（業務の範囲）
第十三条 センターは、第三条の目的を達成するため、次の業務を行う。
一 国立大学法人等の財産の適切かつ有効な活用について国立大学法人等に対する協力及び専門的、技術的助言を行うこと。
二 国立大学法人及び大学共同利用機関法人に対し、文部科学大臣の定めるところにより、土地の取得、施設の設置若しくは整備又は設備の設置に必要な資金の貸付け（以下「施設費貸付事業」という。）を行うこと。
三 国立大学法人等に対し、文部科学大臣の定めるところにより、土地の取得、施設の設置若しくは整備又は設備の設置に必要な資金の交付（以下「施設費交付事業」という。）を行うこと。
四 国立大学法人等における奨学を目的とする寄附金で特定の国立大学法人等に係るもの以外のものの受入れ及び当該寄附金に相当する金額の配分に関する業務を行うこと。
五 高等教育に係る財政並びに国立大学法人等の財務及び経営に関する調査及び研究を行うこと。
六 国立大学法人等における財務及び経営の改善に関し、その職員の研修、情報提供その他の業務を行うこと。
（区分経理）
第十四条 センターは、施設費貸付事業及び施設費交付事業に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定（以下「施設整備勘定」という。）を設けて整理しなければならない。
（利益及び損失の処理の特例等）
第十五条 施設整備勘定以外の一般の勘定において、通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間（以下この項において「中期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち文部科学大臣の承認を受けた金額を、当該中期目標の期間の次の中期目標の期間に係る通則法第三十条第一項の認可を受けた中期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中期目標の期間における第十三条第一号及び第四号から第六号までに掲げる業務並びにこれらに附帯する業務の財源に充てることができる。
２ 文部科学大臣は、前項の規定による承認をしようとするときは、あらかじめ、文部科学省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
３ センターは、第一項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
４ 施設整備勘定については、通則法第四十四条第一項ただし書、第三項及び第四項の規定は、適用しない。
５ センターは、施設整備勘定において、通則法第四十四条第一項本文又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項本文の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額を、翌事業年度以降の施設費交付事業の財源に充てなければならない。
６ 前各項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
（長期借入金及び独立行政法人国立大学財務・経営センター債券）
第十六条 センターは、施設費貸付事業に必要な費用に充てるため、文部科学大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は独立行政法人国立大学財務・経営センター債券（以下「債券」という。）を発行することができる。
２ 前項に規定するもののほか、センターは、長期借入金又は債券で政令で定めるものの償還に充てるため、文部科学大臣の認可を受けて、長期借入金をし、又は債券を発行することができる。ただし、その償還期間が政令で定める期間のものに限る。
３ 文部科学大臣は、前二項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、文部科学省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
４ 第一項又は第二項の規定による債券の債権者は、センターの財産について他の債権者に先立って自己の債権の弁済を受ける権利を有する。
５ 前項の先取特権の順位は、民法（明治二十九年法律第八十九号）の規定による一般の先取特権に次ぐものとする。
６ センターは、文部科学大臣の認可を受けて、債券の発行に関する事務の全部又は一部を銀行又は信託会社に委託することができる。
７ 商法（明治三十二年法律第四十八号）第三百九条、第三百十条及び第三百十一条の規定は、前項の規定により委託を受けた銀行又は信託会社について準用する。
８ 前各項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定による長期借入金又は債券に関し必要な事項は、政令で定める。
（債務保証）
第十七条 政府は、法人に対する政府の財政援助の制限に関する法律（昭和二十一年法律第二十四号）第三条の規定にかかわらず、国会の議決を経た金額の範囲内において、前条第一項又は第二項の規定によるセンターの長期借入金又は債券に係る債務（国際復興開発銀行等からの外資の受入に関する特別措置に関する法律（昭和二十八年法律第五十一号）第二条の規定に基づき政府が保証契約をすることができる債務を除く。）について保証することができる。
（償還計画）
第十八条 センターは、毎事業年度、長期借入金及び債券の償還計画を立てて、文部科学大臣の認可を受けなければならない。
２ 文部科学大臣は、前項の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、文部科学省の独立行政法人評価委員会の意見を聴かなければならない。
（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律の準用）
第十九条 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号）の規定（罰則を含む。）は、第十三条第三号の規定によりセンターが交付する資金について準用する。この場合において、同法（第二条第七項を除く。）中「各省各庁」とあるのは「独立行政法人国立大学財務・経営センター」と、「各省各庁の長」とあるのは「独立行政法人国立大学財務・経営センターの理事長」と、同法第二条第一項（第二号を除く。）及び第四項、第七条第二項、第十九条第一項及び第二項、第二十四条並びに第三十三条中「国」とあるのは「独立行政法人国立大学財務・経営センター」と、同法第十四条中「国の会計年度」とあるのは「独立行政法人国立大学財務・経営センターの事業年度」と読み替えるものとする。