（更正の請求の特例）
第二十四条 法人税法第八十条の二の規定は、法人が次に掲げる金額につき修正申告書を提出し、又は更正若しくは決定（国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。以下この条において同じ。）を受けた場合において、その修正申告書の提出又は更正若しくは決定に伴い、その修正申告書又は更正若しくは決定に係る事業年度又は連結事業年度後の各課税事業年度で決定を受けた課税事業年度に係る第十九条第一項第二号又は第三号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過大となり、又は同項第四号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過少となるときについて準用する。
一 法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に記載すべき同法第七十四条第一項第一号から第五号まで（同法第百四十五条第一項において準用する場合を含む。）に掲げる金額又は同法第二条第三十二号に規定する連結確定申告書に記載すべき同法第八十一条の二十二第一項第一号から第五号までに掲げる金額
二 地方法人税確定申告書に記載すべき第十九条第一項第一号から第四号までに掲げる金額
（更正に関する特例）
第二十五条 内国法人の提出した地方法人税確定申告書に記載された各課税事業年度の課税標準法人税額が当該課税事業年度の課税標準とされるべき課税標準法人税額（第六条第一号又は第三号に定める基準法人税額に係るものに限る。）を超えている場合において、その超える金額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがあるときは、税務署長は、当該課税事業年度の当該基準法人税額に対する地方法人税につき、当該事実を仮装して経理した内国法人が当該課税事業年度後の各課税事業年度において当該事実に係る修正の経理をし、かつ、当該修正の経理をした課税事業年度の地方法人税確定申告書を提出するまでの間は、更正をしないことができる。
２ 税務署長が第二十九条第一項の更正をする場合における国税通則法第二十八条第二項の規定の適用については、同項第三号中「次に掲げる金額」とあるのは、「次に掲げる金額及びニ又はホに掲げる金額のうち地方法人税法第二十九条第一項又は第二項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う地方法人税額の還付の特例）の規定の適用がある金額」とする。
（更正等の期間制限の特例等）
第二十六条 国税通則法第七十条第三項の規定により法人税について更正の請求（同法第二十三条第一項の規定による更正の請求をいう。以下この項及び第三項において同じ。）に係る更正が行われた場合には、当該法人税に係る地方法人税についての更正又は当該更正に伴って行われることとなる加算税（同法第六十九条に規定する加算税をいう。第三項において同じ。）についてする賦課決定（同法第三十二条第一項又は第二項の規定による決定をいう。以下この項及び第三項において同じ。）は、同法第七十条第一項及び第二項の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月を経過する日まで、することができる。同条第三項の規定により地方法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合における当該地方法人税に係る法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
２ 前項の場合において、国税通則法第七十条第四項、第七十一条及び第七十二条の規定の適用については、同項中「前二項」とあるのは「前二項又は地方法人税法第二十六条第一項（更正等の期間制限の特例等）」と、「第一項又は前項」とあるのは「第一項若しくは前項又は同条第一項」と、同法第七十一条第一項中「が前条」とあるのは「が前条又は地方法人税法第二十六条第一項（更正等の期間制限の特例等）」と、「、前条」とあるのは「、前条及び同項」と、同法第七十二条第一項中「あつた日」とあるのは「あつた日とし、地方法人税法第二十六条第一項（更正等の期間制限の特例等）の規定による更正又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正があつた日」とする。
３ 国税通則法第七十一条第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定により法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において、同号に定める期間の満了する日が同法第七十条の規定又は第一項の規定により当該法人税に係る地方法人税についての更正決定等（同法第五十八条第一項第一号イに規定する更正決定等をいう。以下この項及び第六項において同じ。）をすることができる期間の満了する日後に到来するときは、当該地方法人税についての更正又は当該更正に伴って行われることとなる加算税についてする賦課決定は、同法第七十条の規定及び第一項の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月間においても、することができる。同法第七十一条第一項（第三号に係る部分に限る。）の規定により地方法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において、同号に定める期間の満了する日が同法第七十条の規定又は第一項の規定により当該地方法人税に係る法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときにおける当該地方法人税に係る法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
４ 前項の場合において、国税通則法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「あつた日」とあるのは、「あつた日とし、地方法人税法第二十六条第三項（更正等の期間制限の特例等）の規定による更正又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正があつた日」とする。
５ 前各項の規定によるほか、地方法人税及び法人税は、同一の税目に属する国税とみなして、国税通則法第七十一条第一項（第一号に係る部分に限る。）の規定を適用する。
６ 地方法人税に係る更正決定等について不服申立てがされている場合において、当該地方法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である法人税（当該地方法人税に係るものに限る。）についてされた更正決定等があるときは、国税通則法第九十条第一項若しくは第二項、第百四条第二項又は第百十五条第一項第二号の規定の適用については、当該法人税についてされた更正決定等は、当該地方法人税の同法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等についてされた他の更正決定等とみなす。法人税に係る更正決定等について不服申立てがされている場合における当該法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である地方法人税（当該法人税に係るものに限る。）についてされた更正決定等についても、同様とする。
（青色申告）
第二十七条 法人が法人税法第四条の二又は第百二十一条第一項（同法第百四十六条第一項において準用する場合を含む。次項において同じ。）の承認を受けている場合には、地方法人税中間申告書、第十六条第九項の規定による申告書（当該申告書に係る期限後申告書を含む。）、地方法人税確定申告書及び第十九条第六項の規定による申告書（当該申告書に係る期限後申告書を含む。）並びにこれらの申告書に係る修正申告書（次項において「地方法人税申告書等」という。）について、青色の申告書により提出することができる。
２ 法人が法人税法第百二十七条第一項（同法第百四十六条第一項において準用する場合を含む。）の規定により同法第百二十一条第一項の承認を取り消された場合には、その取消しに係る同法第百二十七条第一項各号に定める事業年度開始の日以後その法人が前項の規定により青色の申告書により提出した地方法人税申告書等（納付すべき義務が同日前に成立した地方法人税に係るものを除く。）は、青色申告書（同項の規定により青色の申告書によって提出する地方法人税申告書等をいう。次項において同じ。）以外の申告書とみなす。
３ 法人税法第百三十条第二項の規定は、法人が提出した青色申告書に係る地方法人税について準用する。
（確定申告に係る更正等又は決定による中間納付額の還付）
第二十八条 地方法人税中間申告書を提出した法人のその地方法人税中間申告書に係る課税事業年度の地方法人税につき国税通則法第二十五条の規定による決定があった場合において、その決定に係る第十九条第一項第四号に掲げる金額があるときは、税務署長は、その法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する。
２ 地方法人税中間申告書を提出した法人のその地方法人税中間申告書に係る課税事業年度の地方法人税につき更正（当該地方法人税についての更正の請求（国税通則法第二十三条第一項の規定による更正の請求をいう。第四項第二号イにおいて同じ。）に対する処分又は決定（同法第二十五条の規定による決定をいう。）に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。以下この項及び同号イにおいて「更正等」という。）があった場合において、その更正等により第十九条第一項第四号に掲げる金額が増加したときは、税務署長は、その法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額を還付する。
３ 税務署長は、前二項の規定による還付金の還付をする場合において、これらの規定に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、これらの規定により還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額を併せて還付する。
４ 第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項の期間は、第一項又は第二項の規定により還付すべき中間納付額の納付の日（その中間納付額がその納期限前に納付された場合には、その納期限）の翌日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日。第二号ロにおいて「充当日」という。）までの期間とする。ただし、次の各号に掲げる還付金の区分に応じ当該各号に定める日数は、当該期間に算入しない。
一 第一項の規定による還付金 同項に規定する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から第一項の決定の日までの日数
二 第二項の規定による還付金 同項に規定する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（その提出期限後にその中間納付額が納付された場合には、その納付の日）の翌日から次に掲げる日のうちいずれか早い日までの日数
イ 第二項の更正等の日の翌日以後一月を経過する日（当該更正等が次に掲げるものである場合には、それぞれ次に定める日）
（1） 更正の請求に基づく更正（当該請求に対する処分に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含む。（1）において同じ。） 当該請求の日の翌日以後三月を経過する日と当該請求に基づく更正の日の翌日以後一月を経過する日とのいずれか早い日
（2） 国税通則法第二十五条の規定による決定に係る更正（当該決定に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決を含み、更正の請求に基づく更正及び第二項に規定する課税事業年度の課税標準法人税額の計算の基礎となった事実のうちに含まれていた無効な行為により生じた経済的成果がその行為の無効であることに基因して失われたこと、当該事実のうちに含まれていた取り消しうべき行為が取り消されたことその他これらに準ずる政令で定める理由に基づき行われた更正を除く。） 当該決定の日
ロ その還付のための支払決定をする日又はその還付金に係る充当日
５ 第一項又は第二項の規定による還付金をその額の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税事業年度の第六条第一号から第三号までに定める基準法人税額に対する地方法人税で未納のものに充当する場合には、その還付金の額のうちその充当する金額については、還付加算金を付さないものとし、その充当される部分の地方法人税については、延滞税及び利子税を免除するものとする。
６ 第三項の規定による還付金については、還付加算金は、付さない。
７ 前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）につき充当をする場合の方法その他第一項から第三項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う地方法人税額の還付の特例）
第二十九条 内国法人の提出した地方法人税確定申告書に記載された各課税事業年度の課税標準法人税額が当該課税事業年度の課税標準とされるべき課税標準法人税額（第六条第一号又は第三号に定める基準法人税額（以下第五項までにおいて「所得基準法人税額」という。）に係るものに限る。）を超え、かつ、その超える額のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合において、税務署長が当該課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税につき更正をしたとき（当該内国法人（当該内国法人が連結親法人である場合には、その事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人。以下この項において同じ。）につき当該課税事業年度終了の日から当該更正の日の前日までの間に第三項各号又は第四項各号に掲げる事実が生じたとき及び当該内国法人を被合併法人とする単体間適格合併（第十三条第二項に規定する単体間適格合併をいう。以下第三項までにおいて同じ。）又は連結内適格合併（同条第二項に規定する連結内適格合併をいう。以下第三項までにおいて同じ。）に係る合併法人につき当該単体間適格合併又は連結内適格合併の日から当該更正の日の前日までの間に当該事実が生じたときを除く。）は、当該課税事業年度の地方法人税として納付された金額で政令で定めるもののうち当該更正により減少する部分の金額でその仮装して経理した金額に係るもの（以下この条において「仮装経理地方法人税額」という。）は、次項、第三項又は第七項の規定の適用がある場合のこれらの規定による還付金の額を除き、還付しない。
２ 前項に規定する場合において、同項の内国法人（当該内国法人が同項の更正の日の前日までに単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には、当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人。以下この項において同じ。）の前項の更正の日の属する課税事業年度開始の日前一年以内に開始する各課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税の額（附帯税の額を除く。）で当該更正の日の前日において確定しているもの（既にこの項の規定により還付をすべき金額の計算の基礎となったものを除く。以下この項において「確定地方法人税額」という。）があるときは、税務署長は、その内国法人に対し、当該更正に係る仮装経理地方法人税額のうち当該確定地方法人税額に達するまでの金額を還付する。
３ 第一項の規定の適用があった内国法人（当該内国法人が単体間適格合併又は連結内適格合併により解散をした場合には当該単体間適格合併又は連結内適格合併に係る合併法人とし、当該内国法人が連結親法人である場合には同項の事実を仮装して経理したところに基づく金額を有する連結法人（当該連結法人が連結内適格合併により解散をした場合には、当該連結内適格合併に係る合併法人）とする。以下この条において「適用法人」という。）について、同項の更正の日の属する課税事業年度開始の日（当該更正が当該単体間適格合併に係る被合併法人の課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税について当該単体間適格合併の日前にされたものである場合には、当該被合併法人の当該更正の日の属する課税事業年度開始の日）から五年を経過する日の属する課税事業年度の第十九条第一項の規定による申告書の提出期限（当該更正の日から当該課税事業年度終了の日までの間に当該適用法人につき次の各号に掲げる事実が生じたときは、当該各号に定める日の属する課税事業年度の同項の規定による申告書の提出期限。以下この項及び第八項において「最終申告期限」という。）が到来した場合（当該最終申告期限までに当該最終申告期限に係る申告書の提出がなかった場合にあっては、当該申告書に係る期限後申告書の提出又は当該申告書に係る課税事業年度の地方法人税についての国税通則法第二十五条の規定による決定があった場合）には、税務署長は、当該適用法人（当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人）に対し、当該更正に係る仮装経理地方法人税額（既に前項、この項又は第七項の規定により還付すべきこととなった金額及び第十三条の規定により控除された金額を除く。）を還付する。
一 残余財産（連結法人の残余財産を除く。）が確定したこと その残余財産の確定の日
二 合併による解散（連結法人の解散及び単体間適格合併による解散を除く。）をしたこと その合併の日の前日
三 破産手続開始の決定による解散（連結法人の解散を除く。）をしたこと その破産手続開始の決定の日
四 法人税法第四条の二の承認を受けたこと その承認に係る同法第十五条の二第一項に規定する最初連結事業年度開始の日の前日
五 法人税法第四条の五第一項又は第二項の規定により同法第四条の二の承認を取り消されたこと（連結内適格合併による解散に基因してその承認を取り消されたことを除く。） その取り消された日の前日
六 法人税法第四条の五第三項の承認を受けたこと その承認を受けた日
七 法人税法第二条第九号に規定する普通法人又は同条第七号に規定する協同組合等（連結法人を除く。）が同条第六号に規定する公益法人等に該当することとなったこと その該当することとなった日の前日
４ 適用法人につき次に掲げる事実が生じた場合には、当該適用法人（当該適用法人が連結子法人である場合には、当該適用法人に係る連結親法人。第六項及び第七項において同じ。）は、当該事実が生じた日以後一年以内に、納税地の所轄税務署長に対し、その適用に係る仮装経理地方法人税額（既に前二項又は第七項の規定により還付されるべきこととなった金額及び第十三条の規定により控除された金額を除く。第六項及び第七項において同じ。）の還付を請求することができる。
三 前二号に掲げる事実に準ずる事実として政令で定める事実
５ 内国法人につきその各課税事業年度の課税標準法人税額（所得基準法人税額に係るものに限る。以下この項において同じ。）を減少させる更正で当該内国法人の当該各課税事業年度開始の日前に終了した課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税についてされた更正（当該内国法人を合併法人とする適格合併に係る被合併法人の当該適格合併の日前に終了した課税事業年度の所得基準法人税額に対する地方法人税についてされた更正を含む。以下この項において「原更正」という。）に伴うもの（以下この項において「反射的更正」という。）があった場合において、当該反射的更正により減少する部分の課税標準法人税額のうちに当該原更正に係る課税事業年度においてその事実を仮装して経理した金額に係るものがあるときは、当該金額は、当該各課税事業年度において当該内国法人が仮装して経理したところに基づく金額とみなして、前各項の規定を適用する。
６ 第四項の規定による還付の請求をしようとする適用法人は、その還付を受けようとする仮装経理地方法人税額、その計算の基礎その他財務省令で定める事項を記載した還付請求書を納税地の所轄税務署長に提出しなければならない。
７ 税務署長は、前項の還付請求書の提出があった場合には、その請求に係る事実その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした適用法人に対し、仮装経理地方法人税額を還付し、又は請求の理由がない旨を書面により通知する。
８ 第二項、第三項又は前項の規定による還付金について還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる国税通則法第五十八条第一項の期間は、第一項の更正の日の翌日以後一月を経過した日（第三項の規定による還付金にあっては同項の最終申告期限（同項の期限後申告書の提出があった場合にはその提出の日とし、同項の決定があった場合にはその決定の日とする。）の翌日とし、前項の規定による還付金にあっては第四項の規定による還付の請求がされた日の翌日以後三月を経過した日とする。）からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当をする日（同日前に充当をするのに適することとなった日がある場合には、その適することとなった日）までの期間とする。
９ 第一項の場合において、同項の更正により第十九条第一項第四号に掲げる金額が増加したときは、その増加した部分の金額のうち当該更正に係る仮装経理地方法人税額に達するまでの金額については、前条第二項の規定は、適用しない。ただし、同条第三項に規定する延滞税がある場合における同項の規定の適用については、この限りでない。