（奄美群島振興開発特別措置法の一部改正）第一条奄美群島振興開発特別措置法（昭和二十九年法律第百八十九号）の一部を次のように改正する。第二条第二項中「五箇年」を「十箇年」に改める。第六条の八の次に次の一条を加える。

（地方税の課税免除又は不均一課税に伴う措置）第六条の九地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）第六条の規定により、地方公共団体が、奄美群島内において製造の事業若しくは旅館業（下宿営業を除く。）の用に供する設備を新設し、若しくは増設した者について、その事業に対する事業税、その事業に係る建物若しくはその敷地である土地の取得に対する不動産取得税若しくはその事業に係る機械及び装置（製造の事業の用に供するものに限る。）若しくはその事業に係る建物若しくはその敷地である土地に対する固定資産税を課さなかつた場合若しくは奄美群島内において畜産業、水産業若しくは薪炭製造業を行う個人について、その事業に対する事業税を課さなかつた場合又はこれらの者について、これらの地方税に係る不均一の課税をした場合において、これらの措置が自治省令で定める場合に該当するものと認められるときは、地方交付税法（昭和二十五年法律第二百十一号）第十四条の規定による当該地方公共団体の各年度における基準財政収入額は、同条の規定にかかわらず、当該地方公共団体の当該各年度分の減収額（事業税又は固定資産税に関するこれらの措置による減収額にあつては、これらの措置がされた最初の年度以降三箇年度（個人の行う畜産業、水産業及び薪炭製造業に対するものにあつては、自治省令で定める期間に係る年度）におけるものに限る。）のうち自治省令で定めるところにより算定した額を同条の規定による当該地方公共団体の当該各年度（これらの措置が自治省令で定める日以後において行われたときは、当該減収額について当該各年度の翌年度）における基準財政収入額となるべき額から控除した額とする。

附則第一項中「平成十一年三月三十一日」を「平成十六年三月三十一日」に改める。附則第三項中「平成十一年度」を「平成十六年度」に改める。

（小笠原諸島振興開発特別措置法の一部改正）第二条小笠原諸島振興開発特別措置法（昭和四十四年法律第七十九号）の一部を次のように改正する。第三条第二項中「平成元年度」を「平成十一年度」に、「十箇年」を「五箇年」に改める。附則第二項中「平成十一年三月三十一日」を「平成十六年三月三十一日」に改め、同項ただし書中「平成十一年度」を「平成十六年度」に改める。附則第六項中「平成十一年分」を「平成十六年分」に改める。