（施行期日）
第一条 この法律は、平成十六年四月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 第一条中奄美群島振興開発特別措置法附則第一項の改正規定及び第二条中小笠原諸島振興開発特別措置法附則第二項本文の改正規定並びに附則第十九条から第二十一条までの規定 公布の日
二 第一条中題名の次に目次及び章名を付する改正規定、奄美群島振興開発特別措置法第一条の次に章名を付する改正規定、同法第七条の前に章名を付する改正規定、同法第八条の次に章名及び節名を付する改正規定、同法第九条及び第十条の改正規定、同法第十条の二から第十条の六までを削る改正規定、同法第十一条を改め、同条を同法第二十八条とし、同法第十条の次に三条、三節及び章名を加える改正規定（第二十三条に係る部分を除く。）、同法本則に一章を加える改正規定、同法附則第二項の改正規定並びに同法附則に二項を加える改正規定並びに附則第七条から第十条まで、第十二条から第十八条まで及び第二十三条の規定 平成十六年十月一日
（振興開発計画に関する経過措置）
第二条 第一条の規定による改正前の奄美群島振興開発特別措置法（以下「旧奄美法」という。）第二条第一項に規定する振興開発計画に基づく事業で、平成十六年度以降に繰り越される国の負担金又は補助金に係るものは、第一条の規定による改正後の奄美群島振興開発特別措置法（以下「新奄美法」という。）第三条第一項に規定する振興開発計画（次条において「新計画」という。）に基づく事業とみなして、新奄美法第六条第一項から第四項までの規定を適用する。
第三条 新奄美法第二条第一項に規定する奄美群島振興開発基本方針（次項において「基本方針」という。）が定められるまでの間に、平成十六年度の予算に係る国の負担金又は補助金に係る事業で奄美群島の振興開発のために緊急に実施する必要があるものとして国土交通大臣、総務大臣及び農林水産大臣が関係行政機関の長と協議して決定したものについては、当該事業を新計画に基づく事業とみなして、新奄美法の規定を適用する。
２ 基本方針が定められた日から新計画が定められるまでの間に、平成十六年度の予算に係る国の負担金又は補助金に係る事業で奄美群島の振興開発のために緊急に実施する必要があるものとして鹿児島県が国土交通大臣、総務大臣及び農林水産大臣に協議し、その同意を得て決定したものについては、当該事業を新計画に基づく事業とみなして、新奄美法の規定を適用する。この場合において、国土交通大臣、総務大臣及び農林水産大臣は、同意をしようとするときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
第四条 第二条の規定による改正前の小笠原諸島振興開発特別措置法第三条第一項に規定する振興開発計画に基づく事業で、平成十六年度以降に繰り越される国の負担金又は補助金に係るものは、第二条の規定による改正後の小笠原諸島振興開発特別措置法（以下「新小笠原法」という。）第四条第一項に規定する振興開発計画（次条において「新計画」という。）に基づく事業とみなして、新小笠原法第六条第一項の規定を適用する。
第五条 新小笠原法第三条第一項に規定する小笠原諸島振興開発基本方針（次項において「基本方針」という。）が定められるまでの間に、平成十六年度の予算に係る国の負担金又は補助金に係る事業で小笠原諸島の振興開発のために緊急に実施する必要があるものとして国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して決定したものについては、当該事業を新計画に基づく事業とみなして、新小笠原法の規定を適用する。
２ 基本方針が定められた日から新計画が定められるまでの間に、平成十六年度の予算に係る国の負担金又は補助金に係る事業で小笠原諸島の振興開発のために緊急に実施する必要があるものとして東京都が国土交通大臣に協議し、その同意を得て決定したものについては、当該事業を新計画に基づく事業とみなして、新小笠原法の規定を適用する。この場合において、国土交通大臣は、同意をしようとするときは、関係行政機関の長に協議しなければならない。
（奄美群島振興開発基金の解散等）
第六条 奄美群島振興開発基金（以下「旧基金」という。）は、独立行政法人奄美群島振興開発基金（以下「基金」という。）の成立の時において解散するものとし、その一切の権利及び義務は、次項の規定により国及び地方公共団体が承継する資産を除き、その時において基金が承継する。
２ 基金の成立の際現に旧基金が有する権利のうち、基金がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、基金の成立の時において国及び地方公共団体が承継する。
３ 前項の規定により国及び地方公共団体が承継する資産の範囲その他当該資産の国及び地方公共団体への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 旧基金の平成十六年四月一日に始まる事業年度は、旧基金の解散の日の前日に終わるものとする。
５ 旧基金の平成十六年四月一日に始まる事業年度に係る決算並びに業務報告書、財産目録、貸借対照表及び損益計算書の作成等については、基金が従前の例により行うものとする。この場合において、当該決算完結の期限は、解散の日の翌日から起算して二月を経過した日とする。
６ 第一項の規定により基金が旧基金の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、政府及び地方公共団体から旧基金に出資されている出資金に相当する金額は、政府及び当該地方公共団体から基金に対し出資されたものとし、基金が承継する資産の価額から負債の金額及び基金に対し出資されたものとした金額の合計額を差し引いた額は、積立金又は繰越欠損金として整理するものとする。
７ 前項の資産の価額は、基金の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
８ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
９ 第一項の規定により旧基金が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（承継した債権の回収に関する事務の委託）
第七条 基金は、業務方法書で定めるところにより、旧奄美法第十条の三第一項の規定により旧基金が国から承継した債権であって前条第一項の規定により基金が承継したものの回収に関する事務を、鹿児島県又は政令で定める金融機関に委託することができる。
２ 前項の規定により基金から事務の委託を受けた者は、新奄美法第二十二条第一項に規定する受託者とみなして、新奄美法の規定を適用する。
（非課税）
第八条 附則第六条第一項の規定により基金が権利を承継する場合における当該承継に係る不動産又は自動車の取得に対しては、不動産取得税又は自動車取得税を課することができない。
（奄美群島振興開発特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第九条 この法律の施行前に旧奄美法第十条の二（第十五項を除く。）、第十条の三及び第十条の四の規定並びに旧奄美法第十条の五において準用する信用保証協会法（昭和二十八年法律第百九十六号）の規定によりした処分、手続その他の行為は、独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）又は新奄美法第四章中の相当する規定によりした処分、手続その他の行為とみなす。
（罰則の適用に関する経過措置）
第十条 この法律の施行前にした行為及び附則第六条第五項の規定によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十一条 附則第二条から前条までに規定するもののほか、基金の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律の一部改正）
第十二条 独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号）の一部を次のように改正する。
（独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律の一部改正）
第十三条 独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十九号）の一部を次のように改正する。
（所得税法の一部改正）
第十四条 所得税法（昭和四十年法律第三十三号）の一部を次のように改正する。
別表第一第一号の表奄美群島振興開発基金の項を削る。
（法人税法の一部改正）
第十五条 法人税法（昭和四十年法律第三十四号）の一部を次のように改正する。
別表第一第一号の表奄美群島振興開発基金の項を削る。
（印紙税法の一部改正）
第十六条 印紙税法（昭和四十二年法律第二十三号）の一部を次のように改正する。
（登録免許税法の一部改正）
第十七条 登録免許税法（昭和四十二年法律第三十五号）の一部を次のように改正する。
（消費税法の一部改正）
第十八条 消費税法（昭和六十三年法律第百八号）の一部を次のように改正する。
別表第三第一号の表奄美群島振興開発基金の項を削る。
（総務省設置法の一部改正）
第十九条 総務省設置法（平成十一年法律第九十一号）の一部を次のように改正する。
附則第二条第二項の表平成十六年三月三十一日の項を削り、同表平成十九年三月三十一日の項の次に次のように加える。
平成二十一年三月三十一日 |
奄美群島（奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第一条に規定する奄美群島をいう。）の振興及び開発に関する総合的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること。 |
（農林水産省設置法の一部改正）
第二十条 農林水産省設置法（平成十一年法律第九十八号）の一部を次のように改正する。
附則第三項の表平成十六年三月三十一日の項を削り、同表平成十九年三月三十一日の項の次に次のように加える。
平成二十一年三月三十一日 |
奄美群島（奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第一条の奄美群島をいう。）の振興及び開発に関する総合的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること。 |
（国土交通省設置法の一部改正）
第二十一条 国土交通省設置法（平成十一年法律第百号）の一部を次のように改正する。
附則第二条第一項の表平成十六年三月三十一日の項を削り、同表平成十九年三月三十一日の項の次に次のように加える。
平成二十一年三月三十一日 |
奄美群島（奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第一条に規定する奄美群島をいう。）の振興及び開発に関する総合的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること。 |
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奄美群島振興開発計画（奄美群島振興開発特別措置法第二条第一項に規定する奄美群島振興開発計画をいう。）に基づく公共事業に関する関係行政機関の経費の配分計画に関すること。 |
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奄美群島振興開発基金の行う業務に関すること。 |
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小笠原諸島（小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）第二条第一項に規定する小笠原諸島をいう。）の総合的な振興及び開発に関すること。 |
附則第四条中「平成十六年三月三十一日」を「平成二十一年三月三十一日」に改める。
第二十二条 国土交通省設置法の一部を次のように改正する。
附則第二条第一項の表平成二十一年三月三十一日の項中「奄美群島振興開発特別措置法第二条第一項」を「奄美群島振興開発特別措置法第三条第一項」に改める。
第二十三条 国土交通省設置法の一部を次のように改正する。
附則第二条第一項の表平成二十一年三月三十一日の項中「奄美群島振興開発基金」を「独立行政法人奄美群島振興開発基金」に改める。