（目的）第一条この法律は、琵琶湖の自然環境の保全と汚濁した水質の回復を図りつつ、その水資源の利用と関係住民の福祉とをあわせ増進するため、琵琶湖総合開発計画を策定し、その実施を推進する等特別の措置を講ずることにより、近畿圏の健全な発展に寄与することを目的とする。

（琵琶湖総合開発計画の内容）第二条琵琶湖総合開発計画は、次に掲げる事項について定めるものとする。一琵琶湖及びその周辺地域の保全及び開発に関する基本的な方針二前号の方針に基づき実施すべき次の事業の概要イ琵琶湖の洪水から防御すべき地域の保全上重要な治水事業ロ琵琶湖の水質の保全上重要な下水道及びし尿処理施設の整備に関する事業ハ淀川の下流地域における水の需要に対応する琵琶湖の水資源の開発のための事業ニ琵琶湖から取水する水道、工業用水道及び農業用用排水施設の整備に関する事業（琵琶湖から取水する農業用用排水施設の整備に関する事業（ハの事業の附帯工事として実施するものその他ハの事業の実施により必要を生じたものを含む。）の実施に関連して実施することを相当とする区画整理の事業を含む。）ホ琵琶湖の流域内の森林に係る造林及び保育の事業、林道の開設及び改良の事業並びに治山事業ヘ琵琶湖の湖辺に設けられる都市公園及び自然公園の保護又は利用のための施設の整備に関する事業並びに琵琶湖の景観又は自然環境の維持上重要な土地の保全のためにする当該土地の取得に関する事業ト琵琶湖における観光又はレクリエーションのための資源の開発に寄与する道路及び港湾の整備に関する事業チ琵琶湖の水産資源の保護倍養及び開発のための事業、琵琶湖の周辺地域に設けられる琵琶湖産の水産物の流通及び加工の施設の整備に関する事業並びに琵琶湖における漁港の整備に関する事業リその他前条の目的を達成するために必要な政令で定める事業２琵琶湖総合開発計画は、琵琶湖の水質の保全及び汚濁した水質の回復について適切な考慮が払われたものでなければならない。３琵琶湖総合開発計画は、全国総合開発計画、近畿圏整備計画、中部圏開発整備計画、淀川水系に係る水資源開発促進法（昭和三十六年法律第二百十七号）第四条第一項の規定による水資源開発基本計画及び河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第十六条第一項の規定による工事実施基本計画その他琵琶湖及びその周辺地域の保全及び開発と関係を有する国の計画との調和が保たれたものでなければならず、かつ、第一項第二号ハの事業の琵琶湖における水産業に及ぼす影響について適切な考慮が払われたものでなければならない。

（琵琶湖総合開発計画の決定及び変更）第三条滋賀県知事は、琵琶湖総合開発計画の案を作成し、これを近畿圏整備長官を通じて内閣総理大臣に提出するものとする。この場合において、琵琶湖総合開発計画の案の作成については、滋賀県知事は、あらかじめ、公聴会を開催してその住民の意見をきき、かつ、当該県の関係市町村長の意見をきくとともに、当該県の議会の議を経なければならない。２前項の琵琶湖総合開発計画の案の作成については、滋賀県知事は、あらかじめ、関係府県知事の意見をもきかなければならない。この場合において、関係府県知事は、その意見を述べようとするときは、あらかじめ、当該府県の関係市町村長の意見をきかなければならない。３内閣総理大臣は、必要があると認めるときは、関係行政機関の長と協議の上、滋賀県知事に対し、琵琶湖総合開発計画の案の作成上準拠すべき事項を指示することができる。４内閣総理大臣は、第一項の規定により提出された案に基づき、琵琶湖総合開発計画を決定するものとする。この場合において、内閣総理大臣は、あらかじめ、近畿圏整備審議会の意見をきくとともに、関係行政機関の長に協議しなければならない。５内閣総理大臣は、琵琶湖総合開発計画を決定したときは、これを関係行政機関の長及び滋賀県知事その他関係府県知事に送付するものとする。６琵琶湖総合開発計画は、情勢の推移によりこれを変更することが適当であると認められる事態になつたときは、変更することができる。７第一項から第五項までの規定は、琵琶湖総合開発計画を変更する場合について準用する。

（年度計画の決定）第四条滋賀県知事は、毎年度、その年度の開始前までに、琵琶湖総合開発計画に基づく当該年度の各事業（政令で定める事業を除く。）の実施に関する計画（以下「年度計画」という。）の案を作成し、これを近畿圏整備長官を通じて当該各事業に関する主務大臣に提出するとともに、関係行政機関の長に送付するものとする。２滋賀県知事は、前項の規定により、第十一条第一項の規定に基づきその経費の一部を負担すべき地方公共団体が定められている事実に係る年度計画の案を主務大臣に提出したときは、遅滞なく、これをその地方公共団体に送付するものとする。３近畿圏整備長官又は関係行政機関の長は、必要があると認めるときは、第一項の規定により提出され又は送付された案に関し、主務大臣に（関係行政機関の長にあつては、近畿圏整備長官を通じて主務大臣に）意見を述べることができる。４第一項の主務大臣は、同項の規定により提出された案に基づき、年度計画を決定するものとする。５第一項の主務大臣は、年度計画を決定したときは、これを近畿圏整備長官及び関係行政機関の長並びに滋賀県知事に送付するものとする。第十一条第一項の規定に基づきその経費の一部を負担すべき地方公共団体が定められている事業に係る年度計画については、その地方公共団体に対しても、同様とする。

（事業の実施）第五条琵琶湖総合開発計画に基づく事業（以下「総合開発事業」という。）は、この法律に定めるもののほか、当該事業に関する法律（これに基づく命令を含む。）の規定に従い、国、地方公共団体、水資源開発公団その他の者が実施するものとする。

（協力及び勧告）第六条関係行政機関の長、関係地方公共団体及び関係事業者は、琵琶湖総合開発計画の実施に関し、できる限り協力しなければならない。２内閣総理大臣は、必要があると認めるときは、関係行政機関の長、関係地方公共団体及び関係事業者に対し、琵琶湖総合開発計画の実施に関し勧告し、及びその勧告によつて採られた措置その他琵琶湖総合開発計画の実施に関する状況について報告を求めることができる。３関係行政機関の長は、必要があると認めるときは、内閣総理大臣に対し、前項の規定による勧告をすべきことを要請することができる。

（生活再建のための措置）第七条総合開発事業を実施する者は、当該事業の実施によつて土地に関する権利、漁業権その他の権利に関し損失を受けたため生活の基礎を失うこととなる者について、その受ける補償と相まつて次に掲げる生活再建のための措置が実施されることを必要とするときは、その者の申出に基づき、事情の許す限り、当該生活再建のための措置のあつせんに努めるものとする。一土地又は建物の取得に関すること。二職業の紹介、指導又は訓練に関すること。

（国の負担又は補助の割合等の特例）第八条総合開発事業のうち別表に掲げる事業に係る経費に対する国の負担又は補助の割合（以下「国の負担割合」という。）は、他の法令の規定にかかわらず、同表に定める割合の範囲内で政令で定める割合とする。２前項に規定する事業に係る経費に対する他の法令の規定による国の負担割合が、同項の政令で定める割合をこえるときは、当該事業に係る経費に対する国の負担割合については、同項の規定にかかわらず、当該他の法令の定める割合による。３第一項に規定する事業に係る経費につき前二項の規定による国の負担割合により国が負担し又は補助する場合における国の負担金若しくは補助金の交付又は地方公共団体の負担金の納付については、他の法令の規定にかかわらず、政令で、必要な特例を定めることができる。

（国の普通財産の譲渡）第九条国は、総合開発事業の用に供するため必要があると認めるときは、その事業に係る経費を負担する地方公共団体に対し、普通財産を譲渡することができる。

（国の財政上及び金融上の援助）第十条国は、前二条に定めるもののほか、琵琶湖総合開発計画を達成するために必要があると認めるときは、総合開発事業を実施する者に対し、財政上及び金融上の援助を与えることができる。

（水資源開発関連事業についての負担の調整等）第十一条総合開発事業（第二条第一項第二号ハの事業を除く。）、琵琶湖の湖岸及び湖底の清掃及び整地その他これらに類する琵琶湖の維持管理の事業並びに琵琶湖及びその周辺地域の保全及び開発に寄与する施設で当該地域に存するものの維持管理の事業のうち、総合開発事業たる第二条第一項第二号ハの事業（以下この条において「水資源開発事業」という。）の実施により琵琶湖及びその周辺地域について生ずべき不利益（水資源開発事業を実施する者による損失補償の対象となるものを除く。）を補う効用を有する事業で、その事業に係る経費の全部又は一部を当該地域の全部又は一部をその区域に含む地方公共団体が負担するもの（政令で定めるものに限る。）については、当該地方公共団体は、政令で定めるところにより、次に掲げる地方公共団体と協議し、その協議によりその負担する経費の一部をこれに負担させることができる。一水資源開発事業により生じた施設を利用して河川の流水を水道又は工業用水道の用に供し、又は供することが予定されている地方公共団体二次に掲げる区域の全部又は一部をその区域に含む地方公共団体（前号に掲げるものを除く。）イ前号の施設を利用して河川の流水をその用に供する水道で水道法（昭和三十二年法律第百七十七号）第三条第二項に規定する水道事業の用に供するものの給水区域又は給水予定区域ロ前号の施設を利用して河川の流水をその用に供する水道で水道法第三条第四項に規定する水道用水供給事業の用に供するものの給水対象事業者が設置する水道の給水区域又は給水予定区域ハ前号の施設を利用して河川の流水をその用に供する工業用水道で工業用水道事業法（昭和三十三年法律第八十四号）第二条第四項に規定する工業用水道事業の用に供するものの給水区域又は給水予定区域２近畿圏整備長官、厚生大臣、通商産業大臣及び自治大臣は、前項の規定による負担に関し、関係当事者のうち一以上の申出に基づき、あつせんをすることができる。３第一項の規定による協議が成立した場合においては、関係当事者は、遅滞なく、近畿圏整備長官、厚生大臣、通商産業大臣、自治大臣その他その協議に係る事業に関する主務大臣に対し、その協議が成立した事項を報告しなければならない。ただし、前項のあつせんに基づきその協議が成立した場合には、近畿圏整備長官、厚生大臣、通商産業大臣及び自治大臣に対しては、この限りでない。４第一項各号に掲げる地方公共団体は、琵琶湖及びその周辺地域の全部又は一部をその区域に含む地方公共団体で総合開発事業（水資源開発事業を除く。）を実施するものに対し、当該事業の実施に必要な資金を融通することができる。

（琵琶湖管理基金）第十二条琵琶湖及びその周辺地域の全部又は一部をその区域に含む地方公共団体は、琵琶湖の湖岸及び湖底の清掃及び整地その他これらに類する琵琶湖の維持管理の事業並びに琵琶湖及びその周辺地域の保全及び開発に寄与する施設で当該地域に存するものの維持管理の事業の適正かつ円滑な実施を図るため必要があると認めるときは、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百四十一条の基金として、琵琶湖管理基金を設けることができる。