（施行期日）
第一条 この法律は、平成十八年四月一日から施行する。ただし、附則第九条第二項及び第三項並びに第十五条の規定は、公布の日から施行する。
（職員の引継ぎ等）
第二条 この法律の施行の際現に独立行政法人北海道開発土木研究所及び独立行政法人海技大学校（以下「北海道開発土木研究所等」という。）の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）において、それぞれ、独立行政法人北海道開発土木研究所の職員にあっては独立行政法人土木研究所の、独立行政法人海技大学校の職員にあっては独立行政法人海技教育機構の職員となるものとする。
２ この法律の施行の際現に独立行政法人土木研究所、独立行政法人建築研究所、独立行政法人交通安全環境研究所、独立行政法人海上技術安全研究所、独立行政法人港湾空港技術研究所、独立行政法人電子航法研究所、独立行政法人航海訓練所、独立行政法人海員学校及び独立行政法人航空大学校の職員である者は、別に辞令を発せられない限り、施行日において、引き続きそれぞれの独立行政法人（独立行政法人海員学校にあっては、独立行政法人海技教育機構）の職員となるものとする。
第三条 前条の規定により独立行政法人土木研究所、独立行政法人建築研究所、独立行政法人交通安全環境研究所、独立行政法人海上技術安全研究所、独立行政法人港湾空港技術研究所、独立行政法人電子航法研究所、独立行政法人航海訓練所、独立行政法人海技教育機構及び独立行政法人航空大学校（以下「施行日後の土木研究所等」という。）の職員となった者に対する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第八十二条第二項の規定の適用については、当該施行日後の土木研究所等の職員を同項に規定する特別職国家公務員等と、前条の規定により国家公務員としての身分を失ったことを任命権者の要請に応じ同項に規定する特別職国家公務員等となるため退職したこととみなす。
第四条 附則第二条の規定により施行日後の土木研究所等の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２ 施行日後の土木研究所等は、前項の規定の適用を受けた当該施行日後の土木研究所等の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を当該施行日後の土木研究所等の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３ 施行日の前日に独立行政法人土木研究所、独立行政法人建築研究所、独立行政法人交通安全環境研究所、独立行政法人海上技術安全研究所、独立行政法人港湾空港技術研究所、独立行政法人電子航法研究所、独立行政法人北海道開発土木研究所、独立行政法人海技大学校、独立行政法人航海訓練所、独立行政法人海員学校及び独立行政法人航空大学校（以下「施行日前の土木研究所等」という。）の職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の土木研究所等の職員となり、かつ、引き続き当該施行日後の土木研究所等の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の当該施行日後の土木研究所等の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が当該施行日後の土木研究所等を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４ 施行日後の土木研究所等は、施行日の前日に施行日前の土木研究所等の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の土木研究所等の職員となった者のうち施行日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に当該施行日後の土木研究所等を退職したものであって、その退職した日まで当該施行日前の土木研究所等の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
（国家公務員退職手当法の適用に関する経過措置）
第五条 施行日前に施行日前の土木研究所等を退職した者に関する国家公務員退職手当法第十二条の二及び第十二条の三の規定の適用については、独立行政法人土木研究所及び独立行政法人北海道開発土木研究所を退職した者にあっては独立行政法人土木研究所の、独立行政法人建築研究所を退職した者にあっては独立行政法人建築研究所の、独立行政法人交通安全環境研究所を退職した者にあっては独立行政法人交通安全環境研究所の、独立行政法人海上技術安全研究所を退職した者にあっては独立行政法人海上技術安全研究所の、独立行政法人港湾空港技術研究所を退職した者にあっては独立行政法人港湾空港技術研究所の、独立行政法人電子航法研究所を退職した者にあっては独立行政法人電子航法研究所の、独立行政法人海技大学校及び独立行政法人海員学校を退職した者にあっては独立行政法人海技教育機構の、独立行政法人航海訓練所を退職した者にあっては独立行政法人航海訓練所の、独立行政法人航空大学校を退職した者にあっては独立行政法人航空大学校の理事長は、同法第十二条の二第一項に規定する各省各庁の長等とみなす。
（労働組合についての経過措置）
第六条 この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の土木研究所等の職員となる者であるもの（以下この項において「旧労働組合」という。）は、この法律の施行の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、旧労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２ 前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３ 第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（不当労働行為の申立て等についての経過措置）
第七条 施行日前に特労法第十八条の規定に基づき施行日前の土木研究所等がした解雇に係る中央労働委員会に対する申立て及び中央労働委員会による命令の期間については、なお従前の例による。
２ この法律の施行の際現に中央労働委員会に係属している施行日前の土木研究所等とその職員に係る特労法の適用を受ける労働組合とを当事者とするあっせん、調停又は仲裁に係る事件に関する特労法第三章（第十二条及び第十六条の規定を除く。）及び第六章に規定する事項については、なお従前の例による。
（北海道開発土木研究所等の解散等）
第八条 北海道開発土木研究所等は、この法律の施行の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ承継する。
２ この法律の施行の際現に北海道開発土木研究所等が有する権利のうち、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、この法律の施行の時において国が承継する。
３ 前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
４ 北海道開発土木研究所等の平成十七年四月一日に始まる事業年度に係る独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下この条において「通則法」という。）第三十八条の規定による財務諸表、事業報告書及び決算報告書の作成等については、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ行うものとする。
５ 北海道開発土木研究所等の平成十七年四月一日に始まる事業年度における業務の実績については、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、それぞれ独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構に対してなされるものとする。
６ 北海道開発土木研究所等の平成十七年四月一日に始まる事業年度における利益及び損失の処理については、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ行うものとする。
７ 北海道開発土木研究所等の平成十三年四月一日に始まる通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この条において「中期目標の期間」という。）に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表については、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ行うものとする。
８ 北海道開発土木研究所等の平成十三年四月一日に始まる中期目標の期間における業務の実績については、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十四条第三項において準用する通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、それぞれ独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構に対してなされるものとする。
９ 北海道開発土木研究所等の平成十三年四月一日に始まる中期目標の期間における積立金の処分は、独立行政法人北海道開発土木研究所に係るものにあっては独立行政法人土木研究所が、独立行政法人海技大学校に係るものにあっては独立行政法人海技教育機構が、それぞれ従前の例により行うものとする。この場合において、附則第十二条第一号の規定による廃止前の独立行政法人北海道開発土木研究所法（平成十一年法律第二百十一号。次条第一項において「旧北海道開発土木研究所法」という。）第十二条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人土木研究所の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人土木研究所法（平成十一年法律第二百五号）第十二条」と、附則第十二条第二号の規定による廃止前の独立行政法人海技大学校法（平成十一年法律第二百十二号。次条第一項及び附則第十一条において「旧海技大学校法」という。）第十一条第一項中「当該中期目標の期間の次の」とあるのは「独立行政法人海技教育機構の平成十八年四月一日に始まる」と、「次の中期目標の期間における前条」とあるのは「中期目標の期間における独立行政法人海技教育機構法（平成十一年法律第二百十四号）第十一条」とする。
10 第一項の規定により北海道開発土木研究所等が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構への出資）
第九条 前条第一項の規定により独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構が北海道開発土木研究所等の権利及び義務を承継したときは、それぞれその承継に際し、独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構が承継する資産の価額（同条第九項の規定により読み替えられた旧北海道開発土木研究所法第十二条第一項又は旧海技大学校法第十一条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から独立行政法人土木研究所又は独立行政法人海技教育機構に出資されたものとする。
２ 前項に規定する資産の価額は、施行日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
３ 前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
（独立行政法人土木研究所に係る国有財産の無償使用）
第十条 国土交通大臣は、この法律の施行の際現に独立行政法人北海道開発土木研究所に使用されている国有財産であって政令で定めるものを、政令で定めるところにより、独立行政法人土木研究所の用に供するため、独立行政法人土木研究所に無償で使用させることができる。
（独立行政法人海技教育機構に係る財産の無償使用）
第十一条 国は、この法律の施行の際現に旧海技大学校法附則第六条の規定に基づき独立行政法人海技大学校に無償で使用させている財産を、独立行政法人海技教育機構の用に供するため、独立行政法人海技教育機構に無償で使用させることができる。
（独立行政法人北海道開発土木研究所法及び独立行政法人海技大学校法の廃止）
（独立行政法人北海道開発土木研究所法の廃止に伴う経過措置）
第十三条 施行日前に前条第一号の規定による廃止前の独立行政法人北海道開発土木研究所法第十三条の規定により国土交通大臣が独立行政法人北海道開発土木研究所に対してした指示は、第一条の規定による改正後の独立行政法人土木研究所法第十五条の規定により国土交通大臣が独立行政法人土木研究所にした指示とみなす。
（罰則に関する経過措置）
第十四条 施行日前にした行為及び附則第八条第九項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における施行日以後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第十五条 附則第二条から第十一条まで及び前二条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（道路整備特別会計法及び治水特別会計法の一部改正）
第十六条 次に掲げる法律の規定中「第十三条第三項」を「第十四条第三項」に改める。
一 道路整備特別会計法（昭和三十三年法律第三十五号）第三条第一項第九号
二 治水特別会計法（昭和三十五年法律第四十号）第四条第一項第七号
（国家公務員共済組合法の一部改正）
第十七条 国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）の一部を次のように改正する。
別表第三に次のように加える。
独立行政法人土木研究所 |
独立行政法人土木研究所法（平成十一年法律第二百五号） |
独立行政法人建築研究所 |
独立行政法人建築研究所法（平成十一年法律第二百六号） |
独立行政法人交通安全環境研究所 |
独立行政法人交通安全環境研究所法（平成十一年法律第二百七号） |
独立行政法人海上技術安全研究所 |
独立行政法人海上技術安全研究所法（平成十一年法律第二百八号） |
独立行政法人港湾空港技術研究所 |
独立行政法人港湾空港技術研究所法（平成十一年法律第二百九号） |
独立行政法人電子航法研究所 |
独立行政法人電子航法研究所法（平成十一年法律第二百十号） |
独立行政法人航海訓練所 |
独立行政法人航海訓練所法（平成十一年法律第二百十三号） |
独立行政法人海技教育機構 |
独立行政法人海技教育機構法（平成十一年法律第二百十四号） |
独立行政法人航空大学校 |
独立行政法人航空大学校法（平成十一年法律第二百十五号） |
（国家公務員共済組合法の一部改正に伴う船員組合員に係る特例に関する経過措置）
第十八条 国家公務員共済組合法第百十九条に規定する船員組合員のうち独立行政法人航海訓練所又は独立行政法人海技教育機構の職員である者については、当分の間、船員保険法（昭和十四年法律第七十三号）第十七条の規定にかかわらず、同条の規定による船員保険の被保険者でないものとみなして、労働者災害補償保険法（昭和二十二年法律第五十号）、労働保険の保険料の徴収等に関する法律（昭和四十四年法律第八十四号）及び雇用保険法の規定を適用する。
（自動車検査登録特別会計法の一部改正）
第十九条 自動車検査登録特別会計法（昭和三十九年法律第四十八号）の一部を次のように改正する。
第三条第一項中「第十五条第三項及び」を「第十六条第三項及び」に改める。
（国際航海船舶及び国際港湾施設の保安の確保等に関する法律の一部改正）
第二十条 国際航海船舶及び国際港湾施設の保安の確保等に関する法律（平成十六年法律第三十一号）の一部を次のように改正する。
第八条第二項中「独立行政法人海技大学校」を「独立行政法人海技教育機構」に、「「大学校」を「「機構」に改める。