（施行期日）
第一条 この法律は、平成二十四年四月一日から施行する。ただし、次条の規定は公布の日から、附則第十七条の規定は地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律（平成二十三年法律第▼▼▼号）の公布の日又はこの法律の公布の日のいずれか遅い日から施行する。
（旧特定非営利活動促進法の規定に基づいてされた申請等及びこれに係る事務の引継ぎに関する経過措置）
第二条 この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に、この法律による改正前の特定非営利活動促進法（以下「旧特定非営利活動促進法」という。）の規定に基づいて旧特定非営利活動促進法第九条の所轄庁（次項において「旧所轄庁」という。）に対してされた申請等（申請、届出及び提出をいう。同項において同じ。）は、この法律による改正後の特定非営利活動促進法（以下「新特定非営利活動促進法」という。）第九条の所轄庁（同項において「新所轄庁」という。）に対してされたものとする。
２ 旧所轄庁は、この法律の施行の際、新所轄庁となる都道府県の知事又は指定都市（地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項の指定都市をいう。）の長に対し、その事務の遂行に支障が生じることのないよう、旧特定非営利活動促進法の規定に基づいてされた申請等に係る書類その他の資料を、適時かつ適切な方法で引き継ぐものとする。
（認証の申請に関する経過措置）
第三条 新特定非営利活動促進法第十条第一項の規定は、施行日以後に同項の認証の申請をする者の当該申請に係る申請書に添付すべき書類について適用し、施行日前に旧特定非営利活動促進法第十条第一項の認証の申請をした者の当該申請に係る申請書に添付すべき書類については、なお従前の例による。
２ 当分の間、特定非営利活動法人は、新特定非営利活動促進法第十条第一項第八号の規定にかかわらず、同号の活動予算書に代えて、旧特定非営利活動促進法第十条第一項第八号の収支予算書を添付することができる。
３ 前項の規定により添付することができることとされる収支予算書は、新特定非営利活動促進法第十条第一項第八号の活動予算書とみなして、新特定非営利活動促進法の規定を適用する。
（役員名簿に関する経過措置）
第四条 特定非営利活動法人は、施行日以後最初に新特定非営利活動促進法第二十九条に掲げる書類を提出するとき（施行日以後に新特定非営利活動促進法第二十三条第一項の規定により変更後の役員名簿を添えて届け出た場合を除く。）は、役員名簿（役員の氏名及び住所又は居所並びに各役員についての報酬の有無を記載した名簿をいう。次項において同じ。）を併せて提出しなければならない。
２ 前項の規定に違反して、役員名簿の提出を怠ったときは、特定非営利活動法人の理事、監事又は清算人は、二十万円以下の過料に処する。
（定款の変更に関する経過措置）
第五条 新特定非営利活動促進法第二十五条第三項及び第四項の規定は施行日以後に同条第三項の認証の申請をする特定非営利活動法人について、同条第六項の規定は施行日以後に同項の届出をする特定非営利活動法人について適用し、施行日前に旧特定非営利活動促進法第二十五条第三項の認証の申請又は同条第六項の届出をした特定非営利活動法人については、なお従前の例による。
２ 新特定非営利活動促進法第二十五条第七項の規定は、施行日以後に同条第三項の認証の申請又は同条第六項の届出をする特定非営利活動法人について適用し、施行日前に旧特定非営利活動促進法第二十五条第三項の認証の申請又は同条第六項の届出をした特定非営利活動法人については、なお従前の例による。
（事業報告書等及び活動計算書に関する経過措置）
第六条 新特定非営利活動促進法第二十八条第一項の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する事業報告書等について適用し、施行日前に開始した事業年度に係る旧特定非営利活動促進法第二十八条第一項に規定する事業報告書等及び役員名簿等については、なお従前の例による。
２ 当分の間、特定非営利活動法人は、新特定非営利活動促進法第二十八条第一項の規定にかかわらず、新特定非営利活動促進法第二十七条第三号の活動計算書に代えて、旧特定非営利活動促進法第二十七条第三号の収支計算書を作成し、備え置くことができる。
３ 前項の規定により作成し、備え置くことができることとされる収支計算書は、新特定非営利活動促進法第二十七条第三号の活動計算書とみなして、新特定非営利活動促進法の規定を適用する。
４ 新特定非営利活動促進法第二十九条の規定は、施行日以後に開始する事業年度に係る同条に規定する事業報告書等について適用し、施行日前に開始した事業年度に係る旧特定非営利活動促進法第二十九条第一項に規定する事業報告書等、役員名簿等及び定款等については、なお従前の例による。
（仮認定に関する経過措置）
第七条 施行日から起算して三年を経過する日までの間に新特定非営利活動促進法第五十八条第二項の規定により準用する新特定非営利活動促進法第四十四条第二項の申請書を提出した特定非営利活動法人については、新特定非営利活動促進法第五十九条（第二号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（罰則に関する経過措置）
第八条 この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（租税特別措置法の一部改正）
第九条 租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）の一部を次のように改正する。
第四十一条の十八の二の見出し中「認定特定非営利活動法人」を「認定特定非営利活動法人等」に改め、同条第一項中「第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人（以下この条において「認定特定非営利活動法人」という。）に対し、当該認定特定非営利活動法人の行う特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）」を「認定特定非営利活動法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人及び同条第四項に規定する仮認定特定非営利活動法人をいう。以下この条において同じ。）に対し、当該認定特定非営利活動法人等の行う同法」に改め、同条第二項、第四項及び第五項中「認定特定非営利活動法人」を「認定特定非営利活動法人等」に改める。
第六十六条の十一の二第一項中「認定特定非営利活動法人で」を「特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人（次項において「認定特定非営利活動法人」という。）で」に、「事業の」を「事業で特定非営利活動（特定非営利活動促進法第二条第一項に規定する特定非営利活動をいう。次項及び第三項において同じ。）に係る事業に該当するものの」に、「特定非営利活動促進法第四十六条第一項」を「同法第七十条第一項」に、「同項中「第三十七条の規定を適用する場合」とあるのは、「第三十七条の規定を適用する場合（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人について法人税法第三十七条の規定を適用する場合を除く。）」を「同条第四項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人（租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。次項において同じ。）が」と、同条第五項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人が」と、「にあつては、」とあるのは「にあつては」と、「金額）」とあるのは「金額とし、認定特定非営利活動法人にあつてはその収益事業に属する資産のうちからその収益事業以外の事業で租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項に規定する特定非営利活動に係る事業に該当するもののために支出した金額とする。）」に改め、同条第二項中「法人が」を「法人（前項の規定の適用を受ける法人を除く。）が」に、「うちに認定特定非営利活動法人」を「うちに認定特定非営利活動法人等（認定特定非営利活動法人及び特定非営利活動促進法第二条第四項に規定する仮認定特定非営利活動法人をいう。以下この項において同じ。）」に、「当該認定特定非営利活動法人」を「当該認定特定非営利活動法人等」に改め、「特定非営利活動促進法第二条第一項に規定する」を削り、「及び認定特定非営利活動法人」を「及び認定特定非営利活動法人等」に、「第六十六条の十一の二第三項」を「第六十六条の十一の二第二項」に、「認定特定非営利活動法人を」を「認定特定非営利活動法人等を」に、「特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項（定義）」を「同条第二項」に改め、同条第三項から第八項までを削り、同条第九項中「第三項」を「特定非営利活動促進法第四十四条第一項」に、「生じた日」を「生じた日として政令で定める日」に、「各事業年度に」を「各事業年度（その取消しの日を含む事業年度終了の日前七年以内に終了した各事業年度に限る。以下この項において同じ。）に」に改め、「以外の事業」の下に「で特定非営利活動に係る事業に該当するもの」を加え、同項を同条第三項とし、同条第十項を同条第四項とし、同条第十一項を同条第五項とし、同条第十二項中「第四項から第八項まで及び」を削り、「ほか、」の下に「第一項に規定する認定特定非営利活動法人が同項の規定により法人税法第三十七条第五項の規定を読み替えて同条第一項の規定を適用する場合の同項に規定する政令で定めるところにより計算した金額その他」を加え、「及び第九項」を削り、同項を同条第六項とする。
第六十八条の九十六の見出し中「認定特定非営利活動法人」を「認定特定非営利活動法人等」に改め、同条第一項中「認定特定非営利活動法人」を「認定特定非営利活動法人等」に、「特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第一項（定義）」を「同法第六十八条の九十六第一項」に改める。
第七十条第十項中「第六十六条の十一の二第三項」を「特定非営利活動促進法第二条第三項」に、「特定非営利活動促進法第二条第一項」を「同条第一項」に改める。
（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）
第十条 施行日前に前条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「旧租税特別措置法」という。）第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人のその認定の有効期間については、なお従前の例による。
２ 法人が施行日前に行った旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定の申請につき、国税庁長官が施行日以後に行う同項の認定については、なお従前の例による。
３ 施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人（施行日以後に前項の規定に基づきなお従前の例により同条第三項の認定を受けた法人を含み、新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人を除く。）の国税庁長官が施行日以後に行う旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第五項の認定の取消しについては、なお従前の例による。
４ 施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の認定を受けた法人（施行日以後に第二項の規定に基づきなお従前の例により同条第三項の認定を受けた法人を含み、施行日以後に前項の規定に基づきなお従前の例により認定を取り消された法人、その認定の有効期間が終了した法人及び新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人を除く。以下「旧認定特定非営利活動法人」という。）については、新特定非営利活動促進法第五十条第一項の規定は、適用しない。
５ 前条の規定による改正後の租税特別措置法（以下「新租税特別措置法」という。）第四十一条の十八の二の規定は、平成二十四年分以後の所得税について適用し、平成二十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
６ 個人が平成二十四年以後の各年において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第四十一条の十八の二の規定その他の所得税に関する法令の規定を適用する。
７ 新租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項の規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税（次項に規定する事業年度分の法人税を除く。）について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
８ 旧認定特定非営利活動法人の施行日以後に終了する事業年度分の法人税については、旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同項中「第四十六条第一項」とあるのは「第七十条第一項」と、「同項中「第三十七条の規定を適用する場合」とあるのは、「第三十七条の規定を適用する場合（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人について法人税法第三十七条の規定を適用する場合を除く。）」」とあるのは「同条第四項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第八項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法附則第九条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十一の二第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例）に規定する認定特定非営利活動法人をいう。次項において同じ。）が」と、同条第五項中「公益法人等が」とあるのは「公益法人等又は認定特定非営利活動法人が」」とする。
９ 新租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項及び次項において同じ。）の施行日以後に終了する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
10 法人が施行日以後に終了する事業年度において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項の規定を適用する。この場合において、同項中「をいう。）」とあるのは「をいい、特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人を含む。）」と、「同条第二項」とあるのは「租税特別措置法第六十六条の十一の二第二項」とする。
11 新租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項の規定は、施行日以後に同項に規定する認定を取り消された法人について適用し、施行日前に旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第九項に規定する認定を取り消された法人については、なお従前の例による。
12 施行日以後に第三項の規定に基づきなお従前の例により認定を取り消された法人については、旧租税特別措置法第六十六条の十一の二第九項から第十一項までの規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第九項中「第三項」とあるのは、「特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第九条の規定による改正前の租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項」とする。
13 新租税特別措置法第六十八条の九十六第一項の規定は、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日以後に終了する連結事業年度分の法人税について適用し、連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人の施行日前に終了した連結事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
14 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人が施行日以後に終了する連結事業年度において支出する寄附金の額のうちに旧認定特定非営利活動法人に対する寄附金の額がある場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第六十八条の九十六第一項の規定を適用する。この場合において、同項中「をいう。）」とあるのは「をいい、特定非営利活動促進法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第七十号）附則第十条第四項（租税特別措置法の一部改正に伴う経過措置）に規定する旧認定特定非営利活動法人を含む。）」と、「同法」とあるのは「租税特別措置法」とする。
15 新租税特別措置法第七十条第十項の規定は、施行日以後に相続又は遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得する財産に係る相続税について適用し、施行日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
16 施行日以後に相続又は遺贈により財産を取得した者が、当該取得した財産を新租税特別措置法第七十条第一項に規定する申告書の提出期限までに旧認定特定非営利活動法人に対し、当該旧認定特定非営利活動法人の行う新特定非営利活動促進法第二条第一項に規定する特定非営利活動に係る事業に関連する贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）をする場合においては、当該旧認定特定非営利活動法人を同条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新租税特別措置法第七十条第十項の規定を適用する。
（地方税法の一部改正）
第十一条 地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）の一部を次のように改正する。
第四十五条の二第一項及び第三百十七条の二第一項中「租税特別措置法第六十六条の十一の二第三項に規定する認定特定非営利活動法人」を「特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人及び同条第四項に規定する仮認定特定非営利活動法人」に改める。
（地方税法の一部改正に伴う経過措置）
第十二条 前条の規定による改正後の地方税法（以下この条において「新地方税法」という。）第四十五条の二の規定は、平成二十五年度以後の年度分の個人の道府県民税について適用し、平成二十四年度分までの個人の道府県民税については、なお従前の例による。
２ 附則第十条第六項の規定によりみなして適用する場合における旧認定特定非営利活動法人に対する新租税特別措置法第四十一条の十八の二第二項に規定する特定非営利活動に関する寄附金については、新地方税法第三十七条の二第一項第三号に規定する特定非営利活動に関する寄附金とみなして、同項の規定を適用する。
３ 旧認定特定非営利活動法人については、新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新地方税法第四十五条の二の規定を適用する。
４ 新地方税法第三百十七条の二の規定は、平成二十五年度以後の年度分の個人の市町村民税について適用し、平成二十四年度分までの個人の市町村民税については、なお従前の例による。
５ 附則第十条第六項の規定によりみなして適用する場合における旧認定特定非営利活動法人に対する新租税特別措置法第四十一条の十八の二第二項に規定する特定非営利活動に関する寄附金については、新地方税法第三百十四条の七第一項第三号に規定する特定非営利活動に関する寄附金とみなして、同項の規定を適用する。
６ 旧認定特定非営利活動法人については、新特定非営利活動促進法第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人とみなして、新地方税法第三百十七条の二の規定を適用する。
（住民基本台帳法の一部改正）
第十三条 住民基本台帳法（昭和四十二年法律第八十一号）の一部を次のように改正する。
別表第二の一の項を同表の一の二の項とし、同項の前に次のように加える。
一 指定都市の長 |
特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）による同法第十条第一項の認証、同法第二十三条第二項の届出又は同法第三十四条第三項の認証に関する事務であつて総務省令で定めるもの |
別表第四の一の項を同表の一の二の項とし、同項の前に次のように加える。
一 指定都市の長 |
特定非営利活動促進法による同法第十条第一項の認証、同法第二十三条第二項の届出又は同法第三十四条第三項の認証に関する事務であつて総務省令で定めるもの |
（行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律の一部改正）
第十四条 行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律（平成十四年法律第百五十一号）の一部を次のように改正する。
別表特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）の項中「第四十一条第二項」の下に「並びに第六十四条第三項及び第五項」を加える。
（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部改正）
第十五条 東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）の一部を次のように改正する。
第八条第二項中「認定特定非営利活動法人」を「認定特定非営利活動法人等」に改める。
（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
第十六条 前条の規定による改正後の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第八条第二項の規定は、平成二十四年分以後の所得税について適用し、平成二十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
（地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律の一部改正）
第十七条 地域の自主性及び自立性を高めるための改革の推進を図るための関係法律の整備に関する法律の一部を次のように改正する。
附則第一条第二号中「第二条、第七条」を「第二条」に改め、「、第九十六条」を削る。
（政令への委任）
第十八条 この附則に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（検討）
第十九条 特定非営利活動法人制度については、この法律の施行後三年を目途として、新特定非営利活動促進法の実施状況、特定非営利活動を取り巻く社会経済情勢の変化等を勘案し、特定非営利活動法人の認定に係る制度、特定非営利活動法人に対する寄附を促進させるための措置、「特定非営利活動法人」という名称その他の特定非営利活動に関する施策の在り方について検討が加えられ、その結果に基づいて必要な措置が講ぜられるものとする。