構造改革特別区域法の一部を改正する法律構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）の一部を次のように改正する。目次中「・第二条」を「―第二条の二」に、「法律の特例に関する措置」を「構造改革特別区域における規制の特例措置」に、「第四十九条」を「第五十条」に改める。第二条第三項中「第四章で」を「第十二条、第十三条、第十五条、第十八条から第二十条まで、第二十三条、第二十四条及び第二十八条から第三十三条までに」に、「及び政令又は主務省令」を「並びに政令又は主務省令（以下この項において「政令等」という。）」に、「政令又は主務省令で規定するこれらの規定」を「第三十四条の規定による政令等又は第三十五条の規定による条例で規定する政令等」に改め、第一章中同条の次に次の一条を加える。

（関連する施策との連携）第二条の二国及び地方公共団体は、構造改革特別区域において、経済社会の構造改革の推進及び地域の活性化（以下「構造改革の推進等」という。）に関する施策を推進するに当たっては、地域の活力の再生に関する施策、産業の国際競争力の強化に関する施策その他の関連する施策との連携を図るよう努めなければならない。

第三条第一項中「経済社会の構造改革の推進及び地域の活性化（以下単に「構造改革の推進等」という。）」を「構造改革の推進等」に改める。第四条第十一項中「法律により規定された規制に係るものにあっては第四章で、政令又は主務省令により規定された規制に係るものにあっては政令又は主務省令で、それぞれ」を「次章で」に改める。第四章の章名を次のように改める。第四章　構造改革特別区域における規制の特例措置第二十八条の二第一項中「当該地域の特産物である農産物」を「農産物、当該構造改革特別区域の周辺の漁場の区域（漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第十一条第一項の規定により当該漁場の区域を定めた漁業の免許について定められている地元地区又は関係地区の全部又は一部が当該構造改革特別区域に含まれるものをいう。）内において採捕され若しくは養殖される水産物又は当該農産物若しくは当該水産物を原材料として製造される加工品（第二号において「特区内農産物等」という。）であって当該地域の特産物であるもの」に改め、「酒類の製造場」の下に「（同号において「特区内自己製造場」という。）」を加え、同項第一号中「生産されたもの」の下に「又はこれに準ずるものとして財務省令で定めるもの」を加え、同項第二号中「（他の製造場において製造されたものに限る。）及び農産物（」を「及び」に、「もので、当該構造改革特別区域内において生産されたものに限る。）又はこれらと他の物品（酒類及び農産物を除く。）を原料とした」を「農産物、水産物又は加工品（特区内農産物等又はこれに準ずるものとして財務省令で定めるものに限る。）を原料の全部又は一部としたものであって特区内自己製造場において製造された酒類を原料としていない」に改める。第三十条第一項中「において「指定都市」を「及び次条において「指定都市」に改める。第三十一条を次のように改める。

（河川法及び電気事業法の特例等）第三十一条地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域において、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十三条、第二十四条又は第二十六条第一項（これらの規定を同法第百条第一項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）の規定による許可（以下この条において「河川法第二十三条等の許可」という。）を受けた水利使用（流水の占用又は同法第二十六条第一項に規定する工作物で流水の占用のためのものの新築若しくは改築をいう。以下この条において同じ。）のために取水した流水のみを利用する水力発電事業（以下この条及び別表第二十一号において「特定水力発電事業」という。）を実施し又はその実施を促進することが、環境に配慮した地域の活性化を図るため必要であると認めて、次に掲げるところにより内閣総理大臣の認定を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、当該認定に係る特定水力発電事業については、第七項から第十三項までの規定を適用する。一当該認定の申請に、第四条第七項（第六条第二項において準用する場合を含む。）に規定する意見の概要のほか、次に掲げる事項を記載した書面を添付するものであること。イ当該特定水力発電事業に係る水利使用に関する計画（国土交通省令で定める事項が定められたものに限る。以下この条において「特定水利使用計画」という。）ロ当該特定水力発電事業が利用する流水に係る河川法第二十三条等の許可を受けた水利使用の内容（国土交通省令で定める事項が記載されたものに限る。）ハ次号の規定による協議の概要二地方公共団体が、当該認定の申請に先立ち、特定水力発電事業に関し必要な協議を行うための協議会（以下この条及び別表第二十一号において単に「協議会」という。）を組織し、当該協議会において当該特定水力発電事業に係る特定水利使用計画が協議されていること。２協議会は、次に掲げる者をもって構成する。一前項の地方公共団体二特定水力発電事業を実施し、又は実施すると見込まれる者三当該特定水力発電事業に係る水利使用に関し河川法第二十三条等の許可を行う河川管理者（河川法第七条（同法第百条第一項において準用する場合を含む。）に規定する河川管理者（同法第九条第二項又は第五項の規定により都道府県知事又は指定都市の長が同条第二項に規定する指定区間内の一級河川（同法第四条第一項に規定する一級河川をいう。以下この条において同じ。）の管理の一部を行う場合にあっては、当該都道府県知事又は当該指定都市の長）をいう。第九項及び第十三項において同じ。）３第一項第二号の規定により協議会を組織する地方公共団体は、必要があると認めるときは、前項各号に掲げる者のほか、協議会に、次に掲げる者を構成員として加えることができる。一当該特定水力発電事業に係る水利使用に関し密接な関係を有する者二その他当該地方公共団体が必要と認める者４地方公共団体は、第一項第二号の規定により協議会を組織したときは、遅滞なく、国土交通省令で定めるところにより、その旨を公表しなければならない。５第三項第一号に掲げる者であって協議会の構成員でないものは、第一項第二号の規定により協議会を組織する地方公共団体に対して、自己を協議会の構成員として加えるよう申し出ることができる。６前項の規定による申出を受けた地方公共団体は、正当な理由がある場合を除き、当該申出に応じなければならない。７国土交通大臣は、一級河川の特定水力発電事業に係る水利使用（第一項の認定を受けた構造改革特別区域計画に係る特定水利使用計画に定められた水利使用と同一の内容のものに限る。以下この条において「特定発電水利使用」という。）に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、河川法第三十五条第一項の規定にかかわらず、同項に規定する関係行政機関の長に協議することを要しない。８国土交通大臣、都道府県知事又は指定都市の長は、一級河川又は二級河川（河川法第五条第一項に規定する二級河川をいう。以下この条において同じ。）の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、同法第三十六条第一項から第四項までの規定にかかわらず、協議会を構成する都道府県知事又は市町村長の意見を聴くことを要しない。９河川管理者は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条又は第二十六条第一項の許可の申請があったときは、同法第三十八条の規定にかかわらず、協議会を構成する者であって当該協議会において当該特定発電水利使用に係る特定水利使用計画について同意したものに対しては、同条に規定する通知をすることを要しない。 10 都道府県知事は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があった場合において、その申請に対する処分をしようとするときは、河川法第七十九条の規定にかかわらず、国土交通大臣の認可を受け、又は国土交通大臣に協議してその同意を得ることを要しない。 11 準用河川（河川法第百条第一項に規定する準用河川をいう。）の特定発電水利使用に関する同項において準用する同法の規定の特例については、前三項の規定に準じて政令で定める。 12 都道府県知事又は指定都市の長は、一級河川又は二級河川の特定発電水利使用に関し河川法第二十三条等の許可の申請があったときは、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第百三条第一項の規定にかかわらず、意見を付して経済産業大臣に報告し、及びその意見を求めることを要しない。 13 河川管理者は、水利使用に関する河川法第二十三条等の許可の申請に係る行政手続法（平成五年法律第八十八号）第六条に規定する通常要すべき標準的な期間（以下この項において「標準処理期間」という。）を定めるときは、特定発電水利使用に係る標準処理期間について、他の水利使用（総合特別区域法（平成二十三年法律第八十一号）第五十条第一項に規定する特定発電水利使用及び東日本大震災復興特別区域法（平成二十三年法律第百二十二号）第三十条第一項に規定する特定発電水利使用を除く。）に係る標準処理期間に比して相当程度短い期間を定めるものとする。

第三十三条から第三十五条までを削る。第三十六条中「別表第二十六号」を「別表第二十三号」に改め、同条を第三十三条とし、第四章中同条の次に次の三条を加える。

（政令等で規定された規制の特例措置）第三十四条地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域において、政令又は主務省令により規定された規制に係る事業（以下この条及び別表第二十四号において「政令等規制事業」という。）を実施し又はその実施を促進する必要があると認めて内閣総理大臣の認定を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、当該政令等規制事業については、政令により規定された規制に係るものにあっては政令で、主務省令により規定された規制に係るものにあっては主務省令で、それぞれ定めるところにより、規制の特例措置を適用する。

（地方公共団体の事務に関する規制についての条例による特例措置）第三十五条地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域において、政令又は主務省令により規定された規制（地方公共団体の事務に関するものに限る。以下この条において同じ。）に係る事業（以下この条及び別表第二十五号において「地方公共団体事務政令等規制事業」という。）を実施し又はその実施を促進する必要があると認めて内閣総理大臣の認定を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、当該地方公共団体事務政令等規制事業については、政令により規定された規制に係るものにあっては政令で定めるところにより条例で、主務省令により規定された規制に係るものにあっては主務省令で定めるところにより条例で、それぞれ定めるところにより、規制の特例措置を適用する。

第三十六条削除

本則に次の一条を加える。

（経過措置）第五十条この法律の規定に基づき命令又は条例を制定し、又は改廃する場合においては、それぞれ命令又は条例で、その制定又は改廃に伴い合理的に必要と判断される範囲内において、所要の経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）を定めることができる。

附則第三条及び第四条中「平成二十四年三月三十一日」を「平成二十九年三月三十一日」に改める。別表第二十一号を次のように改める。二十一協議会を活用した特定水力発電事業第三十一条別表第二十三号から第二十五号までを次のように改める。二十三再生資源を利用したアルコール製造事業第三十三条二十四政令等規制事業で第三十四条の規定による政令又は主務省令で定めるもの第三十四条二十五地方公共団体事務政令等規制事業で第三十五条の規定による政令又は主務省令で定めるもの第三十五条

別表第二十六号及び第二十七号を削る。附　則

（施行期日）第一条この法律は、公布の日から施行する。

（経過措置）第二条この法律の施行の日前にこの法律による改正前の構造改革特別区域法（以下「旧法」という。）第二十八条の二第二項の規定により読み替えられた酒税法（昭和二十八年法律第六号）第十一条第一項の規定により付された製造する酒類の範囲を旧法第二十八条の二第一項第一号に掲げる酒類又は同項第二号に掲げる酒類に限る旨の条件は、この法律による改正後の構造改革特別区域法（以下「新法」という。）第二十八条の二第二項の規定により読み替えられた酒税法第十一条第一項の規定により付された製造する酒類の範囲をそれぞれ新法第二十八条の二第一項第一号に掲げる酒類又は同項第二号に掲げる酒類に限る旨の条件とみなす。

（検討）第三条政府は、この法律の施行後五年以内に、新法の施行の状況について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。

（総合特別区域法及び東日本大震災復興特別区域法の一部改正）第四条次に掲げる法律の規定中「水利使用（」の下に「構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第三十一条第七項に規定する特定発電水利使用及び」を加える。一総合特別区域法（平成二十三年法律第八十一号）第五十二条二東日本大震災復興特別区域法（平成二十三年法律第百二十二号）第三十二条