（施行期日）
第一条 この法律は、公布の日から起算して一年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、附則第六条、第七条及び第十二条の規定は、公布の日から施行する。
（指針の公表等）
第二条 国土交通大臣は、日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第一条の趣旨にのっとり実施された日本国有鉄道の改革の経緯を踏まえ、次に掲げる者（次項第一号を除き、以下「新会社」という。）が経営する鉄道事業に係る利用者の利便の確保及び適切な利用条件の維持並びに新会社がその事業を営む地域の経済及び社会の健全な発展の基盤の確保を図るため、新会社がその事業を営むに際し当分の間配慮すべき事項に関する指針（以下「指針」という。）を定め、これを公表するものとする。
一 この法律による改正前の旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律（以下「旧法」という。）により設立された九州旅客鉄道株式会社（以下単に「九州旅客鉄道株式会社」という。）
二 この法律の施行の日（以下「施行日」という。）の前日において九州旅客鉄道株式会社が経営している鉄道事業の全部又は一部を譲受け、合併若しくは分割又は相続により施行日以後経営する者であって、その営む事業の内容、規模、出資者その他の事情を勘案して国土交通大臣が指定するもの
２ 指針は、次に掲げる事項について定めるものとする。
一 会社間（前項各号に掲げる者の間又は当該者とこの法律による改正後の旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第三項の会社若しくは旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成十三年法律第六十一号）附則第二条第一項の新会社との間をいう。以下この号において同じ。）における旅客の運賃及び料金の適切な設定、鉄道施設の円滑な使用その他の鉄道事業に関する会社間における連携及び協力の確保に関する事項
二 日本国有鉄道の改革の実施後の輸送需要の動向その他の新たな事情の変化を踏まえた現に営業している路線の適切な維持及び駅その他の鉄道施設の整備に当たっての利用者の利便の確保に関する事項
三 新会社がその事業を営む地域において当該事業と同種の事業を営む中小企業者の事業活動に対する不当な妨害又はその利益の不当な侵害を回避することによる中小企業者への配慮に関する事項
（指導及び助言）
第三条 国土交通大臣は、指針を踏まえた事業経営を確保するため必要があると認めるときは、新会社に対し、その事業経営について必要な指導及び助言をすることができる。
（勧告及び命令）
第四条 国土交通大臣は、指針に照らし、新会社が正当な理由がなくて当該新会社が経営する鉄道事業に係る利用者の利便の確保若しくは適切な利用条件の維持又は当該新会社がその事業を営む地域の経済及び社会の健全な発展の基盤の確保のために必要な事業経営を行っていないと認めるときは、当該新会社に対し、その事業経営に関し必要な措置をとるべき旨の勧告をすることができる。
２ 国土交通大臣は、前項の勧告を受けた新会社がその勧告に従わなかったときは、その旨を公表することができる。
３ 国土交通大臣は、第一項の勧告を受けた新会社が、前項の規定によりその勧告に従わなかった旨を公表された後において、なお、正当な理由がなくてその勧告に係る措置をとらなかった場合であって、当該新会社が経営する鉄道事業に係る利用者の利便の確保若しくは適切な利用条件の維持又は当該新会社がその事業を営む地域の経済及び社会の健全な発展の基盤の確保が著しく阻害されている事実があると認めるときは、当該新会社に対し、その勧告に係る措置をとるべきことを命ずることができる。
４ 国土交通大臣は、前項の規定による命令をしようとするときは、運輸審議会に諮らなければならない。
（罰則）
第五条 前条第三項の規定による命令に違反した場合には、その違反行為をした新会社の取締役又は執行役は、百万円以下の過料に処する。
（経過措置）
第六条 九州旅客鉄道株式会社は、施行日の前に、施行日から効力を生ずる定款の変更の決議を行うことができる。
２ 前項の決議については、旧法第九条の規定は、適用しない。
第七条 九州旅客鉄道株式会社は、施行日の前日において、国土交通省令で定めるところにより、その事業の運営に必要な費用に充てるため、旧法第十二条第一項に規定する基金の全額を取り崩すものとする。
２ 国土交通大臣は、前項の国土交通省令を定めようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
第八条 施行日の前に九州旅客鉄道株式会社が発行した社債券及び利札並びに当該社債券又は当該利札を失った者に交付するために施行日以後に九州旅客鉄道株式会社が発行する社債券又は利札については、旧法第四条の規定は、施行日以後も、なおその効力を有する。
第九条 九州旅客鉄道株式会社の施行日の属する事業年度の貸借対照表、損益計算書及び事業報告書の国土交通大臣に対する提出については、なお従前の例による。
第十条 施行日の前にした行為及び前条においてなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（新会社に対する厚生年金保険法等の一部を改正する法律の規定の適用）
第十一条 厚生年金保険法等の一部を改正する法律（平成八年法律第八十二号）附則第五十四条第一項及び第三項から第五項までの規定の適用については、新会社を同法第二条の規定による改正前の国家公務員等共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第二条第一項第八号に規定する旅客鉄道会社等とみなす。
（政令への委任）
第十二条 この附則に定めるもののほか、この法律の施行に関して必要な経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
（国会議員の歳費、旅費及び手当等に関する法律等の一部改正）
第十三条 次に掲げる法律の規定中「旅客会社及び」を「旅客会社、」に改め、「新会社」の下に「及び旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）附則第二条第一項に規定する新会社」を加える。
一 国会議員の歳費、旅費及び手当等に関する法律（昭和二十二年法律第八十号）第十条第一項
二 公職選挙法（昭和二十五年法律第百号）第百七十六条
三 戦傷病者特別援護法（昭和三十八年法律第百六十八号）第九条第七号
（自衛隊法の一部改正）
第十四条 自衛隊法（昭和二十九年法律第百六十五号）の一部を次のように改正する。
附則第五項中「新会社」の下に「、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）附則第二条第一項に規定する新会社」を加える。
（旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の一部改正）
第十五条 旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律の一部を次のように改正する。
附則第二条第一項中「者（」の下に「次項第一号を除き、」を加え、同条第二項第一号中「新会社の間又は新会社とこの法律による改正後の」を「前項各号に掲げる者の間又は当該者と」に改め、「の会社」の下に「若しくは旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）附則第二条第一項の新会社」を加える。
（国土交通省設置法の一部改正）
第十六条 国土交通省設置法（平成十一年法律第百号）の一部を次のように改正する。
附則第八条第一項中「（平成十三年法律第六十一号）」の下に「及び旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律の一部を改正する法律（平成二十七年法律第三十六号）」を加える。