第一条　この法律は、公布の日から起算して三年を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。

２　政府は、前項の政令を定めるに当たっては、沖縄科学技術大学院大学における教育課程の編成その他学園の設立のために必要な業務の進捗状況に配慮しなければならない。

第二条　内閣総理大臣は、設立委員を命じ、学園の設立に関する事務を処理させる。

２　設立委員は、寄附行為を作成し、私立学校法第三十一条第一項の認可を受けるとともに、沖縄科学技術大学院大学の設置について学校教育法第四条第一項の認可を受けなければならない。

３　文部科学大臣は、学園に対して私立学校法第三十一条第一項の認可をしたとき、又は沖縄科学技術大学院大学の設置について学校教育法第四条第一項の認可をしたときは、速やかに、その旨を内閣総理大臣に通知するものとする。

４　内閣総理大臣は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前においても、学園の監事の選任について、第七条第三項の認可に相当する認可をすることができる。

５　前項の規定による認可は、施行日以後は、第七条第三項の認可とみなす。

６　設立委員は、学園の設立の準備を完了したときは、遅滞なく、その旨を内閣総理大臣に届け出るとともに、その事務を私立学校法第三十条第二項の規定により第二項の寄附行為に定められた理事長となるべき者に引き継がなければならない。

７　学園は、私立学校法第三十三条の規定にかかわらず、この法律の施行の時に成立する。

８　学園は、学園の成立後遅滞なく、設立の登記をしなければならない。

第三条　独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構（以下「機構」という。）は、この法律の規定による学園の成立の時において解散するものとし、次項の規定により各出資者に分配される財産及び第三項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において学園が承継する。

２　前項の規定による解散に際し、機構は、独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構法（平成十七年法律第二十六号）第二十一条第二項の規定にかかわらず、その資産の価額から負債の金額を控除して残額を生ずるときは、当該残額に相当する額の財産を、政府を除く各出資者に対し、その出資額を限度として分配するものとする。

３　学園の成立の際現に機構が有する権利（前項の規定により各出資者に分配される財産を除く。）のうち、学園がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、学園の成立の時において国が承継する。

４　前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。

５　機構の解散の日の前日を含む事業年度は、独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下この条において「通則法」という。）第三十六条第一項の規定にかかわらず、同日に終わるものとする。

６　機構の解散の日の前日を含む事業年度に係る通則法第三十八条の規定による財務諸表、事業報告書及び決算報告書の作成等については、学園が従前の例により行うものとする。

７　機構の解散の日の前日を含む事業年度における業務の実績については、学園が従前の例により評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、学園に対してなされるものとする。

８　機構の解散の日の前日を含む事業年度における利益及び損失の処理については、学園が従前の例により行うものとする。

９　機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下この条において同じ。）に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表については、同日において機構の中期目標の期間が終了したものとして、学園が従前の例により行うものとする。

10　機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間における業務の実績については、同日において機構の中期目標の期間が終了したものとして、学園が従前の例により評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十四条第三項において準用する通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、学園に対してなされるものとする。

11　通則法第三十五条の規定は、機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間については、適用しない。

12　第八項の規定による機構の利益及び損失の処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、学園は、政令で定めるところにより、その額に相当する金額を国庫に納付するものとする。

13　第一項の規定により機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。

第四条　前条第一項の規定により学園が機構の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、学園が承継する資産の価額（機構の解散の日の前日までに政府以外の者から出えんされた金額を除く。）から負債の金額を控除した額に相当する金額は、政府から学園に対し拠出されたものとする。

２　前項の資産の価額は、学園の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

３　前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。

第五条　施行日の前日において健康保険法（大正十一年法律第七十号）による保険給付を受けることができる者であった機構の職員で、施行日に私立学校教職員共済法（昭和二十八年法律第二百四十五号。以下「共済法」という。）の規定による私立学校教職員共済制度の加入者となった者（学園の職員となった者に限る。次項において「機構の職員であった加入者」という。）に対する施行日以後の給付及び福祉事業に係る共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第六十一条第二項、第六十六条第三項、第六十七条及び第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険法による保険給付を受けることができる者であった間共済法の規定による私立学校教職員共済制度の加入者であったものとみなす。

２　機構の職員であった加入者のうち、この法律の施行の際健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けていた者であり、かつ、同一の傷病について共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに対する同項及び同条第二項の規定の適用については、同条第一項中「日以後三日を経過した日」とあるのは「日」と、同条第二項中「前項に規定する勤務に服することができなくなつた日以後三日を経過した日（同日において第六十九条の規定により傷病手当金の全部を支給しないときは、その支給を始めた日）」とあるのは「健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日」とする。

第六条　施行日の前日において厚生年金保険の被保険者であった機構の職員で、施行日に共済法の規定による私立学校教職員共済制度の加入者となった者（学園の職員となった者に限る。以下「機構の職員であった加入者」という。）のうち、一年以上の引き続く加入者期間（共済法第十七条第一項に規定する加入者期間をいい、学園の職員である期間に係るものに限る。以下同じ。）を有しない者であり、かつ、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（機構の職員であった期間に係るものに限る。以下「厚生年金保険期間」という。）と当該期間に引き続く加入者期間とを合算した期間が一年以上となるものに対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第七十七条第二項の規定の適用については、その者は、一年以上の引き続く加入者期間を有する者とみなす。

２　機構の職員であった加入者のうち、加入者期間が二十年未満であり、かつ、当該加入者期間と厚生年金保険期間とを合算した期間が二十年以上となるものに対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第七十七条第二項の規定の適用については、その者は、加入者期間が二十年以上である者とみなす。

３　前項に規定する者に対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第八十九条第一項及び第二項の規定の適用については、その者は、加入者期間が二十年以上である者とみなす。

第七条　機構の職員であった加入者のうち、厚生年金保険期間及び加入者期間がいずれも二十年未満であり、かつ、これらの期間を合算した期間が二十年以上となるものに係る退職共済年金については、その年金額の算定の基礎となる加入者期間が二十年以上であるものとみなして、共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第七十八条の規定を適用する。この場合において、同条第一項中「六十五歳未満の配偶者」とあるのは「配偶者」と、同条第四項中「次の各号」とあるのは「次の各号（第四号を除く。）」とする。

２　前項に規定する者に係る遺族共済年金については、その年金額の算定の基礎となる加入者期間が二十年以上であるものとみなして、共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第九十条の規定を適用する。

第八条　機構の職員であった加入者のうち、加入者期間が一年未満であり、かつ、当該加入者期間と厚生年金保険期間とを合算した期間が一年以上となるものに対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法附則第十二条の三の規定の適用については、その者は、一年以上の加入者期間を有する者とみなす。

第九条　学園の最初の会計年度の事業計画については、第九条第一項中「毎会計年度の開始前に」とあるのは、「学園の成立後遅滞なく」とする。

第十条　独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構法は、廃止する。

第十一条　機構の役員若しくは職員又は運営委員会の委員であった者に係るその職務上知ることのできた秘密を漏らし、又は盗用してはならない義務については、この法律の施行後も、なお従前の例による。

第十二条　この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

第十三条　附則第二条から第九条まで及び前二条に定めるもののほか、学園の設立に伴い必要な経過措置その他この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。

第十四条　国は、この法律の施行後十年を目途として、学園に対する国の財政支援の在り方その他この法律の施行の状況について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。

第十五条　行政事件訴訟法（昭和三十七年法律第百三十九号）の一部を次のように改正する。

第十六条　独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号）の一部を次のように改正する。

第十七条　独立行政法人等の保有する個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十九号）の一部を次のように改正する。

第十八条　研究開発システムの改革の推進等による研究開発能力の強化及び研究開発等の効率的推進等に関する法律（平成二十年法律第六十三号）の一部を次のように改正する。

第十九条　被用者年金制度の一元化等を図るための厚生年金保険法等の一部を改正する法律の一部を次のように改正する。

第二十条　独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の一部を次のように改正する。

第二十一条　公文書等の管理に関する法律（平成二十一年法律第六十六号）の一部を次のように改正する。

第二十二条　この法律の公布の日が、雇用保険法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第五号）の公布の日前である場合には、附則第十九条の規定の適用については同条中「第百五十五条」とあるのは「第百五十四条」と、「第百五十六条」とあるのは「第百五十五条」と、「第百五十四条」とあるのは「第百五十三条」とし、同法附則第十八条の規定の適用については同条中「第百五十四条」とあるのは「第百五十五条」と、「第百五十五条」とあるのは「第百五十六条」とする。