（法人税法の特例）第二十條第三條第一項の規定により再建整備を行う農林漁業組合（当該農林漁業組合が昭和二十六年十二月三十一日を含む事業年度の終了の日以前に合併によつて解散した場合には、合併によつて成立した農林漁業組合又は合併後存続する農林漁業組合で第十八條第一項の規定により再建整備を行うもの。次條及び第二十二條において同じ。）の昭和二十五年一月一日以後に開始する最初の事業年度の開始の日から昭和二十六年十二月三十一日を含む事業年度（以下「基準事業年度」という。）の終了の日までの各事業年度において生じた欠損金（合併によつて解散した農林漁業組合の当該欠損金で合併によつて成立した農林漁業組合又は合併後存続する農林漁業組合にその欠損金として引き継がれたものを含む。）は、基準事業年度及び基準事業年度の終了の日後に開始し、当該欠損金の生じた事業年度の終了の日後五年以内に終了する各事業年度においては、法人税法（昭和二十二年法律第二十八号）第九條第一項の所得の計算上、これを損金に算入する。但し、基準事業年度において青色申告書（法人税法第二十五條第一項の申告書をいう。以下同じ。）を提出し、且つ、その後において連続して青色申告書を提出している場合に限る。２前項の規定により各事業年度において法人税法第九條第一項の所得の計算上損金に算入すべき欠損金の金額は、当該欠損金の生じた事業年度以後の事業年度において同項の所得の計算上同項の総益金から控除されなかつたものに限る。３前二項の規定により法人税法第九條第一項の所得の計算上損金に算入すべき欠損金が同條第五項の規定により損金に算入すべきものである場合には、当該欠損金については、同項の規定は、適用しない。

第二十一條第三條第一項の規定により再建整備を行う農林漁業組合の最初に青色申告書を提出しようとする事業年度が基準事業年度である場合には、当該農林漁業組合が法人税法第二十五條第三項の規定により提出する申請書は、同項の期限後においても、昭和二十六年十二月三十一日までは提出することができる。２前項の規定の適用を受ける農林漁業組合で基準事業年度の終了の日が昭和二十六年十二月三十一日であるものについて法人税法第二十五條第六項の規定を適用する場合には、同項中「当該事業年度終了の日」とあるのは「基準事業年度の終了の日から四十日を経過した日」と読み替えるものとする。

第二十二條第三條第一項の規定により再建整備を行う農林漁業組合が基準事業年度に続く事業年度の開始の日以後合併によつて解散した場合において、合併によつて成立した農林漁業組合又は合併後存続する農林漁業組合が第十八條第一項（同條第三項において準用する場合を含む。）の規定により再建整備を行うときは、合併によつて解散した農林漁業組合で基準事業年度から解散の日を含む事業年度の直前の事業年度までの各事業年度（当該合併によつて解散した農林漁業組合が解散の日を含む事業年度の直前の事業年度に係る青色申告書を提出しないで解散した場合には、当該解散の日を含む事業年度の直前の事業年度を除く。）において青色申告書を提出しているものの第二十條第一項の欠損金で当該合併によつて成立した農林漁業組合又は合併後存続する農林漁業組合にその欠損金として引き継がれたものは、合併後に開始する最初の事業年度又は合併の日を含む事業年度及びその事業年度の終了の日後に開始し、当該欠損金の生じた事業年度の終了の日後五年以内に終了する各事業年度においては、法人税法第九條第一項の所得の計算上、これを損金に算入する。２前項の規定は、合併によつて成立した農林漁業組合又は合併後存続する農林漁業組合が当該合併によつて解散した農林漁業組合の解散の日を含む事業年度（当該合併によつて解散した農林漁業組合が解散の日を含む事業年度の直前の事業年度に係る青色申告書を提出しないで解散した場合には、当該解散の日を含む事業年度及びその直前の事業年度）に係る青色申告書を提出した場合に限り適用する。３第一項の場合には、第二十條第一項但書及び同條第二項の規定を準用する。この場合において、同條第一項但書中「基準事業年度」とあるのは「合併後に開始する最初の事業年度又は合併の日を含む事業年度」と読み替えるものとする。