第二條 旅順鎭守府ハ關東州ノ海岸海面ノ警備、防禦ノ計畫ヲ掌ル所トス
第三條 旅順鎭守府ニハ必要ニ應シ艦隊驅逐隊艇隊及艦船ヲ附屬セシム
第四條 旅順鎭守府ニ病室ヲ置キ海軍病院ニ準シ患者ヲ診療セシム
天皇ニ直隸シ麾下ノ艦隊艦船部隊ヲ統率シ又海軍大臣ノ命ヲ承ケ軍政ヲ掌ル
第七條 司令長官ハ府務ヲ總理シ所屬各部ヲ監督シ又麾下ノ軍紀風紀及敎育訓練ヲ統監ス
第八條 司令長官ハ麾下ノ艦隊驅逐隊艇隊若ハ艦船ヲ所管區域及第三、第五海軍區內ニ派遣シ又軍隊ヲ所管區域內ニ派遣スルコトヲ得
第九條 旅順鎭守府諸官衙及敷設隊ニ要スル兵曹長同相當官准士官以下ノ配員及物品ノ供給ハ佐世保鎭守府ノ所掌トス但シ物品ノ供給ニ關シ別ニ規定アルモノハ此ノ限ニ在ラス
第十條 司令長官ハ旅順港ニ在ル他所管ノ艦船ヲ指揮スルコトヲ得但シ他ノ司令長官司令官現在スルトキ其ノ麾下艦船ニ對シテハ此ノ限ニ在ラス
第十一條 司令長官ハ關東都督ヨリ地方ノ安寧ヲ維持スル爲兵力ノ請求アリタルトキ事急ナレハ直ニ之ニ應スルコトヲ得但シ關東都督ノ請求ヲ待ツノ遑ナキトキハ便宜兵力ヲ用ウルコトヲ得
第十二條 司令長官ハ旅順港規則ノ施行ニ關シテハ所在憲兵ヲ指揮スルコトヲ得
第十三條 司令長官ハ疾病其ノ他緊急ノ場合ニ當リ一時麾下ノ兵員ヲ移轉セシムルヲ必要トスルトキハ之ヲ處分シテ後海軍大臣ニ報告スヘシ
第十四條 司令長官ハ麾下ノ船舟ニ乘員ヲ要スルトキハ麾下人員ニ臨時乘組ヲ命スルコトヲ得
第十五條 司令長官ハ麾下ノ候補生、兵曹長同相當官及准士官以下ヲ一時麾下艦船其ノ他各部ニ轉勤セシムルコトヲ得
第十六條 司令長官ハ必要ニ應シ鎭守府附機關官軍醫官主計官兵曹長同相當官准士官下士卒ヲ麾下艦船部隊ニ配置スルコトヲ得
第十七條 司令長官ハ麾下ノ職員缺員中又ハ事故アリテ其ノ職務ヲ執ルコト能ハサルトキハ他ノ職員ヲシテ其ノ職務ヲ代理セシムルコトヲ得
第十八條 司令長官缺員中又ハ事故アリテ其ノ職務ヲ執ルコト能ハサルトキハ麾下ノ將校席次ノ順序ニ從ヒ其ノ職務ヲ代理ス但シ特ニ代理者ヲ置キタル場合ハ此ノ限ニ在ラス
前項幕僚ノ外必要ニ應シ鎭守府ニ機關官軍醫官主計官及海軍技師ヲ置クコトヲ得
第二十條 參謀長ハ司令長官ヲ佐ケ幕僚ノ事務ヲ統ヘ府務ヲ整理ス
第二十二條 機關長軍醫長主計長及法務長ハ司令長官ノ命ヲ承ケ服務ス
前項ノ外主計長ハ海軍大臣ニ直隸シ會計事務ノ監督及金櫃物件帳簿ノ監査ヲ掌ル
第二十三條 機關官ハ機關長、軍醫官ハ軍醫長、主計官及海軍技師ハ主計長ノ命ヲ承ケ服務ス但シ艦船部隊ニ配置セラルルトキハ各其ノ上官ノ命ヲ承ケ服務ス
第二十四條 第五條及第十九條ニ揭クル職員ノ外海軍兵曹長同相當官竝准士官下士卒及判任文官ヲ置キ各上官ノ命ヲ承ケ服務セシム