（河川法及び電気事業法の特例等）
第三十一条 地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域において、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十三条、第二十四条又は第二十六条第一項（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定による許可（以下この条において「河川法第二十三条等の許可」という。）を受けた水利使用（流水の占用又は同法第二十六条第一項に規定する工作物で流水の占用のためのものの新築若しくは改築をいう。以下この条において同じ。）のために取水した流水のみを利用する水力発電事業（以下この条及び別表第二十一号において「特定水力発電事業」という。）を実施し又はその実施を促進することが、環境に配慮した地域の活性化を図るため必要であると認めて、次に掲げるところにより内閣総理大臣の認定を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、当該認定に係る特定水力発電事業については、第七項から第十三項までの規定を適用する。
一 当該認定の申請に、第四条第七項（第六条第二項において準用する場合を含む。）に規定する意見の概要のほか、次に掲げる事項を記載した書面を添付するものであること。
イ 当該特定水力発電事業に係る水利使用に関する計画（国土交通省令で定める事項が定められたものに限る。以下この条において「特定水利使用計画」という。）
ロ 当該特定水力発電事業が利用する流水に係る河川法第二十三条等の許可を受けた水利使用の内容（国土交通省令で定める事項が記載されたものに限る。）
二 地方公共団体が、当該認定の申請に先立ち、特定水力発電事業に関し必要な協議を行うための協議会（以下この条及び別表第二十一号において単に「協議会」という。）を組織し、当該協議会において当該特定水力発電事業に係る特定水利使用計画が協議されていること。
２ 協議会は、次に掲げる者をもって構成する。
二 特定水力発電事業を実施し、又は実施すると見込まれる者
三 当該特定水力発電事業に係る水利使用に関し河川法第二十三条等の許可を行う河川管理者（河川法第七条（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）に規定する河川管理者（同法第九条第二項又は第五項の規定により都道府県知事又は指定都市の長が同条第二項に規定する指定区間内の一級河川（同法第四条第一項に規定する一級河川をいう。以下この条において同じ。）の管理の一部を行う場合にあっては、当該都道府県知事又は当該指定都市の長）をいう。第九項及び第十三項において同じ。）
３ 第一項第二号の規定により協議会を組織する地方公共団体は、必要があると認めるときは、前項各号に掲げる者のほか、協議会に、次に掲げる者を構成員として加えることができる。
一 当該特定水力発電事業に係る水利使用に関し密接な関係を有する者
４ 地方公共団体は、第一項第二号の規定により協議会を組織したときは、遅滞なく、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公表しなければならない。
５ 第三項第一号に掲げる者であって協議会の構成員でないものは、第一項第二号の規定により協議会を組織する地方公共団体に対して、自己を協議会の構成員として加えるよう申し出ることができる。
６ 前項の規定による申出を受けた地方公共団体は、正当な理由がある場合を除き、当該申出に応じなければならない。
７ 国土交通大臣は、一級河川の特定水力発電事業に係る水利使用（第一項の認定を受けた構造改革特別区域計画に係る特定水利使用計画に定められた水利使用と同一の内容のものに限る。以下この条において「特定発電水利使用」という。）に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、河川法第三十五条第一項の規定にかかわらず、同項に規定する関係行政機関の長に協議することを要しない。
８ 国土交通大臣、都道府県知事又は指定都市の長は、一級河川又は二級河川（河川法第五条第一項に規定する二級河川をいう。以下この条において同じ。）の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、同法第三十六条第一項から第四項までの規定にかかわらず、協議会を構成する都道府県知事又は市町村長の意見を聴くことを要しない。
９ 河川管理者は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条又は第二十六条第一項の許可の申請があったときは、同法第三十八条の規定にかかわらず、協議会を構成する者であって当該協議会において当該特定発電水利使用に係る特定水利使用計画について同意したものに対しては、同条に規定する通知をすることを要しない。
10 都道府県知事は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、河川法第七十九条の規定にかかわらず、国土交通大臣の認可を受け、又は国土交通大臣に協議してその同意を得ることを要しない。
11 準用河川（河川法第百条第一項に規定する準用河川をいう。）の特定発電水利使用に関する同項において準用する同法の規定の特例については、前三項の規定に準じて政令で定める。
12 都道府県知事又は指定都市の長は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があったときは、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第百三条第一項の規定にかかわらず、意見を付して経済産業大臣に報告し、及びその意見を求めることを要しない。
13 河川管理者は、水利使用に関する河川法第二十三条等の許可の申請に係る行政手続法（平成五年法律第八十八号）第六条に規定する通常要すべき標準的な期間（以下この項において「標準処理期間」という。）を定めるときは、特定発電水利使用に係る標準処理期間について、他の水利使用（総合特別区域法（平成二十三年法律第八十一号）第五十条第一項に規定する特定発電水利使用及び東日本大震災復興特別区域法（平成二十三年法律第百二十二号）第三十条第一項に規定する特定発電水利使用を除く。）に係る標準処理期間に比して相当程度短い期間を定めるものとする。