土地改良法等の一部を改正する法律をここに公布する。
御名御璽
平成二十九年五月二十六日
内閣総理大臣臨時代理　国務大臣　麻生太郎
法律第三十九号
土地改良法等の一部を改正する法律
（土地改良法の一部改正）
第一条　土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）の一部を次のように改正する。
第二条第二項中「行なう」を「行う」に改め、同項第五号中「災害復旧」の下に「（津波又は高潮による海水の浸入のために農用地が受けた塩害の除去のため必要な事業を含む。）」を加える。
第二条　土地改良法の一部を次のように改正する。
第二条第二項第五号中「農用地又は」を「農用地若しくは」に改め、「含む。）」の下に「又は土地改良施設の突発事故被害（突発的な事故による被害をいう。以下同じ。）の復旧」を加える。
第三条第八項中「第八十七条の三第六項」を「第八十七条の三第七項、第八十八条第六項及び第十八項」に改める。
第四十四条を次のように改める。
第四十四条　削除
第四十八条第三項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に、「すべて」を「全て」に改め、同条第五項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
第四十九条第一項中「災害」の下に「又は突発事故被害」を加える。
第五十二条第五項中「すべて」を「全て」に、「きいた」を「聴いた」に改める。
第六十四条中「払戻」を「払戻し」に、「第百十三条の二第二項」を「第百十三条の三第二項」に改める。
第八十五条第一項中「十五人以上の」及び「又は農地中間管理機構」を削り、同条第二項中「又は農地中間管理機構」を削り、「）及び」を「）並びに」に改め、同条第三項、第六項及び第七項中「又は農地中間管理機構」を削る。
第八十五条の三第二項及び第三項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
第八十七条の二の見出しを削り、同条の前に見出しとして「（申請によらない土地改良事業）」を付し、同条第四項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
第八十八条を削る。
第八十七条の三第一項中「及び前条第一項」を「、第八十七条の二第一項」に改め、「の事業」の下に「及び第八十七条の三第一項又は第八十七条の四第一項の規定により行う土地改良事業」を加え、同条第六項中「前条第八項」を「第八十七条の二第八項」に、「第八十七条の三第一項第一号」を「第八十八条第一項第一号」に、「第八十七条の三第一項」」を「第八十八条第一項」」に、「第八十七条の三第四項」を「第八十八条第四項」に改め、同条第七項中「すべて」を「全て」に改め、同条第十項中「前条第八項及び」を「第八十七条の二第八項及び」に、「前条第八項中」を「同条第八項中」に、「第八十七条の三第七項」を「第八十八条第七項」に改め、同条第十二項中「すべて」を「全て」に改め、同条第十三項中「前条第八項及び」を「第八十七条の二第八項及び」に、「前条第八項中」を「同条第八項中」に、「第八十七条の三第十三項において準用する同条第四項」を「第八十八条第四項」に、「「第八十七条の三第十二項」を「「第十二項」に、「について第八十七条の三第十二項」を「について同項」に改め、「同項及び第五項中」を削り、「長を除く」の下に「。次項において同じ」を加え、同条第十四項を削り、同条第十五項中「前条第一項第一号」を「第八十七条の二第一項第一号」に、「前条第六項」を「第八十七条の二第六項」に改め、同項を同条第十四項とし、同条に次の六項を加える。
15　都道府県が第八十七条の三第一項の土地改良事業計画につき土地改良事業の施行に係る地域を変更することにより新たな地域をその土地改良事業の施行に係る地域の一部とすることができるのは、次に掲げる要件のいずれにも適合する場合に限るものとする。
一　当該土地改良事業の施行に係る地域の一部となる地域内にある農用地（その地域内にその土地改良事業の施行により農用地への地目変換を予定する農用地以外の土地がある場合にあつては、その土地を含む。第十七項において同じ。）の全てについて農地中間管理機構が農地中間管理権を有すること。
二　当該土地改良事業計画を変更したことにつき第十八項において準用する第八十七条第五項の規定による公告があつた日における前号の農地中間管理権の全ての存続期間又は残存期間が政令で定める期間以上であること。
16　都道府県知事は、第八十七条の三第一項の規定により行う土地改良事業につき、土地改良事業の施行に係る地域その他土地改良事業計画の農林水産省令で定める重要な部分を変更し、又は土地改良事業を廃止しようとする場合には、あらかじめ、農林水産省令で定めるところにより、土地改良事業計画の変更の場合にあつてはその変更後の土地改良事業の計画の概要を、土地改良事業の廃止の場合にあつては廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項を、それぞれ示して、農地中間管理機構の同意を得なければならない。
17　農地中間管理機構は、前項の同意をするには、あらかじめ、当該変更又は廃止につき、次の各号の区分により、それぞれ各号に掲げる者の意見を聴かなければならない。
一　土地改良事業計画の変更の場合
その変更後の土地改良事業計画に係る土地改良事業の施行に係る地域（その変更後において二以上の土地改良事業を併せて施行する場合には、その各土地改良事業のうちその変更に係る各土地改良事業につき、その変更後のその施行に係る地域）内（これらの土地改良事業のうちに、その変更によりその施行に係る地域の一部がその変更後のその施行に係る地域に該当しないこととなるものがあるときは、その土地改良事業については、その該当しないこととなる地域をその変更後のその施行に係る地域に含めた地域内）にある農用地について現に農地中間管理機構から賃借権又は使用貸借による権利の設定を受けている者
二　土地改良事業の廃止の場合
その廃止に係る土地改良事業の施行に係る地域（現に二以上の土地改良事業を併せて施行している場合には、その各土地改良事業のうちその廃止に係る各土地改良事業につき、その施行に係る地域）内の農用地について現に農地中間管理機構から賃借権又は使用貸借による権利の設定を受けている者
18　第十六項の場合には、第五条第六項及び第七項、第八条第二項及び第三項、第八十七条第五項から第十項まで、第八十七条の二第八項及び第九項並びに第八十七条の三第四項から第六項までの規定を準用する。この場合において、第五条第六項及び第七項中「含めて第一項の一定の地域を定めるには」とあるのは「新たに変更後の土地改良事業計画に係る土地改良事業の施行に係る地域とするには」と、第八十七条の二第八項中「第六項の規定による協議」とあるのは「次条第六項の規定による協議又は意見の聴取」と、「当該土地改良事業の計画の概要」とあるのは「変更後の当該土地改良事業の計画の概要又は廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項」と、同条第九項中「土地改良事業の計画の概要」とあるのは「変更後の土地改良事業の計画の概要又は廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項」と、第八十七条の三第四項中「対し、」とあるのは「対し、第一項の規定により行う土地改良事業につき、土地改良事業の施行に係る地域を変更することにより」と、「第一項の規定により行う」とあるのは「その」と、「事業施行地域内農用地とする同項の規定による土地改良事業を行うべき」とあるのは「新たに事業施行地域内農用地とし、又は土地改良事業を廃止すべき」と、「その農地中間管理権を有する農用地」とあるのは「その新たに事業施行地域内農用地とする農用地又はその土地改良事業の廃止に係る事業施行地域内農用地」と、同条第五項中「事業施行地域内農用地とする第一項の規定により行う土地改良事業の計画を定める場合には、第二項及び第三項」とあるのは「新たに事業施行地域内農用地とするために土地改良事業計画を変更し、又はその要請に係る土地改良事業を廃止する場合には、第八十八条第十六項及び第十七項」と、同条第六項中「当該土地改良事業の計画の概要」とあるのは「変更後の当該土地改良事業の計画の概要又は廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項」と読み替えるものとする。
19　第八十七条の四第一項の規定により行う土地改良事業につき、緊急耐震工事計画の農林水産省令で定める重要な部分を変更し、又は土地改良事業を廃止する場合には、第八条第二項及び第三項、第八十七条第五項から第十項まで並びに第八十七条の四第二項及び第三項の規定を準用する。この場合において、同条第二項中「その緊急耐震工事計画及び当該土地改良事業による変更後の農業用用排水施設（農林水産省令で定めるものに限る。）がある場合にはその農業用用排水施設に係る予定管理方法等その他必要な事項」とあるのは「変更後のその緊急耐震工事計画及び予定管理方法等を変更する必要があるときは変更後の予定管理方法等その他必要な事項又は廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項」と、「定めるとき」とあるのは「定めるとき（農林水産省令で定める場合を除く。）」と読み替えるものとする。
20　第一項、第七項、第十二項、第十六項又は前項の規定による計画の変更又は土地改良事業の廃止が当該土地改良事業の利害関係人の権利又は利益を侵害するおそれがないことが明らかである場合には、農林水産大臣又は都道府県知事は、第六項、第十項、第十三項又は前二項において準用する第八十七条第五項から第八項までに規定する手続（第六項において準用する第四十八条第六項の場合にあつては、これらの手続のほか、第六項において準用する第八条第二項に規定する手続）を省略することができる。
第八十七条の三を第八十八条とし、第八十七条の二の次に次の三条を加える。
第八十七条の三　都道府県は、第八十五条第一項、第八十五条の二第一項、第八十五条の三第一項若しくは第六項又は第八十五条の四第一項の規定による申請によつて行う土地改良事業及び前条第一項の規定により行う土地改良事業のほか、土地改良事業計画を定めて次に掲げる要件のいずれにも適合する土地改良事業（第二条第二項第二号又は第三号の事業に限る。）を行うことができる。
一　当該土地改良事業の施行に係る地域内にある農用地（その地域内にその土地改良事業の施行により農用地への地目変換を予定する農用地以外の土地がある場合にあつては、その土地を含む。以下「事業施行地域内農用地」という。）の全てについて農地中間管理機構が農地中間管理権（農地中間管理事業の推進に関する法律第二条第五項に規定する農地中間管理権をいう。以下同じ。）を有すること。
二　事業施行地域内農用地の面積が政令で定める面積以上であることその他その事業施行地域内農用地が政令で定める要件に適合すること。
三　事業施行地域内農用地について農地中間管理機構が第七項において準用する第八十七条第五項の規定による公告があつた日において有する農地中間管理権の全ての存続期間又は残存期間が政令で定める期間以上であること。
四　事業施行地域内農用地の集団化その他その土地改良事業の施行に係る地域内における農業構造の改善に相当程度資すると見込まれること。
五　事業施行地域内農用地の収益性の向上に相当程度資すると見込まれること。
２　前項の規定により土地改良事業計画を定めるには、都道府県知事は、あらかじめ、農林水産省令で定めるところにより、当該土地改良事業の計画の概要（二以上の土地改良事業を併せて施行する場合には、その各土地改良事業に係る計画の概要。第六項において同じ。）について、農地中間管理機構の同意を得なければならない。
３　農地中間管理機構は、前項の同意をする場合において、その農地中間管理権を有する事業施行地域内農用地を貸し付けているときは、あらかじめ、その貸付けの相手方の意見を聴かなければならない。
４　農地中間管理機構は、農林水産省令で定めるところにより、都道府県知事に対し、農地中間管理権を有する農用地（第一項の規定により行う土地改良事業の施行により農用地への地目変換を予定する農用地以外の土地がある場合にあつては、その土地を含む。以下この条において同じ。）のみを事業施行地域内農用地とする同項の規定による土地改良事業を行うべきことを要請することができる。この場合において、その農地中間管理権を有する農用地を貸し付けているときは、あらかじめ、その貸付けの相手方の意見を聴かなければならない。
５　前項の規定による要請に基づき、都道府県知事がその要請に係る農用地のみを事業施行地域内農用地とする第一項の規定により行う土地改良事業の計画を定める場合には、第二項及び第三項に規定する手続を省略することができる。
６　第一項の規定により土地改良事業計画を定めるには、都道府県知事は、あらかじめ、当該土地改良事業の計画の概要について、関係市町村長と協議するとともに、その土地改良事業の施行に係る地域内に土地改良施設がある場合において、その土地改良施設の管理者として土地改良区その他農林水産大臣の指定する者があるときにあつては、その者の意見を聴かなければならない。
７　第一項の場合には、第五条第六項及び第七項、第七条第三項及び第四項、第八条第二項及び第三項、第八十七条第三項から第十項まで並びに前条第八項及び第九項の規定を準用する。この場合において、第五条第六項及び第七項中「含めて第一項の一定の地域を定めるには」とあるのは「当該土地改良事業の施行に係る地域に含めるには」と、前条第八項中「第六項の規定による協議」とあるのは「次条第六項の規定による協議又は意見の聴取」と読み替えるものとする。
（急施の場合）
第八十七条の四　第八十五条から前条までに規定するもののほか、強くしなやかな国民生活の実現を図るための防災・減災等に資する国土強靱化基本法（平成二十五年法律第九十五号）第九条第五号に規定する脆弱性評価の結果、地震に対する安全性の向上を図るため急速に農業用用排水施設の変更を内容とする第二条第二項第一号の土地改良事業を行う必要があると認める場合には、国又は都道府県は、緊急耐震工事計画を定めてその事業を行うことができる。
２　前項の規定により緊急耐震工事計画を定めるには、農林水産大臣又は都道府県知事は、あらかじめ、その緊急耐震工事計画及び当該土地改良事業による変更後の農業用用排水施設（農林水産省令で定めるものに限る。）がある場合にはその農業用用排水施設に係る予定管理方法等その他必要な事項について、国営土地改良事業にあつては関係都道府県知事と、都道府県営土地改良事業にあつては関係市町村長と協議するとともに、その土地改良事業による変更後の農業用用排水施設に係る予定管理方法等として、現に存する土地改良区その他農林水産大臣の指定する者をその農業用用排水施設の管理者とする旨を定めるときにあつては、その者と協議しなければならない。
３　都道府県知事は、国営土地改良事業につき、農林水産大臣と前項の規定による協議をする場合には、あらかじめ、関係市町村長と協議しなければならない。
４　第一項の場合には、第七条第三項、第八条第二項及び第三項並びに第八十七条第三項及び第五項から第十項までの規定を準用する。
第八十七条の五　第八十五条から前条までに規定するもののほか、災害又は突発事故被害のため急速に第二条第二項第五号の土地改良事業を行う必要がある場合には、国又は都道府県は、応急工事計画を定めてその事業を行うことができる。
２　前項の応急工事計画による事業の施行については、審査請求をすることができない。
第八十九条の二第一項中「第八十八条第一項」を「第八十七条の四第一項又は第八十七条の五第一項」に、「応急工事計画を定め、これに基づいて行なう第二条第二項第五号の事業」を「行う土地改良事業」に改める。
第九十条第七項中「第八十八条第一項」を「第八十七条の四第一項又は第八十七条の五第一項」に改める。
第九十条の二第一項中「第八十八条第一項」を「第八十七条の四第一項又は第八十七条の五第一項」に、「第百十三条の二第三項」を「第百十三条の三第三項」に、「すべて」を「全て」に改め、同条第六項中「第百十三条の二第二項」を「第百十三条の三第二項」に、「第百十三条の二第三項」を「同項」に改める。
第九十一条第一項に次のただし書を加える。
ただし、第八十七条の三第一項の規定により行う土地改良事業については、その分担金を徴収しないものとする。
第九十一条の二第一項中「第八十八条第一項」を「第八十七条の三第一項、第八十七条の四第一項又は第八十七条の五第一項」に、「行なう」を「行う」に改め、同条第六項中「、第四項」の下に「、第六項」を加え、「前項」を「第五項」に改め、同項を同条第八項とし、同条第五項の次に次の二項を加える。
６　都道府県又は市町村は、政令で定めるところにより、条例で、次の各号のいずれかに掲げる者が、当該各号に定める場合に該当するときは、その者から、特別徴収金を徴収することができる。
一　事業施行地域内農用地について農地中間管理機構に農地中間管理権を設定し、又は移転した者　次のいずれかに掲げる場合
イ　当該事業施行地域内農用地を第八十七条の三第一項の規定により行う土地改良事業の計画において予定する用途以外の用途（以下この項において「目的外用途」という。）に供するため所有権の移転等をした場合
ロ　当該事業施行地域内農用地を自ら目的外用途に供した場合
ハ　当該事業施行地域内農用地についての農地中間管理権の設定若しくは移転に係る契約又は農業経営基盤強化促進法第十九条の規定による公告があつた農用地利用集積計画の定めるところによつて設定若しくは移転された農地中間管理権に係る賃貸借若しくは使用貸借の解除をした場合
二　事業施行地域内農用地について農地中間管理機構から賃借権又は使用貸借による権利の設定を受けている者　次のいずれかに掲げる場合
イ　当該事業施行地域内農用地を目的外用途に供するため賃借権その他の使用及び収益を目的とする権利の設定又は移転をした場合
ロ　当該事業施行地域内農用地を自ら目的外用途に供した場合
７　前項の特別徴収金の額については、第三項の規定を準用する。
第九十二条中「第百十三条の二第二項」を「第百十三条の三第二項」に、「第百十三条の二第三項」を「第百十三条の三第三項」に改め、同条の次に次の一条を加える。
（農業振興地域の整備に関する法律の特例）
第九十二条の二　農業振興地域の整備に関する法律第十三条第一項の規定による農業振興地域整備計画の変更のうち、農用地等（同法第三条に規定する農用地等をいう。）以外の用途に供することを目的として農用地区域（同法第八条第二項第一号に規定する農用地区域をいう。以下この条において同じ。）内の土地を農用地区域から除外するために行う農用地区域の変更は、その変更に係る土地が第八十七条の三第一項の規定により行う土地改良事業の施行に係る地域内にあるときは、同法第十三条第二項の規定にかかわらず、同項各号に掲げる要件の全てを満たすほか、その土地についての農地中間管理権の存続期間が満了している場合に限り、することができる。
第九十六条中「行なう」を「行う」に、「すべて」を「全て」に改め、「ならない。」を削り、「あるのは、」を「あるのは」に、「第百十三条の二第二項」を「第百十三条の三第二項」に改め、「第九十六条において準用する」を削る。
第九十六条の四第一項中「第八十八条、」を「第八十七条の四第一項、第二項及び第四項、第八十七条の五、第八十八条第十九項及び第二十項、」に改め、「あり、」の下に「並びに」を加え、「第九十六条の四第一項において読み替えて準用する」を削り、「その第三条に規定する」を「その」に、「第百十三条の二第二項」を「第百十三条の三第二項」に、「第百十三条の二第三項」と、第八十八条第一項」を「第百十三条の三第三項」と、第八十七条の四第一項中「第八十五条から前条まで」とあるのは「第九十六条の二及び第九十六条の三」と、同条第二項中「あらかじめ」とあるのは「あらかじめ、市町村の議会の議決を経て」と、「必要な事項について、国営土地改良事業にあつては関係都道府県知事と、都道府県営土地改良事業にあつては関係市町村長と協議するとともに」とあるのは「必要な事項について」と、同条第四項中「第七条第三項」とあるのは「第七条第三項、第五項及び第六項」と、第八十七条の五第一項」に、「及び第九十六条の三」を「から第九十六条の四まで」に改め、「定め、」と」の下に「、第八十八条第十九項中「第八条第二項」とあるのは「第七条第五項及び第六項、第八条第二項」と、「第八十七条の四第二項及び第三項」とあるのは「第八十七条の四第二項」と、「同条第二項中「その緊急耐震工事計画及び当該土地改良事業による変更後の農業用用排水施設（農林水産省令で定めるものに限る。）がある場合にはその農業用用排水施設に係る予定管理方法等その他必要な事項」とあるのは「同項中「その緊急耐震工事計画」と、「変更後のその緊急耐震工事計画及び予定管理方法等を変更する必要があるときは変更後の予定管理方法等その他必要な事項又は廃止する旨、廃止の理由その他農林水産省令で定める事項」とあるのは「市町村の議会の議決を経て、変更後のその緊急耐震工事計画」と、「必要な事項について、国営土地改良事業にあつては関係都道府県知事と、都道府県営土地改良事業にあつては関係市町村長と協議するとともに」とあるのは「必要な事項について」と、同条第二十項中「第一項、第七項、第十二項、第十六項又は前項」とあるのは「前項」と、「第六項、第十項、第十三項又は前二項」とあるのは「同項」と、「手続（第六項において準用する第四十八条第六項の場合にあつては、これらの手続のほか、第六項において準用する第八条第二項に規定する手続）」とあるのは「手続」と」を加え、同条第二項中「第八十八条第一項」を「第八十七条の四第一項の緊急耐震工事計画及び前項において読み替えて準用する第八十七条の五第一項」に改める。
第百十三条の三第一項中「行なう」を「行う」に改め、同条を第百十三条の四とし、第百十三条の二を第百十三条の三とする。
第百十三条の次に次の一条を加える。
（土地の共有者等の取扱い）
第百十三条の二　同一の土地について、共有者があり、又は権原に基づき使用及び収益をする者が二人以上ある場合には、これらの者で第三条に規定する資格を有するものは、第五条第二項及び第四項、第十一条、第四十八条第三項から第七項まで（同条第四項及び第六項にあつては、第八十八条第六項及び第九十六条の三第五項において準用する場合を含む。）、第八十五条第二項及び第三項、第八十五条の二第二項及び第三項、第八十五条の三第二項、第三項、第七項及び第八項、第八十七条の二第三項及び第四項、第八十八条第一項及び第二項、第九十六条の二第二項及び第三項並びに第九十六条の三第二項及び第三項の規定の適用については、合わせて一の第三条に規定する資格を有する者とみなす。ただし、これらの者のみにより土地改良区を設立しようとし、又はこれらの者のみが土地改良区の組合員となつている場合には、この限りでない。
２　同一の土地について、所有権、地上権、永小作権、質権、賃借権、使用貸借による権利又はその他の使用及び収益を目的とする権利が二人以上の者の共有に属する場合には、その共有に属する権利を有する者は、第五十二条第五項前段及び第六項（これらの規定を第五十三条の四第二項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）、第八十九条の二第二項（同条第五項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）、第九十六条の四第一項及び第九十九条第二項（第百条の二第二項（第百十一条において準用する場合を含む。）及び第百十一条において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）において準用する場合を含む。）、第五十二条第七項（第五十三条の四第二項、第八十九条の二第二項、第九十六条の四第一項及び第九十九条第二項において準用する場合を含む。）において準用する第三十一条、第九十七条第一項から第三項まで（第百十一条において準用する場合を含む。）並びに第百三十六条第二項において準用する同条第一項の規定の適用については、当該共有に属する権利ごとに、合わせて一の当該共有に属する権利を有する者とみなす。
３　前二項の場合におけるこの法律の規定の適用についての必要な読替えは、政令で定める。
４　第一項又は第二項の規定により一の第三条に規定する資格を有する者とみなされる者又は一の同項に規定する共有に属する権利を有する者とみなされる者（第七項において「みなし三条資格者等」という。）は、農林水産省令で定めるところにより、それぞれのうちから代表者一人を選任し、その者の氏名又は名称及び住所を第五条第一項、第八十五条第一項、第八十五条の二第一項若しくは第八十五条の三第一項若しくは第六項の規定により申請をする者（以下この条において「申請者」という。）又は土地改良事業を行う者に通知しなければならない。
５　前項の代表者の権限に加えた制限は、これをもつて、申請者及び土地改良事業を行う者に対抗することができない。
６　第四項の代表者の解任は、農林水産省令で定めるところにより、申請者又は土地改良事業を行う者にその旨を通知するまでは、これをもつて、申請者又は土地改良事業を行う者に対抗することができない。
７　第四項の規定により代表者を選任しなければならない場合において、同項の規定による通知がないときは、申請者又は土地改良事業を行う者がこの法律又はこの法律に基づく命令、定款若しくは規約の規定によりみなし三条資格者等に対してする行為は、みなし三条資格者等のうちいずれか一人に対してすることをもつて足りる。
第百十七条中「第百十三条の二、第百十三条の三」を「第百十三条の三、第百十三条の四」に改める。
第百二十二条第二項中「第八十七条の三第六項」を「第八十七条の三第七項、第八十七条の四第四項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第八十八条第六項」に、「及び第十三項」を「、第十三項、第十八項及び第十九項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）」に改める。
（独立行政法人水資源機構法の一部改正）
第三条　独立行政法人水資源機構法（平成十四年法律第百八十二号）の一部を次のように改正する。
第十三条第四項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
第十五条中「第八十七条の三第六項」を「第八十七条の三第七項、第八十七条の四第四項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）、第八十八条第六項」に、「及び第十三項」を「、第十三項、第十八項及び第十九項（第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）」に改める。
（農地中間管理事業の推進に関する法律の一部改正）
第四条　農地中間管理事業の推進に関する法律（平成二十五年法律第百一号）の一部を次のように改正する。
第八条第三項第四号及び第五号を次のように改める。
四　前項第三号に掲げる事項が、次に掲げる事項を内容とするものであること。
イ　農用地等の所有者（当該農用地等について所有権以外の使用及び収益を目的とする権利を有する者を含む。以下この号において同じ。）からの申出に応じて農地中間管理権の取得に関する協議を行うほか、農用地の利用の効率化及び高度化の促進を図るために特に必要があると認められる場合に農地中間管理機構が農用地等の所有者に対し当該協議を申し入れること。
ロ　農地中間管理権の取得に当たって、農林水産省令で定めるところにより、あらかじめ、農用地等の所有者に対し、土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第八十七条の三第一項の規定による土地改良事業が行われることがあることについて説明すること。
五　前項第四号に掲げる事項が、次に掲げる事項を内容とするものであること。
イ　地域の農業の健全な発展を旨として、公平かつ適正に農用地等の貸付けの相手方の選定及びその変更を行うこと。
ロ　第十八条第一項に規定する農用地利用配分計画の決定に当たって、農林水産省令で定めるところにより、あらかじめ、農用地等の貸付けの相手方に対し、土地改良法第八十七条の三第一項の規定による土地改良事業が行われることがあることについて説明すること。
附　則
（施行期日）
第一条　この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、第一条並びに次条及び附則第六条から第八条までの規定は、公布の日から施行する。
（土地改良法の一部改正に伴う経過措置）
第二条　第一条の規定による改正後の土地改良法第二条第二項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、前条ただし書に規定する規定の施行の日以後に発生した塩害について適用する。
第三条　この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に第二条の規定による改正前の土地改良法（以下「旧土地改良法」という。）第四十四条第一項の規定により同項の代表者がした土地改良区の組合員としての行為及び同条第四項の規定により同条第一項に規定する者のうちの一人に対してした行為については、なお従前の例による。
第四条　第二条の規定による改正後の土地改良法（以下「新土地改良法」という。）第八十七条の三第一項の規定は、施行日以後に取得される農地中間管理事業の推進に関する法律第二条第五項に規定する農地中間管理権に係る農用地（土地改良法第二条第一項に規定する農用地をいう。以下この条において同じ。）（新土地改良法第八十七条の三第一項の規定により行う土地改良事業の施行により農用地への地目変換を予定する農用地以外の土地がある場合にあっては、その土地を含む。）について適用する。
第五条　次に掲げる手続については、新土地改良法第百十三条の二の規定は、適用しない。
一　施行日前に土地改良法第五条第二項の規定によりされた公告に係る土地改良区の設立に関する手続
二　施行日前に旧土地改良法第四十八条第三項の規定によりされた公告に係る土地改良事業計画の変更、土地改良事業の廃止又は新たな土地改良事業の開始に関する手続
三　施行日前に旧土地改良法第五十二条第五項（土地改良法第五十三条の四第二項（旧土地改良法第九十六条の四第一項において読み替えて準用する場合を含む。）において読み替えて準用する場合及び旧土地改良法第九十六条の四第一項において準用する場合を含む。）の規定によりされた議決に係る換地計画の決定又は変更に関する手続
四　施行日前に旧土地改良法第八十五条第二項若しくは第八十五条の三第二項又は土地改良法第八十五条の二第二項、第八十五条の三第七項、第八十七条の二第三項若しくは第九十六条の二第二項の規定によりされた公告に係る土地改良事業の開始に関する手続
五　施行日前に旧土地改良法第八十七条の三第一項又は土地改良法第九十六条の三第二項の規定によりされた公告に係る土地改良事業計画の変更又は土地改良事業の廃止に関する手続
（農地中間管理事業の推進に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
第六条　農地中間管理機構は、施行日までに、第四条の規定による改正後の農地中間管理事業の推進に関する法律（以下この条において「新農地中間管理事業法」という。）第八条の規定の例により、同条第三項第四号ロ及び第五号ロに掲げる事項を内容とする農地中間管理事業の推進に関する法律第八条第一項に規定する農地中間管理事業規程の変更に係る同項の認可を受けなければならない。この場合において、当該認可は、施行日において新農地中間管理事業法第八条の規定によりされたものとみなす。
（罰則に関する経過措置）
第七条　この法律（附則第一条ただし書に規定する規定については、当該規定）の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第八条　この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
（検討）
第九条　政府は、土地改良事業が効率的かつ効果的に実施されるよう、土地改良制度の在り方について不断の見直しを行うとともに、平成三十五年度までの間に、農用地の集団化その他農業構造の改善の状況その他の事情を勘案し、新土地改良法の規定について検討を加え、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。
（小笠原諸島振興開発特別措置法の一部改正）
第十条　小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）の一部を次のように改正する。
第二十二条第三項中「第百十三条の三」を「第百十三条の四」に改める。
（農住組合法の一部改正）
第十一条　農住組合法（昭和五十五年法律第八十六号）の一部を次のように改正する。
第十二条中「第百十三条の二第三項」を「第百十三条の三第三項」に改める。
（東日本大震災に対処するための土地改良法の特例に関する法律の一部改正）
第十二条　東日本大震災に対処するための土地改良法の特例に関する法律（平成二十三年法律第四十三号）の一部を次のように改正する。
第四条第二項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
（東日本大震災復興特別区域法及び大規模災害からの復興に関する法律の一部改正）
第十三条　次に掲げる法律の規定中「第八十七条の三第二項」を「第八十八条第二項」に改める。
一　東日本大震災復興特別区域法（平成二十三年法律第百二十二号）第五十二条第二項
二　大規模災害からの復興に関する法律（平成二十五年法律第五十五号）第十六条第二項
（福島復興再生特別措置法の一部改正）
第十四条　福島復興再生特別措置法（平成二十四年法律第二十五号）の一部を次のように改正する。
第八条第二項中「第八十七条の三第二項」を「第八十八条第二項」に改め、「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改め、同条第七項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
第十七条の七第二項中「第八十七条の三第二項」を「第八十八条第二項」に改め、「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改め、同条第六項中「有している」の下に「本来の」を加え、「とすることその他」を「とし、かつ、」に改める。
内閣総理大臣臨時代理　国務大臣　麻生太郎
厚生労働大臣　塩崎恭久
農林水産大臣　山本有二
経済産業大臣　世耕弘成
国土交通大臣　石井啓一