２　前条第一項若しくは第二項の人事院規則で定める官署に在勤する職員（これらの規定の人事院規則で定める職員を除く。）又は同条第三項の人事院規則で定める官署に在勤する職員（移転職員等及び同項後段の人事院規則で定める職員に限る。）がその在勤する官署を異にして異動した場合又はこれらの職員の在勤する官署が移転した場合において、当該異動若しくは移転（以下この項において「異動等」という。）の直後に在勤する地域若しくは官署に係る調整手当の支給割合（第十一条の三第二項各号に掲げる割合をいう。以下「異動等後の支給割合」という。）が当該異動等の日の前日に在勤していた官署に引き続き在勤するものとした場合における当該官署に係る前条の規定による当該異動等の日の調整手当の支給割合に達しないこととなるとき、又は当該異動等の直後に在勤する地域若しくは官署が第十一条の三第一項の人事院規則で定める地域若しくは官署に該当しないこととなるときは、当該職員には、前三条又は前項ただし書若しくは次項の規定により当該異動等の日の前日に在勤していた官署に引き続き在勤するものとした場合における当該官署に係る前条の規定による調整手当の支給割合（以下「みなし特例支給割合」という。）以上の支給割合による調整手当を支給される期間を除き、第十一条の三から前条まで又は前項若しくは次項の規定にかかわらず、当該異動等の日から三年を経過するまでの間（その間にみなし特例支給割合が異動等後の支給割合以下となるときは、その以下となる日の前日までの間。以下同じ。）、当該官署に引き続き在勤するものとした場合に前条の規定により支給されることとなる調整手当を支給する。ただし、当該職員が当該異動等の日から三年を経過するまでの間に更に在勤する地域又は官署を異にして異動した場合その他人事院の定める場合における当該職員に対する調整手当の支給については、人事院の定めるところによる。

３　官署を異にする異動又は在勤する官署の移転に伴い、所在する地域を異にする官署に在勤することとなつたことにより、通勤の実情に変更を生ずることとなつた職員で人事院規則で定めるもののうち、第一項第一号又は第三号に掲げる職員で、当該異動又は官署の移転の直前の住居（当該住居に相当するものとして人事院規則で定める住居を含む。）からの通勤のため、新幹線鉄道等の特別急行列車、高速自動車国道その他の交通機関等（以下「新幹線鉄道等」という。）でその利用が人事院規則で定める基準に照らして通勤事情の改善に相当程度資するものであると認められるものを利用し、その利用に係る特別料金等（その利用に係る運賃等の額から運賃等相当額の算出の基礎となる運賃等に相当する額を減じた額をいう。以下同じ。）を負担することを常例とするものの通勤手当の月額は、前項の規定にかかわらず、人事院規則で定めるところにより算出したその者の一箇月の通勤に要する特別料金等の額の二分の一に相当する額（その額が二万円を超えるときは、二万円）及び同項の規定による額の合計額とする。

４　前項の規定は、検察官であつた者又は給与特例法適用職員等であつた者から引き続き俸給表の適用を受ける職員となつた者のうち、第一項第一号又は第三号に掲げる職員、で当該適用の直前の住居（当該住民に相当するものとして人事院規則で定める住居を含む。）からの通勤のため、新幹線鉄道等でその利用が人事院規則で定める基準に照らして通勤事情の改善に相当程度資するものであると認められるものを利用し、その利用に係る特別料金等を負担することを常例とするもの（任用の事情等を考慮して人事院規則で定める職員に限る。）その他前項の規定による通勤手当を支給される職員との権衡上必要があると認められるものとして人事院規則で定める職員の通勤手当の月額の算出について準用する。