第三十七条の十一　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日以後に前条第三項に規定する株式等（証券取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるものに限る。以下この条、次条及び第三十七条の十二の二において「上場株式等」という。）の譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含む。以下この条、次条、第三十七条の十二の二及び第三十七条の十三において同じ。）のうち次に掲げる上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等のこれらの譲渡（次項の規定の適用を受けるものを除く。）による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、前条第一項前段の規定により株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該上場株式等のこれらの譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し課する所得税の額は、同条第一項前段の規定にかかわらず、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（上場株式等に係る譲渡所得等の金額（第七項の規定により読み替えられた所得税法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の十五に相当する額とする。

２　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日から平成十七年十二月三十一日までの間に、上場株式等の譲渡のうち前項各号に掲げる上場株式等の譲渡をした場合において、当該上場株式等がその譲渡の日において所有期間が一年を超えるもの（以下この条において「長期所有上場株式等」という。）であるときは、当該長期所有上場株式等のこれらの譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、前条第一項前段の規定により株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該長期所有上場株式等のこれらの譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項、次項及び第五項において「長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し課する所得税の額は、同条第一項前段の規定にかかわらず、長期所有上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額（第七項の規定により読み替えられた所得税法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の七に相当する額とする。

３　前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算に関する明細書として政令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

４　税務署長は、前項の確定申告書の提出がなかつた場合又は同項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の政令で定める書類の提出があつた場合に限り、第二項の規定を適用することができる。

５　第二項の規定の適用を受ける長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額については、前条第二項の規定は、適用しない。

６　前三項に定めるもののほか、第一項及び第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

７　第一項又は第二項の規定の適用がある場合における前条第十項の規定の適用については、同項第一号中「特例）」とあるのは「特例）（同法第三十七条の十一第一項又は第二項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）の規定により適用される場合を含む。以下同じ。）」と、同項第五号中「これらの規定」とあるのは「同法第七十一条から第八十六条までの規定」と、「あるのは、」とあるのは「あるのは」と、「とする」とあるのは「と、同法第八十七条第二項中「総所得金額」とあるのは「総所得金額、株式等に係る譲渡所得等の金額（当該株式等に係る譲渡所得等の金額のうちに租税特別措置法第三十七条の十一第一項（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額又は同条第二項の規定の適用を受ける同項に規定する長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額がある場合には、当該株式等に係る譲渡所得等の金額から当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額及び当該長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額を控除した残額、当該上場株式等に係る譲渡所得等の金額又は当該長期所有上場株式等に係る譲渡所得等の金額）」とする」とする。

第三十七条の十一の二　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十三年九月三十日以前から引き続き所有していた上場株式等（同年十月一日において上場株式等に該当していたものに限るものとし、政令で定めるものを除く。以下この項及び次項において同じ。）を平成十五年一月一日から平成二十二年十二月三十一日までの間に譲渡をした場合における当該上場株式等の譲渡による譲渡所得（第三十二条第二項の規定に該当するものを除く。）の金額の計算上収入金額から控除する取得費は、所得税法第三十八条、第四十八条及び第六十一条の規定にかかわらず、当該上場株式等の平成十三年十月一日における価額として政令で定める金額の百分の八十に相当する金額とすることができる。

２　前項の規定の適用については、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が平成十三年十月一日以後に次に掲げる事由により取得した上場株式等は、その者が引き続き所有していたものとみなす。

３　前項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第三十七条の十二の二　確定申告書（第五項（次条第七項において準用する場合を含む。）において準用する所得税法第百二十三条第一項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。以下この項及び第三項において同じ。）を提出する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の前年以前三年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額（この項の規定の適用を受けて前年以前において控除されたものを除く。）を有する場合には、第三十七条の十第一項後段の規定にかかわらず、当該上場株式等に係る譲渡損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の同項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を限度として、当該年分の当該株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除する。

２　前項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額とは、当該居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十五年一月一日以後に、上場株式等の譲渡のうち第三十七条の十一第一項各号に掲げる上場株式等の譲渡（第三十二条第二項の規定に該当するものを除く。）をしたことにより生じた損失の金額として政令で定めるところにより計算した金額のうち、その者の当該譲渡をした日の属する年分の第三十七条の十第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上控除してもなお控除しきれない部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。

３　第一項の規定は、同項に規定する居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が前項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額が生じた年分の所得税につき当該上場株式等に係る譲渡損失の金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある確定申告書を提出し、かつ、その後において連続して確定申告書を提出している場合であつて、第一項の確定申告書に同項の規定による控除を受ける金額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

４　第一項の規定の適用がある場合における第三十七条の十（第十項を除く。）及び第三十七条の十一（第七項を除く。）の規定の適用については、第三十七条の十第一項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（第三十七条の十二の二第一項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、第三十七条の十一第一項及び第二項中「計算した金額（」とあるのは「計算した金額（第三十七条の十二の二第一項の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。」と、「同条第一項前段」とあるのは「前条第一項前段」とする。

５　所得税法第百二十三条第一項（第二号を除く。）（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、その年の翌年以後において第一項の規定の適用を受けようとする場合であつて、その年の年分の所得税につき同法第百二十条第一項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出すべき場合及び同法第百二十二条第一項又は第百二十三条第一項（これらの規定を同法第百六十六条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を提出することができる場合のいずれにも該当しない場合について準用する。この場合において、同法第百二十三条第一項中「第七十条第一項若しくは第二項（純損失の繰越控除）若しくは第七十一条第一項（雑損失の繰越控除）の規定の適用を受け、又は第百四十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定による還付を受けようとするときは、第三期において」とあるのは「租税特別措置法第三十七条の十二の二第一項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）の規定の適用を受けようとするときは」と、「次項各号に掲げる」とあるのは「その年において生じた同条第二項に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡損失の金額」という。）、その年の前年以前三年内の各年において生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額その他の政令で定める」と、同項第一号中「純損失の金額」とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、同項第三号中「純損失の金額及び雑損失の金額（第七十条第一項若しくは第二項又は第七十一条第一項」とあるのは「上場株式等に係る譲渡損失の金額（租税特別措置法第三十七条の十二の二第一項」と、「及び第百四十二条第二項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。次項第二号において同じ」とあるのは「を除く」と、「これらの金額」とあるのは「当該上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、「総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額をこえる」とあるのは「同法第三十七条の十第一項（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する株式等に係る譲渡所得等の金額を超える」と読み替えるものとする。

６　第一項の規定の適用がある場合における国税通則法の規定の適用については、同法第二条第六号ハ中「又は法人税法」とあるのは「若しくは法人税法」と、「若しくは雑損失の金額又は欠損金額」とあるのは「、雑損失の金額若しくは欠損金額又は租税特別措置法第三十七条の十二の二第二項（上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除）に規定する上場株式等に係る譲渡損失の金額」と、「同法第十五条の二第一項」とあるのは「法人税法第十五条の二第一項」とする。

７　その年の翌年以後又はその年において第一項の規定の適用を受けようとする場合に提出すべき確定申告書の記載事項の特例その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

第三十七条の十四の二　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十七年一月一日から平成十九年十二月三十一日までの間に、上場株式等（第三十七条の十第三項に規定する株式等のうち証券取引法第二条第十四項に規定する証券取引所に上場されているものその他これに類するものとして政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）でその者が租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第百三十四号）附則第一条ただし書に規定する日から平成十四年十二月三十一日までの間に取得（購入又は払込みによるものに限るものとし、政令で定めるものを除く。以下この項において同じ。）をしたものとして政令で定めるもの（その取得の時において上場株式等に該当していたものに限る。以下この条において「特定上場株式等」という。）の譲渡（これに類するものとして政令で定めるものを含むものとし、証券取引法第二条第十七項に規定する有価証券先物取引の方法により行うものを除く。以下この項及び第三項において同じ。）のうち次に掲げる特定上場株式等の譲渡をした場合には、その年においてこれらの譲渡をした特定上場株式等のうち、次項に定めるところにより提出した同項に規定する特定上場株式等非課税適用選択申告書にこの項の規定の適用を受けるものとして記載されたものでその取得対価の額（購入した特定上場株式等についてはその購入の代価の額をいい、払込みにより取得をした特定上場株式等についてはその払い込んだ金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）の合計額が千万円（その年の前年又は前々年においてこれらの譲渡をした特定上場株式等につき次項に規定する特定上場株式等非課税適用選択申告書が提出されている場合には、政令で定めるところにより、千万円からこの項の規定の適用を受けるものとして当該特定上場株式等非課税適用選択申告書に記載された特定上場株式等に係る取得対価の額の合計額を控除した残額。次項において「非課税適用購入限度額」という。）に達するまでのものの当該譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、所得税を課さない。

２　前項の規定は、その年において同項の譲渡をした特定上場株式等のうち同項の規定の適用を受けようとする特定上場株式等の取得対価の額を証する書類として財務省令で定める書類の添付がある次に掲げる事項を記載した申告書（以下この項において「特定上場株式等非課税適用選択申告書」という。）を、その者の住所地（国内に住所を有しない者にあつては、政令で定める場所）の所轄税務署長（その年分の所得税につき確定申告書を提出すべき場合又は提出する場合には、当該確定申告書に係る所得税の納税地の所轄税務署長）に、その年の翌年一月一日から同年三月十五日までの間（当該確定申告書（確定申告期限のあるものに限る。）を提出すべき場合又は提出する場合には、当該確定申告書の提出をすることができることとされる日から当該確定申告書に係る確定申告期限までの間）に提出した場合（当該所轄税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該特定上場株式等非課税適用選択申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）に限り、適用する。

３　前項の特定上場株式等非課税適用選択申告書は、政令で定める場合を除き、同一年においてした特定上場株式等の譲渡による所得について、重ねて提出することができない。

４　前項に定めるもののほか、第一項及び第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。