第一条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
目次中「第九条の六」を「第九条の七」に、「第十九条」を「第二十条」に、「（第二十条」を「（第二十条の二」に、「第五十三条」を「第五十四条」に、「第五十四条」を「第五十五条」に、「第八十四条の二」を「第八十四条の三」に、「第三節の三 自動車重量税法の特例（第九十条の八・第九十条の九）」を
「
第三節の四 |
自動車重量税法の特例（第九十条の九・第九十条の十） |
に改める。
第一条中「地方道路税、石油税」の下に「、航空機燃料税」を、「石油税法（昭和五十三年法律第二十五号）」の下に「、航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）」を加える。
第二条第三項第六号を同項第七号とし、同項第五号の次に次の一号を加える。
六 航空機燃料 航空機燃料税法第二条第二号に規定する航空機燃料をいう。
第六条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第二章第一節中第九条の六の次に次の一条を加える。
（特定の農業協同組合連合会等の合併の場合のみなし配当に対する源泉徴収の不適用）
第九条の七 内国法人が平成九年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に行われる次に掲げる合併により金銭その他の資産の交付を受けた場合には、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち所得税法第二十五条第一項（同項第四号に係る部分に限る。）の規定により剰余金の分配の額とみなされる金額については、同法第百七十四条、第百七十五条並びに第二百十二条第三項及び第四項の規定は、適用しない。
一 農林中央金庫と信用農業協同組合連合会（農林中央金庫と信用農業協同組合連合会との合併等に関する法律（平成八年法律第百十八号）第二条第一項に規定する信用農業協同組合連合会をいう。次号において同じ。）との合併
二 全国の区域を地区とする農業協同組合連合会とその会員たる農業協同組合連合会（信用農業協同組合連合会を除く。）との合併
第十条第一項中「平成九年」を「平成十一年」に改め、同条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第三項及び第四項中「平成九年まで」を「平成十一年まで」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第六項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「平成九年」」を「平成十一年」」に改める。
第十条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「第五号」を「第六号」に改め、同項第二号を次のように改める。
二 卸売業若しくは小売業を営む個人又は飲食店業（政令で定める事業を除く。）を営む個人 機械及び装置並びに器具及び備品で当該事業の基盤の強化に寄与するものとして政令で定めるもの
第十条の四第一項第六号中「第四号」を「第五号」に改め、同号を同項第七号とし、同項第五号を同項第六号とし、同項第四号中「特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法（平成四年法律第四十四号）第八条第二項」を「特定産業集積の活性化に関する臨時措置法（平成九年法律第二十八号）第二十四条第二項」に、「第七条第一項」を「第二十三条第一項」に、「第八条第一項」を「第二十四条第一項」に、「承認中小企業者」を「承認進出中小企業者」に、「前三号」を「前各号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第三号中「前二号」を「前三号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第二号の次に次の一号を加える。
三 サービス業でその基盤の強化を通じて消費の拡大、雇用機会の確保等国民経済の安定及び発展に資することが必要なものとして政令で定める事業を営む個人（当該事業のうち政令で定める特定の事業以外の事業を営む者にあつては、第十条第三項に規定する中小企業者に該当する個人に限る。） 機械及び装置並びに器具及び備品で当該事業の基盤の強化に寄与するものとして政令で定めるもの
第十条の四第三項中「第一項第五号」を「第一項第六号」に改め、同条第四項中「第一項第五号」を「同項第六号」に改める。
第十条の五第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十条の六第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改め、同条第二項中「に償却限度割合（製品輸入増加割合が百分の十以下である場合にあつては」を「の百分の二十五（製品輸入増加割合が百分の十未満であるときは、」に、「三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）をいい、製品輸入増加割合が百分の十を超える場合にあつては当該製品輸入増加割合に一・二五を乗じて計算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）に百分の十二・五の割合を加算した割合（当該割合が百分の五十を超えるときは、百分の五十とする。）をいう。）を乗じて計算した」を「二位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。））に相当する」に改め、同条第四項中「に税額控除割合（製品輸入増加割合が百分の十以下である場合にあつては」を「の百分の五（製品輸入増加割合が百分の十未満であるときは、」に、「をいい、製品輸入増加割合が百分の十を超える場合にあっては当該製品輸入増加割合に〇・二五を乗じて計算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）に百分の二・五の割合を加算した割合（当該割合が百分の十を超えるときは、百分の十とする。）をいう。）を乗じて計算した」を「）に相当する」に改める。
第十一条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十一条の三の見出し中「事業革新設備」を「事業革新設備等」に改め、同条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第三項中「前二項」を「前三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項中「前項」を「第一項」に改め、「計算する場合」の下に「又は前項の規定の適用を受ける技術革新設備の償却費の額を計算する場合」を、「第十一条の三第一項本文」の下に「又は同条第二項本文」を加え、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２ 青色申告書を提出する個人で特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第七条第一項に規定する承認基盤的技術産業集積活性化計画（以下この項において「承認基盤的技術産業集積活性化計画」という。）に定められた同条第一項に規定する基盤的技術産業集積活性化促進地域（以下この項において「基盤的技術産業集積活性化促進地域」という。）内において当該承認基盤的技術産業集積活性化計画に定められた同法第五条第二項第二号に掲げる中核的業種に属する事業を営む同法第二条第五項に規定する中小企業者に該当するもの（同法第十九条第一項の認定を受けた者に限る。）が、同法の施行の日から平成十一年三月三十一日までの間に、当該基盤的技術産業集積活性化促進地域内において、当該個人が同法第七条第四項の承認（同法第八条第一項の承認を含む。）を受けた同法第七条第一項に規定する高度化等計画（同法第二条第三項第一号から第三号までに掲げる措置に係る同項に規定する特定基盤的技術の高度化等（以下この項において「特定基盤的技術の高度化等」という。）に関するものであつて政令で定める要件を満たすものに限るものとし、当該基盤的技術産業集積活性化促進地域内において事業を営む政令で定める他の事業者と同法第七条第一項の規定により共同して申請されたものに限る。）に定められた機械及び装置で、その製作の後事業の用に供されたことのないもの（政令で定める規模のものに限る。以下この条において「技術革新設備」という。）を取得し、又は技術革新設備を製作して、これを当該個人の営む事業の用（貸付けの用を除く。）に供した場合には、その事業の用に供した日の属する年における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該技術革新設備（前二条又は前項の規定の適用を受けるものを除く。）の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該技術革新設備について同項の規定により計算した償却費の額とその取得価額の百分の十五（当該技術革新設備が特定基盤的技術の高度化等に著しく資するものとして政令で定めるもの（以下この項において「特定技術革新設備」という。）に該当するものである場合は百分の二十とし、当該個人の営む事業が特定事業者の事業革新の円滑化に関する臨時措置法第二条第一項に規定する特定業種に属する事業に該当し、かつ、当該個人に係る当該技術革新設備が特定技術革新設備に該当するものである場合は百分の二十五とする。）に相当する金額との合計額以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該技術革新設備の償却費として所得税法第四十九条第一項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。
第十一条の四第一項中「総合保養地域整備法（昭和六十二年法律第七十一号）第七条第一項に規定する承認基本構想であつて」を削り、「平成九年三月三十一日までの間に同法」を「平成十年三月三十一日までの間に行われた総合保養地域整備法（昭和六十二年法律第七十一号）」に、「承認 （」を「承認（平成十一年三月三十一日までに行われた」に、「を受けたもの」を「に係る同法第五条第一項に規定する基本構想」に、「同法第五条第四項に規定する承認の」を「当該承認の」に、「当該承認基本構想」を「当該基本構想」に改める。
第十一条の五第一項の表の第二号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の十二」を「百分の十一」に改める。
第十一条の六第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十二条第一項中「地区内」を「地区又は地域内」に改め、同項の表中
「
」を
「
」に改め、同表の第四号中「地区」の下に「及びこれに類する地区として政令で定める地区並びに水源地域対策特別措置法（昭和四十八年法律第百十八号）第三条第一項の規定により水源地域として指定された地区のうち政令で定める地区」を加え、同表の第五号中「百分の十五」を「百分の十四」に改め、同表の第六号中「百分の十四」を「百分の十二」に、「百分の八」を「百分の六」に改め、同表に次の一号を加える。
十一 沖縄振興開発特別措置法第二条第二項に規定する離島の地域 |
旅館業のうち政令で定める事業 |
政令で定める建物及びその附属設備 |
百分の八 |
第十二条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の十二」を「百分の十四」に、「百分の十三」を「百分の十五」に改める。
第十二条の三第一項及び第十三条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十三条の二第一項中「百分の二十」を「百分の十八（当該機械設備等が第三号に定める漁船である場合には、百分の十六）」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十三条の三第一項第一号及び第二号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十四条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、「及び次項第五号」を削り、「、前条若しくは第十七条」を「若しくは前条」に、「次項第六号」を「次項第四号」に改め、同条第三項中「第三号及び第四号」を「第二号及び第三号」に改め、同項第二号を削り、同項第三号を同項第二号とし、同項第四号を同項第三号とし、同項第五号を削り、同項第六号を同項第四号とし、同項第七号を同項第五号とする。
第十六条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第十八条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項第五号を次のように改める。
五 特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第七条第一項に規定する高度化等計画（同条第二項第三号に規定する特定基盤的技術の高度化等に関する研究開発について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同法第二条第五項第六号に掲げる者若しくは同法第九条第一項に規定する高度化等円滑化計画（同項に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等又は同法第二十三条第一項に規定する進出計画（同条第二項第三号に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同法第二条第五項第六号に掲げる者若しくは同法第二十五条第一項に規定する進出円滑化計画（同項に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等 同法第十九条第二項（同法第二十七条において準用する場合を含む。）に規定する負担金
第二章第二節第二款の款名を削り、第十九条及び第二十条を次のように改める。
第二十条の二第一項中「平成九年」を「平成十一年」に改め、同項の表の第一号中「百分の二十二・五」を「百分の二十」に改め、同表の第二号中「で当該個人が構成したものとして政令で定めるもの」を「（政令で定める要件を満たすものに限る。）」に改め、同条第五項及び第六項を次のように改める。
５ 第一項の規定は、確定申告書に同項の規定により必要経費に算入される金額についてのその算入に関する記載があり、かつ、当該確定申告書に同項の積み立てた金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
６ 第一項のプログラム等準備金を積み立てている個人の死亡により当該個人の相続人（包括受遺者を含む。以下この節において同じ。）がソフトウエア業又はデータベース業を承継した場合において、当該相続人が、その死亡した日の属する年分の所得税につき、青色申告書を提出することができる者又は青色申告書の承認申請書を提出した者でないときは、その死亡した日におけるプログラム等準備金の金額は、その被相続人（包括遺贈者を含む。）の当該年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
第二十条の二に次の二項を加える。
７ 前項に規定する場合において、同項に規定する相続人が同項に規定する死亡の日の属する年分の所得税につき、青色申告書を提出することができる者又は青色申告書の承認申請書を提出した者であるときは、その死亡した日におけるプログラム等準備金の金額は、当該相続人に係るプログラム等準備金の金額とみなす。
８ 前項の規定の適用を受けた者が同項に規定する個人の死亡した日の属する年分の所得税につき青色申告書の承認申請書を提出した者である場合において、その申請が却下されたときは、その却下の日における同項のプログラム等準備金の金額は、その者の当該却下の日の属する年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
第二十条の三第五項中「第二十条第十一項」を「前条第五項」に改め、同条第六項中「第二十条第十二項から第十四項まで」を「前条第六項から第八項まで」に改める。
第二十条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項の表の第三号中「石炭の採掘の事業」を「石炭等（石炭その他政令で定める鉱物をいう。以下この条において同じ。）の採掘の事業」に、「石炭の採掘を」を「石炭等の採掘を」に、「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の採掘の終了」を「石炭等の採掘の終了」に、「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に改め、同条第二項第三号中「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に、「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の」を「石炭等の」に改め、同条第三項及び第四項中「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に改め、同条第五項第一号中「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の」を「石炭等の」に改め、同条第七項中「第二十条第十一項」を「第二十条の二第五項」に改め、同条第八項中「第二十条第十二項から第十四項まで」を「第二十条の二第六項から第八項まで」に改める。
第二十一条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の三十」を「百分の二十五」に改め、同条第二項第一号中「。第五項」を「。以下この項及び第五項」に改め、「外国法人」の下に「（当該特許権等の提供を行う個人がその発行済株式の総数又は出資金額の百分の二十五以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係として政令で定める関係にある外国法人を除く。同項第一号において同じ。）」を加え、同項第二号中「第五項」を「以下この項及び第五項」に改め、「外国法人」の下に「（当該技術役務の提供を行う個人がその発行済株式の総数又は出資金額の百分の二十五以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係として政令で定める関係にある外国法人を除く。同項第二号において同じ。）」を加える。
第二十二条第六項中「第二十条第十一項」を「第二十条の二第五項」に改め、同条第七項中「第二十条第十二項から第十四項まで」を「第二十条の二第六項から第八項まで」に改める。
第二十八条の五第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十四年三月三十一日」に改める。
第二十九条の二第一項中「第八条第一項」の下に「又は特定通信・放送開発事業実施円滑化法（平成二年法律第三十五号）第八条第一項」を加え、「同項」を「これらの規定」に、「同条第六項」を「特定新規事業実施円滑化臨時措置法第八条第六項又は特定通信・放送開発事業実施円滑化法第八条第六項」に改める。
第三十条の二第一項中「平成九年」を「平成十一年」に、「（同法第十二条第三項において準用する場合又は同法第十八条の三第一項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）又は同法第十八条の二第三項（同法第十八条の三第一項の規定により読み替えて適用される同法第十二条第三項において準用する場合を含む。）の」を「の規定、同法第十八条の二第三項の規定その他の政令で定める」に改め、「同じ。）の規定」の下に「その他政令で定める規定」を加え、同条第五項中「第十六条の規定」の下に「その他政令で定める規定」を加える。
第三十一条の二第二項第八号中「大都市地域における優良宅地開発の促進に関する緊急措置法」の下に「（昭和六十三年法律第四十七号）」を加える。
第三十三条第一項第一号中「道路法」の下に「（昭和二十七年法律第百八十号）」を加える。
第三十四条の二第二項第一号中「第八号」を「第九号」に改め、同項第二号中「建設するため買い取られる場合」の下に「、公営住宅法（昭和二十六年法律第百九十三号）第二条第四号に規定する公営住宅の買取りにより地方公共団体に買い取られる場合」を、「供するために買い取られる場合」の下に「（第三十三条第一項第二号若しくは第三号の五又は第三十三条の二第一項第一号に掲げる場合に該当する場合を除く。）」を加え、同項第二十二号を同項第二十三号とし、同項第八号から第二十一号までを一号ずつ繰り下げ、同項第七号の次に次の一号を加える。
八 地方公共団体又は密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律（平成九年法律第四十九号）第百十六条第一項に規定する防災街区整備推進機構が同法第二条第二号に掲げる防災街区としての整備のために行う公共施設若しくは公用施設の整備、宅地の造成又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業で政令で定めるものの用に供するために、都市計画法第十二条の四第一項第四号に掲げる防災街区整備地区計画の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第三十三条第一項第二号若しくは第三号の五、第三十三条の二第一項第一号若しくは前条第二項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号若しくは第四号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
第三十四条の二第三項中「第十二号まで又は第十五号から第十七号まで」を「第十三号まで又は第十六号から第十八号まで」に改める。
第三十四条の三第二項第一号及び第二号中「前条第二項第二十二号」を「前条第二項第二十三号」に改め、同項第三号中「第二十二号」を「第二十三号」に改める。
第三十六条の六第一項及び第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第三十七条第一項の表以外の部分中「第十八号」を「第十九号」に、「第二十号」を「第二十一号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に、「第二十二号」を「第二十三号」に、「第十九号」を「第二十号」に改め、同項の表中第二十二号を第二十三号とし、第十九号から第二十一号までを一号ずつ繰り下げ、同表の第十八号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同号を同表の第十九号とし、同表の第十七号の次に次の一号を加える。
十八 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三十六条第一項の規定による公告があつた同項の防災街区整備権利移転等促進計画（以下この号において「防災街区整備権利移転等促進計画」という。）の定めるところにより譲渡をされる土地等 |
同法第三十四条第一項に規定する防災再開発促進地区の区域（上欄に掲げる土地等の区域を含むものに限る。）内において定められた同項に規定する防災街区整備地区計画の区域内にある土地等で、防災街区整備権利移転等促進計画の定めるところにより取得をされるもの |
第三十七条第三項及び第四項中「第十八号」を「第十九号」に、「第二十号」を「第二十一号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第三十七条の三第二項第一号中「第十九号若しくは第二十号」を「第二十号若しくは第二十一号」に改める。
第三十七条の四中「第十八号」を「第十九号」に、「第二十号」を「第二十一号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第三十七条の五第二項の表中「第十八号」を「第十九号」に、「第二十号」を「第二十一号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第三十七条の十第三項第四号及び第六号中「第三十七条の十三」を「第三十七条の十四」に改める。
第三十七条の十五を第三十七条の十六とし、第三十七条の十四を第三十七条の十五とする。
第三十七条の十三第三項中「前条」を「第三十七条の十二」に改め、同条を第三十七条の十四とし、第三十七条の十二の次に次の一条を加える。
（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）
第三十七条の十三 中小企業の創造的事業活動の促進に関する臨時措置法第七条の二に規定する特定中小企業者に該当する株式会社（以下この項において「特定中小会社」という。）の設立の際に発行された株式又はその設立の日後に発行された当該特定中小会社の株式（以下この条において「特定株式」という。）を払込みにより取得（第二十九条の二第一項本文の規定の適用を受けるものを除く。以下この条において同じ。）をした居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（当該取得をした日においてその者を判定の基礎となる株主として選定した場合に当該特定中小会社が法人税法第二条第十号に規定する会社に該当することとなるときにおける当該株主その他の政令で定める者であつたものを除く。以下この条において同じ。）について、当該特定中小会社の設立の日から当該特定中小会社（当該特定中小会社であつた株式会社を含む。）が発行した株式に係る第三十七条の十第二項に規定する上場等の日の前日までの期間（第五項において「適用期間」という。）内に、その有する当該払込みにより取得をした特定株式が株式としての価値を失つたことによる損失が生じた場合として次に掲げる事実が発生したときは、当該事実が発生したことは当該特定株式の譲渡をしたことと、当該損失の金額として政令で定める金額は当該特定株式の譲渡をしたことにより生じた損失の金額とそれぞれみなして、この条及び第三十七条の十の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。
一 当該払込みにより取得をした特定株式を発行した株式会社が解散（合併による解散を除く。）をし、その清算が結了したこと。
二 前号に掲げる事実に類する事実として政令で定めるもの
２ 前項の規定は、政令で定めるところにより、同項に規定する事実が発生した日の属する年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項に規定する損失の金額として政令で定める金額の計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
３ 税務署長は、前項の確定申告書の提出がなかつた場合又は同項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の大蔵省令で定める書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。
４ 確定申告書（第八項において準用する所得税法第百二十三条第一項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この項及び第六項において同じ。）を提出する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の前年以前三年内の各年において生じた特定株式に係る譲渡損失の金額（この項の規定の適用を受けて前年以前において控除されたものを除く。）を有する場合には、第三十七条の十第一項後段の規定にかかわらず、当該特定株式に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。
５ 前項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額とは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、適用期間内に、その払込みにより取得をした特定株式の譲渡（当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者の親族その他の特別の関係がある者に対してする譲渡その他の政令で定めるものを除く。）をしたことにより生じた損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額のうち、その者の当該譲渡をした日の属する年分の第三十七条の十第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除してもなお控除しきれない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。
６ 第四項の規定は、同項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が前項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき当該特定株式に係る譲渡損失の金額の計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合であつて、第四項の確定申告書に同項の規定による控除を受ける金額の計算に関する明細書その他の大蔵省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
７ 第四項の規定の適用がある場合における第三十七条の十（同条第六項を除く。）の規定の適用については、同条第一項中「計算した金額（」とあるのは、「計算した金額（第三十七条の十三第四項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」とする。
８ 所得税法第百二十三条第一項（同項第二号を除く。）（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の翌年以後において第四項の規定の適用を受けようとする場合であつて、その年の年分の所得税につき同法第百二十条第一項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出すべき場合及び同法第百二十二条第一項又は第百二十三条第一項（これらの規定を同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出することができる場合のいずれにも該当しない場合について準用する。この場合において、同法第百二十三条第一項中「第七十条第一項若しくは第二項（純損失の繰越控除）若しくは第七十一条第一項（雑損失の繰越控除）の規定の適用を受け、又は第百四十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定による還付を受けようとするときは、第三期において」とあるのは「租税特別措置法第三十七条の十三第四項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）の規定の適用を受けようとするときは」と、「次項各号に掲げる」とあるのは「その年において生じた同条第五項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額（以下この項において「特定株式に係る譲渡損失の金額」という。）、その年の前年以前三年内の各年において生じた特定株式に係る譲渡損失の金額その他の政令で定める」と、同項第一号中「純損失の金額」とあるのは「特定株式に係る譲渡損失の金額」と、同項第三号中「純損失の金額及び雑損失の金額（第七十条第一項若しくは第二項又は第七十一条第一項」とあるのは「特定株式に係る譲渡損失の金額（租税特別措置法第三十七条の十三第四項」と、「及び第百四十二条第二項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。次項第二号において同じ」とあるのは「を除く」と、「これらの金額」とあるのは「当該特定株式に係る譲渡損失の金額」と、「総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額をこえる」とあるのは「同法第三十七条の十第一項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を超える」と読み替えるものとする。
９ 第四項の規定の適用がある場合における国税通則法の規定の適用については、同法第二条第六号ハ中「又は法人税法」とあるのは「若しくは法人税法」と、「若しくは雑損失の金額又は欠損金額」とあるのは「、雑損失の金額若しくは欠損金額又は租税特別措置法第三十七条の十三第五項（特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失の繰越控除等）に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額」とする。
10 払込みにより取得をした特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につき第一項に規定する事実が発生した場合における同項の規定の特例、当該特定株式及び当該特定株式と同一銘柄の他の株式を有する者につきこれらの株式の譲渡をしたことによる損失の金額が生じた場合における第五項に規定する特定株式に係る譲渡損失の金額の計算の特例その他第一項及び第四項から前項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第四十条の二中「平成九年十二月三十一日」を「平成十四年十二月三十一日」に改める。
第四十条の四第三項第二号中「海域」を「水域」に改める。
第四十一条第一項中「第七項」を「第六項」に、「この項及び第三項」を「この項及び次項」に、「昭和六十一年一月一日から平成八年十二月三十一日まで」を「平成九年一月一日から平成十三年十二月三十一日まで」に、「第五項まで」を「次項及び第四項」に、「次項及び第三項」を「次項」に改め、「年に限る」の下に「。次項において「適用年」という」を加え、同条第二項各号を次のように改める。
一 適用年が平成九年又は平成十年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が千万円以下である場合 当該合計額の二パーセントに相当する金額
ロ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超え二千万円以下である場合 当該千万円を超える金額の一パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
ハ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に三十万円を加えた金額
二 適用年が平成十一年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ 平成十一年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が千万円以下である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
（1） 当該住宅借入金等の金額がすべてその居住の用に供した日の属する年が平成九年又は平成十年である住宅の取得等に係るもの（以下この号において「平成九年又は平成十年居住分に係る住宅借入金等の金額」という。）である場合 当該住宅借入金等の金額の合計額の二パーセントに相当する金額
（2） 当該住宅借入金等の金額がすべてその居住の用に供した日の属する年が平成十一年である住宅の取得等に係るもの（以下この号及び次号において「平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額」という。）である場合 当該住宅借入金等の金額の合計額の一・五パーセントに相当する金額
（3） 当該住宅借入金等の金額の合計額が平成九年又は平成十年居住分に係る住宅借入金等の金額及び平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額から成る場合 当該平成九年又は平成十年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額の二パーセントに相当する金額と当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額の一・五パーセントに相当する金額との合計額
ロ 平成十一年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超え二千万円以下である場合 当該千万円を超える金額の一パーセントに相当する金額に、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額を加えた金額
（1） イ（1）に掲げる場合に該当する場合又はイ（3）に掲げる場合に該当する場合であつて平成九年又は平成十年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額が千万円以上である場合 二十万円
（2） イ（2）に掲げる場合に該当する場合 十五万円
（3） イ（3）に掲げる場合に該当する場合であつて平成九年又は平成十年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額が千万円未満である場合 当該千万円未満である金額の二パーセントに相当する金額と千万円から当該千万円未満である金額を控除した残額の一・五パーセントに相当する金額との合計額
ハ 平成十一年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額を加えた金額
（1） ロ（1）に掲げる場合に該当する場合 三十万円
（2） ロ（2）に掲げる場合に該当する場合 二十五万円
（3） ロ（3）に掲げる場合に該当する場合 ロ（3）に定める金額に十万円を加えた金額
三 適用年が平成十二年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ 平成十二年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円以下である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
（1） 当該住宅借入金等の金額の合計額のうちに平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額がある場合 当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額（当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超える場合には、千万円）の一・五パーセントに相当する金額と当該住宅借入金等の金額の合計額から当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額（当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額が千万円を超える場合には、千万円）を控除した残額の一パーセントに相当する金額との合計額
（2） 当該住宅借入金等の金額の合計額のうちに平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額がない場合 当該合計額の一パーセントに相当する金額
ロ 平成十二年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額を加えた金額
（1） イ（1）に掲げる場合に該当する場合 平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が千万円を超える場合には、千万円）の一・五パーセントに相当する金額と二千万円から当該平成十一年居住分に係る住宅借入金等の金額の合計額（当該合計額が千万円を超える場合には、千万円）を控除した残額の一パーセントに相当する金額との合計額
（2） イ（2）に掲げる場合に該当する場合 二十万円
四 適用年が平成十三年から平成十八年までの各年である場合 次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に定める金額
イ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円以下である場合 当該合計額の一パーセントに相当する金額
ロ その年十二月三十一日における住宅借入金等の金額の合計額が二千万円を超える場合 当該二千万円を超える金額（当該金額が千万円を超える場合には、千万円）の〇・五パーセントに相当する金額に二十万円を加えた金額
第四十一条中第三項を削り、第四項を第三項とし、第五項から第十一項までを一項ずつ繰り上げ、同条第十二項中「第四項」を「第三項」に改め、同項を同条第十一項とする。
第四十一条の三第一項中「第四十一条第七項」を「第四十一条第六項」に改める。
第四十一条の十三中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第四十二条の四第一項から第四項まで、第六項及び第七項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十二条の七第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、「の法人（」の下に「第三号及び」を、「第二号」の下に「又は第三号」を加え、「が第五号」を「が第六号」に改め、同項第一号中「第五号」を「第六号」に改め、同項第二号を次のように改める。
二 卸売業若しくは小売業を営む法人又は飲食店業（政令で定める事業を除く。）を営む法人 機械及び装置並びに器具及び備品で当該事業の基盤の強化に寄与するものとして法人の規模に応じて政令で定めるもの
第四十二条の七第一項第六号中「第四号」を「第五号」に改め、同号を同項第七号とし、同項第五号を同項第六号とし、同項第四号中「特定中小企業集積の活性化に関する臨時措置法第八条第二項」を「特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第二十四条第二項」に、「第七条第一項」を「第二十三条第一項」に、「第八条第一項」を「第二十四条第一項」に、「承認中小企業者」を「承認進出中小企業者」に、「前三号」を「前各号」に改め、同号を同項第五号とし、同項第三号中「前二号」を「前三号」に改め、同号を同項第四号とし、同項第二号の次に次の一号を加える。
三 サービス業でその基盤の強化を通じて消費の拡大、雇用機会の確保等国民経済の安定及び発展に資することが必要なものとして政令で定める事業を営む第四十二条の四第三項に規定する中小企業者に該当する法人（当該事業のうち政令で定める特定の事業を営む大規模法人を含む。） 機械及び装置並びに器具及び備品で当該事業の基盤の強化に寄与するものとして政令で定めるもの
第四十二条の七第二項中「前項第五号」を「前項第六号」に改め、同条第三項中「第一項第二号」の下に「又は第三号」を加え、「同項第五号」を「同項第六号」に改める。
第四十二条の八第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十二条の九第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に、「に償却限度割合（製品輸入増加割合が百分の十以下である場合にあつては」を「の百分の二十五（製品輸入増加割合が百分の十未満であるときは、」に、「三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）をいい、製品輸入増加割合が百分の十を超える場合にあつては当該製品輸入増加割合に一・二五を乗じて計算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）に百分の十二・五の割合を加算した割合（当該割合が百分の五十を超えるときは、百分の五十とする。）をいう。）を乗じて計算した」を「二位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。））に相当する」に改め、同条第二項中「に税額控除割合（製品輸入増加割合が百分の十以下である場合にあつては」を「の百分の五（製品輸入増加割合が百分の十未満であるときは、」に、「をいい、製品輸入増加割合が百分の十を超える場合にあつては当該製品輸入増加割合に〇・二五を乗じて計算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）に百分の二・五の割合を加算した割合（当該割合が百分の十を超えるときは、百分の十とする。）をいう。）を乗じて計算した」を「）に相当する」に改める。
第四十三条の三第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の二十八」を「百分の二十六」に改める。
第四十三条の四第一項及び第二項並びに第四十四条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十四条の三第一項中「平成十年三月三十一日」を「平成九年三月三十一日」に、「九年以内の期間」を「十二年以内の期間（当該期間の末日が平成十六年三月三十一日後である場合には、当該承認の日から同年三月三十一日までの期間）」に改め、同項に次の三号を加える。
五 適用期間の開始の日から十年以内に取得等をした特定事業用資産（前各号に掲げる特定事業用資産に該当するものを除く。） 百分の十四（建物及びその附属設備については、百分の七）
六 適用期間の開始の日から十一年以内に取得等をした特定事業用資産（前各号に掲げる特定事業用資産に該当するものを除く。） 百分の十二（建物及びその附属設備については、百分の六）
七 適用期間の開始の日から十二年以内に取得等をした特定事業用資産（前各号に掲げる特定事業用資産に該当するものを除く。） 百分の八（建物及びその附属設備については、百分の四）
第四十四条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第三項中「前二項」を「前三項」に改め、同項を同条第四項とし、同条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「前項」を「前二項」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。
２ 青色申告書を提出する法人で特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第七条第一項に規定する承認基盤的技術産業集積活性化計画（以下この項において「承認基盤的技術産業集積活性化計画」という。）に定められた同条第一項に規定する基盤的技術産業集積活性化促進地域（以下この項において「基盤的技術産業集積活性化促進地域」という。）内において当該承認基盤的技術産業集積活性化計画に定められた同法第五条第二項第二号に掲げる中核的業種に属する事業を営む特定中小企業者等（同法第二条第五項に規定する中小企業者に該当する法人又は資本若しくは出資の金額が十億円以下の法人で、同法第十九条第一項の認定を受けたものをいう。以下この項において同じ。）が、同法の施行の日から平成十一年三月三十一日までの間に、当該基盤的技術産業集積活性化促進地域内において、当該特定中小企業者等が同法第七条第四項の承認（同法第八条第一項の承認を含む。）を受けた同法第七条第一項に規定する高度化等計画（同法第二条第三項第一号から第三号までに掲げる措置に係る同項に規定する特定基盤的技術の高度化等（以下この項において「特定基盤的技術の高度化等」という。）に関するものであつて政令で定める要件を満たすものに限るものとし、同条第五項第六号に掲げる者以外の法人により申請されたものにあつては当該基盤的技術産業集積活性化促進地域内において事業を営む政令で定める他の事業者と同法第七条第一項の規定により共同して申請されたものに限る。）に定められた機械及び装置で、その製作の後事業の用に供されたことのないもの（特定中小企業者等の規模に応じて政令で定める規模のものに限る。以下この項において「技術革新設備」という。）を取得し、又は技術革新設備を製作して、これを当該特定中小企業者等の営む事業の用（貸付けの用を除く。）に供した場合には、その事業の用に供した日を含む事業年度の当該技術革新設備（第四十三条から前条まで若しくは前項又はこれらの規定に係る第五十二条の三第一項の規定の適用を受けるものを除く。）の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項の規定にかかわらず、当該技術革新設備の普通償却限度額と特別償却限度額（当該技術革新設備の取得価額の百分の十五（当該技術革新設備が特定基盤的技術の高度化等に著しく資するものとして政令で定めるもの（以下この項において「特定技術革新設備」という。）に該当するものである場合は百分の二十とし、当該特定中小企業者等の営む事業が特定事業者の事業革新の円滑化に関する臨時措置法第二条第一項に規定する特定業種に属する事業に該当し、かつ、当該特定中小企業者等に係る当該技術革新設備が特定技術革新設備に該当するものである場合は百分の二十五とする。）に相当する金額をいう。）との合計額とする。
第四十四条の五第一項中「総合保養地域整備法第七条第一項に規定する承認基本構想であつて平成九年三月三十一日までに同法」を「平成十年三月三十一日までに行われた総合保養地域整備法」に、「承認（」を「承認（平成十一年三月三十一日までに行われた」に、「を受けたもの」を「に係る同法第五条第一項に規定する基本構想」に、「同法第五条第四項に規定する承認の」を「当該承認の」に、「当該承認基本構想」を「当該基本構想」に改める。
第四十四条の六第一項の表の第三号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の十二」を「百分の十一」に改め、同表の第四号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十四条の七第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十五条第一項中「地区内」を「地区又は地域内」に改め、同項の表中
「
」を
「
」に改め、同表の第四号中「地区」の下に「及びこれに類する地区として政令で定める地区並びに水源地域対策特別措置法第三条第一項の規定により水源地域として指定された地区のうち政令で定める地区」を加え、同表の第五号中「百分の十五」を「百分の十四」に改め、同表の第六号中「百分の十四」を「百分の十二」に、「百分の八」を「百分の六」に改め、同表に次の一号を加える。
十一 沖縄振興開発特別措置法第二条第二項に規定する離島の地域 |
旅館業のうち政令で定める事業 |
政令で定める建物及びその附属設備 |
百分の八 |
第四十五条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項の表の第一号中「百分の十二」を「百分の十四」に、「百分の十三」を「百分の十五」に改め、同表の第二号中「百分の十六」を「百分の十二」に改め、同条第三項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十六条第一項中「百分の二十」を「百分の十八（当該資産が第三号に定める漁船である場合には、百分の十六）」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十六条の二第一項及び第四十六条の三第一項第一号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第四十七条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「若しくはこれら」を「又はこれら」に改め、「又は第五十二条の四」を削り、「次項第六号」を「次項第四号」に改め、同条第三項中「第三号及び第四号」を「第二号及び第三号」に改め、同項第二号を削り、同項第三号を同項第二号とし、同項第四号を同項第三号とし、同項第五号を削り、同項第六号を同項第四号とし、同項第七号を同項第五号とする。
第四十九条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第五十条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「（同法第十二条第三項において準用する場合又は同法第十八条の三第一項の規定により読み替えて適用される場合を含む。）又は同法第十八条の二第三項（同法第十八条の三第一項の規定により読み替えて適用される同法第十二条第三項において準用する場合を含む。）の」を「の規定、同法第十八条の二第三項の規定その他の政令で定める」に改め、「される場合を含む。）の規定」の下に「その他政令で定める規定」を加え、「百分の二十五」を「百分の三十」に改める。
第五十二条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項第五号を次のように改める。
五 特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第七条第一項に規定する高度化等計画（同条第二項第三号に規定する特定基盤的技術の高度化等に関する研究開発について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同法第二条第五項第六号に掲げる者若しくは同法第九条第一項に規定する高度化等円滑化計画（同項に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等又は同法第二十三条第一項に規定する進出計画（同条第二項第三号に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同法第二条第五項第六号に掲げる者若しくは同法第二十五条第一項に規定する進出円滑化計画（同項に規定する新商品又は新技術の研究開発に関する事業について計画が定められているものに限る。）に係る同条第四項の承認を受けた同条第一項に規定する商工組合等 同法第十九条第二項（同法第二十七条において準用する場合を含む。）に規定する負担金
第三章第二節の節名を削り、第五十三条及び第五十四条を次のように改める。
第五十五条第九項を次のように改める。
９ 第一項の海外投資等損失準備金を積み立てている法人が合併により消滅した場合には、その合併の日における当該法人の海外投資等損失準備金の金額でその合併に係る合併法人に引き継がれたものは、その合併法人がその合併の日において有する海外投資等損失準備金の金額とみなす。
第五十五条第十項を同条第十二項とし、同条第九項の次に次の二項を加える。
10 前項の場合において、同項の合併法人がその合併の日を含む事業年度（当該合併法人が合併により設立された法人である場合には、設立後最初の事業年度）の確定申告書等を青色申告書により提出することができる者でないときは、当該事業年度終了の日における海外投資等損失準備金の金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
11 第九項に規定する合併法人のその合併の日を含む事業年度に係る第三項の規定の適用については、同項に規定する前事業年度から繰り越された海外投資等損失準備金の金額は、第九項の規定により当該合併法人が有するものとみなされた海外投資等損失準備金の金額を含むものとする。この場合において、当該合併法人が合併後存続する法人であるときは、その有するものとみなされた海外投資等損失準備金の金額については、第三項中「当該各事業年度の月数」とあるのは、「当該合併の日から同日を含む事業年度終了の日までの期間の月数」とする。
第五十五条の三第一項中「十年」を「十四年」に、「百分の十五」を「百分の四十」に改め、同条第四項中「第五十四条第十二項から第十四項まで」を「第五十五条第九項から第十一項まで」に、「同条第十四項中「第六項」を「同条第十一項中「第三項」に、「第五十五条第三項」を「第三項」に改める。
第五十五条の四第一項中「第七項」を「第八項」に改め、同条第二項第五号中「第六項」を「第七項」に改め、同条第三項中「第六項」を「第七項」に、「及び次項」を「、次項及び第六項」に改め、同条第七項を同条第八項とし、同条第六項を同条第七項とし、同条第五項中「第五十四条第十一項の規定は、第一項の規定を適用する場合について、同条第十二項から第十四項まで」を「第五十五条第九項から第十一項まで」に改め、「、それぞれ」を削り、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「同条第十四項中「第六項」を「同条第十一項中「第三項」に、「第五十五条の四第六項」を「第五十五条の四第七項」に、「次条第三項」を「第三項」に改め、同項を同条第六項とし、同条第四項の次に次の一項を加える。
５ 第一項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に創業中小企業投資損失準備金として積み立てた金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその積み立てた金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
第五十五条の五第五項中「第五十四条第十一項」を「前条第五項」に改め、同条第六項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項及び第十項」に改める。
第五十五条の六第一項中「海域」を「水域」に改め、同条第六項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第七項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に改め、同項に後段として次のように加える。
この場合において、同条第十一項前段中「第三項」とあるのは、「第五十五条の六第一項」と読み替えるものとする。
第五十五条の七第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項の表の第三号中「石炭の採掘の事業」を「石炭等（石炭その他政令で定める鉱物をいう。以下この条において同じ。）の採掘の事業」に、「石炭の採掘を」を「石炭等の採掘を」に、「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の採掘の終了」を「石炭等の採掘の終了」に、「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に改め、同条第二項第三号中「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に、「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の」を「石炭等の」に改め、同条第三項及び第四項中「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「露天石炭採掘災害防止費用」を「露天石炭等採掘災害防止費用」に改め、同条第五項第一号中「露天石炭採掘場」を「露天石炭等採掘場」に、「石炭の」を「石炭等の」に改め、同条第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に改め、同項に後段として次のように加える。
この場合において、同条第十一項前段中「第三項」とあるのは、「第五十五条の七第二項」と読み替えるものとする。
第五十六条第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め同条第八項中「第五十四条第十二項から第十四項まで」を「第五十五条第九項から第十一項まで」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「同条第十四項中「第六項」を「同条第十一項中」「第三項の」とあるのは「第五十六条第一項及び第三項の」と、「第三項中」に、「第五十六条第三項」を「第五十六条第三項中」に改める。
第五十六条の二第八項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第九項中「第五十四条第十二項から第十四項まで」を「第五十五条第九項から第十一項まで」に、「同条第十四項中「第六項」を「同条第十一項中「第三項の」とあるのは「第五十六条の二第一項及び第四項の」と、「第三項中」に、「第五十六条の二第四項」を「第五十六条の二第四項中」に改める。
第五十六条の三第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「十九万円」を「十五万円」に改め、同条第四項中「四年」を「二年」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第五十六条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第八項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第九項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第五十七条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項の表の第一号中「百分の二十二・五」を「百分の二十」に改め、同表の第二号中「データベースで当該法人が構成したものとして政令で定めるものの譲渡、提供又は利用の許諾に係る当該事業年度の」を「当該事業年度におけるデータベース（政令で定める要件を満たすものに限る。）の譲渡、提供又は利用の許諾に係る」に改め、同表の第三号中「百分の五」を「百分の四」に改め、同条第六項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第七項中「第五十四条第十二項から第十四項まで」を「第五十五条第九項から第十一項まで」に、「同条第十四項中「第六項」を「同条第十一項中「第三項」に改める。
第五十七条の二第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第五十七条の三第一項第二号中「百分の七十」を「百分の六十」に改め、同条第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「あるのは、」を「あるのは」に改め、「営む者でないとき」と」の下に「、同条第十一項前段中「第三項」とあるのは「第五十七条の三第一項及び第三項」と」を加える。
第五十七条の四第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に改め、同項に後段として次のように加える。
この場合において、同条第十一項前段中「第三項」とあるのは、「第五十七条の四第四項」と読み替えるものとする。
第五十七条の五第十項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第十一項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第五十七条の六第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項及び第十項」に、「同条第十四項前段の」を「同条第十一項前段の」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第五十七条の七第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項及び第十三項」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「あるのは、」を「あるのは」に改め、「営む者でないとき」と」の下に「、同条第十一項前段中「第三項」とあるのは「第五十七条の七第三項」と」を加え、同条第九項中「第五十四条第十二項」を「第五十五条第九項」に改める。
第五十八条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「百分の三十」を「百分の二十五」に改め、同条第二項第一号中「。第五項」を「。以下この項及び第五項」に、「又は外国法人（次号及び第五項において「非居住者等」という」を「（次号及び第五項において「非居住者」という。）又は外国法人（当該特許権等の提供を行う法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式の総数又は出資金額の百分の二十五以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係として政令で定める関係にある外国法人を除く。第五項第一号において同じ」に改め、同項第二号中「第五項」を「以下この項及び第五項」に、「非居住者等」を「非居住者又は外国法人（当該技術役務の提供を行う法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式の総数又は出資金額の百分の二十五以上の株式の数又は出資の金額を直接又は間接に保有する関係として政令で定める関係にある外国法人を除く。同項第二号において同じ。）」に改め、同条第五項中「非居住者等」を「非居住者又は外国法人」に改める。
第五十八条の二第七項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第八項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第六十一条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、「各事業年度」の下に「（当該法人の設立の日（合併により設立された法人にあつては、各被合併法人の設立の日のうち最も早い日）以後五年を経過する日を含む事業年度後の各事業年度については、当該各事業年度終了の日における出資総額が一億円以下である場合における当該各事業年度に限る。）」を加える。
第六十一条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条第五項中「第五十四条第十一項」を「第五十五条の四第五項」に改め、同条第六項中「第五十四条第十二項、第十三項及び第十四項前段」を「第五十五条第九項、第十項及び第十一項前段」に、「同条第十三項」を「同条第十項」に、「同条第十四項前段中「第六項」を「同条第十一項前段中「第三項」に改める。
第六十一条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第六十三条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十四年三月三十一日」に改める。
第六十五条の四第一項第一号中「第八号」を「第九号」に改め、同項第二号中「建設するため買い取られる場合」の下に「、公営住宅法第二条第四号に規定する公営住宅の買取りにより地方公共団体に買い取られる場合」を、「供するために買い取られる場合」の下に「（第六十四条第一項第二号若しくは第三号の五又は第六十五条第一項第一号に掲げる場合に該当する場合を除く。）」を加え、同項第二十二号を同項第二十三号とし、同項第八号から第二十一号までを一号ずつ繰り下げ、同項第七号の次に次の一号を加える。
八 地方公共団体又は密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第百十六条第一項に規定する防災街区整備推進機構が同法第二条第二号に掲げる防災街区としての整備のために行う公共施設若しくは公用施設の整備、宅地の造成又は建築物及び建築敷地の整備に関する事業で政令で定めるものの用に供するために、都市計画法第十二条の四第一項第四号に掲げる防災街区整備地区計画の区域内にある土地等が、これらの者に買い取られる場合（第六十四条第一項第二号若しくは第三号の五、第六十五条第一項第一号若しくは前条第一項第一号に掲げる場合又は第一号、第二号若しくは第四号に掲げる場合に該当する場合を除く。）
第六十五条の四第二項中「第十二号まで又は第十五号から第十七号まで」を「第十三号まで又は第十六号から第十八号まで」に改める。
第六十五条の五第一項第一号及び第二号中「前条第一項第二十二号」を「前条第一項第二十三号」に改め、同項第三号中「第二十二号」を「第二十三号」に改める。
第六十五条の七第一項の表以外の部分中「第十九号」を「第二十号」に、「第二十一号の」を「第二十二号の」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に、「第二十三号」を「第二十四号」に、「第二十号」を「第二十一号」に改め、同項の表中第二十三号を第二十四号とし、第二十号から第二十二号までを一号ずつ繰り下げ、同表の第十九号中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同号を同表の第二十号とし、同表の第十八号の次に次の一号を加える。
十九 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第三十六条第一項の規定による公告があつた同項の防災街区整備権利移転等促進計画（以下この号において「防災街区整備権利移転等促進計画」という。）の定めるところにより譲渡をされる土地等 |
同法第三十四条第一項に規定する防災再開発促進地区の区域（上欄に掲げる土地等の区域を含むものに限る。）内において定められた同項に規定する防災街区整備地区計画の区域内にある土地等で、防災街区整備権利移転等促進計画の定めるところにより取得をされるもの |
第六十五条の七第十項第二号中「第十九号から第二十一号まで」を「第二十号から第二十二号まで」に改める。
第六十五条の八第一項中「第十九号」を「第二十号」に、「第二十一号」を「第二十二号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に、「第二十号」を「第二十一号」に改める。
第六十五条の九中「第十九号」を「第二十号」に、「第二十一号」を「第二十二号」に、「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第六十六条の六第三項第二号中「海域」を「水域」に改める。
第六十六条の十第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項第五号を次のように改める。
五 特定産業集積の活性化に関する臨時措置法第二条第五項第六号に掲げる者又は同法第九条第一項に規定する商工組合等若しくは同法第二十五条第一項に規定する商工組合等 同法第七条第四項の承認に係る同条第一項に規定する高度化等計画において定められている同条第二項第三号に規定する特定基盤的技術の高度化等に関する研究開発の措置として行う試験研究の用に直接供する固定資産若しくは同法第九条第四項の承認に係る同条第一項に規定する高度化等円滑化計画において定められている同項に規定する新商品若しくは新技術の研究開発に関する事業として行う試験研究の用に直接供する固定資産又は同法第二十三条第四項の承認に係る同条第一項に規定する進出計画において定められている同条第二項第三号に規定する新商品若しくは新技術の研究開発に関する事業として行う試験研究の用に直接供する固定資産若しくは同法第二十五条第四項の承認に係る同条第一項に規定する進出円滑化計画において定められている同項に規定する新商品若しくは新技術の研究開発に関する事業として行う試験研究の用に直接供する固定資産
第六十六条の十二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第六十六条の十三第二項第二号中「（平成二年法律第三十五号）」を削り、同条第三項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第六十七条の六の見出しを「（特定株式投資信託の収益の分配に係る受取配当等の益金不算入等の特例）」に改め、同条中「第三条の二に規定する特定株式投資信託」の下に「（次項において「特定株式投資信託」という。）」を、「第二十三条」の下に「及び第九十三条」を加え、「同条第一項第一号」を「同法第二十三条第一項第一号」に、「とする」を「と、同法第九十三条第二項第二号中「益金不算入）」とあるのは「益金不算入）（租税特別措置法第六十七条の六第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この号において同じ。）」と、「同条第二項」とあるのは「第二十三条第二項」とする」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 特定株式投資信託の収益の分配を受ける外国法人に係る法人税法第百四十二条の規定の適用については、同条中「の規定」とあるのは、「及び租税特別措置法第六十七条の六第一項（特定株式投資信託の収益の分配に係る受取配当等の益金不算入等の特例）の規定」とする。
第六十七条の七第二項中「第六十七条の七第一項」を「第六十七条の八第一項」に改め、同条を第六十七条の八とし、同条の次に次の一条を加える。
（金融機関等の特定取引に係る課税の特例）
第六十七条の九 次の表の各号の第一欄に掲げる法人が、当該各号に規定する認可を受けた日以後に開始する各事業年度（その終了の時において当該認可が有効である事業年度に限る。次項において「特例適用年度」という。）において、当該各号の第二欄に掲げる特別の勘定に属するものとして経理された当該各号の第三欄に掲げる資産（法人税法第二条第二十一号に規定する棚卸資産（第三項において「棚卸資産」という。）又は同条第二十二号に規定する有価証券（第三項において「有価証券」という。）に該当するものに限る。）につき同法第二十二条第三項の規定により当該各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入する金額を算定する場合におけるその算定の基礎となる当該事業年度終了の時において有する当該資産の価額は、同法第二十九条第一項及び第三十条第一項の規定にかかわらず、当該各号の第四欄に掲げる価額とする。
法人 |
特別の勘定 |
資産 |
価額 |
一 銀行法（昭和五十六年法律第五十九号）第十七条の二第一項（長期信用銀行法（昭和二十七年法律第百八十七号）第十七条及び外国為替銀行法（昭和二十九年法律第六十七号）第十一条において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）の認可を受けた銀行 |
同項に規定する特定取引勘定 |
銀行法第十七条の二第二項（長期信用銀行法第十七条及び外国為替銀行法第十一条において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）に規定する有価証券その他大蔵省令で定める財産 |
同項に規定する時価 |
二 信用金庫法（昭和二十六年法律第二百三十八号）第五十五条の三第一項の認可を受けた信用金庫連合会 |
同項に規定する特定取引勘定 |
同条第二項に規定する有価証券その他大蔵省令で定める財産 |
同項に規定する時価 |
三 農林中央金庫法（大正十二年法律第四十二号）第二十三条第一項の認可を受けた農林中央金庫 |
同項に規定する特定取引勘定 |
同条第二項に規定する有価証券その他命令をもつて定める財産 |
同項に規定する時価 |
四 商工組合中央金庫法（昭和十一年法律第十四号）第三十九条ノ二第一項の認可を受けた商工組合中央金庫 |
同項に規定する特定取引勘定 |
同条第二項に規定する有価証券その他命令をもつて定める財産 |
同項に規定する時価 |
五 証券取引法第五十六条の二第一項の認可を受けた同法第二条第九項に規定する証券会社 |
同法第五十六条の二第一項に規定する特定取引勘定 |
同条第二項に規定する有価証券その他大蔵省令で定める財産 |
同項に規定する時価 |
２ 次の表の各号の上欄に掲げる法人が、特例適用年度終了の時において当該各号の中欄に掲げる取引で決済されていないものを有する場合には、当該取引がその時において決済されたものとみなされたときに算定される当該各号の下欄に掲げる金額は、当該特例適用年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
法人 |
取引 |
金額 |
一 前項の表の第一号の第一欄に掲げる銀行 |
銀行法第十七条の二第三項（長期信用銀行法第十七条及び外国為替銀行法第十一条において準用する場合を含む。以下この号において同じ。）に規定する大蔵省令で定める特定取引 |
同項に規定する利益相当額又は損失相当額 |
二 前項の表の第二号の第一欄に掲げる信用金庫連合会 |
信用金庫法第五十五条の三第三項に規定する大蔵省令で定める特定取引 |
同項に規定する利益相当額又は損失相当額 |
三 前項の表の第三号の第一欄に掲げる農林中央金庫 |
農林中央金庫法第二十三条第三項に規定する命令をもつて定める特定取引 |
同項に規定する利益相当額又は損失相当額 |
四 前項の表の第四号の第一欄に掲げる商工組合中央金庫 |
商工組合中央金庫法第三十九条ノ二第三項に規定する命令をもつて定める特定取引 |
同項に規定する利益相当額又は損失相当額 |
五 前項の表の第五号の第一欄に掲げる証券会社 |
証券取引法第五十六条の二第三項に規定する大蔵省令で定める特定取引 |
同項に規定する利益相当額又は損失相当額 |
３ 次の表の各号の上欄に掲げる法人が、政令で定める日以後に開始する各事業年度（政令で定める事業年度に限る。）において、当該各号に規定する資産（棚卸資産又は有価証券に該当するものに限る。）につき法人税法第百四十二条の規定により同法第二十二条第三項の規定に準じて当該各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入する金額を算定する場合におけるその算定の基礎となる当該事業年度終了の時において有する当該資産の価額は、当該各号の中欄に掲げる価額とし、当該各事業年度終了の時において当該各号に規定する取引を有する場合には、当該取引がその時において決済されたものとみなしたときに算定される当該各号の下欄に掲げる金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
法人 |
価額 |
金額 |
一 銀行法第四条第一項の免許を受けた同法第四十七条第一項に規定する外国銀行（次に掲げる要件のすべてを満たす外国銀行として政令で定めるものに限る。） イ 特定取引勘定（第一項の表の第一号の第二欄に掲げる特定取引勘定をいう。ロにおいて同じ。）に類する勘定を設けていること。 ロ 特定取引勘定に類する勘定に属するものとして経理された第一項の表の第一号の第三欄に掲げる資産の事業年度終了の時における価額を同号の第四欄に掲げる価額に相当する価額とすること。 ハ 事業年度終了の時において前項の表の第一号の中欄に掲げる取引で決済されていないものを有する場合には当該取引をその時において決済したものとみなして当該事業年度の損益の計算をすること。 |
第一項の表の第一号の第四欄に掲げる価額に相当する価額 |
前項の表の第一号の下欄に掲げる金額に相当する金額 |
二 外国証券業者に関する法律第二条第二号に規定する外国証券会社（次に掲げる要件のすべてを満たす外国証券会社として政令で定めるものに限る。） イ 特定取引勘定（第一項の表の第五号の第二欄に掲げる特定取引勘定をいう。ロにおいて同じ。）に類する勘定を設けていること。 ロ 特定取引勘定に類する勘定に属するものとして経理された第一項の表の第五号の第三欄に掲げる資産の事業年度終了の時における価額を同号の第四欄に掲げる価額に相当する価額とすること。 ハ 事業年度終了の時において前項の表の第五号の中欄に掲げる取引で決済されていないものを有する場合には当該取引をその時において決済したものとみなして当該事業年度の損益の計算をすること。 |
第一項の表の第五号の第四欄に掲げる価額に相当する価額 |
前項の表の第五号の下欄に掲げる金額に相当する金額 |
４ 前三項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第六十七条の六の次に次の一条を加える。
（特定の農業協同組合連合会等の合併に係る受取配当等の益金不算入等の特例）
第六十七条の七 内国法人が、平成九年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に行われる次に掲げる合併により金銭その他の資産の交付を受けた場合において、その金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち法人税法第二十四条第一項（同項第四号に係る部分に限る。）の規定により剰余金の分配の額とみなされる金額があるときは、当該交付の基因となつた出資は、同法第二十三条第一項に規定する特定株式等とみなして、同条及び同法第九十三条の規定を適用する。
一 農林中央金庫と信用農業協同組合連合会（農林中央金庫と信用農業協同組合連合会との合併等に関する法律第二条第一項に規定する信用農業協同組合連合会をいう。次号において同じ。）との合併
二 全国の区域を地区とする農業協同組合連合会とその会員たる農業協同組合連合会（信用農業協同組合連合会を除く。）との合併
第六十八条第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第六十八条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同項第二号中「がある事業年度」を「（当該事業年度終了の日前四年以前に終了した事業年度において生じた繰越所得税額控除限度超過額を除く。以下この項及び次項において「前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額」という。）がある事業年度（次号に掲げる事業年度を除く。）」に、「所得税の額に」を「所得税の額と」に、「当該繰越所得税額控除限度超過額」を「前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額」に、「を加算した金額」を「との合計額」に改め、同項に次の一号を加える。
三 当該事業年度終了の日前四年以前に終了した事業年度において生じた繰越所得税額控除限度超過額（以下この号及び次項において「四年以前の繰越所得税額控除限度超過額」という。）がある事業年度 当該事業年度の所得税額控除限度額が次のイからハまでに掲げる場合のいずれに該当するかに応じそれぞれイからハまでに定める金額
イ 当該事業年度の所得税額控除限度額が当該事業年度の利子・配当等に係る所得税の額以下である場合 当該利子・配当等に係る所得税の額のうち当該所得税額控除限度額に相当する金額と当該事業年度における四年以前の繰越所得税額控除限度超過額との合計額
ロ 当該事業年度の所得税額控除限度額が、当該事業年度の利子・配当等に係る所得税の額を超え、かつ、当該利子・配当等に係る所得税の額と当該事業年度における前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額の総額との合計額に満たない場合 当該利子・配当等に係る所得税の額、当該所得税額控除限度額から当該利子・配当等に係る所得税の額を控除した残額に最も新しい事業年度の前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額から順次充てるものとした場合におけるその充てられることとなる前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額の総額及び四年以前の繰越所得税額控除限度超過額の合計額
ハ 当該事業年度の所得税額控除限度額が当該事業年度の利子・配当等に係る所得税の額と当該事業年度における前三年以内の繰越所得税額控除限度超過額の総額との合計額以上である場合 当該利子・配当等に係る所得税の額と繰越所得税額控除限度超過額の総額との合計額
第六十八条の二第二項中「平成九年四月一日」を「平成十一年四月一日」に改め、同項第一号中「当該事業年度終了の日前四年以前に終了した事業年度において生じた繰越所得税額控除限度超過額（以下この項において「」及び「」という。）」を削り、同項第二号中「当該事業年度の前事業年度から繰り越された繰越所得税額控除限度超過額（四年以前の繰越所得税額控除限度超過額を除く。以下この項において「」及び「」という。）」を削る。
第六十八条の六中「みなされているもの」の下に「で政令で定める法人」を加える。
第七十条の十第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第七十一条の七の見出し中「分譲予定地等」を「供給予定地等」に改め、同条第一項中「寄与するもの」を「寄与するものであり、かつ、当該住宅地の供給が土地等の分譲又は借地借家法（平成三年法律第九十号）第二条第一号に規定する借地権で同法第二十二条の規定の適用を受けるもの（以下この条において「定期借地権」という。）の設定により行われるもの」に改め、「棚卸資産（所得税法第二条第一項第十六号に規定する棚卸資産若しくはこれに準ずる土地等で同法第三十五条第一項に規定する雑所得の基因となるもの又は法人税法第二条第二十一号に規定する棚卸資産をいう。以下この項及び次項において同じ。）に該当する」を削り、「分譲されるもの」の下に「その他政令で定めるもの」を加え、「優先分譲宅地」を「優先分譲宅地等」に、「分譲予定地」を「供給予定地」に、「棚卸資産である土地等」を「供給予定地」に改め、同条第二項中「寄与するもの」を「寄与するものであり、かつ、当該住宅の用に供される土地の供給が土地等の分譲又は定期借地権の設定により行われるもの」に改め、「棚卸資産に該当する」を削り、「買い取られた者」の下に「その他政令で定める者」を加え、同条第三項中「分譲予定地」を「供給予定地」に改め、同条第四項中「分譲予定地等」を「供給予定地等」に改める。
第七十一条の八第一項及び第二項中「平成八年」を「平成十三年」に改める。
第七十二条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「千分の三」を「千分の一・五」に改める。
第七十三条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「千分の六」を「千分の三」に改める。
第七十四条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に、「千分の二」を「千分の一」に改める。
第七十五条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第七十七条中「平成九年十二月三十一日」を「平成十一年十二月三十一日」に、「千分の九」を「千分の十二」に改める。
第七十七条の三中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第七十八条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第七十八条の二を次のように改める。
（農林中央金庫が信用農業協同組合連合会から事業譲渡により土地等を取得した場合の所有権の移転登記等の税率の軽減）
第七十八条の二 農林中央金庫が、平成九年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に、農林中央金庫と信用農業協同組合連合会との合併等に関する法律第二条第一項に規定する信用農業協同組合連合会から同法第二十条において準用する同法第十条第一項に規定する主務大臣の認可を受けた同法第二条第二項に規定する事業譲渡により不動産に関する権利を取得した場合には、当該不動産に関する権利の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる登記の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。
第七十八条の四第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、「（昭和十一年法律第十四号）」を削り、同条第二項及び第三項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第八十三条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第八十三条の四の見出し中「沿道整備権利移転等促進計画」を「沿道整備権利移転等促進計画等」に改め、同条に次の一項を加える。
２ 密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律の施行の日から平成十一年三月三十一日までの間に、同法第三十四条第一項に規定する防災街区整備権利移転等促進計画に基づき、同条第二項第一号に規定する者が、当該防災街区整備権利移転等促進計画において同法第三十二条第二項第二号に規定する地区防災施設又は同号に規定する特定建築物地区整備計画に係る建築物等の用に供することとされている土地の所有権を取得した場合には、当該土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税の税率は、大蔵省令で定めるところにより当該防災街区整備権利移転等促進計画に係る同法第三十六条第一項の規定による公告があつた日以後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、千分の二十五とする。
第八十四条の二中「平成九年三月三十一日」を「平成十二年三月三十一日」に改め、第五章中同条を第八十四条の三とする。
第八十四条の次に次の一条を加える。
（鉄道事業者が取得した特定の鉄道施設に係る土地等の所有権の移転登記等の免税）
第八十四条の二 鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第十三条第一項に規定する第一種鉄道事業者（地方公共団体の出資に係る法人で政令で定めるものに限る。）が、平成九年四月一日から平成十一年三月三十一日までの間に、旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律第一条第一項に規定する旅客会社（以下この条において「旅客会社」という。）から取得した鉄道事業法第八条第一項に規定する鉄道施設（次に掲げる要件のすべてを満たすものに限る。）に係る土地の所有権、地上権若しくは賃借権の移転又は建物の所有権若しくは賃借権の移転の登記については、大蔵省令で定めるところにより当該取得後一年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税を課さない。
一 全国新幹線鉄道整備法（昭和四十五年法律第七十一号）第八条の規定による運輸大臣の建設の指示を受けて建設された同法第四条第一項に規定する建設線（同法附則第九項の規定による運輸大臣の建設の指示を受けて建設された同法附則第六項第一号に規定する新幹線鉄道規格新線の路線を含む。次号において同じ。）の全部又は一部の区間において旅客会社の鉄道事業が開始されることに伴い廃止されることとなる旅客会社の鉄道事業に係る路線（次号において「廃止路線」という。）に係るものであること。
二 当該第一種鉄道事業者が前号の建設線の全部又は一部の区間に係る当該旅客会社の鉄道事業が開始される日において前号の廃止路線の全部又は一部の区間で運輸大臣が定める区間において鉄道事業を開始する場合における当該鉄道事業の用に供されるものであること。
第八十七条中「平成九年三月三十一日」を「平成十三年三月三十一日」に、「同章及び同条」を「これら」に改める。
第八十八条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十年三月三十一日」に改める。
第九十条の五第一項中「この条及び次条第一項」を「この節」に改める。
第九十条の六の次に次の一条を加える。
（石油アスファルト等に係る石油税の還付）
第九十条の六の二 課税済みの原油等又は関税定率法別表第二七一〇・〇〇号に掲げる石油及び歴青油並びにこれらの調製品（同号の一の（四）に掲げる粗油で石油税課税済みのものを除く。以下この条において「石油調製品等」という。）から同表第二七一三・一一号若しくは第二七一三・一二号に掲げる石油コークス又は同表第二七一三・二〇号に掲げる石油アスファルト（以下この条において「石油アスファルト等」という。）を製造する者その他政令で定める者（以下この条において「石油アスファルト等製造業者」という。）が、政令で定める手続により石油アスファルト等を製造することについてその製造場の所在地を所轄する税務署長の承認を受けた製造場において製造した石油アスファルト等を、平成十一年三月三十一日までに、当該製造場から移出（政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）し、又は当該製造場内において燃料として消費した場合には、政令で定めるところにより、当該移出をされ、又は消費をされた石油アスファルト等のうち課税済みの原油等、石油調製品等その他政令で定めるものから製造された石油アスファルト等につき、当該課税済みの原油等、石油調製品等その他政令で定めるものに係る石油税額に相当する金額として政令で定めるところにより計算した金額を、当該石油アスファルト等製造業者に（当該石油アスファルト等製造業者が、当該石油アスファルト等の原料とされた原油又は石油製品に係る石油税の納税者でない場合その他政令で定める場合にあつては、当該原油又は石油製品につき当該石油アスファルト等製造業者が当該石油税を納付したものとみなして、当該石油アスファルト等製造業者に）還付する。
２ 税務署長は、前項の承認の申請があつた場合において、同項に規定する石油アスファルト等の製造場が課税済みの原油等、石油調製品等その他政令で定めるもの以外のものを原料に供する石油アスファルト等の製造場であることその他の理由により、取締り上特に不適当と認められるときは、その承認を与えないことができる。
３ 石油アスファルト等製造業者は、第一項に規定する承認を受けた石油アスファルト等の製造場に関税定率法別表第二七・一三項に掲げる石油コークス、石油アスファルトその他の石油又は歴青油の残留物（以下この条において「石油等の残留物」という。）を移入したときは、その移入の目的、数量その他政令で定める事項を記載した書類を、当該製造場の所在地を所轄する税務署長に、その移入をした日の属する月の翌月末日までに提出しなければならない。
４ 税務署長は、取締り上必要があると認めるときは、政令で定めるところにより、第一項に規定する承認を受けた石油アスファルト等の製造場に移入された石油等の残留物を課税済みの原油等、当該製造場において製造された石油等の残留物その他の物品と区分して蔵置すべきことを命ずることができる。
５ 石油税法第二十一条、第二十二条（第一号を除く。）、第二十三条（第一項第二号及び第四号並びに第三項を除く。）、第二十六条（第一号及び第二号並びに第四号中同法第二十三条第一項第二号に係る部分を除く。）及び第二十七条第一項の規定は、その製造場について第一項に規定する承認を受けた石油アスファルト等製造業者について準用する。この場合において、同法第二十一条中「原油の採取者若しくは販売業者、ガス状炭化水素の採取者、原油等の輸入業者、石油精製業者で政令で定めるもの又は第十五条第一項の承認を受けている者」とあるのは「租税特別措置法第九十条の六の二第一項に規定する石油アスファルト等製造業者でその製造場につき同項の規定による承認を受けたもの」と、「原油若しくはガス状炭化水素の採取又は原油等の購入、貯蔵、消費若しくは販売に関する事実を帳簿に」とあるのは「同項に規定する石油アスファルト等（第二十三条において「石油アスファルト等」という。）で当該製造場において製造したものの製造、貯蔵、消費又は移出に関する事実を帳簿に記載しなければならない。この場合において、同法第九十条の六の二第三項に規定する石油等の残留物（以下この条及び第二十三条において「石油等の残留物」という。）をその製造場に移入した者にあつては、当該石油等の残留物の移入、貯蔵、消費又は移出に関する事実を併せて」と、同法第二十三条第一項第一号中「これらの者」とあるのは「その者」と、「原油等」とあるのは「石油アスファルト等（その者が石油等の残留物をその製造場に移入した者である場合には、当該移入された石油等の残留物（石油アスファルト等を除く。）を含む。）」と、同項第三号中「原油等又は前号に規定する原油等」とあるのは「石油アスファルト等（その者が石油等の残留物をその製造場に移入した者である場合には、当該移入された石油等の残留物（石油アスファルト等を除く。）を含む。）」と、同条第二項中「原油若しくはガス状炭化水素の採取又は原油等」とあるのは「石油アスファルト等」と読み替えるものとする。
６ 第一項の規定による還付金には、国税通則法の規定による還付加算金は、付さない。
第九十条の七第一項中「又は前条第一項」を「、第九十条の六第一項又は前条第一項」に改め、同条第三項第二号中「前条第四項」を「第九十条の六第四項」に改め、同項第三号中「前条第一項」を「第九十条の六第一項」に改め、同条第五項を同条第六項とし、同条第四項中「又は前項」を「、第三項又は前項」に、「前三項」を「前各項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項の次に次の一項を加える。
４ 前条第三項の規定による書類の提出を怠り、又は偽りの書類を提出した者は、五万円以下の罰金又は科料に処する。
第九十条の九を第九十条の十とし、第九十条の八を第九十条の九とする。
第六章第三節の三を同章第三節の四とし、同章第三節の二の次に次の一節を加える。
第三節の三 航空機燃料税法の特例
（航空機燃料税の税率の特例）
第九十条の八 沖縄島と沖縄県の区域（以下この条において「沖縄」という。）以外の本邦の地域（その地域の全部又は一部が離島振興法第二条第一項の規定により指定された同項の離島振興対策実施地域に含まれる島及び奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）第一条に規定する奄美群島の区域に含まれる島を除く。以下この条において同じ。）との間を航行する航空機燃料税法第二条第一号に規定する航空機（同法第七条に規定する外国往来機で同条に規定する有償の国内運送の用に供されていないものを除く。以下この条において「航空機」という。）で、航空法第百条第一項に規定する免許（当該免許に係る路線が沖縄島と沖縄以外の本邦の地域との間の路線であるものに限る。）を受けた者その他政令で定める者が行う旅客の運送の用に供されるもの（沖縄島に所在する飛行場又は沖縄以外の本邦の地域に所在する飛行場を離陸した後、天候その他やむを得ない理由により、同法第九十七条第一項又は第二項の規定により、当該離陸前に運輸大臣の承認を受け、又は通報した飛行計画において最初の着陸地とした飛行場と異なる飛行場に着陸することとなつた航空機その他政令で定めるものを含む。以下この条において「沖縄路線航空機」という。）に、平成十四年三月三十一日までに積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の税額は、航空機燃料税法第十一条の規定にかかわらず、航空機燃料一キロリットルにつき一万五千六百円の税率により計算した金額とする。
２ 沖縄路線航空機が、平成十四年三月三十一日までに、沖縄島と沖縄以外の本邦の地域との間以外の本邦内の各地間を航行する航空機となる時又は旅客の運送の用に供されない航空機となる時において、当該航空機に前項に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、航空機燃料税法第十一条に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。
３ 沖縄島と沖縄以外の本邦の地域との間以外の本邦内の各地間を航行する航空機又は旅客の運送の用に供されていない航空機が、平成十四年三月三十一日までに、沖縄路線航空機となる時において、当該航空機に航空機燃料税法第十一条に規定する税率により航空機燃料税が課された、又は課されるべき航空機燃料が現存する場合には、その時に、当該航空機の現存する場所において、当該航空機燃料が当該航空機から取卸しをされたものとみなし、かつ、第一項に規定する税率により航空機燃料税が課されるべき航空機燃料が当該航空機に積み込まれたものとみなす。
４ 航空機燃料税法第七条に規定する外国往来機で同条に規定する有償の国内運送の用に供されていないものが、平成十四年三月三十一日までに、沖縄路線航空機となる場合における同条の規定の適用については、同条中「当該航空機に積み込まれたものとみなす」とあるのは、「当該航空機に積み込まれたものとみなす。この場合において、当該航空機燃料に係る航空機燃料税の税額は、第十一条の規定にかかわらず、租税特別措置法第九十条の八第一項（航空機燃料税の税率の特例）に規定する税率により計算した金額とする」とする。
５ 沖縄路線航空機に係る航空機の所有者、使用者又は機長（航空機燃料税法第四条第一項又は同条第二項に規定する所有者、使用者又は機長をいう。）が提出する同法第十四条第一項の規定による申告書に係る同項の規定の適用については、同項第一号中「場所ごとの数量及びその合計数量」とあるのは「場所及び税率の異なるごとに区分した数量並びに税率の異なるごとに区分した合計数量」と、同項第二号中「課税標準数量」とあるのは「税率の異なるごとに区分した課税標準数量」とする。
６ 前各項に定めるもののほか、沖縄路線航空機に積み込まれる航空機燃料に対する航空機燃料税法の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第九十一条の二第一項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改め、同条を第九十一条の三とする。
第九十一条を第九十一条の二とし、第六章第四節中同条の前に次の一条を加える。
（不動産の譲渡に関する契約書等に係る印紙税の税率の特例）
第九十一条 平成九年四月一日から平成十一年三月三十一日までの間に作成される印紙税法別表第一第一号の物件名の欄１に掲げる不動産の譲渡に関する契約書（一の文書が当該契約書と当該契約書以外の同号に掲げる契約書とに該当する場合における当該一の文書を含む。）又は同表第二号に掲げる請負に関する契約書（建設業法第二条第一項に規定する建設工事の請負に係る契約に基づき作成されるものに限る。）のうち、これらの契約書に記載された契約金額が千万円を超えるものに係る印紙税の税率は、同表第一号及び第二号の規定にかかわらず、次の各号に掲げる契約金額の区分に応じ、一通につき、当該各号に定める金額とする。
第九十三条第二項中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。
第九十四条第一項中「株式の」を「株式その他政令で定める株式の」に改める。
第九十五条及び第九十六条中「平成九年三月三十一日」を「平成十一年三月三十一日」に改める。