流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律（平成十七年法律第八十五号）の一部を次のように改正する。
目次中「第二十条」を「第二十五条」に、「第二十一条―第二十四条」を「第二十六条―第二十九条」に、「第二十五条」を「第三十条」に改める。
第一条中「増大している」を「増大するとともに、流通業務に必要な労働力の確保に支障が生じつつある」に、「かんがみ」を「鑑み」に改め、「共同して」を削る。
第二条第二号中「特定流通業務施設を中核として」を「二以上の者が連携して」に改め、「集約」の下に「、効率性の高い輸送手段の選択」を、「資する」の下に「とともに、流通業務の省力化を伴う」を加え、同条第三号中「仕分及び搬送の自動化等荷さばき」を「搬入及び搬出の円滑化を図るための情報処理システムその他の輸送」に改め、「、物資の受注及び発注の円滑化を図るための情報処理システム」を削り、同条中第六号を削り、第七号を第六号とし、第八号から第十号までを一号ずつ繰り上げ、第十二号を第十七号とし、第十一号を第十六号とし、同号の前に次の六号を加える。
十 貨物軽自動車運送事業 貨物自動車運送事業法第二条第四項の貨物軽自動車運送事業をいう。
十一 貨物運送一般旅客定期航路事業 海上運送法（昭和二十四年法律第百八十七号）第二条第五項の一般旅客定期航路事業（本邦の港と本邦以外の地域の港との間又は本邦以外の地域の各港間に航路を定めて行うものを除く。）のうち貨物の運送を行うものをいう。
十二 貨物鉄道事業 鉄道事業法（昭和六十一年法律第九十二号）第二条第一項の鉄道事業のうち貨物の運送を行うもの及び貨物の運送を行う同法第七条第一項に規定する鉄道事業者に鉄道施設を譲渡し、又は使用させるものをいう。
十三 貨物軌道事業 軌道法（大正十年法律第七十六号）による軌道事業のうち貨物の運送を行うものをいう。
十四 トラックターミナル事業 自動車ターミナル法（昭和三十四年法律第百三十六号）によるトラックターミナル事業をいう。
十五 倉庫業 倉庫業法（昭和三十一年法律第百二十一号）第二条第二項の倉庫業をいう。
第三条第二項第一号中「意義」の下に「及び目標」を加え、同項第五号中「他の事業者との連携又は事業の共同化により」を削る。
第四条第一項中「単独で又は共同で」を「共同して」に改め、同条第二項中第三号を削り、第四号を第三号とし、第五号を第四号とし、同項第六号中「含む。）」の下に「又は鉄道事業法第十八条」を加え、同号を同項第五号とし、同条第八項を同条第十一項とし、同条第七項中「港湾流通拠点地区において特定流通業務施設の整備を行う事業」を「第三項各号に掲げる事項」に改め、同項を同条第十項とし、同条第六項中「港湾流通拠点地区において特定流通業務施設の整備を行う事業」を「第三項各号に掲げる事項（港湾流通拠点地区において同項の特定流通業務施設の整備を行うものに係るものに限る。次項において同じ。）」に改め、同項を同条第九項とし、同条第五項中「特定流通業務施設の整備を行う事業」を「第三項各号に掲げる事項」に改め、同項を同条第八項とし、同条第四項を同条第五項とし、同項の次に次の二項を加える。
６ 国土交通大臣は、軌道法第三条の特許を要する事業が記載された総合効率化計画について第一項の認定をしようとするときは、あらかじめ、運輸審議会に諮るものとする。
７ 国土交通大臣は、総合効率化計画について第一項の認定をしようとするときは、あらかじめ、国土交通省令で定めるところにより関係する道路管理者（道路法（昭和二十七年法律第百八十号）第十八条第一項に規定する道路管理者をいう。以下この項において同じ。）に、国土交通省令・内閣府令で定めるところにより関係する都道府県公安委員会に、それぞれ意見を聴くものとする。ただし、道路管理者の意見を聴く必要がないものとして国土交通省令で定める場合、又は都道府県公安委員会の意見を聴く必要がないものとして国土交通省令・内閣府令で定める場合は、この限りでない。
第四条第三項第一号中「前項第一号から第四号までに掲げる」を「総合効率化計画に記載された」に改め、同項第二号中「前項第二号から第六号までに掲げる」を「総合効率化計画に記載された」に改め、同項第三号及び第四号を削り、同項第五号中「第六条第一項第一号から第四号まで」を「第六条第一項各号（第五号を除く。）」に改め、同号を同項第三号とし、同項第六号を同項第四号とし、同項第七号中「第六条第一号から第三号まで」を「第六条各号」に改め、同号を同項第五号とし、同項に次の六号を加える。
六 総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物運送一般旅客定期航路事業に該当するものについては、その総合効率化計画に記載された貨物運送一般旅客定期航路事業の内容が海上運送法第四条各号に掲げる基準に適合し、かつ、当該事業を実施する者が同法第五条各号のいずれにも該当しないこと。
七 総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物鉄道事業に該当するものについては、その総合効率化計画に記載された貨物鉄道事業の内容が鉄道事業法第五条第一項各号に掲げる基準に適合し、かつ、当該事業を実施する者が同法第六条各号のいずれにも該当しないこと。
八 総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業に該当するものについては、その総合効率化計画に記載された貨物軌道事業の内容が軌道法第三条の特許の基準に適合すること。
九 総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業に該当するものについては、当該事業を実施する者が自動車ターミナル法第五条各号のいずれにも該当せず、かつ、その総合効率化計画に記載されたトラックターミナル事業の内容が同法第六条各号に掲げる基準に適合すること。
十 総合効率化計画に記載された事業のうち、倉庫業に該当するものについては、当該事業を実施する者が倉庫業法第六条第一項各号のいずれにも該当しないこと。
十一 総合効率化計画に前項各号に掲げる事項が記載されている場合には、同項の特定流通業務施設の立地、規模、構造及び設備が同項第一号の区分に従い主務省令で定める基準に適合すること。
第四条中第三項を第四項とし、第二項の次に次の一項を加える。
３ 総合効率化計画には、前項各号に掲げる事項のほか、流通業務総合効率化事業の用に供する特定流通業務施設の整備に関する次に掲げる事項を記載することができる。
一 当該特定流通業務施設の政令で定める区分の別及び規模その他の当該特定流通業務施設の整備の内容
二 当該特定流通業務施設の用に供する土地の所在及び面積
第五条第二項中「同条第三項各号」を「同条第四項各号」に改め、同条第三項中「前条第三項から第八項まで」を「前条第四項から第十一項まで」に改め、同項に後段として次のように加える。
この場合において、同条第六項中「軌道法第三条の特許」とあるのは、「軌道法第十六条第一項（軌道の譲渡に係る部分に限る。）若しくは第二十二条ノ二の許可又は同法第二十二条の認可」と読み替えるものとする。
第七条第一項及び第二項中「第四条第三項第三号」を「第四条第四項第十一号」に改め、同条第三項中「第四条第三項」を「第四条第四項」に、「第三号」を「第十一号」に改める。
第九条の前の見出しを削り、同条第二項中「、同法」を「若しくは同法」に改め、第四章中同条を第八条とし、同条の前に見出しとして「（貨物利用運送事業法の特例）」を付し、第十条を第九条とする。
第十一条の見出しを削り、同条を第十条とし、同条の前に見出しとして「（貨物自動車運送事業法の特例）」を付し、同条の次に次の一条を加える。
第十一条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軽自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第三十六条第一項の規定による届出をしなければならないものについては、同項の規定により届出をしたものとみなす。
２ 貨物軽自動車運送事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軽自動車運送事業についての貨物自動車運送事業法第三十六条第一項後段、第三項又は第四項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により届出をしたものとみなす。
第二十五条第一項中「第二十一条」を「第二十六条」に改め、同条を第三十条とし、第五章中第二十四条を第二十九条とし、第二十一条から第二十三条までを五条ずつ繰り下げ、第四章中第二十条を第二十五条とし、第十九条を第二十四条とする。
第十八条第二項中「他の事業者との連携又は事業の共同化を行う」を削り、同条を第二十三条とする。
第十七条中「認定総合効率化事業」を「特定認定総合効率化事業」に、「かんがみ」を「鑑み」に改め、同条を第二十二条とする。
第十六条中「認定総合効率化事業」を「特定認定総合効率化事業」に改め、同条を第二十一条とする。
第十五条第一項中「食品流通構造改善促進機構は、」を削り、「第十二条各号」を「第十一条第一項の規定により指定された食品流通構造改善促進機構は、同法第十二条各号」に改め、同項第三号中「認定総合効率化事業」を「特定認定総合効率化計画に記載された事業（以下「特定認定総合効率化事業」という。）」に、「認定総合効率化計画」を「特定認定総合効率化計画」に改め、同条第二項の表第十三条第一項の項中「以下」を「平成十七年法律第八十五号。以下」に、「第十五条第一項第一号」を「第二十条第一項第一号」に改め、同表第十四条第一項の項中「第十五条第一項第一号」を「第二十条第一項第一号」に改め、同表第十八条第一項、第十九条及び第二十条第一項第一号の項中「第十五条第一項各号」を「第二十条第一項各号」に改め、同条を第二十条とし、第十四条を第十九条とする。
第十三条第一項の表第三条第一項の項中「第十三条第一項」を「（平成十七年法律第八十五号）第十八条第一項」に改め、同条を第十八条とする。
第十二条第一項中「その総合効率化計画」の下に「（第四条第三項各号に掲げる事項が記載されたものに限る。）」を加え、「第四条第一項」を「同条第一項」に改め、同条第二項中「認定総合効率化計画」の下に「（第四条第三項各号に掲げる事項が記載されたものに限る。第二十条第一項第三号において「特定認定総合効率化計画」という。）」を加え、同条を第十七条とし、同条の前に次の五条を加える。
（海上運送法の特例）
第十二条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物運送一般旅客定期航路事業についての海上運送法第三条第一項の許可若しくは同法第十一条第一項の認可を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２ 貨物運送一般旅客定期航路事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物運送一般旅客定期航路事業についての海上運送法第十一条第一項若しくは第十八条第一項、第二項若しくは第四項の認可を受け、又は同法第十一条第三項若しくは第十五条第一項若しくは第二項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
（鉄道事業法の特例）
第十三条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物鉄道事業についての鉄道事業法第三条第一項の許可若しくは同法第七条第一項の認可を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２ 貨物鉄道事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物鉄道事業についての鉄道事業法第七条第一項、第二十六条第一項若しくは第二項若しくは第二十七条第一項の認可を受け、又は同法第七条第三項、第二十八条第一項若しくは第二十八条の二第六項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３ 認定総合効率化事業者たる貨物鉄道事業者（貨物鉄道事業について鉄道事業法第三条第一項の許可を受けた者をいう。）が認定総合効率化事業者たる他の運送事業者と認定総合効率化計画に従って同法第十八条に規定する運輸に関する協定を締結したときは、当該協定につき、あらかじめ、同条の規定による届出をしたものとみなす。認定総合効率化計画に従ってこれを変更したときも、同様とする。
（軌道法の特例）
第十四条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業についての軌道法第三条の特許を受けなければならないものについては、同条の規定により特許を受けたものとみなす。
２ 貨物軌道事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、貨物軌道事業についての軌道法第十五条、第十六条第一項（軌道の譲渡に係る部分に限る。）若しくは第二十二条ノ二の許可又は同法第二十二条若しくは同法第二十六条において準用する鉄道事業法第二十七条第一項の認可を受けなければならないものについては、これらの規定により許可又は認可を受けたものとみなす。
（自動車ターミナル法の特例）
第十五条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第三条若しくは第十一条第一項の許可を受け、又は同法第十条若しくは第十一条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可を受け、又は届出をしたものとみなす。
２ トラックターミナル事業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、トラックターミナル事業についての自動車ターミナル法第十一条第一項の許可若しくは同法第十二条第一項若しくは第二項の認可を受け、又は同法第十条、第十一条第三項、第十二条第五項若しくは第十三条の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により許可若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
（倉庫業法の特例）
第十六条 総合効率化事業者がその総合効率化計画について第四条第一項の認定を受けたときは、当該総合効率化計画に記載された事業のうち、倉庫業についての倉庫業法第三条の登録若しくは同法第七条第一項の変更登録を受け、又は同条第三項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により登録若しくは変更登録を受け、又は届出をしたものとみなす。
２ 倉庫業を営む認定総合効率化事業者がその認定総合効率化計画の変更について第五条第一項の認定を受けたときは、当該認定総合効率化計画に記載された事業のうち、倉庫業についての倉庫業法第七条第一項の変更登録若しくは同法第十八条第一項の認可を受け、又は同法第七条第三項、第十七条第三項、第十九条第一項若しくは第二十条第一項の規定による届出をしなければならないものについては、これらの規定により変更登録若しくは認可を受け、又は届出をしたものとみなす。
３ 認定総合効率化事業者が組合等である場合にあっては、当該認定総合効率化事業者が認定総合効率化計画に従って行う倉庫業であって利用者を認定総合効率化事業者たる組合等の構成員に限定して行うものについては、倉庫業法第八条第一項及び第九条の規定は、適用しない。