第三条の二 運輸大臣は、外国又は外国の公共団体若しくはこれに準ずるものが次に掲げる措置を講ずる場合において、当該措置により生ずる事態に緊急に対処するため必要があると認めるときは、前条第一項の規定にかかわらず、当該外国（外国の公共団体又はこれに準ずるものが当該措置を講ずる場合は、その属する外国）に係る外国外航船舶運航事業者（以下「特定相手国外航船舶運航事業者」という。）に対し、期間を定めて、その期間内にその事態が消滅しない場合は次条第一項に規定する事項を命ずることがある旨を通告することができる。
一 本邦外航船舶運航事業者に対し、当該本邦外航船舶運航事業者の行う外航船舶運航事業に使用する船舶の外国の港への入港について、外国外航船舶運航事業者の全部若しくは一部に対して納付を義務付けていない不当に差別的な負担金（負担金、課徴金、入港料その他名称のいかんを問わず、金銭的負担となるものをいう。）の納付を義務付けること又はその納付を将来義務付ける旨の決定をすること。
二 本邦外航船舶運航事業者の行う外航船舶運航事業に使用する船舶について、外国の港への入出港を制限し、若しくは禁止し、若しくは外国における貨物の積込み若しくは取卸しを制限し、若しくは禁止すること（以下「入出港制限等」という。）を行うこと又は入出港制限等を将来行う旨の決定をすること。
２ 運輸大臣は、前項第一号に掲げる措置に関し同項の規定による通告をしたときは、当該通告をした特定相手国外航船舶運航事業者に対し、同号の負担金の額に相当する金額の国庫への納付を通告することができる。
３ 前項の規定による通告を受けた特定相手国外航船舶運航事業者は、同項に規定する金額を国庫に納付しようとする場合には、運輸大臣にその旨を申し出なければならない。
４ 前条第二項から第四項までの規定は、第一項の規定による通告をした場合について準用する。