第三条第一項及び第二項中「平成十八年度」を「平成二十三年度」に改め、同条第三項中「歩行者等立体横断施設の整備」の下に「（以下「立体交差化等」という。）」を加え、同条第四項中「立体交差化、構造の改良又は歩行者等立体横断施設の整備」を「立体交差化等」に改める。

第四条の見出しを「（立体交差化計画等及び保安設備整備計画）」に改め、同条第一項中「立体交差化、構造の改良又は歩行者等立体横断施設の整備」を「立体交差化等」に改め、「、国土交通大臣の指定する期日までに」を削り、「歩行者等立体横断施設整備計画」の下に「（以下「立体交差化計画等」という。）」を加え、「提出しなければならない」を「提出することができる」に改め、後段を削り、同条第十項中「第七項」を「第十項（第十一項において準用する場合を含む。）」に改め、同項を同条第十四項とし、同条第九項中「立体交差化計画、構造改良計画若しくは歩行者等立体横断施設整備計画（第五項本文の規定により国土交通大臣が作成したものを除く。）又は」を「第一項（第十一項において準用する場合を含む。）の規定により提出された立体交差化計画等又は前項の規定により提出された」に改め、「保安設備整備計画」の下に「（以下単に「保安設備整備計画」という。）」を加え、同項を同条第十三項とし、同条第八項を同条第十二項とし、同条第七項中「立体交差化計画、構造改良計画又は歩行者等立体横断施設整備計画」を「立体交差化計画等」に改め、同項を同条第十項とし、同項の次に次の一項を加える。

第四条第六項中「前項」を「第六項」に、「立体交差化計画、構造改良計画又は歩行者等立体横断施設整備計画」を「立体交差化計画等」に改め、同項を同条第九項とし、同条第五項中「立体交差化、構造の改良又は歩行者等立体横断施設の整備」を「立体交差化等」に、「あらかじめ当該指定に係る鉄道事業者の意見を聴いて、立体交差化計画、構造改良計画又は歩行者等立体横断施設整備計画」を「当該踏切道について立体交差化計画等」に改め、ただし書を削り、同項を同条第六項とし、同項の次に次の二項を加える。

第四条第四項中「第二項」を「第三項」に改め、同項を同条第五項とし、同条第三項を同条第四項とし、同条第二項中「前項の規定により協議する場合において、鉄道事業者と国土交通大臣以外の道路管理者との協議が成立しない」を「第一項の協議が成立せず、又は協議をすることができない」に改め、同項を同条第三項とし、同条第一項の次に次の一項を加える。

第五条を次のように改める。

第六条第二項中「前項」を「前三項」に改め、「国土交通大臣以外の」を削り、同項を同条第四項とし、同条第一項中「鉄道事業者及び国土交通大臣以外の」を「前条第二項に規定する場合において、同条第一項の鉄道事業者及び」に改め、「又は鉄道事業者」を削り、「なく」の下に「当該」を加え、同項を同条第二項とし、同項の次に次の一項を加える。

第六条に第一項として次の一項を加える。

第七条第一項中「立体交差化計画、構造改良計画又は歩行者等立体横断施設整備計画」を「第三条第一項の規定による指定であつて立体交差化等に係るものがあつた場合における当該踏切道の立体交差化等による改良」に改める。

第九条第一項中「立体交差化計画」を「第四条第一項（同条第十一項において準用する場合を含む。）の規定により提出された立体交差化計画又は同条第六項の規定により作成された立体交差化計画（当該立体交差化計画の変更があつたときは、その変更後のもの）」に改める。