（施行期日）
第一条 この法律は、平成二十年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、それぞれ当該各号に定める日から施行する。
一 次条第五項並びに附則第三条第三項及び第四項並びに第十四条の規定 公布の日
二 附則第二十一条の規定 この法律の公布の日又は被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第▼▼▼号）の公布の日のいずれか遅い日
（機構の解散等）
第二条 独立行政法人緑資源機構（以下「機構」という。）は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、権利及び義務の承継に関し必要な事項を定めた承継計画書において定めるところに従い、その時において独立行政法人森林総合研究所（以下「研究所」という。）及び独立行政法人国際農林水産業研究センター（以下「センター」という。）が承継する。
２ この法律の施行の際現に機構が有する権利のうち、研究所及びセンターがその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３ 前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 第一項の規定により承継する権利及び義務の範囲は、次の各号に掲げる法人ごとに、それぞれ当該各号に定めるところによる。
一 研究所 機構が有する権利及び義務のうち次号に定めるもの以外のもの
二 センター この法律による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（以下「旧機構法」という。）第十一条第二項第二号及び第三号に掲げる業務（第六項第二号において「海外農業開発業務」という。）に係る権利及び義務
５ 第一項の承継計画書は、機構が、政令で定める基準に従って作成して農林水産大臣の認可を受けたものでなければならない。
６ 機構の平成二十年三月三十一日に終わる事業年度における業務の実績についての独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「通則法」という。）第三十二条第一項の規定による評価及び同日に終わる中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。次項において同じ。）における業務の実績についての通則法第三十四条第一項の規定による評価は、次の各号に掲げる業務の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める法人が受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項（通則法第三十四条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通知及び勧告は、それぞれ当該法人に対してなされるものとする。
一 機構の業務のうち次号に掲げるもの以外のもの 研究所
７ 機構の平成二十年三月三十一日に終わる中期目標の期間に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表は、前項各号に掲げる業務の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める法人が行うものとする。
８ 機構の平成二十年三月三十一日に終わる事業年度に係る通則法第三十八条及び第三十九条の規定により財務諸表等に関し独立行政法人が行わなければならないとされる行為は、研究所が行うものとする。
９ 機構の平成二十年三月三十一日に終わる事業年度における通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による利益及び損失の処理に関する業務は、研究所が行うものとする。
10 前項の規定による処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、当該積立金の処分は、研究所が行うものとする。この場合において、旧機構法第三十条及び第三十三条（第一号に係る部分に限る。）の規定（旧機構法第三十条の規定に係る罰則を含む。）は、なおその効力を有するものとし、旧機構法第三十条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）の施行の日を含む」と、「次の中期目標の期間における第十一条第一項及び第二項」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）第十一条並びに附則第六条第一項、第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項」とする。
11 第一項の規定により機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（研究所及びセンターへの出資）
第三条 前条第一項の規定により研究所が機構の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、同項の承継計画書において定めるところに従い研究所が承継する資産の価額（同条第十項の規定によりなおその効力を有するものとして読み替えて適用される旧機構法第三十条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から研究所に対し出資されたものとする。この場合において、研究所は、その額により資本金を増加するものとする。
２ 前条第一項の規定によりセンターが機構の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、同項の承継計画書において定めるところに従いセンターが承継する資産の価額から負債の金額を差し引いた額は、政府からセンターに対し出資されたものとする。この場合において、センターは、その額により資本金を増加するものとする。
３ 前二項に規定する資産の価額は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
４ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（非課税）
第四条 附則第二条第一項の規定により研究所が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（国家公務員共済組合法の規定の適用の特例）
第五条 施行日の前日において健康保険組合（機構の事務所を健康保険法（大正十一年法律第七十号）第十七条第一項に規定する設立事業所とする健康保険組合をいう。以下この項において同じ。）の被保険者であった者で機構の役員又は職員であったもののうち、施行日に林野庁共済組合（国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第百二十四条の三の規定により読み替えられた同法第三条第二項の規定により同項第三号に掲げる職員をもって組織された国家公務員共済組合をいう。以下同じ。）又は農林水産省共済組合（同法第百二十四条の三の規定により読み替えられた同法第三条第一項の規定により農林水産省に属する職員並びにその所管する特定独立行政法人（通則法第二条第二項に規定する特定独立行政法人をいう。）及び独立行政法人（通則法第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）のうち国家公務員共済組合法別表第三に掲げるものの職員をもって組織された国家公務員共済組合をいう。以下同じ。）の組合員となった者（研究所又はセンターの役員又は職員となった者に限る。）に係る施行日以後の給付に係る国家公務員共済組合法の短期給付に関する規定及び同法第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険組合の被保険者であった間（機構の役員又は職員であった間に限る。）それぞれ林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員であったものとみなし、その者が施行日前に健康保険法による保険給付を受けていた場合における当該保険給付は、国家公務員共済組合法に基づく当該保険給付に相当する給付とみなす。
２ この法律の施行の際前項に規定する者のうち健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができた者であって、同一の傷病について国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに係る同条第二項の規定の適用については、当該健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日を当該国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日とみなす。
３ 第一項に規定する者のうち国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができる者であって、当該傷病による障害について厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）による障害厚生年金又は障害手当金の支給を受けることができるものに係る同条第四項又は第五項の規定の適用については、これらの者が引き続き林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員である間（研究所又はセンターの役員又は職員である間に限る。）は、当該障害厚生年金又は障害手当金を国家公務員共済組合法による障害共済年金又は障害一時金とみなす。
第六条 施行日の前日において厚生年金基金（機構の事務所を厚生年金保険法第百十七条第三項に規定する設立事業所とする厚生年金基金をいう。以下この項において同じ。）の加入員である厚生年金保険の被保険者であった者（機構の役員又は職員であった者に限る。）で施行日に林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員となった者（研究所又はセンターの役員又は職員となった者に限る。以下この条において「機構の役職員であった組合員」という。）のうち、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（厚生年金基金の加入員である厚生年金保険の被保険者であった期間（機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。以下この条において「厚生年金保険期間」という。）及び組合員期間（林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員である期間（研究所又はセンターの役員又は職員である期間に限る。）をいう。以下この条において同じ。）がいずれも二十年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が二十年以上となるものに係る国家公務員共済組合法による退職共済年金については、その年金額の算定の基礎となる組合員期間が二十年以上であるものとみなして、同法第七十八条の規定を適用する。
２ 前項に規定する者に係る国家公務員共済組合法による遺族共済年金については、その年金額の算定の基礎となる組合員期間が二十年以上であるものとみなして、同法第九十条の規定を適用する。
３ 機構の役職員であった組合員のうち、組合員期間が一年未満であり、かつ、当該組合員期間と厚生年金保険期間とを合算した期間が一年以上となるものに係る国家公務員共済組合法附則第十二条の三の規定の適用については、その者は、一年以上の組合員期間を有する者とみなす。
４ 機構の役職員であった組合員のうち、厚生年金保険期間及び組合員期間がいずれも四十四年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が四十四年以上となるものに係る国家公務員共済組合法附則第十二条の四の三第一項又は第三項の規定の適用については、その者は、組合員期間が四十四年以上である者とみなす。
（機構の発行した緑資源債券等に関する経過措置）
第七条 旧機構法第三十一条第一項の規定により機構が発行した緑資源債券及び旧機構法附則第十条の規定による廃止前の緑資源公団法（昭和三十一年法律第八十五号）第三十三条第一項の規定により緑資源公団が発行した緑資源債券は、附則第十一条の規定による改正後の独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号。以下「新研究所法」という。）附則第十六条第二項、第四項及び第五項の規定の適用については、同条第一項の規定による森林総合研究所債券とみなす。
（処分、手続等に関する経過措置）
第八条 旧機構法の規定によりした処分、手続その他の行為は、新研究所法中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
（森林開発公団等の役職員に関する経過措置）
第九条 森林開発公団の役員又は職員として在職した者については、旧機構法附則第十二条の規定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。
第十条 農地開発機械公団の解散の際現にその役員又は職員として在職した者であって、国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（昭和三十六年法律第百五十二号）附則第十条第二項の復帰希望職員であるもので、引き続いて農用地開発公団の役員又は職員となった者については、旧機構法附則第十三条第一項の規定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。
２ 農地開発機械公団の解散の際現にその役員又は職員として在職した者であって、昭和四十二年度以後における地方公務員等共済組合法の年金の額の改定等に関する法律等の一部を改正する法律（昭和五十四年法律第七十三号）による改正前の地方公務員等共済組合法の長期給付等に関する施行法（昭和三十七年法律第百五十三号）第百二十七条第二項の復帰希望職員であるもので、引き続いて農用地開発公団の役員又は職員となった者については、旧機構法附則第十三条第二項の規定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。
３ 農地開発機械公団の役員又は職員として在職した者については、旧機構法附則第十三条第三項の規定は、この法律の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、同項中「独立行政法人緑資源機構」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とする。
（独立行政法人森林総合研究所法の一部改正）
第十一条 独立行政法人森林総合研究所法の一部を次のように改正する。
附則第六条中「前条」を「第五条」に改め、同条を附則第二十一条とし、附則第五条の次に次の十五条を加える。
（業務の特例）
第六条 研究所は、当分の間、第十一条に規定する業務のほか、独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号。以下「廃止法」という。）の施行前に廃止法による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号。以下「旧機構法」という。）第十一条第一項第一号又は第二号の事業の施行により開設され、改良され、又は復旧された林道（廃止法の施行前に独立行政法人緑資源機構（以下「機構」という。）がその工事に着手した林道のうちその工事の全部が完了しなかったものを含み、廃止法の施行の際現に機構が管理しているものに限る。）の維持、修繕その他の管理を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第六条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第六条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第二十八条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所」と、旧機構法第十一条第三項中「前二項」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所法附則第六条第一項」とする。
第七条 研究所は、第十一条及び前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項に規定する業務（廃止法の施行前に機構が行った同項第一号又は第二号の事業に係る賦課金及び負担金に係るものに限る。）を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第七条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第二十一条から第二十三条までの規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とする。
第八条 研究所は、別に法律で定める日までの間、第十一条、附則第六条第一項及び前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項第六号の事業及びこれに附帯する事業を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第八条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第八条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第六項並びに第二十八条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とする。
第九条 研究所は、第十一条、附則第六条第一項及び第七条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法第十一条第一項第七号から第九号までの事業で廃止法の施行前に開始されたもの（同項第七号から第九号までの事業の開始に必要な事前の調査で廃止法の施行前に開始されたものに係るもので政令で定めるものを含む。）及びこれらに附帯する事業を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第九条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第九条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第十一条第三項及び第七項、第十二条並びに第十五条から第二十八条までの規定、旧機構法第十五条第二項及び第十八条第二項において準用する旧機構法第十三条第二項の規定並びに旧機構法第十五条第二項、第十六条第二項、第十七条第二項、第十八条第二項及び第十九条第四項において準用する旧機構法第十三条第三項の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、これらの規定中「機構」とあるのは「独立行政法人森林総合研究所」と、旧機構法第十一条第七項中「前項第一号」とあるのは「独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法第十一条第六項第一号」とするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。
４ 第一項の規定により研究所が旧機構法第十一条第一項第八号の事業を行う場合には、農地法（昭和二十七年法律第二百二十九号）第三条第一項第四号中「又は市民農園整備促進法」とあるのは「若しくは市民農園整備促進法」と、「交換分合」とあるのは「交換分合又は独立行政法人森林総合研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第八号の事業の実施」とする。
第十条 研究所は、旧機構法附則第十条の規定による廃止前の緑資源公団法（昭和三十一年法律第八十五号）附則第十条第一項第二号又は第三号の規定により貸し付けられた資金に係る債権の回収が終了するまでの間、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項及び第八条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、当該債権の管理及び回収を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第十条第一項」とする。
第十一条 研究所は、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項及び第九条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項及び第二項の業務で森林開発公団法の一部を改正する法律の施行前に開始されたもの（同条第一項又は第二項の業務の開始に必要な事前の調査で同法の施行前に開始されたものに係るもので政令で定めるものを含む。）並びにこれらに附帯する業務を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十二条第一項中「前条」とあるのは「前条及び附則第十一条第一項」と、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは「第十一条及び附則第十一条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧機構法第二十八条並びに旧農用地整備公団法第二十条から第二十九条まで、第三十条及び第三十九条の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、旧機構法第二十八条中「機構」とあり、及び旧農用地整備公団法の規定中「公団」とあるのは、「独立行政法人森林総合研究所」とするほか、必要な技術的読替えは、政令で定める。
４ 第一項の規定により研究所が旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の業務を行う場合には、農地法第三条第一項第四号中「又は市民農園整備促進法」とあるのは「若しくは市民農園整備促進法」と、「交換分合」とあるのは「交換分合又は独立行政法人森林総合研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第二号の業務の実施」とする。
第十二条 研究所は、第十一条、附則第六条第一項、第七条第一項、第八条第一項、第九条第一項及び第十条第一項並びに前条第一項に規定する業務のほか、旧機構法附則第八条第一項に規定する業務（廃止法の施行前に機構が行った旧農用地整備公団法附則第十九条第一項の業務に係る負担金及び徴収金に係るものに限る。）を行うことができる。
２ 前項の規定により研究所が同項に規定する業務を行う場合には、第十六条第一号中「第十一条」とあるのは、「第十一条及び附則第十二条第一項」とする。
３ 第一項の規定により研究所が行う同項に規定する業務については、旧農用地整備公団法附則第十九条第二項（農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第二十七条から第二十九条までに係る部分に限る。）の規定は、廃止法の施行後も、なおその効力を有する。この場合において、必要な技術的読替えは、政令で定める。
（役員に関する特例）
第十三条 附則第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務が完了するまでの間であって、廃止法の施行の日から起算して三年を経過する日までの間に限り、第六条第一項に定めるもののほか、研究所に、役員として、監事一人を置くことができる。
２ 附則第八条第一項に規定する業務が完了するまでの間に限り、第六条第二項に定めるもののほか、研究所に、役員として、理事二人以内を置くことができる。
３ 附則第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務が完了するまでの間であって、廃止法の施行の日から起算して二年を経過する日までの間に限り、第六条第二項及び前項に定めるもののほか、研究所に、役員として、理事一人を置くことができる。
４ 第一項の規定により置かれる監事及び前二項の規定により置かれる理事の任期は、第八条の規定にかかわらず、一年とすることができる。
５ 研究所が附則第六条第一項、第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務（以下「承継業務」という。）を行う間、通則法第二十二条に定めるもののほか、次の各号のいずれかに該当する者は、役員となることができない。
一 物品の製造若しくは販売若しくは工事の請負を業とする者であって研究所と取引上密接な利害関係を有するもの又はこれらの者が法人であるときはその役員（いかなる名称によるかを問わず、これと同等以上の職権又は支配力を有する者を含む。）
二 前号に掲げる事業者の団体の役員（いかなる名称によるかを問わず、これと同等以上の職権又は支配力を有する者を含む。）
６ 研究所が承継業務を行う間、研究所の役員の解任に関する通則法第二十三条第一項の規定の適用については、同項中「前条」とあるのは、「前条及び独立行政法人森林総合研究所法附則第十三条第五項」とする。
（区分経理）
第十四条 研究所は、次の各号に掲げる経理については、他の経理と区分し、それぞれ当該各号の区分に応じ、当該各号に定める勘定を設けて整理しなければならない。
一 附則第六条第一項及び第七条第一項に規定する業務、附則第九条第一項に規定する業務（旧機構法第十一条第一項第七号ニの事業及びこれに附帯する事業に係るものを除く。）並びに附則第十条第一項、第十一条第一項及び第十二条第一項に規定する業務に係る経理 特定地域整備等勘定
二 附則第八条第一項に規定する業務及び附則第九条第一項に規定する業務（旧機構法第十一条第一項第七号ニの事業及びこれに附帯する事業に係るものに限る。）に係る経理 水源林勘定
（特定地域整備等勘定及び水源林勘定の廃止等）
第十五条 研究所は、前条第一号に規定する業務又は同条第二号に規定する業務を終えたときは、それぞれ特定地域整備等勘定又は水源林勘定を廃止するものとし、それぞれの廃止の際特定地域整備等勘定又は水源林勘定についてその債務を弁済してなお残余財産があるときは、その財産は、国庫に帰属する。
２ 研究所は、前項の規定により特定地域整備等勘定又は水源林勘定を廃止したときは、それぞれの廃止の際特定地域整備等勘定又は水源林勘定に属する資本金の額により資本金を減少するものとする。
（長期借入金及び森林総合研究所債券）
第十六条 研究所は、附則第八条第一項、第九条第一項及び第十一条第一項に規定する業務に要する費用に充てるため、農林水産大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は森林総合研究所債券（以下「債券」という。）を発行することができる。
２ 前項に規定するもののほか、研究所は、長期借入金又は債券で政令で定めるものの償還に充てるため、農林水産大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は債券を発行することができる。ただし、その償還期間が政令で定める期間のものに限る。
３ 農林水産大臣は、前二項の認可をしようとするときは、あらかじめ、農林水産省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
４ 第一項又は第二項の規定による債券の債権者は、研究所の財産について他の債権者に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。
５ 前項の先取特権の順位は、民法（明治二十九年法律第八十九号）の規定による一般の先取特権に次ぐものとする。
６ 研究所は、農林水産大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を銀行又は信託会社に委託することができる。
７ 会社法（平成十七年法律第八十六号）第七百五条第一項及び第二項並びに第七百九条の規定は、前項の規定による委託を受けた銀行又は信託会社について準用する。
８ 前各項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による長期借入金又は債券に関し必要な事項は、政令で定める。
（償還計画）
第十七条 研究所は、毎事業年度、長期借入金及び債券の償還計画を立てて、農林水産大臣の認可を受けなければならない。
２ 農林水産大臣は、前項の認可をしようとするときは、あらかじめ、農林水産省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
（財務大臣との協議）
第十八条 農林水産大臣は、附則第十六条第一項、第二項若しくは第六項又は前条第一項の認可をしようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
（他の法令の準用）
第十九条 研究所が行う承継業務に関しては、不動産登記法（平成十六年法律第百二十三号）その他政令で定める法令については、政令で定めるところにより、研究所を国の行政機関とみなして、これらの法令を準用する。
（罰則）
第二十条 次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした研究所の役員は、二十万円以下の過料に処する。
一 附則第七条第三項若しくは第九条第三項の規定によりなおその効力を有することとされた旧機構法の規定又は同項の規定によりなおその効力を有することとされた旧機構法第十六条第二項において準用する土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第五十三条の四第一項の規定により農林水産大臣の認可を受けなければならない場合において、その認可を受けなかったとき。
二 附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有することとされた旧農用地整備公団法の規定、同項の規定によりなおその効力を有することとされた旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の四第一項の規定又は附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有することとされた旧農用地整備公団法第二十四条の四第二項において準用する土地改良法第五十七条の二第三項の規定により農林水産大臣の認可を受けなければならない場合において、その認可を受けなかったとき。
三 附則第十六条第一項、第二項若しくは第六項又は第十七条第一項の規定により農林水産大臣の認可を受けなければならない場合において、その認可を受けなかったとき。
（研究所の業務について別に法律で定める日の検討）
第十二条 新研究所法附則第八条第一項の別に法律で定める日については、簡素で効率的な政府を実現するための行政改革の推進に関する法律（平成十八年法律第四十七号）第二十八条及び第五十条第一項の規定による国有林野事業の実施主体の検討と併せて検討するものとし、その結果に基づいて定めるものとする。
（罰則に関する経過措置）
第十三条 施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十四条 この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（土地収用法及び大深度地下の公共的使用に関する特別措置法の一部改正）
第十五条 次に掲げる法律の規定中「、独立行政法人緑資源機構」を削る。
一 土地収用法（昭和二十六年法律第二百十九号）第三条第五号
二 大深度地下の公共的使用に関する特別措置法（平成十二年法律第八十七号）第四条第三号
（土地収用法の一部改正に伴う経過措置）
第十六条 研究所が新研究所法附則第九条第一項又は第十一条第一項に規定する業務の実施により設置する農業用道路、用水路、排水路、海岸堤防、かんがい用若しくは農作物の災害防止用のため池又は防風林その他これに準ずる施設に関する事業は、土地収用法第三条の土地を収用し、又は使用することができる公共の利益となる事業とみなす。
（大深度地下の公共的使用に関する特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第十七条 研究所が新研究所法附則第九条第一項又は第十一条第一項に規定する業務の実施により設置する農業用道路、用水路又は排水路に関する事業は、附則第十五条（第二号に係る部分に限る。）の規定による改正後の大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第四条に規定する事業とみなす。
（農地法の一部改正）
第十八条 農地法（昭和二十七年法律第二百二十九号）の一部を次のように改正する。
第三条第一項第四号中「若しくは」を「又は」に改め、「又は独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第八号の業務の実施」を削る。
（地方公務員等共済組合法の長期給付等に関する施行法の一部改正）
第十九条 地方公務員等共済組合法の長期給付等に関する施行法の一部を次のように改正する。
第九十六条第三項中「独立行政法人緑資源機構」を「独立行政法人森林総合研究所」に改める。
（特別会計に関する法律の一部改正）
第二十条 特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）の一部を次のように改正する。
附則第四十三条第一項第一号中「独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第六号の業務」を「独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）附則第八条第一項に規定する業務（独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第六号の事業に係るものに限る。）」に、「独立行政法人緑資源機構に」を「独立行政法人森林総合研究所に」に改める。
附則第四十四条中「独立行政法人緑資源機構法第三十条第三項」を「独立行政法人森林総合研究所法第十二条第三項」に、「独立行政法人緑資源機構に」を「独立行政法人森林総合研究所に」に改める。
（被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律の一部改正）
第二十一条 被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律の一部を次のように改正する。
附則第百五十二条の二の次に次の一条を加える。
（独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律の一部改正）
第百五十二条の三 独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）の一部を次のように改正する。
附則第五条の前の見出しを削り、同条に見出しとして「（国家公務員共済組合法の規定の適用の特例）」を付し、同条第三項を削る。
附則第六条に見出しとして「（厚生年金保険法の規定の適用の特例）」を付し、同条第一項から第三項までを削り、同条第四項中「機構の役職員であった組合員のうち、厚生年金保険期間及び組合員期間」を「施行日の前日において厚生年金基金（機構の事務所を厚生年金保険法（昭和二十九年法律第百十五号）第百十七条第三項に規定する設立事業所とする厚生年金基金をいう。以下この条において同じ。）の加入員である厚生年金保険の被保険者であった者（機構の役員又は職員であった者に限る。）で施行日に林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員となった者（研究所又はセンターの役員又は職員となった者に限る。）のうち、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（厚生年金基金の加入員である厚生年金保険の被保険者であった期間（機構の役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）及び国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間（林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員である期間（研究所又はセンターの役員又は職員である期間に限る。）に係るものに限り、被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律附則第八条第一項の規定により同項に規定する第二号厚生年金被保険者期間とみなされた同法附則第五条第十一号に規定する旧国家公務員共済組合員期間（林野庁共済組合又は農林水産省共済組合の組合員であった期間（研究所又はセンターの役員又は職員であった期間に限る。）に係るものに限る。）を含む。）」に、「国家公務員共済組合法附則第十二条の四の三第一項又は第三項」を「厚生年金保険法附則第九条の三第一項又は第三項」に、「、組合員期間」を「、国家公務員共済組合の組合員たる厚生年金保険の被保険者に係る被保険者期間」に改め、同項を同条とする。
（租税特別措置法の一部改正）
第二十二条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
第三十三条第一項第三号中「若しくは独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第七号イの事業」及び「並びに独立行政法人緑資源機構法第十六条第二項」を削り、「（土地改良法」を「（同法」に改める。
第三十三条の二第一項第二号中「土地改良事業、」を「土地改良事業又は」に改め、「又は独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業」を削る。
第三十三条の三第一項中「、独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業」を削る。
第三十四条の三第二項中第七号を削り、第八号を第七号とし、第九号から第十一号までを一号ずつ繰り上げる。
第六十四条第一項第三号中「若しくは独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業」及び「並びに独立行政法人緑資源機構法第十六条第二項」を削り、「（土地改良法」を「（同法」に改める。
第六十五条第一項第二号中「土地改良事業、」を「土地改良事業又は」に改め、「又は独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業」を削り、同項第三号中「、独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業」を削る。
（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第二十三条 個人が施行日前に行った前条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧租税特別措置法」という。）第三十三条第一項第三号、第三十三条の二第一項第二号、第三十三条の三第一項又は第三十四条の三第二項第七号に規定する土地等の譲渡については、なお従前の例による。
２ 施行日以後に新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イ若しくは第二号の事業が施行された場合における前条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「新租税特別措置法」という。）第三十三条第一項、第三十三条の二第一項、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項の規定の適用については、新租税特別措置法第三十三条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「研究所法」という。）附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「旧緑資源機構法」という。）第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下この号、次条第一項第二号、第三十三条の三第一項及び第三十四条の三第二項において「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四」とあるのは「第九十六条の四並びに研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項及び研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「清算金（同法」とあるのは「清算金（土地改良法」と、新租税特別措置法第三十三条の二第一項第二号中「土地改良事業又は」とあるのは「土地改良事業、」と、「第十三条の二第一項の事業」とあるのは「第十三条の二第一項の事業又は研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、新租税特別措置法第三十三条の三第一項中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」と、新租税特別措置法第三十四条の三第二項中「次に掲げる場合」とあるのは「次に掲げる場合及び土地等（旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イ又は旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イに規定する農用地及び当該農用地の上に存する権利に限る。）につき研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業又は研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合において、当該土地等に係る換地処分により研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項又は研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十四条の二第四項に規定する清算金（当該土地等について、研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十五条第六項若しくは研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十一条第六項において準用する土地改良法第八条第五項第二号に規定する施設の用若しくは同項第三号に規定する農用地以外の用途に供する土地又は研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項若しくは研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の三の二第一項第一号に規定する農用地に供することを予定する土地に充てるため研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項又は研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十三条の二の二第一項の規定により、地積を特に減じて換地若しくは当該権利の目的となるべき土地若しくはその部分を定めたこと又は換地若しくは当該権利の目的となるべき土地若しくはその部分が定められなかつたことにより支払われるものに限る。）を取得する場合」とする。
３ 法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。）が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号又は第六十五条第一項第二号若しくは第三号に規定する土地等の譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
４ 連結親法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する連結親法人をいう。）又は当該連結親法人による連結完全支配関係（同条第十二号の七の五に規定する連結完全支配関係をいう。）にある連結子法人（同条第十二号の七の三に規定する連結子法人をいう。）が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十八条の七十第一項に規定する資産の譲渡（旧租税特別措置法第六十四条第一項第三号に規定する土地等の譲渡に限る。）又は旧租税特別措置法第六十八条の七十二第一項に規定する資産の譲渡（旧租税特別措置法第六十五条第一項第二号又は第三号に規定する土地等の譲渡に限る。）に係る法人税については、なお従前の例による。
５ 施行日以後に新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ若しくは第二号の事業が施行された場合における新租税特別措置法第六十四条第一項、第六十五条第一項、第六十八条の七十第一項及び第六十八条の七十二第一項の規定の適用については、新租税特別措置法第六十四条第一項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「研究所法」という。）附則第九条第一項に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「旧緑資源機構法」という。）第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号。以下この号並びに第六十五条第一項第二号及び第三号において「旧農用地整備公団法」という。）第十九条第一項第一号イの事業」と、「第九十六条の四」とあるのは「第九十六条の四並びに研究所法附則第九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧緑資源機構法第十六条第二項及び研究所法附則第十一条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「清算金（同法」とあるのは「清算金（土地改良法」と、新租税特別措置法第六十五条第一項第二号中「土地改良事業又は」とあるのは「土地改良事業、」と、「第十三条の二第一項の事業」とあるのは「第十三条の二第一項の事業又は研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第八号の事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第二号の事業」と、同項第三号中「土地改良事業」とあるのは「土地改良事業、研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧緑資源機構法第十一条第一項第七号イの事業若しくは研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。
（登録免許税法の一部改正）
第二十四条 登録免許税法（昭和四十二年法律第三十五号）の一部を次のように改正する。
第五条第六号中「、独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第八号（業務の範囲）に規定する事業」を削る。
（登録免許税法の一部改正に伴う経過措置）
第二十五条 新研究所法附則第九条第一項に規定する業務のうち旧機構法第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第八号の事業又は新研究所法附則第十一条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号若しくは第二号の事業の施行のため必要な土地又は建物に関する登記についての前条の規定による改正後の登録免許税法第五条の規定の適用については、同条第六号中「土地改良事業」とあるのは、「土地改良事業、独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）附則第九条第一項（業務の特例）に規定する業務のうち独立行政法人緑資源機構法を廃止する法律（平成二十年法律第八号）による廃止前の独立行政法人緑資源機構法（平成十四年法律第百三十号）第十一条第一項第七号イ若しくはロ若しくは第八号（業務の範囲）に規定する事業若しくは独立行政法人森林総合研究所法附則第十一条第一項（業務の特例）に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号若しくは第二号（業務の範囲）に規定する事業」とする。
（地価税法の一部改正）
第二十六条 地価税法（平成三年法律第六十九号）の一部を次のように改正する。