第一条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
目次中「第二十条の五」を「第二十条の六」に、「第二十八条の五」を「第二十八条の四」に、「第三節の二 鉱業所得の課税の特例（第五十八条の二・第五十八条の三）」を
「
第三節の二 |
鉱業所得の課税の特例（第五十八条の二・第五十八条の三） |
第三節の三 |
特別自由貿易地域における課税の特例（第五十九条・第六十条） |
に改め、「第五十九条―」を削り、
「
第五節 |
使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例（第六十二条） |
第五節の二 |
新規取得土地等に係る負債の利子の課税の特例（第六十二条の二） |
を「第五節 使途秘匿金の支出がある場合の課税の特例（第六十二条・第六十二条の二）」に、「第五節の三」を「第五節の二」に、「―第六十三条の二」を「・第六十三条」に、「第八十四条の三」を「第八十四条の四」に、「第九十四条の二」を「第九十四条の三」に改める。
第七条中「外国為替及び外国貿易管理法（」を「外国為替及び外国貿易法（」に、「第十一条」を「第二十一条第三項」に、「外国為替公認銀行が、外国為替及び外国貿易管理法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第七十号）の施行の日から平成十年三月三十一日まで」を「金融機関が、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日まで」に、「外国為替及び外国貿易管理法第二十二条第二項」を「同項」に、「第二十二条第四項」を「第二十一条第四項」に改める。
第九条の五第三項中「（明治三十二年法律第四十八号）」を削る。
第十条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「第一号イ、第三号、第五号又は第六号」を「第一号イ若しくはハ、第二号ロ又は第三号から第六号まで」に改め、同項第二号中「著しく資する機械その他の減価償却資産又は」を「著しく資し、又は」に、「減価償却資産の」を「減価償却資産であつて次に掲げるものの」に改め、同号に次のように加える。
イ 新エネルギー利用等の促進に関する特別措置法（平成九年法律第三十七号）第二条に規定する新エネルギー利用等に資する機械その他の減価償却資産
第十条の三第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条第四項中「その用」を「その指定事業の用」に、「を除く」を「に係る場合を除く」に改める。
第十条の六第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第十一条第一項中「取得価額」の下に「（第十条第三項に規定する中小企業者以外の個人が取得し、又は製作し、若しくは建設した同表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額）」を加え、「として同項」を「として同法第四十九条第一項」に改め、同項の表の第三号中「百分の九」を「百分の七」に改め、同表の第四号中「（以下この号において「外航船舶」という。）」を削り、「合理化に著しく資するものとして政令で定めるもの」の下に「及び当該機械その他の設備」を加え、「外航船舶以外の船舶で」を削り、「及び当該機械その他の設備については百分の二十」を「については百分の十九」に改める。
第十一条の三第四項中「前三項」を「前各項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項中「又は前項」を「、第二項」に、「場合について」を「場合又は前項の規定の適用を受ける製造過程管理高度化設備等の償却費の額を計算する場合について」に、「又は同条第二項本文」を「、同条第二項本文又は同条第三項本文」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項の次に次の一項を加える。
３ 青色申告書を提出する個人で食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法（平成十年法律第五十九号）第八条第一項に規定する高度化計画に係る同項の認定を受けたものが、同法の施行の日から平成十二年三月三十一日までの間に、同法第九条第二項に規定する認定高度化計画に定められた建物及びその附属設備並びに機械及び装置（製造過程の管理の高度化に著しく資するものとして政令で定めるものに限る。以下この条において「製造過程管理高度化設備等」という。）で、その製作又は建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は製造過程管理高度化設備等を製作し、若しくは建設して、これを当該個人の営む事業の用に供した場合には、その事業の用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該製造過程管理高度化設備等（前二条又は前二項の規定の適用を受けるものを除く。）の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該製造過程管理高度化設備等について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額の百分の十四（建物及びその附属設備については、百分の七）に相当する金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該製造過程管理高度化設備等の償却費として同項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
第十一条の四第一項中「十年以内の」を「十二年以内の」に改め、同項に次の一号を加える。
五 適用期間の開始の日から十二年以内に取得等をした特定余暇利用施設（前各号に掲げる特定余暇利用施設に該当するものを除く。） 百分の六
第十一条の五第一項の表の第一号の第二欄中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同号の第四欄中「百分の十四（平成八年四月一日から平成九年三月三十一日まで」を「百分の八（当該設備であつて政令で定めるもののうち、平成十年四月一日から平成十一年三月三十一日まで」に、「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同表の第二号中「百分の十一」を「百分の十」に改める。
第十一条の六第一項を次のように改める。
青色申告書を提出する個人で次の表の各号の上欄に掲げるものが、平成十一年三月三十一日（同表の第二号の上欄に掲げるものについては、平成十二年三月三十一日）までに、当該各号の中欄に掲げる減価償却資産でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないもの（以下この条において「商業施設等」という。）を取得し、又は商業施設等を製作し、若しくは建設して、これを当該個人の事業の用（貸付けの用を除く。）に供した場合には、その用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該商業施設等（第十一条から前条までの規定の適用を受けるものを除く。）の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該商業施設等について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額に当該各号の下欄に掲げる割合を乗じて計算した金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該商業施設等の償却費の額として同項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
個人 |
資産 |
割合 |
一 中小小売商業者等（中小小売商業振興法（昭和四十八年法律第百一号）第六条第一号に規定する中小小売商業者又は中小サービス業者をいう。）に該当する個人 |
同条に規定する認定計画のうち政令で定めるものに係る店舖用又は倉庫用の建物及びその附属設備で政令で定めるもの |
百分の八 |
二 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律（平成十年法律第九十二号）第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に係る同法第四条第五項に規定する中小小売商業高度化事業を実施する個人 |
当該認定中小小売商業高度化事業計画に係る同条第一項に規定する商業施設のうち建物及びその附属設備で政令で定めるもの |
百分の八 |
第十一条の七第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「取得価額」の下に「（第二号に掲げる機械その他の減価償却資産のうち政令で定めるものにあつては、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額）」を加える。
第十一条の八第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第十二条第一項の表の第一号及び第二号中「百分の十二」を「百分の十一」に改め、同表の第三号から第五号までの規定中「百分の十四」を「百分の十三」に改め、同表の第十号中「地区」の下に「及び同法第二十三条の二第一項の規定により特別自由貿易地域として指定された地区」を加える。
第十二条の三第一項中「病院」の下に「又は診療所」を加える。
第十三条の見出し中「割増償却」を「割増償却等」に改め、同条第一項中「前条まで」の下に「、第三項」を加え、同条第六項中「又は」を「若しくは」に改め、「前条第二項の規定」の下に「又は第三項の規定若しくは第四項において準用する第十一条第二項の規定」を加え、同項を同条第八項とし、同条第三項から第五項までを二項ずつ繰り下げ、同条第二項の次に次の二項を加える。
３ 青色申告書を提出する個人で道路運送法（昭和二十六年法律第百八十三号）第三条第一号に規定する一般旅客自動車運送事業を営むものが、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、当該事業の用に供する自動車で身体障害者その他これに準ずる者が移動のための車いすその他の用具を使用したまま車内に乗り込むことを可能とする乗降補助装置を有するものとして政令で定めるもののうちその製作の後事業の用に供されたことのないもの（第十一条から前条まで、次条第一項又は第十四条から第十六条までの規定の適用を受けるものを除く。以下この条において「障害者対応設備等」という。）を取得し、又は障害者対応設備等を製作して、これを当該個人の営む当該一般旅客自動車運送事業の用に供した場合には、その事業の用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該障害者対応設備等の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該障害者対応設備等について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額の百分の二十五に相当する金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該障害者対応設備等の償却費として同項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
４ 第十一条第二項の規定は、前項の規定の適用を受ける障害者対応設備等の償却費の額を計算する場合について準用する。この場合において、同条第二項中「その合計償却限度額」とあるのは、「第十三条第三項本文の規定により必要経費に算入することができる償却費の限度額」と読み替えるものとする。
第十三条の三第一項第三号及び第四号中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第十四条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「に当該各号に定める割合を乗じて計算した」を「の百分の百四十（当該優良賃貸住宅のうちその新築の時において同法の規定により定められている耐用年数が三十五年以上であるものについては、百分の百五十五）に相当する」に改め、同項各号を次のように改める。
一 特定優良賃貸住宅の供給の促進に関する法律（平成五年法律第五十二号）第六条に規定する特定優良賃貸住宅のうち特にその建設の促進を図る必要があるものとして政令で定めるもの
二 大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法（昭和五十年法律第六十七号）第二条第五号に規定する区域内に建築される賃貸住宅のうち次に掲げるもの
イ 大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第百一条の八に規定する認定計画に基づき建築される建築物に係る賃貸住宅で政令で定めるもの
ロ 次に掲げる建築物（政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る賃貸住宅で優良な共同住宅に該当するものとして政令で定めるもの
（1） 都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第四条第一項に規定する都市計画（第三項において「都市計画」という。）に定められた同法第八条第一項第三号の高度利用地区その他の政令で定める区域内に建築される建築物で政令で定めるもの
（2） 建築基準法（昭和二十五年法律第二百一号）第五十九条の二第一項の規定による許可を受けて建築される建築物で政令で定めるもの
第十四条第二項中「百分の百十五」を「百分の百十二」に、「百分の百十八」を「百分の百十四」に改め、同条第三項中「次に掲げる建築物」を「第一号から第五号までに掲げる建築物」に、「同時に」を「併せて」に改め、「含む。）」の下に「並びに第六号に掲げる構築物（当該構築物と併せて設置される機械及び装置で大蔵省令で定めるものを含む。）」を加え、同項に次の一号を加える。
六 首都圏整備法（昭和三十一年法律第八十三号）第二条第三項に規定する既成市街地及び同条第四項に規定する近郊整備地帯、近畿圏整備法（昭和三十八年法律第百二十九号）第二条第三項に規定する既成都市区域及び同条第四項に規定する近郊整備区域、中部圏開発整備法（昭和四十一年法律第百二号）第二条第三項に規定する都市整備区域その他これらに類する区域として政令で定める区域内に建築し、又は設置される雨水の有効利用又は地下への浸透を図るための雨水を貯留する構築物（政令で定める規模のものに限る。）
第十五条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「百分の百二十」を「百分の百十八」に改める。
第十六条第二項中「百分の十四」を「百分の十三」に改める。
第十八条第一項に次の一号を加える。
十 食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第六条第一項に規定する試験研究計画に係る同項の認定を受けた同法第四条第一項に規定する法人 同法第十一条第一項に規定する負担金
第二十条の三第一項中「平成十年」を「平成十二年」に改める。
第二十条の四第一項の表の第二号の中欄中「以下この条」を「次条第一項に規定する維持管理積立金の積立てがされるべき同項に規定する特定廃棄物最終処分場に該当するものを除く。以下この条」に改める。
第二章第二節第二款中第二十条の五を第二十条の六とし、第二十条の四の次に次の一条を加える。
第二十条の五 青色申告書を提出する個人で廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条第一項又は同法第十五条第一項の許可を受けたものが、平成十年六月十七日から平成十二年三月三十一日までの期間内の日の属する各年（事業を廃止した日の属する年を除く。）において、同法第八条の五第一項に規定する特定一般廃棄物最終処分場又は同法第十五条の二の三において準用する同項に規定する特定産業廃棄物最終処分場（以下この条において「特定廃棄物最終処分場」という。）の埋立処分の終了後における維持管理に要する費用の支出に備えるため、当該特定廃棄物最終処分場ごとに、当該特定廃棄物最終処分場につきその年において同法第八条の五第一項及び第二項（これらの規定を同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により環境事業団に維持管理積立金として積み立てた金額（その年において同法第九条の五第一項（同法第十五条の四において準用する場合を含む。）の規定による地位の承継があつたときは、当該地位の承継につき同法第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により積み立てたものとみなされた金額を含む。以下この条において「維持管理積立金」という。）に相当する金額以下の金額を特定災害防止準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該積立てをした年分の事業所得の金額の計算上、必要経費に算入する。
２ 前項の特定災害防止準備金を積み立てている個人が維持管理積立金の積立てをしている特定廃棄物最終処分場について廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）に規定する維持管理を行う場合において、同項の規定により当該特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の取戻しをしたときは、その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額（その日までにこの項又は次項の規定により総収入金額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額は、その取戻しをした日の属する年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
３ 第一項の特定災害防止準備金を積み立てている個人が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日の属する年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
一 前項の取戻しをした場合以外の場合において廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の全部又は一部の取戻しをした場合 その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額
二 廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金を有しないこととなつた場合（次号に該当する場合及び当該個人の死亡により当該個人の相続人が事業を承継した場合を除く。） その有しないこととなつた日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額
三 事業を廃止した場合 その廃止した日における特定災害防止準備金の金額
四 前項、前三号及び次項の場合以外の場合において特定災害防止準備金の金額を取り崩した場合 その取り崩した日における当該特定災害防止準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
４ 第一項の特定災害防止準備金を積み立てている個人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた年の翌年である場合には、そのやめた年の十二月三十一日）における特定災害防止準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日の属する年分及びその翌年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。この場合においては、当該特定災害防止準備金の金額については、前二項及び第六項の規定は、適用しない。
５ 第二十条の二第五項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
６ 第二十条の二第六項から第八項までの規定は、第一項の特定災害防止準備金を積み立てている個人の死亡により当該個人の相続人が同項の特定災害防止準備金に係る事業を承継した場合について準用する。
第二十一条第一項中「百分の七」を「百分の六」に改める。
第二十二条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改め、同項第一号中「百分の十三」を「百分の十二」に改める。
第二十五条の二第三項第一号中「三十五万円」を「四十五万円」に改める。
第二十八条の四第一項中「及び次条」を削り、同項ただし書を削り、同条に次の一項を加える。
６ 第一項の規定は、個人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした土地の譲渡等については、適用しない。
第二十九条第一項から第三項までの規定中「平成十年十二月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に改める。
第二十九条の二を次のように改める。
（特定の取締役等が受ける株式譲渡請求権等の行使による株式の取得に係る経済的利益の非課税等）
第二十九条の二 商法（明治三十二年法律第四十八号）第二百十条ノ二第二項又は第二百八十条ノ十九第二項の決議により同法第二百十条ノ二第二項第三号に規定する権利（以下この項及び第六項において「株式譲渡請求権」という。）又は同法第二百八十条ノ十九第二項に規定する新株の引受権（以下この項及び第六項において「新株引受権」という。）を与えられる者とされた当該決議（以下この条において「付与決議」という。）のあつた株式会社の取締役又は使用人である個人（当該付与決議のあつた日において当該株式会社の政令で定める数の株式を有していた個人（以下この項及び次項において「大口株主」という。）及び同日において当該株式会社の大口株主に該当する者の配偶者その他の当該大口株主に該当する者と政令で定める特別の関係があつた個人（次項において「大口株主の特別関係者」という。）を除く。以下この項及び次項において「取締役等」という。）又は当該取締役等の相続人（政令で定めるものに限る。以下この項及び次項において「権利承継相続人」という。）が、当該付与決議に基づき当該株式会社と当該取締役等との間に締結された契約により与えられた当該株式譲渡請求権又は新株引受権（当該株式譲渡請求権又は新株引受権に係る契約において、次に掲げる要件が定められているものに限る。以下この項及び次項において「特定株式譲渡請求権等」という。）を当該契約に従つて行使することにより当該特定株式譲渡請求権等に係る株式の取得をした場合には、当該株式の取得に係る経済的利益については、所得税を課さない。ただし、当該取締役等又は権利承継相続人（以下この項及び次項において「権利者」という。）が、当該特定株式譲渡請求権等の行使をすることにより、その年における当該行使に係る株式の譲渡価額又は新株の発行価額（以下この項及び次項において「権利行使価額」という。）と当該権利者がその年において既にした当該特定株式譲渡請求権等及び他の特定株式譲渡請求権等の行使に係る権利行使価額との合計額が、千万円を超えることとなる場合には、当該千万円を超えることとなる特定株式譲渡請求権等の行使による株式の取得に係る経済的利益については、この限りでない。
一 当該株式譲渡請求権又は新株引受権の行使は、当該株式譲渡請求権又は新株引受権に係る付与決議の日から二年以内はできないこと。
二 当該株式譲渡請求権又は新株引受権の行使に係る権利行使価額の年間の合計額が、千万円を超えないこと。
三 当該株式譲渡請求権又は新株引受権の行使に係る一株当たりの権利行使価額は、当該株式譲渡請求権又は新株引受権に係る契約を締結した株式会社の株式の当該契約の締結の時における一株当たりの価額に相当する金額以上であること。
四 当該株式譲渡請求権又は新株引受権の行使に係る株式の譲渡又は新株の発行が、当該株式の譲渡又は新株の発行のために付与決議がされた商法第二百十条ノ二第二項第三号又は第二百八十条ノ十九第二項に定める事項（取締役又は使用人の氏名を除く。）に反しないで行われるものであること。
五 当該株式譲渡請求権又は新株引受権の行使により取得をする株式につき、当該行使に係る株式会社と証券業者又は金融機関で政令で定めるもの（以下この条において「証券業者等」という。）との間であらかじめ締結される株式譲渡請求権又は新株引受権の行使により譲渡又は発行をされる当該株式会社の株式の保管の委託又は管理及び処分に係る信託（以下この条において「管理等信託」という。）に関する取決め（当該保管の委託に係る口座又は当該管理等信託に係る契約が権利者の別に開設され、又は締結されるものであること、当該口座又は契約においては株式譲渡請求権又は新株引受権の行使により譲渡又は発行をされる当該株式会社の株式以外の株式を受け入れないことその他の政令で定める要件が定められるものに限る。）に従い、政令で定めるところにより、当該取得後直ちに、当該株式会社を通じて、当該証券業者等の営業所又は事務所（第四項において「営業所等」という。）に保管の委託又は管理等信託がされること。
２ 前項本文の規定は、権利者が、特定株式譲渡請求権等の行使をする際、第一号に掲げる事項を誓約し、かつ、第二号に掲げる事項その他大蔵省令で定める事項を記載した書面を、当該行使に係る株式会社に提出した場合に限り、適用する。
一 当該権利者（その者が権利承継相続人である場合には、その者の被相続人である取締役等）が、当該特定株式譲渡請求権等に係る付与決議の日において当該株式会社の大口株主及び大口株主の特別関係者に該当しないこと。
二 当該特定株式譲渡請求権等の行使の日の属する年における当該権利者の他の特定株式譲渡請求権等の行使の有無（当該他の特定株式譲渡請求権等の行使があつた場合には、当該行使に係る権利行使価額及びその行使年月日）
３ 前項の株式会社は、同項の書面の提出を受けた場合には、大蔵省令で定めるところにより、当該書面を保存しなければならない。
４ 次に掲げる事由により、第一項本文の規定の適用を受けた個人（以下この項及び次項において「特例適用者」という。）が有する当該適用を受けて取得をした株式その他これに類する株式として政令で定めるもの（第一項第五号に規定する取決めに従い証券業者等の営業所等に保管の委託又は管理等信託がされているものに限る。以下この条において「特定株式」という。）の全部又は一部の返還又は移転があつた場合（特例適用者から相続（限定承認に係るものを除く。）又は遺贈（包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。）により特定株式の取得をした個人（以下この項及び次項において「承継特例適用者」という。）が、当該特定株式を第一項第五号に規定する取決めに従い当該特定株式に係る証券業者等の営業所等に引き続き保管の委託又は管理等信託をする場合を除く。）には、当該返還又は移転があつた特定株式については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額による譲渡があつたものと、第一号に掲げる事由による返還を受けた特例適用者については、当該事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額をもつて当該返還を受けた特定株式の数に相当する数の当該特定株式と同一銘柄の株式の取得をしたものとそれぞれみなして、第三十七条の十の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。次に掲げる事由により、承継特例適用者が有する承継特定株式（特例適用者から当該相続又は遣贈により取得をした特定株式その他これに類する株式として政令で定めるもので第一項第五号に規定する取決めに従い当該特定株式に係る証券業者等の営業所等に引き続き保管の委託又は管理等信託がされているものをいう。以下この条において同じ。）の全部又は一部の返還又は移転があつた場合についても、同様とする。
一 保管の委託又は管理等信託の解約又は終了（第一項第五号に規定する取決めに従つてされる譲渡に係る終了を除く。）
二 贈与（法人に対するものを除く。）又は相続（限定承認に係るものを除く。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。）
三 第一項第五号に規定する取決めに従つてされる譲渡以外の譲渡でその譲渡の時における価額より低い価額によりされるもの（所得税法第五十九条第一項第二号に規定する譲渡に該当するものを除く。）
５ 特例適用者である居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する特定株式で第三十七条の十一第一項に規定する株式等に該当するものの同項各号に掲げる株式等の譲渡をした場合には、当該特定株式の譲渡による同項に規定する株式等に係る譲渡所得等については、同条の規定は、適用しない。承継特例適用者である居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その有する承継特定株式で同項に規定する株式等に該当するものの同項各号に掲げる株式等の譲渡をした場合についても、同様とする。
６ 付与決議に基づく契約により取締役若しくは使用人である個人又は当該個人の相続人に株式譲渡請求権又は新株引受権を与える株式会社は、政令で定めるところにより、当該株式譲渡請求権又は新株引受権の付与に関する調書を、その付与をした日の属する年の翌年一月三十一日までに、税務署長に提出しなければならない。
７ 第一項第五号に規定する取決めに従い特定株式又は承継特定株式につき保管の委託を受け、又は管理等信託を引き受けている証券業者等は、政令で定めるところにより、当該特定株式又は承継特定株式の受入れ又は交付その他の異動状況に関する調書を、毎年一月三十一日までに、税務署長に提出しなければならない。
８ 第一項本文の規定の適用を受ける場合における株式の取得価額の計算の特例、同項本文の規定の適用を受ける場合における株式の譲渡に係る国内源泉所得の範囲及び非居住者に対する課税の方法の特例、特定株式又は承継特定株式の譲渡に係る所得税法第二百二十四条の三及び第二百二十五条の規定の特例その他第一項、第四項及び第五項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第三十一条第一項中「第四項第二号」を「第五項第二号」に改め、同条第四項中「第一項の規定の適用がある場合には」を「第一項（第二項の規定により適用される場合を含む。第四号において同じ。）の規定の適用がある場合には」に改め、同項第一号中「同項第三十号の規定」を「同項第三十号」に、「同法第三十一条の二」を「同条第二項、同法第三十一条の二」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項を同条第四項とし、同条第二項中「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２ 個人が、平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間に、その有する土地等又は建物等でその年一月一日において所有期間が五年を超えるものの譲渡をした場合には、当該譲渡による譲渡所得については、前項の規定により当該譲渡に係る課税長期譲渡所得金額に対し課する所得税の額は、同項各号の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する額とする。
一 課税長期譲渡所得金額が六千万円以下である場合 当該課税長期譲渡所得金額の百分の二十に相当する金額
二 課税長期譲渡所得金額が六千万円を超える場合 次に掲げる金額の合計額
ロ 当該課税長期譲渡所得金額から六千万円を控除した金額の百分の二十五に相当する金額
第三十一条の二第一項中「前条第二項」を「前条第三項」に改め、「前条第一項」の下に「（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）」を加え、「同項各号」を「同条第一項各号及び同条第二項各号」に改め、同条第三項中「前条第二項」を「前条第三項」に改める。
第三十一条の三第一項中「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に改め、「第三十一条第一項」の下に「（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）」を加え、「同項各号」を「同条第一項各号及び同条第二項各号」に改め、同条第二項第四号中「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に改める。
第三十二条第一項中「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に、「第三十一条第四項第二号」を「第三十一条第五項第二号」に改め、同条第四項中「第三十一条第四項」を「第三十一条第五項」に、「同条第四項第一号」を「同条第五項第一号」に、「同法第三十一条の二」を「同条第二項、同法第三十一条の二」に改める。
第三十三条第四項中「第三十一条第一項」の下に「（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）」を加え、「同項の」を「同条第一項の」に改める。
第三十三条の二第一項中「、第二十八条の五」を削る。
第三十三条の三第一項中「、第二十八条の五」を削り、「場合又は」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項、」を加え、同条第二項及び第三項中「、第二十八条の五」を削る。
第三十三条の四第一項第一号及び第三十四条第一項第一号中「同条第三項」を「同条第四項」に改める。
第三十四条の二第一項第一号中「同条第三項」を「同条第四項」に改め、同条第二項第一号中「第九号」を「第十号」に改め、同項第三号中「平成九年十二月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に改め、同項第二十三号を同項第二十四号とし、同項第二十号から第二十二号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十九号中「土地等につき」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項に規定する土地区画整理事業、」を、「土地等のうち」の下に「同項、」を加え、同号を同項第二十号とし、同項第十一号から第十八号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十号中ハをニとし、ロの次に次のように加える。
ハ 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づく同法第四条第五項に規定する中小小売商業高度化事業（同項第一号から第四号まで又は第七号に掲げるものに限る。）
第三十四条の二第二項第十号を同項第十一号とし、同項第九号を同項第十号とし、同項第八号の次に次の一号を加える。
九 地方公共団体又は中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十条第一項に規定する中心市街地整備推進機構が同法第七条第一項に規定する特定中心市街地（以下この号において「特定中心市街地」という。）の整備のために同法第六条第一項に規定する基本計画の内容に即して行う公共施設若しくは公用施設の整備、宅地の造成又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業で政令で定めるものの用に供するために、特定中心市街地の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第三十三条第一項第二号若しくは第三号の五、第三十三条の二第一項第一号若しくは前条第二項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号、第四号若しくは前二号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
第三十四条の二第三項中「第十三号」を「第十四号」に、「第十六号から第十八号まで」を「第十七号から第十九号まで」に改める。
第三十四条の三第一項第一号中「同条第三項」を「同条第四項」に改め、同条第二項第一号及び第二号中「前条第二項第二十三号」を「前条第二項第二十四号」に改め、同項第三号中「第二十三号」を「第二十四号」に改める。
第三十五条第一項中「若しくは第三十六条の六」を「、第三十六条の六若しくは第四十一条の五」に改め、同項第一号中「同条第三項」を「同条第四項」に改める。
第三十六条第一項中「第三十一条第一項（」の下に「同条第二項の規定により適用される場合を含むものとし、」を加える。
第三十六条の二第一項中「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に、「における資産の譲渡につき第三十五条第一項又は第三十六条の六」を「において第三十五条第一項、第三十六条の六又は第四十一条の五」に改め、同条第三項中「第三十一条第一項」の下に「（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）」を加え、「同項の」を「同条第一項の」に改める。
第三十六条の六第一項中「平成十一年三月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に、「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に改め、「（当該譲渡資産の譲渡に係る対価の額が二億円以下であるもので、かつ、当該譲渡に係る土地又は土地の上に存する権利の対価の額が当該譲渡に係る適正な対価の額として政令で定める金額以下であることにつき大蔵省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）」及び「（当該買換資産である土地又は土地の上に存する権利の取得に係る対価の額が当該取得に係る適正な対価の額として政令で定める金額以下であることにつき大蔵省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）」を削り、「における資産の譲渡につき」を「において」に、「又は前条」を「、前条又は第四十一条の五」に改め、同条第二項の表の第三十六条の二第二項の項中「の譲渡」を削り、「平成十一年三月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に改め、「の同項に規定する譲渡」を削り、「買換資産の取得」を「買換資産の」に改め、「同項に規定する取得」を削り、同表の第三十六条の四の項中
「
前条第一項 |
第三十六条の六第二項において準用する第三十六条の三第一項 |
なつた者 |
なつた者及び第三十六条の六第四項の規定に該当する者 |
」を
「
前条第一項 |
第三十六条の六第二項において準用する第三十六条の三第一項 |
」に改め、同条第三項から第八項までを削り、同条第九項中「及び第三項から前項まで」を削り、同項を同条第三項とする。
第三十七条第一項の表以外の部分中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に、「。以下第三十七条の三まで」を「。同表の第一号及び第十九号から第二十一号までの上欄を除き、以下第三十七条の三まで」に、「第一号の下欄に掲げる資産（同号の上欄に掲げる資産のうち大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する都心共同住宅供給事業（以下この項及び第三十七条の三第二項において「都心共同住宅供給事業」という。）の用に供されるものとして政令で定めるものに係るものを除く。）のうち近郊整備地帯等（同表の第一号の上欄のイからハまでに掲げる区域の近郊の区域として政令で定める区域をいう。以下この項及び第三十七条の三第二項において同じ。）内にあるもの又は同表の第二十号若しくは第二十一号」及び「第一号の下欄に掲げる資産（同号の上欄に掲げる資産のうち都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものに係るものを除く。）のうち近郊整備地帯等内にあるもの又は同表の第二十号若しくは第二十一号」を「第二十号」に改め、同項の表の第一号中「含むものとし、貸付けの用に供されているものを除く」を「含む。以下この表において同じ」に改め、「（昭和三十一年法律第八十三号）」、「（昭和三十八年法律第百二十九号）」及び「（その附属設備を含む。以下この表において同じ。）」を削り、同表の第十九号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の相続による取得その他の政令で定めるものを含む。）がされた」を「取得がされたこれらの資産のうちその譲渡の日の属する年の一月一日において所有期間（第三十一条第三項に規定する所有期間をいう。以下この表及び第五項において同じ。）が十年を超える」に改め、同表の第二十号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の相続による取得その他の政令で定めるものを含む。）がされた」を「取得がされたこれらの資産のうちその譲渡の日の属する年の一月一日において所有期間が十年を超える」に改め、同表の第二十一号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の相続による取得その他の政令で定めるものを含む。）がされた」を「取得がされたこれらの資産のうちその譲渡の日の属する年の一月一日において所有期間が十年を超える」に、「既成市街地等以外の地域内にある建物」を「国内にある土地等、建物」に改め、同条第三項及び第四項中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、同条第五項中「（第三十一条第二項に規定する所有期間をいう。以下この項において同じ。）」及び「（同項第七号に掲げる土地等の譲渡のうちその年一月一日において所有期間が二年以下である土地等（その年中に取得をした土地等で政令で定めるものを含む。）の譲渡にあつては、第二十八条の五第二項第三号に掲げる土地等の譲渡に該当するものに限る。）」を削り、同条第六項中「第三十一条第一項」の下に「（同条第二項の規定により適用される場合を含む。）」を加え、「係る同項」を「係る同条第一項」に改め、同条に次の一項を加える。
11 第五項の規定は、個人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした土地等の譲渡については、適用しない。
第三十七条の三第二項第一号中「第一号の下欄に掲げる資産（同号の上欄に掲げる資産のうち都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものに係るものを除く。）のうち近郊整備地帯等内にあるもの又は同表の第二十号若しくは第二十一号」を「第二十号」に改める。
第三十七条の四中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改める。
第三十七条の五第一項の表の第二号中「（昭和四十一年法律第百二号）」を削り、同条第二項の表の第三十七条第四項の項中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、同条第五項第一号中「第三十一条第二項」を「第三十一条第三項」に改める。
第三十七条の十第三項第四号及び第六号中「第三十七条の十四」を「第三十七条の十五」に改める。
第三十七条の十一第一項第三号中「（明治三十二年法律第四十八号）」を削り、同条第五項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第三十八条を削り、第二章第四節第九款中第三十七条の十六を第三十八条とし、第三十七条の十五を第三十七条の十六とし、第三十七条の十四を第三十七条の十五とし、第三十七条の十三の次に次の一条を加える。
（銀行持株会社に対する合併新株券の現物出資に係る課税の特例）
第三十七条の十四 銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律（平成九年法律第百二十一号）第二条第一項に規定する金融機関（以下この項において「金融機関」という。）と同条第二項に規定する銀行持株会社（当該金融機関が同法第十二条第一項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定により設立したものに限る。）の同法第三条第一項に規定する子会社である他の金融機関とが当該他の金融機関が存続することとなる合併を行つた場合において、当該他の金融機関が、同法第七条第一項の規定により当該金融機関の株主による当該銀行持株会社に対する現物出資の給付があつたものとみなされる当該銀行持株会社に対する同項に規定する合併新株券の交付（当該交付に係る現物出資による当該銀行持株会社の当該合併新株券の受入価額が政令で定める金額以下となつているものに限る。）をしたときは、その合併の時に当該金融機関の株主であつた個人による当該銀行持株会社に対する当該合併新株券に係る株式の当該現物出資に係る第三十七条の十から第三十七条の十二まで又は所得税法第二十七条、第三十三条若しくは第三十五条の規定の適用については、当該合併新株券に係る株式の譲渡は、なかつたものとみなす。
２ 前項の規定の適用がある場合における同項の株主であつた個人が同項の現物出資により取得する同項の銀行持株会社の株式の取得価額の計算その他同項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十条の四第一項中「株式等に」を「株式等（当該株式を発行する株式会社に対しその利益の配当、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利のない株式又は実質的に当該権利がないと認められる株式（以下この項及び次項において「請求権のない株式」という。）に係るものを除く。）に」に改め、同項第一号中「株式等の」を「株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の」に、「発行済株式の」を「発行済株式（請求権のない株式を除く。）の」に、「以下この条」を「次号」に改め、同項第二号中「間接保有の株式等」の下に「（請求権のない株式に係るものを除く。）」を加え、同条第二項中「前項」の下に「及びこの項」を加え、同項第一号を次のように改める。
一 外国関係会社 外国法人で、その発行済株式の総数又は出資金額のうちに居住者（当該居住者と法人税法第二条第十号に規定する政令で定める特殊の関係のある非居住者を含む。以下この号において同じ。）及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等の総数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のイからハまでに掲げる株式会社である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか多い割合）が百分の五十を超えるものをいう。
イ 議決権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。） その発行済株式（議決権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（議決権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合
ロ 請求権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。） その発行済株式（請求権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合
ハ 議決権のない株式及び請求権のない株式を発行している株式会社 イ又はロに定める割合のいずれか多い割合
第四十一条第一項及び第四十一条の二第二項中「二千万円」を「三千万円」に改める。
第四十一条の六を削り、第四十一条の五を第四十一条の六とし、第四十一条の四の次に次の一条を加える。
（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除）
第四十一条の五 確定申告書を提出する個人が、その年の前年以前三年内の年において生じた居住用財産の譲渡損失の金額（この項の規定の適用を受けて前年以前の年において控除されたものを除く。以下この項において「控除適用譲渡損失金額」という。）を有する場合において、当該個人がその年十二月三十一日（その者が死亡した日の属する年にあつては、その死亡した日）において当該控除適用譲渡損失金額に係る買換資産（第三項第一号に規定する買換資産をいう。）に係る住宅借入金等の金額を有するときは、当該個人がその年又はその年の前年以前の年において当該控除適用譲渡損失金額が生じた年の前年以前の年において生じた居住用財産の譲渡損失の金額につきこの項の規定の適用を受ける場合又は受けている場合を除き、当該控除適用譲渡損失金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額の計算上控除する。ただし、当該個人のその年分の所得税に係るその年の所得税法第二条第一項第三十号の合計所得金額が三千万円を超える年については、この限りでない。
２ 前項の規定は、同項の個人が居住用財産の譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき当該居住用財産の譲渡損失の金額の計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある確定申告書をその提出期限までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該確定申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）であつて、その後において連続して確定申告書を提出し、かつ、同項の確定申告書に同項の規定による控除を受ける金額の計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 居住用財産の譲渡損失の金額 当該個人が、平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの期間（第六項において「指定期間」という。）内に、その有する家屋又は土地若しくは土地の上に存する権利で、その年一月一日において第三十一条第三項に規定する所有期間が五年を超えるもののうち次に掲げるもの（以下この号及び第六項において「譲渡資産」という。）の譲渡（第三十三条第三項第一号に規定する譲渡所得の基因となる不動産等の貸付け（第六項において「譲渡所得の基因となる不動産等の貸付け」という。）を含むものとし、当該個人の配偶者その他の当該個人と政令で定める特別の関係がある者に対してするものその他政令で定めるものを除く。以下この号において「特定譲渡」という。）をした場合（当該個人が当該特定譲渡に係る契約を締結した日の前日（政令で定める場合にあつては、政令で定める日）において当該譲渡資産に係る住宅借入金等の金額を有する場合に限るものとし、当該個人がその年の前年又は前々年における資産の譲渡につき第三十一条の三第一項、第三十五条第一項、第三十六条の二、第三十六条の五又は第三十六条の六の規定の適用を受けている場合を除く。）において、平成十年一月一日（当該特定譲渡の日が平成十二年一月一日以後であるときは、当該特定譲渡の日の属する年の前年一月一日）から当該特定譲渡の日の属する年の翌年十二月三十一日までの間に、当該個人の居住の用に供する家屋で政令で定めるもの又は当該家屋の敷地の用に供する土地若しくは当該土地の上に存する権利で、国内にあるもの（以下この条において「買換資産」という。）の取得（建設を含むものとし、贈与によるものその他政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）をし、かつ、当該取得の日から当該取得の日の属する年の翌年十二月三十一日までの間に当該個人の居住の用に供したとき、又は供する見込みであるときにおけるその年において生じた所得税法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額（同法第七十条第一項又は第二項（同法第百六十五条において適用する場合を含む。）の規定の適用を受けるもの及び同法第百四十二条第二項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）のうち、当該譲渡資産の特定譲渡（その年において当該特定譲渡が二以上ある場合には、当該個人が政令で定めるところにより選定した一の特定譲渡に限る。）による譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額に係るもの（当該譲渡資産のうちに土地又は土地の上に存する権利で政令で定める面積が五百平方メートルを超えるものが含まれている場合には、当該土地又は土地の上に存する権利のうち当該五百平方メートルを超える部分に相当する金額を除く。）として政令で定めるところにより計算した金額をいう。
イ 当該個人がその居住の用に供している家屋で政令で定めるもののうち国内にあるもの
ロ イに掲げる家屋で当該個人の居住の用に供されなくなつたもの（当該個人の居住の用に供されなくなつた日から同日以後三年を経過する日の属する年の十二月三十一日までの間に譲渡されるものに限る。）
ハ イ又はロに掲げる家屋及び当該家屋の敷地の用に供されている土地又は当該土地の上に存する権利
ニ 当該個人のイに掲げる家屋が災害により滅失した場合において、当該個人が当該家屋を引き続き所有していたとしたならば、その年一月一日において第三十一条第三項に規定する所有期間が五年を超える当該家屋の敷地の用に供されていた土地又は当該土地の上に存する権利（当該災害があつた日から同日以後三年を経過する日の属する年の十二月三十一日までの間に譲渡されるものに限る。）
二 住宅借入金等 住宅の用に供する家屋の新築若しくは取得又は当該家屋の敷地の用に供される土地若しくは当該土地の上に存する権利の取得（以下この号において「住宅の取得等」という。）に要する資金に充てるために第八条第一項に規定する金融機関又は住宅金融公庫から借り入れた借入金で契約において償還期間が十年以上の割賦償還の方法により返済することとされているものその他の住宅の取得等に係る借入金又は債務（利息に対応するものを除く。）で政令で定めるものをいう。
４ 居住者が第一項の規定の適用を受けた場合には、当該適用に係る買換資産の取得については、第四十一条及び第四十一条の二の規定は、適用しない。
５ 居住者が最初に第一項の規定の適用を受けることができる年又はその年の翌年以後の各年において当該適用に係る買換資産の取得につき第四十一条又は第四十一条の二の規定の適用を受ける場合には、当該買換資産に係る居住用財産の譲渡損失の金額については、同項の規定は、適用しない。
６ 確定申告書を提出する個人の所得税法第七十条第一項に規定する各年において生じた同法第二条第一項第二十五号に規定する純損失の金額（以下この項において「純損失の金額」という。）のうちに居住用財産の譲渡損失に係る純損失の金額（指定期間内に譲渡（譲渡所得の基因となる不動産等の貸付けを含む。）があつた譲渡資産に係る当該譲渡による譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額に係る純損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。）がある場合における同法第七十条第一項（同法第百六十五条において適用する場合を含む。）の規定の適用については、同項中「及び第百四十二条第二項」とあるのは「、第百四十二条第二項」と、「となつたもの」とあるのは「となつたもの及び租税特別措置法第四十一条の五第六項（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除）に規定する居住用財産の譲渡損失に係る純損失の金額」とする。
７ 第一項及び前三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
８ 第一項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一 所得税法第二条第一項第三十号から第三十四号の三までの規定の適用については、同項第三十号中「の規定」とあるのは、「並びに租税特別措置法第四十一条の五（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除）の規定」とする。
二 所得税法第二十二条の規定の適用については、同条第二項中「又は第七十一条第一項（雑損失の繰越控除）」とあるのは「、第七十一条第一項（雑損失の繰越控除）又は租税特別措置法第四十一条の五第一項（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除）」と、同条第三項中「の規定の」とあるのは「又は租税特別措置法第四十一条の五の規定の」とする。
三 所得税法第百二十三条の規定の適用については、同条第一項中「の規定の」とあるのは「若しくは租税特別措置法第四十一条の五第一項（特定の居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の繰越控除）の規定の」と、「又は第七十一条第一項」とあるのは「若しくは第七十一条第一項又は租税特別措置法第四十一条の五第一項」と、同条第二項第五号中「又は第七十一条第一項」とあるのは「若しくは第七十一条第一項又は租税特別措置法第四十一条の五第一項」とする。
四 国税通則法の規定の適用については、同法第二条第六号ハ中「これらの法律」とあるのは、「所得税法若しくは法人税法又は租税特別措置法」とする。
五 前各号に定めるもののほか、第一項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
９ 第一項の規定の適用を受けた者は、当該適用に係る買換資産の取得をした日の属する年の翌年十二月三十一日までに、当該買換資産をその者の居住の用に供しない場合には、同日から四月を経過する日までに同項の規定の適用を受けた年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該修正申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。
10 買換資産の取得につき第四十一条又は第四十一条の二の規定の適用を受けた者（第五項の規定に該当する者を除く。）は、当該買換資産の取得に係る居住用財産の譲渡損失の金額について第一項の規定の適用を受けることとなつた場合には、最初に同項の規定の適用を受ける年分の所得税の確定申告書を提出する日までに当該買換資産の取得につき第四十一条又は第四十一条の二の規定の適用を受けた年分の所得税についての修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該修正申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。
11 前二項の規定に該当する場合において、これらの規定による修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該修正申告書に記載すべきであつた所得金額、所得税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正を行う。
12 第九項又は第十項の規定による修正申告書及び前項の更正に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一 当該修正申告書で第九項又は第十項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二 当該修正申告書で第九項又は第十項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第九項又は第十項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号並びに第六十五条第一項及び第三項中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。
三 国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。
第四十二条の四第一項中「第四十二条の九第二項」を「第四十二条の九、第四十二条の十、第四十二条の十一第二項」に改め、同条第八項第三号中「次条」を「第四十二条の九若しくは第四十二条の十の規定又は次条」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改める。
第四十二条の五第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「次条」を「第四十二条の九若しくは第四十二条の十の規定又は次条」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に、「第一号イ、第三号イ、第五号又は第六号」を「第一号イ若しくはハ、第二号ロ又は第三号から第六号まで」に改め、同項第二号中「著しく資する機械その他の減価償却資産又は」を「著しく資し、又は」に、「減価償却資産の」を「減価償却資産であつて次に掲げるものの」に改め、同号に次のように加える。
イ 新エネルギー利用等の促進に関する特別措置法第二条に規定する新エネルギー利用等に資する機械その他の減価償却資産
第四十二条の五第二項中「第四十二条の九第二項」を「第四十二条の九、第四十二条の十、第四十二条の十一第二項」に、「（次条」を「（第四十二条の九若しくは第四十二条の十の規定又は次条」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改める。
第四十二条の六第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「次条」を「第四十二条の九若しくは第四十二条の十の規定又は次条」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第二項中「中小企業者等が」を「特定中小企業者等（中小企業者等のうち政令で定める法人以外の法人をいう。以下この項において同じ。）が」に、「当該中小企業者等」を「当該特定中小企業者等」に、「第四十二条の九第二項」を「第四十二条の九、第四十二条の十、第四十二条の十一第二項」に、「（次条」を「（第四十二条の九若しくは第四十二条の十の規定又は次条」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第三項中「その用」を「その指定事業の用」に、「又は第四十二条の八第三項」を「、第四十二条の八第三項又は第四十二条の十第二項」に、「を除く」を「に係る場合を除く」に改め、同条第六項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加える。
第四十二条の七第一項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の九の規定又は第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第二項中「第四十二条の九第二項」を「第四十二条の九、第四十二条の十第五項、第四十二条の十一第二項」に、「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の九の規定又は第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第六項中「次条第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加える。
第四十二条の八第一項中「次条第一項」を「次条若しくは第四十二条の十の規定又は第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第二項中「次条第二項」を「次条、第四十二条の十、第四十二条の十一第二項」に、「次条第一項」を「次条若しくは第四十二条の十の規定又は第四十二条の十一第一項」に、「又はこれらの」を「若しくはこれらの」に改め、同条第三項中「場合に限る」を「場合に限るものとし、第四十二条の十第二項の規定の適用を受けるものに係る場合を除く」に改め、同条第六項中「前条第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加える。
第四十二条の九第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「、第四十三条の三」を削り、同条第二項中「前条第二項から第四項まで及び第六項」を「第四十二条の八第二項から第四項まで及び第六項、第四十二条の九、前条」に改め、同条を第四十二条の十一とし、第四十二条の八の次に次の二条を加える。
（自由貿易地域等において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）
第四十二条の九 青色申告書を提出する法人が、沖縄振興開発特別措置法の一部を改正する法律（平成十年法律第二十一号）の施行の日から平成十四年三月三十一日までの間に、次の表の各号の第一欄に掲げる地区内において当該各号の第二欄に掲げる事業の用に供する設備で政令で定める規模のものの新設又は増設をする場合において、当該新設又は増設に係る当該各号の第三欄に掲げる減価償却資産（以下この条において「工業用機械等」という。）を取得し、又は製作し、若しくは建設して、これを当該地区内において当該法人の当該事業の用に供したときは、その事業の用に供した日を含む事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この条において「供用年度」という。）の所得に対する法人税の額（この条、第四十二条の四、第四十二条の五第二項及び第三項、第四十二条の六第二項から第四項まで及び第六項、第四十二条の七第二項から第四項まで及び第六項、前条第二項から第四項まで及び第六項、次条、第四十二条の十一第二項並びに第六十八条の二並びに法人税法第六十七条から第七十条の二までの規定を適用しないで計算した場合の法人税の額とし、国税通則法第二条第四号に規定する附帯税の額を除く。以下この項及び次項において同じ。）からその事業の用に供した当該工業用機械等（次条の規定又は第四十二条の十一第一項、第四十三条から第四十六条の三まで、第四十八条若しくは第四十九条若しくはこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受けるものを除く。）の取得価額（一の生産等設備を構成するものの取得価額の合計額が二十億円を超える場合には、二十億円に当該工業用機械等の取得価額が当該一の生産等設備を構成する工業用機械等の取得価額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）に当該各号の第四欄に掲げる割合を乗じて計算した金額の合計額（以下この項及び第三項において「税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該法人の供用年度における税額控除限度額が、当該法人の当該供用年度の所得に対する法人税の額の百分の二十に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
地区 |
事業 |
資産 |
割合 |
一 沖縄振興開発特別措置法第二十三条第一項の規定により自由貿易地域として指定された地区及び同法第二十三条の二第一項の規定により特別自由貿易地域として指定された地区 |
製造の事業その他政令で定める事業 |
機械及び装置並びに工場用の建物その他政令で定める建物及びその附属設備 |
百分の十五（建物及びその附属設備については、百分の八） |
二 沖縄振興開発特別措置法第十一条第一項の規定により工業等開発地区として指定された地区 |
製造の事業その他政令で定める事業 |
機械及び装置並びに工場用の建物その他政令で定める建物及びその附属設備 |
百分の十五（建物及びその附属設備については、百分の八） |
三 沖縄振興開発特別措置法第十八条の二第一項の規定により情報通信産業振興地域として指定された地区 |
電気通信業その他政令で定める事業 |
機械及び装置、政令で定める建物及びその附属設備並びに政令で定める構築物 |
百分の十五（建物及びその附属設備並びに構築物については、百分の八） |
四 沖縄振興開発特別措置法第十八条の五第一項の規定により観光振興地域として指定された地区 |
同法第十八条の六第一項に規定する特定民間観光関連施設（以下この項において「特定民間観光関連施設」という。）の設置又は運営に関する事業 |
特定民間観光関連施設に含まれる機械及び装置、建物及びその附属設備並びに構築物のうち、政令で定めるもの |
百分の十五（建物及びその附属設備並びに構築物については、百分の八） |
２ 青色申告書を提出する法人が、各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において繰越税額控除限度超過額を有する場合には、当該事業年度の所得に対する法人税の額から、当該繰越税額控除限度超過額に相当する金額を控除する。この場合において、当該法人の当該事業年度における繰越税額控除限度超過額が当該法人の当該事業年度の所得に対する法人税の額の百分の二十に相当する金額（当該事業年度においてその事業の用に供した工業用機械等につき前項の規定により当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
３ 前項に規定する繰越税額控除限度超過額とは、当該法人の当該事業年度開始の日前四年以内に開始した各事業年度（当該事業年度まで連続して青色申告書を提出している場合の各事業年度に限る。）における税額控除限度額のうち、第一項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（既に前項の規定により当該各事業年度において法人税の額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）の合計額をいう。
４ 第一項の規定は、確定申告書等に、同項の規定による控除を受ける金額の申告の記載があり、かつ、当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該申告に係るその控除を受けるべき金額に限るものとする。
５ 第二項の規定は、供用年度以後の各事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に同項に規定する繰越税額控除限度超過額の明細書の添付があり、かつ、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に、同項の規定による控除を受ける金額の申告の記載及び当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該申告に係るその控除を受けるべき金額に限るものとする。
６ 第一項又は第二項の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（同法第七十二条及び第七十四条を同法第百四十五条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同法第六十七条第二項中「第七十条の二まで（税額控除）」とあるのは「第七十条の二まで（税額控除）又は租税特別措置法第四十二条の九（自由貿易地域等において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）」と、同法第七十条の二中「この款」とあるのは「この款及び租税特別措置法第四十二条の九（自由貿易地域等において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）」と、「まず前条」とあるのは「まず同条の規定による控除をし、次に前条」と、同法第七十二条第一項第二号中「の規定を適用」とあるのは「及び租税特別措置法第四十二条の九（自由貿易地域等において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）の規定を適用」と、同法第七十四条第一項第二号中「前節（税額の計算）」とあるのは「前節（税額の計算）及び租税特別措置法第四十二条の九（自由貿易地域等において工業用機械等を取得した場合の法人税額の特別控除）」とする。
（沖縄の特別中小企業者等が事業化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）
第四十二条の十 青色申告書を提出する法人で中小企業の創造的事業活動の促進に関する臨時措置法第三条第一項に規定する中小企業者等に該当するもののうち同法第五条第二項に規定する認定研究開発等事業計画に従つて同法第二条第四項に規定する研究開発等事業を行うもの（大規模法人の子会社として政令で定めるものを除く。以下この条において「特別中小企業者等」という。）が、沖縄振興開発特別措置法の一部を改正する法律（平成十年法律第二十一号）の施行の日から平成十四年三月三十一日までの期間（次項において「指定期間」という。）内に、その製作又は建設の後事業の用に供されたことのない当該認定研究開発等事業計画に定める機械及び装置並びに建物及びその附属設備（以下この条において「事業化設備等」という。）で政令で定める規模のもの（以下この項及び次項において「特定事業化設備等」という。）を取得し、又は特定事業化設備等を製作し、若しくは建設して、これを沖縄県の地域内にある当該特別中小企業者等の営む沖縄振興開発特別措置法第二十一条の二に規定する事業の用（貸付けの用を除く。以下この条において「特定事業の用」という。）に供した場合には、その特定事業の用に供した日を含む事業年度（第四十二条の七第一項若しくは同項に係る第五十二条の三第一項の規定又は第四十二条の七第二項から第四項までの規定の適用を受ける事業年度、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この条において「供用年度」という。）の所得に対する法人税の額（この条、第四十二条の四、第四十二条の五第二項及び第三項、第四十二条の六第二項から第四項まで及び第六項、第四十二条の七第六項、第四十二条の八第二項から第四項まで及び第六項、前条、次条第二項並びに第六十八条の二並びに法人税法第六十七条から第七十条の二までの規定を適用しないで計算した場合の法人税の額とし、国税通則法第二条第四号に規定する附帯税の額を除く。以下第三項までにおいて同じ。）からその特定事業の用に供した当該特定事業化設備等（次条第一項、第四十三条から第四十六条の三まで、第四十八条若しくは第四十九条又はこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受けるものを除く。）の取得価額の百分の十五（当該特定事業化設備等が建物及びその附属設備である場合には、百分の八）に相当する金額の合計額（以下この項及び第四項において「税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該特別中小企業者等の供用年度における税額控除限度額が、当該特別中小企業者等の当該供用年度の所得に対する法人税の額の百分の二十に相当する金額を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
２ 特別中小企業者等が、指定期間内に、その製作又は建設の後事業の用に供されたことのない事業化設備等を物品賃貸業を営む者から契約により賃借（政令で定める要件を満たすものに限る。）をして、これを沖縄県の地域内にある当該特別中小企業者等の営む特定事業の用に供した場合（その特定事業の用に供した日を含む事業年度終了の日まで引き続き、当該特定事業の用に供している場合に限る。）には、供用年度の所得に対する法人税の額からその特定事業の用に供した事業化設備等（その賃借に要する政令で定める費用の総額が政令で定める金額以上であるものに限る。）の当該費用の総額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額の百分の十五（当該事業化設備等が建物及びその附属設備である場合には、百分の八）に相当する金額の合計額（以下この項及び第四項において「リース税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該特別中小企業者等の供用年度におけるリース税額控除限度額が、当該特別中小企業者等の当該供用年度の所得に対する法人税の額の百分の二十に相当する金額（当該供用年度においてその特定事業の用に供した特定事業化設備等につき前項の規定により当該供用年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
３ 青色申告書を提出する法人が、各事業年度（第四十二条の七第一項若しくは同項に係る第五十二条の三第一項の規定又は第四十二条の七第二項から第四項までの規定の適用を受ける事業年度、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において繰越税額控除限度超過額を有する場合には、当該事業年度の所得に対する法人税の額から、当該繰越税額控除限度超過額に相当する金額を控除する。この場合において、当該法人の当該事業年度における繰越税額控除限度超過額が当該法人の当該事業年度の所得に対する法人税の額の百分の二十に相当する金額（当該事業年度においてその特定事業の用に供した事業化設備等につき第一項又は前項の規定により当該事業年度の所得に対する法人税の額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。
４ 前項に規定する繰越税額控除限度超過額とは、当該法人の当該事業年度開始の日前四年以内に開始した各事業年度（当該事業年度まで連続して青色申告書を提出している場合の各事業年度に限る。）における税額控除限度額又はリース税額控除限度額のうち、第一項又は第二項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（既に前項の規定により当該各事業年度において法人税の額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）の合計額をいう。
５ 第二項に規定する事業化設備等につき同項の規定の適用を受けた法人が、当該適用を受けた事業年度後の各事業年度において、当該事業化設備等の賃借に係る契約において当該賃借をする期間として定められた期間内に当該事業化設備等を当該法人の営む特定事業の用に供しなくなつた場合（当該法人の解散、当該事業化設備等の災害による著しい損傷その他の政令で定める事実が生じたことにより当該特定事業の用に供しなくなつた場合を除く。）には、当該法人に対して課する当該特定事業の用に供しなくなつた日を含む事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）の所得に対する法人税の額は、法人税法第六十六条第一項から第三項まで及び第百四十三条第一項から第三項までの規定並びに第四十二条の六第六項、第四十二条の七第六項、第四十二条の八第六項、第六十七条の二第一項及び第六十八条の三第一項の規定その他法人税に関する法令の規定にかかわらず、これらの規定により計算した法人税の額に、当該事業化設備等につき第二項又は第三項の規定によりこれらの規定に規定する供用年度又は事業年度の所得に対する法人税の額から控除された金額のうち当該特定事業の用に供しなくなつた日から当該賃借をする期間として定められた期間の末日までの期間に対応する部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額を加算した金額とする。
６ 前項の規定の適用を受ける事業化設備等に係る第三項に規定する繰越税額控除限度超過額の計算その他前項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
７ 第一項及び第二項の規定は、確定申告書等に、これらの規定による控除を受ける金額の申告の記載があり、かつ、当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により控除される金額は、当該申告に係るその控除を受けるべき金額に限るものとする。
８ 第三項の規定は、供用年度以後の各事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に同項に規定する繰越税額控除限度超過額の明細書の添付があり、かつ、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に、同項の規定による控除を受ける金額の申告の記載及び当該金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により控除される金額は、当該申告に係るその控除を受けるべき金額に限るものとする。
９ 第一項から第三項までの規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（同法第七十二条及び第七十四条を同法第百四十五条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、同法第六十七条第二項中「第七十条の二まで（税額控除）」とあるのは「第七十条の二まで（税額控除）又は租税特別措置法第四十二条の十（沖縄の特別中小企業者等が事業化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）」と、同法第七十条の二中「この款」とあるのは「この款及び租税特別措置法第四十二条の十（沖縄の特別中小企業者等が事業化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）」と、「まず前条」とあるのは「まず同条の規定による控除をし、次に前条」と、同法第七十二条第一項第二号中「の規定を適用」とあるのは「及び租税特別措置法第四十二条の十（沖縄の特別中小企業者等が事業化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）の規定を適用」と、同法第七十四条第一項第二号中「前節（税額の計算）」とあるのは「前節（税額の計算）及び租税特別措置法第四十二条の十（沖縄の特別中小企業者等が事業化設備等を取得した場合等の法人税額の特別控除）」とする。
10 第五項の規定の適用がある場合における法人税法の規定の適用については、同法第六十七条第一項中「前条第一項又は第二項」とあるのは「租税特別措置法第四十二条の十第五項（事業化設備等を事業の用に供しなくなつた場合の法人税額）」と、同条第二項中「前条第一項又は第二項」とあるのは「租税特別措置法第四十二条の十第五項」とするほか、同法第二編第一章第三節の規定による申告又は還付の特例その他同法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十三条第一項中「当該特定設備等の取得価額」の下に「（第四十二条の四第三項に規定する中小企業者等以外の法人が取得し、又は製作し、若しくは建設した同表の第一号の中欄に掲げる減価償却資産については、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額。以下この項において「基準取得価額」という。）」を加え、「その取得価額」を「その基準取得価額」に改め、同項の表の第三号中「百分の九」を「百分の七」に改め、同表の第四号中「（以下この号において「外航船舶」という。）」を削り、「合理化に著しく資するものとして政令で定めるもの」の下に「及び当該機械その他の設備」を加え、「外航船舶以外の船舶で」を削り、「及び当該機械その他の設備については百分の二十」を「については百分の十九」に改め、同表の第五号中「百分の九」を「百分の八」に改める。
第四十三条の三第一項中「前二条又はこれら」を「前条又は同条」に改め、同条第二項中「第四十三条第二項」を「前条第二項」に改め、同条を第四十三条の二とする。
第四十三条の四第一項及び第二項中「前三条」を「前二条」に改め、同条を第四十三条の三とする。
第四十四条第一項中「第四十三条から前条まで」を「前三条」に改める。
第四十四条の二第一項中「十四年以内の」を「十六年以内の」に改め、同項第一号から第三号までを削り、同項第四号中「（前三号に掲げる高度技術工業用設備に該当するものを除く。）」を削り、同号を同項第一号とし、同項第五号中「前各号」を「前号」に改め、同号を同項第二号とし、同項第六号中「前各号」を「前二号」に改め、同号を同項第三号とし、同項に次の二号を加える。
四 適用期間の開始の日から十五年以内に取得等をした高度技術工業用設備（前三号に掲げる高度技術工業用設備に該当するものを除く。） 百分の十（建物及びその附属設備については、百分の五）
五 適用期間の開始の日から十六年以内に取得等をした高度技術工業用設備（前各号に掲げる高度技術工業用設備に該当するものを除く。） 百分の九（建物及びその附属設備については、百分の五）
第四十四条の四第三項を次のように改める。
３ 青色申告書を提出する法人で食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第八条第一項に規定する高度化計画に係る同項の認定を受けたものが、同法の施行の日から平成十二年三月三十一日までの間に、同法第九条第二項に規定する認定高度化計画に定められた建物及びその附属設備並びに機械及び装置（製造過程の管理の高度化に著しく資するものとして政令で定めるものに限る。以下この項において「製造過程管理高度化設備等」という。）で、その製作又は建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は製造過程管理高度化設備等を製作し、若しくは建設して、これを当該法人の事業の用に供した場合には、その事業の用に供した日を含む事業年度の当該製造過程管理高度化設備等（第四十三条から前条まで若しくは前二項又はこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受けるものを除く。）の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項の規定にかかわらず、当該製造過程管理高度化設備等の普通償却限度額と特別償却限度額（当該製造過程管理高度化設備等の取得価額の百分の十四（建物及びその附属設備については、百分の七）に相当する金額をいう。）との合計額とする。
第四十四条の五第一項中「十年以内の」を「十二年以内の」に改め、同項に次の一号を加える。
五 適用期間の開始の日から十二年以内に取得等をした特定余暇利用施設（前各号に掲げる特定余暇利用施設に該当するものを除く。） 百分の六
第四十四条の六第一項の表の第一号の第二欄中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同号の第四欄中「百分の十（平成八年四月一日から平成九年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の九とし、同年四月一日から平成十年三月三十一日までの間に取得等をしたものについては百分の八とする。）」を「百分の七」に改め、同表の第二号の第二欄中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同号の第四欄中「百分の十四（平成八年四月一日から平成九年三月三十一日まで」を「百分の八（当該設備であつて政令で定めるもののうち、平成十年四月一日から平成十一年三月三十一日まで」に、「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同表の第三号中「百分の十一」を「百分の十」に改め、同表の第四号中「百分の十二」を「百分の十一」に改める。
第四十四条の七第一項中「平成十一年三月三十一日」の下に「（同表の第八号から第十一号までの上欄に掲げるものについては、平成十二年三月三十一日）」を、「上欄に掲げる法人」の下に「及び同表の第八号の上欄に掲げる法人のうち政令で定めるもの」を加え、同項の表の第一号中「第六号」を「第五号」に改め、同表中第五号を削り、第六号を第五号とし、第七号を第六号とし、同表の第八号の上欄中「掲げる法人」の下に「（政令で定めるものを除く。）」を加え、同号を同表の第七号とし、同表に次の四号を加える。
八 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に係る同法第四条第五項に規定する中小小売商業高度化事業を実施する法人のうち政令で定めるもの |
イ 当該認定中小小売商業高度化事業計画に係る同条第一項に規定する商業施設のうち建物及びその附属設備（以下第十一号までにおいて「建物等」という。）で政令で定めるもの |
百分の八 |
ロ 当該認定中小小売商業高度化事業計画に係る同条第一項に規定する商業基盤施設のうち建物等及び構築物で政令で定めるもの |
百分の十二 |
九 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十七条第一項に規定する認定特定事業者である法人で同法第四条第四項第一号に規定する特定商業施設等整備事業を実施するもののうち政令で定めるもの |
同法第十七条第二項に規定する認定特定事業計画（以下第十一号までにおいて「認定特定事業計画」という。）に係る同法第四条第四項第一号の商業施設のうち建物等で政令で定めるもの又は認定特定事業計画に係る同号の商業基盤施設（政令で定める規模のものに限る。）のうち建物等及び構築物で政令で定めるもの |
百分の八 |
十 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十七条第一項に規定する認定特定事業者である法人で同法第四条第四項第五号に規定する貨物運送効率化事業を実施するもののうち政令で定めるもの |
認定特定事業計画に係る当該貨物運送効率化事業の用に供される建物等で政令で定めるもの |
百分の八 |
十一 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十七条第一項に規定する認定特定事業者である法人で同法第四条第四項第六号に規定する中心市街地電気通信施設整備事業を実施するもののうち政令で定めるもの |
認定特定事業計画に係る同号に規定する共同利用施設のうち建物等で政令で定めるもの |
百分の八 |
第四十四条の八第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「五年以内の」を「七年以内の」に改め、同項に次の一号を加える。
三 適用期間の開始の日から七年以内に取得等をした産業業務施設（前二号に掲げる産業業務施設に該当するものを除く。） 百分の十
第四十四条の九第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「取得価額」の下に「（第二号に掲げる機械その他の減価償却資産のうち政令で定めるものにあつては、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額）」を加える。
第四十四条の十第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第四十五条第一項の表の第一号及び第二号中「百分の十二」を「百分の十一」に改め、同表の第三号から第五号までの規定中「百分の十四」を「百分の十三」に改め、同表の第十号中「地区」の下に「及び同法第二十三条の二第一項の規定により特別自由貿易地域として指定された地区」を加える。
第四十五条の二第三項第三号中「病院」の下に「又は診療所」を加える。
第四十六条の二の見出し中「割増償却」を「割増償却等」に改め、同条第五項中「第一項」の下に「又は第二項」を加え、同項を同条第六項とし、同条第二項から第四項までを一項ずつ繰り下げ、同条第一項の次に次の一項を加える。
２ 青色申告書を提出する法人で次の表の各号の上欄に掲げるものが、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、当該各号の中欄に掲げる減価償却資産のうちその製作の後事業の用に供されたことのないもの（第四十三条から前条まで若しくは前項又はこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受けるものを除く。以下この項において「障害者対応設備等」という。）を取得し、又は障害者対応設備等を製作して、これを当該法人の営む当該各号の上欄に規定する事業の用に供した場合には、その事業の用に供した日を含む事業年度の当該障害者対応設備等の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項の規定にかかわらず、当該障害者対応設備等の普通償却限度額と特別償却限度額（当該障害者対応設備等の取得価額（同表の第二号の中欄に掲げる減価償却資産にあつては、当該取得価額に政令で定める割合を乗じて計算した金額）に当該各号の下欄に掲げる割合を乗じて計算した金額をいう。）との合計額とする。
法人 |
資産 |
割合 |
一 鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第二条第一項に規定する鉄道事業又は軌道法（大正十年法律第七十六号）第三条に規定する運輸事業を営む法人 |
政令で定める駅又は停留場に設置されるエレベーター及びエスカレーターで、身体障害者その他これに準ずる者の利用に資するものとして政令で定めるもの |
百分の十五 |
二 道路運送法第三条第一号に規定する一般旅客自動車運送事業を営む法人 |
当該事業用の自動車で身体障害者その他これに準ずる者が移動のための車いすその他の用具を使用したまま車内に乗り込むことを可能とする乗降補助装置を有するものとして政令で定めるもの |
百分の二十五 |
第四十六条の三第一項第二号及び第三号中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第四十七条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「に当該各号に定める割合を乗じて計算した」を「の百分の四十（当該優良賃貸住宅のうちその新築の時において同法の規定により定められている耐用年数が三十五年以上であるものについては、百分の五十五）に相当する」に改め、同項各号を次のように改める。
一 特定優良賃貸住宅の供給の促進に関する法律第六条に規定する特定優良賃貸住宅のうち特にその建設の促進を図る必要があるものとして政令で定めるもの
二 大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する区域内に建築される賃貸住宅のうち次に掲げるもの
イ 大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第百一条の八に規定する認定計画に基づき建築される建築物に係る賃貸住宅で政令で定めるもの
ロ 次に掲げる建築物（政令で定める要件を満たすものに限る。）に係る賃貸住宅で優良な共同住宅に該当するものとして政令で定めるもの
（1） 都市計画法第四条第一項に規定する都市計画（第三項において「都市計画」という。）に定められた同法第八条第一項第三号の高度利用地区その他の政令で定める区域内に建築される建築物で政令で定めるもの
（2） 建築基準法第五十九条の二第一項の規定による許可を受けて建築される建築物で政令で定めるもの
第四十七条第二項中「百分の十五」を「百分の十二」に、「百分の十八」を「百分の十四」に改め、同条第三項中「次に掲げる建築物」を「第一号から第五号までに掲げる建築物」に、「同時に」を「併せて」に改め、「含む。）」の下に「並びに第六号に掲げる構築物（当該構築物と併せて設置される機械及び装置で大蔵省令で定めるものを含む。）」を加え、同項に次の一号を加える。
六 首都圏整備法第二条第三項に規定する既成市街地及び同条第四項に規定する近郊整備地帯、近畿圏整備法第二条第三項に規定する既成都市区域及び同条第四項に規定する近郊整備区域、中部圏開発整備法第二条第三項に規定する都市整備区域その他これらに類する区域として政令で定める区域内に建築し、又は設置される雨水の有効利用又は地下への浸透を図るための雨水を貯留する構築物（政令で定める規模のものに限る。）
第四十八条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「百分の二十」を「百分の十八」に改める。
第四十九条第二項中「百分の十四」を「百分の十三」に改める。
第五十二条第一項に次の一号を加える。
十 食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第六条第一項に規定する試験研究計画に係る同項の認定を受けた同法第四条第一項に規定する法人 同法第十一条第一項に規定する負担金
第五十二条の二第一項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に改め、同条第二項中「、第四十二条の九第一項」を「、第四十二条の十一第一項」に、「第四十二条の九第一項後段」を「同項後段」に、「（第四十二条の九第一項」を「（同項」に、「又は第四十六条」を「、第四十六条、第四十六条の二第一項又は第四十六条の三」に改め、同条第三項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に改める。
第五十二条の三第一項中「、第四十二条の九第一項」を「、第四十二条の十一第一項」に、「第四十二条の九第一項後段」を「同項後段」に改め、同条第三項中「第四十二条の九第一項」を「第四十二条の十一第一項」に、「又は第四十六条」を「、第四十六条、第四十六条の二第一項又は第四十六条の三」に改める。
第五十五条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「（同表の第三号又は第四号の上欄に掲げる法人の特定株式等については、政令で定める要件を満たす出資又は資金の貸付けに関する計画に基づく取得に限る。）」を削り、「第六号まで」を「第四号まで」に、「次項第十二号ハ」を「次項第十号ハ」に、「、第三号又は第五号」を「又は第三号」に、「、第四号又は第六号」を「又は第四号」に改め、同項の表の第一号中「、第五号又は第七号から第十号まで」を「又は第五号から第八号まで」に、「百分の十二」を「百分の十」に改め、同表の第二号中「、第八号又は第十号」を「又は第八号」に、「百分の十二」を「百分の十」に改め、同表の第三号及び第四号を削り、同表の第五号中「第七号から第十号まで」を「第五号から第八号まで」に、「百分の十六」を「百分の十四」に改め、同号を同表の第三号とし、同表の第六号中「第八号又は第十号」を「第六号又は第八号」に、「百分の十六」を「百分の十四」に改め、同号を同表の第四号とし、同表の第七号中「第九号」を「第七号」に、「百分の四十」を「百分の三十」に改め、同号を同表の第五号とし、同表の第八号中「第十号」を「第八号」に、「百分の四十」を「百分の三十」に改め、同号を同表の第六号とし、同表中第九号を第七号とし、第十号を第八号とし、同条第二項中第三号及び第四号を削り、第五号を第三号とし、第六号を第四号とし、第七号を第五号とし、同項第八号中「に対する出資若しくは」を「に係る投融資等（法人に対する出資又は」に、「当該資源開発事業法人」を「当該法人」に、「事業を含む」を「事業を含む。）をいう」に、「「投融資等」という。）又は当該投融資等及び」を「同じ。）、当該投融資等及び付随事業法人に対する出資等（当該資源開発事業法人の行う資源の探鉱、開発又は採取の事業に付随して行われる事業を営む法人に対する出資又は長期の資金の貸付けの事業をいう。以下この号において同じ。）又は当該投融資等（付随事業法人に対する出資等を含む。）及び」に改め、同号を同項第六号とし、同項第九号中「第七号」を「第五号」に改め、同号を同項第七号とし、同項第十号中「第八号」を「第六号」に、「に対する」を「に係る」に改め、同号を同項第八号とし、同項第十一号中「第八号」を「第六号」に、「第七号」を「第五号」に、「に対する」を「に係る」に改め、同号を同項第九号とし、同項第十二号を同項第十号とし、同項第十三号中「第十五号」を「第十三号」に改め、同号を同項第十一号とし、同項第十四号中「第七号」を「第五号」に、「第八号」を「第六号」に改め、同号を同項第十二号とし、同項第十五号中「第七号」を「第五号」に改め、同号を同項第十三号とし、同項第十六号イ中「、第三号又は第五号」を「又は第三号」に改め、同号ロ中「、第四号又は第六号」を「又は第四号」に改め、同号を同項第十四号とし、同条第四項中「又は第九号」を「又は第八号」に改め、同項第二号中「第二項第十六号イ」を「第二項第十四号イ」に、「、第三号若しくは第五号」を「若しくは第三号」に、「、第四号若しくは第六号」を「若しくは第四号」に改め、同項第三号中「（第一項の表の第三号又は第四号の上欄に掲げる法人になつた場合を除く。）」を削り、「第七号又は第八号」を「第五号又は第六号」に、「から第四号まで」を「又は第二号」に、「百分の七十」を「三十分の二十」に、「第九号又は第十号」を「第七号又は第八号」に、「百分の八十八」を「百分の九十」に、「第五号又は第六号」を「第三号又は第四号」に、「百分の六十」を「三十分の十六」に、「百分の八十四」を「百分の八十六」に改め、同項中第七号を削り、第八号を第七号とし、第九号を第八号とする。
第五十五条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第五十五条の三第一項中「地区」の下に「又は同法第二十三条の二第一項の規定により特別自由貿易地域として指定された地区」を加える。
第五十五条の四第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「百分の十八」を「百分の十六」に改める。
第五十五条の五第一項並びに第五十五条の六第一項及び第八項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第五十五条の七第一項の表の第二号の中欄中「以下この条」を「次条第一項に規定する維持管理積立金の積立てがされるべき同項に規定する特定廃棄物最終処分場に該当するものを除く。以下この条」に改め、同条の次に次の一条を加える。
第五十五条の八 青色申告書を提出する法人で廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条第一項又は同法第十五条第一項の許可を受けたものが、平成十年六月十七日から平成十二年三月三十一日までの期間内の日を含む各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、同法第八条の五第一項に規定する特定一般廃棄物最終処分場又は同法第十五条の二の三において準用する同項に規定する特定産業廃棄物最終処分場（以下この条において「特定廃棄物最終処分場」という。）の埋立処分の終了後における維持管理に要する費用の支出に備えるため、当該特定廃棄物最終処分場ごとに、当該特定廃棄物最終処分場につき当該事業年度において同法第八条の五第一項及び第二項（これらの規定を同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により環境事業団に維持管理積立金として積み立てた金額（当該事業年度において同法第九条の五第一項（同法第十五条の四において準用する場合を含む。）の規定による地位の承継があつたときは、当該地位の承継につき同法第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により積み立てたものとみなされた金額を含む。以下この条において「維持管理積立金」という。）に相当する金額以下の金額を損金経理の方法（確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により特定災害防止準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該積立てをした事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２ 前項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が維持管理積立金の積立てをしている特定廃棄物最終処分場について廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）に規定する維持管理を行う場合において、同項の規定により当該特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の取戻しをしたときは、その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額（その日までにこの項又は次項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額がある場合には、当該金額を控除した金額。以下この条において同じ。）のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額は、その取戻しをした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
３ 第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が次の各号に掲げる場合に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一 前項の取戻しをした場合以外の場合において廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第六項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金の全部又は一部の取戻しをした場合 その取戻しをした日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額のうちその取戻しをした維持管理積立金の額に相当する金額
二 廃棄物の処理及び清掃に関する法律第八条の五第七項（同法第十五条の二の三において準用する場合を含む。）の規定により特定廃棄物最終処分場に係る維持管理積立金を有しないこととなつた場合（次号に該当する場合を除く。） その有しないこととなつた日における当該特定廃棄物最終処分場に係る特定災害防止準備金の金額
三 解散した場合 当該解散の日における特定災害防止準備金の金額（合併により解散した場合において合併法人に引き継がれたものを除く。）
四 前項、前三号及び次項の場合以外の場合において特定災害防止準備金の金額を取り崩した場合 その取り崩した日における当該特定災害防止準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
４ 第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした場合には、その承認の取消しの基因となつた事実のあつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた事業年度終了の日後である場合には、同日）における特定災害防止準備金の金額は、政令で定めるところにより、その日を含む事業年度から当該事業年度開始の日以後二年を経過した日の前日を含む事業年度までの各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合においては、当該特定災害防止準備金の金額については、前二項及び第六項の規定は、適用しない。
５ 第五十五条の四第五項の規定は、第一項の規定を適用する場合について準用する。
６ 第五十五条第九項及び第十項の規定は、第一項の特定災害防止準備金を積み立てている法人が合併した場合について準用する。
第五十六条第一項及び第五十六条の二第二項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第五十七条第一項の表の第三号中「に相当する金額（当該計算した金額が政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額の百分の十に相当する金額と当該超える部分の金額の百分の四に相当する金額との合計額）」を「（当該計算した金額が政令で定める金額を超える場合には、当該超える部分の金額については、百分の五）に相当する金額（当該金額が政令で定める金額を超える場合には、当該政令で定める金額）」に改める。
第五十七条の七の見出しを「（関西国際空港整備準備金又は中部国際空港整備準備金）」に改め、同条第三項中「第五項」を「第八項」に改め、同条第九項中「第四項」の下に「又は第七項」を加え、同項を同条第十二項とし、同条第八項中「関西国際空港整備準備金」の下に「又は第五項の中部国際空港整備準備金」を、「又は関西国際空港」の下に「若しくは中部国際空港」を、「第五十七条の七第三項」の下に「又は第五項」を加え、同項を同条第十一項とし、同条第七項中「第一項」の下に「又は第五項」を加え、同項を同条第十項とし、同条第六項中「会社が、第一項の関西国際空港整備準備金」を「会社又は指定会社が、第一項の関西国際空港整備準備金又は第五項の中部国際空港整備準備金」に改め、「関西国際空港整備準備金の金額」の下に「又は中部国際空港整備準備金の金額」を、「ところにより、」の下に「会社又は指定会社の」を加え、「前二項、第八項及び第九項」を「第四項、前二項、第十一項及び第十二項」に改め、同項を同条第九項とし、同条第五項中「会社が、第一項の関西国際空港整備準備金」を「会社又は指定会社が、第一項の関西国際空港整備準備金又は第五項の中部国際空港整備準備金」に、「掲げる金額」を「定める金額」に改め、「金額は、」の下に「会社又は指定会社の」を加え、「関西国際空港の」を「関西国際空港又は中部国際空港の」に改め、「関西国際空港整備準備金の金額」の下に「又は中部国際空港整備準備金の金額」を加え、「前項」を「第四項、前項」に改め、同項を同条第八項とし、同条第四項の次に次の三項を加える。
５ 中部国際空港の設置及び管理に関する法律（平成十年法律第三十六号）第四条第二項に規定する指定会社（以下この条において「指定会社」という。）が、適用事業年度において、中部国際空港の整備に要する費用の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか低い金額（当該金額が当該事業年度の所得の金額として政令で定める金額の三分の二に相当する金額を超えるときは、当該三分の二に相当する金額）以下の金額を損金経理の方法（確定した決算において利益の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により中部国際空港整備準備金として積み立てたときは、当該積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 指定会社が中部国際空港の用に供するために造成した土地（次項において「中部国際空港用地」という。）の取得価額として政令で定める金額（次号において「累積限度基準額」という。）の十分の一に相当する金額
二 累積限度基準額から、当該事業年度終了の日における前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額（その日までに第八項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額又は前事業年度終了の日までに第七項の規定により益金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した後の金額。以下この条において同じ。）を控除した金額
６ 前項に規定する適用事業年度とは、中部国際空港をその事業の用に供した日を含む事業年度から中部国際空港用地の造成工事の費用に充てるために要した借入金その他の債務の返済の完了が予定されている日として政令で定める日を含む事業年度までの各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除くものとし、青色申告書を提出する事業年度に限る。）をいう。
７ 第五項の中部国際空港整備準備金を積み立てている指定会社の前項に規定する適用事業年度の最後の事業年度後の各事業年度終了の日において、前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額がある場合には、当該中部国際空港整備準備金の金額については、当該中部国際空港整備準備金として積み立てた金額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額（当該計算した金額が当該前事業年度から繰り越された中部国際空港整備準備金の金額を超える場合には、当該繰り越された金額）に相当する金額を、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
第五十八条第一項中「百分の七」を「百分の六」に改める。
第五十八条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改め、同項第一号中「百分の十三」を「百分の十二」に改め、同条第二項中「平成十年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に改める。
「第四節 協同組合の課税の特例」を「第三節の三 特別自由貿易地域における課税の特例」に改める。
第五十九条及び第六十条を次のように改める。
（特別自由貿易地域における認定法人の所得の特別控除）
第五十九条 青色申告書を提出する内国法人で沖縄振興開発特別措置法第二十三条の二第一項の規定により同項に規定する特別自由貿易地域として指定をされた地区（以下この条において「特別自由貿易地域」という。）内に本店又は主たる事務所を有するもの（当該指定の日以後に設立されたものに限る。）のうち各事業年度（当該内国法人の設立の日（合併により設立された内国法人にあつては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日）以後十年を経過する日までの間に終了する事業年度に限る。）終了の日において認定法人（当該特別自由貿易地域内において同法第二十四条の二第一項の規定による認定を当該指定の日から五年以内に受けたものをいう。）に該当するものが、当該各事業年度（第四十二条の九の規定又は第四十五条若しくは同条の規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受ける事業年度を除く。）において、当該特別自由貿易地域内において行われる同法第二十四条の二第一項に規定する事業に係る所得の金額として政令で定める金額を有する場合には、当該金額の百分の三十五に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
３ 税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 第一項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第二条第十八号の規定の適用については同号イに規定する所得の金額に、同法第六十七条第二項及び第三項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する所得等の金額にそれぞれ含まれるものとする。
第六十一条の三第四項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。
第六十一条の四第一項第一号イ及び第二号イ中「百分の十」を「百分の二十」に改める。
第六十二条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」を削り、同条第六項第二号中「第四十二条の九まで」を「第四十二条の十一まで」に、「及び第四十二条の九第二項」を「、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項及び第四十二条の十一第二項」に改める。
第三章第五節の二の節名を削り、第六十二条の二を次のように改める。
第六十二条の三第一項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」及び「又は第六十三条の二第一項」を削り、同条第八項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、第六十三条の二第一項」を削り、同条第十一項第二号中「第四十二条の九まで」を「第四十二条の十一まで」に、「及び第四十二条の九第二項」を「、第四十二条の九第一項、第四十二条の十第一項及び第四十二条の十一第二項」に改め、同条に次の一項を加える。
13 第一項の規定は、法人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした土地の譲渡等については、適用しない。
第六十三条第一項中「第四十二条の八第六項」の下に「、第四十二条の十第五項」を加え、「、次条第一項」及び「（次条第一項の規定の適用があるものを除く。）」を削り、同条第二項第一号中「。次条第二項第一号において同じ」を削り、同条第三項第九号を同項第十号とし、同項第八号の次に次の一号を加える。
九 不動産特定共同事業法（平成六年法律第七十七号）第二条第五項に規定する不動産特定共同事業者である法人の行う土地等の譲渡（同条第三項に規定する不動産特定共同事業契約に係る事業参加者から取得した土地等の譲渡で政令で定めるものに限る。）
第六十三条に次の一項を加える。
７ 第一項の規定は、法人が平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日までの間にした短期所有に係る土地の譲渡等については、適用しない。
第六十四条第六項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。
第六十五条第一項中「保留地の対価（」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項、」を加える。
第六十五条の四第一項第一号中「第九号」を「第十号」に改め、同項第三号中「平成九年十二月三十一日」を「平成十二年十二月三十一日」に改め、同項第二十三号を同項第二十四号とし、同項第二十号から第二十二号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十九号中「土地等につき」の下に「中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第七条第一項に規定する土地区画整理事業、」を、「土地等のうち」の下に「同項、」を加え、同号を同項第二十号とし、同項第十一号から第十八号までを一号ずつ繰り下げ、同項第十号中ハをニとし、ロの次に次のように加える。
ハ 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づく同法第四条第五項に規定する中小小売商業高度化事業（同項第一号から第四号まで又は第七号に掲げるものに限る。）
第六十五条の四第一項第十号を同項第十一号とし、同項第九号を同項第十号とし、同項第八号の次に次の一号を加える。
九 地方公共団体又は中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第十条第一項に規定する中心市街地整備推進機構が同法第七条第一項に規定する特定中心市街地（以下この号において「特定中心市街地」という。）の整備のために同法第六条第一項に規定する基本計画の内容に即して行う公共施設若しくは公用施設の整備、宅地の造成又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業で政令で定めるものの用に供するために、特定中心市街地の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第六十四条第一項第二号若しくは第三号の五、第六十五条第一項第一号若しくは前条第一項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号、第四号若しくは前二号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
第六十五条の四第二項中「第十三号」を「第十四号」に、「第十六号から第十八号まで」を「第十七号から第十九号まで」に改める。
第六十五条の五第一項第一号及び第二号中「前条第一項第二十三号」を「前条第一項第二十四号」に改め、同項第三号中「第二十三号」を「第二十四号」に改める。
第六十五条の七第一項の表以外の部分中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削り、「同表の第一号の場合（同号の上欄に掲げる資産のうち大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものの譲渡をした場合を除く。）の同表の第一号の下欄に掲げる資産のうち近郊整備地帯等（同号の上欄のイからハまでに掲げる区域の近郊の区域として政令で定める区域をいう。次条第一項において同じ。）内にあるもの又は同表の第二十一号若しくは第二十二号の場合のこれらの号」を「同表の第二十一号の場合の同号」に改め、同項の表の第一号中「含むものとし、貸付けの用に供されているものを除く」を「含む。以下この表において同じ」に、「建物（その附属設備を含む。以下この表において同じ。）」を「建物」に改め、同表の第二十号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間（その取得がされた日（合併による取得にあつては、政令で定める日）の翌日からこれらの資産の譲渡がされた日の属する年の一月一日までの所有期間とする。次号において同じ。）が十年を超えるもの」に改め、同表の第二十一号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間が十年を超えるもの」に改め、同表の第二十二号中「昭和五十六年十二月三十一日以前に取得（同日後の合併又は承継による取得で政令で定めるものを含む。）がされたもの」を「取得をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産のうち所有期間（その取得がされた日（合併又は特別の法律に基づく承継による取得にあつては、政令で定める日）の翌日からこれらの資産の譲渡がされた日の属する年の一月一日までの所有期間とする。）が十年を超えるもの」に、「既成市街地等以外の地域内にある建物」を「国内にある土地等、建物」に改め、同条第七項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。
第六十五条の八第一項中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削り、「同表の第一号の場合（同号の上欄に掲げる資産のうち大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第二条第五号に規定する都心共同住宅供給事業の用に供されるものとして政令で定めるものの譲渡をした場合を除く。）の同表の第一号の下欄に掲げる資産のうち近郊整備地帯等内にあるもの又は同表の第二十一号若しくは第二十二号の場合のこれらの号」を「同表の第二十一号の場合の同号」に改める。
第六十五条の九中「平成六年一月一日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年一月一日から平成十二年十二月三十一日まで」に改め、「又は第六十三条の二第一項」を削る。
第六十六条の五第八項を削り、同条第九項中「第一項」の下に「（前項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）」を加え、「同項に」を「第一項に」に改め、同項を同条第八項とする。
第六十六条の六第一項中「株式等に」を「株式等（当該株式を発行する株式会社に対しその利益の配当、財産の分配その他の経済的な利益の給付を請求する権利のない株式又は実質的に当該権利がないと認められる株式（以下この項及び次項において「請求権のない株式」という。）に係るものを除く。）に」に改め、同項第一号中「株式等の」を「株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の」に、「発行済株式の」を「発行済株式（請求権のない株式を除く。）の」に、「以下この条」を「次号」に改め、同項第二号中「間接保有の株式等」の下に「（請求権のない株式に係るものを除く。）」を加え、同条第二項中「前項」の下に「及びこの項」を加え、同項第一号を次のように改める。
一 外国関係会社 外国法人で、その発行済株式の総数又は出資金額のうちに第二条第一項第一号の二に規定する居住者（当該居住者と法人税法第二条第十号に規定する政令で定める特殊の関係のある同項第一号の二に規定する非居住者を含む。以下この号において「居住者」という。）及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等の総数又は合計額の占める割合（当該外国法人が次のイからハまでに掲げる株式会社である場合には、当該割合とそれぞれイからハまでに定める割合のいずれか多い割合）が百分の五十を超えるものをいう。
イ 議決権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。） その発行済株式（議決権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（議決権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合
ロ 請求権のない株式を発行している株式会社（ハに掲げる株式会社を除く。） その発行済株式（請求権のない株式を除く。）の総数のうちに居住者及び内国法人の有する直接及び間接保有の株式等（請求権のない株式に係るものを除く。）の総数の占める割合
ハ 議決権のない株式及び請求権のない株式を発行している株式会社 イ又はロに定める割合のいずれか多い割合
第六十六条の十第一項に次の一号を加える。
十 食品の製造過程の管理の高度化に関する臨時措置法第四条第一項に規定する法人 同法第六条第一項の認定に係る同項に規定する試験研究計画において定められている同法第四条第一項に規定する高度化基準の作成のために必要な試験研究の用に直接供する固定資産
第六十六条の十三第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条第二項第二号中「特定通信・放送開発事業実施円滑化法」の下に「（平成二年法律第三十五号）」を加え、同項第三号中「特定新規事業実施円滑化臨時措置法」の下に「（平成元年法律第五十九号）」を加える。
第六十六条の十四中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第六十七条の四第六項中「第四項まで」の下に「、第四十二条の九及び第四十二条の十」を加える。
第六十七条の十第一項中「外国為替及び外国貿易管理法第二十二条第二項」を「外国為替及び外国貿易法第二十一条第三項」に、「外国為替及び外国貿易管理法の一部を改正する法律（昭和六十一年法律第七十号）の施行の日から平成十年三月三十一日まで」を「平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日まで」に、「外国為替及び外国貿易管理法第十一条」を「同項」に、「外国為替公認銀行」を「金融機関」に、「同法第二十二条第二項」を「同項」に改め、同条第二項中「外国為替及び外国貿易管理法第二十二条第四項」を「外国為替及び外国貿易法第二十一条第四項」に改め、同条を第六十七条の十三とし、第六十七条の九の次に次の三条を加える。
（銀行持株会社の創設等に係る課税の特例）
第六十七条の十 銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第二条第一項に規定する金融機関（以下この条において「金融機関」という。）と同法第二条第二項に規定する銀行持株会社（当該金融機関が同法第十二条第一項（同条第六項において準用する場合を含む。）の規定により設立したものに限る。）の同法第三条第一項に規定する子会社である他の金融機関とが当該他の金融機関が合併法人となる合併を行つた場合において、当該他の金融機関が、同法第七条第一項の規定により当該金融機関の株主による当該銀行持株会社に対する現物出資の給付があつたものとみなされる当該銀行持株会社に対する同項に規定する合併新株券の交付（当該交付に係る現物出資による当該銀行持株会社の当該合併新株券の受入価額が政令で定める金額以下となつているものに限る。）をしたときは、その合併の時に当該金融機関の株主であつた法人のその交付があつた時における当該合併新株券の帳簿価額を、その交付に係る現物出資の給付があつた時の当該合併新株券の価額であるとみなして、当該法人の各事業年度の所得の金額を計算するものとする。
第六十七条の十一 前条の合併が行われた場合において、当該合併に係る被合併法人の当該合併の日を含む事業年度以前の各事業年度（当該合併に係る合併法人の当該合併の日を含む事業年度開始の日前五年以内に開始した事業年度に限る。）において生じた法人税法第二条第二十号に規定する欠損金額で政令で定めるものがあるときは、当該欠損金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該合併法人の当該合併の日を含む事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２ 前項の規定は、同項の合併法人が、同項の合併の日を含む事業年度の確定申告書（法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書をいう。以下この項において同じ。）に前項に規定する欠損金額についての明細書を添付するとともに、当該合併の日を含む事業年度において青色申告書である確定申告書を提出している場合（当該合併法人の同項の規定の適用を受ける事業年度が当該合併の日を含む事業年度後の事業年度である場合には、更に当該事業年度まで連続して確定申告書を提出している場合）に限り、適用する。
３ 第一項の合併法人が法人税法第七十二条第一項の規定の適用を受ける場合における前項の規定の適用については、同項中「同じ。）」とあるのは「同じ。）（当該事業年度につき中間申告書（同条第三十号に規定する中間申告書で同法第七十二条第一項各号に掲げる事項を記載したものをいう。以下この項において同じ。）を提出する場合にあつては、当該中間申告書）」と、「青色申告書である確定申告書」とあるのは「青色申告書である確定申告書（当該事業年度につき中間申告書を提出する場合にあつては、青色申告書である中間申告書）」と、「当該事業年度まで連続して」とあるのは「当該事業年度の直前の事業年度まで連続して」とする。
第六十七条の十二 第六十七条の十の合併が行われた場合において、当該合併に係る合併法人が、当該合併の日以後一年以内に同条の銀行持株会社に対して子会社株式等（当該合併法人がその発行済株式又は出資の金額の全部を所有している法人の株式又は出資であつて、当該合併前に当該合併に係る被合併法人が所有していたものをいう。以下この項において同じ。）の譲渡（当該子会社株式等のその譲渡の時における価額が当該合併法人の帳簿価額を超え、かつ、当該銀行持株会社がその譲渡を受けた子会社株式等の帳簿価額を当該合併法人の譲渡直前の帳簿価額に相当する金額とする場合における譲渡に限る。）をしたときは、その譲渡による利益の額に相当する金額（次項において「子会社株式等の譲渡利益相当額」という。）は、当該合併法人のその譲渡をした日を含む事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２ 前項の規定は、確定申告書等に子会社株式等の譲渡利益相当額の損金算入に関する申告の記載がない場合には、適用しない。
３ 税務署長は、前項の記載がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 第一項の規定の適用を受けた同項の合併法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第二条第十八号の規定の適用については同号イに規定する所得の金額に、同法第六十七条第二項及び第三項の規定の適用についてはこれらの規定に規定する所得等の金額にそれぞれ含まれるものとする。
第六十八条の二第一項中「平成十一年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改め、同条第二項中「平成十一年四月一日」を「平成十年四月一日」に改める。
第六十八条の五第一項中「及び次号イ」を「、次号イ及び第三号イ」に、「厚生年金基金水準相当共済給付（厚生年金保険法第百三十二条第三項に規定する相当する水準の給付の額から同条第二項に規定する額を控除した額の給付に準じた給付をいう。以下この号において同じ。）」を「厚生年金基金水準相当給付」に、「当該厚生年金基金水準相当共済給付」を「当該厚生年金基金水準相当給付」に改める。
第七十条の三第一項中「平成九年十二月三十一日」を「平成十一年十二月三十一日」に改める。
第七十一条を次のように改める。
（地価税の課税の停止）
第七十一条 平成十年以後の各年の課税時期（地価税法第二条第四号に規定する課税時期をいう。以下この章において同じ。）において、個人又は法人（同条第七号に規定する人格のない社団等を含む。）が有する土地等（同条第一号に規定する土地等をいう。以下この章において同じ。）については、同法の規定にかかわらず、当分の間、地価税を課さない。
第七十六条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同項の表の第一号中「千分の二十」を「千分の二十五」に改め、同条第二項及び第三項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第七十七条の二、第七十七条の四、第七十八条の三並びに第七十九条第一項及び第三項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第八十一条中「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）、」を「平成十二年三月三十一日までの間にされたものに限る。）、」に、「平成十年三月三十一日までの間に同項」を「平成十二年三月三十一日までの間に同項」に、「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）若しくは」を「平成十一年六月三十日までの間にされたものに限る。）若しくは」に、「平成十年三月三十一日までの間にされたものに限る。）に」を「平成十二年三月三十一日までの間にされたものに限る。）に」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 造船業基盤整備事業協会が造船業基盤整備事業協会法（昭和五十三年法律第百三号）第三十条第一項の規定による認可に係る同項に規定する業務実施計画に基づき同法第二十九条第一項第一号の規定により買収した土地又は建物の所有権の移転の登記については、その登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十六とする。
第八十一条を第八十条とし、同条の次に次の一条を加える。
（銀行持株会社の創設のための合併等に係る登記の税率の軽減）
第八十一条 銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第三条第一項の規定による条件が定められた合併（以下この条において「特定合併」という。）に係る同項に規定する存続金融機関（次項において「存続金融機関」という。）が、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、当該特定合併により不動産に関する権利を取得した場合には、当該不動産に関する権利の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる登記の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
２ 銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第二条第二項に規定する銀行持株会社が特定合併により同法第三条第一項に規定する消滅金融機関の株主に交付される存続金融機関の株式を当該株主から同項の規定により定められた条件に従い現物出資の目的として給付を受けた場合における資本の増加の登記（当該現物出資に係る資本の増加に対応する部分に限る。）については、その登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三・五とする。
第八十一条の二中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第八十二条第一項中「次の各号に」を「次に」に改め、「資本の金額又は」を削り、同条に次の一項を加える。
３ 中部国際空港の設置及び管理に関する法律第四条第二項に規定する指定会社が、同法の施行の日の翌日から平成十七年三月三十一日までの間に次に掲げる事項について大蔵省令で定めるところにより登記を受ける場合には、その登記については、登録免許税を課さない。ただし、第一号に掲げる事項の登記に係る登録免許税にあつては、増加資本の金額のうち政府の出資に係る部分以外の部分については、この限りでない。
二 滑走路、着陸帯、誘導路及びエプロンの用に供する土地（これに隣接する土地でこれらの施設と一体となつてその機能を補完するものを含む。）並びに中部国際空港の設置及び管理に関する法律第六条第一項第二号に規定する航空保安施設の用に供する土地であることにつき運輸大臣が証明したものの所有権の保存
第八十三条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第八十三条の四第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条を第八十三条の五とし、同条の次に次の一条を加える。
（認定特定事業計画等に基づき施設等を取得した場合の所有権の移転登記の税率の軽減）
第八十三条の六 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律（以下この条において「中心市街地整備改善活性化法」という。）の施行の日から平成十二年三月三十一日までの間に、次の各号に掲げる者が当該各号に定める施設又は店舗を取得した場合には、当該施設又は店舗に係る土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二十五とする。
一 中心市街地整備改善活性化法第十七条第一項に規定する認定特定事業者のうち国、地方公共団体又は日本開発銀行その他政令で定める法人の出資に係る法人で政令で定めるもの 同条第二項に規定する認定特定事業計画に基づき取得する中心市街地整備改善活性化法第四条第四項第一号に規定する特定商業施設等整備事業により整備される同号の施設で政令で定めるもの
二 中心市街地整備改善活性化法第十七条第一項に規定する認定特定事業者のうち中心市街地整備改善活性化法第八条第二項第一号の規定による地域振興整備公団の出資に係る法人で政令で定めるもの 中心市街地整備改善活性化法第十七条第二項に規定する認定特定事業計画に基づき取得する中心市街地整備改善活性化法第四条第四項第二号に規定する事業により整備される同号の施設（中心市街地整備改善活性化法第八条第二項第一号イに掲げる施設に該当するものを除く。）
三 中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第二号に規定する事業協同組合等（以下この号において「事業協同組合等」という。）の組合員又は所属員である同条第三項に規定する中小小売商業者 中心市街地整備改善活性化法第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づき当該事業協同組合等が取得した中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第二号に規定する事業により設置された中小小売商業振興法第四条第二項の店舗で当該認定中小小売商業高度化事業計画に基づき当該事業協同組合等から取得するもの
四 中心市街地整備改善活性化法第四条第五項第七号に掲げる者（政令で定める者に限る。） 中心市街地整備改善活性化法第二十一条第二項に規定する認定中小小売商業高度化事業計画に基づき取得する同号に規定する事業により整備される中小小売商業振興法第四条第六項の施設
第八十三条の三中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同条を第八十三条の四とし、第八十三条の二の次に次の一条を加える。
（不動産特定共同事業者が取得する土地等の所有権の移転登記の税率の軽減）
第八十三条の三 不動産特定共同事業法第二条第三項に規定する不動産特定共同事業契約（同項第一号に掲げる契約のうち不動産の所有権を出資するものに限る。）に係る不動産取引の目的となる不動産につき当該不動産特定共同事業契約においてその業務の執行の委任を受けた者が、当該不動産特定共同事業契約に係る出資により同条第六項に規定する事業参加者から当該不動産を取得した場合には、当該不動産の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の三十とする。
第八十四条第二項中「旅客鉄道株式会社（東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社及び西日本旅客鉄道株式会社をいう。）」を「東海旅客鉄道株式会社」に、「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第八十四条の二中「（昭和六十一年法律第九十二号）」を削る。
第五章中第八十四条の三を第八十四条の四とし、第八十四条の二の次に次の一条を加える。
（鉄道事業者が日本国有鉄道清算事業団から無償で取得する鉄道施設に係る土地等の所有権の移転登記の税率の軽減）
第八十四条の三 鉄道事業法第七条第一項に規定する鉄道事業者が、平成十年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に、日本国有鉄道清算事業団法附則第十三条第一項の規定により日本国有鉄道清算事業団から無償で取得する同項各号に掲げる鉄道施設（同条第二項の規定により日本国有鉄道清算事業団から無償で貸付けを受けている鉄道施設で既に当該鉄道事業者の事業の用に供されているものに限る。）に係る土地又は建物の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の十二・五とする。
第八十七条の二第一項中「平成十年九月三十日」を「平成十年四月三十日」に、「及び第三項」を「から第四項まで」に、「及び酒税法の一部を改正する法律」を「並びに酒税法の一部を改正する法律」に改め、「附則第四条第一項」の下に「及び第二項」を加え、「同項」を「同条第一項及び第二項」に、「第四項」を「第五項」に改め、同条第五項中「第三項」を「第四項」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項中「前三項」を「前各項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項中「平成十三年十月一日」を「平成十二年十月一日」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項中「平成十三年九月三十日」を「平成十二年九月三十日」に、「附則第四条第二項」を「附則第四条第三項」に、「第四項」を「第五項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２ 平成十年五月一日から同年九月三十日までの間に酒類の製造場から移出され、又は保税地域から引き取られる次の表の上欄に掲げる酒類でアルコール分が十三度未満のものに対する酒税の税率は、酒税法第二十二条第一項及び酒税法の一部を改正する法律（平成九年法律第二十一号）附則第四条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされ同項の規定により読み替えられた同法による改正前の酒税法第二十二条第一項の規定にかかわらず、同表に掲げる区分に応じ、一キロリットルにつき、第五項に掲げる算式により算出した金額とする。
酒類 |
基準アルコール分 |
基準税率 |
種類 |
品目 |
しようちゆう |
しようちゆう甲類 |
二十五度 |
二十四万八千百円 |
しようちゆう乙類 |
二十五度 |
十五万七百円 |
ウイスキー類 |
|
四十度 |
四十万九千円 |
スピリッツ類 |
スピリッツ |
三十七度 |
三十六万七千百八十八円 |
リキュール類 |
|
十二度 |
十一万九千八十八円 |
第八十八条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第八十九条第二項、第八十九条の三第一項及び第八十九条の四第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十五年三月三十一日」に改める。
第九十条の四第一項、第九十条の五第一項及び第九十条の六第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改める。
第九十条の十第一項中「平成十年四月三十日」を「平成十五年四月三十日」に改め、同項第一号中「（昭和二十六年法律第百八十三号）」を削る。
第九十一条の二第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、同項各号を次のように改める。
一 当該約束手形が事業に必要な資金を調達するために法人が作成するもの（大蔵省令で定めるものに限る。）であること。
二 当該約束手形の手形金額が一億円以上であること。
三 当該約束手形が確定日払のもので、その振出しの日から満期までの期間が政令で定める期間であること。
第九十一条の二第二項を次のように改める。
２ 前項の規定は、同項各号に掲げる要件のいずれにも該当する約束手形の作成を開始することにつき政令で定めるところにより当該約束手形を作成しようとする場所の所在地の所轄税務署長に届け出たもので、かつ、大蔵省令で定める表示がされたものに限り、適用する。
第九十三条第一項中「規定を除く。）」の下に「及び次条の規定」を加える。
第九十三条の二の見出し中「株券等の譲渡に係る」を削り、同条第一項を次のように改める。
平成十年四月一日以後に行われる有価証券取引税法第二条第一項に規定する有価証券（以下この項において「有価証券」という。）の譲渡（同法第一条に規定する譲渡をいう。以下この項において同じ。）に係る有価証券取引税の税率は、同法第十条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる有価証券の譲渡の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
一 有価証券取引税法第十条に規定する第一種の譲渡のうち同法第二条第一項第四号から第六号までに掲げる有価証券（所得税法第二条第一項第十五号に規定する公社債投資信託の受益証券を除く。第四号において同じ。）の譲渡 譲渡価額（有価証券取引税法第九条第二項に規定する譲渡価額をいう。以下この項において同じ。）の万分の六
二 有価証券取引税法第十条に規定する第一種の譲渡のうち同法第二条第一項第三号の二に掲げる有価証券の譲渡 譲渡価額の万分の三
三 有価証券取引税法第十条に規定する第一種の譲渡のうち前二号に規定する有価証券以外の有価証券の譲渡 譲渡価額の万分の〇・五
四 有価証券取引税法第十条に規定する第二種の譲渡のうち同法第二条第一項第四号から第六号までに掲げる有価証券の譲渡 譲渡価額の万分の十
五 有価証券取引税法第十条に規定する第二種の譲渡のうち同法第二条第一項第三号の二に掲げる有価証券の譲渡 譲渡価額の万分の八
六 有価証券取引税法第十条に規定する第二種の譲渡のうち前二号に規定する有価証券以外の有価証券の譲渡 譲渡価額の万分の一・五
第九十三条の二第二項中「第四条第二項」を「第四条」に改める。
第九十四条第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に、「第八十四条第二項に規定する旅客鉄道株式会社」を「東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社及び西日本旅客鉄道株式会社」に改める。
第六章第五節中第九十四条の二の次に次の一条を加える。
（銀行持株会社の創設のための株式の現物出資に係る有価証券取引税の特例）
第九十四条の三 銀行持株会社の創設のための銀行等に係る合併手続の特例等に関する法律第七条第一項の規定により、同項に規定する消滅金融機関の株主が同項の銀行持株会社に対して同項の合併新株券を現物出資の目的として給付したものとみなされる場合において、当該株主が行う当該合併新株券の譲渡については、有価証券取引税を課さない。
第九十五条中「平成四年十月一日から平成十一年三月三十一日までの間」を「平成十年四月一日以後」に改め、「先物取引等をいう」の下に「。以下同じ」を加え、同条第二号中「次条」を「次条第二項」に改める。
第九十六条中「平成四年十月一日から平成十一年三月三十一日までの間」を「平成十年四月一日以後」に改め、「第八条第一号」の下に「及び前項第一号」を加え、「万分の〇・〇一」を「万分の〇・〇〇五」に改め、同条を同条第二項とし、同条に第一項として次の一項を加える。
平成十年四月一日以後に行われる先物取引等に係る取引所税の税率は、取引所税法第八条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる先物取引等の区分に応じ当該各号に定める税率とする。
二 オプション取引（取引所税法第二条第五号に規定するオプション取引をいう。） 万分の〇・五