第一条　この法律は、瀬戸内海の環境の保全上有効な施策の実施を推進するための瀬戸内海の環境の保全に関する計画の策定等に関し必要な事項を定めるとともに、特定施設の設置の規制、富栄養化による被害の発生の防止、自然海浜の保全等に関し特別の措置を講ずることにより、瀬戸内海の環境の保全を図ることを目的とする。

第四条　関係府県知事は、基本計画に基づき、当該府県の区域において瀬戸内海の環境の保全に関し実施すべき施策について、瀬戸内海の環境の保全に関する府県計画（以下この章において「府県計画」という。）を定めるものとする。

２　関係府県知事は、府県計画を定めようとするときは、総理府令で定めるところにより、その内容を内閣総理大臣に報告しなければならない。

３　内閣総理大臣は、前項の報告を受けたときは、関係行政機関の長に協議し、当該府県計画の作成に関し必要な指示をすることができる。

４　関係府県知事は、府県計画を定めたときは、遅滞なく、これを関係市町村に送付するとともに、公表しなければならない。

５　前三項の規定は、府県計画の変更について準用する。

第四条の二　国及び地方公共団体は、基本計画及び府県計画の達成に必要な措置を講ずるように努めるものとする。

第十二条の二　内閣総理大臣は、瀬戸内海における化学的酸素要求量に係る水質の汚濁の防止を図るため、第五条第一項に規定する区域について、化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量の総量の削減に関する水質汚濁防止法第四条の二第一項の総量削減基本方針を定めるものとする。

２　前項の総量削減基本方針及びこれに基づく汚濁負荷量の総量の削減に関する水質汚濁防止法の規定の適用については、同法の規定中「汚濁負荷量」とあるのは「化学的酸素要求量で表示した汚濁負荷量」と、「指定水域」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第二条第一項に規定する瀬戸内海」と、「指定項目」とあるのは「化学的酸素要求量」と、「指定地域」とあるのは「瀬戸内海環境保全特別措置法第五条第一項に規定する区域」とする。

第十七条　政府は、瀬戸内海の油による汚染を防止するため、海難等による大量の油の排出の防止及び排出された油の防除に関し、指導及び取締りの強化、排出油防除体制の整備等必要な措置を講ずるように努めるものとする。

第二十五条　次の各号の一に該当する者は、十万円以下の罰金に処する。

第四条の二　内閣総理大臣は、人口及び産業の集中等により、生活又は事業活動に伴い排出された水が大量に流入する広域の公共用水域（湖沼及びほとんど陸岸で囲まれている海域に限る。）であり、かつ、第三条第一項又は第三項の排水基準のみによつては公害対策基本法（昭和四十二年法律第百三十二号）第九条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準（次項において「水質環境基準」という。）の確保が困難であると認められる水域であつて、第二条第二項第二号に規定する項目のうち化学的酸素要求量その他の政令で定める項目（以下「指定項目」という。）ごとに政令で定めるもの（以下「指定水域」という。）における指定項目に係る水質の汚濁の防止を図るため、指定水域の水質の汚濁に関係のある地域として指定水域ごとに政令で定める地域（以下「指定地域」という。）について、指定項目で表示した汚濁負荷量（以下単に「汚濁負荷量」という。）の総量の削減に関する基本方針（以下「総量削減基本方針」という。）を定めるものとする。

２　総量削減基本方針においては、削減の目標、目標年度その他汚濁負荷量の総量の削減に関する基本的な事項を定めるものとする。この場合において、削減の目標に関しては、当該指定水域について、当該指定項目に係る水質環境基準を確保することを目途とし、第一号に掲げる総量が目標年度において第二号に掲げる総量となるように第三号の削減目標量を定めるものとする。

３　内閣総理大臣は、第一項の水域を定める政令又は同項の地域を定める政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、関係都道府県知事の意見を聴かなければならない。

４　内閣総理大臣は、総量削減基本方針を定め、又は変更しようとするときは、関係都道府県知事の意見を聴くとともに、公害対策会議の議を経なければならない。

５　内閣総理大臣は、総量削減基本方針を定め、又は変更したときは、これを関係都道府県知事に通知するものとする。

第四条の三　都道府県知事は、指定地域にあつては、総量削減基本方針に基づき、前条第二項第三号の削減目標量を達成するための計画（以下「総量削減計画」という。）を定めなければならない。

２　総量削減計画においては、次の各号に掲げる事項を定めるものとする。

３　都道府県知事は、総量削減計画を定めようとするときは、関係市町村長の意見を聴くとともに、内閣総理大臣の承認を受けなければならない。

４　内閣総理大臣は、前項の承認をしようとするときは、公害対策会議の議を経なければならない。

５　都道府県知事は、総量削減計画を定めたときは、その内容を公告しなければならない。

６　前三項の規定は、総量削減計画の変更について準用する。

第四条の四　国及び地方公共団体は、総量削減計画の達成に必要な措置を講ずるように努めるものとする。

第四条の五　都道府県知事は、指定地域にあつては、指定地域内の特定事業場で総理府令で定める規模以上のもの（以下「指定地域内事業場」という。）から排出される排出水の汚濁負荷量について、総量削減計画に基づき、総理府令で定めるところにより、総量規制基準を定めなければならない。

２　都道府県知事は、新たに特定施設が設置された指定地域内事業場（工場又は事業場で、特定施設の設置又は構造等の変更により新たに指定地域内事業場となつたものを含む。）及び新たに設置された指定地域内事業場について、総量削減計画に基づき、総理府令で定めるところにより、それぞれ前項の総量規制基準に代えて適用すべき特別の総量規制基準を定めることができる。

３　第一項又は前項の総量規制基準は、指定地域内事業場につき当該指定地域内事業場から排出される排出水の汚濁負荷量について定める許容限度とする。

４　都道府県知事は、第一項又は第二項の総量規制基準を定めるときは、公示しなければならない。これを変更し、又は廃止するときも、同様とする。

第八条の二　都道府県知事は、第五条又は第七条の規定による届出があつた場合において、その届出に係る特定施設が設置される指定地域内事業場（工場又は事業場で、当該特定施設の設置又は構造等の変更により新たに指定地域内事業場となるものを含む。）について、当該指定地域内事業場から排出される排出水の汚濁負荷量が総量規制基準に適合しないと認めるときは、その届出を受理した日から六十日以内に限り、当該指定地域内事業場の設置者に対し、当該指定地域内事業場における汚水又は廃液の処理の方法の改善その他必要な措置を採るべきことを命ずることができる。

第十二条の二　指定地域内事業場の設置者は、当該指定地域内事業場に係る総量規制基準を遵守しなければならない。

第十三条の二　都道府県知事は、指定地域内事業場から排出水を排出する者以外の者であつて指定地域において公共用水域に汚水、廃液その他の汚濁負荷量の増加の原因となる物を排出するものに対し、総量削減計画を達成するために必要な指導、助言及び勧告をすることができる。