（基金）
第五条の二 機構は、将来における我が国の経済社会の発展の基盤となる革新的な新技術の創出を集中的に推進するため、平成二十五年度の一般会計補正予算（第１号）により交付される補助金により、平成三十一年三月三十一日までの間に限り、第十八条第一号に掲げる業務のうち革新的な新技術の創出に係るもの及びこれに附帯する業務に要する費用に充てるための基金（以下単に「基金」という。）を設けるものとする。
２ 基金の運用によって生じた利子その他の収入金は、基金に充てるものとする。
３ 通則法第四十七条及び第六十七条（第四号に係る部分に限る。）の規定は、基金の運用について準用する。この場合において、通則法第四十七条第三号中「金銭信託」とあるのは、「金銭信託で元本補填の契約があるもの」と読み替えるものとする。
４ 機構は、基金を廃止する場合において、基金に残余があるときは、政令で定めるところにより、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
（業務方法書）
第五条の三 文部科学大臣は、通則法第二十八条第一項の規定による業務方法書（前条第一項に規定する業務（基金をこれに必要な費用に充てるものに限る。以下「革新的新技術研究開発業務」という。）に係る部分に限る。次項において同じ。）の認可をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。
２ 文部科学大臣は、通則法第二十八条第二項の規定により、業務方法書に記載すべき事項に係る文部科学省令を定めようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。
（中期目標及び中期計画）
第五条の四 文部科学大臣は、通則法第二十九条第一項の規定により、中期目標（革新的新技術研究開発業務に係る部分に限る。）を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。
２ 文部科学大臣は、通則法第三十条第一項の規定による中期計画（革新的新技術研究開発業務に係る部分に限る。）の認可をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。
（区分経理）
第五条の五 機構は、革新的新技術研究開発業務については、特別の勘定を設けて経理しなければならない。
（国会への報告等）
第五条の六 機構は、毎事業年度、革新的新技術研究開発業務に関する報告書を作成し、当該事業年度の終了後三月以内に文部科学大臣に提出しなければならない。
２ 文部科学大臣は、前項の報告書の提出を受けたときは、これに意見を付けて、国会に報告しなければならない。
（過料）
第五条の七 附則第五条の二第三項において準用する通則法第四十七条の規定に違反して基金を運用した場合には、その違反行為をした機構の役員は、二十万円以下の過料に処する。