（基金）第二条の二振興会は、将来における我が国の経済社会の発展の基盤となる先端的な研究及び有為な研究者の海外への派遣を集中的に推進するため、平成二十一年度の一般会計補正予算（第１号）により交付される補助金により、平成二十六年三月三十一日までの間に限り、次の各号に掲げる業務に要する費用に充てるためにそれぞれ当該各号に定める基金を設けるものとする。一第十五条第一号に掲げる業務のうち先端的な研究の総合的かつ計画的な振興のための助成に係るもの及びこれに附帯する業務先端研究助成基金二第十五条第三号に掲げる業務のうち有為な研究者の海外への派遣に係るもの及びこれに附帯する業務研究者海外派遣基金２先端研究助成基金又は研究者海外派遣基金の運用によって生じた利子その他の収入金は、それぞれこれらの基金に充てるものとする。３通則法第四十七条及び第六十七条（第四号に係る部分に限る。）の規定は、先端研究助成基金及び研究者海外派遣基金の運用について準用する。この場合において、通則法第四十七条第三号中「金銭信託」とあるのは、「金銭信託で元本補てんの契約があるもの」とする。４振興会は、先端研究助成基金及び研究者海外派遣基金を廃止する場合において、これらの基金に残余があるときは、政令で定めるところにより、その残余の額を国庫に納付しなければならない。

（業務方法書）第二条の三文部科学大臣は、通則法第二十八条第一項の規定による業務方法書（前条第一項第一号に掲げる業務（先端研究助成基金をこれに必要な費用に充てるものに限る。以下「先端研究助成業務」という。）に係る部分に限る。次項において同じ。）の認可をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。２文部科学大臣は、通則法第二十八条第二項の規定により、業務方法書に記載すべき事項に係る文部科学省令を定めようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。

（中期目標及び中期計画）第二条の四文部科学大臣は、通則法第二十九条第一項の規定により、中期目標（先端研究助成業務に係る部分に限る。）を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。２文部科学大臣は、通則法第三十条第一項の規定による中期計画（先端研究助成業務に係る部分に限る。）の認可をしようとするときは、あらかじめ、関係行政機関の長に協議するとともに、総合科学技術会議の意見を聴かなければならない。

（区分経理）第二条の五振興会は、次に掲げる業務については、それぞれ特別の勘定を設けて経理しなければならない。一先端研究助成業務二附則第二条の二第一項第二号に掲げる業務（研究者海外派遣基金をこれに必要な費用に充てるものに限る。以下「研究者海外派遣業務」という。）

（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律の準用）第二条の六補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律の規定（罰則を含む。）は、先端研究助成業務又は研究者海外派遣業務として振興会が支給する資金について準用する。この場合において、同法（第二条第七項を除く。）中「各省各庁の長」とあるのは「独立行政法人日本学術振興会の理事長」と、同法第二条第一項（第二号を除く。）及び第四項第一号、第七条第二項、第十九条第一項及び第二項、第二十四条並びに第三十三条中「国」とあるのは「独立行政法人日本学術振興会」と、同法第十四条中「国の会計年度」とあるのは「独立行政法人日本学術振興会の事業年度」と、同法第二十六条第一項中「各省各庁の機関」とあるのは「独立行政法人日本学術振興会の機関」と読み替えるものとする。

（国会への報告等）第二条の七振興会は、毎事業年度、先端研究助成業務及び研究者海外派遣業務に関する報告書を作成し、当該事業年度の終了後三月以内に文部科学大臣に提出しなければならない。２文部科学大臣は、前項の報告書の提出を受けたときは、これに意見を付けて、国会に報告しなければならない。

（過料）第二条の八附則第二条の二第三項において準用する通則法第四十七条の規定に違反して先端研究助成基金又は研究者海外派遣基金を運用した場合には、その違反行為をした振興会の役員は、二十万円以下の過料に処する。