（施行期日）
第一条 この法律は、平成十七年十月一日から施行する。ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一 第十八条から第二十二条までの改正規定、第二十二条の二及び第二十二条の三を削る改正規定並びに附則第二条から第四条まで、第五条第一項（内閣総理大臣に推薦することに係る部分を除く。）及び第二項並びに第八条の規定 公布の日
二 第一条第二項、第六条の二第二項及び第十六条第三項の改正規定並びに附則第五条第一項（内閣総理大臣に推薦することに係る部分に限る。）、第七条及び第九条から第十一条までの規定 平成十七年四月一日
（経過措置）
第二条 前条第一号に掲げる規定の施行の日（以下「一部施行日」という。）からこの法律の施行の日（以下「施行日」という。）までの間における日本学術会議法第七条第二項及び第十五条第二項の規定の適用については、これらの規定中「第二十二条」とあるのは、「日本学術会議法の一部を改正する法律（平成十六年法律第二十九号）による改正前の第二十二条」とする。
第三条 施行日の前日において日本学術会議会員（以下「会員」という。）又は研究連絡委員会の委員である者の任期は、改正前の日本学術会議法（以下「旧法」という。）第七条第三項（旧法第十五条第三項において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、その日に満了する。
第四条 一部施行日から施行日の前日までの間、日本学術会議に、施行日以後最初に任命される会員（以下「新会員」という。）の候補者の選考及び推薦を行わせるため、日本学術会議会員候補者選考委員会（以下「委員会」という。）を置く。
２ 委員会は、政令で定める数を超えない範囲内の数の委員をもって組織する。
３ 委員は、学識経験のある者のうちから、次に掲げる者と協議の上、日本学術会議の会長が任命する。
一 内閣府設置法（平成十一年法律第八十九号）第二十九条第一項第六号に掲げる総合科学技術会議の議員のうちから総合科学技術会議の議長が指名するもの
４ 委員会に、専門の事項を調査させるため、専門委員を置くことができる。
５ 専門委員は、学識経験のある者のうちから日本学術会議の会長が任命する。
７ 前各項に定めるもののほか、委員会に関し必要な事項は、政令で定める。
第五条 委員会は、その定めるところにより、優れた研究又は業績がある科学者のうちから新会員の候補者を選考し、内閣府令で定めるところにより、内閣総理大臣に推薦するものとする。
２ 委員会は、前項の規定により新会員の候補者の選考を行う場合には、次条第二項の規定によりその任期が三年である新会員の候補者と改正後の日本学術会議法（以下「新法」という。）第七条第三項の規定によりその任期が六年である新会員の候補者との別ごとに行うものとする。
第六条 新会員は、新法第七条第二項の規定にかかわらず、前条第一項の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する。
２ 新会員の半数の者の任期は、新法第七条第三項の規定にかかわらず、三年とする。
３ 新法第七条第五項の規定は、新会員（前項の規定によりその任期が三年であるものを除く。）から適用する。
第七条 附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際、総務省本省に国家行政組織法（昭和二十三年法律第百二十号）第八条の三の特別の機関として置かれている日本学術会議及びその会長、会長その他の職員は、内閣府本府に内閣府設置法第四十条の特別の機関として置かれる日本学術会議及びその相当の職員となり、同一性をもって存続するものとする。
第八条 附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。
（国立国会図書館法の規定により行政各部門に置かれる支部図書館及びその職員に関する法律の一部改正）
第九条 国立国会図書館法の規定により行政各部門に置かれる支部図書館及びその職員に関する法律（昭和二十四年法律第百一号）の一部を次のように改正する。
第一条の表国立国会図書館支部日本学術会議図書館の項を削り、同表国立国会図書館支部内閣府図書館の項の次に次のように加える。
（総務省設置法の一部改正）
第十一条 総務省設置法（平成十一年法律第九十一号）の一部を次のように改正する。
目次中「第二十条の二」を「第二十一条」に、「第二十一条―」を「第二十二条・」に改める。
第二十一条を削り、第三章第二節第六款中第二十条の二を第二十一条とする。
第二十二条を同条第二項とし、同項の前に次の一項を加える。