（区分経理）
第十九条 機構は、第十二条第一項の業務又は同条第二項の業務ごとに経理を区分し、それぞれ勘定を設けて整理しなければならない。
（基金）
第二十条 機構は、本州四国連絡橋の建設に伴う一般旅客定期航路事業等に関する特別措置法第十五条第一項に規定する退職金支払確保契約に関する業務及びこれに附帯する業務に関する基金を設け、同項に規定する特定事業主が当該退職金支払確保契約に基づき機構に掛金として納付した金額をもってこれに充てるものとする。
２ 機構は、次の方法による場合を除くほか、前項の基金を運用してはならない。
一 国債、地方債その他国土交通大臣の指定する有価証券の取得
二 銀行その他国土交通大臣の指定する金融機関への預金又は郵便貯金
３ 第一項の基金は、国土交通省令で定めるところにより、毎事業年度の損益計算上利益又は損失を生じたときは、その利益又は損失の額により増加又は減少するものとする。
（利益及び損失の処理の特例等）
第二十一条 機構の第十二条第一項の業務に係る勘定（以下「高速道路勘定」という。）については、通則法第四十四条第一項ただし書、第三項及び第四項の規定は、適用しない。
２ 機構は、高速道路勘定において、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この項及び次項において「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項本文又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額を当該中期目標の期間の次の中期目標の期間における積立金として整理しなければならない。
３ 機構は、高速道路勘定以外の勘定において、中期目標の期間の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち国土交通大臣の承認を受けた金額を、当該中期目標の期間の次の中期目標の期間に係る通則法第三十条第一項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中期目標の期間における第十二条第二項に規定する業務の財源に充てることができる。
４ 国土交通大臣は、前項の規定による承認をしようとするときは、あらかじめ、国土交通省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
５ 機構は、第三項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
６ 前三項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（長期借入金及び日本高速道路保有・債務返済機構債券）
第二十二条 機構は、第十二条第一項第二号及び第三号に規定する業務に必要な費用に充てるため、国土交通大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は日本高速道路保有・債務返済機構債券（以下この章において「債券」という。）を発行することができる。
２ 前項に定めるもののほか、機構は、債券を失った者に交付するため必要があるときは、政令で定めるところにより、債券を発行することができる。
３ 国土交通大臣は、第一項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
４ 第一項又は第二項の規定による債券の債権者は、機構の財産について他の債権者（引受社債権者を除く。）に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。
５ 前項の先取特権の順位は、民法の規定による一般の先取特権に次ぐものとし、かつ、第十五条第二項の規定による先取特権と同順位とする。
６ 機構は、国土交通大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を本邦又は外国の銀行、信託会社又は証券業者に委託することができる。
７ 商法（明治三十二年法律第四十八号）第三百九条、第三百十条及び第三百十一条の規定は、前項の規定により委託を受けた銀行、信託会社又は証券業者について準用する。
８ 前各項に定めるもののほか、債券に関し必要な事項は、政令で定める。
（債務保証）
第二十三条 政府は、法人に対する政府の財政援助の制限に関する法律（昭和二十一年法律第二十四号）第三条の規定にかかわらず、国会の議決を経た金額の範囲内において、機構の長期借入金又は債券に係る債務（国際復興開発銀行等からの外資の受入に関する特別措置に関する法律（昭和二十八年法律第五十一号）第二条の規定に基づき政府が保証契約をすることができる債務を除く。）について保証することができる。
（返済計画）
第二十四条 機構は、毎事業年度、長期借入金及び債券の返済計画を立てて、国土交通大臣の認可を受けなければならない。
２ 国土交通大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、国土交通省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
（補助金）
第二十五条 政府は、予算の範囲内において、機構に対して、第十二条第一項第五号の業務に要する経費を補助することができる。
２ 第十二条第一項第六号の地方公共団体は、予算の範囲内において、機構に対して、同号の業務に要する経費を補助することができる。