（基金）
第十二条 センターは、第十条第一項第七号の業務及びこれに附帯する業務（以下この条において「助成業務」という。）の財源をその運用によって得るために基金を設け、第六条第二項後段の規定により政府が示した金額及び基金に充てることを条件として政府以外の者から出えんされた金額の合計額に相当する金額をもってこれに充てるものとする。
２ 通則法第四十七条及び第六十七条（第四号に係る部分に限る。）の規定は、基金の運用について準用する。この場合において、通則法第四十七条第三号中「金銭信託」とあるのは、「金銭信託で元本補てんの契約があるもの」と読み替えるものとする。
３ センターは、基金の運用により生ずる利子その他の運用利益金（以下この条において「基金の運用利益金」という。）を、助成業務の財源に充てること以外の用途に使用してはならない。ただし、第十条第一項の業務のうち助成業務以外のもの（以下この項において「研修等業務」という。）の遂行上特に必要があるときは、助成業務の遂行に支障のない範囲内で、文部科学大臣の認可を受けて、基金の運用利益金を研修等業務の財源に充てることができる。
４ 文部科学大臣は、前項ただし書の規定による認可をしようとするときは、あらかじめ、文部科学省の独立行政法人評価委員会の意見を聴くとともに、財務大臣に協議しなければならない。
５ センターは、基金の運用利益金のうち未使用の部分の額に相当する金額を、助成業務の財源に充てるために留保されるべき負債として整理するものとする。