６　居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、平成十三年十月一日から平成十五年三月三十一日までの期間（以下この項において「特定期間」という。）内に、証券取引所に上場されている株式（政令で定めるものを除く。）その他これに類するものとして政令で定めるもの（以下この項において「上場株式等」という。）の譲渡（証券業者への売委託に基づくもの又は証券業者に対するものに限る。以下この項において同じ。）をした場合において、当該上場株式等がその譲渡の日において所有期間が一年を超えるもの（以下この項において「長期所有上場株式等」という。）であるときは、第一項の規定の適用については、政令で定めるところにより、その年分の株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、その年中の長期所有上場株式等の譲渡（特定期間内のものに限る。）に係る譲渡所得の金額から百万円（当該譲渡所得の金額が百万円に満たない場合には、当該譲渡所得の金額）を控除するものとする。

７　前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、同項に規定する長期所有上場株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額及び同項の控除の計算に関する明細書として政令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

８　税務署長は、前項の確定申告書の提出がなかつた場合又は同項の記載若しくは添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その提出又は記載若しくは添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の政令で定める書類の提出があつた場合に限り、第六項の規定を適用することができる。