政財産又は第七項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条による改正前の法第五十五条第一項若しくは第四項の規定により貸し付けられている行政財産を含む埠頭があるときは、当該埠頭は、当該埠頭に係るこれらの行政財産の貸付けがされている間は、当該埠頭群又は特定埠頭群に含まれないものとする。
３　第二条による改正後の法第四十三条の十一第二項の規定による指定及び同条第三項の規定による公示は、附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日前においても、第二条による改正後の法第四十三条の十一第二項及び第三項の規定の例により行うことができる。
４　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際現に国際戦略港湾又は国際拠点港湾において第二条による改正前の法第五十四条の三第七項の規定による行政財産の貸付けを受けている者については、同条第二項の認定並びに同条第十一項及び第十二項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
５　前項に規定する者に係る同項に規定する行政財産の貸付けについては、第二条による改正前の法第五十四条の三第七項から第九項まで及び第十三項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
６　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際現に第二条による改正前の法第五十五条第一項又は第四項の規定による行政財産の貸付けを受けている者については、第二条による改正前の法第五十条の四第二項の認定及び同条第七項から第九項までの規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
７　前項に規定する者に係る同項に規定する行政財産の貸付けについては、第二条による改正前の法第五十五条第一項、第四項から第六項まで及び第八項の規定は、当該貸付けに係る契約の期間が満了するまでの間は、なおその効力を有する。
８　附則第一条第二号に掲げる規定の施行前に第二条による改正前の法第五十五条の八第一項の国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けを受けて行われた港湾施設の建設若しくは改良又は同号に掲げる規定の施行の際現に同項の国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けを受けて行われている港湾施設の建設若しくは改良に係る同項の国の貸付け及び当該国の貸付けに係る特定港湾管理者の貸付けについては、同条の規定は、同号に掲げる規定の施行後においても、なおその効力を有する。
９　前項の規定によりなおその効力を有するものとされる第二条による改正前の法第五十五条の八第一項の国の貸付けについては、特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）第百九十八条第七項第十三号の国の貸付けとみなして同法の規定を適用する。この場合において、同法第二百一条第三項第一号ニ及び第二号ニ並びに第二百三条第三項中「第五十五条の八第一項」とあるのは、「港湾法及び特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の一部を改正する法律（平成二十三年法律第九号）附則第三条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の港湾法第五十五条の八第一項」とする。
（処分、手続等の効力に関する経過措置）
第四条　前二条に定めるもののほか、この法律の各改正規定の施行前にこの法律による改正前のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）の規定によってした処分、手続その他の行為であって、この法律による改正後のそれぞれの法律（これに基づく命令を含む。）に相当する規定があるものは、これらの規定によってした処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第五条　附則第一条第二号に掲げる規定の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第六条　附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要となる経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
（検討）
第七条　政府は、この法律の施行後十年を経過した場合において、第一条及び第二条の規定による改正後の港湾法並びに第三条の規定による改正後の特定外貿埠頭の管理運営に関する法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
（第一条の規定による改正に伴う関係法律の一部改正）
第八条　次に掲げる法律の規定中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
一　土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第十七条第一項第三号ハ
二　海岸法（昭和三十一年法律第百一号）第四条第二項
三　都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第十五条第一項第四号
四　環境影響評価法（平成九年法律第八十一号）第四十七条
五　原子力発電施設等立地地域の振興に関する特別措置法（平成十二年法律第百四十八号）別表港湾の項
六　駐留軍等の再編の円滑な実施に関する特別措置法（平成十九年法律第六十七号）別表三の項
第九条　道路法（昭和二十七年法律第百八十号）の一部を次のように改正する。
第五条第一項中「あわせて」を「併せて」に、「一に」を「いずれかに」に改め、同項第四号中「特定重要港湾」を「国際戦略港湾若しくは国際拠点港湾」に改める。
第七条第一項中「且つ、左の各号の一」を「かつ、次の各号のいずれか」に改め、同項第一号中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾、重要港湾」に改め、同項第五号中「一に規定する」を「いずれかに該当する」に改め、同項第六号中「を除く外」を「のほか」に改める。
第十条　離島振興法（昭和二十八年法律第七十二号）の一部を次のように改正する。
別表（一）中「第五十二条第二項第一号、第二号、第五号及び第六号」を「第五十二条第二項第四号、第七号及び第八号」に改める。
第十一条　港湾整備促進法（昭和二十八年法律第百七十号）の一部を次のように改正する。
第二条中「に規定する重要港湾」を「第二条第二項に規定する国際戦略港湾、国際拠点港湾若しくは重要港湾」に、「地方港湾」を「同項に規定する地方港湾」に、「左に」を「次に」に改め、同条第二号中「埋立」を「埋立て」に改める。
第十二条　特定港湾施設整備特別措置法（昭和三十四年法律第六十七号）の一部を次のように改正する。
第四条中第五号を第六号とし、第四号を第五号とし、第三号を第四号とし、同条第二号中「重要港湾（」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾（」に、「前号」を「前二号」に改め、同号を同条第三号とし、同条第一号中「特定重要港湾（」を「国際戦略港湾又は国際拠点港湾（」に、「特定重要港湾を除く」を「国際拠点港湾を除く。次号において同じ」に、「第五十二条第二項第一号」を「第五十二条第二項第三号」に改め、同号を同条第二号とし、同号の前に次の一号を加える。
一　国際戦略港湾（北海道及び沖縄県の国際戦略港湾を除く。次号及び第三号において同じ。）において施行する工事（港湾法第五十二条第二項第一号に規定する施設に係る工事に限る。）　十分の四・四
第十三条　港湾法の一部を改正する法律（平成十二年法律第三十三号）の一部を次のように改正する。
附則第三条中「新港湾法第五十二条第一項第四号」を「港湾法第五十二条第一項第五号」に改める。
第十四条　国際航海船舶及び国際港湾施設の保安の確保等に関する法律（平成十六年法律第三十一号）の一部を次のように改正する。
第二十九条第一項中「重要港湾（」を「国際戦略港湾等（」に改め、「規定する」の下に「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は」を加える。
第三十七条中「重要港湾」を「国際戦略港湾等」に改める。
第十五条　流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律（平成十七年法律第八十五号）の一部を次のように改正する。
第六条第一項中「重要港湾（」を削り、「の重要港湾をいう。）」を「に規定する国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改める。
第十六条　地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律の一部を次のように改正する。
第三十一条のうち、港湾法第四条第四項の改正規定中「、「関係地方公共団体より同項の規定による」を「関係地方公共団体から同項の」に、「又は同項」を「、又は同項」に、「、議会」を「議会」に」を削り、「左の」を「次に掲げる」に、「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同条第九項の改正規定中「第七項の」を「第七項」に改め、「の規定による」及び「、「且つ」を「かつ」に」を削り、同条第七項に各号を加える改正規定中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は重要港湾」に改め、同法第六十条第一号の改正規定中「同意（」の下に「国際戦略港湾、国際拠点港湾又は」を加える。
第三十三条のうち道路法第七条の改正規定中「第七条第一項中「且つ、左の各号の一」を「かつ、次の各号のいずれか」に改め、同項第五号中「一に規定する」を「いずれかに該当する」に改め、同項第六号中「を除く外」を「のほか」に改め、同条第三項」を「第七条第三項」に改める。
附則第十三条第一項及び第二項中「重要港湾」を「国際戦略港湾、国際拠点港湾、重要港湾」に改める。
（第二条の規定による改正に伴う関係法律の一部改正）
第十七条　道路法の一部を次のように改正する。
第五条第一項第四号中「附則第五項」を「附則第二項」に改める。
第十八条　広域臨海環境整備センター法（昭和五十六年法律第七十六号）の一部を次のように改正する。
附則第三条第一項中「附則第十六項」を「附則第四項」に改め、同条第二項中「附則第二十二項及び第二十四項」を「附則第十項及び第十二項」に改める。
第十九条　地価税法（平成三年法律第六十九号）の一部を次のように改正する。
別表第一第十九号中「附則第二十七項」を「附則第十五項」に改める。
第二十条　特別会計に関する法律の一部を次のように改正する。
第百九十八条第七項第十三号中「特定国際コンテナ埠頭」を「埠頭群」に改める。
附則第五十一条第二項から第五項までの規定中「附則第十五項から第十七項まで若しくは第二十七項」を「附則第三項から第五項まで若しくは第十五項」に改める。
（調整規定）
第二十一条　附則第一条第二号に掲げる規定の施行の日が地域主権改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日前である場合には、附則第三条第二項及び第四項中「第五十四条の三第七項」とあるのは「第五十四条の三第六項」と、同項中「同条第十一項及び第十二項」とあるのは「同条第十項及び第十一項」と、同条第五項中「第五十四条の三第七項から第九項まで及び第十三項」とあるのは「第五十四条の三第六項から第八項まで及び第十二項」とする。
内閣総理大臣　菅直人
財務大臣　野田佳彦
国土交通大臣　大畠章宏
環境大臣　松本龍
防衛大臣　北沢俊美